菌种鉴定

细菌基因组的提取：1 快速微量提取法A.取1.5ml菌体培养物于一灭菌Ep管中，12000rpm离心1min, 丢去上清夜，收集菌体。

B.加入400ul裂解液（40mM Tris-醋酸，20mM醋酸钠,1mM EDTA,1%SDS,pH7.8）混匀,置于37℃水浴1hr。

C.然后加入200ul 5mol/L的氯化钠溶液，混匀后于13000rpm离心15min。

D.取上清液，用苯酚抽提2次，氯仿抽提1次。

E.加两倍体积无水乙醇，1/10体积醋酸钾(3M ,pH8.0)，-20度保存1小时后，13000rpm离心15min，弃上清液，沉淀用70%乙醇洗2次；置于室温干燥后，溶于50ul TE溶液中，置4℃保存备用。

2 蛋白酶/SDS法制备先用10ml含适当抗生素的GBM过夜培养Delftia sp.，第二天4000rpm离心10min收集菌体，用Washing TE （50mmol/LTris-HCl pH8.0,10mmol/LEDTA pH8.0）洗菌体2次，之后将菌体充分悬浮在5ml 1×TE缓冲液中，先后加入0.5ml 5mg/L的蛋白酶、0.5ml 10% SDS，轻轻混匀后50℃放置3h~5h，接着用等体积的Tris饱和苯酚抽提2次，苯酚/氯仿/异戊醇抽提一次，氯仿抽提一次后，乙醇沉淀DNA，用自动移液器吸管头将絮状DNA沉淀块吸附到Ep 管中，70%乙醇洗2次，干燥后溶于适当1×TE或ddH2O中。

3(1) 细菌培养：细菌接种于5ml液体培养基中，37℃摇床（300rpm）培养过液。

(2) 细菌收集：取1ml培养物于1.5ml EP管中，室温8000rpm离心5min，弃上清，沉淀重新悬浮于1ml TE（pH8.0）中（用ddH2O也行)。

(3) 菌体裂解：加入6μl 50mg/ml的溶菌酶，37℃作用2h。

再加2mol/LNaCl50μl，10%SDS 110μl，20mg/ml的蛋白酶K 3μl，50℃作用3h或37℃过夜。

菌种鉴定⽅法及⼿段真菌细菌检测菌种鉴定⽅法及⼿段真菌检测/细菌检测菌种鉴定⼀般就只要提取基因组DNA，然后PCR扩增16srDNA⽚段，上GeneBank 或者Eztaxon对⽐即可。

⼀般序列相似度在97%以上就可以认为是同种细菌。

常规鉴定常规鉴定内容有形态特征和理化特性。

形态特征包括显微形态和培养特征；理化特性包括营养类型、碳氮源利⽤能⼒、各种代谢反应、酶反应和⾎清学反应等。

⾃动鉴定BIOLOG鉴定系统以微⽣物对不同碳源的利⽤情况为基础，检测微⽣物的特征指纹图谱，建⽴与微⽣物种类相对应的数据库。

通过软件将待测微⽣物与数据库参⽐，得出鉴定结果。

该系统已获美国FDA认可，已逐步应⽤于⾷品和饮品企业、环保、海洋⽣物/⽔产品、制药、农业微⽣物、⽣物治理、化妆品、临床等领域的微⽣物鉴定试验中。

拥有国内最全的BIOLOG数据库，涉及⾰兰⽒阴性菌、⾰兰⽒阳性菌、厌氧菌、酵母、丝状真菌在内近2000种微⽣物。

分⼦⽣物学鉴定应⽤分⼦⽣物学⽅法从遗传进化⾓度阐明微⽣物种群之间的分类学关系，是微⽣物分类学研究普遍采⽤的鉴定⽅法。

科标⽣物检测中⼼拥有微⽣物菌种分类鉴定的分⼦⽣物学实验室，配有PCR仪、⾼速冷冻离⼼机、电泳仪、HPLC、凝胶成像系统、紫外控温分析系统等先进仪器设备，以及DNAMAN、BIOEDIT、CLUSTALX、TREEVIEW等序列分析软件。

可采⽤核酸序列分析法分析细菌16S rDNA/16S-23S rDNA区间序列、酵母18S rDNA/26S rDNA（D1/D2）序列及丝状真菌的18S rDNA/ITS1-5.8S-ITS2序列，提供科学的鉴定结果。

