海岸带沉积物中氮循环功能微生物多样性
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海洋中微生物的多样性与生物地球化学循环海洋占地表面积的71%以上,其中微生物是海洋生态系统中不可或缺的组成部分之一。
微生物包括细菌、古菌、病毒、真菌等种类众多的生物群落。
在海洋生态系统中,微生物的多样性高,数量大,功能复杂,对于维持海洋的生物地球化学循环和生态系统的平衡具有重要作用。
1. 微生物的多样性海洋生态系统中细菌和古菌所占生物多样性的比例非常大。
它们分解了海洋浮游有机物的一部分并转化为溶解态有机碳和营养盐,进而为海洋食物链的其他生物提供了营养物质。
海洋中的细菌和古菌的数量和种类都非常多,不同的生存环境中会有不同菌种的存在,例如深海区域会有嗜温菌、热泉有嗜热菌等。
此外,病毒是海洋微生物群落中非常重要的一部分,它们在细菌和古菌种群的控制中起着至关重要的作用。
2. 微生物在生物地球化学循环中的作用海洋生态系统中的微生物在生物地球化学循环中发挥着非常重要的作用。
其中最主要的就是海洋碳循环和氮循环。
(1) 碳循环海洋中的微生物通过分解细胞残骸和有机物,释放出大量的二氧化碳到海水中。
同时,微生物又可以通过光合作用的反作用把二氧化碳转化为有机物,提高海洋的碳同化能力。
除此之外,微生物还通过碳同化作用把细菌体内的有机物转化为溶解态有机碳,形成食物链下层的巨大碳库,其中大约有90%的有机质来自于微生物世界。
(2) 氮循环微生物在氮循环中扮演着非常重要的角色,包括硝化细菌、反硝化细菌、固氮细菌和蓝藻等。
其中,硝化细菌通过氨氧化、亚硝化反应,将氨作为底物氧化成为亚硝酸和硝酸盐,提高海洋的溶解态氮含量;反硝化细菌可以还原硝酸盐和亚硝酸盐为氮气和二氧化氮,同时还可以利用有机物质代替硝酸盐和亚硝酸盐进行反硝化作用;固氮细菌利用分子氮转化为氨,提高了海洋的氨含量,同时又为植物提供了氮源。
3. 微生物的生态适应性海洋中微生物群落生存所面临到的种种压力,例如高盐度、低温度、高压力以及不同的生境中存在的高热流、低热流等,为微生物的生态适应性进一步加强提供了可能。
湛江湾沉积物中氨氧化微生物的丰度、多样性和分布特征阳雯娜;董宏坡;侯庆华;李雁群;陈法锦;周欣;毛铁墙【摘要】[Objective]To analyze the abundance and biodiversity of ammonia-oxidizing archaea (AOA) and ammonia-oxidizing bacteria (AOB) from sediments of Zhanjiang Bay.[Method]Molecular ecological approach was used. [Results]The number of AOA amoA ranged from 3.23×105to 5.27× 106copies·g-1(in dry deposit soil,the same below)while that of AOB amoA ranged from 2.99×104to 1.06×107copies·g-1. Their average abundance was almost equal. However, when only the subtidal zone was considered,the abundance of AOA amoA gene was higher than that of AOB amoA gene for most of sites. In combination with significant positive correlation between AOA amoA gene and ammonium concentration or total organic carbon, we speculated that AOA dominated the ammonia oxidation in subtidal zone of Zhanjiang Bay. The diversity of AOA in sites close to sewage outfalls of plants and aquaculture zone was higher that other sites, whereas the trend of AOB was opposite. It suggest that AOA had higher adaptive capacity for environments with