苹果品种鉴定技术规程 ssr分子标记法全文

SSR标记技术在种子纯度鉴定中的研究进展(一)论文关键词：种子纯度SSR标记研究进展论文摘要：种子纯度在种子生产中的地位日益提高，以往的形态鉴定等方法难以满足人们的要求。

随着分子标记技术的发展，越来越多地被应用到种子纯度鉴定中。

本文介绍了SSR分子标记技术的基本原理和特点，简要叙述了SSR标记技术在农作物种子纯度鉴定上的研究进展，并就其在杂交种纯度方面的应用潜力进行了探讨。

Keywords:Seedpurity;SSRmarkers;ResearchprogressesAbstract：ThestatusofSeedpurityareincreasedinseedproduction.Itisdifficulttomeetpe oplethatthemethodsofpastidentifications.Withthedevelopmentofmolecula rmarkers,SSRareappliedtotheidentificationofseedpurityincreasingly.Inthisp aper,SSRmolecularmarkertechnology,thebasicprinciplesandcharacteristicsa resummarized.ItisdescribedtheresearchprogressesofSSRmarkersinthepurit yofcropseed.And,itisdiscussedthepotentialapplicationsinthepurityofhybrid.1.前言随着我国农业经济的发展和种子市场的逐步规范，种子的真假和纯度对种子生产具有越来越重要的影响。

为了保护农民以及育种者的利益，发展快速、稳定、可靠的品种纯度鉴定方法具有重要的意义。

种子品种纯度鉴定主要包括品种真实性和品种纯度鉴定两个方面。

品种鉴定主要指对供检样品的真实性进行鉴定。

《探秘“苹果种质”：实验室里的酸甜大冒险》我打小就馋苹果，脆的、面的、甜的、酸的，各种口味都爱。

长大后误打误撞进了农科院的果树研究小组，这下可好，跟苹果打起了更“亲密”的交道，天天琢磨的就是那些五花八门的苹果种质资源。

不过，要摸清它们的“底细”，可不容易，全靠一套严谨的苹果种质资源鉴定技术规程“把关”。

上次为了鉴定一批新收集来的苹果样本，我、阿峰和小悠可着实经历了一场有惊无险、笑料不断的“鉴定大作战”，到现在，实验室里仪器嗡嗡作响、大伙忙得晕头转向的场景还跟放电影似的，在我脑袋里循环播放。

那天一大早，组长把一本厚厚的苹果种质资源鉴定技术规程手册“啪”地拍在桌上，神情严肃得像即将奔赴战场的将军，扯着嗓子说：“瞅见没？这批苹果样本珍贵着呢，关乎咱后续培育新品种的大计。

从外观特征到内在品质，再到基因测序，每一步都得严格按规程来，谁敢乱来，数据不准、品种特性摸不透，耽误了项目，可别怪我翻脸不认人！”我瞅着那密密麻麻的条款，捅了捅阿峰，小声嘀咕：“这鉴定技术规程，听着就像个絮絮叨叨的老妈子，事儿又多又细，咱能整明白吗？”阿峰挠挠头，满不在乎地摆摆手：“怕啥，不就是看看苹果长相、尝尝味道，再摆弄摆弄那些仪器，动手就是了。

”小悠在旁边轻咳一声，推了推眼镜，一脸郑重：“你想得太简单了，苹果种质鉴定稍有偏差，把普通品种当成优种，或者错过潜在的好苗子，那损失可大了去了，得严谨点儿。

”说干就干，第一步就是外观鉴定。

小悠戴上手套，拿起一个苹果，像捧着稀世珍宝似的，眼睛瞪得像铜铃，围着苹果转圈，嘴里还念念有词：“这果形得周正，歪瓜裂枣的多半品质不佳；表皮色泽要均匀，要是这儿红那儿绿，分布怪异，说不定有病虫害隐患，可别出岔子。

