蛋白质相互作用教学提纲

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蛋白质的结构与功能教学大纲

蛋白质的结构与功能教学大纲掌握蛋白质的定义及生物学的重要性。

蛋白质是由许多氨基酸通过肽键联系起来的高分子含氮化合物。

蛋白质在体内分布广、含量高，是生物体重要组成成分；具有重要的生物学功能；在体内氧化可提供能量。

第一节蛋白质的分子组成一、蛋白质的元素组成掌握蛋白质元素组成的特点、平均含氮量。

各种蛋白质含氮量平均为16%。

由于体内的含氮物质以蛋白质为主，因此只要测定生物样品中的含氮量就可以推算出蛋白质的大约含量。

二、氨基酸掌握氨基酸的定义、通式。

熟悉氨基酸的理化性质及分类。

含有氨基及羧基的有机化合物都可以叫做氨基酸。

组成蛋白质的基本单位是氨基酸（AA），氨基酸具有两性解离的特性。

在某一pH溶液中，氨基酸解离成阳离子和阴离子的趋势及程度相等，成为兼性离子，呈电中性，此时溶液的pH称为该氨基酸的等电点（pI）。

三、肽掌握肽键的概念，熟悉肽链、肽的概念，了解生物活性肽。

肽键是由氨基酸的α-羧基与相邻的另一AA的α-氨基脱水缩合形成的连接键。

氨基酸通过肽键相连形成多肽链。

肽链仅仅指一种结构，而不是化合物。

由许多氨基酸组成的肽链称为多肽链（polypeptide chain）；由于组成多肽链的氨基酸已不是完整的氨基酸分子，因此，多肽链中的氨基酸被称为氨基酸残基。

氨基酸缩合成多肽链后，只在两端有自由的α-氨基和α-羧基，它们分别称为氨基末端（N-端）和羧基末端（C-端）。

肽是由氨基酸通过肽键缩合形成的化合物，具有一定的功能。

由两个氨基酸残基形成的肽叫二肽，三个氨基酸残基形成的肽称为三肽。

10个以内的氨基酸残基形成的肽叫寡肽；10个以上的氨基酸残基形成的肽叫多肽。

人体内存在许多具有生物活性的肽，有的仅是三肽，有的属于寡肽或多肽，在神经传导、代谢调节等方面起着重要作用。

如谷胱甘肽、多肽类激素及神经肽等。

四、蛋白质的分类了解蛋白质的分类。

根据蛋白质组成成分可分成单纯蛋白质和结合蛋白质。

根据形状分为纤维状蛋白和球状蛋白。

蛋白质的结构与功能教案

蛋白质的结构与功能教案一、教学目标1. 了解蛋白质的基本概念及其在生物体中的重要性。

2. 掌握蛋白质的结构组成，包括氨基酸、肽链和三级结构。

3. 理解蛋白质的功能多样性，如酶、结构蛋白、运输蛋白等。

4. 探究蛋白质结构与功能之间的关系。

5. 培养学生的实验操作能力和科学思维。

二、教学内容1. 蛋白质的基本概念1.1 蛋白质的定义1.2 蛋白质在生物体中的作用2. 蛋白质的结构组成2.1 氨基酸的结构与分类2.2 氨基酸的脱水缩合反应2.3 肽链的盘曲折叠形成三级结构3. 蛋白质的功能多样性3.1 酶的作用及其与蛋白质的关系3.2 结构蛋白的功能与例子3.3 运输蛋白的功能与例子4. 蛋白质结构与功能之间的关系4.1 结构决定功能的原则4.2 蛋白质结构与功能相适应的例子5. 实验操作与科学探究5.1 蛋白质的提取与分离实验5.2 蛋白质功能实验（如酶活性测定）三、教学方法1. 采用问题驱动的教学方式，引导学生思考蛋白质的结构与功能之间的关系。

