经典：伯杰氏细菌手册

伯杰细菌鉴定手册科学出版社，1984年《伯杰氏系统细菌学手册》(Bergey’s Manual of Systemaic Bacteriology)一本有代表性的、参考价值极高、比较全面系统的细菌分类手册。

由美国布瑞德(Breed)等人主编。

1923年第1版，后于1925、1930、 1934、1939、1948、1957、1974年相继出版了第2至第8版，每个版本都反映了当时细菌学发展的新成就。

其中第8版有美、英、德、法等 14个国家的细菌学家参加了编写工作，对系统内的每一属和种都做了较详细的属性描述。

近年来，由于细胞学、遗传学和分子生物学的渗透，大大促进了细菌分类学的发展，使分类系统与真正反映亲缘关系的自然体系日趋接近。

第9版(1984，1986)中实质性的变化，象征着细菌分类学的发展进入新的阶段。

第一，手册更名，原书名为《伯杰氏鉴定细菌学手册》(Bergey’s Manual of Determinatie Bacteriology)，第9版由于内容增加，范围扩大，提高了手册的实用性，同时指出各类细菌间的关系，所以改名为《伯杰氏系统细菌学手册》;第二，由1卷分成4卷，这是考虑到能及时反映新进展和使用者的方便;第三，细菌在生物界的地位，8、9版间无变动，但它们的高级分类单位有很大变化(见下表)，尤其嗜盐细菌和产甲烷细菌，根据胞壁分析和DNA序列分折，另列疵壁菌门，古细菌纲;第四，趋近自然体系，在各级分类单位中全面应用核酸研究;在表型特征的基础上，以DNA资料给予决定性的判断。

使人为的分类体系过渡到自然体系的理想进一步付诸实现。

伯杰细菌鉴定手册(伯杰氏手册)第八版中译本科学出版社，1984年一本有代表性的、参考价值极高、比较全面系统的细菌分类手册。

由美国布瑞德(Breed)等人主编。

1923年第1版，后于1925、1930、 1934、1939、1948、1957、1974年相继出版了第2至第8版，每个版本都反映了当时细菌学发展的新成就。

伯杰氏细菌系统分类学手册伯杰氏细菌系统分类学手册《伯杰氏细菌系统分类学手册》（“Bergry’s Manual of Systematic Bacteriology”），第二版，2001 年春，Springer-Verlag 公司，Gerge M. Garrity, Mattew Winters和Nenise B. Searles第二版五卷本与第一版相比又有较大改动，与第八、第九版伯杰氏细菌鉴定学手册也有明显区别。

