差异蛋白word版
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百泰派克生物科技
质谱分析蛋白表达差异
质谱分析蛋白表达差异是利用质谱技术研究蛋白表达差异。
研究蛋白质表达差异,可以帮助我们认识生命活动的本质。
百泰派克生物科技提供基于质谱的蛋白表达差异分析服务。
蛋白表达差异
蛋白质是由基因转录后翻译形成的,是生物体中一类重要的生物大分子。
蛋白质除了参与生物体细胞和组织的组成,还可以在生物体中发挥广泛的功能,例如催化代谢反应、参与DNA复制、对刺激(如病原体)作出反应,以及将分子从一个位置运输到另一个位置等等。
蛋白表达差异,指的是蛋白质在表达水平上的变化,它可以发生在细胞在不同功能状态、不同细胞周期,或者是在不同条件或药物刺激等情况下。
研究蛋白质表达差异,可以帮助我们认识生命活动的本质,更有助于帮助我们研究疾病的早期诊断、疾病的病程,和检测药物对疾病的疗效等等。
质谱分析蛋白表达差异
质谱分析蛋白表达差异是利用质谱技术对蛋白表达差异进行研究。
质谱技术通过检测不同样品中蛋白质的差异表达,来实现样品中蛋白表达差异的分析。
借助生物信息学技术,还可以对有表达差异的蛋白进行分析,例如基于质谱数据可以对差异表达的蛋白质进行统计分析,如韦恩图和火山图,通过韦恩图可以看出两个差异样品之间的共有的和特有的差异表达蛋白数量,通过火山图(Volcano Plot)可以查看蛋白在两个不同样品中表达水平的差异,以及差异的统计学显著性。
课时达标训练(五) 蛋白质的结构与功能【基础题组】1.蛋白质是细胞内的重要物质之一,具有多样性和特异性,其结构与功能是相适应的。
下列关于蛋白质类物质与其功能的对应正确的是( )A.胰岛素与调整B.抗体与催化C.唾液淀粉酶与催化蛋白质消化D.血红蛋白与免疫2.下列关于蛋白质分子结构与功能的叙述,错误的是( )A.不同的蛋白质含有的氨基酸数量不尽相同B.有些结构不同的蛋白质具有相像的功能C.组成蛋白质的氨基酸可按不同的排列挨次脱水缩合D.组成蛋白质的氨基酸之间可按不同的方式脱水缩合3.如图是某蛋白质分子的结构示意图,图中“▲、★、■、●”等表示不同种类的氨基酸,图中A链由21个氨基酸组成,B链由19个氨基酸组成,图中“—S—S—”是在蛋白质加工过程中由两个“—SH”脱下2个H形成的。
下列有关叙述错误的是( )A.形成该蛋白质分子时脱去38分子的水B.该蛋白质分子中至少含有两个羧基C.图中“—”表示肽键,可简写为CO—NHD.形成该蛋白质分子时相对分子质量削减了6864.如图表示有关蛋白质分子的简要概念图,下列对图示分析正确的是( )A.甲中确定含有S元素B.①过程会有水产生C.多肽中乙的数目等于丙的数目D.蛋白质结构和功能的多样性是细胞多样性的根本缘由5.现有足量的甘氨酸、丙氨酸、谷氨酸3种氨基酸,它们能形成的三肽种类以及包含3种氨基酸的三肽种类分别最多有( )A.9种,9种B.6种,3种C.18种,6种 D.27种,6种6.人体的肌肉主要是由蛋白质构成的,但骨骼肌、心肌、平滑肌的功能各不相同,这是由于( ) A.肌细胞外形不同B.在人体的分布位置不同C.支配其运动的神经不同D.构成肌细胞的蛋白质分子结构不同7.美国威斯康星高校的一个争辩小组发觉:用合成的某种蛋白质抑制艾滋病病毒的关键蛋白质gP41,使其不能与宿主细胞中的蛋白质发生作用,从而使该病毒无法顺当入侵细胞。