API细菌鉴定API鉴定系统涵盖15个鉴定系列，约有1000种⽣化反应，已可鉴定超过600种的细菌。

鉴定过程中，可根据细菌所属类群选择适当的⽣理⽣化鉴定系列，通过软件将待测细菌与数据库参⽐，得出鉴定结果。

可应⽤API50CH系列、API20E系列、API Staph系列对乳酸杆菌（Lactobacillus sp.）和相关细菌、芽孢杆菌（Bacillus sp.）、葡萄球菌属（Staphylococcus sp.）、微球菌属（Micrococcus sp.）和库克菌属（Locuria sp.）进⾏鉴定。

1.菌落来源：菌落来自2013年8月6号气雾剂二车间水点206
2.菌落形态描述：菌落呈金黄色，圆形凸起，边缘整齐有光泽，菌落直径约3毫米
3.革兰染色、镜检描述：菌落染成红色即革兰氏阴性菌，短杆状
4.氧化酶实验：呈红色（阳性）则为假单胞菌；无色则为肠杆菌
5.API试剂盒的选择：假单胞菌选择API 20NE;肠杆菌选择API 20E
1.菌落来源：菌落来自2013年8月6号气雾剂二车间水点206
2.菌落形态描述：菌落呈橙红色，圆形凸起，边缘整齐有光泽，菌落直径约1毫米
（注：圈住的金黄色菌落是为了对比直径）
3.革兰染色、镜检描述：菌落染成红色即革兰氏阴性菌，长杆状
4.氧化酶实验：呈红色则为假单胞菌；无色则为肠杆菌
5.API试剂盒的选择：假单胞菌选择API 20NE;肠杆菌选择API 20E
若镜检为紫色，球形，则做触媒实验，触媒实验为阴性(不产生气泡)，API试剂盒选用API Staph；触媒实验为阴性则判断非葡萄球菌。

若镜检为紫色，芽孢状
，API 试剂盒则选用API CHB/E
若镜检为较大形态的球状
，API 试剂盒则选择API C AUX。

菌种鉴定的依据
菌种鉴定是微生物学研究中不可或缺的工作之一，其依据主要包括形态学特征、生理生化特性、分子生物学特征和生态学特征等。

首先，菌种鉴定的形态学特征是指菌落形态、颜色、大小、形状等在不同培养基上的特征，以及细胞形态、大小、结构和染色性质等。

其次，生理生化特性是指菌株在不同培养条件下的生长特点、代谢产物、耐受性、产酶特性等。

第三，分子生物学特征是指菌株的基因组、16S rRNA序列、DNA指纹图谱等分子水平上的特征。

最后，生态学特征是指菌株在自然环境中的分布、生态角色等特征。

这些特征都是菌种鉴定的重要依据，综合分析各种特征可以确定菌株的分类和鉴定。

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菌种鉴定方法及步骤菌种鉴定是指通过对菌株样本进行系统学、形态学、生理学和生化学等各方面的观察与检测，以确定其属、种分类地位的过程。

