aptamer introduction核酸适配体的介绍
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202学术论丛核酸适配体及其在化学领域的相关应用王致浩青岛17中摘要:化学是自然科学中的一种,根据其相关规律的研究和创新,能够创造出新物质的科学。
化学能够充分融入到各种先进的学科当中,并且对其他相关技术的发展具有一定推动作用。
本文根据对核酸适配体的研究,着重分析了其在化学领域当中的重要应用,及其相关应用成果。
关键词:化学领域;核酸适配体;筛选技术引言:现代文明的发展和科学的应用与创新,都在不断推动着民众生活水平和质量的提升。
其中相关学者在化学领域的有关应用,也在不同程度地促进现代科学的发展,以及各个领域的科学完善。
例如,核酸适配体在化学领域中的应用,具有十分重要的现实应用价值。
本文通过对核酸适配体的研究和应用,以及其在化学领域中取得的相关研究成果进行分析和阐述。
一、核酸适配体概述核酸适配体,简而言之就是通过人工手段合成的脱氧核糖核酸(DNA)或核糖核酸(RNA)。
Aptamer(核酸适配体)通常情况下是由10-100个碱基(Base)组成,在与靶标进行适当的结合时,会通过Base配对之后形成稳定的二级结构,例如Hairpin、G-四聚体等,在此类结构中Base也是促进靶标结合的重要组成部分。
相关材料还表明,Aptamer的作用与靶标的作用并不是单纯的同一种作用力,而是有多种不同的作用力共同起作用的结果[1]。
二、核酸适配体的筛选方法(一)传统筛选方法受先进科学研究技术不断进步的影响,对核酸适配体的研究和筛选方式也逐渐成熟。
其中传统的核酸筛选方式,究其根本,是以构建较大容量Aptamer文库为基本原理,之后通过靶标与Aptamer之间的相互作用,采用先进的科学分离方式将Aptamer中与靶标结合或未结合的分子互相分离,之后洗脱收集,最后进行光电导继电器反应,成就核酸适配体指数富集。
在重复多次操作之后,最终得到具有有效的特异性和高亲和力的靶分子结合核酸适体[2]。
(二)改进筛选方法基于传统的筛选方式进行深入的研究和创新,最终得出改进的Aptamer筛选方式,这种方式是根据具体应用目的和相关要求进行的适当改进。
2016年4月Vol.34No.4April2016ChineseJournalofChromatography361 369多尺度靶标的核酸适配体筛选研究进展专栏·专论与综述DOI:10.3724/SP.J.1123.2015.05001收稿日期:2015-05-05*通讯联系人.E-mail:qufengqu@bit.edu.cn.基金项目:国家自然科学基金项目(21175011,21375008);北京市科学技术研究院青年骨干计划项目;“十二五”农村领域国家科技计划课题(2011BAD26B040406).Foundationitem:NationalNaturalScienceFoundationofChina(Nos.21175011,21375008);YouthPlanofBeijingAcademyofScienceandTechnology;TwelfthFive-Year-PlaninNationalScienceandTechnologyfortheRuralDevel-opment(No.2011BAD26B040406).小分子靶标的核酸适配体筛选的研究进展王勇1,赵新颖1,2,石冬冬3,杨歌1,屈锋1*(1.北京理工大学生命学院,北京100081;2.北京市理化分析测试中心,有机材料检测技术与质量评价北京市重点实验室,北京100089;3.中国农业科学院饲料研究所,北京100081)摘要:核酸适配体(aptamer)是通过指数富集配体系统进化(SELEX)技术筛选得到的核糖核酸(RNA)或单链脱氧核糖核酸(ssDNA)。
核酸适配体通过高亲和力特异性地识别小分子、蛋白质、细胞、微生物等多种靶标,在生物、医药、食品和环境检测等领域的应用日渐增多。
但目前实际可用的核酸适配体有限,其筛选过程复杂,筛选难度大,制约了其应用。
与生物大分子、细胞和微生物等靶标不同,小分子靶标与核酸分子的结合位点少、亲和力弱,且靶标通常需要固定在载体上。
Aptamers•适配体(aptamer)是指利用指数富集的配体系统进化(SELEX)技术,从人工合成的寡核苷酸文库中筛选获得的能够与靶分子特异结合的短单链DNA和RNA分子。
筛选得到的适配体可以与DNA,RNA,蛋白质或其它靶分子结合,影响这些靶分子的性质,从而起到改变与靶分子相关的生物学功能的效果。