”我在一旁帮忙递苹果、记录外观描述，时不时叮嘱两句：“慢点儿，别磕坏了果子。

”阿峰负责用卡尺量苹果的横纵径，眉头紧皱，嘟囔着：“这尺寸得量准咯，大小关乎产量，要是数据乱写，以后预估产量能差出十万八千里，可得盯紧了。

于少帅，赵文霞，姚艳霞，等．新疆野苹果和栽培苹果特异性ＳＳＲ标记开发及应用［Ｊ］．江苏农业科学，２０２０，４８（２１）：６８－７３，８３．ｄｏｉ：１０．１５８８９／ｊ．ｉｓｓｎ．１００２－１３０２．２０２０．２１．０１２新疆野苹果和栽培苹果特异性ＳＳＲ标记开发及应用于少帅１，赵文霞２，姚艳霞２，淮稳霞２，覃伟权１，阎　伟１（１．中国热带农业科学院椰子研究所，海南文昌５７１３３９；２．中国林业科学研究院森林生态环境与保护研究所／国家林业和草原局森林保护学重点实验室，北京１０００９１） 摘要：根据全基因组测序已完成的栽培苹果基因组，设计、筛选针对新疆野苹果的特异性ＳＳＲ引物。

通过ＰＣＲ扩增、基因测序筛选了１５对可以在新疆野苹果和栽培苹果中扩增出稳定性高且具备多态性目的条带的特异性ＳＳＲ引物；其中８对仅能在栽培苹果中扩增出特异性目的条带。

１５对特异性ＳＳＲ引物对新疆野苹果和栽培苹果不同居群的ＳＳＲ分析表明，新疆野苹果遗传多样性较为丰富，与栽培苹果不同居群分化程度较为显著，基因流水平较低。

聚类分析表明，这１５对特异性ＳＳＲ引物可以将新疆野苹果和栽培苹果不同居群清晰区分。

本研究利用新开发的ＳＳＲ引物不仅可以揭示新疆野苹果和栽培苹果的遗传多样性和系统发育关系，对初步了解ＳＳＲ变异位点的生物学功能以及丰富新疆野苹果和栽培苹果基因组的认识也有一定的作用，从而为更好地有效利用相关资源提供研究基础。

关键词：新疆野苹果；栽培苹果；ＳＳＲ标记；遗传多样性 中图分类号：Ｓ６６１．１０１ 文献标志码：Ａ 文章编号：１００２－１３０２（２０２０）２１－００６８－０６收稿日期：２０２０－０２－０２基金项目：中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金（编号：ＣＡＦＹＢＢ２０１７ＳＺ００３）；国家重点研发计划（编号：２０１６ＹＦＣ０５０１５０３）。

作者简介：于少帅（１９８７—），男，山东莱阳人，博士，助理研究员，主要从事分子植物病理学相关研究。

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请号 201910270157.9(22)申请日 2019.04.04(71)申请人 山西省农业科学院生物技术研究中心地址 030031 山西省太原市小店区龙城大街81号申请人 山西省农业科学院果树研究所(72)发明人 侯丽媛　邓舒　张春芬　肖蓉　曹秋芬　赵菁　(74)专利代理机构 太原晋科知识产权代理事务所(特殊普通合伙) 14110代理人 王瑞玲(51)Int.Cl.C12Q 1/6895(2018.01)C12N 15/11(2006.01)(54)发明名称一种用于鉴定苹果新品种“赤霞”指纹图谱的SSR分子标记及其应用(57)摘要本发明属植物分子遗传学和苹果种质创新技术领域，提供一种用于鉴定苹果新品种‘赤霞’指纹图谱的SSR分子标记及其应用。

所述分子标记为14对SSR 共显性标记，分别为：SSR 标记CH01d08，SSR标记CH01f02，SSR标记CH01f07a，SSR标记CH02b10，SSR标记CH02d08，SSR标记CH02c02a，SSR标记CH05e03，SSR标记Hi03a10，SSR标记Hi04a05，SSR标记Hi23d06，SSR标记GD12，SSR标记GD 142，SSR标记GD 147，SSR标记NH009b；对苹果新品种‘赤霞’进行快速、准确的鉴定。

