中缅树鼩微卫星分子标记的筛选

勐养保护区亚洲象微卫星位点筛选及种群遗传多样性分析蔡清秀;林柳;潘文婧;罗述金;张立【期刊名称】《兽类学报》【年(卷),期】2008(28)2【摘要】本文以亚洲象肌肉样品提出的DNA为模板,从非洲象31个微卫星位点和5个已知亚洲象微卫星位点中筛选勐养亚洲象的微卫星位点,进而对在西双版纳勐养保护区3年采集到的191 份亚洲象粪便样品中提出的DNA进行特异性PCR扩增、基因分型、检测位点信息和遗传多样性分析.结果表明:36个位点中有14个位点能在亚洲象肌肉样品提出的DNA中成功扩增,且经测序证实为微卫星位点.其中9个多态位点能在185份粪便样品DNA中稳定扩增.勐养种群中,3个位点可能偏离Hardy Weubberg平衡,至少8个位点间无明显连锁存在,平均等位基因数3.78±1.72,平均期望杂和度0.32 ± 0.06,平均观察杂和度0.36±0.02,平均多态信息含量0.28 ,说明这9个位点适用于勐养亚洲象的遗传学研究.根据微卫星位点的杂合度和等位基因频率,相比于其他亚洲象种群,勐养亚洲象种群遗传多样性较低且等位基因频率具有特异性.【总页数】9页(P126-134)【作者】蔡清秀;林柳;潘文婧;罗述金;张立【作者单位】教育部生物多样性与生态工程重点实验室,北京师范大学生态研究所,北京100875;教育部生物多样性与生态工程重点实验室,北京师范大学生态研究所,北京100875;教育部生物多样性与生态工程重点实验室,北京师范大学生态研究所,北京100875;Laboratory of Genomic Diversity,National CancerInstitute,Frederick,MD 21702-1201,USA;教育部生物多样性与生态工程重点实验室,北京师范大学生态研究所,北京100875【正文语种】中文【中图分类】Q786【相关文献】1.我国粘虫种群的微卫星位点筛选及遗传多样性分析 [J], 李梅梅;李伯辽;仵均祥;许向利2.西双版纳国家级自然保护区勐腊子保护区亚洲象种群和栖息地评价 [J], 林柳;金延飞;陈德坤;郭贤明;罗爱东;赵建伟;王巧燕;张立3.西双版纳自然保护区勐养子保护区亚洲象肇事特点及损失情况分析 [J], 王斌;李雯雯;许利剑;陆英杰;郭敏4.西双版纳自然保护区勐腊子保护区亚洲象种群数量与分布变迁 [J], 宗建坤;刘生强;许海龙;王兰新;郭贤明5.西双版纳国家级自然保护区勐养子保护区亚洲象生境现状分析 [J], 杨正斌;陈明勇;董永华;刘林云;杨士剑因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