pollutants than AOB. Phylogenetic analysis found that 88% of AOA amoA sequences were affiliated with Group I.1a of marine AOA cluster,and the dominants were a new clade of AOA. In subtidal zone, Nitrosospira was the dominant AOB while Nitrosomonas was the dominant AOB in intertidal zone. CCA analysis showed that community structures of AOA and AOB was significantly influenced by salinity and pH. [Conclusion]Distribution patterns ofammonia-oxidizing microorganisms in sediments of Zhanjiang Bay was closely correlated with several environmental factors including ammonium, total organic carbon, salinity and pH.%[目的]分析湛江湾沉积物中氨氧化古菌(AOA) 和氨氧化细菌 (AOB) 的丰度与多样性.[方法]采用分子生态学方法.[结果]AOA amoA基因丰度范围为3.23×105~5.27×106copies·g-1(以干土计),AOB amoA基因丰度范围为2.99×104~ 1.06×107copies·g-1(以干土计),两者平均丰度差别不大;但对于潮下带,大部分站位AOA amoA基因丰度高于AOB,且与氨氮和有机碳含量显著正相关.在工厂排污口和养殖区AOA多样性高于其他站位,而AOB 则相反,说明AOA对环境污染物有更强的适应能力.系统发育分析显示,88%的AOA amoA序列属于海洋簇Group I.1a,优势类群是一类喜热带气候的AOA新分支;潮下带亚硝化螺菌属AOB为优势种群,而潮间带亚硝化单胞菌属AOB为优势种群.CCA分析表明,盐度和pH显著影响湛江湾AOA与AOB的群落结构.[结论]湛江湾沉积物中氨氧化微生物的分布与氨氮、总有机碳、盐度、pH等多种环境因子密切相关.【期刊名称】《广东海洋大学学报》【年(卷),期】2018(038)002【总页数】10页(P37-46)【关键词】氨氧化微生物;基因;amoA;丰度;多样性;分布;沉积物;湛江湾【作者】阳雯娜;董宏坡;侯庆华;李雁群;陈法锦;周欣;毛铁墙【作者单位】广东海洋大学食品科技学院;广东海洋大学海洋与气象学院,广东湛江524088;广东海洋大学海洋与气象学院,广东湛江 524088;广东海洋大学海洋与气象学院,广东湛江 524088;广东海洋大学食品科技学院;广东海洋大学海洋与气象学院,广东湛江 524088;广东海洋大学海洋与气象学院,广东湛江 524088;广东海洋大学海洋与气象学院,广东湛江 524088【正文语种】中文【中图分类】X172;Q938.1氨氧化是硝化过程的限速步骤,通过与反硝化过程的耦合,可清除河口或海湾10% ~ 80%的人类活动产生的氮污染,减轻水体的富营养化[1]。
中国边缘海沉积物中厌氧氨氧化细菌群落的分子检测的开题报告1. 研究背景和意义边缘海是地球系统中重要的海洋区域,其在全球海洋循环、气候变化和生态系统中发挥着重要作用。
边缘海生态系统中的微生物群落是控制生态系统功能和物质转化的关键因素之一。
厌氧氨氧化(Anammox)细菌是边缘海生态系统中一类重要的微生物,能够利用氨和亚硝酸盐直接产生氮气,从而在环境中去除氮污染。
因此,研究边缘海中厌氧氨氧化细菌的群落结构和多样性是了解氮循环过程、地球生态系统演化和氮污染治理的关键问题。
2. 研究内容和方法本研究旨在利用分子生物学技术,分析中国边缘海沉积物中的厌氧氨氧化细菌群落结构和多样性。
具体研究内容包括:(1)采集中国边缘海不同海域沉积物样品,提取样品中的细菌DNA。
(2)利用厌氧氨氧化细菌16S rRNA基因特异引物,PCR扩增样品中的厌氧氨氧化细菌16S rRNA基因序列。
(3)构建厌氧氨氧化细菌16S rRNA基因文库,并利用高通量测序技术进行文库测序,获取边缘海沉积物中厌氧氨氧化细菌群落的多样性信息。
(4)利用生物信息学方法分析厌氧氨氧化细菌群落的物种组成、丰度分布和功能特征等。
