haploview安装使用说明
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HP OpenView 的安装安装概述这本指南将帮助您在使用Windows NT操作系统或Windows2000操作系统的电脑上安装您的HP OpenView Network Node Manager 6.1或更高版本及可选产品HP OpenView Customer Views for NNM。
(以下Network Node Manager产品简称为NNM。
);在这个安装过程中,需要完成六个任务:◆ 将您的系统设置与NNM的最低要求相比较◆ 完成所有必要的安装前操作步骤◆ 安装NNM软件◆ 运行NNM软件◆ 取得您的NNM软件的永久密码◆ 配置NNM,以进入HP OpenView Web界面一旦完成了NNM的安装之后,请参阅本手册的最后一节,获得有关配置和使用NNM产品的下一步信息。
任务1:检查系统要求在开始之前,您或者您的系统管理员需要检查系统是否符合以下硬件和软件的最低要求。
(请注意NNM安装向导程序将自动地检查内存和硬盘的容量。
)硬件最低要求◆ 基于Intel Pentium (奔腾)120处理器的电脑◆ 光盘驱动器◆ 96MB内存◆ 在一个硬盘上至少350MB剩余磁盘空间(FAT或者NTFS均可)◆ 80MB剩余页面(paging)文件空间软件最低要求◆ 安装并配置了TCP/IP服务的Microsoft Windows NT操作系统(4.0版本),Service Pack4或更高版本,安装并配置TCP/IP或Windows2000操作系统,安装并配置TCP/IP◆ Microsoft SNMP服务◆ Microsoft SNMP Agent (SNMP Service)◆ Web服务器◆ 安装了Java/javascript可选件的Netscape Navigator Web浏览器(4.6或者更高版本)或者Microsoft InternetExplorer Web浏览器(5.0或者更高版本)任务2:安装前的操作步骤为了确保您的系统上安装的所有产品可以与NNM相互兼容、高效运行,在实际安装NNM 产品之前,您需要完成一些准备工作。
Plink是一个开放的,免费的全基因组关联分析工具。
其分析的基础是基因型和表型数据。
通过整合gplink 和Haploview 使得结果变得可视化。
gplink 是基于Java的图形用户界面,许多plink 命令可以通过其实现。
而且易于与Haploview进行整合。
Haploview是一个进行单倍型分析的一个软件。
因此,我们在做关联分析以前需要准备好以上软件的安装。
具体的分析步骤可以分为两大部分。
第一部分下面我将依据一个具体的分析实例,对 plink的使用加以说明。
1;首先是数据的准备Plink 程序识别两种文件格式,(.PED),(.MAP) 两种格式文件。
在具体的文件里面又限制了具体的格式要求,对于(.PED) 文件,文件的前六列是强制的格式,依次为:Family IDIndividual IDPaternal IDMaternal IDSex (1=male; 2=female; other=unknown)Phenotype在我们的研究过程中,第七项一般是基因型。
(以后我们的数据形式)对于(.MAP)文件,包括一下的四项:chromosome (1-22, X, Y or 0 if unplaced)rs# or snp identifierGenetic distance (morgans)Base-pair position (bp units)由于Plink程序识别的是二进制文件,所以我们要通过相应的命令将其转化成二进制的。
命令如下:plink --file wgas1 --make-bed --out wgas22;在完成数据的准备后,下面就是对于数据的过滤过程,也称作质量控制,一般我们需要考虑的因素是个人基因型缺失率,位点基因型缺失率,哈迪温波格平衡,从而提取SNP,通过以上的限定条件,我们得到分析后的数据,命令如下;plink --bfile wgas2 --out validateplink --bfile wgas2 --freq --out freq1plink --bfile wgas2 --hardy --out hwe1plink --bfile wgas2 --maf --geno --mind --hwe 1e-3 --make-bed --out wgas33;做一些基本的关联分析,命令如下:plink --bfile wgas3 --assoc --adjust --out assoc1该关联分析使用的方法是Basic allelic test chi-square (1df),然后进行显著性水平调解,从而选择出与疾病关联的治病基因。