它不是根据表型，而是以系统发生（进化）的框架为基础。

参照了16S rDNA的序列。

编辑们预计在手册第一卷到最后一卷出版的5、6年间，可能会再发现100多个新属。

他们会不断修订错误，在后继出版的各卷中，出一个新的分类大纲。

伯杰氏手册公司的网站（/bergeys）也会定期更新。

第二版的第一卷在2001年5月出版；第二卷在2004年2月出版。

古生菌域（Dom ain “Archaea”）1. 第AI门泉古生菌门(Crenarchaeota phy. nov.)第I纲热变形菌纲(Thermoprotei class. nov.)第I目热变形菌目(Thermoproteales)第I科热变形菌科(Thermoproteaceae)第I属热变形菌属(Thermoproteus)第II属热杆菌属(Caldivirga)第III属热棒菌属(Pyrobaculum)第IV属热枝菌属(Thermocladium)第II科热丝菌科(Thermofilaceae)第I属热丝菌属(Thermofilum)第II目硫还原古球菌目(Desulfurococcales ord. nov.)第I科硫还原古球菌科(Desulfurococcaceae)第I属硫还原古球菌属(Desulfurococcus)第II属(Acidolobus)第III属气热菌属(Aeropyrum)第IV属浆果状火球菌属(Ignicoccus)第V属葡萄嗜热菌属(Staphylothermus)第VI属斯梯特氏菌属(Stetteria)第VII属恐硫球菌属(Sulfophobococcus)第VIII属热盘菌属(Thermodiscus gen. nov.)第IX属耐热球菌属(Thermosphaera)第II科热网菌科(Pyrodictiaceae)第I属热网菌属(Pyrodictium)第II属栖高温菌属(Hyperthermus)第III属热叶菌属(Pyrolobus)第III目硫化叶菌目(Sulfolobales)第I科硫化叶菌科(Sulfolobaceae)第I属硫化叶菌属(Sulfolobus)第II属酸菌属(Acidianus)第III属生金球菌属(Metallosphaera)第IV属栖冥河菌属(Stygiolobus)第V属硫代谢球菌属(Sulfurisphaera)第VI属硫化球菌属(Sulfurococcus)2.第AII门广古生菌门(Euryarchaeota phy. nov.) 第I纲甲烷杆菌纲(Methanobacteria class. nov.)第I目甲烷杆菌目(Methanobacteriales)第I科甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae)第I属甲烷杆菌属(Methanobacterium)第II属甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)第III属甲烷球形菌属(Methanosphaera)第IV属甲烷嗜热杆菌属(Methanothermobacter)第II科甲烷嗜热菌科(Methanothermaceae)第I属甲烷嗜热菌属(Methanothermus)第II纲甲烷球菌纲(Methanococci class. nov.)第I目甲烷球菌目(Methanococcales)第I科甲烷球菌科(Methanococcaceae)第I属甲烷球菌属(Methanococcus)第II属甲烷嗜热球菌属(Methanothermococcus gen. nov.)第II科甲烷热球菌科(Methanocaldococcaceae fam. nov.)第I属甲烷热球菌属(Methanocaldococcus gen. nov.)第II属甲烷干热菌属(Methanotorris gen. nov.)第II目甲烷微菌目(Methanomicrobiales)第I科甲烷微菌科(Methanomicrobiaceae)第I属甲烷微菌属(Methanomicrobium)第II属甲烷袋状菌属(Methanoculleus)第III属产甲烷袋菌属(Methanofollis)第IV属产甲烷菌属(Methanogenium)第V属叶形甲烷菌属(Methanolacinia)第VI属甲烷盘菌属(Methanoplanus)第II科甲烷粒菌科(Methanocorpusculaceae)第I属甲烷粒菌属(Methanocorpusculum)第III科甲烷螺菌科(Methanospirillaceae fam. nov.)第I属甲烷螺菌属(Methanospirillum)未定属第I属产甲烷石状菌属(Methanocalculus)第III目甲烷八叠球菌目(Methanosarcinales)第I科甲烷八叠球菌科(Methanosarcinaceae)第I属甲烷八叠球菌属(Methanosarcina)第II属甲烷拟球菌属(Methanococcoides)第III属甲烷喜盐菌属(Methanohalobium)第IV属甲烷嗜盐菌属(Methanohalophilus)第V属甲烷叶菌属(Methanolobus)第VI属甲烷微球菌属(Methanomicrococcus)第VII属甲烷盐菌属(Methanosalsum gen.nov.)第II科鬃毛甲烷菌科(Methanosaetaceae fam.nov.) 第I属鬃毛甲烷菌科属(Methanosaeta)第III纲盐杆菌纲(Halobacteria class. nov.)第I目盐杆菌目(Halobacteriales)第I科盐杆菌科(Halobacteriaceae)第I属盐杆菌属(Halobacterium)第II属盐盒菌属(Haloarcula)第III属盐棒杆菌属(Halobaculum)第IV属盐球菌属(Halococcus)第V属富盐菌属(Haloferax)第VI属盐几何形菌属(Halogeometricum)第VII属盐杆状菌属(Halorhabdus)第VIII属盐红菌属(Halorubrum)第IX属盐栖菌属(Haloterrigena)第X属无色嗜盐菌属(Natrialba)第XI属钠线菌属(Natrinema)第XII属嗜盐碱杆菌属（Natronobacterium）第XIII属嗜盐碱球菌属(Natronococcus)第XIV属嗜盐碱单胞菌属(Natronomonas)第XV属碱红菌属(Natronorubrum)第IV纲热原体纲(Thermoplasmata class. nov.)第I目热原体目(Thermoplasmatales ord. nov.)第I科热原体科(Thermoplasmataceae fam. nov.) 第I属热原体属(Thermoplasma)第II科嗜酸古菌科(Picrophilaceae)第I属嗜酸古菌属(Picrophilus)第III科铁原体科(Ferroplasmataceae)第I属铁原体属(Ferroplasma)第V纲热球菌纲(Thermococci class. nov.)第I目热球菌目(Thermococcales)第I科热球菌科(Thermococcaceae)第I属嗜热球菌属(Thermococcus)第II属古老球菌属(Palaeococcus)第III属热球菌属(Pyrococcus)第VI纲古生球菌纲(Archaeoglobi class. nov.)第I目古生球菌目(Archaeoglobales ord. nov.)第I科古生球菌科(Archaeoglobaceae fam. nov.) 第I属古生球菌属(Archaeoglobus)第II属铁球菌属(Ferroglobus)第VII纲甲烷嗜高热菌纲(Methanopyri class. nov.)第I目甲烷嗜高热菌目(Methanopyrales ord. nov.)第I科甲烷嗜高热菌科(Methanopyraceae fam. nov.)第I属甲烷嗜高热菌属(Methanopyrus)3.细菌域“Bacteria”第BI门产液菌门(Aquificae phy. nov.) 第I纲产液菌纲(Aquificae class. nov.)第I目产液菌目(Aquificales ord. nov.)第I科产液菌科(Aquificaceae fam. nov.)第I属产液菌属(Aquifex)第II属热杆菌属(Calderobacterium)第III属氢杆菌属(Hydrogenobacter)第IV属热发状菌属(Thermocrinis)未定属第I属脱硫杆状菌属(Desulfurobacterium)4.第BII门栖热袍菌门(Thermotogae phy. nov.)第I纲栖热袍菌纲(Thermotogae class. nov.)第I目栖热袍菌目(Thermotogales ord. nov.)第I科栖热袍菌科(Thermotogaceae fam. nov.)第I属栖热袍菌属(Thermotoga)第II属闪烁杆菌属(Fervidobacterium)第III属地袍菌属(Geotoga)第IV属石袍菌属(Petrotoga)第V属栖热腔菌属(Thermosipho)5.第BIII门热脱硫杆菌门(Thermodesulfobacteria phy. nov.) 第I纲热脱硫杆菌纲(Thermodesulfobacteria class. nov.)第I目热脱硫杆菌目(Thermodesulfobacteriales ord. nov.)第I科热脱硫杆菌科(Thermodesulfobacteriaceae fam. nov.)第I属热脱硫杆菌属(Thermodesulfobacterium)6.第BIV门异常球菌——栖热菌门(Deinococcus-Thermus) 第I纲异常球菌纲(Deinococci class. nov.)第I目异常球菌目(Deinococcales)第I科异常球菌科(Deinococcaceae)第I属异常球菌属(Deinococcus)第II目栖热菌目(Thermales ord. nov.)第I科栖热菌科(Thermaceae fam. nov.)第I属栖热菌属(Thermus)第II属稍热菌属(Meiothermus)7.第BV门金矿菌门(Chrysiogenetes phy. nov.)第I纲金矿菌纲(Chrysiogenetes class. nov.)第I目金矿菌目(Chrysiogenales ord. nov.)第I科金矿菌科(Chrysiogenaceae fam. nov.)第I属金矿菌属(Chrysiogenes)8.第BVI门绿屈挠菌门(Chloroflexi phy. nov.)第I纲绿屈挠菌纲(Chloroflexi)第I目绿屈挠菌目(Chloroflexales)第I科绿屈挠菌科(Chloroflexaceae)第I属绿屈挠菌属（Chloroflexus）第II属绿丝菌属(Chloronema)第III属螺丝菌属(Heliothrix)第II科颤绿细菌科(Oscillochloridaceae)第I属绿颤细菌属(Oscillochloris)第II目滑柱菌目(Herpetosiphonales)第I科滑柱菌科(Herpetosiphonaceae)第I属滑柱菌属(Herpetosiphon)第BVII门热微菌门(Thermomicrobia phy. nov.) 第I纲热微菌纲(Thermomicrobia class. nov.)第I目热微菌目(Thermomicrobiales ord. nov.)第I科热微菌科(Thermomicrobiaceae fam. nov.)第I属热微菌属(Thermomicrobium)第BVIII门硝化螺菌门(Nitrospira phy. nov.)第I纲硝化螺菌纲(Nitrospira)第I目硝化螺菌目(Nitrospirales)第I科硝化螺菌科(Nitrospiraceae)第I属硝化螺菌属(Nitrospira)第II属钩端螺菌属(Leptospirillum)第III属磁细菌属(Magnetobacterium)第IV属热脱硫弧菌属(Thermodesulfovibrio)第BIX门铁还原杆菌门(Deferribacteres phy. nov.)第I纲铁还原杆菌纲(Deferribacteres class. nov.)第I目铁还原杆菌目(Deferribacterales ord. nov.)第I科铁还原杆菌科(Deferribacteraceae fam. nov.)