3. 预期结果和意义本研究通过分子生物学技术分析中国边缘海沉积物中厌氧氨氧化细菌群落的多样性和群落结构,预计可以获得以下结果:(1)明确中国边缘海不同海域厌氧氨氧化细菌的物种组成和丰度分布情况。
(2)探讨厌氧氨氧化细菌群落在不同海域之间和不同海域内的差异和相似性,揭示边缘海不同区域厌氧氨氧化细菌群落的生态特征。
(3)分析边缘海沉积物中厌氧氨氧化细菌群落的功能特征,揭示厌氧氨氧化细菌在氮循环和环境污染控制中的作用。
该研究有助于深入了解中国边缘海海洋生态系统中厌氧氨氧化细菌的分布、多样性和生态功能,为边缘海环境治理和生态系统保护提供理论支持和科学依据。
微生物在近海氮循环过程中发挥着重要的作用,主要贡献有以下几点:
1.参与氮恒定过程:微生物可以通过氨氧化、氮氧化、硝化等过程将氮素从氨基酸、
尿素、尿素盐和氮氧化物中转化为氮气,使近海氮循环保持稳定。
2.促进氮汇过程:微生物可以将氮气吸收并转化为氨基酸和尿素盐等有机氮,促进近
海氮汇过程。
3.调节近海氮平衡:微生物可以通过影响氮氧化物的生成和消耗来调节近海氮平衡。
微生物在近海氮循环过程中的驱动机制主要包括以下几点:
1.光合作用:微生物的光合作用是其进行氮循环的主要驱动力。
2.氧气:微生物的氧气摄取量对其氮循环的影响较大。
当氧气浓度较高时,微生物往
往选择氮氧化作用;当氧气浓度较低时,微生物往往选择氨氧化作用。
3.氮源:微生物的氮源需要与其生长的其他因子相协调。
当氮源充足时,微生物往往
会优先选择氮氧化作用;当氮源缺乏时,微生物往往会优先选择氨氧化作用。
4.硝酸盐浓度:微生物的硝酸盐浓度也会影响其氮循环。
当硝酸盐浓度较高时,微生
物往往会优先选择硝化作用;当硝酸盐浓度较低时,微生物往往会优先选择氨氧化作用。
海洋沉积物微生物分解作用海洋是地球上最广阔的生态系统之一,其中的沉积物扮演着重要的角色。
海洋沉积物是指在海洋底部沉积的各种颗粒状物质,包括有机物和无机物。
这些沉积物中存在着大量微生物,它们在海洋生态系统中扮演着至关重要的角色。
本文将重点探讨海洋沉积物中微生物的分解作用。
一、海洋沉积物中微生物的多样性海洋沉积物中的微生物种类繁多,包括细菌、真菌、原生动物等。
这些微生物通过不同的代谢途径参与有机物和无机物的分解过程。
其中,细菌是海洋沉积物中最主要的微生物群体,其代谢活动对有机物的降解至关重要。
此外,真菌在海洋沉积物中也扮演着重要的角色,它们能够分解各种有机物,促进养分的循环利用。
二、有机物的分解过程海洋沉积物中的有机物主要来源于死亡的海洋生物、植物残体以及陆地输入。
这些有机物经过微生物的分解作用,逐渐降解为简单的有机物和无机物。
细菌是海洋沉积物中最主要的分解者,它们通过产生各种酶类来降解复杂的有机物,将其转化为可被其他生物利用的物质。
这一过程促进了养分的循环,维持了海洋生态系统的平衡。
三、无机物的转化过程除了有机物的分解,海洋沉积物中的微生物还参与了各种无机物的转化过程。
例如,硫氧化细菌能够将硫化物氧化为硫酸盐,促进硫循环的进行;氮固氮细菌能够将氮气还原为氨,提供植物生长所需的氮源。
这些微生物的代谢活动在海洋沉积物中形成了复杂的物质转化网络,维持了海洋生态系统的稳定性。
四、微生物对海洋环境的影响海洋沉积物中微生物的分解作用对海洋环境具有重要的影响。
首先,微生物的分解作用促进了有机物和无机物的循环利用,维持了海洋生态系统的平衡。
其次,微生物的代谢活动产生了大量的二氧化碳和甲烷等气体,参与了海洋碳循环的过程。
此外,微生物还能够降解一些有毒物质,净化海洋环境,保护海洋生物的生存。
五、未来展望随着对海洋生态系统的深入研究,人们对海洋沉积物中微生物的分解作用有了更深入的理解。
未来,我们可以通过进一步研究海洋沉积物中微生物的多样性和功能,探索其在海洋生态系统中的作用机制,为保护海洋环境、维护海洋生态系统的稳定性提供更多的科学依据。
海洋生态系统的氮与碳循环研究在大自然中,海洋生态系统的氮与碳循环占据着至关重要的地位。
氮与碳是构成生命的基本元素,它们的循环不仅影响着生物活动的运作,而且也对全球环境的生态平衡和气候变化产生着深远的影响。
一. 氮循环的重要性1.1 氮元素在生命中的作用氮元素是构成生命体的重要元素之一,它是蛋白质、核酸、氨基酸等生物分子的主要组成部分。
同时,氮还是植物生长的关键元素,它对植物的生长、发育、花果的形成等方面都有着重要作用。
鱼类、虾蟹等海洋生物也需要摄取氮元素来维持生命。
1.2 海洋生态系统中氮循环的重要性海洋中通过食物链的循环,氮元素不断地被摄取、释放和转化。
由于海水中的氮元素存在形式多样,其循环过程也十分复杂。
在海洋生态系统中,氮循环不仅对维持生态系统平衡和生物多样性起着至关重要的作用,还对全球碳循环产生着间接的影响。