2. 利用多媒体课件辅助教学，展示蛋白质的结构和功能实例。

3. 实验操作相结合，培养学生的实践能力。

4. 开展小组讨论，促进学生间的交流与合作。

四、教学评价1. 课堂问答：检查学生对蛋白质基本概念的理解。

3. 实验报告：评估学生在实验操作过程中的表现及实验结果。

五、教学资源1. 多媒体课件：展示蛋白质的结构和功能实例。

2. 实验材料：用于蛋白质提取与分离实验、酶活性测定等。

3. 参考书籍：提供蛋白质结构与功能的相关知识。

4. 网络资源：查询蛋白质相关的研究进展。

六、教学活动1. 导入新课：通过展示蛋白质在生物体中的重要作用，引起学生对蛋白质结构与功能的兴趣。

2. 课堂讲解：详细讲解蛋白质的基本概念、结构组成、功能多样性及结构与功能之间的关系。

3. 案例分析：以具体的蛋白质为例，分析其结构与功能的关系。

4. 实验操作：指导学生进行蛋白质提取与分离实验，观察蛋白质的性质和变化。

蛋白质相互作用

蛋白质相互作用与代谢性疾病
蛋白质相互作用在心血管疾病中发挥重要作用，如动脉粥样硬化的发生和发展。
心血管疾病
蛋白质相互作用也与自身免疫性疾病的发病有关，如类风湿性关节炎和系统性红斑狼疮中的免疫细胞信号转导。
自身免疫性疾病
蛋白质相互作用与其他疾病
蛋白质相互作用的干预策略
06
基于小分子的干预策略
总结词：通过小分子调节蛋白质相互作用，改变蛋白质复合物的组成或活性，从而调控细胞功能。
蛋白质相互作用与神经退行性疾病
肥胖症
蛋白质相互作用也与肥胖症的发生有关，如脂肪细胞分化、脂肪代谢等过程中的蛋白质相互作用。
非酒精性脂肪肝
蛋白质相互作用还涉及非酒精性脂肪肝的发病机制，如脂肪酸氧化和甘油三酯的积累。
糖尿病
蛋白质相互作用在糖尿病的发生发展中起到重要作用，如胰岛素与其受体之间的相互作用和信号转导。
蛋白质磷酸化修饰对相互作用的调控
去乙酰化酶抑制剂可以抑制去乙酰化酶的活性，从而增强乙酰化修饰的作用，促进蛋白质相互作用。这些抑制剂在癌症治疗和其他疾病治疗中具有潜在的应用价值。
乙酰化是一种通过将乙酰基团添加到蛋白质的特定氨基酸残基上，如赖氨酸和精氨酸，来调节蛋白质活性和功能的过程。这种修饰通常由乙酰化酶和去乙酰化酶催化。
结构生物学方法
VS
通过计算机模拟蛋白质的动态行为，预测蛋白质相互作用的模式和稳定性。
序列比对和进化分析
通过比较不同物种间同源蛋白质的序列差异，推断相互作用的可能性和进化关系。
分子动力学模拟
计算生物学方法
蛋白质相互作用网络
03Biblioteka 通过将两个蛋白质分别与两个转录激活因子融合，在酵母细胞中检测它们之间的相互作用。