下列叙述不正确的是( ) A.构成艾滋病病毒的全部蛋白质中肯定都含有20种氨基酸B.鉴定多肽和蛋白质时都可以使用双缩脲试剂C.某些蛋白质具有催化作用D.有些蛋白质具有信息传递的作用,进而调整生命活动8.鸡蛋煮熟后,蛋白质失去活性,缘由是高温破坏了蛋白质的( )A.肽键 B.肽链C.空间结构 D.氨基酸【力量题组】9.蛋白质是细胞中重要的有机化合物,以下关于蛋白质的说法正确的是( )①全部的酶都是蛋白质②大多数抗体是蛋白质③全部的抗原都是蛋白质④部分激素是蛋白质⑤生物膜上的载体都是蛋白质A.①②⑤ B.②③④⑤C.④⑤ D.②⑤10.糖尿病患者使用胰岛素治疗时,大都接受肌肉注射而不是口服,其根本缘由是( )A.肌肉注射比口服先进入人体B.口服时药液对消化道的刺激过于猛烈C.口服时药液会被消化液中的蛋白酶水解D .口服时药液会被消化液中的脂肪酶水解 11.将蛋清溶液做如下两种方式的处理:蛋清溶液――→①加入NaCl 有蛋白质析出――→②加入蒸馏水蛋白质溶解,得到溶液甲 蛋清溶液――→③煮沸,冷却有蛋白块产生――→④加入蛋白酶蛋白块溶解,得到溶液乙 下列有关分析正确的是( )A .经①②③过程处理,蛋白质的空间结构及肽键没有遭到破坏B .经③④过程处理,分别破坏了蛋白质的空间结构及肽键C .③过程有水分子的产生,④过程有水分子的消耗D .向甲、乙两溶液中加入双缩脲试剂,甲溶液变紫色,乙溶液不会变紫色 12.如图是某多肽化合物的示意图,下列有关该化合物的叙述不正确的是( )A .氨基酸的种类主要由②④⑥⑧打算B .③⑤⑦的形成与R 基无关C .该多肽链游离的羧基多于游离的氨基D .该多肽链在形成过程中,相对分子质量削减了3613.如图表示人体内几种化学元素和化合物的相互关系,其中a 表示有机小分子物质,A 表示有机高分子物质。
考马斯亮蓝法测定蛋白质含量流程:该方法用于大多数蛋白质的定量是比较精确的,但不适用于小分子碱性多肽的定量。
如核糖核酸酶或溶菌酶。
去污剂的浓度超过0.2%影响测定结果。
如TritonX-100、SDS、NP-40等。
1.Bradford浓染液的配制:将100mg考马斯亮蓝G-250溶于50ml 95%乙醇,加入100ml85%的磷酸,然后,用蒸馏水补充至1000ml,此染液放4℃至少6个月保持稳定。
2.标准曲线蛋白质样本的准备:尽量使用与待测样本性质相近的蛋白质作为标准品,例如测定抗体,可用纯化的抗体作为标准。
如果待测样本是未知的,也可用抗体作为标准蛋白。
通常在20ug—150ug/100ul之间绘制标准曲线。
3.将待测样本溶于缓冲溶液中,该缓冲溶液应与制作标准曲线的缓冲溶液相同(最好用PBS)。
4.按1:5用蒸馏水稀释浓染料结合溶液,如出现沉淀,过滤除去。
5.每个样本加5ml稀释的染料结合溶液,作用5~30min。
染液与蛋白质结合后,将由红色变为蓝色,在595nm波长下测定其吸光度。
注意,显色反应不得超过30min.6.根据标准曲线计算待测样本的浓度。
注意:考马斯亮蓝和皮肤中蛋白质通过范德华力结合,反应快速,并且稳定,无法用普通试剂洗掉。
待一两周左右,皮屑细胞自然衰老脱落即可无碍。
适用范围考马斯亮蓝显色法的基本原理是根据蛋白质可与考马斯亮蓝G-250 定量结合。
当考马斯亮蓝G-250 与蛋白质结合后,其对可见光的最大吸收峰从465nm 变为595nm。
在考马斯亮蓝G-250 过量且浓度恒定的情况下,当溶液中的蛋白质浓度不同时,就会有不同量的考马斯亮蓝G-250 从吸收峰为465nm 的形式转变成吸收峰为595nm 的形式,而且这种转变有一定的数量关系。