［26］吕龙宝，马玉华，邹丰才，等．驯养中缅树鼩的消化道寄生虫监测及寄生蠕虫驱虫效果［J］．中国实验动物学报，2011，19（6）：522－524．［27］T/CALAS08－2017，实验动物树鼩微生物学等级及监测［S］．［28］T/CALAS09－2017，实验动物树鼩寄生虫学等级及监测［S］．［29］Zhan LG，Ding HＲ，Lin SZ，et al．Experimental Mycobacterium tuberculosis infection in the Chinese tree shrew［J］．FEMSMicrobiol Lett，2014，360（1）：23－32．［30］何保丽，沈培清，陈丽玲，等．树鼩微卫星DNA的多态性研究［J］．中国实验动物学报，2009，17（2）：143－145．［31］张媛，李晓飞，李振宇，等．滇西亚种树鼩微卫星分子标记的筛选［J］．中国比较医学杂志，2015，25（6）：36－41．［32］李婧潇，王新兴，王文广，等．中缅树鼩微卫星分子标记的筛选［J］．中国实验动物学报，2011，19（4）：312－315．［33］黎家敏，李海燕，李婧潇，等．应用ＲAPD标记技术对树鼩遗传多样性的分析［J］．中国比较医学杂志，2010，20（2）：34－40．［34］Liu XH，YAO YG．Characterization of12polymorphic microsatellite markers in the Chinese tree shrew（Tupaia belangerichinensis）［J］．ZoolＲes，2013，34（2）：62－68．［35］Lindblad-Toh K，Garber M，Zuk O，et al．A high－resolution map of human evolutionary constraint using29mammals［J］．Nature，2011，478（7370）：476－482．［36］Xu L，Chen SY，Nie WH，et al．Evaluating the phylogenetic position of Chinese tree shrew（Tupaia belangeri chinensis）basedon complete mitochondrial genome：implication for using treeshrew as an alternative experimental animal to primates inbiomedical research［J］．J Genet Genomics，2012，39（3）：131－137．［37］T/CALAS11－2017，实验动物树鼩遗传质量控制［S］．［38］匡德宣，王文广，孙晓梅，等．规模化饲养树鼩常见临床疾病的诊治［J］．亚洲兽医病例研究，2017，6（2）：15－20．［39］匡德宣，江勤芳，黄璋琼，等．树鼩独立换气笼具的设计［J］．中国比较医学杂志，2012，22（9）：77－80．［40］陈丽玲，李玛琳，刘汝文，等．树鼩驯化中应激综合征的防治［J］．野生动物杂志，2009，30（4）：177－179．［41］匡德宣，孙晓梅，仝品芬，等．人工饲养母树鼩产后食仔的综合干预［J］．中国比较医学杂志，2014，24（1）：75－79．［42］匡德宣，孙晓梅，江勤芳，等．树鼩的动物福利措施探讨［J］．中国比较医学杂志，2013，23（4）：74－78．［43］T/CALAS10－2017，实验动物树鼩环境及设施［S］．［44］仝品芬，高家红，匡德宣，等．实验树鼩配合饲料的研究与应用［J］．中国比较医学杂志，2012，22（4）：36－37．［45］T/CALAS12－2017，实验动物树鼩配合饲料［S］．［46］宋志琦，李超，董浩迪，等．病理学监测在实验动物质量评价中的地位［J］．实验动物科学，2016，33（1）：49－53．［47］陈华，赵德明，黎立，等．实验用小型猪病理学诊断规范的制定［J］．实验动物与比较医学，2011，33（5）：368－370．［48］T/CALAS13－2017，实验动物树鼩病理学诊断规范［S］．〔收稿日期〕2018－09－21专题计划2019年《中国实验动物学报》专题计划《中国实验动物学报》2019年第2期专题：斑马鱼发育和遗传主持人：王强E-mail：qiangwang@ioz．ac．cn《中国实验动物学报》2019年第3期专题：非人灵长类动物（树鼩）模型研究及其应用主持人：代解杰E-mail：djj@imbcams．com．cn《中国实验动物学报》2019年第5期专题：感染动物模型与生物安全主持人：周晓辉E-mail：zhouxiaohui@shphc．org．cn《中国实验动物学报》2019年第6期专题：大动物猴和猪的疾病模型研制，评价与应用主持人：黄韧E-mail：1649405216@qq．com有相关研究内容请与主持人联系！参考文献：［1］吐尔洪，努尔，谷文喜，等．布鲁菌病研究进展［J］．动物医学进展，2007，28（7）：82－87．［2］毛开荣．动物布鲁氏菌病防治研究进展［J］．中国兽药杂志，2003，37（9）：37－40．［3］冮森林，崔步云，苏增华，等．全国布氏菌病防治工作调研报告［J］．中国地方病防治杂志，2006，21（6）：5－8．［4］Wallach JC，Giambartolomei GH，Baldi PC，et al．Human infection with M－strain of Brucella canis［J］．Emerg Infect Dis，2004，10（1）：146－148．［5］东北农大28名师生因实验染传布氏杆菌病［J］．中国动物保健，2011（10）：90．［6］Madkour MM．Brucellosis：overview［J］．Brucellosis．2nd edition．Berlin：Springer Verlag．2001：165－178．［7］冯育芳，邢进，岳秉飞，等．实验犬布氏杆菌的多重PCＲ检测与分型鉴定［J］．中国比较医学杂志，2011，21（5）：57－61．［8］钟佑宏，王鹏，宋志忠．布鲁杆菌病检测研究进展［J］．中国地方病防治杂志，2012，（2）：90－93．［9］Al Dahouk S，Tomaso H，Nockler K，et al．Laboratory－based diagnosis of brucellosis－a review of the literature．Part I：Techniques for direct detection and identification of Brucella spp［J］．Clin Lab，2003，49（9－10）：487－505．［10］师志海，王文佳，兰亚莉．布氏杆菌检测方法的研究进展［J］．黑龙江畜牧兽医，2011，（15）：44－46．［11］邢进，王春玲，范薇，等．实验犬布鲁杆菌诊断试剂的制备和应用［J］．实验动物科学，2004，21（2）：24－27．［12］Leal-Klevezas DS，Martinez-Vazquez IO，Lopez-Merino A，et al．Single－step PCＲfor detection of Brucella spp．from blood andmilk of infected animals［J］．J Clin Microbiol，1995，33（12）：3087－3090．［13］Mukherjee F，Jain J，Patel V，et al．Multiple genus－specific markers in PCＲassays improve the specificity and sensitivity ofdiagnosis of brucellosis in field animals［J］．J Med Microbiol，2007，56（Pt10）：1309－1316．［14］Navarro E，Casao MA，Solera J．Diagnosis of human brucellosis using PCＲ［J］．ExpertＲev Mol Diagn，2004，4（1）：115－123．〔收稿日期〕2018－09－21专题计划2019年《中国实验动物学报》专题计划《中国比较医学杂志》2019年第5期专题：基因工程猪研究及其应用主持人：顾为望E-mail：Guww100@163．com《中国比较医学杂志》2019年第8期专题：实验动物新资源开发研究主持人：刘云波E-mail：yunboliu@126．com《中国比较医学杂志》2019年第10期专题：代谢性肥胖动物模型应用研究主持人：周迎生E-mail：zys626@aliyun．com《中国比较医学杂志》2019年第11期专题：肿瘤模型的制备及评价应用研究主持人：师长宏E-mail：changhong@fmmu．edu．cn《中国比较医学杂志》2019年第12期专题：药物安全性评价专题主持人：靳洪涛E-mail：jinhongtao@ugcro．com有相关研究内容请与主持人联系！。