•1.高亲和性•2.高特异性支持RNA为生命起源的三个假说:一、如果我们能找到完全或者主要依赖RNA进行生命活动的生物;二、如果在现存生物的基因组里找到负责基本生命活动的功能性RNA的"痕迹";三、如果我们能够从随机RNA序列库中筛选到能够完成基本生命活动的RNA序列。
1、Tuerk C, Gold L. 1990. Systematic evolution of ligands by exponential enrichment: RNA ligands to bacteriophage T4 DNA polymerase.Science 249:505–102、Ellington AD, Szostak JW. 1990. In vitro selection of RNA molecules that bind specific ligands.Nature 346:818–221.Ellington和Szostak创造了适配体(aptamer)这个名词,以指代从SELEX技术中针对靶标系统进化出的核酸配体。
2.Tuerk和Gold描述了提出并命名了SELEX技术。
S ystematic E volution ofL igands by E xponentiale nrichment指数富集的配体系统进化技术——基本流程:1.设计并人工合成单链寡核苷酸文库2.文库与靶分子结合3.将与靶分子结合的适配子分离出来4.扩增分离出的适配子成次级文库5.再与靶分子结合进行下一次筛选6.克隆、测序适配体抗体体外体内靶分子范围极广靶分子具有免疫原性不易产生免疫反应易产生免疫反应适配体siRNA靶分子存于胞内靶分子存于胞内或胞外通过碱基互补作用多种作用力形式表现症状:痢疾、呕吐和腹部疼痛据报道10 -1000000个菌体细胞就可引起食物中毒引起的食物中毒事件的沙门氏菌前3 位依次为:肠炎沙门氏菌(S.enteritidis)鼠伤寒沙门氏菌(S.typhimurium)鸭沙门氏菌(S. anatum)沙门氏菌属属于肠杆菌科(Enterbac teriaceal)•Kaccffmamn-White Scheme 系统根据体细胞,鞭毛和荚膜抗原的差异把沙门氏菌分为不同血清群或血清型•根据发酵不同糖的能力,抗生素抵抗力,噬菌体类型和质粒特征来划分应用传统的检测方法整个过程需要48-72h利用快速检测技术与富集培养基技术(SELEX)相结合能使整个过程所需时间减少•以活的肠炎沙门氏菌作为产生分子探针的靶标,建立一个单链DNA文库。
核酸适体aptamer:一种具有潜力的肿瘤药物“靶向配基”核酸适体(aptamer)可描述为化学抗体,是用配体指数富集法系统进化(SELEX)技术筛选获得的单链DNA或RNA,借其自身形成的空间结构与靶标分子特异性识别,具有靶分子广、亲和力高、特异性强、易改造修饰等特点。
本文简述核酸适体作为肿瘤药物“靶向配基”的应用研究。
标签:核酸适体;靶向配基;肿瘤药物肿瘤的靶向疗法是利用特异性“靶向配基”的介导,将药物或其他杀伤肿瘤的物质选择性地运送到肿瘤部位、选择性地杀伤肿瘤细胞以提高治疗效果的一种治疗方法。
近年来国内外核酸适体(aptamer)介导的主动靶向给药研究成为热点。
核酸适体(aptamer)是经过一种新的体外筛选技术(systematic evolution of ligands by exponential enrichment,SELEX),从随机单链寡聚核苷酸文库中得到的能特异结合蛋白或其他小分子物质的单链寡聚核苷酸,可以是RNA,也可以是DNA,长度一般为25~60个核苷酸[1]。
SELEX技术自Tuerk等[2]1990年发明以来,在临床诊断、靶向药物研制方面得以广泛应用。
首个核酸适配体药物”Macugen”[3]由美国FDA在2005年批准上市,成为核酸适配体领域的一个里程碑。
美国Achemix、SomaLogic,德国Noxxon AG等多个公司正在开发核酸适配体药物和诊断试剂。
肿瘤细胞靶向给药是提高肿瘤治疗效果减少毒副作用的有效途径。
将药物偶联于肿瘤细胞特异性配体上是靶向给药的主要方法。
核酸能特异性结合细胞并且随之内化,是理想的靶向细胞输送剂。
核酸适体“靶向配基”介导或修饰的药物及药物纳米制剂,为主动靶向肿瘤细胞给药系统构建开拓了新方向。
本文简要综述适体作为肿瘤药物“靶向配基”的应用研究。
1 核酸适体作为肿瘤药物“靶向配基”的优势具有高特异性与亲和性“靶向配基”的筛选,是制约主动靶向给药系统研究的瓶颈[4-5]。
