微卫星多重PCR扩增技术

微卫星DNA简单重复序(SSR)也称微卫星DNA，也可称为SSRP(Simple Sequence Repeat Polymorphisms)，STMS (Sequence-tagged microsatellites)。

其串联重复的核心序列为1一6 bp，其中最常见是双核昔酸重复，即(CA) n和(TG) n每个微卫星DNA的核心序列结构相同，重复单位数目10一60个，其高度多态性主要来源于串联数目的不同。

SSR标记的基本原理：根据微卫星序列两端互补序列设计引物，通过PCR反应扩增微卫星片段，由于核心序列串联重复数目不同，因而能够用PCR的方法扩增出不同长度的PCR产物，将扩增产物进行凝胶电泳，根据分离片段的大小决定基因型并计算等位基因频率。

SSR具有以下一些优点：(l)一般检测到的是一个单一的多等位基因位点；(2)微卫星呈共显性遗传，故可鉴别杂合子和纯合子；(3)所需DNA量少。

显然，在采用SSR技术分析微卫星DNA多态性时必须知道重复序列两端的DNA序列的信息。

如不能直接从DNA数据库查寻则首先必须对其进行测序。

1 微卫星DNA的构成及特点微卫星又称简单序列重复(Simple Se-quence Repeats，SSR)。

一般以1-6个碱基为核心序列，首尾相连组成的串联重复序列。

这种序列存在于几乎所有真核生物的基因组中，含量丰富，且呈随机均匀分布。

它们不仅大量分布于基因的间隔区和内含子中，而且还分布于基因的外显子和调控区(如启动子、增强子)，真核生物平均每50-150 kb就存在一个微卫星位点，如在人类基因组中每6 kb就有1个微卫星，禽类基因组中约89 kb出现1个微卫星。

微卫星DNA 数目巨大，人类基因组中约有5×104-1×105个(CA)n重复序列，重复次数一般为15-60次，重复单位相同，其长度一般小于200 bp，但也有的更长。

每个特定位点的微卫星DNA均由两部分构成：中间的核心区和外围的侧翼区。

微卫星标记技术原理
微卫星标记技术是一种基于PCR (Polymerase Chain Reaction) 扩增的分子标记技术。

微卫星是基因组中较短、高度可变重复序列（Simple Sequence Repeats, SSRs），在不同个体或同一基因组中的
不同位置均有差异。

微卫星标记技术通过引物对位于微卫星序列的两
端的flanking序列进行PCR扩增，再以电泳方法进行分离和检测。

具体步骤包括：1. DNA提取，取得待检测组织的DNA；2. 引物
设计，设计与微卫星重复序列两侧的flanking序列可以特异性结合的
引物；3. PCR扩增，将待检测的DNA模板按设定条件进行PCR扩增；4. 电泳分离，将扩增产物以电泳方式分离出来；5. 图谱显示和分析，通
过显示分离出来的电泳带，分析出样品间和亲缘关系的差异以及基因
型信息。