中缅树鼩微卫星分子标记的筛选及特征分析的开题报告一、研究背景和意义中缅树鼩（Tupaia belangeri chinensis）是一种东南亚特有的哺乳动物，常栖息于热带雨林及其周边地区。

由于其可食用、药用以及微型灵敏的特性，中缅树鼩已成为东南亚地区的重要经济物种。

然而，由于过度捕捉和栖息地丧失等原因，中缅树鼩的数量不断减少，已被列入国际濒危物种红色名录。

因此，研究中缅树鼩的遗传多样性和保护基因资源已成为当前迫切需要解决的问题。

微卫星分子标记（Microsatellite molecular marker）是一种在无需特定基因序列探针的情况下，通过PCR技术扩增特定DNA区域并分析其中的DNA多态性来确定遗传多样性的方法。

微卫星分子标记具有高度遗传多样性、基因型特异性和可重复性等优点，因此被广泛应用于动植物遗传多样性研究和种系鉴别等领域。

由于中缅树鼩的基因组尚未被完全测序，并且目前已报道的微卫星分子标记数量较少且分布不均，因此需要进一步开展中缅树鼩微卫星分子标记的筛选和特征分析，以建立更为完整和可靠的中缅树鼩微卫星分子标记数据库，为中缅树鼩的遗传多样性研究和种系鉴别提供有力支持。

