食品微生物实验室主要负责各类微生物项目的检测，主要检测项目有菌落总数、大肠菌群、霉菌、酵母、乳酸菌、双歧杆菌、罐头商业无菌、致病菌（如沙门氏菌、志贺氏菌、溶血性链球菌、金黄色葡萄球菌等）。
微生物实验室由准备室、洗涤室、灭菌室、无菌室、恒温培养室和普通实验室六部分组成。
这些房间的共同特点是地板和墙壁的质地光滑坚硬，仪器和设备的陈设简洁，便于打扫卫生。
微生物实验室选址三级生物安全防护实验室可与其他用途房屋设在一栋建筑物中，但必须自成一区。
该区通过隔离门与公共走廊或公共部位相隔。
微生物实验室功能分区平面布局1.三级生物安全防护实验室的核心区包括实验间及与之相连的缓冲间；缓冲间形成进入实验间的通道。
必须设两道连锁门，当其中一道门打开时，另一道门自动处于关闭状态。
如使用电动连锁装置，断电时两道门均必须处于可打开状态。
在缓冲间可进行二次更衣；当实验室的通风系统不设自动控制装置时，缓冲间面积不宜过大，不宜超过实验间面积的八分之一；Ⅱ级或Ⅲ级生物安全柜的安装位置应远离实验间入口，避开工作人员频繁走动的区域，且有利于形成气流由“清洁”区域流向“污染”区域的气流流型。
准备室准备室用于配制培养基和样品处理等。
室内设有试剂柜、存放器具或材料的专柜、实验台、电炉、冰箱和上下水道、电源等。
洗涤室洗涤室用于洗刷器皿等。
由于使用过的器皿已被微生物污染，有时还会存在病原微生物。
因此，在条件允许的情况下，最好设置洗涤室。
室内应备有加热器、蒸锅，洗刷器皿用的盆、桶等，还应有各种瓶刷、去污粉、肥皂、洗衣粉等。
灭菌室灭菌室主要用于培养基的灭菌和各种器具的灭菌，室内应备有高压蒸汽灭菌器、烘箱等灭菌设备及设施。
无菌室无菌室一般为4 - 5 平方米、高2.5 米的独立小房间(与外间隔离)，专辟于微生物实验室内。
无菌室也称接种室，是系统接种、纯化菌种等无菌操作的专用实验室。
在微生物工作中，菌种的接种移植是一项主要操作，这项操作的特点就是要保证菌种纯种，防止杂菌的污染。