1.3 海洋生态系统中的氮循环氮循环在海洋生态系统中主要是通过氨氧化、硝化、反硝化和生物群落内摄取等过程进行的。
氨氧化是将氨氮转化成亚硝酸盐的过程,它是一种由硝化菌完成的氧化反应。
硝化是将亚硝酸盐和氧氧化成硝酸盐的氧化反应。
反硝化是将硝酸盐还原成亚硝酸盐和氮气的过程。
海洋生物通过食物链的吞噬和尸体产生的氮元素也是海洋生态系统中氮循环的重要组成部分。
二. 碳循环的重要性2.1 碳元素在生命中的作用碳元素是生物体内的基本成分,是构成有机物质的元素之一。
无论是动物还是植物,都需要摄取碳元素才能进行生命的过程。
同时,在大气中,二氧化碳是温室气体之一,同时也是植物进行光合作用必不可少的物质。
2.2 海洋生态系统中碳循环的重要性海洋生态系统是全球碳循环的重要组成部分之一。
在海洋中,碳循环主要包括有机碳、无机碳、二氧化碳等的转化和交换。
海洋吸收了全球大气中的约30%的二氧化碳,这对于全球碳循环和大气中二氧化碳浓度的控制具有重要作用,同时也对生态系统的稳定起着重要作用。
2.3 海洋生态系统中碳循环的过程碳在海洋中的循环过程主要包括碳的吸收、转化和释放三部分。
氮循环微生物群落组成结构氮循环是地球生物圈中至关重要的循环之一,它涉及到氮的转化和利用过程,对维持生态系统的稳定和生物多样性起着重要作用。
而氮循环的关键是微生物群落,它们在氮的循环中发挥着重要的角色。
本文将从不同角度探讨氮循环微生物群落的组成结构。
氮循环微生物群落的组成是多样的。
在氮固定过程中,一些特定的微生物如根瘤菌和蓝绿藻能够将大气中的氮转化为植物可利用的形式。
在氨化过程中,氨氧化细菌和硝化细菌将氨氧化为亚硝酸和硝酸盐。
在脱氮过程中,反硝化细菌能够还原硝酸盐并释放出氮气。
这些微生物共同协作完成氮的转化和利用,形成一个复杂而丰富的微生物群落。
氮循环微生物群落的组成受到环境条件的影响。
不同的环境条件会选择不同的微生物群落进行氮的转化和利用。
例如,在富氧条件下,氨氧化细菌和硝化细菌可以充分发挥作用,而在缺氧条件下,反硝化细菌会占据主导地位。
此外,土壤的pH值、湿度、温度等因素也会对微生物群落的组成产生影响。
因此,了解环境条件对微生物群落的影响是研究氮循环微生物群落组成结构的重要方面。
氮循环微生物群落的组成可以反映生态系统的健康状况。
一些研究表明,生态系统中氮循环微生物群落的多样性和丰富度与生态系统的稳定性和功能有着密切的关系。
例如,高度多样的微生物群落可以提供更多的功能基因,从而增强生态系统对外界干扰的抵抗能力。
此外,一些特定的微生物群落还可以促进植物生长和养分吸收,进一步影响生态系统的结构和功能。
深入研究氮循环微生物群落的组成结构对于合理利用氮资源和保护生态环境具有重要意义。
通过了解微生物群落的组成,可以选择合适的微生物进行生物修复和生物肥料的研发,从而提高氮的利用效率和农作物产量。
此外,通过调控微生物群落的组成,还可以减少氮肥的使用量,减轻对环境的负面影响。
因此,深入研究氮循环微生物群落的组成结构具有重要的理论和应用价值。
氮循环微生物群落的组成结构是多样的,并受到环境条件的影响。
了解微生物群落的组成可以反映生态系统的健康状况,并为合理利用氮资源和保护生态环境提供科学依据。
生物多样性 2013, 21 (4): 433–444 Doi: 10.3724/SP.J.1003.2013.12027 Biodiversity Science http: //——————————————————收稿日期: 2013-01-30; 接受日期: 2013-05-06基金项目: 中科院重要方向性项目(No. KZCX2-YW-JC203; KSCX2-EW-G-12B)、国家自然科学基金项目(No. 41206155)和山东省自然科学杰出青年基金(JQ201210) ∗通讯作者 Author for correspondence. E-mail: jgong@海岸带沉积物中氮循环功能微生物多样性龚 骏1* 宋延静1,2 张晓黎11 (中国科学院烟台海岸带研究所微生物生态与物质循环实验室, 山东烟台 264003)2 (中国科学院大学, 北京 100049)摘要: 海岸带生境类型多样, 环境梯度明显, 是研究微生物多样性、群落结构与功能关系及调控机制的天然实验场。
沉积物是海岸带环境中营养盐再生与转化发生的重要场所, 其中多种微生物类群在氮素循环过程中扮演重要角色。