一般情况,当溶液中的蛋白质浓度增加时,显色液在595nm 处的吸光度基本能保持线性增加,因此可以用考马斯亮蓝G-250 显色法来测定溶液中蛋白质的含量。
第2节生命活动的主要承担者——蛋白质课前自主预习案一、氨基酸及其种类1.氨基酸的结构(1)写出图中结构名称:①氨基;②④R基;③羧基。
(2)比较图中两种氨基酸,写出氨基酸分子的结构通式:H OH N C C OHH R|||−−−−| |(3)氨基酸的结构特点:①数量关系:至少都含有一个氨基(—NH2)和一个羧基(—COOH)。
②位置关系:都有一个氨基和一个羧基连接在同一个碳原子上。
2.氨基酸的种类(1)根据R基的不同,可将组成蛋白质的氨基酸分为20种。
(2)根据人体细胞能否合成:①人体细胞能合成的是非必需氨基酸。
②人体细胞不能合成的是必需氨基酸。
[巧学助记]氨基酸结构通式的形象记忆中心碳原子——人的躯干;氨基、羧基——人的左、右臂;H——人的下肢;R基——人的头。
如图二、蛋白质的结构1.蛋白质的结构层次[填图]2.脱水缩合的过程(1)过程①名称:脱水缩合。
(2)物质②名称:二肽。
(3)结构③名称:肽键,其结构简式为 O HC N || |−−−[巧学助记]蛋白质形成的“四个一”一组成一种键一过程一场所至少含一个—NH2和一个—COOH肽键脱水缩合核糖体三、蛋白质结构多样性和功能多样性1.判断下列叙述的正误(1)人体需要的氨基酸称为必需氨基酸( )(2)各种氨基酸共有的结构是:2H N C COOH H|−− | ()(3)二肽是由两个氨基酸分子脱水缩合形成的化合物,含有2个肽键( ) (4)氨基酸种类、数量及排列顺序都相同的蛋白质是同一种蛋白质( ) [答案](1)× (2)√ (3)× (4)×2.试判断下列有机酸,哪些属于组成蛋白质的氨基酸?并说明判断理由。
(1)32 CH H N C COOH H|−− |⎩⎪⎨⎪⎧判断: (是或不是)理由: 。
(2)2 H COOH H N C C COOH H H | |−−− | | ⎩⎪⎨⎪⎧判断: (是或不是)理由: 。
植物体内可溶性蛋白质含量的测定方法:考马斯亮蓝G-250染色法1.原理:考马斯亮蓝G-250测定蛋白质含量属于染料结合法的一种。
考马斯亮蓝G-250在游离状态下呈红色,在稀酸溶液中,当它与蛋白质的疏水区结合后变为青色,前者最大光吸收在465nm,后者在595nm。
在一定蛋白质浓度范围内(1~100μg),蛋白质与色素结合物在595nM波长下的光吸收与蛋白质含量成正比,故可用于蛋白质的定量测定.蛋白质与考马斯亮蓝G-250结合在2min左右的时间内达到平衡,完成反应十分迅速,其结合物在室温下1h内保持稳定。
该反应快速灵敏、易于操作、干扰物质少(考马斯亮蓝G-250和蛋白质通过范德华力结合,受蛋白质的特异性影响较小,除组蛋白外,其他不同种类蛋白质染色强度差异不大),可测定微克级蛋白质含量,是一种比较好的蛋白质定量法。
但此方法也存在其缺点,考马斯亮蓝在蛋白质含量很高时线性关系偏低,且不同来源蛋白质与色素结合状况有差异。
2.仪器:721分光光度计;10ml量筒1个;研钵;烧杯;量瓶;移液管;1ml3支;5ml3支;10ml 具塞刻度试管14支。
3.试剂:90乙醇%(无水乙醇20瓶以下8元1瓶,每瓶500ml);85%磷酸(500ml磷酸标准溶液0。
1mol/ml,16元钱1瓶);考马斯亮蓝G-250(80元钱1瓶,1瓶10g);牛血清白蛋白。