核酸适配体的功能
摘要:
一、核酸适配体的概念与组成
1.核酸适配体的定义
2.核酸适配体的组成
二、核酸适配体的功能与应用
1.核酸适配体的功能
2.核酸适配体的应用领域
三、核酸适配体的研究现状与前景
1.研究现状
2.发展前景
正文:
核酸适配体是一种由核酸(通常是RNA)组成的具有特定功能的分子。
它们通过与目标分子(如蛋白质、小分子等)结合来实现其功能。
核酸适配体具有许多优点,如结构可预测、合成容易、功能多样等,因此被广泛应用于生物学、化学和医学等领域。
核酸适配体的功能主要取决于其结构。
通过碱基互补配对原则,核酸适配体可以形成稳定的三维结构,从而实现对目标分子的特异性识别。
这种特异性结合能力使得核酸适配体在许多领域具有广泛的应用。
例如,在医学领域,核酸适配体可以作为药物递送载体,将药物精确地输送到病变部位,从而提高治疗效果并减少副作用。
此外,核酸适配体还可以用于生物传感、疾病诊断和治
疗等方面。
近年来,核酸适配体的研究取得了重大进展,许多新的研究成果不断涌现。
然而,核酸适配体研究仍面临许多挑战,如结构预测的准确性、功能筛选的效率等。
核酸适体-捕获探针预杂交修饰制备免标记腺苷电化学传感器徐欢;郭小玉;文颖;杨海峰【摘要】核酸适体(Aptamer)是单链寡核苷酸片段,对靶分子具有高亲和力和高特异性,具有常规识别分子(如抗体和酶)所不具备的一些优点,该文基于核酸适体制备了一种用于检测腺苷的免标记电化学传感器.将腺苷的核酸适体与带巯基的捕获探针通过硫-巯键组装到金电极表面,用6-巯基己醇(MCH)作为缺陷探针封闭电极表面,得到的MCH/Aptamer-Capture/Au界面,构筑的电化学传感器对腺苷具有特异性识别功能,检测腺苷的线性范围为l×l0-6mol/L~2.5×10-4 mol/L,检测限为0.1 μmol/L,相对标准偏差(R.S.D)为2.0%.该传感器对腺苷的检测具有灵敏度高、检测范围宽、制作简便、成本低,并且具有良好的选择性和重现性.【期刊名称】《化学传感器》【年(卷),期】2014(034)004【总页数】7页(P20-26)【关键词】免标记;适体;金电极;电化学传感器;腺苷【作者】徐欢;郭小玉;文颖;杨海峰【作者单位】上海师范大学生命与环境科学学院化学系,上海200234;上海市位育初级中学,上海200031;上海师范大学生命与环境科学学院化学系,上海200234;上海师范大学生命与环境科学学院化学系,上海200234;上海师范大学生命与环境科学学院化学系,上海200234【正文语种】中文核酸适体(也称核酸适配体或核酸适配子),是一类由RNA或DNA碱基组成的单链寡核苷酸片段,对靶分子具有较高亲和力和特异性。
它是由一种名为指数富集配体系统进化的体外筛选技术(简称SELEX技术)[1~4],在试管中得到不同分析物的核苷酸片段,方法类似于单克隆抗体。
核酸适体与常规识别分子(如抗体和酶)相比具备一些优点:如可商业化的体外化学合成、良好的化学稳定性以及热变性的可回复性、结构的可修饰性、易保存等;稳定性上比抗体稳定、另外核酸适体具有明显优势和互补性[5]。
核酸适配体名词解释
核酸适配体(Aptamer)是指通过指数富集的配体系统进化技术(Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment,SELEX)筛选得到的能够与靶标分子高特异性、高亲和力结合的寡核苷酸序列。
核酸适配体通常是由几十个核苷酸组成的单链 DNA 或 RNA 分子,可以通过 Watson-Crick 碱基互补配对原则与靶标分子结合,形成特定的三维结构,从而发挥生物学功能。
核酸适配体的优点包括:亲和力高、特异性强、制备简单、稳定性好、生物相容性好等。
因此,核酸适配体在生物医学、环境监测、食品安全等领域具有广泛的应用前景。
例如,核酸适配体可以用于药物研发、疾病诊断、生物传感器、分子探针等方面。
在药物研发中,核酸适配体可以作为药物的靶向分子,提高药物的选择性和疗效;在疾病诊断中,核酸适配体可以作为生物标志物,用于检测疾病相关分子;在生物传感器中,核酸适配体可以作为识别元件,用于检测各种分析物。
适配体(Aptamer) 是一种经体外筛选技术得到的寡核苷酸序列,与相应的配体有严格的识别能力和高度的亲和力,大小一般约6~40 kDa。
单链寡核苷酸,特别是RNA 的一些二级结构,如发夹、茎环、假节、凸环、G-四聚体等,可使核酸分子形成多种三维结构,成为适配体与靶物质特定区域结合的基础,二者之间的结合主要通过“假碱基对”的堆积作用、氢键作用、静电作用和形状匹配等产生高特异性的结合力。