微卫星标记技术具有高度多态性、重复性好、易于检测、特异性
强等优点。

它已广泛应用于动植物的遗传多样性、种间亲缘关系研究、基因定位及遗传距离测定等方面。

MLVA分型技术和实验操作步骤MLVA（多重定量PCR分型技术）是一种基于多重PCR扩增的分型技术，它可以用来对细菌进行分型和鉴定，并用于疫情的追踪和溯源。

下面是MLVA分型技术的实验操作步骤：1.提取细菌基因组DNA：从细菌菌落或液体培养物中提取基因组DNA。

可以使用商业化的基因组DNA提取试剂盒来进行提取，按照说明书中的步骤进行操作。

2.设计引物和预扩增：根据待测菌株的基因组序列，设计适用于目标DNA片段的引物。

引物应该选择在基因组中具有高度保守性的区域，以确保反应的特异性。

将设计好的引物与提取到的DNA进行预扩增。

预扩增是将样品中的目标片段DNA扩增到足够的浓度，以确保后续的扩增反应。

3. MLVA引物的选择：根据待测菌株基因组中的微卫星重复序列，设计MLVA引物。

微卫星重复序列（也称作SSR或简单重复序列）是一种相对较短（1-6bp）的DNA序列，在基因组中重复出现。

这些引物将扩增微卫星重复序列及其周围的DNA区域。

4.MLVA引物的扩增：将设计好的MLVA引物与预扩增的DNA模板混合，进行PCR扩增。

PCR扩增反应中的引物浓度、缓冲液组成、降低PCR抑制物质（如血红素和其他化合物）对扩增反应的成功至关重要。

5.扩增产物的测定和分析：将PCR扩增产物进行凝胶电泳，可以用琼脂糖凝胶电泳、毛细管电泳或自动测序进行分析。

分析产物的大小差异，可以判断不同菌株的差异。

总结起来，MLVA分型技术是一种基于PCR扩增的分型技术，它通过设计特异的引物，扩增目标DNA片段，并通过凝胶电泳等方法对扩增产物进行分析和解释，从而实现对细菌的分型和鉴定。

这项技术在疫情追踪和溯源中具有重要的应用价值。

基因扩增技术在种群遗传学中的应用随着科学技术的不断发展，基因扩增技术在种群遗传学中得到了广泛应用。

基因扩增技术是一种将DNA扩增成大量同一序列的方法，主要包括PCR、RFLP、RAPD、AFLP和Microsatellite等。

这些技术已经成为了种群遗传学中不可或缺的分子工具，对于研究种群之间的遗传差异、基因流动、分化和进化等方面都具有重要作用。

一、微卫星技术在种群遗传学中的应用微卫星是一种长度在1-6bp之间、重复序列数目在2-50之间的DNA序列，特别是在非编码区域中。

微卫星技术因其灵敏度高、稳定性好、有多态性，尤其适用于种群间遗传差异的研究。

使用微卫星技术又称SSR（Simple Sequence Repeat）技术，其主要思想是利用PCR扩增多个微卫星位点，并检测多样性。

在分子进化、弥补遗传数据的缺失等方面，微卫星技术都取得了重要的研究突破，尤其在动植物的遗传分化、种间关系、人类祖先进化等领域尤为重要。

二、RAPD技术在种群遗传学中的应用RAPD技术是一种以随即引物为基础，利用PCR技术扩增核酸片段的方法，依托于有效的PCR反应和快速的生物信息统计，RAPD技术具有快速、灵敏、具有广泛可用性等特点。

其主要优点是在从多个参考种间关系的分析过程中能够同时检测多个位点，其结果能够为数目较多的研究提供遗传基础。

RAPD技术作为种群遗传学领域中的重要技术手段，既可以用于检测种群内遗传多态性，也可以判断种群之间的遗传分化程度，并揭示生物不同种群之间的遗传关系。

三、AFLP技术在种群遗传学中的应用AFLP（Amplified Fragment Length Polymorphism）技术是近年来发展起来的一种新的分子标记技术。

AFLP方法首先通过引物选择筛选系统酶切后的DNA片段，然后通过PCR扩增产生的片段选取、分析、测序等一系列处理，得到有效的遗传标志，最终得出一组与DNA序列相关的AFLP分子标记。

利用微卫星多重PCR和带型分析鉴别歧视酿酒酵母菌株Enrico Vaudano_, Emilia Garcia-Moruno摘要我们提出了一个快速的利用微卫星多重PCR分析方法鉴定酵母菌菌株。

不使用苯酚的简单的DNA提取，通过快速PCR的优化程序扩增SC8132X位点，YOR267C 位点和SCPTSY7位点，带型分析产生的琼脂糖碎片，聚丙烯酰胺凝胶电泳，这些可以使我们区分30个小组的测试的商业酒株。

