演示文稿教你使用数据库
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数据库使用ppt课件
通过“Form”图标实现，可区分同分异构体 .
化学物质检索
通过“Browse”或“Search”实现，母体相同的化 合物被分散开来。
通过“Subst”图标实现，有利于衍生物 的族 性 检索。
CA onCD的增强功能
CA on CD的增强功能主要表现在以下几个方面： 进行串连检索、储存检索提问、在感兴趣记录 处加书签、输出CASDDS原文订购标准格式。 Goto 当光标在某CAS号处单击‘Goto’可以看这 一CAS号的相关化合物的物质信息。 NextLink 在检出的文献中快速定位到CAS号处。 SrchSel 把检索结果中选择的Word项(标题、文 摘、关键词)的某词作进一步连接检索。
光盘数据库的使用
计算机检索技巧
1、布尔逻辑检索
或 OR（+）、与 AND（*）、非 NOT（-）
2 、位置运算符
with 、near 、sentence 、 in
3、截词符 * ？ 4 、限制检索
字段限制
光盘检索
CAS CA on CD(Windows版) IPA(菜单检索、 Dialog指令检索） EM、Medline、BA、BA/RRM、SCI (WINSPIRS 检索系统) Dissertation Abstracts(UMI ProQuest) 中国生物学文献数据库、CPICD（浏览菜 单检索、指令检索）
DDSMK 把标记过的ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ录以标准CASDDS原文索取格式储存
Clear 清屏
题录
全记录格式
文摘
关键词 索引
全记录 题录
题录和文摘
基本专 利
等同专利
高级检索 高级检索
“S化ub学s物t” 质等级名称 检索
化学物质检索
通过“Browse”或“Search”实现，母体相同的化 合物被分散开来。
通过“Subst”图标实现，有利于衍生物 的族 性 检索。
CA onCD的增强功能
CA on CD的增强功能主要表现在以下几个方面： 进行串连检索、储存检索提问、在感兴趣记录 处加书签、输出CASDDS原文订购标准格式。 Goto 当光标在某CAS号处单击‘Goto’可以看这 一CAS号的相关化合物的物质信息。 NextLink 在检出的文献中快速定位到CAS号处。 SrchSel 把检索结果中选择的Word项(标题、文 摘、关键词)的某词作进一步连接检索。
光盘数据库的使用
计算机检索技巧
1、布尔逻辑检索
或 OR（+）、与 AND（*）、非 NOT（-）
2 、位置运算符
with 、near 、sentence 、 in
3、截词符 * ？ 4 、限制检索
字段限制
光盘检索
CAS CA on CD(Windows版) IPA(菜单检索、 Dialog指令检索） EM、Medline、BA、BA/RRM、SCI (WINSPIRS 检索系统) Dissertation Abstracts(UMI ProQuest) 中国生物学文献数据库、CPICD（浏览菜 单检索、指令检索）
DDSMK 把标记过的ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ录以标准CASDDS原文索取格式储存
Clear 清屏
题录
全记录格式
文摘
关键词 索引
全记录 题录
题录和文摘
基本专 利
等同专利
高级检索 高级检索
“S化ub学s物t” 质等级名称 检索
数据库基础与应用演示讲稿.ppt
数据库基础与应用
• 主教材： • 《数据库基础与应
用》（新版）
• 教师：
• 吴旻倩 • 电话答疑：
• 13807056518
数据库基础与应用演示讲稿
1
学习方法
• 面授 • 演示 • 自学 • 作业 • 实验 • 复习
数据库基础与应用演示讲稿
2
内容简介
• 介绍数据库基本原理、基本概念
• 介绍数据库应用系统的设计方法
数据库基础与应用演示讲稿
8
• 信息与数据（信息是人们消化理解了的数据，是对客观世界的认识，即知识）
• 出生日期 年龄 年龄>50
– 原始数据 二次数据 信息
传播
数据 收集
处理１
处理２
信息
通信
数据存储 数据存储
数据库基础与应用演示讲稿
9
计算机数据管理的发展
• 计算机数据管理随着计算机硬件、软件
数据库基础与应用演示讲稿
17
• 数据库（DB）是通用化的相关数据 集合，它不仅包括数据本身，而且 包括相关数据之间的联系。库中的 数据不只面向特定的应用程序，而 是面向多种应用，可以被多个用户、 多个应用程序共享。