对新品种保护与种质资源收集提供依据。

权利要求书1页 说明书5页序列表5页 附图5页CN 109825636 A 2019.05.31C N 109825636A权　利　要　求　书1/1页CN 109825636 A1.一种鉴定苹果新品种‘赤霞’的SSR分子标记，其特征在于：所述分子标记为如下所示的14对SSR标记，分别为：SSR标记CH01d08，SSR标记CH01f02，SSR标记CH01f07a，SSR标记CH02b10，SSR标记CH02d08，SSR标记CH02c02a，SSR标记CH05e03，SSR标记Hi03a10，SSR标记Hi04a05，SSR标记Hi23d06，SSR标记GD 12，SSR标记GD 142，SSR标记GD 147，SSR标记NH009b；用于扩增上述标记的引物分别为：SSR标记CH01d08核苷酸序列如SEQ ID No.1、2所示；SSR标记CH01f02核苷酸序列如SEQ ID No.3、4所示；SSR标记CH01f07a核苷酸序列如SEQ ID No.5、6所示；SSR标记CH02b10核苷酸序列如SEQ ID No.7、8所示；SSR标记CH02d08核苷酸序列如SEQ ID No.9、10所示；SSR标记CH02c02a核苷酸序列如SEQ ID No.11、12所示；SSR标记CH05e03核苷酸序列如SEQ ID No.13、14所示；SSR标记Hi03a10核苷酸序列如SEQ ID No.15、16所示；SSR标记Hi04a05核苷酸序列如SEQ ID No.17、18所示；SSR标记Hi23d06核苷酸序列如SEQ ID No.19、20所示；SSR标记GD 12核苷酸序列如SEQ ID No.21、22所示；SSR标记GD 142核苷酸序列如SEQ ID No.23、24所示；SSR标记GD 147核苷酸序列如SEQ ID No.25、26所示；SSR标记NH009b核苷酸序列如SEQ ID No.27、28所示。

SSR分子标记实验操作及其注意事项SSR(Simple Sequence Repeats ) 又称微卫星DNA，是一类由几个(多为1~6个) 碱基组成的基序(motif )串联重复而成的DNA序列，其长度一般较短，它们广泛分布于整个基因组的不同位置上，每个座位上重复单位的数目及重复单位的序列都可能不完全相同，因而造成了每个座位上的多态性。

SSR标记数量丰富，覆盖整个基因组，而且分布均匀，多态性高，呈共显性遗传，重复性好，操作简便，是一种理想的分子标记技术，被广泛应用于构建基因连锁图分子辅助育种品种鉴定遗传资源的保存等方面。

一、试剂配制1.0.2%亲水binding silence（现配现用）：1500μL95%乙醇，7.5μL冰醋酸，再加入3μLbinding silence，混匀后使用。

2.0.5%疏水repel silence（购买后可直接使用）3.TBE母液（5×TBE）：Tris Base,54g;硼酸,7.5g;EDTA(0.5M pH8.0),20ml.搅拌溶化，定容至1000ml，无需灭菌，室温保存，母液的pH值应保持在8.3左右。

4.Urea－TBE(一块胶板用量)：5×TBE,12ml;尿素,27g.加双蒸水溶解后定容至51ml，使用漏斗过滤。

5.40％丙烯酰胺：丙烯酰胺,380g;甲叉双丙烯酰胺,20g.加热至37℃使之溶解，加水定容至1000ml，用醋酸纤维素滤膜（入Nalge滤器，0.45μm孔径）过滤，棕色瓶避光保存于室温。

6.10％APS（过硫酸铵）：超纯过硫酸铵,2g;超纯水,18ml.溶解后，4℃保存。

7.TEMED（购买后可直接使用）：电泳级的TEMED可购自Bio-Rad，Sigma或其他供应商。

8.Loading buffer：去离子甲酰胺,50ml;0.5MEDTA(pH8.0),1ml;二甲苯腈蓝cyanol,0.125g;溴酚蓝,0.125g.混匀后置于4℃保存。