蛋白相互作用的研究技术分子生物学PPT教案

BFP---GFP CFP---YFP
B: blue G: green C: cyan Y: yellow
激发波长 383 488 434 513
发射波长 448 510 477
532
荧光共振能量转移技术可以研究分子内部对某些刺激发生的构象变化，也能研究分子间的相互作用。它可以在活体中检测，非常灵敏，分辨率高，能够检测大分子的构象变化，能够定性定量的检测相互作用的强度。
M13噬菌体
丝状噬菌体
λ噬菌体、T4噬菌体、T7噬菌体
蝌蚪形噬菌体
最关键的优势：
1. 淘选的高效率使得在极低的存在水平下，挑选到高亲和力噬菌体成为可能；
2. 所挑选到的噬菌体可在微量存在的情况下，通过感染细菌得到富集；
3. 展示的多肽或蛋白质与其包含在噬菌体内部的基因密码的连接，使得结合肽或蛋白质的序列分析既快速又简便。
基本原理是将一种蛋白质固定于某种基质上（如Sepharose离子交换琼脂糖），当细胞抽提液经过该基质时，可与该固定蛋白相互作用的配体蛋白被吸附，而没有被吸附的非目标蛋白则随洗脱液流出。被吸附的蛋白可以通过改变洗脱液或者洗脱条件而回收下来。
融合蛋白pull-down实验
为了更有效地利用蛋白质亲和色谱，可以将待研究的蛋白以融合蛋白形式表达，即将“诱饵”蛋白与一种易于纯化的配体蛋白相融合。1988年 Smith等利用谷胱甘肽－S－转移酶（glutathioneS-transferase ,GST）融合标签从细菌中一步纯化出 GST融合蛋白。从此GST融合蛋白在蛋白质相互作用研究领域里得到极大的推广。
蛋白相互作用的研究技术分子生物学
会计学
1
➢ 蛋白质是生命活动的主要执行者

蛋白质蛋白质相互作用

– Limited number of genomes
• Zheng et al. 2002
– 更多的基因组能够获得更多的功能相关蛋白结果 – 对于系统发育方法预测蛋白功能的准确性可能有基因组数量上限。
Discussion
• 参考基因组的数量确实能够影响预测能力
– 数量较少的基因组:18 or 35 – 多一些的基因组 :86 – 更多的基因组 :162
种的基因组。
这些选定的参考基因组用于其后的计算
系统发育谱的局限
➢ 仅能预测拥有全基因组序列的物种. ➢ 对于一些关键蛋白和共有蛋白中，由于在
多数物种中没有系统发育树差别，而无法判断蛋白之间的相关性。
电子预测蛋白质相互作用方法的评估
评估PPI 数据的重要性
• 假阴性和假阳性
– 蛋白质相互作用的动力学本质. 蛋白表达和相互作用模式在不同生物学条件下是不同的,而目前所有的实验方法或计算方法都不能做到动态检测或预测, 因此只能对真实存在的蛋白质相互作用, 得到一个粗略的描述
– 把一个配体通过化学交联的方法结合在固相载体上，让蛋白混合液流过固相载体，能够与配体结合的分子具有较高的亲和力，通过适当的洗脱条件将亲和力弱的分子洗脱掉，这样与配体亲和力较高的分子就被纯化了出来。
– 纯化出的分子随后用凝胶电泳的方法分离，用质谱的方法鉴定是什么蛋白。
Eur. J. Biochem. 270, 570-578 (2003)
Mirror Trees Method
该方法的假设前提是：相互作用的蛋白可能是共进化的。方法是：计算包含不同物种的蛋白质家族间的进化距离，构建各自相应的进化树，在进化树之间相似性距离的基础上，构建镜像树，然后由镜像树之间的相似性距离和蛋白质在镜像树上的位置确定蛋白质之间的两两相互作用。

《生物化学》教学大纲

信号传导的级联放大效应
通过磷酸化级联反应、酶促级联反应等方式实现信号的放大和传递。
受体介导的细胞内吞作用和外排作用
受体介导的细胞内吞作用
01
包括网格蛋白依赖性和非网格蛋白依赖性的内吞作用，涉及膜
受体的聚集、内陷和分离等过程。
受体介导的细胞外排作用
02
包括ABC转运蛋白家族介导的外排作用，涉及药物、代谢废物
生物化学技术在基因治疗和细胞治疗中应用
基因治疗载体设计利用生物化学方法设计和构建基因治疗载体，如病毒载体和非病毒载体，以实现目的基因的高效传递和表达。
细胞治疗技术研发应用生物化学技术培养、扩增和改造细胞，如CAR-T细胞疗法中T细胞的体外培养和基因修饰。
疗效评价与安全性研究通过生物化学方法检测基因或细胞治疗产品的生物活性、纯度和安全性等指标，以确保其临床应用的有效性和安全性。
和毒性物质的排出。
内吞和外排作用在细胞信号传导中的意义
03
通过调节膜受体的数量和分布，影响细胞对信号的响应和传递。
信号传导异常与疾病关系
01
信号传导异常与肿瘤发生
肿瘤细胞中常出现信号传导通路的异常激活或抑制，导致细胞增殖失控
和凋亡受阻。
02
信号传导异常与神经退行性疾病
如阿尔茨海默病、帕金森病等，神经元内信号传导通路的异常导致神经
阐述氮平衡的概念、影响因素和生理意义，以及蛋白质营养在维持氮平衡中的作用。
04
基因表达调控与蛋白质组学
基因表达调控机制
转录水平调控
通过转录因子和启动子的相互作用，控制基因
转录的起始和速率。
转录后水平调控
包括RNA剪接、修饰和转运等过程，影响
mRNA的稳定性和翻译效率。