• 为数据库的建立、使用和维护而配 置的软件称为数据库管理系统 DBMS。它是在操作系统支持下运 行的。
• 数据库技术主要研究：如何存储、 使用和管理数据。
数据库基础与应用演示讲稿
4
• 数据与数据处理的概念
• 数据是人们描述客观事物及其活 动的抽象符号表示，是人们相互 之间进行思想文化交流的工具。
• 是指存储在一种媒体上的符号资 料。
• 符号有多种形式，例如：出生日 期 “１９７８年６月２５日” 等同于 “０６／２５／７８”
• 主教材： • 《数据库基础与应
用》（新版）
• 教师：
• 吴旻倩 • 电话答疑：
• 13807056518
数据库基础与应用演示讲稿
1
学习方法
• 面授 • 演示 • 自学 • 作业 • 实验 • 复习
数据库基础与应用演示讲稿
2
内容简介
• 介绍数据库基本原理、基本概念
• 介绍数据库应用系统的设计方法
数据库基础与应用演示讲稿
8
• 信息与数据（信息是人们消化理解了的数据，是对客观世界的认识，即知识）
• 出生日期 年龄 年龄>50
– 原始数据 二次数据 信息
传播
数据 收集
处理１
处理２
信息
通信
数据存储 数据存储
数据库基础与应用演示讲稿
9
计算机数据管理的发展
• 计算机数据管理随着计算机硬件、软件
数据库基础与应用演示讲稿
17
• 数据库（DB）是通用化的相关数据 集合，它不仅包括数据本身，而且 包括相关数据之间的联系。库中的 数据不只面向特定的应用程序，而 是面向多种应用，可以被多个用户、 多个应用程序共享。
• 为数据库的建立、使用和维护而配 置的软件称为数据库管理系统 DBMS。它是在操作系统支持下运 行的。
• 数据库技术主要研究：如何存储、 使用和管理数据。
数据库基础与应用演示讲稿
4
• 数据与数据处理的概念
• 数据是人们描述客观事物及其活 动的抽象符号表示，是人们相互 之间进行思想文化交流的工具。
• 是指存储在一种媒体上的符号资 料。
• 符号有多种形式，例如：出生日 期 “１９７８年６月２５日” 等同于 “０６／２５／７８”
《使用数据库》说课稿
《使用数据库》说课稿《使用数据库》说课稿各位评委，各位老师：大家好！我说课的题目是：《使用数据库》。
主要分为四个方面来说课,分别是说教材、说学生、说教法、说教学过程。
一、说教材⑴本节作用和地位:数据库管理是指应用数据库技术对信息资源进行管理,通过开发相应的数据库应用系统,实现某类信息资源的组织、存储和管理，提供录入、查询、修改、删除、统计和打印等功能，帮助人们完成计划、组织、控制、决策等系统活动。
⑵本节第一部分，教材中共设置了3个任务：一是学生自主选择一个数据库应用系统，了解数据库应用系统的主要功能和特点；二是使用和分析搜索引擎，了解其在管理大量数据与检索信息方面的优势；三是使用在线数据库应用系统检索信息，对查询的资料进行统计和分析，并对资料的准确性、丰富性和权威性等进行评价和讨论。
第二部分，使用数据库管理信息的优势。
主要阐述信息资源管理的基本工作过程和使用数据库应用系统的优势。
二、说学情：本节内容对学生可以说陌生，但又有感性认识，因为学生在日常生活中对会计做账，聊天，网络游戏有些认识，但他们对数据库的基本工作原理及功能知之甚少，缺乏了解。
因此，教学中，课前出除了要吃透教材之外，还要准备相关的资料，供学生开阔视野之用。
三、说教学策略任务1的目的是让学生对数据库存储、管理大量数据并实现高效检索方面的优势有一个新的认识。
因此我选择一个具体的学籍管理信息系统进行分析，目的是让学生了解系统的主要功能及特点，任务2中，对于搜索引擎使用的分析与评价，应于第二章第二节有区别，李节是引导学生了解搜索引擎是如何组织和管理信息的，它的信息是如何添加并为使用者提供检索的等等。
任务3中老师可以有一些自由度了，可以让学生上在线数据库，注册、登陆进行信息检索。
学习目标：通过使用常见的数据库应用系统，感受到用数据库存储、管理大量数据并实现高效检索的优势。
学习重难点：认识到数据库存储、管理数据及高效检索的优势。
学习方法：讲解＋练习。
高一信息技术教学课件：使用数据库
数据的排序P57
通常情况下，数据是按输入的先后顺序进行排 列的。这样的排列不利于查找某些特定的记录。如 果将记录按某种次序排列或筛选出来，查找工作便 能较方便地完成。 例如：要查找获得最高分的作品，可先将记录 按分数由高到低排列。 排序是根据数据表中某个或多个字段的值对表 中所有记录按升序或降序进行重新排列。ຫໍສະໝຸດ 建立数据表之间的关系P36
ACCESS数据库是多个数据表的集合。我们
可以在数据表之间建立联系，从而将各表中 的数据关联起来，实现多个相关表之间的数 据连接。
创建关系的操作步骤
1. 2. 3.
