结构生物化学Chapter8 Introduction to enzymology
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第一章氨基酸1氨基酸的分类书p6、7目前已发现的蛋白质氨基酸有22种,其中最早发现的20种比较常见。
两种不常见的蛋白质氨基酸:硒代半胱氨酸(Sec,U)——只存在于含硒蛋白之中,例如谷胱甘肽过氧化物酶体和一种参与含有3个碘原子的甲状腺素合成的去碘酶。
人体缺硒就会影响到其体内所有需要硒代半胱氨酸的蛋白质合成,从而导致相应的缺乏症。
*克山病,由缺硒造成。
吡咯赖氨酸(Pyl,O)——在自然界中十分罕见,仅存在于一些产甲烷的古菌,以及某些革兰阳性细菌的厚壁细菌和δ-变形细菌体内。
而在产生甲烷的古菌体内,只有催化甲烷合成的酶分子中才有它。
✦根据氨基酸R基团的化学结构分类:(1)非极性的脂肪族氨基酸6’包括甘、丙、缬、亮、异亮、脯。
这些氨基酸的侧链都不能与水分子形成氢键,所以是非极性的。
甘氨酸:最小的氨基酸,是22种蛋白质氨基酸中唯一没有手性的。
脯氨酸:实际上是一种亚氨基酸,其侧链与亚氨基形成一个刚性的环,它和Gly一样通常会造成多肽链的弯曲。
(2)芳香族氨基酸(非极性)3’包括苯丙、酪、色。
它们的R基团都含有苯环,但极性差别很大,极性的差别是由苯环上的取代基团造成的。
极性由强到弱:Tyr>Trp>Phe(3)不带电荷的极性氨基酸6’包括丝、苏、天冬酰胺、谷氨酰胺、半胱氨酸、甲硫氨酸。
丝氨酸、苏氨酸:R基团含有极性的羟基。
天冬酰胺、谷氨酰胺:分别是天冬氨酸、谷氨酸发生酰胺化反应的产物,它们的R基团含有极性的酰胺基。
半胱氨酸、甲硫氨酸:R基团含有S原子,其中Cys含有巯基,其pKa约为8.4,在生理pH下主要以非解离的形式存在。
溶液中游离的Cys分子之间可以发生氧化还原反应形成二硫键,由此形成一种非蛋白质氨基酸——胱氨酸。
Met在代谢中的重要作用与S原子上的甲基有关,它受到刺激后,可作为甲基供体参与多种生物分子的甲基化修饰,例如DNA、RNA和组蛋白的甲基化。
(4)带电荷的极性氨基酸7’包括天冬、谷、硒代半胱氨酸、组、赖、吡咯赖氨酸、精。