本研究拟采用先进的生物信息学技术，通过对中缅树鼩基因组序列的分析，快速、准确地筛选出微卫星分子标记，并对其多态性和遗传特征进行分析。

二、研究内容和方法（一）研究内容1.采集中缅树鼩样本，并分离DNA。

2.通过生物信息学分析，筛选出具有潜在微卫星位点的基因序列。

3.在潜在微卫星位点周围设计合适的引物，对中缅树鼩样本进行微卫星PCR扩增。

4.对PCR扩增产物进行聚合酶链式反应产品分析（Polyacrylamide gel electrophoresis，PAGE）。

5.对具有多态性的PCR产物进行二次PCR扩增，纯化、测序、定型，并对遗传多态性进行统计和分析。

（二）研究方法1.筛选微卫星位点：在中缅树鼩已知的EST序列、基因组数据中搜索潜在微卫星位点，确定重复序列长度在2-6 bp之间。

栉孔扇贝（Chlamysfarreri）微卫星标记的筛选及
应用的开题报告
研究背景：
栉孔扇贝是一种重要的经济贝类，广泛分布于中国沿海水域。

近年来，随着对其养殖和野生资源的开发利用，在其种质资源研究方面得到
了越来越多的关注。

微卫星分子标记具有遗传多样性高、位点多、分布
广等优势，已经成为分子遗传学领域的重要研究工具。

因此，利用微卫
星标记进行栉孔扇贝种质资源的遗传多样性分析和群体遗传结构研究，
可为其保护及改良育种提供重要理论支持。

研究内容：
本研究的目的是筛选适合栉孔扇贝的微卫星分子标记，并进行实验
验证和应用分析。

具体研究内容如下：
1. 对已有的栉孔扇贝基因组序列进行分析，筛选适合进行微卫星标
记设计的序列。

2. 根据筛选出来的序列，设计并合成微卫星引物，进行PCR扩增和电泳检测，筛选出具有多态性的微卫星标记。

3. 对筛选出来的微卫星标记进行测序和分析，评估其遗传多样性指标，如等位基因数、杂合度等。

4. 利用筛选出的微卫星标记对栉孔扇贝进行遗传多样性分析和群体
遗传结构研究。

研究意义：
本研究对栉孔扇贝群体遗传结构的分析和遗传多样性评估具有一定
的理论和实际意义。

通过对栉孔扇贝的微卫星标记进行筛选和应用分析，可以更好地了解其遗传背景和种群发展演化规律，为其保护和改良育种
提供科学依据和重要支持。

同时，本研究也为其他海洋经济动物的微卫星标记筛选和应用提供了借鉴和参考。

基于粪便DNA的中缅树鼩性别鉴定作者：谌立新梅丽张海姬侯东敏朱万龙王政昆来源：《绿色科技》2017年第22期摘要：指出了SRY基因是存在于哺乳动物雄性Y 染色体上的性别决定基因，对该基因的检测可以快速准确地判定性别。

利用分子粪便学方法从野外获取中缅树鼩粪便中提取到的基因组DNA，运用双重PCR同时扩增SRY基因和微卫星DNA后，经过电泳分析最终鉴定出了79只树鼩的性别。

关键词：中缅树鼩；粪便DNA；SRY基因；性别鉴定中图分类号：Q943文献标识码：A 文章编号：16749944（2017）220131031 引言在地球上现存的动物中，凡是靠有性生殖来繁衍后代的种类，大多有雌雄个体之别。

性别控制一直是人们所感兴趣的话题，在生物体内几乎都存在着性别决定系统，分化的雌雄两性无论在生理、行为、器官方面都存在显著差异，在某些低等的生物中还存在雌雄同体的情况，在某些物种中也有一些能进行孤雌生殖的物种仅仅只有一种性别的生物。

性别决定是通过遗传和环境的作用使个体建立性别的过程，性染色体就是与性别分化直接相关的染色体[1]。

动物的个体发育除了极低等的几种以外，多是从受精卵开始的，而性别决定与分化基本上是在胚胎时期就已完成，对于不同动物而言，其性别决定的影响因子也各不相同，因此，生物的性别决定一直在生物学中是令人感兴趣的研究领域，但决定性别分化的机制是比较复杂的，是由遗传、环境和生理因素相互作用的结果[2]。

1959年，Facobs提出哺乳动物的Y染色体在性别分化中起决定性作用[3]，于是许多科学家将目光聚集到雄性动物的Y染色体上，直至1990年，英国学者Sinclair在其研究中发现哺乳动物Y染色体的短臂边缘存在决定性别的片段即SRY基因。

1991年，Koopman将含有SRY 基因的Y染色体片段注入雌性小鼠胚胎中，最终导致了雌性小鼠生殖原基退化逐步发育为雄性，证明了SRY基作为哺乳动物的性别决定基因[4]。