4.
5.
打开数据库文件； 单击 “关系”按钮； 在“显示表”窗口内添加所 需的数据表。添加成功后关 闭“显示表”窗口； 鼠标左键按住某数据表用 于创建关系的字段，拖曳至 另一数据表的对应字段上， 会弹出“编辑关系”对话框。 单击“编辑关系”对话框的 “创建”按钮，完成关系的 创建。
例：筛选出小学组的网页设计类别的作品。
例：筛选出小学组的网页设计类别的 作品。
准则的确定 相关字段：作品类别----用于指定“网页设计” 类 选手编号----用于指定“小学组” （小学组编号首位为1----like “1*”）
本节任务
1. 2.
3.
对“中小学信息技术大赛”数据库完成以下 操作并重命名后，以提交文件的方式上交。 将“参赛作品表”按“作品得分”降序排列； 通过“参赛选手表”的“选手编号”字段， 创建“参赛选手表”与“参赛作品表”之间 的关系; 筛选出“参赛作品表”中的中学组一等奖的 记录并保存。（提示:中学组的选手编号首 位为2）.
数据的排序操作步骤
打开数据库文件；
打开需排序的数据所在的数据表；
5.2使用数据库PPT
怎么去买？
二、体验数据库应用系统（一）
任务一： 校本课程管理系统。录入校本课程和选修学生情况 的信息，根据条件查找并统计相关信息，了解系统的主要 功能和特点。
三、体验数据库应用系统（二）
任务一：
使用和分析搜索引擎，了解搜索引擎在管理大量数据及其 高效检索信息方面的优势。 要求：各小组选择主题和搜索引擎进行检索，填写表5-5。
第二节 使用数据
库
制作者：吴巧玲
在上一节课，我们认识了信息资源管 理，介绍了几种信息资源管理的方法，其 中有一个是使用数据库进行信息资源的管 理。这节课，我们来进一步学习使用数据 库。
一、数据库管理与手工管理信息的比较分析
组织结构 储存的结构、介质与数量 管理与维护 共享性 检索与统计
在众多的信息资源管理方法中，数据 库及其管理、应用系统是目前信息资源管
理的一种有效方法。它们在信息的收集、
存储、加工、管理等方面，为人们提供方
便、快捷和高效的服务，以帮助人们进行
计划、组织、控制、决策等一系列的活动。
案例一：
同学们都有到超市买过东西，那有没有尝
试过网上购物Biblioteka ？比如说我们想在网上买手机，任务二：
使用在线数据库检索信息，了解在线数据库管理信息及其 检索信息的优势。
要求：各小组自选主题（如“海洋动物”、“粤菜”等）
和要访问的在线数据库（如“中国自然资源数据库”、“国家 百科全书网”等），讨论填写表5-6、5-7。
四、信息资源管理的基本过程
组织和存储信息
维护和备份信息
提供信息查询和统计功能 开发新的信息资源
通过网络实现信息的高度共享，提供高效
的检索服务。
五、使用数据库应用系统的优势
MySQL基础教程演示文稿
第16页，共715页。
1.1.3 结构化查询语言SQL
结构化查询语言（Structured Query Language或简称为SQL）是一种应用最为广泛的关 系数据库语言，该语言定义了操作关系数据库的 标准语法，几乎所有的关系数据库管理系统都支 持SQL。
第17页，共715页。
学习重点
第18页，共715页。
course(course_no,course_name,up_limit,description,status) teacher(teacher_no,teacher_name,teacher_contact)
classes(class_no,class_name,department_name)
个字段的组合（这种情况称为复合主键）。 （2）表中主键的值具有唯一性且不能取空值
（NULL）；当表中的主键由多个字段构成时，每 个字段的值都不能取NULL。
主键设计技巧，请参看本书内容。
第36页，共715页。
1.4.2 为每张表定义一个主键
student(student_no,student_name,student_contact）
王五 马六 田七
17000000000 18000000000 19000000000
NULL 2 2
班级classes表
reference class_no class_name department_name
reference
1 2012自动化1班 机电工程
reference
2 2012自动化2班 机电工程
关系数据库设计技术
第21页，共715页。
1.2.3 “选课系统”概述
退课
调课
限于篇幅，在不 影响“选课系统”核