第I属铁还原杆菌属(Deferribacter)第II属氮还原弧菌属(Denitrovibrio)第III属弯枝菌属(“Flexistipes”)第IV属地弧菌属(Geovibrio)未定属第I属互养菌属(Synergistes)第BX门蓝细菌门(Cyanobacteria) 第I纲蓝细菌(Cyanobacteria)第I亚组第I科第I形态属管孢蓝细菌属(Chamaesiphon)第II形态属色球蓝细菌属(Chroococcus)第III形态属蓝细菌属(Cyanobacterium)第IV形态属蓝菌属(Cyanobium)第V形态属蓝丝菌属(Cyanothece)第VI属蓝菌属(Dactylococcopsis)第VII形态属粘杆菌属(Gloeobacter)第VIII形态属粘球蓝细菌属(Gloeocapsa)第IX形态属粘杆蓝细菌属(Gloeothece)第X形态属微囊蓝胞菌属(Microcystis)第XI形态属原绿球菌属(Prochlorococcus)第XII形态属原绿蓝细菌属(Prochloron)第XIII形态属聚球蓝细菌属(Synechococcus)第XIV形态属集胞蓝细菌属(Synechocystis)第II亚组第I科第I形态属蓝囊胞菌属(Cyanocystis)第II形态属小皮果蓝细菌属(Dermocarpella)第III形态属斯塔尼尔氏菌属(Stanieria)第IV形态属异球蓝细菌属(Xenococcus)第II科第I形态属拟色球蓝细菌属(Chroococcidiopsis)第II形态属粘八叠球菌属(Myxosarcina)第III形态属宽球蓝细菌属(Pleurocapsa)第III亚组第一科第I形态属节螺蓝细菌属(Arthrospira)第II形态属博氏蓝细菌属(Borzia)第III形态属发毛针蓝细菌属(Crinalium)第IV形态属吉特勒氏线状蓝细菌属(Geitlerinema)第V属盐螺旋藻属(Halospirulina)第VI形态属纤发鞘丝蓝细菌属(Leptolyngbya)第VII形态属湖丝蓝细菌属(Limnothrix)第VIII形态属鞘丝蓝细菌属(Lyngbya)第IX形态属微鞘蓝细菌属(Microcoleus)第X形态属颤蓝细菌属(Oscillatoria)第XI形态属浮霉丝状蓝细菌属(Planktothrix)第XII形态属原绿丝蓝细菌属(Prochlorothrix)第XIII形态属假鱼腥蓝细菌属(Pseudanabaena)第XIV形态属螺旋蓝细菌属(Spirulina)第XV形态属斯塔尔氏蓝细菌属(Starria)第XVI形态属束蓝细菌属(Symploca)第XVII形态属束毛蓝细菌属(Trichodesmium)第XVIII形态属灰线蓝细菌属(Tychonema)第IV亚组第I科第I形态属鱼腥蓝细菌属(Anabaena)第II形态属项圈蓝细菌属(Anabaenopsis)第III形态属蓝束丝蓝细菌属(Aphanizomenon)第IV形态属蓝螺菌属(Cyanospira)第V形态属拟筒孢蓝细菌属(Cylindrospermopsis)第VI形态属筒孢蓝细菌属(Cylindrospermum)第VII形态属节球蓝细菌属(Nodularia)第VIII形态属念珠蓝细菌属(Nostoc)第IX形态属伪枝蓝细菌属(Scytonema)第II科第I形态属眉蓝细菌属(Calothrix)第II形态属胶须蓝细菌属(Rivularia)第III形态属单歧蓝细菌属(Tolypothrix)第V亚组第I科第I形态属拟绿胶蓝细菌属(Chlorogloeopsis)第II形态属飞氏蓝细菌属(Fischerella)第III形态属吉特勒氏蓝细菌属(Geitleria)第IV形态属(Iyengariella)第V形态属拟念珠蓝细菌属(Nostochopsis)第VI形态属真枝蓝细菌属(Stigonema)第BXI门绿菌门(Chlorobi phy. nov.) 第I纲“绿菌纲”(“Chlorobia”)第I目绿菌目(Chlorobiales)第I科绿菌科(Chlorobiaceae)第I属绿菌属(Chlorobium)第II属绿臂菌属(Ancalochloris)第III属绿滑菌属(Chloroherpeton)第IV属暗网菌属(Pelodictyon)第V属突柄绿菌属(Prosthecochloris)第BXII门变形杆菌门(Proteobacteria phy. nov.) 第I纲“阿耳法变形杆菌纲”(“Alphaproteobacteria”)第I目红螺菌目(Rhodospirillales)第I科红螺菌科(Rhodospirillaceae)第I属红螺菌属(Rhodospirillum)第II属固氮螺菌属(Azospirillum)第III属磁螺菌属(Magnetospirillum)第IV属棕色螺菌属(Phaeospirillum)第V属红篓菌属(Rhodocista)第VII属红螺旋菌属(Rhodospira)第VII属海玫瑰菌属(Rhodothalassium)第VIII属玫瑰弧菌属(Rhodovibrio)第IX属蔷薇螺菌属(Roseospira)第X属斯科曼氏球菌属(Skermanella)第II科醋杆菌科(Acetobacteraceae)第I属醋杆菌属(Acetobacter)第II属嗜酸菌属(Acidiphilium)第III属酸球形菌属(Acidisphaera)第IV属酸胞菌属(Acidocella)第V属酸单胞菌属(Acidomonas)第VI属(Asaia)第VII属脆弱球菌属(Craurococcus)第VIII属葡糖酸醋杆菌属(Gluconacetobacter)第IX属葡糖杆菌属(Gluconobacter)第X属副脆弱球菌属(Paracraurococcus)第XI属红球形菌属(Rhodopila)第XII属玫瑰球菌属(Roseococcus)第XIII属星状菌属(Stella)第XIV属扎瓦尔金氏菌属(Zavarzinia)第II目立克次氏体目(Rickettsiales)第I科立克次氏体科(Rickettsiaceae)第I属立克次氏体属(Rickettsia)第II属东方体属(Orientia)第III属沃尔巴克氏体属(Wolbachia)第II科埃里希氏体科(Ehrlichiaceae)第I属埃里希氏体属(Ehrlichia)第II属埃及小体属(Aegyptianella)第III属无形小体属(Anaplasma)第IV属考德里氏体属(Cowdria)第V属新立克次氏体属(Neorickettsia)第VI属(Xenohaliotis)第III科“全孢螺菌科”(“Holosporaceae”)第I属全孢螺菌属(Holospora)第II属杀手杆菌屑(Caedibacter)第III属溶菌属(Lyticum)第IV属多核杆菌属(Polynucleobacter)第V属类杀手杆菌属(Pseudocaedibacter)第VI属共生小体属(Symbiotes)第VII属罩杆菌属(Tectibacter)第VIII属(Odyssella)第III目红杆菌目(Rhodobacterales)第I科红杆菌科(Rhodobacteraceae)第I属红杆菌属(Rhodobacter)第II属阿赫兰氏菌属(Ahrensia)第III属下水道球菌属(Amaricoccus)第IV属南极杆菌属(Antarctobacter)第V属芽殖杆菌属(Gemmobacte r)第VI属海氏菌属(Hirschia)第VII属生丝单胞菌属(Hyphomonas)第VIII属海洋杆状菌属(Maricaulis)第IX属甲基盒菌属(Methylarcula)第X属十八杆菌属(Octadecabacter)第XI属副球菌属(Paracoccus)第XII属小红卵菌属(Rhodovulum)第XIII属玫瑰菌属(Roseibium)第XIV属(Roseinatronobacter)第XV属粉红活动菌属(Roseivivax)第XVI属玫瑰杆菌属(Roseobacter)第XVII属玫瑰变色菌属(Roseovarius)第XVIII属红色单胞菌属(Rubrimonas)第XIX属鲁杰氏菌属(Ruegeria)第XX属箭头菌属(Sagittula)第XXI属斯塔雷氏菌属(Staleya)第XXII属斯塔普氏菌属(Stappia)第XXIII属亚硫酸盐杆菌属（Sulfitobacter）第IV目鞘氨醇单胞菌目(“Sphingomonadales”)第I科鞘氨醇单胞菌科(“Sphingomonadaceae”)第I属鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）第II属芽单泡菌属(Blastomonas)第III属赤细菌属(Erythrobacter)第IV属赤微菌属(Erythromicrobium)第V属红单胞菌属(Erythromonas)第VI属产卟啉杆菌属(Porphyrobacter)第VII嘱根单胞菌属(Rhizomonas)第VIII属橙色杆菌属（Sandaracinobacter）第IX属发酵单咆菌属(Zymomonas)第V目柄杆菌目(Caulobacterales)第I科柄杆菌科(Caulobacteraceae)第I属柄杆菌属(Caulobacter)第II属不粘柄菌属(Asticcacaulis)第III属短波单胞菌属(Brevundimonas)第IV属苯基杆菌属(Phenylobacterium)第VI目“根瘤菌目”(“Rhizobiales”)第I科根瘤菌科(Rhizobiaceae)第I属根瘤菌属(Rhizobium)第II属土壤杆菌属(Agrobacterium)第III属嗜碳菌属(Carbophilus)第IV属螯合杆菌属(Chelatobacter)第V属剑菌属(Ensifer)第VI属中华根瘤菌属(Sinorhizobium)第II科巴尔通氏体科(Bartonellaceae)第I属巴尔通氏体属(Bartonella)第III科市鲁氏菌科(Brucellaceae)第I属布鲁氏菌属(Brucella)第II属枝面菌属(Mycoplana)第III属苍白杆菌属(Ochrobactrum)第IV科“叶瘤杆菌科”(“Phyllobacteriaceae”)第I属叶瘤杆菌属(Phyllobacterium)第II属异根瘤菌属(Allorhizobium)第III属氨基杆菌属(Aminobacter)第IV属污水菌属(Aquamicrobium)第V属废水杆菌属(Defluvibacter)第VI属中间根瘤菌属(Mesorhizobium)第VII属假氨基酸杆菌属(Pseudaminobacter) 第V科“甲基孢囊菌科”(“Methylocystaceae”)第I属甲基孢囊菌属(Methylocystis)第II属甲基球形菌属(Methylopila)第III属甲基弯曲菌属(Methylosinus)第VI科“拜叶林克氏菌科”(“Beijerinckiaceae”)第I属拜叶林克氏菌属(Beijerinckia)第II属螯台球菌属(Chelatococcus)第III属德克斯氏菌属(Derxia)第IV属（Methylocella）第VII科“慢生根瘤菌科”(“Bradyrhizobiaceae”)第I属慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium)第II属阿菲波菌属(Afipia)第III属土壤单胞菌属(Agromonas)第IV属芽生杆菌属(Blastobacter)第V属包西氏菌属(Bosea)第VI属硝化杆菌属(Nitrobacter)第VII属寡养菌属(Oligotropha)第VIII属红假单胞菌属(Rhodopseudomonas)第VIII科生丝微菌科(Hyphomicrobiaceae)第I属生丝微菌属(Hyphomicrobium)第II属臂微菌属(Ancalomicrobium)第III属屈曲杆菌属(Ancylobacter)第IV属角微菌属(Angulomicrobium)第V属水杆菌属(Aquabacter)第VI属固氮根瘤菌属(Azorhizobium)第VII属绿芽菌属(Blastochloris)第VIII属戴沃斯菌属(Devosia)第IX属双歧微菌属(Dichotomicrobium)第X属线状微球菌属(Filomicrobium)第XI属芽殖菌属(Gemmiger)第XII属双头菌属(Labrys)第XIII属耗甲基杆菌属(Methylorhabdus)第XIV属土微菌属(Pedomicrobium)第XV属突柄微菌属(Prosthecomicrobium)碧XVI属红微菌属(Rhodomicrobium)第XVII属红游动菌属(Rhodoplanes)第XVIII属塞里伯氏菌属(Seliberia)第XIX属(Starkeya)第XX属黄色杆菌属(Xanthobacter)第IX科“甲基杆菌科”(“Methylobacteriaceae”)第I属甲基杆菌属(Methylobacterium)第II属甲基杆菌属(Protomonas)第III属玫瑰单胞菌属(Roseomonas)第X科“红菌科”(“Rhodobiaceae”)第I属红菌属(Rhodobium)第II纲“贝塔变形杆菌纲”(“Betaproteobacteria”)第I目“伯克霍尔德氏菌目”(“Burkholderiales”)第I科“伯克霍尔德氏菌科”(“Burkholderiaceae”)第I属伯克霍尔德氏菌属(Burkholderia)第II属贪铜菌属(Cupriavidus)第III属劳特罗普氏菌属(Lautropia)第IV属(Pandoraea)第V属热丝菌属(Thermothrix)第II科“罗尔斯通氏菌科”(“Ralstoniaceae”)第I属罗尔斯通氏菌属(Ralstonia)第III科“草酸杆菌科”(“Oxalobacteraceae”)第I属草酸杆菌属(Oxalobacter)第II属杜擀氏菌属(Duganella)第III属草螺菌属(Herbaspirillum)第IV属紫色杆菌属(Janthinobacterium)第V属(Massilia)第VI属地神菌属(Telluria)第IV科产碱杆菌科(Alcaligenaceae)第I属产碱杆菌属(Alcaligenes)第II属无色杆菌属(Achromobacter)第III属鲍特氏菌属(Bordetella)第IV属居鸽菌属(Pelistega)第V属萨特氏菌属(Sutterella)第VI属泰勒氏菌属(Taylorella)第V科丛毛单胞菌科(Comamonadaceae) 