SRY基因被定义为Y染色体性别决定序列，广泛存在于哺乳动物包括有袋目动物雄性Y染色体上，但它在动物Y染色体上的位置、大小、结构都不尽相同。

应用RAPD标记技术对树鼩遗传多样性的分析黎家敏;李海燕;李婧潇;王新兴;孙晓梅;代解杰【摘要】目的建立树鼩RAPD(random amplified polymorphic DNA)遗传标记分析方法,了解中缅树鼩种群的遗传多样性.方法采用PCR技术对40条随机引物进行优化,筛选出能有效用于树鼩群体遗传分析的RAPD位点,对48只树鼩个体的基因组DNA进行PCR扩增,并应用Popgene 1.32与RAPDistance Package Version 1.04等软件进行数据处理,分析树鼩的群体遗传特性.结果 20个RAPD引物共检测到113个位点,平均每个引物可扩增出5.65个位点,其中多态位点数为69个(占61.1%).个体间的遗传相似系数平均为0.8307,个体间遗传距离在0.09～0.27之间,平均遗传距离为0.1693.雄性群体的遗传多态度(H0)(0.1864)略高于雌性群体(0.1470),平均遗传多态度(Hpop)为0.1667;树鼩遗传多态度所占的比例在群体内为48.29%,而雌、雄群体间为51.71%.NJ法进行聚类分析得出T15、T33和T47号树鼩个体聚类成一大类,其余45只树鼩个体聚成另一大类,雌、雄个体呈相互交叉现象.结论实验所筛选的随机引物可有效用于中缅树鼩种群的遗传结构分析.本树鼩群体具有较好的遗传多样性.【期刊名称】《中国比较医学杂志》【年(卷),期】2010(020)002【总页数】7页(P34-40)【关键词】树鼩;RAPD;遗传标记;遗传多样性【作者】黎家敏;李海燕;李婧潇;王新兴;孙晓梅;代解杰【作者单位】中国医学科学院北京协和医学院,医学生物学研究所,昆明,650118;中国医学科学院北京协和医学院,医学生物学研究所,昆明,650118;中国医学科学院北京协和医学院,医学生物学研究所,昆明,650118;中国医学科学院北京协和医学院,医学生物学研究所,昆明,650118;中国医学科学院北京协和医学院,医学生物学研究所,昆明,650118;中国医学科学院北京协和医学院,医学生物学研究所,昆明,650118【正文语种】中文【中图分类】R394.3树鼩（Tupaia belangeri，tree shrew）在分类学上属哺乳纲，有胎盘类，是一个独立的目，称为攀鼩目（Scandentia），主要分布在热带和亚热带，如东南亚的印度恒河北部、缅甸和越南等地，以及我国云南、广西和海南等地［1］，中国现野生树鼩仅有1个种—中缅树鼩，6个亚种。

中缅树鼩分子标记方法的建立及其遗传多样性分析
的开题报告
一、研究背景
中缅树鼩是一种分布在亚洲东南部地区的小型哺乳动物，被列为国
家一级保护动物。

该物种受到森林砍伐、土地利用变更等因素的威胁，
已经面临濒危的境地。

为了制定有效的保护策略，了解中缅树鼩的遗传
多样性和保护地区的遗传结构十分必要。

二、研究内容
本研究主要包括两个部分：
1. 中缅树鼩分子标记方法的建立
通过文献调查和实验测试，选择适合中缅树鼩的分子标记方法，建
立一套数据完整、可重复的分子标记系统。

具体而言，我们将考虑采用microsatellite（微卫星）和SNP（单核苷酸多态性）两种标记方法，分别设计引物和测序方案，进行实验测试，并根据结果进行优化和标准化。

2. 中缅树鼩遗传多样性分析
在建立分子标记系统的基础上，我们将收集中缅树鼩样本，包括野
外捕获和人工饲养样本。

利用PCR技术、基因测序等方法，获取中缅树
鼩的分子遗传数据，并进行遗传多样性分析。

具体而言，我们将关注中
缅树鼩的基因多样性、种内遗传变异、遗传分化和群体遗传结构等方面。

三、研究意义
本研究的意义主要在于：
1. 为中缅树鼩的保护和管理提供科学依据，了解中缅树鼩的遗传多
样性和遗传结构，有助于制定有效的保护策略。

2. 建立一套可重复、有效、数据完整的分子标记系统，为中缅树鼩的后续遗传研究提供基础和工具。

3. 对于分子标记技术的应用和优化具有一定的参考价值。