1.1.3 结构化查询语言SQL
结构化查询语言（Structured Query Language或简称为SQL）是一种应用最为广泛的关 系数据库语言，该语言定义了操作关系数据库的 标准语法，几乎所有的关系数据库管理系统都支 持SQL。
第17页，共715页。
学习重点
第18页，共715页。
course(course_no,course_name,up_limit,description,status) teacher(teacher_no,teacher_name,teacher_contact)
classes(class_no,class_name,department_name)
个字段的组合（这种情况称为复合主键）。 （2）表中主键的值具有唯一性且不能取空值
（NULL）；当表中的主键由多个字段构成时，每 个字段的值都不能取NULL。
主键设计技巧，请参看本书内容。
第36页，共715页。
1.4.2 为每张表定义一个主键
student(student_no,student_name,student_contact）
王五 马六 田七
17000000000 18000000000 19000000000
NULL 2 2
班级classes表
reference class_no class_name department_name
reference
1 2012自动化1班 机电工程
reference
2 2012自动化2班 机电工程
关系数据库设计技术
第21页，共715页。
1.2.3 “选课系统”概述
退课
调课
限于篇幅，在不 影响“选课系统”核
PPT连接access数据库并读取内容
1、打开powerpoint删去幻灯片的两个框框选择后按下delete 即可下一步，调出vb绘制一个textbox到幻灯片点击控件后，鼠标放到幻灯片变为十字形状，按下左键绘制一个区域用同样的方法放置两个按钮如图所示修改左侧按钮显示的文字对左侧按钮右键，选择属性修改caption值即可。
同理修改右侧按钮显示内容。
对查询数据库信息按钮右键选择查看代码打开代码视图要想连接access数据库需要引用选择工具—引用勾选microsoft activex data objects 2.0 点击确定代码框输入Dim rs As New ADODB.RecordsetDim cn As New ADODB.ConnectionDim constring, sql, jieguo As Stringconstring = "provider=microsoft.jet.oledb.4.0;" & "data source=" & "ppt.mdb;"cn.ConnectionString = constringcn.Opensql = "select * from users"jieguo = ""Debug.Print sqlrs.Open sql, cn, adOpenStatic, adLockOptimisticDo While Not rs.EOFjieguo = jieguo & "姓名：" & rs("name").Value & " 性别：" & rs("sex") & " 爱好：" & rs("hobby") & vbCrLfrs.MoveNextLooprs.CloseSet rs = NothingTextBox1.Text = jieguo同样的步骤，在清空显示内容按钮上面写代码然后保存即可。
wps实现数据库功能的方法
wps实现数据库功能的方法（原创实用版4篇）《wps实现数据库功能的方法》篇1WPS(Writer, Presentation, Spreadsheets) 是一款办公软件套件，其中Spreadsheets 提供了类似于Excel 的表格处理功能，可以用于创建和编辑数据库。
以下是在WPS 中实现数据库功能的方法：1. 创建数据库文件：在WPS 中打开Spreadsheets，然后创建一个新的工作表。
在工作表中，你可以使用常见的数据库术语和符号，如“列”、“行”、“数据类型”等来描述你的数据。
2. 定义数据模型：在WPS 中，你可以使用“数据模型”功能来定义数据之间的关系和结构。
通过数据模型，你可以创建实体、属性、关系等，以便更好地管理数据。
3. 创建数据透视表：WPS 中的“数据透视表”功能可以帮助你汇总和分析大量数据。
你可以选择一个或多个数据区域，并使用数据透视表功能进行汇总和分析。