第I属丛毛单胞菌属(Comamonas)第II属食酸菌属(Acidovorax)第III属水杆菌属(Aquabacterium)第IV属短单胞菌属(Brachymonas)第V属戴尔福特菌属(Delftia)第VI属氢噬胞菌属(Hydrogenophaga)第VII属艾德昂菌属(Ideonella)第VIII属纤发菌属(Leptothrix)第IX属极胞菌属(Polaromonas)第X属红育菌属(Rhodoferax)第XI属玫瑰色半光合菌属(Roseateles)第XII属红长命菌属(Rubrivivax)第XIII属球衣菌属(Sphaerotilus)第XIV属(Tepidimonas)第XV属硫单胞菌属(Thiomonas)第XVI属贪噬菌属(Variovorax)第II目“嗜氢菌目”(“Hydrogenophilales”)第I科“嗜氢菌科”(“Hydrogenophilaceae”)第I属嗜氢菌属(Hydrogenophilus)第II属硫杆菌属(Thiobacillus)第III目“嗜甲基菌目”(“Methylophilales”)第I科“嗜甲基菌科”(“Methylophilaceae”)第I属嗜甲基菌属(Methylophilus)第II属甲基小杆菌属(Methylobacillus)第III属食甲基菌属(Methylovorus)第IV目奈瑟氏球菌目(“Neisseriales”)第I科奈瑟氏球菌科(Neisseriaceae)第I属奈瑟氏球菌属(Neisseria)第II属小链菌属(Alysiella)第III属水螺菌属(Aquaspirillum)第IV属链状球菌属(Catenococcus)第V属色杆菌属(Chromobacterium)第VI属艾肯氏菌属(Eikenella)第VII属甲酸弧菌属(Formivibrio)第VIII属紫色小杆菌属(Iodobacter)第IX属金氏菌属(Kingella)第X属微枝杆菌属(Microvirgula)第XI属嗜脯氨酸菌属(Prolinoborus)第XII属西蒙斯氏菌属(Simonsiella)第XIlI属透明颤菌属(Vitreoscilla)第XIV属福格斯氏菌属(Vogesella)第V目“亚硝化单胞菌目”(“Nitrosomonadales”)第I科“亚硝化单胞菌科”(“Nitrosomonadaceae”)第I属亚硝化单胞菌属(Nitrosomonas)第II属亚硝化螺菌属(Nitrosospira)第II科螺菌科(Spirillaceae)第I属螺菌属(Spirillum)第III科嘉利翁氏菌科(Gallionellaceae)第I属嘉利翁氏菌属(Gallionella)第VI目“红环菌目”(“Rhodocyclales”)第I科红环菌科(Rhodocyclaceae)第I属红环菌属(Rhodocyclus)第II属固氮弧菌属(Azoarcus)第III属(Azonexus)第IV属固氮螺菌属(Azospira)第V属固氮弧菌属(Azovibrio)第VI属铁杆菌属(Ferribacterium)第VII属丙酸杆状菌属(Propionibacter)第VIII属丙酸弧菌属(Propionivibrio)第IX属索氏菌属(Thauera)第X属动胶菌属(Zoogloea)第III纲“伽马变形菌纲”(“Gammaproteobacteria”)第I目“着色菌目“(“Chromatiales”)第I科着色菌科(Chromatiaceae)第I属着色菌属(Chromatium)第II属异着色菌属（Allochromatium）第III属可变杆菌属(Amoebobacter)第IV属盐着色菌属(Halochromatium)第V属盐硫杆菌属(Halothiobacillus)第VI属等着色菌属(Isochromatium)第VII属闪杆菌属(Lamprobacter)第VIII属闪囊菌属(Lamprocystis)第IX属海洋着色菌属(Marichromatium)第X属亚硝化球菌属(Nitrosococcus)第XI属斐佛氏菌属(Pfennigia)第XII属杆状色菌属(Rhabdochromatium)第XIII属热着色菌属(Thermochromatium)第XIV属硫碱球菌属(Thioalkalicoccus)第XV属荚硫菌属(Thiocapsa)第XVI属硫球菌属(Thiococcus)第XVII属囊硫菌属(Thiocystis)第XVIII属网硫菌属(Thiodictyon)第XIX属第XX属盐荚硫菌属(Thiohalocapsa)第XXI属硫明卵菌属(Thiolamprovum)第XXII属板硫菌属(Thiopedia)第XXIII属热红球菌属(Thiorhodococcus)第XXIV属硫红弧菌属(Thiorhodovibrio)第XXV属硫螺旋菌届(Thiospirillum)第II科外硫红螺菌科（Ectothiorhodospiraceae）第I属外硫红螺菌属(Ectothiorhodospira)第II属非红单胞菌属(Arhodomonas)第III属需盐红螺菌属(Halorhodospira)第IV属硝化球菌属(Nitrococcus)第V属硫红螺菌属(Thiorhodospira)第II目酸硫杆菌目(Acidithiobacillales)第I科酸硫杆状菌科(Acidithiobacillaceae)第I属酸硫杆状菌属(Acidithiobacillus) 第II科热硫杆状菌科(Thermithiobacillaceae) 第I属热硫杆状菌属(Thermithiobacillus) 第III目“黄单胞菌目”(“Xanthomonadales”)第I科“黄单胞菌科”(“Xanthomonadaceae”)第I属黄单胞菌属(Xanthomonas)第II属弗拉特氏菌属(Frateuria)第III属藤黄单孢菌属(Luteimonas)第IV属溶杆菌属(Lysobacter)第V属涅瓦河菌属(Nevskia)第VI属假黄单胞菌属(Pseudoxanthomonas)第VII属罗思河小杆菌属(Rhodanobacter)第VIII属寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)第IX属木杆菌属(Xylella)第IV目“心杆菌目”(“Cardiobacteriales”)第I科心杆菌科(Cardiobacteriaceae)第I属心杆菌属(Cardiobacterium)第II属腐蹄杆菌属(Dichelobacter)第III属萨顿氏菌属(Suttonella)第V目“硫发菌目”(“Thiotrichales”)第I科“硫发菌科”(“Thiotrichaceae”)第I属硫发菌属(Thiothrix)第II属无色菌属(Achromatium)第III属贝日阿托氏菌属(Beggiatoa)第IV属亮发菌属(Leucothrix)第V属大单胞菌属(Macromonas)第VI属硫小杆菌属(Thiobacterium)第VII属硫珍珠状菌属(Thiomargarita)第VIII属辫硫菌属(Thioploca)第IX属硫螺菌属(Thiospira)第II科“鱼立克次氏体科”(“Piscirickettsiaceae”)第I属鱼立克次氏体属(Piscirickettsia)第II属解环菌属(Cycloclasticus)第III属氢弧菌属(Hydrogenovibrio)第IV属噬甲基菌属(Methylophaga)第V属硫微螺菌属(Thiomicrospira)第III科“弗朗西斯氏菌科”(“Francisellaceae”)第I属弗朗西斯氏菌属(Francisella)第VI目“军团菌目”(“Legionellales”)第I科军团菌科(Legionellaceae)第I属军团菌属(Legionella)第II科“考克斯氏体科”(“Coxiellaceae”)第I属考克斯氏体属(Coxiella)第II属立克次氏小体属(Rickettsiella)第VII目甲基球菌目(Methylococcales)第I科甲基球菌科(Methylococcaceae)第I属甲基球菌属(Methylococcus)第II属甲基杆菌属(Methylobacter)第III属喜热噬甲基菌属(Methylocaldum)第IV属甲基微菌属(Methylomicrobium)第V属甲基单胞菌属(Methylomonas)第VI属甲基球状菌属(Methylosphaera)第VIII目“海洋螺菌目”(“Oceanospirillales”)第I科“海洋螺菌科”(“Oceanospirillaceae”)第I属海洋螺菌属(Oceanospirillum)第II属浴者菌属(Balneatrix)第III属海床杆菌属(Fundibacter)第IV属海单胞菌属(Marinomonos)第V属海螺菌属(Marinospirillum)第VI属海神单胞菌属(Neptunomonas)第II科盐单胞菌科(Halomonadaceae)第I属盐单胞菌属(Halomonas)第II属食烷菌属(Alcanivorax)第III属肉胞菌属(Carnimonas)第IV属色盐杆菌属(Chromohalobacter)第V属德莱氏菌属(Deleya)第VI属发酵细菌属(Zymobacter)第IX目假单胞菌目(Pseudomonadales)第I科假单胞菌科(Pseudomonadaceae)第I属假单胞菌属(Pseudomonas)第II属氮单胞菌属(Azomonas)第III属固氮菌属(Azotobacter)第IV属纤维弧菌属(Cellvibrio)第V属金色单胞菌属(Chryseomonas)第VI属黄色单胞菌属(Flaviomonas)第VII属俊片菌属(Lampropedia)第VIII属中嗜杆菌属(Mesophilobacter)第IX属桑葚状球菌属(Morococcus)第X属寡源杆菌属(Oligella)第XI属根杆菌属(Rhizobacter)第XII属皱纹单胞菌属(Rugamonas)第XIII属蛇形菌属(Serpens)第XIV属栖热嗜油菌属(Thermoleophilum) 第XV属嗜木杆菌属(Xylophilus)第II科莫拉氏菌科(Moraxellaceae)第I属莫拉氏菌属(Moraxella)第II属不动杆菌属(Acinetobacter)第III属嗜冷杆菌属(Psychrobacter)第X目“交替单胞菌目”(“Alteromonadales”)第I科“交替单胞菌科”(“Alteromonadaceae”)第I属交替单胞菌属(Alteromonas)第II属(Allishewanella)第III属科尔维尔氏菌属(Colwellia)第IV属铁还原单胞菌属(Ferrimomas)第V属冰居菌属(Glaciecola)第VI属(Idiomarina)第VII属海杆状菌属(Marinobacter)第VIII属海杆菌属(Marinobacterium)第IX属微泡菌属(Microbulbifer)第X属莫里特拉氏菌属(Moritella)第XI属假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas) 