农业部公告第2036号――《大麦品种鉴定技术规程SSR分子标记法》等77项农业行业标准目录
文章属性
•【制定机关】农业部(已撤销)
•【公布日期】2013.12.12
•【文号】农业部公告第2036号
•【施行日期】2014.04.01
•【效力等级】部门规范性文件
•【时效性】现行有效
•【主题分类】标准化
正文
农业部公告
（第2036号）
《大麦品种鉴定技术规程SSR分子标记法》等77项标准业经专家审定通过，现批准发布为中华人民共和国农业行业标准，自2014年4月1日起实施。

特此公告。

附件：《大麦品种鉴定技术规程SSR分子标记法》等77项农业行业标准目录
农业部
2013年12月12日附件。

SSR分子标记在苹果研究中的应用作者：季晓钒等来源：《安徽农业科学》2014年第21期摘要SSR（simple sequence repeat ）分子标记是以聚合酶链式反应（PCR）技术为基础的共显性分子标记，也称为微卫星标记（microsatellite markers），其具有多态性高、通用性好、易检测且操作简单等优点，已被较多应用于苹果的品种鉴定、遗传多样性分析以及遗传图谱构建和基因定位等方面。

就以上方面对苹果中SSR分子标记的应用进行概述并提出SSR分子标记在未来苹果中的研究重点和方向。

关键词苹果；SSR；品种鉴定；遗传多样性；遗传连锁图谱中图分类号S188文献标识码A文章编号0517-6611（2014）21-06942-04Application Status of SSR Molecular Markers in AppleJI Xiaofan，XIE Yinfeng et al （School of Forest Resource and Environment，Nanjing Forestry University，Nanjing，Jiangsu 210037）Abstract SSR （simple sequence repeat） is a codominant marker based on the polymerase chain reaction technique（PCR），also known as microsatellite markers. It has high polymorphism，good commonality，easy detection and simple operation etc，have been more applied in apple variety identification，genetic diversity analysis，genetic map construction and gene location. In this paper，the above aspects are summarized and the research emphasis and direction of application of SSR molecular markers in apple for the future are put forward.Key words Apple； Simple Sequence Repeat； Variety identification； Genetic diversity；Genetic map construction基金项目江苏省农业自主创新资金项目[CX12（2043）]；江苏省科技支撑计划项目（BE2012442）；江苏高校优势学科建设工程资助项目（PAPD）。

ICS 65.020.99 B 21DB51杂交玉米品种真实性和纯度 SSR 分子检测技术方法Identifying genuineness and purity of maize hybrid using SSR molecular marker四川省质量技术监督局 发布目次前言................................................................................ .II1 范围............................................................................... .12 规范性引用文件..................................................................... .13 术语和定义......................................................................... .14 原理............................................................................... .2 5试验方法. (2)6核心引物筛选 (2)7品种纯度检测程序 (2)8品种真实性检测程序 (2)9结果计算 (3)10检验报告 (3)附录A（规范性附录）检验报告 ......................................................... .4前言本标准的附录A为规范性附录。

本标准由四川省农业厅提出并归口。

本标准由四川省质量技术监督局批准。

本标准起草单位：四川省种子站、四川省农业科学院作物研究所、成都市种子站。

本标准主要起草人：杨俊品、苏秀、何芳、林勇、谭君杂交玉米品种真实性和纯度SSR分子检测技术方法1范围本标准规定了玉米(Zea mays L.)单交种、自交系的品种真实性和纯度的SSR分子标记检测方法和对检测结果的判定标准。

苹果品种鉴定技术规程 ssr分子标记法全文苹果品种鉴定技术规程一、引言：苹果（Malus domestica Borkh）是世界上种植面积最广泛、产量最大的水果之一，所以苹果品种的鉴定十分重要。