考马斯亮蓝G-250溶液:称取100μg考马斯亮蓝G-250,溶50ml90%乙醇,85%的磷酸100ml,最后用蒸馏水定容到1000ml,贮放在棕色瓶中,此溶液在常温下可放置1个月。
4。
标准曲线的绘制4.1、0~100μg/ml标准曲线的制作:取6支试管,按表1数据配制0~100μg/ml血清白蛋白液各1ml.准确吸取所配各管溶液0。
1ml,分别放入10ml具塞试管中,加入5ml考马斯亮蓝G—250试剂,盖塞,反转混合数次,放置2min后,在595nm下比色,绘制标准曲线。
第4节蛋白质工程的原理和应用课标内容要求核心素养对接1.概述人们根据基因工程原理,进行蛋白质设计和改造,可以获得性状和功能符合人类要求的蛋白质。
2.举例说明依据人类需要对原有蛋白质结构进行基因改造、生产目标蛋白的过程。
1.生命观念:说明基因的碱基排列顺序—蛋白质的结构—蛋白质功能的关系。
2.科学思维:尝试通过蛋白质工程技术,根据人类需要的蛋白质结构,设计改造某一蛋白质的设计流程。
1.概念(1)基础:蛋白质分子的结构规律及其与生物功能的关系。
(2)手段:通过基因改造或基因合成,对现有蛋白质进行改造,或制造一种新的蛋白质。
(3)目的:获得满足人类的生产和生活需求的蛋白质。
2.理论和技术条件:分子生物学、晶体学以及计算机技术的迅猛发展。
二、蛋白质工程崛起的缘由1.基因工程的实质:将一种生物的基因转移到另一种生物体内,后者可以产生它本不能产生的蛋白质,进而表现出新的性状。
2.基因工程的不足:基因工程在原则上只能产生自然界中已存在的蛋白质。
3.天然蛋白质的不足:天然蛋白质的结构和功能符合特定物种生存的需要,却不一定完全符合人类生产和生活的需要。
4.实例:玉米中赖氨酸的含量比较低,赖氨酸合成中两种酶的氨基酸被替换,就可以使玉米叶片和种子中游离赖氨酸分别提高5倍和2倍。
三、蛋白质工程的基本原理1.目标:根据人们对蛋白质功能的特定需求,对蛋白质的结构进行设计改造。
2.方法:改造基因或合成基因。
3.流程:预期蛋白质功能→设计预期的蛋白质结构→推测应有的氨基酸序列→找到相对应的脱氧核苷酸序列(基因)或合成新的基因→获得所需要的蛋白质。
四、蛋白质工程的应用1.在医药工业方面的应用(1)研发速效胰岛素类似物:科学家通过改造胰岛素基因使B链28位脯氨酸替换为天冬氨酸或者将它与29位的赖氨酸交换位置,从而有效抑制了胰岛素的聚合,研发出速效胰岛素类似物。
(2)提高干扰素的保存期:将干扰素分子上的一个半胱氨酸变成丝氨酸,提高了干扰素的保存时间。
磷酸化蛋白组的差异统计方法
磷酸化蛋白组的差异统计方法主要包括以下步骤:
1. 磷酸化肽段鉴定及统计:通过搜库、校正、筛选、磷酸化肽段统计、磷酸化蛋白统计和磷酸化位点统计等步骤,从样品中提取磷酸化蛋白,酶解成肽段,再富集出有磷酸化修饰的肽段,以肽段为单位进行分析。
2. 磷酸化蛋白的差异分析:对于两个组学的数据,通常有两种关联方式。
一是用全蛋白质丰度校正磷酸化肽段丰度,即用磷酸化肽段的丰度除以对应蛋白质的丰度,再进行差异磷酸化的分析,对二者均鉴定的差异蛋白数量进行统计,找出重叠的蛋白。
二是二者分别做差异分析,用中位数分别校正丰度,再将整体的差异倍数进行比较,差异倍数更大的才是丰度变化的主因。
3. 磷酸化蛋白的功能分析:统计这些差异蛋白富集结果,进一步分析这些蛋白的磷酸化的变化影响了哪些分子通路的改变,进而分析在实验处理下,分子机制的改变。
以上信息仅供参考,建议咨询专业人士获取更准确的信息。
SELDI蛋白质芯片筛选差异蛋白分子的二级鉴定摘要目的探讨以SELDI蛋白质芯片筛选后的细胞差异表达蛋白的分离和鉴定方法及其意义。