第XII属希瓦氏菌属(Shewanella)第XI目“弧菌目”(“Vibrionales”)第I科弧菌科(Vibrionaceae)第I属弧菌属(Vibrio)第II属异单胞菌属(Allomonas)第III属水栖菌属(Enhydrobacter)第V属发光杆菌属(Photobacterium)第VI属盐弧菌属(Salinivibrio)第XII目“气单胞菌目”(“Aeromonadales”)第I科气单胞菌科(Aeromonadaceae)第I属气单胞菌属(Aeromonas)第II属海洋单胞菌属(Oceanomonas)第III属甲苯单胞菌属(Tolumonas)第II科琥珀酸弧菌科(Succinivibrionaceae) 第I属琥珀酸弧菌属(Succinivibrio)第II属厌氧螺菌属(Anaerobiospirillum)第III属瘤胃杆菌属(Ruminobacter)第IV属琥珀酸单胞菌属(Succinimonas)第XIII目肠杆菌目(Enterobacteriales)第I科肠杆菌科(Enterobacteriaceae)第I属肠杆菌属(Enterobacter)第II属交替球菌属(Alterococcus)第III属杀雄菌属(Arsenophonus)第IV属布伦勒氏菌属(Brenneria)第V属巴克纳氏菌属(Buchnera)第VI属布戴约维采菌属(Budvicia)第VII属布丘氏菌属(Buttiauxella)第VIII属鞘杆菌属(Calymmatobacterium) 第IX属西地西菌属(Cedecea)第X属柠檬酸杆菌属(Citrobacter)第XI属爱德华氏菌属(Edwardsiella)第XII属欧文氏菌属(Erwinia)第XIII属埃希氏菌属(Escherichia)第XIV属爱文氏菌属(Ewingella)第XV属哈夫尼菌属(Hafnia)第XVI属克雷伯氏菌属(Klebsiella)第XVII属克吕沃尔氏菌属(Kluyvera)第XVIII属勒克氏菌属(Leclercia)第XIX属勒米诺氏菌属(Leminorella)第XX属米勒氏菌属(Moellerella)第XXI属摩根氏菌属(Morganella)第XXII属肥杆菌属(Obesumbacterium)第XXIII属泛菌属(Pantoea)第XXIV属坚固杆菌属(Pectobacterium) 第XXV属光杆状菌属(Photorhabdus)第XXVI属邻单胞菌属(Plesiomonas)第XXVII属布拉格菌属(Pragia)第XXVIII属变形菌属(Proteus)第XXIX属普罗威登斯菌属(Providencia)第XXXI属糖杆菌属(Saccharobacter)第XXXII属沙门氏菌属(Salmonella) 第XXXIII属沙雷氏菌属(Serratia)第XXXIV属志贺氏菌属(Shigella)第XXXV属伴蝇菌属(Sodalis)第XXXVI属塔特姆氏菌属(Tatumella)第XXXVII属特拉布斯氏菌属(Trabulsiella)第XXXVIII属威格尔斯沃思氏菌属(Wigglesworthia)第XXXIX属致病杆菌属(Xenorhabdus)第XL属耶尔森氏菌属(Yersinia)第XLI属预研菌属(Yokenella)第XIV目巴斯德氏菌目(Pasteurellales)第I科巴斯德氏菌科(Pasteurellaceae)第I属巴斯德氏菌属(Pasteurella)第II属放线杆菌属(Actinobacillus)第III属嗜血菌属(Haemophilus)第IV属隆派恩菌属(Lonepinella)第V属曼海姆氏菌属(Mannheimia)第VI属海豚杆菌属(Phocoenobacter)第IV纲“德耳塔变形杆菌纲”(“Deltaproteobacteria”)第I目“脱硫菌目”(“Desulfurellales”)第I科“脱硫菌科”（“Desulfurellaceae”）第I属脱硫菌属(Desulfurella)第II属希普氏菌属(Hippea)第II目“脱硫弧菌目”(“Desulfovibrionales”)第I科“脱硫弧菌科”(“Desulfovibrionaceae”)第I属脱硫弧菌属(Desulfovibrio)第II属嗜胆菌属(Bilophila)第III属劳森氏菌属(Lawsonia)第II科“脱硫微杆菌科”(“Desulfomicrobiaceae”)第I属脱硫微杆菌属(Desulfomicrobium)第III科“脱硫盐菌科”(“Desulfohalobiaceae”)第I属脱硫盐菌属(Desulfohalobium)第II属脱硫单胞菌属(desulfomonas)第III属脱硫酸弯曲杆菌属(Desulfonatronovibrio)第IV科脱硫弯曲杆菌科(“Desulfonatronumaceae”)第I属脱硫弯曲杆菌属(Desulfonatronum)第III目脱硫杆菌目(“Desulfobacterales”)第I科脱硫杆菌科(“Desulfobacteraceae”)第I属脱硫杆菌属(Desulfobacter)第II属脱硫杆状菌属(Desulfobacterium)第III属脱硫橄榄样菌属(Desulfobacula)第IV属脱硫胞状菌属（Desulfocella）第V属脱硫球菌属（Desulfococcus）第VI属脱硫豆状菌属（Desulfofaba）第VII属脱硫冷栖菌属（Desulfofrigus）第VIII属脱硫线菌属（Desulfonema）第IX属脱硫八叠球菌属（Desulfosarcina）第X属脱硫螺菌属（Desulfospira）第XI属脱硫小杆菌属(Desulfotalea)第XII属(“Desulfotignum”)第II科脱硫叶菌科(”Desulfobulbaceae”)第I属脱硫叶菌属(Desulfobulbus)第II属脱硫盒菌属(Desulfocapsa)第III属脱硫棒菌属(Desulfofustis)第IV属脱硫管状菌属(Desulforhopalus)第III科硝化刺菌科(Nitrospinaceae)第I属硝化刺菌属(Nitrospina)第II属脱硫橄榄状菌属(Desulfobacca)第III属脱硫念珠菌属(Desulfomonile)第IV目脱硫单胞菌目(“Desulfuromonadales”)第I科脱硫单胞菌科(“Desulfuromonadaceae”)第I属脱硫单胞菌属(Desulfuromonas)第II属硫还原弯形菌属（Desulfuromusa)第II科“土杆菌科”(“Geobacteraceae”)第I属土杆菌属(Geobacter)第III科“粘土杆菌科”(“Pelobacteraceae”)第I属粘土杆菌属(Pelobacter)第II属丙二酸单胞菌属(Malonomonas)第III属(Trichlorobacter)第V目“互营杆菌目”(“Syntrophobacterales”)第I科“互营杆菌科”（“Syntrophobacteraceae”）第I属互营杆菌属(Syntrophobacter)第II属脱硫葡萄状菌属(Desulfacinum)第III属杆状脱硫菌属(Desulforhabdus)第IV属(Desulfovirga)第V属热硫还原杆菌属(Thermodesulforhabdus) 第II科“互养菌科”(“Syntrophaceae”)第I属互养菌属(Syntrophus)第II属史密斯氏菌属(Smithella)第VI目“蛭弧菌目”(“Bdellovibrionales”)第I科“蛭弧菌科”(“Bdellovibrionaceae”)第I属蛭弧菌属(Bdellovibrio)第II属(Bacteriovorax)第III属云母弧菌属(Micavibrio)第IV属吸血弧菌属(Vampirovibrio)第VII目枯球菌目(Myxococcales)第I科帖球菌科(Myxococcaceae)第I属粘球菌属(Myxococcus)第II属囊球菌属(Angiococcus)第II科原囊菌科(Archangiaceae)第I属原囊菌属(Archangium)第III科孢囊杆菌科(Cystobacteraceae)第I属孢囊杆菌属(Cystobacter)第II属蜂窝囊菌属(Melittangium)第III属标桩菌属(Stigmatella)第IV科多囊菌科(Polyangiaceae)第I属多囊菌属(Polyangium)第II属软骨霉状菌属(Chondromyces)第III属侏儒囊菌属(Nannocystis)第V纲“艾普西隆变形杆菌纲”(“Epsilonproteobacteria”)第I目“弯曲杆菌目”(“Campylobacterales”)第I科弯曲杆菌科(Campylobacteraceae)第I属弯曲杆菌属(Campylobacter)第II属弓形菌属(Arcobacter)第III属硫化螺旋菌属(Sulfurospirillum)第IV属卵硫菌属(Thiovulum)第II科“螺杆菌科”(“Helicobacteraceae”)第I属螺杆菌属(Helicobacter)第II属沃林氏菌属(Wolinella)第BXIII门厚壁菌门(Firmicutes) 第I纲梭菌纲(“Clostridia”)第I目梭菌目(Clostridiales)第I科梭菌科(Clostridaceae)第I属梭菌属(Clostridium)第II属醋弧菌属(Acetivibrio)第III属氨基酸杆菌属(Acidaminobacter)第IV属厌氧杆菌属(Anaerobacter)第V属喜热菌属(Caloramator)第VI属(Coprobacillus)第VII属(Natronincola)第VIII属产醋杆菌属(Oxobacter)第IX属八叠球菌属(Sarcina)第X属孢杆菌属(Sporobacter)第XI属热分枝菌属(Thermobrachium)第XII属(Thermohalobacter)第XIII属丁达尔氏菌属(Tindallia)第II科“毛螺菌科”(“Lachnospiraceae”)第I属毛螺菌属(Lachnospira)第II属醋香肠菌属(Acetitomaculum)第III属厌氧细杆菌属(Anaerofilum)第IV属丁酸弧菌属(Butyrivibrio)第V属(Catenibacterium)第VI属卡托氏菌属(Catonella)第VII属粪球菌属(Coprococcus)第VIII属约翰森氏菌属(Johnsonella)第IX属假丁酸弧菌属(Pseudobutyrivibrio)第X属罗斯伯里氏菌属(Roseburia)第XI属瘤胃球菌属(Ruminococcus)第XII属生孢杆菌属(Sporobacterium)第III科“消化链球菌科”(“Peptostreptococcaceae”)第I属消化链球菌属(Peptostreptococcus)第II属产线菌属(Filifactor)第III属(Finegoldia)第IV属小纺锤状菌属(Fusibacter)第V属创伤球菌属(Helcococcus)第VI属(Micromonas)第VII属蒂西耶氏菌属(Tissierella)第IV科“真杆菌科”(“Eubacteriaceae”)第I属真杆菌属(Eubacterium)第II属醋酸杆菌属(Acetobacterium)第III属(Anaerovorax)第IV属(Mogibacterium)第V属假支杆菌属(Pseudoramibacter)第V科消化球菌科(Peptococcaceae)第I属消化球菌属(Peptococcus)第II属厌氧弓形菌属(Anaeroarcus)第III属厌氧弯曲菌属(Anaerosinus)第IV属厌氧弧菌属(Anaerovibrio)第V属一氧化碳嗜热菌属(Carboxydothermus)第VI属蜈蚣状菌属(Centipeda)第VII属脱卤素杆菌属(Dehalobacter)第VIII属树源生孢杆菌属(Dendrosporobacter)第IX属脱亚硫酸菌属(Desulfitobacterium)第X属脱磺酸盐生孢杆菌属(Desulfonispora)第XI属脱硫芽孢弯曲菌属(Desulfosporosinus)第XII属脱硫肠状菌属(Desulfotomaculum)第XIII属光岗菌属(Mitsuokella)第XIV属丙酸螺菌属(Propionispira)第XV属琥珀酸螺菌属(Succinispira)。