05-第五讲_蛋白质相互作用

11/48
• 优点：（1）相互作用的蛋白质都是经翻译后修饰的，处于天然状态；（2）蛋白的相互作用是在自然状态下进行的，可以避免人为的影响；（3）可以分离得到天然状态的相互作用蛋白复合物。 • 缺点：（1）可能检测不到低亲和力和瞬间的蛋白质－蛋白质相互作用；（2）两种蛋白质的结合可能不是直接结合，而可能有第三者在中间起桥梁作用；（3）必须在实验前预测目的蛋白是什么，以选择最后检测的抗体。
12/48
The Issue of “Direct” versus “Indirect” Interactions
-- Purified proteins versus crude extracts
AntiHA
Bead
AntiHA
HA-X
Y Bead
HA-X
Z
Y
13/48
II) Qualitative methods in vitro: A)GST pull-down
Emission monochromator or filter
15/48
1)
IB: -myc
IB: -myc
2)
Long J., et al, NSMB, 2005 Kevin L., et al, JBC, 2001
16/48
II) Qualitative methods in vitro: B) gel-filtration chromatography
crystallography
3/48
I) Qualitative methods in vivo: A) Yeast two-hybrid
4/48
1)Analysis of specific protein-protein

蛋白质相互作用课件

PPT学习交流
29
运用生物信息学的方法由繁入简。研究的广度
实验分析的方法由简入繁。研究的深度
PPT学习交流
30
研究蛋白质相互作用的表象与其生物学意义的关系和其中的规律蛋白质相互作用是一种表象，通过表象分析规律，是研究蛋白质相互作用的核心从“种瓜得瓜，种豆得豆”到孟德尔遗传定律
现象科学问题研究方法和技术
蛋白质相互作用网络
PPT学习交流
1
上节课回顾：生物网
络 • 生特物分征子网络具有稀疏性
• 生物分子网络具scale-free性质
• 生物分子网络PP具T学习有交流超小世界性
2
• 生物网络的稀疏性的实质：
是生物在长期进化过程中达到某种优化的表现结果。
1.生物分子网络具有稀疏性
PPT学习交流
3
• 无标度网络的显著特点：
29ppt学习交流运用生物信息学的方广度实验分析的方法由30ppt学习交流研究蛋白质相互作用的表象与其生物学意义的关系和其中的规律蛋白质相互作用是一种表象通过表象分析规律是研究蛋白质相互作用的核心从种瓜得瓜种豆得豆到孟德尔遗传定律现象科学问题研究方法和技术31ppt学习交流酵母蛋白质相互作用联络图人蛋白质相互作用联络图如此复杂的相互作用哪些是有相关功能的
PPT学习交流
40
• e：可根据蛋白质相互作用的关系来预测蛋白质的功能。预测蛋白质功能是目前计算生物学的一个最重要的任务。利用数据模型和计算方法，可以
直接从蛋白质序列预测PPIN的结构、功能及其动力学机制。
PPT学习交流
41
• 例如，基于假设邻近蛋白质具有相似性的聚类方法，统计“投票”方法，全局预测方法，表达谱分析的最短距离方法，概率方法，马尔可夫随机场方法和信息传递方法等各种方法。