方法以经体外培养及10JAM褪黑素药物干预的内皮祖细胞差异表达蛋白质为研究对象,分别采用Tricine—SDS—PAGE和双向凝胶电泳方法进行差异蛋自分离及结果比较,以FTICR—MS二级质谱鉴定。
结果经Tricine—SDS—PAGE分离后,选取的分子量为53kDa左右的趋势性的差异表达蛋白进行FTICR—MS分析,质谱鉴定为微管蛋白一a3(吻合度评分为87)。
经双向凝胶电泳分离后,于凝胶近酸性端、分子量在72—95kD之间区域,选取蛋白表达量较高的一点,质谱鉴定其为人热休克蛋白90一Q(吻合度评分为91)。
结论在本文结果中,Tricine —SDS—PAGE对于大致35—70kDa范围的蛋白分离较清晰、重复性好,且样品用量少。
2-DE 对最低上样量有较严格要求,但它能提供分子量、等电点双重参数来更准确定位所感兴趣蛋自点,且对较大分子量蛋白的分离效果更佳。
电喷雾傅立叶变换离子回旋共振高分辨质谱分辨率高且质量稳定性较好。
关键词:SELDI;Tricine—SDS—PAGE;双向凝胶电泳;质谱SELDI蛋白质芯片技术,即表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱(surface—enhanced laser desorption/ionization—time of flight—massspectromet巧),是蛋白质组学研究中的一项新兴技术,在识别特定蛋白质表达物、蛋自质差异分析、测定血清中小分子物质含量方面提供了新的思路与方法。
该技术已经逐渐应用与临床,目前已见其应用于传染病、肿瘤等疾病诊断筛选的临床报道【1,2】。
本课题组前文‘3,41研究建立了SELDI蛋白质芯片技术检测体外培养细胞蛋白质差异表达方法,发现与传统方法比较,SELDI技术对于5kDa 以下的低分子量差异蛋白和低丰度的差异蛋白质的检出效果较佳,而且该技术具有高通量、上样量低和灵敏度高等优势。
但经SELDI技术检出的差异蛋自质仅具有分子量特征,需进一步进行分离和准确鉴定。
本研究在前文基础上进一步以内皮祖细胞(endothelial progenitor cells,EPCs)细胞培养及褪黑素药物干预为研究对象,探讨以SELDI蛋白质芯片筛选后的细胞差异表达蛋白的进一步分离和鉴定方法及其意义。
1.1研究对象采用10μM褪黑素作用于培养至第7天并经免疫组化鉴定人脐血来源的EPCs,37℃、5%CO2条件下培养24小时后,经细胞裂解提取的细胞总蛋自(样品于一80。
C贮存),分别采用Tricine—SDS—PAG双向凝胶电泳方法进行分离蛋自及结果比较,采用二级质谱鉴定。
2方法2.1差异蛋白质电泳方法选择2.1.1 Tricine—SDS—PAGE分离蛋白(1)溶液的配制:Tricine—SDS—PAGE的凝胶由不同分子组成的丙烯酰胺和甲叉双丙烯酰胺混合液聚合而成。
其中浓缩胶由3C丙烯酰胺储存液配成4%的丙烯酰胺溶液聚合而成,夹层胶由3C丙烯酰胺储存液配成10%的丙烯酰胺溶液聚合而成,致密胶由5C丙烯酰胺储存液或6C丙烯酰胺储存液配成16.5%的丙烯酰胺溶液(添加或不添加36.5%尿素)聚合而成。
凝胶配方如下表。
丙烯酰胺储存液配制:(D3C丙烯酰胺储存液:将489丙烯酰胺和1.59甲叉双丙烯酰胺溶于重蒸水中至100mL。
②5c丙烯酰胺储存液:用重蒸水溶解479丙烯酰胺和2.59甲叉双丙烯酰胺成100ml溶液。