4. 实现数据对接：WPS 中的“数据对接”功能可以帮助你将数据从一个位置传输到另一个位置。
例如，你可以将数据从一个工作表传输到另一个工作表或数据库中。
5. 使用查询功能：WPS 中的“查询”功能可以帮助你检索和过滤数据。
通过查询，你可以快速找到符合特定条件的数据，并可以使用多种查询条件和运算符进行过滤和排序。
总之，虽然WPS 并不是一款专门的数据库软件，但它提供了许多功能，可以帮助你管理和处理数据。
《wps实现数据库功能的方法》篇2WPS(Writer, Presentation, Spreadsheets) 是一款办公软件套件，它包括文字处理器、演示文稿制作工具和电子表格软件。
要使用WPS 实现数据库功能，您可以使用WPS Spreadsheets。
以下是使用WPS Spreadsheets 实现数据库功能的一些方法：1. 创建数据库连接：在WPS Spreadsheets 中，您可以创建一个数据库连接，将数据从数据库中获取并将其显示在电子表格中。
数据库实用教程创建和操作数据库PPT教案
➢ 此时开始创建数据库，并在弹出的对话框 中显示创建数据库的进度，如图2-17所示。
第22页/共45页
➢ （10）系统弹出对话框提示输入创建数据 库的公司信息，单击“确定”按钮，弹出 “我的公司信息”窗体，向其中输入信息 后，如图2-18所示。
第23页/共45页
➢ （11）关闭窗体后，弹出“主切换面板”窗体，如图2-19所示， 用户可根据需要选中复选框，然后进行数据输入，完成数据库的 操作。
➢ （3）在弹出的“文件 新建数据库”对话框中 设置数据库的保存位置 和名称，即在“保存位 置”下拉列表框中选择 要保存的位置，在“文 件名”下拉文本框中输 入要保存的数据库名字， 如图2-3所示。
第5页/共45页
➢ （4）单击“创建”按钮，即创建了如图24所示的名称为“学生管理”的空数据库。
第6页/共45页
2.1.2 根据现有文件创建数据库
➢ 有时候我们要创建的数据库可能与已经 存在的文件构造相似，这时候就可以利用 已有的文件创建数据库，而不必从头设计。
第7页/共45页
➢ （1）单击图2-2所示的“新建文件”任务 窗格“新建”栏中的“根据现有文件”选 项，弹出“根据现有文件新建”对话框， 如图2-5所示。
➢ 下面我们以创建“学生管理”数据库为 例讲解直接创建空数据库的步骤，具体操 作步骤如下。
第2页/共45页
➢ （1）启动 Access2003应用 程序，在菜单栏 上单击“文 件”→“新建” 选项，如图2-1所 示，或单击“数 据库”工具栏上 第3页/共45页 的“新建”按钮，
➢ （2）在弹出的 “新建文件”任 务窗格中，包括 “新建”、“模 板”、“最近所 用模板”3个选项 栏，如图2-2所示。 单击“新建”栏 第4页/共45页 中“空数据库”
如何使用数据库管理数据(ppt 29页)
第六章 数据资源管理技术
第一节 传统文件环境下的数据整理
❖ 一、文件组织名称与概念
❖ 计算机系统以层级的方法组织数据，从位、字节，进而到字段、记录、文件
到数据库，如图6.1所示。位代表计算机可处理的最小单位数据。一组位称之
为一个字节，代表单一字符，可以是字母、数字或其他符号。一组字符组成
一个字、一组文字或一套完整的数字(例如人的名字或年龄)，称之为一个字
❖ 理想的数据库环境中，数据库的数据只被定义一次，便可使用于所有的 应用程序中，以消除重复或是不一致的数据。应用程序由DBMS的数据 操纵语言与传统的程序设计语言组合写成，从数据库中请求数据元素。 当应用系统向数据库要求数据元素，DBMS会找出所呼叫的数据元素并 传回。
❖ DBMS可以减少程序开发和维护的成本，以及程序与数据的相互依赖性 。信息的可用性提高了，因为使用者与程序设计师可以执行偶发性的数 据查询。DBMS可以让组织集中管理、使用并安全维护它们的数据。
❖ DBMS分开了数据逻辑与实体观点，使程序设计师或最终使用者无须 了解实际上数据被存放在哪儿及如何存放。数据库管理软件可以让实 体观点通过不同的应用程序表现出不同的逻辑观点。
❖ 数据库管理系统由三个部分组成。
(1) 数据定义语言
(2) 数据操纵语言
(3) 数据字典
❖ 数据定义语言是规范的语言，程序设计师以此来确定数据库内容和架 构。数据定义语言在数据被转换成应用程序所需的格式之前，定义数 据库的每个数据元素。