菌种鉴定方法及步骤如下：2.制备纯培养物：分离并得到纯培养菌株，避免混杂的现象。

3.形态学观察：观察菌株的形态特征，包括菌落形态、菌落颜色、菌丝生长特征等。

4.微观形态学观察：观察菌株的细胞形态、孢子形态、菌丝形态等。

5.分类地位确定：通过对菌株的形态特征进行比对和研究，确定其属、种分类的地位。

1.生长条件观察：观察菌株在不同的生理因素（如温度、pH值、氧气含量等）下的生长情况。

2.营养需求观察：观察菌株在不同营养物质（如碳源、氮源等）的利用情况，以及对不同抗生素和化学物质的敏感性。

3.生化特征检测：进行生化试验，如氧化酶试验、氧化发酵试验、内酯酶试验等，以检测菌株的生化特征。

4.产物检测：检测菌株的代谢产物，如抗生素、酶等，以判断其代谢途径和功能。

1.提取菌株基因组DNA：通过细菌培养物提取菌株的基因组DNA。

2.PCR扩增：使用特异性引物进行PCR扩增，选择适当的靶基因进行扩增。

3.DNA测序及分析：对扩增的DNA产物进行测序，利用生物信息学方法对测序结果进行分析和比对。

4.基因序列比对：将测序结果与数据库中已知菌种的基因序列进行比对，以确定菌株的分类地位。

四、传统鉴定方法的优缺点1.优点：传统鉴定方法操作简单，成本低廉；不需要复杂设备，适用于一般实验室进行菌株鉴定。

2.缺点：传统鉴定方法对菌株鉴定仅限于形态学、生理学和生化学等方面的观察，鉴定结果存在一定的主观性和局限性；需要较长的时间才能得到鉴定结果。

五、分子生物学鉴定方法的优势1.高精确性：分子生物学鉴定方法通过对菌株的基因序列进行比对，可得到较高的精确性，减少了主观性和局限性。

2.快速性：分子生物学鉴定方法在提取DNA和PCR扩增等步骤后，可以迅速得到鉴定结果，节省了时间。

3.可靠性：分子生物学鉴定方法的结果具有较高的可靠性，有助于解决传统鉴定方法在分类地位判断方面的困难。

菌种鉴定常见问题解答1.菌种鉴定的方法和步骤是什么？菌种鉴定一般就只要提取基因组DNA，然后PCR扩增16srDNA片段，上GeneBank或者Eztaxon对比即可。

一般序列相似度在97%以上就可以认为是同种细菌（当然也有例外，DNA序列仅仅是一个参考指标）。

-----消息来源：百度问答.2. 微生物的菌种鉴定可以鉴定到“株”一级吗？如果你的菌株是自然界中分离得到，就只能鉴定到种，不能鉴定到株，因为多多少少和其他株系的细菌有区别，即便你做了一些特征的鉴定，发现和某一株细菌一模一样，你也没有理由说你的细菌就是那一株细菌，因为你不可能把所有的特征都做完，株和株之间的关系就相当于不同的人之间的关系，世界上不可能有完全相同的两个人。

除非你知道你的细菌本来就是某一株细菌扩增出来的（而且要保证没有变异，否则就是一个新株），可是这样就没必要鉴定了。

-----消息来源：百度问答3．为什么鉴定出来的菌种跟我想象的相差太大？答：我们菌种鉴定使用PCR直接扩增的方法，即以客户提供的菌株为模版直接进行PCR扩增，中间不经过传代培养，因此不会引入新的污染，如果出现结果不一致的情况，一般有以下原因导致：1、您提供的样品未经过三次分离纯化，含有其他杂菌；2、您提供样品的真实情况确认如此。

建议您提供三次纯化的菌株重新进行鉴定。

4．为什么有时会出现PCR扩增不出的现象；答：扩增不出的原因主要有以下几种：1、您提供的菌种从严格意义上讲不是细菌或者真菌，或者是信息有误；2、您提供的菌种为革兰氏阳性菌，由于细胞壁较厚，采用常规方法不能有效地破壁；3、培养基或菌体中表达产物含有抑制PCR产物的组份。

对于第二种或第三种情况需要提供基因组DNA。

5．PCR扩增直接测序为什么会出现套峰的现象；答：1、测序结果个别碱基出现N，是由细菌rDNA多态性造成，对菌种鉴定没有无影响；2、所有测序反应均出现大面积套峰，是由于您提供的样品模版不纯造成的。