蛋白质相互作用的研究方法与原理

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蛋白质相互作用蛋白质相互作用的概述一、为什么要研究蛋白质相互作用二、蛋白质相互作用亲和力：K d=[A][B]/[AB]三、蛋白质相互作用的应用A、利用抗原和抗体的相互作用：Western blot，免疫共沉淀，染色质沉淀，抗体筛库B、利用已知的相互作用建立tag：GST pull down，Biotin－Avidin结合，C、直接利用蛋白质的相互作用：蛋白质亲和层析，酵母双杂交，phage display，Bait蛋白质筛表达库，蛋白质组四、相互作用的生物学意义：蛋白质间的相互作用是细胞生命活动的基础。

五、生物学功能的研究：获得功能或失去功能I、一些常用蛋白质相互作用技术•Traditional co-purification (chromatography co-purification and co-sedimentation)•Affinity chromatography：GST pull down，Epitope-tag•(co-)Immunoprecipitation•Western和 Far-Western blotSurface Plasmon ResonanceTwo-Hybrid SystemFluorescence Resonance Energy Transfer (FRET)（实验过程及原理，注意事项，优缺点）III、研究实例讨论一、酵母双杂交系统作用：发现新的相互作用蛋白质；鉴定和分析已有的蛋白质间的相互作用；确定蛋白质相互作用的功能基团具体过程：见书本优点：是酵母细胞的in vivo相互作用；只需要cDNA，简单；弱的相互作用也能检测到缺点：都是融合蛋白，万一融合出新的相互作用；酵母的翻译后修饰不尽相同，尤其是蛋白质的调控性修饰；自身激活报告基因；基因库德要求比较高，单向1/3是in frame蛋白质毒性；第三者Z插足介导的相互作用；假阳性酵母双杂交系统是当前广泛用于蛋白质相互作用组学研究的一种重要方法。

其原理是当靶蛋白和诱饵蛋白特异结合后，诱饵蛋白结合于报道基因的启动子，启动报道基因在酵母细胞内的表达，如果检测到报道基因的表达产物，则说明两者之间有相互作用，反之则两者之间没有相互作用。

将这种技术微量化、阵列化后则可用于大规模蛋白质之间相互作用的研究。

在实际工作中，人们根据需要发展了单杂交系统、三杂交系统和反向杂交系统等。

（1）原理：将编码某一蛋白X的DNA序列与DNA结合域BD的编码序列融合形成一个杂交体，将编码另一蛋白Y的DNA序列与DNA激活域AD 的编码序列融合形成另一个杂交体，当两个杂交体共转化酵母细胞（此酵母细胞上游有DNA结合位点的报告基因），若X和Y没有相互作用，则单独不能激活报告基因的转录；若X和Y可相互作用，则使BD和AD靠近形成一个有效的转录激活子，激活报告基因的转录。

因此可通过检测报告基因的转录来研究蛋白质X和Y的相互作用。

(2)应用范围1）已知蛋白之间相互作用的检测：2）蛋白质的功能域研究：通过对其中某一个蛋白质作缺失或定点突变，再用此系统检测是否还存在相互作用，可阐明其功能域或关键氨基酸；3）克隆新基因和新蛋白：将感兴趣的蛋白质基因与BD基因构建成“诱饵”表达质粒，将某一器官或组织的cDNA文库与AD基因构建成“猎物”基因库，共转化酵母细胞，可筛到与感兴趣蛋白质相互作用的蛋白质的cDNA序列，并推测其蛋白质序列。

1）二、噬茵体展示技术2）3）在编码噬菌体外壳蛋白基因上连接一单克隆抗体的DNA序列，当噬菌体生长时，表面就表达出相应的单抗，再将噬菌体过柱，柱上若含目的蛋白，就会与相应抗体特异性结合，这被称为噬菌体展示技术。