本文重点介绍海岸带沉积物中固氮菌、氨氧化菌、厌氧氨氧化菌、反硝化与硝酸盐铵化微生物的基于16S rRNA 基因的物种多样性和基于关键酶基因nifH 、amoA 、narG 、nirS 、nirK 、nosZ 、nrfA 、hzo 、hzs 等的功能多样性; 总结了在海岸带特有生境(如河口、潮间带、海草藻床、红树林、盐沼、珊瑚礁、浅海等)及污染胁迫、生物扰动等条件下各功能类群的群落组成特征及时空变化规律, 并提出今后需要重点关注新的培养技术和方法的开发, 以进一步提高微生物的可培养性, 将单细胞基因组测序与分析技术、DNA 和RNA 结合起来研究, 以全面了解氮循环微生物多样性、参与介导硝酸盐铵化过程的微生物多样性等方面。
关键词: 分子生态, 功能基因多样性, 海洋底栖生物, 群落组成, 物种多样性, 系统分类Phylogenetic and functional diversity of nitrogen cycling microbes in coastal sedimentsJun Gong 1*, Yanjing Song 1,2, Xiaoli Zhang 11 Laboratory of Microbial Ecology and Matter Cycles, Yantai Institute of Coastal Zone Research, Chinese Academy of Sciences, Yantai, Shandong 2640032 University of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100049Abstract: The coastal zone contains diverse habitats which are usually characterized by strong environ-mental gradients (e.g. salinity, nutrients and pollutants). This makes the coastal zone an ideal experimental laboratory for describing microbial diversity and testing hypotheses on community structure, function and control. Coastal sediment is of significance in nutrient regeneration and transformation involving different assemblages of microbes in the nitrogen cycle. This review focuses on 16S rRNA gene-based phylogenetic diversity and the key enzyme encoding gene-based (e.g. nifH , amoA , narG , nirS , nirK , nosZ , nrfA , hzo and hzs ) functional diversity of nitrogen fixing, ammonia oxidizing and anaerobic ammonia oxidation (Anam-mox) bacteria as well as bacteria and fungi involved in denitrification and dissimilatory nitrate reduction to ammonium (DNRA). Characteristics of community composition and diversity of nitrogen cycling microbes in different habitats (e.g. estuarine, intertidal flats, seagrass or seaweed beds, mangroves, salt marsh, coral reefs, and shallow seas), and their spatiotemporal patterns under benthic pollution or bioturbation are re-viewed. Future directions for a better understanding diversity of nitrogen cycling microbes are suggested, such as culture methods and technologies, and single-cell sequencing, etc.Key words: community composition, functional genes, functional diversity, marine benthos, molecular ecology, phylogenetic diversity, phylogenetic classification生物多样性对生态系统功能与服务至关重要(Cardinale, 2011; Midgley, 2012), 物种共存机制在多样性与生态系统功能关系的形成中扮演着重要角色(张全国和张大勇, 2003)。