环境微生物菌种鉴定微生物是地球上数量最多的生物，它们在我们的生活和环境中无处不在。

为了更好地利用和保护这些微生物资源，我们需要对它们进行鉴定和分类。

本文将介绍环境微生物菌种鉴定的基本方法和应用领域。

一、微生物菌种鉴定的基本方法1、形态学鉴定形态学鉴定是根据微生物的形态、大小、颜色、生长速度等特征对其进行分类和鉴定的一种方法。

通过观察菌落的形状、大小、质地、颜色、边缘特征等，可以初步判断微生物的种类。

2、生理生化鉴定生理生化鉴定是通过测试微生物对各种底物的发酵反应和代谢产物的性质，判断其生理生化特性，从而对其进行分类和鉴定的一种方法。

常见的生理生化试验包括糖发酵试验、柠檬酸盐试验、吲哚试验等。

3、分子生物学鉴定分子生物学鉴定是基于微生物基因组序列差异对其进行分类和鉴定的方法。

该方法通过提取微生物基因组DNA，进行PCR扩增，然后进行序列比对，判断微生物的种类和亲缘关系。

二、环境微生物菌种鉴定的应用领域1、环境保护环境微生物菌种鉴定在环境保护方面具有广泛的应用。

例如，在污水处理中，通过鉴定微生物的种类和数量，可以优化污水处理工艺，提高处理效率。

在土壤污染治理中，通过鉴定能够降解特定污染物的微生物种类，可以针对性地设计生物治理方案。

2、生物多样性研究环境微生物菌种鉴定在生物多样性研究中具有重要意义。

通过对不同生态环境中的微生物进行鉴定，可以揭示不同地区和不同气候条件下的生物多样性特征，为保护生物多样性和生态平衡提供科学依据。

3、生物技术应用环境微生物菌种鉴定在生物技术领域具有广泛的应用。

例如，在生物制药中，通过鉴定微生物的种类和代谢产物，可以发现新的药物资源和开发新的药物。

在农业微生物肥料开发中，通过鉴定微生物的种类和生理生化特性，可以研制出具有特定功能的微生物肥料。

三、总结环境微生物菌种鉴定是微生物资源保护和利用的重要手段。

通过形态学、生理生化和分子生物学等方法对微生物进行分类和鉴定，可以更好地了解和利用这些资源。

1. 菌落形态观察观察菌落的大小、形状、隆起度、边缘、表面性状、颜色与透明度、质地和干湿度。

2. 革兰氏染色按照革兰氏染色方法进行制片、初染、媒染、脱色、复染、干燥、镜检；干燥后，用油镜观察。

3. 鞭毛染色挑取18~30 h新鲜平板培养物制备菌悬液，制片，室温自然干燥。

滴加硝酸银染色A液覆盖3~5 min，用蒸馏水充分洗去A液，再滴加B液染色约1 min，当涂面出现明显褐色时，立即用蒸馏水冲洗。

自然干燥后用油镜观察。

菌体呈深褐色，鞭毛显褐色。

4. 糖类分解试验将被检菌接种于糖发酵培养基中，37℃培养2－3天。

如果培养基变黄，说明产酸；如变黄的同时，还有气泡，说明既产酸又产气。

培养基仍呈蓝色，说明未产酸。

选取木糖、葡萄糖、半乳糖和蔗糖。

5. 吲哚（靛基质）试验将待检菌种接种于邓享氏蛋白质的胨溶液中，37℃培养1－2天。

于培养液中加入戊醇或二甲苯2－3ml，摇匀，静置片刻后，沿管壁加入试剂2ml，如出现红色沉淀，表示为阳性。

6. 淀粉水解试验将LB琼脂加热融化，使冷到50℃，加入淀粉溶液，混匀后，倾注平板。

将细菌划线接种于平板上，37℃培养24小时，生长后取出，在菌落处滴加革兰氏碘液少许，培养基呈深蓝色，能水许解淀粉的细菌菌落周围有透明环。

9. V－P试验将被检菌接种于试验培养基中（葡萄糖、K2 HPO4、蛋白胨各5g，溶于1 000ml 水中，分装于试管中，0.075MPa灭菌10分钟），培养2－7天后，于培养物中加入1ml 10％的NaOH，混匀，再加入3－4滴2%氯化铁溶液。

数小时后，培养基表面的下层出现红色者，为阳性。

10.甲基红（M.R）试验接种细菌，于37℃培养2－7天后，于培养物中加入几滴甲基红酒精溶液（0.1g 甲基经溶于300ml 95%乙醇中，加蒸馏水至500 ml），如呈红色，表示阳性。

11. 柠檬酸盐利用试验将被检菌接种到Simmons固体柠檬酸盐培养基上，37℃下培养2－4天，能利用柠檬酸盐的细菌表现为有细菌生长，培养基变为蓝色，不能利用柠檬酸盐的细菌不生长，培养基不变色。

食用菌菌种的鉴定报告
尊敬的鉴定专家，
此次食用菌菌种鉴定报告旨在鉴定所提供的菌种样品。

经过详细的观察和分析，我们对该样品进行了以下描述和鉴定结果：
1. 外部形态特征：
样品为菌盖呈圆形的食用菌，直径约为5-8厘米。

菌盖颜色
为深棕色，表面呈现有小鳞片的结构。

菌褶呈白色，较厚且密集。

菌柄高度约为8-10厘米，基部稍粗。

2. 内部结构特征：
我们切开样品，发现菌肉为均匀白色，质地较韧。

菌盖和菌
柄的内部均未发现异味。

3. 真菌的显微观察：
经过显微镜下的观察，我们鉴定这是一种菌丝菌。

菌丝细长，无色透明，囊泡和分生孢子形成端部。

4. 鉴定结果：
综上所述，根据外部形态特征、内部结构特征和真菌的显微
观察，我们可以初步确定该样品的菌种为某某蘑菇属（学名），但无法确切识别到具体的物种级别，因为还需要进一步的分子鉴定和比较分析。

请注意，本鉴定报告提供的结果仅供参考，进一步的实验和分析可以提供更准确的鉴定结果。

我们建议您咨询更专业的菌种
鉴定机构，以获得更确切的结果和建议。

希望这份报告对您有所帮助。

如果您对我们的工作有任何疑问或需要进一步的信息，请随时与我们联系。

谢谢。

此致，
XXX（您的姓名）
鉴定报告编写人。