适配体具有高特异性、靶分子广、易于体外合成和修饰等优点,已经在基础研究、临床诊断和治疗中显示了广阔的应用前景。
1核酸适配体的特点1.1适配体的大小大多数情况下,应用的适配体应尽可能的小,以使成本更低,可以更容易和靶标结合等。
因为功能RNA 折叠能力是有限的,适配体的最小长度通常比可控的空间序列大,而且,从体外筛选过程最初得到的适配体约50 个碱基,包括用于扩增和转录的两侧固定序列区和中间随机序列。
重组缺失分析、印记和体外合成法可以用于确定绑定于靶标所需的最短核苷酸的大小。
1.2适配体的靶标物质大量的体外筛选已经表明筛选出的适配体可以特异地结合任何靶标,包括小的离子、核苷酸(例如ATP)、肽、大的糖蛋白(例如CD4)、病毒粒子、细胞、甚至组织适配体结合靶标有一定的特点:适配体绑定蛋白质的位点有一定的偏嗜性1.3适配体的亲和力适配体和靶标的亲和力变化范围很大,一般和小分子的亲和力相对比较低,适配体与典型核酸分子结合的亲和力在纳摩尔范围,与核蛋白结合的亲和力约为2 nmol;免疫球蛋白家族所包括的蛋白质筛选出的适配体亲和力在2~40 nmol 之间。
1.4适配体的特异性研究发现与靶标有高亲和力的适配体多数可以表现为高特异性,可以区别有相似酶活性的不同酶类,然而,适配体也只是在一定程度上具有特异性,有时也可以非特异地识别非靶标物质。
例如辅酶A 的适配体也能够识别AMP2核酸适配体的应用2.1核酸适配体在病毒方面的应用SELEX 技术发展至今,已针对广泛类型的病毒靶分子如逆转录酶、解螺旋酶、核衣壳蛋白和调节因子等筛选出了各自的适体。
Aptamers•适配体(aptamer)是指利用指数富集的配体系统进化(SELEX)技术,从人工合成的寡核苷酸文库中筛选获得的能够与靶分子特异结合的短单链DNA和RNA分子。
筛选得到的适配体可以与DNA,RNA,蛋白质或其它靶分子结合,影响这些靶分子的性质,从而起到改变与靶分子相关的生物学功能的效果。
•1.高亲和性•2.高特异性支持RNA为生命起源的三个假说:一、如果我们能找到完全或者主要依赖RNA进行生命活动的生物;二、如果在现存生物的基因组里找到负责基本生命活动的功能性RNA的"痕迹";三、如果我们能够从随机RNA序列库中筛选到能够完成基本生命活动的RNA序列。
1、Tuerk C, Gold L. 1990. Systematic evolution of ligands by exponential enrichment: RNA ligands to bacteriophage T4 DNA polymerase.Science 249:505–102、Ellington AD, Szostak JW. 1990. In vitro selection of RNA molecules that bind specific ligands.Nature 346:818–221.Ellington和Szostak创造了适配体(aptamer)这个名词,以指代从SELEX技术中针对靶标系统进化出的核酸配体。
2.Tuerk和Gold描述了提出并命名了SELEX技术。
S ystematic E volution ofL igands by E xponentiale nrichment指数富集的配体系统进化技术——基本流程:1.设计并人工合成单链寡核苷酸文库2.文库与靶分子结合3.将与靶分子结合的适配子分离出来4.扩增分离出的适配子成次级文库5.再与靶分子结合进行下一次筛选6.克隆、测序适配体抗体体外体内靶分子范围极广靶分子具有免疫原性不易产生免疫反应易产生免疫反应适配体siRNA靶分子存于胞内靶分子存于胞内或胞外通过碱基互补作用多种作用力形式表现症状:痢疾、呕吐和腹部疼痛据报道10 -1000000个菌体细胞就可引起食物中毒引起的食物中毒事件的沙门氏菌前3 位依次为:肠炎沙门氏菌(S.enteritidis)鼠伤寒沙门氏菌(S.typhimurium)鸭沙门氏菌(S. anatum)沙门氏菌属属于肠杆菌科(Enterbac teriaceal)•Kaccffmamn-White Scheme 系统根据体细胞,鞭毛和荚膜抗原的差异把沙门氏菌分为不同血清群或血清型•根据发酵不同糖的能力,抗生素抵抗力,噬菌体类型和质粒特征来划分应用传统的检测方法整个过程需要48-72h利用快速检测技术与富集培养基技术(SELEX)相结合能使整个过程所需时间减少•以活的肠炎沙门氏菌作为产生分子探针的靶标,建立一个单链DNA文库。