随着分子生物学和遗传学的发展，利用分子标记法进行苹果品种鉴定成为一种快速、可靠的方法。

二、SSR分子标记法概述：SSR（Simple Sequence Repeats）分子标记法是利用高度保守的微卫星序列进行分子标记的方法。

微卫星序列是基因组中重复出现的短串联重复序列，由重复单元和不同重复单元之间的连续序列组成。

SSR标记法基于PCR扩增微卫星序列，通过测定微卫星序列长度的差异来进行苹果品种的鉴定。

三、实验步骤：1. DNA提取：从苹果叶片或果实中提取总DNA。

采用常规的CTAB法或商用DNA提取试剂盒进行提取。

2. SSR引物设计：选择合适的SSR引物进行扩增。

根据已知的苹果品种的基因组序列，设计特异性的引物。

选择的引物应具有多态性和重复性。

3. PCR扩增：设置PCR反应体系，包括模板DNA、引物、dNTPs和酶。

进行PCR扩增，得到PCR产物。

4. PCR产物分离：将PCR产物经过电泳分离，根据产物的大小来进行分离。

通常采用琼脂糖凝胶电泳或聚丙烯酰胺凝胶电泳进行分离。

5. DNA可视化和分析：通过染色剂染色或直接使用荧光标记的引物进行染色。

分析PCR产物的大小和条带图案，根据特定的品种特征进行品种鉴定。

四、结果解释：根据PCR产物的大小和条带图案，可以进行品种鉴定。

如果PCR产物的大小和已知品种相符，则可以判定为该品种。

如果PCR产物的大小和已知品种不符，则可以判定为新品种或可能存在突变。

五、优点和应用：1.快速：SSR分子标记法可以在短时间内得到结果，相对于传统的品种鉴定方法更快捷。

2.可靠：SSR分子标记法具有高度的可重复性和稳定性，结果准确可靠。

3.特异性：SSR引物的设计可以根据不同品种的基因组序列进行选择，具有品种特异性。

苹果品种鉴定技术规程 ssr分子标记法全文苹果品种鉴定技术规程—— SSR分子标记法一、技术原理SSR（Simple Sequence Repeats）分子标记法是一种常用的遗传标记技术，也称为微卫星标记法。

该技术基于植物DNA中包含的重复序列，通过PCR扩增特定的SSR位点，进而对DNA序列进行分析，从而实现对苹果品种的鉴定。

二、实验步骤1. DNA提取：从苹果叶片或幼芽中提取基因组DNA。

2. SSR扩增反应：选择特定的SSR引物对DNA进行PCR扩增反应，得到扩增产物。

3. PCR产物分析：将PCR产品通过电泳方法分离在聚丙烯酰胺凝胶上，通过比较DNA片段迁移距离，鉴定不同苹果品种之间的差异。

三、实验材料1.离心管和PCR试管：用于提取DNA和进行PCR反应。

2. DNA提取试剂盒：用于提取DNA样品。

3. SSR引物组合：根据需要选择适宜的SSR引物。

4. PCR试剂盒：用于PCR反应。

5. DNA电泳试剂盒：用于DNA样品分离。

四、实验操作细节1. DNA提取：按照DNA提取试剂盒的说明进行操作，提取苹果叶片或幼芽中的基因组DNA。

2. SSR扩增反应：准备PCR反应体系，包括DNA模板、引物、酶和缓冲液等。

根据引物选择，设置合适数量的PCR反应管。

3. PCR条件设置：根据引物的特性，设置适当的扩增温度和周期。

4. PCR产物分析：将PCR反应产物通过电泳方法分离在聚丙烯酰胺凝胶上，根据DNA片段大小进行鉴定。

5.结果解读：根据电泳图像，比较不同苹果品种之间的DNA条带差异，判断品种间的差异和相似性。

五、结果分析1. SSR分离电泳图像：根据电泳分离的结果，分析苹果品种之间的遗传关系和差异。

2. SSR结构鉴定：通过比对已知品种的SSR位点，来反推未知品种的SSR结构和遗传关系。

3. SSR图谱构建：通过整理分析的SSR位点数据，构建苹果品种的SSR图谱，进一步研究苹果品种的遗传表达规律。

苹果主栽品种的SSR分子标记鉴别
蔡青;姜立杰;张晓明;闫国华;张开春;曹玉芬;马焕普
【期刊名称】《中国农学通报》
【年(卷),期】2007(23)7
【摘要】为了探索方便快捷的苹果苗木监测方法,通过正交试验,建立了苹果的SSR 反应体系
(10×PCRBuffer2.0μl,25mmol/MgCl21.2μl,2mmol/LdNTPs2.0μl,10μmol/L引物1μl,5U/μlTaq聚合酶0.2μl)。

