武汉大学化学与分子科学学院
《分子模拟实验》实验报告
生物大分子模拟
指导老师：侯华
姓名：陆文心
专业：化学弘毅班
学号：2012301040179
日期：2014年12月18日（周四下午）
一、实验内容
问题12-3-1获得PDB号为“1HCK”的蛋白（human cyclin-dependent kinase 2,i.e.，CDK2和ATP的结合晶体结构），并采用不同的模型观察其结构特点。
查阅文献可知，CDK2的第81号Glu与ATP分子的嘌呤环上N6上的氢、第83号Leu 与ATP分子的嘌呤环上N1上的氢之间存在氢键，如下图：
参考文献：
[1]Mark P. Thomas, Campbell McInnes, Peter M. Fischer, Protein Structures in Virtual Screening:
A Case Study with CDK2. J. Med. Chem. 2006, 49, 92-104
[2] 白晓光,许乐幸,李祎亮等,基于靶蛋白结构的CDK2小分子抑制剂研究进展.Chinese Journal of New Drugs. 2011, 20(17), 1668
问题12-3-2在样本文件中，创建冰的晶体结构，分别做温度为260K，273K，298K，373K下的分子动力学模拟（10ps），观察晶体结构的变化情况并做定性解释。
冰晶体原始结构：
经MM2处理过后的结构：
①260K。
模拟过程：
模拟结果：
总能量与势能随时间变化图：
②273K。模拟结果：
总能量与势能随时间变化图：
③298K。模拟结果：
总能量与势能随时间变化图：
④373K。模拟结果：
总能量与势能随时间变化图：
变化情况：温度升高时，晶体结构的混乱程度加大，变得越来越不规则；从能量随时间变化图也可以看出，体系的总能量和势能也越来越大。
定性解释：随着温度的升高，维持冰晶体结构的氢键逐渐被破坏，冰晶体也有原有的四面体配位结构逐渐向无规则的液态水转变。
问题12-3-3分子对接。自行选择聚合物片段进行分子对接。
选择一个四肽片段。对接前：
对接后效果图：
二、收获与感想
1. 通过在线使用PDB号下载蛋白质的构型，巩固了这一种建模方式；通过使用Chem3D
左侧原子序号窗口，可以很方便地选中某个或某些原子，并能用球棍模型、丝带模型显示蛋白质分子。
2. 冰的独特晶体结构不需要自己创建（自己很难将每个水分子都摆放到合适的位置），从样本文件中调出即可；利用MM2分子力学方法可以迅速、方便地优化调整分子结构；通过不同温度下对冰晶体的分子动力学模拟，发现并能解释冰晶体的构型随温度升高的变化规律。
3. 通过调整特定几对原子之间的距离，成功使两个四肽分子对接。