伯杰氏细菌系统分类学手册伯杰氏细菌系统分类学手册《伯杰氏细菌系统分类学手册》（“Bergry’s Manual of Systematic Bacteriology”），第二版，2001 年春，Springer-Verlag 公司，Gerge M. Garrity, Mattew Winters和Nenise B. Searles第二版五卷本与第一版相比又有较大改动，与第八、第九版伯杰氏细菌鉴定学手册也有明显区别。

它不是根据表型，而是以系统发生（进化）的框架为基础。

参照了16S rDNA的序列。

编辑们预计在手册第一卷到最后一卷出版的5、6年间，可能会再发现100多个新属。

他们会不断修订错误，在后继出版的各卷中，出一个新的分类大纲。

伯杰氏手册公司的网站（/bergeys）也会定期更新。

第二版的第一卷在2001年5月出版；第二卷在2004年2月出版。

古生菌域（Doma in “Archaea”）1. 第AI门泉古生菌门(Crenarchaeota phy. nov.)第I纲热变形菌纲(Thermoprotei class. nov.)第I目热变形菌目(Thermoproteales)第I科热变形菌科(Thermoproteaceae)第I属热变形菌属(Thermoproteus)第II属热杆菌属(Caldivirga)第III属热棒菌属(Pyrobaculum)第IV属热枝菌属(Thermocladium)第II科热丝菌科(Thermofilaceae)第I属热丝菌属(Thermofilum)第II目硫还原古球菌目(Desulfurococcales ord. nov.)第I科硫还原古球菌科(Desulfurococcaceae)第I属硫还原古球菌属(Desulfurococcus)第II属(Acidolobus)第III属气热菌属(Aeropyrum)第IV属浆果状火球菌属(Ignicoccus)第V属葡萄嗜热菌属(Staphylothermus)第VI属斯梯特氏菌属(Stetteria)第VII属恐硫球菌属(Sulfophobococcus)第VIII属热盘菌属(Thermodiscus gen. nov.)第IX属耐热球菌属(Thermosphaera)第II科热网菌科(Pyrodictiaceae)第I属热网菌属(Pyrodictium)第II属栖高温菌属(Hyperthermus)第III属热叶菌属(Pyrolobus)第III目硫化叶菌目(Sulfolobales)第I科硫化叶菌科(Sulfolobaceae)第I属硫化叶菌属(Sulfolobus)第II属酸菌属(Acidianus)第III属生金球菌属(Metallosphaera)第IV属栖冥河菌属(Stygiolobus)第V属硫代谢球菌属(Sulfurisphaera)第VI属硫化球菌属(Sulfurococcus)2.第AII门广古生菌门(Euryarchaeota phy. nov.) 第I纲甲烷杆菌纲(Methanobacteria class. nov.)第I目甲烷杆菌目(Methanobacteriales)第I科甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae)第I属甲烷杆菌属(Methanobacterium)第II属甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)第III属甲烷球形菌属(Methanosphaera)第IV属甲烷嗜热杆菌属(Methanothermobacter)第II科甲烷嗜热菌科(Methanothermaceae)第I属甲烷嗜热菌属(Methanothermus)第II纲甲烷球菌纲(Methanococci class. nov.)第I目甲烷球菌目(Methanococcales)第I科甲烷球菌科(Methanococcaceae)第I属甲烷球菌属(Methanococcus)第II属甲烷嗜热球菌属(Methanothermococcus gen. nov.)第II科甲烷热球菌科(Methanocaldococcaceae fam. nov.)第I属甲烷热球菌属(Methanocaldococcus gen. nov.)第II属甲烷干热菌属(Methanotorris gen. nov.)第II目甲烷微菌目(Methanomicrobiales)第I科甲烷微菌科(Methanomicrobiaceae)第I属甲烷微菌属(Methanomicrobium)第II属甲烷袋状菌属(Methanoculleus)第III属产甲烷袋菌属(Methanofollis)第IV属产甲烷菌属(Methanogenium)第V属叶形甲烷菌属(Methanolacinia)第VI属甲烷盘菌属(Methanoplanus)第II科甲烷粒菌科(Methanocorpusculaceae)第I属甲烷粒菌属(Methanocorpusculum)第III科甲烷螺菌科(Methanospirillaceae fam. nov.)第I属甲烷螺菌属(Methanospirillum)未定属第I属产甲烷石状菌属(Methanocalculus)第III目甲烷八叠球菌目(Methanosarcinales)第I科甲烷八叠球菌科(Methanosarcinaceae)第I属甲烷八叠球菌属(Methanosarcina)第II属甲烷拟球菌属(Methanococcoides)第III属甲烷喜盐菌属(Methanohalobium)第IV属甲烷嗜盐菌属(Methanohalophilus)第V属甲烷叶菌属(Methanolobus)第VI属甲烷微球菌属(Methanomicrococcus)第VII属甲烷盐菌属(Methanosalsum gen.nov.)第II科鬃毛甲烷菌科(Methanosaetaceae fam.nov.) 第I属鬃毛甲烷菌科属(Methanosaeta)第III纲盐杆菌纲(Halobacteria class. nov.)第I目盐杆菌目(Halobacteriales)第I科盐杆菌科(Halobacteriaceae)第I属盐杆菌属(Halobacterium)第II属盐盒菌属(Haloarcula)第III属盐棒杆菌属(Halobaculum)第IV属盐球菌属(Halococcus)第V属富盐菌属(Haloferax)第VI属盐几何形菌属(Halogeometricum)第VII属盐杆状菌属(Halorhabdus)第VIII属盐红菌属(Halorubrum)第IX属盐栖菌属(Haloterrigena)第X属无色嗜盐菌属(Natrialba)第XI属钠线菌属(Natrinema)第XII属嗜盐碱杆菌属（Natronobacterium）第XIII属嗜盐碱球菌属(Natronococcus)第XIV属嗜盐碱单胞菌属(Natronomonas)第XV属碱红菌属(Natronorubrum)第IV纲热原体纲(Thermoplasmata class. nov.)第I目热原体目(Thermoplasmatales ord. nov.)第I科热原体科(Thermoplasmataceae fam. nov.) 第I属热原体属(Thermoplasma)第II科嗜酸古菌科(Picrophilaceae)第I属嗜酸古菌属(Picrophilus)第III科铁原体科(Ferroplasmataceae)第I属铁原体属(Ferroplasma)第V纲热球菌纲(Thermococci class. nov.)第I目热球菌目(Thermococcales)第I科热球菌科(Thermococcaceae)第I属嗜热球菌属(Thermococcus)第II属古老球菌属(Palaeococcus)第III属热球菌属(Pyrococcus)第VI纲古生球菌纲(Archaeoglobi class. nov.)第I目古生球菌目(Archaeoglobales ord. nov.)第I科古生球菌科(Archaeoglobaceae fam. nov.) 第I属古生球菌属(Archaeoglobus)第II属铁球菌属(Ferroglobus)第VII纲甲烷嗜高热菌纲(Methanopyri class. nov.)第I目甲烷嗜高热菌目(Methanopyrales ord. nov.)第I科甲烷嗜高热菌科(Methanopyraceae fam. nov.)第I属甲烷嗜高热菌属(Methanopyrus)3.细菌域“Bacteria”第BI门产液菌门(Aquificae phy. nov.) 第I纲产液菌纲(Aquificae class. nov.)第I目产液菌目(Aquificales ord. nov.)第I科产液菌科(Aquificaceae fam. nov.)第I属产液菌属(Aquifex)第II属热杆菌属(Calderobacterium)第III属氢杆菌属(Hydrogenobacter)第IV属热发状菌属(Thermocrinis)未定属第I属脱硫杆状菌属(Desulfurobacterium)4.第BII门栖热袍菌门(Thermotogae phy. nov.)第I纲栖热袍菌纲(Thermotogae class. nov.)第I目栖热袍菌目(Thermotogales ord. nov.)第I科栖热袍菌科(Thermotogaceae fam. nov.)第I属栖热袍菌属(Thermotoga)第II属闪烁杆菌属(Fervidobacterium)第III属地袍菌属(Geotoga)第IV属石袍菌属(Petrotoga)第V属栖热腔菌属(Thermosipho)5.第BIII门热脱硫杆菌门(Thermodesulfobacteria phy. nov.) 第I纲热脱硫杆菌纲(Thermodesulfobacteria class. nov.)第I目热脱硫杆菌目(Thermodesulfobacteriales ord. nov.)第I科热脱硫杆菌科(Thermodesulfobacteriaceae fam. nov.)第I属热脱硫杆菌属(Thermodesulfobacterium)6.第BIV门异常球菌——栖热菌门(Deinococcus-Thermus) 第I纲异常球菌纲(Deinococci class. nov.)第I目异常球菌目(Deinococcales)第I科异常球菌科(Deinococcaceae)第I属异常球菌属(Deinococcus)第II目栖热菌目(Thermales ord. nov.)第I科栖热菌科(Thermaceae fam. nov.)第I属栖热菌属(Thermus)第II属稍热菌属(Meiothermus)7.第BV门金矿菌门(Chrysiogenetes phy. nov.)第I纲金矿菌纲(Chrysiogenetes class. nov.)第I目金矿菌目(Chrysiogenales ord. nov.)第I科金矿菌科(Chrysiogenaceae fam. nov.)第I属金矿菌属(Chrysiogenes)8.第BVI门绿屈挠菌门(Chloroflexi phy. nov.)第I纲绿屈挠菌纲(Chloroflexi)第I目绿屈挠菌目(Chloroflexales)第I科绿屈挠菌科(Chloroflexaceae)第I属绿屈挠菌属（Chloroflexus）第II属绿丝菌属(Chloronema)第III属螺丝菌属(Heliothrix)第II科颤绿细菌科(Oscillochloridaceae)第I属绿颤细菌属(Oscillochloris)第II目滑柱菌目(Herpetosiphonales)第I科滑柱菌科(Herpetosiphonaceae)第I属滑柱菌属(Herpetosiphon)第BVII门热微菌门(Thermomicrobia phy. nov.) 第I纲热微菌纲(Thermomicrobia class. nov.)第I目热微菌目(Thermomicrobiales ord. nov.)第I科热微菌科(Thermomicrobiaceae fam. nov.)第I属热微菌属(Thermomicrobium)第BVIII门硝化螺菌门(Nitrospira phy. nov.)第I纲硝化螺菌纲(Nitrospira)第I目硝化螺菌目(Nitrospirales)第I科硝化螺菌科(Nitrospiraceae)第I属硝化螺菌属(Nitrospira)第II属钩端螺菌属(Leptospirillum)第III属磁细菌属(Magnetobacterium)第IV属热脱硫弧菌属(Thermodesulfovibrio)第BIX门铁还原杆菌门(Deferribacteres phy. nov.)第I纲铁还原杆菌纲(Deferribacteres class. nov.)第I目铁还原杆菌目(Deferribacterales ord. nov.)第I科铁还原杆菌科(Deferribacteraceae fam. nov.)第I属铁还原杆菌属(Deferribacter)第II属氮还原弧菌属(Denitrovibrio)第III属弯枝菌属(“Flexistipes”)第IV属地弧菌属(Geovibrio)未定属第I属互养菌属(Synergistes)第BX门蓝细菌门(Cyanobacteria) 第I纲蓝细菌(Cyanobacteria)第I亚组第I科第I形态属管孢蓝细菌属(Chamaesiphon)第II形态属色球蓝细菌属(Chroococcus)第III形态属蓝细菌属(Cyanobacterium)第IV形态属蓝菌属(Cyanobium)第V形态属蓝丝菌属(Cyanothece)第VI属蓝菌属(Dactylococcopsis)第VII形态属粘杆菌属(Gloeobacter)第VIII形态属粘球蓝细菌属(Gloeocapsa)第IX形态属粘杆蓝细菌属(Gloeothece)第X形态属微囊蓝胞菌属(Microcystis)第XI形态属原绿球菌属(Prochlorococcus)第XII形态属原绿蓝细菌属(Prochloron)第XIII形态属聚球蓝细菌属(Synechococcus)第XIV形态属集胞蓝细菌属(Synechocystis)第II亚组第I科第I形态属蓝囊胞菌属(Cyanocystis)第II形态属小皮果蓝细菌属(Dermocarpella)第III形态属斯塔尼尔氏菌属(Stanieria)第IV形态属异球蓝细菌属(Xenococcus)第II科第I形态属拟色球蓝细菌属(Chroococcidiopsis)第II形态属粘八叠球菌属(Myxosarcina)第III形态属宽球蓝细菌属(Pleurocapsa)第III亚组第一科第I形态属节螺蓝细菌属(Arthrospira)第II形态属博氏蓝细菌属(Borzia)第III形态属发毛针蓝细菌属(Crinalium)第IV形态属吉特勒氏线状蓝细菌属(Geitlerinema)第V属盐螺旋藻属(Halospirulina)第VI形态属纤发鞘丝蓝细菌属(Leptolyngbya)第VII形态属湖丝蓝细菌属(Limnothrix)第VIII形态属鞘丝蓝细菌属(Lyngbya)第IX形态属微鞘蓝细菌属(Microcoleus)第X形态属颤蓝细菌属(Oscillatoria)第XI形态属浮霉丝状蓝细菌属(Planktothrix)第XII形态属原绿丝蓝细菌属(Prochlorothrix)第XIII形态属假鱼腥蓝细菌属(Pseudanabaena)第XIV形态属螺旋蓝细菌属(Spirulina)第XV形态属斯塔尔氏蓝细菌属(Starria)第XVI形态属束蓝细菌属(Symploca)第XVII形态属束毛蓝细菌属(Trichodesmium)第XVIII形态属灰线蓝细菌属(Tychonema)第IV亚组第I科第I形态属鱼腥蓝细菌属(Anabaena)第II形态属项圈蓝细菌属(Anabaenopsis)第III形态属蓝束丝蓝细菌属(Aphanizomenon)第IV形态属蓝螺菌属(Cyanospira)第V形态属拟筒孢蓝细菌属(Cylindrospermopsis)第VI形态属筒孢蓝细菌属(Cylindrospermum)第VII形态属节球蓝细菌属(Nodularia)第VIII形态属念珠蓝细菌属(Nostoc)第IX形态属伪枝蓝细菌属(Scytonema)第II科第I形态属眉蓝细菌属(Calothrix)第II形态属胶须蓝细菌属(Rivularia)第III形态属单歧蓝细菌属(Tolypothrix)第V亚组第I科第I形态属拟绿胶蓝细菌属(Chlorogloeopsis)第II形态属飞氏蓝细菌属(Fischerella)第III形态属吉特勒氏蓝细菌属(Geitleria)第IV形态属(Iyengariella)第V形态属拟念珠蓝细菌属(Nostochopsis)第VI形态属真枝蓝细菌属(Stigonema)第BXI门绿菌门(Chlorobi phy. nov.) 