此技术也主要用于研究蛋白质之间的相互作用，不仅有高通量及简便的特点，还具有直接得到基因、高选择性的筛选复杂混合物、在筛选过程中通过适当改变条件可以直接评价相互结合的特异性等优点。

目前，用优化的噬菌体展示技术，已经展示了人和鼠的两种特殊细胞系的cDNA文库，并分离出了人上皮生长因子信号传导途径中的信号分子。

4）5）三、等离子共振技术6）7）表面等离子共振技术(Surface Plasmon Resonance，SPR)已成为蛋白质相互作用研究中的新手段。

它的原理是利用一种纳米级的薄膜吸附上“诱饵蛋白”，当待测蛋白与诱饵蛋白结合后，薄膜的共振性质会发生改变，通过检测便可知这两种蛋白的结合情况。

SPR技术的优点是不需标记物或染料，反应过程可实时监控。

测定快速且安全，还可用于检测蛋白一核酸及其它生物大分子之间的相互作用。

8）9）四、荧光能量转移技术10）（fluorescence resonance energy transfer，FRET）FRET：优点：体内测定两个蛋白质之间的相互作用；敏感度高；溶解度好？；大分子的主要构象变化能测定；定量和定性测定相互作用。

缺点：只能测定荧光基团大小为（20-100Ǻ）的分子；仪器设备很贵；需要荧光标记FRET可用于研究活细胞生理条件下研究蛋白质-蛋白质间相互作用。

基本原理：在两个不同的荧光基团中，如果一个荧光基团（供体 Donor）的发射光谱与另一个基团（受体 Acceptor）的吸收光谱有一定的重叠，当这两个荧光基团间的距离合适时（一般小于100 Ǻ），就可观察到荧光能量由供体向受体共振转移的现象，即以前一种基团的激发波长激发时，可观察到后一个基团发射的荧光。

其中以绿色荧光蛋白(green fluorescent protein, GFP)及其突变体的应用最为广泛。

特点：a 反映在当时活细胞生理条件下蛋白质-蛋白质间相互作用的动态变化过程;b 两个荧光集团间的合适距离为20－100 Ǻ（2－10nm）;c 需用荧光或GFP标记测试蛋白。

荧光共振能量转移（FRET ）广泛用于研究分子间的距离及其相互作用; 与荧光显微镜结合，可定量获取有关生物活体内蛋白质、脂类、 DNA 和RNA 的时空信息。

随着绿色荧光蛋白（GFP）的发展，FRET 荧光显微镜有可能实时测量活体细胞内分子的动态性质。

提出了一种定量测量 FRET效率以及供体与受体间距离的简单方法，仅需使用一组滤光片和测量一个比值，利用供体和受体的发射谱消除光谱间的串扰。

该方法简单快速，可实时定量测量FRET 的效率和供体与受体间的距离，尤其适用于基于GFP 的供体受体对。

FRET就是采用非放射方法，在供体和受体相互靠得很近（1-10 nm）时，将光子能从一个受激发的荧光团（供体）转移到另一个荧光团（受体）。

当它们足够接近时，用CFP的吸收波长激发，CFP的发色基团将会把能量高效率地共振转移至YFP的发色基团上，所以CFP的发射荧光将减弱或消失，主要发射将是YFP的荧光。

两个发色基团之间的能量转换效率与它们之间的空间距离的6次方成反比，对空间位置的改变非常灵敏。

例如要研究两种蛋白质a和b间的相互作用，可以根据FRET原理构建一融合蛋白，这种融合蛋白由三部分组成：CFP（cyan fluorescent protein）、蛋白质b、 YFP(yellow fluorescent protein)。

用CFP吸收波长433nm作为激发波长，实验灵巧设计，使当蛋白质a与b没有发生相互作用时，CFP与YFP相距很远不能发生荧光共振能量转移，因而检测到的是CFP的发射波长为476nm的荧光；但当蛋白质a与b发生相互作用时，由于蛋白质b受蛋白质a作用而发生构象变化，使CFP与YFP充分靠近发生荧光共振能量转移，此时检测到的就是YFP的发射波长为527nm的荧光(图1)。