该方法成功地在生态研究中发现两个菌株之间的优势发酵温度是在两个温度：15℃和20℃。

这个方法无论是在酒和酵母生产行业等日常行业和低预算的歧视酵母菌株生产是有用的。

关键词：微卫星;聚合酶链式反应;酵母菌株;葡萄酒，发酵介绍用酒精发酵菌种选择酿酒现在是很普遍的。

在酒的品质方面，酵母交互作用的影响变得清晰,特别是他们的贡献的味道。

(LambrechtsPretorius,2000;Swiegers等,2005)。

现代酿酒学家都意识到极致味道不同品系的酒会产生不同的特点。

这导致了工业生产大量的选择具有不同的应用的不同的特征。

目前,市场提供了数百株,几乎所有的物种的酵母。

使酵母菌快速鉴定方法明确的并行兴趣在快速发展。

在葡萄酒酿造，应用程序包括核查野生株中占主导地位的菌株的必须接种，发酵过程中的动态应变，从酵母生产商的观点来看，在应变生产中控制产品质量，以及检测欺诈行为。

生态研究提供了最有趣的应用之一。

在葡萄酒酿造，选定菌株接种必须预防丰富的野生酵母菌和非酵母菌株的存在。

快速应变歧视的方法应该允许酵母种群的动态变化，选定应变能力优势的菌株和影响酵母生长的环境因素。

在葡萄酒发酵，温度是影响酵母动态的主要因素之一(Fleet andHeard,1993). 生态研究表明酵母株具有不同的认知和行为学(Epifanio et al., 1999; Torijaet al., 2003).事实上，由酿酒师要求的突出特点之一是能够在一定温度下进行好发酵。

人类微卫星多重PCR扩增体系的建立范晶【期刊名称】《湖北农业科学》【年(卷),期】2011(50)18【摘要】Genomic DNA was extracted from human blood using KI, primers were designed according to gene sequences in GenBank, then the potential interaction between different primers were analyzed. Combinations of different concentrations of primers, reaction buffer and Mg2+ were added to optimize the PCR system. Results showed when1.4xPCR buffer,2.5 mmol/L MgCU, 0.6 u,mol/L of each primer pair were in the 25 u,L reaction system, clear band with homogeneous luminance was amplified with anyone of the 3 pairs of primers.%采用碘化钾法从血液中提取基因组DNA,根据GenBank数据库中基因序列设计引物,分析不同引物组合内部可能出现的引物潜在配对作用,针对多重PCR反应体系中的引物、反应缓冲液和镁离子浓度设计实验组合.结果表明,25 μL反应体系中包含1.4×PCR buffer,2.5 mmol/L MgCl2,0.6 μmol/L的各引物对浓度时,3对引物都能扩增得到条带清晰,亮度均一的目标产物.【总页数】3页(P3869-3870,3874)【作者】范晶【作者单位】乐山师范学院化学与生命科学学院,四川乐山614004【正文语种】中文【中图分类】Q987.2;Q75【相关文献】1.短蛸微卫星多重PCR体系建立及交配模式分析 [J], 刘文芬;冯艳微;王卫军;陈建强;杨建敏2.中华绒螯蟹微卫星多重PCR体系的建立及其亲子鉴定应用 [J], 肖起珍;刘青;李清清;郑海地;吴旭干;成永旭3.绵羊微卫星标记多重PCR体系的建立与应用 [J], 赵中利;胡明月;刘正喜;闫守庆;马惠海4.基于SSR分子标记的玉米多重PCR扩增体系的建立 [J], 孙艳美;王凤格;赵久然;易红梅;匡猛;于新艳;王璐5.小麦高分子量麦谷蛋白亚基多重PCR扩增体系的建立 [J], 陈杰;卓国银;于磊;张爱民;孙家柱;阳文龙;刘冬成;郭小丽因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

多重pcr扩增子捕获测序技术
多重PCR扩增子捕获测序技术是一种强大的基因组分析工具，它在基因组学、生物信息学和进化生物学等领域中发挥着重要的作用。

该技术基于多重PCR技术和基因组捕获技术，通过对特定基因组区域的多个PCR 引物进行扩增，然后利用基因组捕获技术将扩增产物与基因组特异性探针进行杂交，实现对目标基因组的特异性富集。