第I纲“绿菌纲”(“Chlorobia”)第I目绿菌目(Chlorobiales)第I科绿菌科(Chlorobiaceae)第I属绿菌属(Chlorobium)第II属绿臂菌属(Ancalochloris)第III属绿滑菌属(Chloroherpeton)第IV属暗网菌属(Pelodictyon)第V属突柄绿菌属(Prosthecochloris)第BXII门变形杆菌门(Proteobacteria phy. nov.) 第I纲“阿耳法变形杆菌纲”(“Alphaproteobacteria”)第I目红螺菌目(Rhodospirillales)第I科红螺菌科(Rhodospirillaceae)第I属红螺菌属(Rhodospirillum)第II属固氮螺菌属(Azospirillum)第III属磁螺菌属(Magnetospirillum)第IV属棕色螺菌属(Phaeospirillum)第V属红篓菌属(Rhodocista)第VII属红螺旋菌属(Rhodospira)第VII属海玫瑰菌属(Rhodothalassium)第VIII属玫瑰弧菌属(Rhodovibrio)第IX属蔷薇螺菌属(Roseospira)第X属斯科曼氏球菌属(Skermanella)第II科醋杆菌科(Acetobacteraceae)第I属醋杆菌属(Acetobacter)第II属嗜酸菌属(Acidiphilium)第III属酸球形菌属(Acidisphaera)第IV属酸胞菌属(Acidocella)第V属酸单胞菌属(Acidomonas)第VI属(Asaia)第VII属脆弱球菌属(Craurococcus)第VIII属葡糖酸醋杆菌属(Gluconacetobacter)第IX属葡糖杆菌属(Gluconobacter)第X属副脆弱球菌属(Paracraurococcus)第XI属红球形菌属(Rhodopila)第XII属玫瑰球菌属(Roseococcus)第XIII属星状菌属(Stella)第XIV属扎瓦尔金氏菌属(Zavarzinia)第II目立克次氏体目(Rickettsiales)第I科立克次氏体科(Rickettsiaceae)第I属立克次氏体属(Rickettsia)第II属东方体属(Orientia)第III属沃尔巴克氏体属(Wolbachia)第II科埃里希氏体科(Ehrlichiaceae)第I属埃里希氏体属(Ehrlichia)第II属埃及小体属(Aegyptianella)第III属无形小体属(Anaplasma)第IV属考德里氏体属(Cowdria)第V属新立克次氏体属(Neorickettsia)第VI属(Xenohaliotis)第III科“全孢螺菌科”(“Holosporaceae”)第I属全孢螺菌属(Holospora)第II属杀手杆菌屑(Caedibacter)第III属溶菌属(Lyticum)第IV属多核杆菌属(Polynucleobacter)第V属类杀手杆菌属(Pseudocaedibacter)第VI属共生小体属(Symbiotes)第VII属罩杆菌属(Tectibacter)第VIII属(Odyssella)第III目红杆菌目(Rhodobacterales)第I科红杆菌科(Rhodobacteraceae)第I属红杆菌属(Rhodobacter)第II属阿赫兰氏菌属(Ahrensia)第III属下水道球菌属(Amaricoccus)第IV属南极杆菌属(Antarctobacter)第V属芽殖杆菌属(Gemmobacte r)第VI属海氏菌属(Hirschia)第VII属生丝单胞菌属(Hyphomonas)第VIII属海洋杆状菌属(Maricaulis)第IX属甲基盒菌属(Methylarcula)第X属十八杆菌属(Octadecabacter)第XI属副球菌属(Paracoccus)第XII属小红卵菌属(Rhodovulum)第XIII属玫瑰菌属(Roseibium)第XIV属(Roseinatronobacter)第XV属粉红活动菌属(Roseivivax)第XVI属玫瑰杆菌属(Roseobacter)第XVII属玫瑰变色菌属(Roseovarius)第XVIII属红色单胞菌属(Rubrimonas)第XIX属鲁杰氏菌属(Ruegeria)第XX属箭头菌属(Sagittula)第XXI属斯塔雷氏菌属(Staleya)第XXII属斯塔普氏菌属(Stappia)第XXIII属亚硫酸盐杆菌属（Sulfitobacter）第IV目鞘氨醇单胞菌目(“Sphingomonadales”)第I科鞘氨醇单胞菌科(“Sphingomonadaceae”)第I属鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）第II属芽单泡菌属(Blastomonas)第III属赤细菌属(Erythrobacter)第IV属赤微菌属(Erythromicrobium)第V属红单胞菌属(Erythromonas)第VI属产卟啉杆菌属(Porphyrobacter)第VII嘱根单胞菌属(Rhizomonas)第VIII属橙色杆菌属（Sandaracinobacter）第IX属发酵单咆菌属(Zymomonas)第V目柄杆菌目(Caulobacterales)第I科柄杆菌科(Caulobacteraceae)第I属柄杆菌属(Caulobacter)第II属不粘柄菌属(Asticcacaulis)第III属短波单胞菌属(Brevundimonas)第IV属苯基杆菌属(Phenylobacterium)第VI目“根瘤菌目”(“Rhizobiales”)第I科根瘤菌科(Rhizobiaceae)第I属根瘤菌属(Rhizobium)第II属土壤杆菌属(Agrobacterium)第III属嗜碳菌属(Carbophilus)第IV属螯合杆菌属(Chelatobacter)第V属剑菌属(Ensifer)第VI属中华根瘤菌属(Sinorhizobium)第II科巴尔通氏体科(Bartonellaceae)第I属巴尔通氏体属(Bartonella)第III科市鲁氏菌科(Brucellaceae)第I属布鲁氏菌属(Brucella)第II属枝面菌属(Mycoplana)第III属苍白杆菌属(Ochrobactrum)第IV科“叶瘤杆菌科”(“Phyllobacteriaceae”)第I属叶瘤杆菌属(Phyllobacterium)第II属异根瘤菌属(Allorhizobium)第III属氨基杆菌属(Aminobacter)第IV属污水菌属(Aquamicrobium)第V属废水杆菌属(Defluvibacter)第VI属中间根瘤菌属(Mesorhizobium)第VII属假氨基酸杆菌属(Pseudaminobacter) 第V科“甲基孢囊菌科”(“Methylocystaceae”)第I属甲基孢囊菌属(Methylocystis)第II属甲基球形菌属(Methylopila)第III属甲基弯曲菌属(Methylosinus)第VI科“拜叶林克氏菌科”(“Beijerinckiaceae”)第I属拜叶林克氏菌属(Beijerinckia)第II属螯台球菌属(Chelatococcus)第III属德克斯氏菌属(Derxia)第IV属（Methylocella）第VII科“慢生根瘤菌科”(“Bradyrhizobiaceae”)第I属慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium)第II属阿菲波菌属(Afipia)第III属土壤单胞菌属(Agromonas)第IV属芽生杆菌属(Blastobacter)第V属包西氏菌属(Bosea)第VI属硝化杆菌属(Nitrobacter)第VII属寡养菌属(Oligotropha)第VIII属红假单胞菌属(Rhodopseudomonas)第VIII科生丝微菌科(Hyphomicrobiaceae)第I属生丝微菌属(Hyphomicrobium)第II属臂微菌属(Ancalomicrobium)第III属屈曲杆菌属(Ancylobacter)第IV属角微菌属(Angulomicrobium)第V属水杆菌属(Aquabacter)第VI属固氮根瘤菌属(Azorhizobium)第VII属绿芽菌属(Blastochloris)第VIII属戴沃斯菌属(Devosia)第IX属双歧微菌属(Dichotomicrobium)第X属线状微球菌属(Filomicrobium)第XI属芽殖菌属(Gemmiger)第XII属双头菌属(Labrys)第XIII属耗甲基杆菌属(Methylorhabdus)第XIV属土微菌属(Pedomicrobium)第XV属突柄微菌属(Prosthecomicrobium)碧XVI属红微菌属(Rhodomicrobium)第XVII属红游动菌属(Rhodoplanes)第XVIII属塞里伯氏菌属(Seliberia)第XIX属(Starkeya)第XX属黄色杆菌属(Xanthobacter)第IX科“甲基杆菌科”(“Methylobacteriaceae”)第I属甲基杆菌属(Methylobacterium)第II属甲基杆菌属(Protomonas)第III属玫瑰单胞菌属(Roseomonas)第X科“红菌科”(“Rhodobiaceae”)第I属红菌属(Rhodobium)第II纲“贝塔变形杆菌纲”(“Betaproteobacteria”)第I目“伯克霍尔德氏菌目”(“Burkholderiales”)第I科“伯克霍尔德氏菌科”(“Burkholderiaceae”)第I属伯克霍尔德氏菌属(Burkholderia)第II属贪铜菌属(Cupriavidus)第III属劳特罗普氏菌属(Lautropia)第IV属(Pandoraea)第V属热丝菌属(Thermothrix)第II科“罗尔斯通氏菌科”(“Ralstoniaceae”)第I属罗尔斯通氏菌属(Ralstonia)第III科“草酸杆菌科”(“Oxalobacteraceae”)第I属草酸杆菌属(Oxalobacter)第II属杜擀氏菌属(Duganella)第III属草螺菌属(Herbaspirillum)第IV属紫色杆菌属(Janthinobacterium)第V属(Massilia)第VI属地神菌属(Telluria)第IV科产碱杆菌科(Alcaligenaceae)第I属产碱杆菌属(Alcaligenes)第II属无色杆菌属(Achromobacter)第III属鲍特氏菌属(Bordetella)第IV属居鸽菌属(Pelistega)第V属萨特氏菌属(Sutterella)第VI属泰勒氏菌属(Taylorella)第V科丛毛单胞菌科(Comamonadaceae) 第I属丛毛单胞菌属(Comamonas)第II属食酸菌属(Acidovorax)第III属水杆菌属(Aquabacterium)第IV属短单胞菌属(Brachymonas)第V属戴尔福特菌属(Delftia)第VI属氢噬胞菌属(Hydrogenophaga)第VII属艾德昂菌属(Ideonella)第VIII属纤发菌属(Leptothrix)第IX属极胞菌属(Polaromonas)第X属红育菌属(Rhodoferax)第XI属玫瑰色半光合菌属(Roseateles)第XII属红长命菌属(Rubrivivax)第XIII属球衣菌属(Sphaerotilus)第XIV属(Tepidimonas)第XV属硫单胞菌属(Thiomonas)第XVI属贪噬菌属(Variovorax)第II目“嗜氢菌目”(“Hydrogenophilales”)第I科“嗜氢菌科”(“Hydrogenophilaceae”)第I属嗜氢菌属(Hydrogenophilus)第II属硫杆菌属(Thiobacillus)第III目“嗜甲基菌目”(“Methylophilales”)第I科“嗜甲基菌科”(“Methylophilaceae”)第I属嗜甲基菌属(Methylophilus)第II属甲基小杆菌属(Methylobacillus)第III属食甲基菌属(Methylovorus)第IV目奈瑟氏球菌目(“Neisseriales”)第I科奈瑟氏球菌科(Neisseriaceae)第I属奈瑟氏球菌属(Neisseria)第II属小链菌属(Alysiella)第III属水螺菌属(Aquaspirillum)第IV属链状球菌属(Catenococcus)第V属色杆菌属(Chromobacterium)第VI属艾肯氏菌属(Eikenella)第VII属甲酸弧菌属(Formivibrio)第VIII属紫色小杆菌属(Iodobacter)第IX属金氏菌属(Kingella)第X属微枝杆菌属(Microvirgula)第XI属嗜脯氨酸菌属(Prolinoborus)第XII属西蒙斯氏菌属(Simonsiella)第XIlI属透明颤菌属(Vitreoscilla)第XIV属福格斯氏菌属(Vogesella)第V目“亚硝化单胞菌目”(“Nitrosomonadales”)第I科“亚硝化单胞菌科”(“Nitrosomonadaceae”)第I属亚硝化单胞菌属(Nitrosomonas)第II属亚硝化螺菌属(Nitrosospira)第II科螺菌科(Spirillaceae)第I属螺菌属(Spirillum)第III科嘉利翁氏菌科(Gallionellaceae)第I属嘉利翁氏菌属(Gallionella)第VI目“红环菌目”(“Rhodocyclales”)第I科红环菌科(Rhodocyclaceae)第I属红环菌属(Rhodocyclus)第II属固氮弧菌属(Azoarcus)第III属(Azonexus)第IV属固氮螺菌属(Azospira)第V属固氮弧菌属(Azovibrio)第VI属铁杆菌属(Ferribacterium)第VII属丙酸杆状菌属(Propionibacter)第VIII属丙酸弧菌属(Propionivibrio)第IX属索氏菌属(Thauera)第X属动胶菌属(Zoogloea)第III纲“伽马变形菌纲”(“Gammaproteobacteria”)第I目“着色菌目“(“Chromatiales”)第I科着色菌科(Chromatiaceae)第I属着色菌属(Chromatium)第II属异着色菌属（Allochromatium）第III属可变杆菌属(Amoebobacter)第IV属盐着色菌属(Halochromatium)第V属盐硫杆菌属(Halothiobacillus)第VI属等着色菌属(Isochromatium)第VII属闪杆菌属(Lamprobacter)第VIII属闪囊菌属(Lamprocystis)第IX属海洋着色菌属(Marichromatium)第X属亚硝化球菌属(Nitrosococcus)第XI属斐佛氏菌属(Pfennigia)第XII属杆状色菌属(Rhabdochromatium)第XIII属热着色菌属(Thermochromatium)第XIV属硫碱球菌属(Thioalkalicoccus)第XV属荚硫菌属(Thiocapsa)第XVI属硫球菌属(Thiococcus)第XVII属囊硫菌属(Thiocystis)第XVIII属网硫菌属(Thiodictyon)第XIX属第XX属盐荚硫菌属(Thiohalocapsa)第XXI属硫明卵菌属(Thiolamprovum)第XXII属板硫菌属(Thiopedia)第XXIII属热红球菌属(Thiorhodococcus)第XXIV属硫红弧菌属(Thiorhodovibrio)第XXV属硫螺旋菌届(Thiospirillum)第II科外硫红螺菌科（Ectothiorhodospiraceae）第I属外硫红螺菌属(Ectothiorhodospira)第II属非红单胞菌属(Arhodomonas)第III属需盐红螺菌属(Halorhodospira)第IV属硝化球菌属(Nitrococcus)第V属硫红螺菌属(Thiorhodospira)第II目酸硫杆菌目(Acidithiobacillales)第I科酸硫杆状菌科(Acidithiobacillaceae)第I属酸硫杆状菌属(Acidithiobacillus) 