③6C丙烯酰胺储存液:用重蒸水溶解46.59丙烯酰胺和3.Og甲叉双丙烯酰胺成100ml溶液。
样品缓冲液:样品缓冲液由4%SDS、12%甘油、50mmol/L Tris、2%巯基乙醇(v/v),及少许溴酚蓝组成,pH6.8。
考马斯亮蓝溶液:考马斯亮蓝G一250 100mg,95%乙醇50mL,磷酸100mL,加双蒸水定容至1000mL,用Whatman 1号滤纸过滤,4X2保存。
考马斯亮蓝脱色液:甲醇100mL,冰醋酸100mL,纯水定容至1L。
Tricine—SDS—PAGE蛋白质电泳溶液:①正极缓冲液(i0×):121.149Tris溶于400mL重蒸水,用1.0mol/L HCI调至pH8.9,定容至500mL。
②负极缓冲液(10 X):将60.559 Tris、89.589 Tricine及59 SDS溶于400mL重蒸水中,加水至终体积为500mL。
③凝胶缓冲液(3X):将181.59 Tris、1.59 SDS溶于400mL重蒸水中,用Imol/L HCI 滴定至pH8.45,再加水稀释至500mL。
(2)灌胶:灌胶前,各种丙烯酰胺溶液分别加入10]aL过硫酸氨和ilaL TEMED,随即灌胶。
先灌下层的致密胶,再覆盖以中间的夹层胶,然后铺浓缩胶。
静置以聚合形成三明治式的不连续梯度凝胶。
(3)点样:取10laL蛋白质标准品,10pM药物干预后细胞提取蛋白,煮沸5min使蛋自质与SDS结合变性,小心点入凝胶的点样孔中。
(4)电泳:内槽加负极电泳缓冲液,外槽加正极电泳缓冲液,形成Trcine—SDS—PAGE电泳系统,20mA恒流电泳3h。
考马斯亮兰染色后,用甘油溶液孵育,并用凝胶成像仪成像。
2.1.2双向凝胶电泳分离蛋白(1)用2D clean—up试剂盒抽提蛋自样品(除杂)(2)用双向电泳蛋白定量试剂盒测定样品浓度(3)双向电泳分离样品I第一向等电聚焦(IEF)①将上述除杂后的样品,加水化液振荡溶解,放入标准型胶条槽中。
②选用7cm IPG胶条,从酸性端(标“+”端)一侧剥去保护膜,胶面朝下,先将IPG胶条阳极端朝标准型胶条槽的尖端方向放入胶条槽中,慢慢下压胶条,并前后移动,避免产生气泡,最后放下IPG胶条平端(阴极),使水化液浸湿整个胶条,并确保胶条的两端与槽的两端的电极接触。
③IPG胶条上覆盖适量Immobiline DryStrip覆盖油,盖上盖子。
将标条槽的尖端背面阳极与IPGphor仪器的阳极平台接触;胶条槽的平端背与IPGphor仪器的阴极平台接触。
④设置IPGphor仪器运行参数:Ettan TM IPGphor II TM Prot#3.File 7cm(20℃,50μA/Strip)Step1 Stp 30V 14hStep2 Stp 200V lhStep3 Stp 500V lhStep4 Grd 1000V lhStep5 Grd 2000V lhStep6 Grd 5000V lhStep7 Stp 5000V 15000(v·h)Step8 Stp 200V 3hStep9 Stp 0V END⑤配制平衡胶条所需溶液:4X分离胶缓冲液(1.5M Tris—HCI,pH8.8和0.4%(w/v}SDS):45.59Tris和lgSDS溶于200mL去离子水中,用6N HCl调节pH到8.8,最后用去离子水将体积补足到250mL,加入25mg叠氮钠并过滤。
平衡缓冲液(0.05M Tris—HCl,pH8.8,6M尿素,30%(w/v)甘油和2%(W/v}SDS):1809尿素,1509甘油,109 SDS和16.7mL分离胶缓冲液溶于去离子水中,最终将体积补足到500mL。