微生物在全球生物地434 生物多样性 Biodiversity Science第21卷球化学循环中发挥着重要功能, 其中微生物介导的氮循环过程可影响全球变化并对其作出响应(沈菊培和贺纪正, 2011; 杜建国等, 2012)。
但目前大部分微生物都不能在实验室中获得培养, 因此微生物生态学研究多将微生物群落当作“黑箱”来看待。
基于分子标记(如16S rRNA基因、关键酶基因等)的一系列分子方法克服了环境中大多数微生物不能成功培养的难题, 如今已成为微生物群落结构与多样性研究的常用工具(郭良栋, 2012)。
越来越多的研究证明, 微生物的群落结构、多样性与其功能具有紧密联系, 在海洋微生物多样性与氮循环研究中也不例外(Zehr & Kudela, 2011)。
新发现的氮循环参与者如氨氧化古菌、厌氧氨氧化菌, 引发了对它们在不同生态系统中多样性、功能与贡献的进一步研究, 从而使整个微生物氮循环途径不断被改写, 使全球氮收支被更新(Beman et al., 2007; Groβkopf et al., 2012)。
近年来, 有关海陆交汇带区域的氮循环微生物分子生态学研究方兴未艾, 这与海岸带生态系统在全球碳氮循环中的重要地位及其面临的若干重大生态环境问题有一定的关系。
地球上约1/3的海洋初级生产力来自大陆架及海岸带环境; 由于海岸带区域(河口、潮滩、湿地、浅海等)水位较浅, 浮游植物产生的有机质约50%沉到海底, 并且大部分被沉积物中的微生物所分解, 因此海岸带沉积物在全球物质循环中起着重要的作用(Jørgensen, 1996)。
沉积物中微生物的活动在很大程度上控制着海洋生物可利用氮的输入和输出, 进而对初级生产发挥着重要的调节作用(Driscoll, 2003)。
海岸带生境虽各有特色, 但在空间上呈网络式联系, 微生物转化氮的步骤虽较多但也常紧密耦合, 因此, 需要全景式地展示海岸带系统中氮循环微生物的多样性、功能与贡献。
最近, 我们综述了近海沉积物中微生物氮转化过程的速率、通量、丰度及调控机制(龚骏和张晓黎, 2013), 本文则重点介绍以分子标记为主要手段的研究成果, 总结海岸带沉积物中固氮、氨氧化、反硝化、硝酸盐铵化和厌氧氨氧化功能类群的物种与功能多样性、群落组成特征及时空变化规律。
1固氮菌30年前, 一般认为海洋环境中底栖微生物固定的氮贡献了大部分的“新”氮(15 Tg N/yr), 而水体中浮游细菌固定的氮只占一小部分(4.8 Tg N/yr)(Capone & Carperter, 1982)。
此后浮游固氮微生物的研究对其固氮贡献的估计提高了约20–40倍(Karl et al., 2002)。
近来, 利用改进同位素示踪法(Mohr et al., 2010)测定固氮速率的结果显示, 海洋微生物的固氮贡献被大大低估。
新老方法在结果上的差异与微生物群落组成相关(Groβkopf et al., 2012), 因此底栖固氮微生物的多样性及其贡献有待重估。
海洋环境中固氮微生物种类众多, 根据16S rRNA基因的分析, 蓝细菌/蓝藻(Cyanobacteria)、α-, β-, γ-, δ-变形菌纲(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)的多个类群是近岸底栖环境中常见的固氮菌。
除细菌之外, 某些甲烷氧化古菌(ANME-2)同样具有固氮作用(Miyazaki et al., 2009)。
由于固氮菌各类群间亲缘关系较远, 基于16S rRNA基因的分析不能反映它们的功能, 而固氮酶铁蛋白基因(如nifH)较为保守, 且已知的nifH基因序列非常丰富, 因此nifH成为研究环境样品中固氮菌多样性最常用的分子标记。
根据nifH的系统发育可将固氮微生物分为5个主要的类群(Clusters I–V), 每一类群又分成若干子类, 与固氮菌16S rRNA基因具有较好的类群对应关系(Zehr et al., 2003; Raymond et al., 2004)。