经过测序和分析，可以获得目标区域的高分辨率基因组数据，为后续的基因组编辑、遗传改良和进化研究等提供重要的基础信息。

多重PCR扩增子捕获测序技术的优点在于其高特异性和高灵敏度，可以实现对目标基因组的精细分析，并且可以同时对多个基因组区域进行分析，提高了实验的效率和准确性。

此外，该技术还可以应用于各种生物样本的分析，包括人类疾病研究、动植物育种、微生物学等领域。

然而，多重PCR扩增子捕获测序技术也存在一些局限性。

例如，对于基因组较大或重复序列较多的样本，该技术可能会出现覆盖度不均一或数据质量下降等问题。

此外，该技术的成本较高，需要专业的技术人员进行实验设计和数据分析。

总的来说，多重PCR扩增子捕获测序技术是一种重要的基因组分析工具，可以为我们提供目标基因组的详细信息和遗传变异信息。

随着技术的不断改进和成本的降低，相信该技术在未来的研究中将发挥更加重要的作用。

专利名称：一种中华鳖基因组微卫星多重PCR体系构建方法专利类型：发明专利
发明人：陈辰,朱新平,李伟
申请号：CN201811111994.9
申请日：20180918
公开号：CN109182482A
公开日：
20190111
专利内容由知识产权出版社提供
摘要：本发明公开了一种使用公共数据，快速构建中华鳖10×以上多重PCR体系的技术方法，其主要特征在于：1)使用公共数据库，获取中华鳖基因组序列；2)使用MISA软件对中华鳖基因组序列进行分析，使用Primer 3进行批量引物设计，使用使用AutoDimer软件计算多态位点引物序列的相容性；3)保留引物序列相容性最强的10‑12个位点构建多重PCR体系，按照每个位点上游引物0.4μM，下游引物10μM的浓度配制引物预混液，然后将全部位点的引物预混液等体积混合配制多重PCR引物工作液；4)使用常规PCR方法对多重PCR体系进行扩增，使用毛细管电泳对扩增产物进行基因分型。

本发明构建的多重PCR体系，标记通量高，基因分型结果准确、快速，可为中华鳖遗传育种等研究工作提供分子工具。

申请人：中国水产科学研究院珠江水产研究所
地址：510380 广东省广州市荔湾区西塱兴渔路1号
国籍：CN
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猪微卫星标记多重PCR扩增组合郭晓令;徐宁迎;LOOFT Christian;REINSCH Norbert;KALM Ernst【期刊名称】《遗传》【年(卷),期】2004(26)1【摘要】采用多重PCR的方法,以快速扩增微卫星标记和节约试剂为目标,对其反应条件进行优化后,获得了46个扩增效果理想的微卫星标记多重PCR组合,其中30个为二重PCR,16个为三重PCR.实验结果表明,这些多重PCP反应的引物浓度为0.06～O.3μmol/L,Mg2+的浓度变化范围为1.5～3.0mmol/L,采用的PCR缓冲液的倍数为1.0、1.2、1.4或1.6,每个PCR反应聚合酶的用量在O.2和O.4U之间,退火温度及反应循环数分别为52～60℃和32～50℃.所有多重PCR进一步合并为17个可在ABI 337测序仪上进行电泳的组合.【总页数】5页(P40-44)【作者】郭晓令;徐宁迎;LOOFT Christian;REINSCH Norbert;KALM Ernst【作者单位】浙江大学动物科学学院,杭州,310029;德国基尔大学畜牧兽医所,基尔,24098;浙江大学动物科学学院,杭州,310029;德国基尔大学畜牧兽医所,基尔,24098;德国基尔大学畜牧兽医所,基尔,24098;德国基尔大学畜牧兽医所,基尔,24098【正文语种】中文【中图分类】Q963【相关文献】1.人类微卫星多重PCR扩增体系的建立 [J], 范晶2.小型猪微卫星标记多重PCR体系的建立与应用 [J], 公维华;张宁波;程佳月;杨述林;黄宏刚;冯书堂;王爱德;甘世祥;李奎3.基于SSR分子标记的玉米多重PCR扩增体系的建立 [J], 孙艳美;王凤格;赵久然;易红梅;匡猛;于新艳;王璐4.牛微卫星标记PCR扩增方法的研究 [J], 李向阳;张嘉保5.荧光标记复合PCR扩增微卫星位点的构建与优化 [J], 朱泽远;WANG Ya-ju;施用晖;乐国伟因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。