溴酚蓝溶液:25mg溴酚蓝溶于10mL分离胶缓冲液中。
⑥IPG胶条的第1次平衡:取出IPG胶条放入玻璃管中,加入使用前加入25mgDTT的2.5mL 平衡缓冲液和12.5BL溴酚蓝溶液,用Parafilm封口,在振荡仪上振荡15min,倒掉平衡缓冲液。
IPG胶条的第2次平衡:加入使用前加入100mg碘乙酰胺的2.5mL平衡缓冲液和12.5BL溴酚蓝溶液,用Parafilm封口,在振荡仪上振荡15min,倒掉平衡缓冲液。
⑦用去离子水润洗IPG胶条1秒钟,将胶条的边缘置于滤纸上数分钟,以去除多余的平衡缓冲液。
⑧IPG胶条的转移:将IPG胶条放在位于玻璃板之间的凝胶面上,使胶条支持膜贴着其中的一块玻璃板,用一薄尺将IPG胶条轻轻向下推,使整个胶条下部边缘与板胶的上表面完全接触。
确保在IPG胶条与板胶之间以及玻璃板与塑料支持膜间无气泡产生。
⑨加入分子量标准蛋白质:分子量标准蛋白质溶液与等体积的1%琼脂糖溶液混合后,加入到IEF上样滤纸片上,然后用镊子将上样滤纸片放置在IPG胶条末端一侧,与板胶的凝胶表面接触。
⑩用琼脂糖密封液封顶:用少量的密封液(约1一1.5mL)使IPG胶条被完全覆盖住,在此过程中不要产生气泡。
II第二向SDS—PAGE①溶液配制:丙烯酰胺/甲叉双丙烯酰胺溶液(30.8%T,2.6%C):30%(W/V)丙烯酰胺和0.8%甲叉双丙烯酰胺的水溶液。
将3009丙烯酰胺和89甲叉双丙烯酰胺溶解于去离子水中,最后用去离子水将体积补足到1000mL。
分离胶缓冲液(1.5M Tris—HCI,pH8.6和O.4%(w/v)SDS):90.859 Tris和29 SDS 溶于400mL去离子水中,用6N HCI调节pH到8.6,最后用去离子水将体积补足到500mL,加入50mg叠氮钠并过滤。
lO%{w/v)过硫酸铵溶液:ig过硫酸铵溶于10mL去离子水中。
覆盖液(缓冲液饱和的异丁醇):混合20mL上述分离胶缓冲液和30mL异丁醇,数分钟后去掉异丁醇层。
取代液(50%(v/v)甘油和0.0 1%溴酚蓝水溶液):混合250mL甘油(100%) 和250mL 去离子水,再加入50mg溴酚蓝,搅拌数分钟。
低熔点琼脂糖溶液:含有0.5%(w/v)低熔点琼脂糖的电极缓冲液。
②灌胶:本实验选用分离范围为14—200kD、浓度为10%的SDS分离胶。
其组成为:10%T的均匀胶,2.6%C,0.I%SDS,375mM Tris—HCI,pH8.8。
配制方法是:单体贮存液33.3mL、4X分离胶缓冲液25mL和IO%SDS ImL溶解于40.2mL去离子水中,灌胶前加入TEMED 33ILL 和10%过硫酸铵500DL。
按仪器说明书装好灌胶模具,倒入凝胶溶液(本实验制备Imm厚的胶,需凝胶溶液1 0mL)。
灌胶后立即在凝胶上方铺上一层用水饱和的异丁醇覆盖液,以减少凝胶暴露于氧气,形成平展的凝胶上样面。
③电泳:电泳槽中装满电泳缓冲液,打开温控系统,调节温度为12。
C;将平衡好的IPG 胶条浸入电极缓冲液中数秒;将IPG胶条小心放置于SDS胶面上,轻压使二者充分结合,上面覆盖2mL热的琼脂糖溶液(75。
C),使琼脂糖在5min内凝固;将胶盒插入电泳槽中,开始垂直的SDS胶电泳(参数设置:10mA/gelI 5min,之后20mA/gel约5h)当溴酚蓝染料迁移到胶的底部边缘即可结束电泳;跑好的胶转移到染色盒里固定,准备染色。