宁波鑫高益磁材有限公司开放式永磁型磁共振成像系统OPERView操作软件使用说明书第A/2版宁波鑫高益磁材有限公司NingBo XinGaoYi Magnetism Co.,LTD.目录特别声明 (4)第一章OPERView操作软件概述 (5)§1.1概述 (5)§1.2版本信息说明 (5)§1.3运行环境要求 (6)第二章OPERView操作软件结构 (7)§2.1软件控制总体结构 (7)§2.2OPERView操作软件结构及功能概述 (8)(2.2.1)OPERView操作软件结构 (8)(2.2.2)OPERView操作软件各功能模块的功能概述 (8)§2.3OPERView操作软件文件系统结构 (9)第三章OPERView操作软件功能以及操作 (12)§3.1病人登记注册 (12)(3.1.1)新病人登记 (13)(3.1.2)已登记病人 (15)§3.2系统校正 (17)(3.2.1)系统校正窗口中标识含义 (19)(3.2.2)各功能按钮的含义 (20)§3.3扫描参数选择 (21)(3.3.1)扫描参数选择窗口中相关标识含义 (22)§3.4扫描控制以及任务管理 (25)(3.4.1)主操作界面的“Scan”页区域内容说明 (26)(3.4.2)扫描状态标识说明 (27)§3.5图像浏览、管理以及各种图像后处理 (27)(3.5.1)主操作界面的“View”页标识说明 (29)(3.5.2)图像上文字及图像标识说明 (31)(3.5.3)人体层面物理方位标识说明 (32)(3.5.4)人体性别标识说明 (32)(3.5.5)各种图像后处理 (32)(3.5.6)图像数据库管理 (41)(3.5.7)图像最大密度投影(MIP) (43)§3.6图像排版、胶片打印以及打印设置 (47)(3.6.1)图像排版、胶片打印窗口 (48)(3.6.2)基于DICOM3.0国际标准的胶片打印的目标打印机的设置 (50)(3.6.3)拍照排版、胶片打印注意事项 (52)§3.7系统设置 (52)(3.7.1)主操作界面的“System”页上标识说明 (53)(3.7.2)序列参数设置 (54)(3.7.3)系统综合参数设置 (56)(3.7.4)OPERView操作软件的说明窗口 (61)(3.7.5)退出OPERView操作软件 (62)第四章常见问题以及参考答案 (64)§4.1如何将图像的备份到CD-R光盘上? (64)(4.1.1)将图像备份到CD-R光盘上的前提条件 (64)(4.1.2)将图像备份到CD-R光盘上的操作步骤 (64)(4.1.3)确认刻录内容是否正确 (71)§4.2如何在OPERView操作软件上查看已经备份到CD-R光盘上的图像内容? (72)§4.3如何将磁共振图像发送到PACS服务器上? (73)(4.3.1)将图像发送到PACS服务器上的前提条件 (73)(4.3.2)将磁共振图像发送到PACS服务器上的操作步骤 (73)特别声明(一)、本《开放式永磁型磁共振成像系统OPERView操作软件使用说明书》(以下简称“本说明书”)适用于宁波鑫高益磁材有限公司(以下简称“本公司”)生产的OPER 系列(OPER-0.2、OPER-0.3、OPER-0.35)开放式永磁型磁共振成像系统(以下简称“OPER 成像系统”)新版OPERView操作软件的使用;(二)、由于本公司的技术不断更新的原因,本说明书的某些章节或细节可能与本公司生产的OPER成像系统的新版OPERView操作软件的使用实际情况稍微有所出入,使用本说明书的各方应讨论使用本说明书最新情况说明版本的可能性;(三)、本公司拥有对本说明书的最终解释权,如有任何不明之处,请致电或致函本公司:第一章 OPERView操作软件概述§1.1概述OPERView操作软件是本公司OPER成像系统系列产品的最新操作软件。
ImpView32软件安装和使用说明ImpView32软件安装和使用说明一.安装4C卡及驱动1.将4C卡正确安装至机箱PCI卡槽内,用螺丝固定好2.将4C卡驱动光盘放入光驱,打开3595\\software\\pci4c,安装7jdrvs3595_IMP_PCI_drivers_V2_1_setup.exe3.安装好后,进入设备管理器,找到4C卡,检查驱动是否装好,若未装好,按指定路径更新驱动c:\\windows\\system324.运行批处理文件c:\\windows\\system32\egwindrvr二. ImpView32软件1.4C卡驱动安装完毕后,打开3595\\software\\pci4c\\impview,安装ImpView32_V_DA_Build_3_setup.exe,安装完成后ImpView32软件的快捷方式会在桌面显示。