将编码这种融合蛋白的基因通过转基因技术使其在细胞内表达，这样就可以在活细胞生理条件下研究蛋白质－蛋白质间的相互作用。

五、抗体与蛋白质阵列技术蛋白芯片技术的出现给蛋白质组学研究带来新的思路。

蛋白质组学研究中一个主要的内容就是研究在不同生理状态下蛋白水平的量变，微型化，集成化，高通量化的抗体芯片就是一个非常好的研究工具，他也是芯片中发展最快的芯片，而且在技术上已经日益成熟。

这些抗体芯片有的已经在向临床应用上发展，比如肿瘤标志物抗体芯片等，还有很多已经应用再眼就的各个领域里。

六、免疫共沉淀技术免疫共沉淀主要是用来研究蛋白质与蛋白质相互作用的一种技术，其基本原理是，在细胞裂解液中加入抗兴趣蛋白的抗体，孵育后再加入与抗体特异结合的结合于 Pansobin珠上的金黄色葡萄球菌蛋白A(SPA)，若细胞中有正与兴趣蛋白结合的目的蛋白，就可以形成这样一种复合物：“目的蛋白—兴趣蛋白—抗兴趣蛋白抗体—SPA\|Pansobin”，因为SPA\|Pansobin比较大，这样复合物在离心时就被分离出来。

经变性聚丙烯酰胺凝胶电泳，复合物四组分又被分开。

然后经Western blotting法，用抗体检测目的蛋白是什么，是否为预测蛋白。

这种方法得到的目的蛋白是在细胞内天然与兴趣蛋白结合的，符合体内实际情况，得到的蛋白可信度高。

（1）原理当细胞在非变性条件下被裂解时，完整细胞内存在的许多蛋白质－蛋白质间的相互作用被保留了下来。

如果用蛋白质X的抗体免疫沉淀X，那么与X在体内结合的蛋白质Y也能沉淀下来。

这种方法常用于测定两种目标蛋白质是否在体内结合，也可用于确定一种特定蛋白质的新的作用搭档缺点：一是两种蛋白质的结合可能不是直接结合，而可能有第三者在中间起桥梁作用；二是必须在实验前预测目的蛋白是什么，以选择最后检测的抗体，所以，若预测不正确，实验就得不到结果，方法本身具有冒险性,三是可能检测不到低亲和力和瞬间的蛋白质－蛋白质相互作用七、pull-down技术蛋白质相互作用的类型有牢固型相互作用和暂时型相互作用两种。

牢固型相互作用以多亚基蛋白复合体常见，最好通过免疫共沉淀（Co- IP）、Pull-down技术或Far-western法研究。

Pull-down技术用固相化的、已标记的饵蛋白或标签蛋白（生物素-、 PolyHis-或 GST-），从细胞裂解液中钓出与之相互作用的蛋白。

通过Pull-down技术可以确定已知的蛋白与钓出蛋白或已纯化的相关蛋白间的相互作用关系，从体外传路或翻译体系中检测出蛋白相互作用关系。

1）原理细菌表达的谷胱甘肽s－转移酶（GST）融合蛋白主要用于蛋白的亲和纯化，也可以将GST融合蛋白作为探针，与溶液中的特异性搭档蛋白结合，然后根据谷胱甘肽琼脂糖球珠能够沉淀GST融合蛋白的能力来确定相互作用的蛋白。

一般在得到目标蛋白的抗体前，或发现抗体干扰蛋白质－蛋白质之间的相互作用时，可以启用GST沉降技术。

该方法只是用于确定体外的相互作用。

两种应用：1）确定融合（或探针）蛋白与未知（或靶）蛋白间的新的相互作用2）证实探针蛋白与已知蛋白质间可疑的相互作用生物学意义是一切：1）通过改变蛋白质的相互作用，分析由蛋白质相互作用改变而产生的生物学现象。