❖ DBMS的第三个部分是数据字典。它是自动化或人工文件，用以储存数 据元素的定义与数据特性，例如用法、实体表示法、所有权(哪位组织成 员应负责维护数据)、授权与安全性。很多数据字典可以产生数据使用、 数据组成、程序位置等的清单和报表。
第一节 传统文件环境下的数据整理
❖ 一、文件组织名称与概念
❖ 计算机系统以层级的方法组织数据，从位、字节，进而到字段、记录、文件
到数据库，如图6.1所示。位代表计算机可处理的最小单位数据。一组位称之
为一个字节，代表单一字符，可以是字母、数字或其他符号。一组字符组成
一个字、一组文字或一套完整的数字(例如人的名字或年龄)，称之为一个字
❖ 理想的数据库环境中，数据库的数据只被定义一次，便可使用于所有的 应用程序中，以消除重复或是不一致的数据。应用程序由DBMS的数据 操纵语言与传统的程序设计语言组合写成，从数据库中请求数据元素。 当应用系统向数据库要求数据元素，DBMS会找出所呼叫的数据元素并 传回。
❖ DBMS可以减少程序开发和维护的成本，以及程序与数据的相互依赖性 。信息的可用性提高了，因为使用者与程序设计师可以执行偶发性的数 据查询。DBMS可以让组织集中管理、使用并安全维护它们的数据。
❖ DBMS分开了数据逻辑与实体观点，使程序设计师或最终使用者无须 了解实际上数据被存放在哪儿及如何存放。数据库管理软件可以让实 体观点通过不同的应用程序表现出不同的逻辑观点。
❖ 数据库管理系统由三个部分组成。
(1) 数据定义语言
(2) 数据操纵语言
(3) 数据字典
❖ 数据定义语言是规范的语言，程序设计师以此来确定数据库内容和架 构。数据定义语言在数据被转换成应用程序所需的格式之前，定义数 据库的每个数据元素。
❖ DBMS的第三个部分是数据字典。它是自动化或人工文件，用以储存数 据元素的定义与数据特性，例如用法、实体表示法、所有权(哪位组织成 员应负责维护数据)、授权与安全性。很多数据字典可以产生数据使用、 数据组成、程序位置等的清单和报表。
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2. 序列从Refseq数据库中得到; 3. 详尽的注释信息，包括基因在基因组的定位，
基因名称、蛋白质名称，基因结构，等等。
UniProt
1. 专家审核的蛋白质序列数据与知识库； 2. UniProt Knowledgebase：Release 12.1，
2007.08 3. 包括：
Swiss-Prot Release 54.1 of 21-Aug-2007: 277883 entries;
演示文稿教你使用数据库
（优选）教你使用数 据库
生物信息学
第三讲：序列的采集、存储 和查询
本章内容提要
1. DNA测序 2. 序列数据的存储 3. 序列数据的文件格式 4. 序列数据的查询
1. DNA测序
1. DNA一次测序的长度为500bp。 2.基因组的测序方案：将大的染色体打断成100kbp的片断，
1. 核酸三大数据库：GenBank, EBI, DDBJ. 2. Ensembl数据库：基因组注释。 3. ESTs数据库； 4. UniGene数据库 5. Refseq数据库； 6. NCBI的Gene信息数据库; 7. 蛋白质序列：
Swissprot/TrEMBL/UniProt数据库。
1. 提供高质量的，无冗余的，完整的序列 信息；
2. 包括基因组的DNA,转录成的RNA以及蛋 白质序列信息。
3. 序列文件的标识符： DNA/RNA序列，NM_XXXXXX； 蛋白质序列：NP_XXXXXX
NCBI Gene
1. /sites/entrez?db=gene
2. 初步的功能分析：细胞周期，caspase酶 的抑制因子，等等。
NM_001168.2：Survivin
基因组测序：两种方案
1. DNA片段在染色体上的位置、方向已知。 首先染色体被打断成150kbp左右的片段， 然后克隆到BACs中，再进一步打碎，克隆， 测序，组装。
2. “鸟枪法”，shotgun，随机将DNA片段打 碎，克隆，测序，组装。DNA片段在染色 体上的位置和方向未知。
2. 序列数据的存储
Megablast: 找基因序列
输入序列
提交序列
NM_001168.2：Survivin
Geo: 基因表达信息
UniGene Gene info：基因信息
Survivin
Gene info: 17号染色体
功能注释：Gene Ontology
结论1