2.双击打开软件,软件会自动搜索已连接的IMP数据采集板。
若没连接IMP数据采集板,则软件界面如图一所示;若已正确连接IMP数据采集板,则软件界面如图二。
3.在软件中间位置,选中电脑或IMP数据采集板图标,再点击软件快捷工具栏中的Configure IMP,可以打开4C卡或IMP数据采集板的配置界面,如图三。
在界面中可以设置板号、采集板类型、通道、通道类型、通道量程、数据采集周期等,设置完毕后点OK 保存。
分别如图四、五、六。
4.配置好IMP采集板参数后,点击软件快捷工具栏中的Transmit,将配置好的参数发送至对应的IMP数据采集板。
5.点击软件快捷工具栏中的Trigger,开始数据采集。
如图七。
6.点击软件快捷工具栏中的Halt,停止数据采集。
7.采集过程中,可以选择菜单栏中的View-View Date来查看每个IMP数据采集板的数据。
如图八、图九。
图一图二图三图四图五图六图七图八图九。
HP OpenView Performance Insight安装指南软件版本: 5.1适用于 HP-UX、Linux、Solaris 和 Windows 操作系统生产部件号:J5223-960392005 年 2 月Copyright 2005 Hewlett-Packard Development Company, L.P.法律声明保证惠普公司对与本文档相关的内容不提供任何性质的保证,包括但不限于暗含的有关适销和符合特定用途的保证。
惠普公司对本手册中包含的错误或因提供、执行或使用本手册导致的直接、间接、特殊、偶发或衍生性损失不负任何责任。
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商标声明Java™是 Sun Microsystems, Inc. 在美国和/或其它国家或地区的美国商标。
MS-DOS indows® 和 Windows NT® 是 Microsoft® Corp. 在美国的注册商标,OpenView 是惠普公司在美国的注册商标。
关于全基因组关联分析工具Plink的操作使用说明Plink是一个开放的,免费的全基因组关联分析工具。
其分析的基础是基因型和表型数据。
通过整合gplink 和Haploview 使得结果变得可视化。
gplink 是基于Java的图形用户界面,许多plink 命令可以通过其实现。
而且易于与Haploview进行整合。
Haploview是一个进行单倍型分析的一个软件。
因此,我们在做关联分析以前需要准备好以上软件的安装。
具体的分析步骤可以分为两大部分。
第一部分下面我将依据一个具体的分析实例,对plink的使用加以说明。
1;首先是数据的准备Plink程序识别两种文件格式,(.PED),(.MAP)两种格式文件。
在具体的文件里面又限制了具体的格式要求,对于(.PED) 文件,文件的前六列是强制的格式,依次为:Family IDIndividual IDPaternal IDMaternal IDSex (1=male; 2=female; other=unknown)Phenotype在我们的研究过程中,第七项一般是基因型。
(以后我们的数据形式)对于(.MAP)文件,包括一下的四项:chromosome (1-22, X, Y or 0 if unplaced)rs# or snp identifierGenetic distance (morgans)Base-pair position (bp units)由于Plink程序识别的是二进制文件,所以我们要通过相应的命令将其转化成二进制的。
命令如下:plink --file wgas1 --make-bed --out wgas22;在完成数据的准备后,下面就是对于数据的过滤过程,也称作质量控制,一般我们需要考虑的因素是个人基因型缺失率,位点基因型缺失率,哈迪温波格平衡,从而提取SNP,通过以上的限定条件,我们得到分析后的数据,命令如下;plink --bfile wgas2 --out validateplink --bfile wgas2 --freq --out freq1plink --bfile wgas2 --hardy --out hwe1plink --bfile wgas2 --maf 0.01 --geno 0.05 --mind 0.05 --hwe 1e-3 --make-bed --out wgas33;做一些基本的关联分析,命令如下:plink --bfile wgas3 --assoc --adjust --out assoc1该关联分析使用的方法是Basic allelic test chi-square (1df),然后进行显著性水平调解,从而选择出与疾病关联的治病基因。