从33对引物中筛选出10对多态性高,分辨能力强的引物;仅三对引物(02b1,GD12,GD162)就能鉴别供试的45个品种。

并对生产上应用SSR技术检测苹果品种真实性和纯度作了展望。

【总页数】6页(P129-134)
【关键词】苹果;SSR;品种鉴定
【作者】蔡青;姜立杰;张晓明;闫国华;张开春;曹玉芬;马焕普
【作者单位】北京农学院;北京林业果树研究所;中国农业科学院果树所
【正文语种】中文
【中图分类】S661.1
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2.福建省草莓主栽与引进品种的SSR分子标记鉴定 [J], 陈坚;郑益平;郭文杰;杨志
敏;庄志鸿;朱炳耀
3.甘肃省主栽马铃薯品种遗传多样性的AFLP与SSR分子标记分析 [J], 李建武;李灏德;国宏;李高峰;马胜;张荣;贾小霞;齐恩芳
4.ISSR分子标记鉴别黑龙江地区黑木耳主栽品种的研究 [J], 郭兴;李滇华;任广明;邢振楠
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苹果酸度基因（_em_Ma_em_）SSR+标记及遗传分析园艺学报 2012，39（10）：1885–1892 http: // www. ahs. ac. cn Acta Horticulturae Sinica E-mail: yuanyixuebao@/doc/c873f494daef5ef7ba 0d3c82.html 苹果酸度基因（Ma）SSR标记及遗传分析王雷存1，樊红科2，高华1，赵政阳1,*（1西北农林科技大学园艺学院，陕西杨凌712100；2陕西农村科技开发中心，西安 710054）摘要：研究果实含酸量的遗传特性及其酸度基因的分子标记可以为果品品质育种提供辅助手段。

以果实低酸的‘短枝富士’（Spur Fuji）和高酸的‘粉红女士’（Pink Lady）F1代群体（216株）为试材，利用SSR（simple sequence repeat）技术，结合集群分类分析法（bulked segregation analysis，BSA）进行了苹果酸度基因（Ma）分子标记研究。

经过102对SSR引物的筛选，获得了与果实酸性状紧密连锁的分子标记CH03d12104和CH03d12118两个位点，连锁距离分别为3.24和2.31 cM。

分析表明Ma1与Ma2对果实含酸量有控制作用，Ma对ma表现为完全显性。

关键词：苹果；Ma基因；SSR标记；遗传分析中图分类号：S 661.1 文献标志码：A 文章编号：0513-353X （2012）10-1885-08 Genetic Analysis and SSR Markers of Acid Gene Ma in AppleWANG Lei-cun1，FAN Hong-ke2，GAO Hua1，and ZHAO Zheng-yang1,*（1College of Horticulture，Northwest A & F University，Yangling，Shaanxi 712100，China；2Shaanxi Rural Science and Technology Development Center，Xi’an 710054，China）Abstract：Researches on heredity characters of acid contentsand molecular markers of genes controlling acidness can provide supplementary means for apple breeding in quality.A DNA marker linked to the acid gene（Ma）in apple was explored based on the population of 216 progenies of‘Spur Fuji’בPink Lady’by simple sequence repeat（SSR）technique combined with bulk segregation analysis（BSA）. One hundred and two primer pairs were screened，and two SSR markers（CH03d12104 + CH03d12118）closely linked to Ma gene was identified. The linkage distance of two markers locus is 3.24 and 2.31 cM，respectively. The SSR marker analysis showed that the fruit acid trait was governed by Ma1 and Ma2，and Ma was completely dominant to ma.Key words：apple；Ma gene；SSR marker；genetic analysis 鲜食苹果的风味很大程度上取决于糖、酸含量及其配比关系（Sansavini et al.，2004）。