1. 该基因为人的Survivin基因，染色体定 位：17号染色体，73721872-73733311；基 因标识符：NM_001168.2;
三大数据库之间的联系
161.0版，2007.08
GenBank中测序最多的20个物种
dbEST: 表达序列标签数据库
2007.08，总序列45,660,524条，最多的20个物种如下
UniGene: An Organized View of the Transcriptom
Refseq数据库
TrEMBL Release 37.1 of 21-Aug-2007: 4754787 entries
Swiss-Prot Release 54.1
TrEMBL Release 37.1
3. 序列数据的文件格式
1. DNA/RNA/氨基酸代码的标识 2. GenBank数据格式 3. UniProt 4. FASTA
问题：
1. 这是哪个基因？ 2. 编码的蛋白质序列是怎样的？ 3. 有没有保守的功能结构域 (domain)？ 4. 它的功能是怎样的？ 5. 它在真核生物中保守吗？ 6. 有没有三级结构信息？
NCBI: BLAST
/
e blast
插入到BAC (Bacterial Artificial Chromosome)中。再随机打 断，克隆，然后再组装成长的序列(contig)。 3. EST (Expressed sequence tag) 测序：细胞中mRNA反转录 成cDNA，方向不定，测序。 4. UniGene: 为每一个基因创造一个唯一的条目，收集这个 基因所有的ESTs. 5. GSS (基因组测序序列)：类似于ESTs，来源基因组。 6. HTG (高通量基因组序列)：高通量、尚未完工的DNA序列。
CCCCTGCCTGGCAGCCCTTTCTCAAGGACCACCGCATCTCTACATTCAAGA ACTGGCCCTTCTTGGAGGGCTGCGCCTGCACCCCGGAGCGGATGGCCGA GGCTGGCTTCATCCACTGCCCCACTGAGAACGAGCCAGACTTGGCCCAGT GTTTCTTCTGCTTCAAGGAGCTGGAAGGCTGGGAGCCAGATGACGACCCC ATAGAGGAACATAAAAAGCATTCGTCCGGTTGCGCTTTCCTTTCTGTCAAGA AGCAGTTTGAAGAATTAACCCTTGGTGAATTTTTGAAACTGGACAGAGAAAG AGCCAAGAACAAAATTGCAAAGGAAACCAACAATAAGAAGAAAGAATTTGAG GAAACTGCGGAGAAAGTGCGCCGTGCCATCGAGCAGCTGGCTGCCATGGA TTGAGGCCTCTGGC
GenBank数据格式
Accession number
序列长度
数据类型
Definition: 标题
版本号
GI number
GenBank的数据类型
UniProt数据格式
Accession number
FASTA格式
4. 序列数据的查询
某天，Prof. Gene发现人的Hela细胞中，有丝分裂 期间有异常情况：细胞不再分裂，而是开始凋亡(表 型，phenotype)，通过实验的方法(例如，酵母双杂 交)，发现了与有丝分裂期间某个蛋白可能相互作用 的一个基因，测序结果如下(genotype)：
基因名称、蛋白质名称，基因结构，等等。
UniProt
1. 专家审核的蛋白质序列数据与知识库； 2. UniProt Knowledgebase：Release 12.1，
2007.08 3. 包括：
Swiss-Prot Release 54.1 of 21-Aug-2007: 277883 entries;
演示文稿教你使用数据库
（优选）教你使用数 据库
生物信息学
第三讲：序列的采集、存储 和查询
本章内容提要
1. DNA测序 2. 序列数据的存储 3. 序列数据的文件格式 4. 序列数据的查询
1. DNA测序
1. DNA一次测序的长度为500bp。 2.基因组的测序方案：将大的染色体打断成100kbp的片断，
1. 核酸三大数据库：GenBank, EBI, DDBJ. 2. Ensembl数据库：基因组注释。 3. ESTs数据库； 4. UniGene数据库 5. Refseq数据库； 6. NCBI的Gene信息数据库; 7. 蛋白质序列：
Swissprot/TrEMBL/UniProt数据库。
1. 提供高质量的，无冗余的，完整的序列 信息；
2. 包括基因组的DNA,转录成的RNA以及蛋 白质序列信息。
3. 序列文件的标识符： DNA/RNA序列，NM_XXXXXX； 蛋白质序列：NP_XXXXXX
NCBI Gene
1. /sites/entrez?db=gene
2. 初步的功能分析：细胞周期，caspase酶 的抑制因子，等等。
NM_001168.2：Survivin
基因组测序：两种方案
1. DNA片段在染色体上的位置、方向已知。 首先染色体被打断成150kbp左右的片段， 然后克隆到BACs中，再进一步打碎，克隆， 测序，组装。
2. “鸟枪法”，shotgun，随机将DNA片段打 碎，克隆，测序，组装。DNA片段在染色 体上的位置和方向未知。
2. 序列数据的存储
Megablast: 找基因序列
输入序列
提交序列
NM_001168.2：Survivin
Geo: 基因表达信息
UniGene Gene info：基因信息
Survivin
Gene info: 17号染色体
功能注释：Gene Ontology
结论1
1. 该基因为人的Survivin基因，染色体定 位：17号染色体，73721872-73733311；基 因标识符：NM_001168.2;
三大数据库之间的联系
161.0版，2007.08
GenBank中测序最多的20个物种
dbEST: 表达序列标签数据库
2007.08，总序列45,660,524条，最多的20个物种如下
UniGene: An Organized View of the Transcriptom
Refseq数据库
TrEMBL Release 37.1 of 21-Aug-2007: 4754787 entries
Swiss-Prot Release 54.1
TrEMBL Release 37.1
3. 序列数据的文件格式
1. DNA/RNA/氨基酸代码的标识 2. GenBank数据格式 3. UniProt 4. FASTA
问题：
1. 这是哪个基因？ 2. 编码的蛋白质序列是怎样的？ 3. 有没有保守的功能结构域 (domain)？ 4. 它的功能是怎样的？ 5. 它在真核生物中保守吗？ 6. 有没有三级结构信息？
NCBI: BLAST
/
e blast
插入到BAC (Bacterial Artificial Chromosome)中。再随机打 断，克隆，然后再组装成长的序列(contig)。 3. EST (Expressed sequence tag) 测序：细胞中mRNA反转录 成cDNA，方向不定，测序。 4. UniGene: 为每一个基因创造一个唯一的条目，收集这个 基因所有的ESTs. 5. GSS (基因组测序序列)：类似于ESTs，来源基因组。 6. HTG (高通量基因组序列)：高通量、尚未完工的DNA序列。
CCCCTGCCTGGCAGCCCTTTCTCAAGGACCACCGCATCTCTACATTCAAGA ACTGGCCCTTCTTGGAGGGCTGCGCCTGCACCCCGGAGCGGATGGCCGA GGCTGGCTTCATCCACTGCCCCACTGAGAACGAGCCAGACTTGGCCCAGT GTTTCTTCTGCTTCAAGGAGCTGGAAGGCTGGGAGCCAGATGACGACCCC ATAGAGGAACATAAAAAGCATTCGTCCGGTTGCGCTTTCCTTTCTGTCAAGA AGCAGTTTGAAGAATTAACCCTTGGTGAATTTTTGAAACTGGACAGAGAAAG AGCCAAGAACAAAATTGCAAAGGAAACCAACAATAAGAAGAAAGAATTTGAG GAAACTGCGGAGAAAGTGCGCCGTGCCATCGAGCAGCTGGCTGCCATGGA TTGAGGCCTCTGGC
GenBank数据格式
Accession number
序列长度
数据类型
Definition: 标题
版本号
GI number
GenBank的数据类型
UniProt数据格式
Accession number
FASTA格式
4. 序列数据的查询
某天，Prof. Gene发现人的Hela细胞中，有丝分裂 期间有异常情况：细胞不再分裂，而是开始凋亡(表 型，phenotype)，通过实验的方法(例如，酵母双杂 交)，发现了与有丝分裂期间某个蛋白可能相互作用 的一个基因，测序结果如下(genotype)：