第II科热硫杆状菌科(Thermithiobacillaceae) 第I属热硫杆状菌属(Thermithiobacillus) 第III目“黄单胞菌目”(“Xanthomonadales”)第I科“黄单胞菌科”(“Xanthomonadaceae”)第I属黄单胞菌属(Xanthomonas)第II属弗拉特氏菌属(Frateuria)第III属藤黄单孢菌属(Luteimonas)第IV属溶杆菌属(Lysobacter)第V属涅瓦河菌属(Nevskia)第VI属假黄单胞菌属(Pseudoxanthomonas)第VII属罗思河小杆菌属(Rhodanobacter)第VIII属寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)第IX属木杆菌属(Xylella)第IV目“心杆菌目”(“Cardiobacteriales”)第I科心杆菌科(Cardiobacteriaceae)第I属心杆菌属(Cardiobacterium)第II属腐蹄杆菌属(Dichelobacter)第III属萨顿氏菌属(Suttonella)第V目“硫发菌目”(“Thiotrichales”)第I科“硫发菌科”(“Thiotrichaceae”)第I属硫发菌属(Thiothrix)第II属无色菌属(Achromatium)第III属贝日阿托氏菌属(Beggiatoa)第IV属亮发菌属(Leucothrix)第V属大单胞菌属(Macromonas)第VI属硫小杆菌属(Thiobacterium)第VII属硫珍珠状菌属(Thiomargarita)第VIII属辫硫菌属(Thioploca)第IX属硫螺菌属(Thiospira)第II科“鱼立克次氏体科”(“Piscirickettsiaceae”)第I属鱼立克次氏体属(Piscirickettsia)第II属解环菌属(Cycloclasticus)第III属氢弧菌属(Hydrogenovibrio)第IV属噬甲基菌属(Methylophaga)第V属硫微螺菌属(Thiomicrospira)第III科“弗朗西斯氏菌科”(“Francisellaceae”)第I属弗朗西斯氏菌属(Francisella)第VI目“军团菌目”(“Legionellales”)第I科军团菌科(Legionellaceae)第I属军团菌属(Legionella)第II科“考克斯氏体科”(“Coxiellaceae”)第I属考克斯氏体属(Coxiella)第II属立克次氏小体属(Rickettsiella)第VII目甲基球菌目(Methylococcales)第I科甲基球菌科(Methylococcaceae)第I属甲基球菌属(Methylococcus)第II属甲基杆菌属(Methylobacter)第III属喜热噬甲基菌属(Methylocaldum)第IV属甲基微菌属(Methylomicrobium)第V属甲基单胞菌属(Methylomonas)第VI属甲基球状菌属(Methylosphaera)第VIII目“海洋螺菌目”(“Oceanospirillales”)第I科“海洋螺菌科”(“Oceanospirillaceae”)第I属海洋螺菌属(Oceanospirillum)第II属浴者菌属(Balneatrix)第III属海床杆菌属(Fundibacter)第IV属海单胞菌属(Marinomonos)第V属海螺菌属(Marinospirillum)第VI属海神单胞菌属(Neptunomonas)第II科盐单胞菌科(Halomonadaceae)第I属盐单胞菌属(Halomonas)第II属食烷菌属(Alcanivorax)第III属肉胞菌属(Carnimonas)第IV属色盐杆菌属(Chromohalobacter)第V属德莱氏菌属(Deleya)第VI属发酵细菌属(Zymobacter)第IX目假单胞菌目(Pseudomonadales)第I科假单胞菌科(Pseudomonadaceae)第I属假单胞菌属(Pseudomonas)第II属氮单胞菌属(Azomonas)第III属固氮菌属(Azotobacter)第IV属纤维弧菌属(Cellvibrio)第V属金色单胞菌属(Chryseomonas)第VI属黄色单胞菌属(Flaviomonas)第VII属俊片菌属(Lampropedia)第VIII属中嗜杆菌属(Mesophilobacter)第IX属桑葚状球菌属(Morococcus)第X属寡源杆菌属(Oligella)第XI属根杆菌属(Rhizobacter)第XII属皱纹单胞菌属(Rugamonas)第XIII属蛇形菌属(Serpens)第XIV属栖热嗜油菌属(Thermoleophilum) 第XV属嗜木杆菌属(Xylophilus)第II科莫拉氏菌科(Moraxellaceae)第I属莫拉氏菌属(Moraxella)第II属不动杆菌属(Acinetobacter)第III属嗜冷杆菌属(Psychrobacter)第X目“交替单胞菌目”(“Alteromonadales”)第I科“交替单胞菌科”(“Alteromonadaceae”)第I属交替单胞菌属(Alteromonas)第II属(Allishewanella)第III属科尔维尔氏菌属(Colwellia)第IV属铁还原单胞菌属(Ferrimomas)第V属冰居菌属(Glaciecola)第VI属(Idiomarina)第VII属海杆状菌属(Marinobacter)第VIII属海杆菌属(Marinobacterium)第IX属微泡菌属(Microbulbifer)第X属莫里特拉氏菌属(Moritella)第XI属假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas) 第XII属希瓦氏菌属(Shewanella)第XI目“弧菌目”(“Vibrionales”)第I科弧菌科(Vibrionaceae)第I属弧菌属(Vibrio)第II属异单胞菌属(Allomonas)第III属水栖菌属(Enhydrobacter)第V属发光杆菌属(Photobacterium)第VI属盐弧菌属(Salinivibrio)第XII目“气单胞菌目”(“Aeromonadales”)第I科气单胞菌科(Aeromonadaceae)第I属气单胞菌属(Aeromonas)第II属海洋单胞菌属(Oceanomonas)第III属甲苯单胞菌属(Tolumonas)第II科琥珀酸弧菌科(Succinivibrionaceae) 第I属琥珀酸弧菌属(Succinivibrio)第II属厌氧螺菌属(Anaerobiospirillum)第III属瘤胃杆菌属(Ruminobacter)第IV属琥珀酸单胞菌属(Succinimonas)第XIII目肠杆菌目(Enterobacteriales)第I科肠杆菌科(Enterobacteriaceae)第I属肠杆菌属(Enterobacter)第II属交替球菌属(Alterococcus)第III属杀雄菌属(Arsenophonus)第IV属布伦勒氏菌属(Brenneria)第V属巴克纳氏菌属(Buchnera)第VI属布戴约维采菌属(Budvicia)第VII属布丘氏菌属(Buttiauxella)第VIII属鞘杆菌属(Calymmatobacterium) 第IX属西地西菌属(Cedecea)第X属柠檬酸杆菌属(Citrobacter)第XI属爱德华氏菌属(Edwardsiella)第XII属欧文氏菌属(Erwinia)第XIII属埃希氏菌属(Escherichia)第XIV属爱文氏菌属(Ewingella)第XV属哈夫尼菌属(Hafnia)第XVI属克雷伯氏菌属(Klebsiella)第XVII属克吕沃尔氏菌属(Kluyvera)第XVIII属勒克氏菌属(Leclercia)第XIX属勒米诺氏菌属(Leminorella)第XX属米勒氏菌属(Moellerella)第XXI属摩根氏菌属(Morganella)第XXII属肥杆菌属(Obesumbacterium)第XXIII属泛菌属(Pantoea)第XXIV属坚固杆菌属(Pectobacterium) 第XXV属光杆状菌属(Photorhabdus)第XXVI属邻单胞菌属(Plesiomonas)第XXVII属布拉格菌属(Pragia)第XXVIII属变形菌属(Proteus)第XXIX属普罗威登斯菌属(Providencia)第XXXI属糖杆菌属(Saccharobacter)第XXXII属沙门氏菌属(Salmonella) 第XXXIII属沙雷氏菌属(Serratia)第XXXIV属志贺氏菌属(Shigella)第XXXV属伴蝇菌属(Sodalis)第XXXVI属塔特姆氏菌属(Tatumella)第XXXVII属特拉布斯氏菌属(Trabulsiella)第XXXVIII属威格尔斯沃思氏菌属(Wigglesworthia)第XXXIX属致病杆菌属(Xenorhabdus)第XL属耶尔森氏菌属(Yersinia)第XLI属预研菌属(Yokenella)第XIV目巴斯德氏菌目(Pasteurellales)第I科巴斯德氏菌科(Pasteurellaceae)第I属巴斯德氏菌属(Pasteurella)第II属放线杆菌属(Actinobacillus)第III属嗜血菌属(Haemophilus)第IV属隆派恩菌属(Lonepinella)第V属曼海姆氏菌属(Mannheimia)第VI属海豚杆菌属(Phocoenobacter)第IV纲“德耳塔变形杆菌纲”(“Deltaproteobacteria”)第I目“脱硫菌目”(“Desulfurellales”)第I科“脱硫菌科”（“Desulfurellaceae”）第I属脱硫菌属(Desulfurella)第II属希普氏菌属(Hippea)第II目“脱硫弧菌目”(“Desulfovibrionales”)第I科“脱硫弧菌科”(“Desulfovibrionaceae”)第I属脱硫弧菌属(Desulfovibrio)第II属嗜胆菌属(Bilophila)第III属劳森氏菌属(Lawsonia)第II科“脱硫微杆菌科”(“Desulfomicrobiaceae”)第I属脱硫微杆菌属(Desulfomicrobium)第III科“脱硫盐菌科”(“Desulfohalobiaceae”)第I属脱硫盐菌属(Desulfohalobium)第II属脱硫单胞菌属(desulfomonas)第III属脱硫酸弯曲杆菌属(Desulfonatronovibrio)第IV科脱硫弯曲杆菌科(“Desulfonatronumaceae”)第I属脱硫弯曲杆菌属(Desulfonatronum)第III目脱硫杆菌目(“Desulfobacterales”)第I科脱硫杆菌科(“Desulfobacteraceae”)第I属脱硫杆菌属(Desulfobacter)第II属脱硫杆状菌属(Desulfobacterium)第III属脱硫橄榄样菌属(Desulfobacula)第IV属脱硫胞状菌属（Desulfocella）第V属脱硫球菌属（Desulfococcus）第VI属脱硫豆状菌属（Desulfofaba）第VII属脱硫冷栖菌属（Desulfofrigus）第VIII属脱硫线菌属（Desulfonema）第IX属脱硫八叠球菌属（Desulfosarcina）第X属脱硫螺菌属（Desulfospira）第XI属脱硫小杆菌属(Desulfotalea)第XII属(“Desulfotignum”)第II科脱硫叶菌科(”Desulfobulbaceae”)第I属脱硫叶菌属(Desulfobulbus)第II属脱硫盒菌属(Desulfocapsa)第III属脱硫棒菌属(Desulfofustis)第IV属脱硫管状菌属(Desulforhopalus)第III科硝化刺菌科(Nitrospinaceae)第I属硝化刺菌属(Nitrospina)第II属脱硫橄榄状菌属(Desulfobacca)第III属脱硫念珠菌属(Desulfomonile)第IV目脱硫单胞菌目(“Desulfuromonadales”)第I科脱硫单胞菌科(“Desulfuromonadaceae”)第I属脱硫单胞菌属(Desulfuromonas)第II属硫还原弯形菌属（Desulfuromusa)第II科“土杆菌科”(“Geobacteraceae”)第I属土杆菌属(Geobacter)第III科“粘土杆菌科”(“Pelobacteraceae”)第I属粘土杆菌属(Pelobacter)第II属丙二酸单胞菌属(Malonomonas)第III属(Trichlorobacter)第V目“互营杆菌目”(“Syntrophobacterales”)第I科“互营杆菌科”（“Syntrophobacteraceae”）第I属互营杆菌属(Syntrophobacter)第II属脱硫葡萄状菌属(Desulfacinum)第III属杆状脱硫菌属(Desulforhabdus)第IV属(Desulfovirga)第V属热硫还原杆菌属(Thermodesulforhabdus) 第II科“互养菌科”(“Syntrophaceae”)第I属互养菌属(Syntrophus)第II属史密斯氏菌属(Smithella)第VI目“蛭弧菌目”(“Bdellovibrionales”)第I科“蛭弧菌科”(“Bdellovibrionaceae”)第I属蛭弧菌属(Bdellovibrio)第II属(Bacteriovorax)第III属云母弧菌属(Micavibrio)第IV属吸血弧菌属(Vampirovibrio)第VII目枯球菌目(Myxococcales)第I科帖球菌科(Myxococcaceae)第I属粘球菌属(Myxococcus)第II属囊球菌属(Angiococcus)第II科原囊菌科(Archangiaceae)第I属原囊菌属(Archangium)第III科孢囊杆菌科(Cystobacteraceae)第I属孢囊杆菌属(Cystobacter)第II属蜂窝囊菌属(Melittangium)第III属标桩菌属(Stigmatella)第IV科多囊菌科(Polyangiaceae)第I属多囊菌属(Polyangium)第II属软骨霉状菌属(Chondromyces)第III属侏儒囊菌属(Nannocystis)第V纲“艾普西隆变形杆菌纲”(“Epsilonproteobacteria”)第I目“弯曲杆菌目”(“Campylobacterales”)第I科弯曲杆菌科(Campylobacteraceae)第I属弯曲杆菌属(Campylobacter)第II属弓形菌属(Arcobacter)第III属硫化螺旋菌属(Sulfurospirillum)第IV属卵硫菌属(Thiovulum)第II科“螺杆菌科”(“Helicobacteraceae”)第I属螺杆菌属(Helicobacter)第II属沃林氏菌属(Wolinella)第BXIII门厚壁菌门(Firmicutes) 第I纲梭菌纲(“Clostridia”)第I目梭菌目(Clostridiales)第I科梭菌科(Clostridaceae)第I属梭菌属(Clostridium)第II属醋弧菌属(Acetivibrio)第III属氨基酸杆菌属(Acidaminobacter)第IV属厌氧杆菌属(Anaerobacter)第V属喜热菌属(Caloramator)第VI属(Coprobacillus)第VII属(Natronincola)第VIII属产醋杆菌属(Oxobacter)第IX属八叠球菌属(Sarcina)第X属孢杆菌属(Sporobacter)第XI属热分枝菌属(Thermobrachium)第XII属(Thermohalobacter)第XIII属丁达尔氏菌属(Tindallia)第II科“毛螺菌科”(“Lachnospiraceae”)第I属毛螺菌属(Lachnospira)第II属醋香肠菌属(Acetitomaculum)第III属厌氧细杆菌属(Anaerofilum)第IV属丁酸弧菌属(Butyrivibrio)第V属(Catenibacterium)第VI属卡托氏菌属(Catonella)第VII属粪球菌属(Coprococcus)第VIII属约翰森氏菌属(Johnsonella)第IX属假丁酸弧菌属(Pseudobutyrivibrio)第X属罗斯伯里氏菌属(Roseburia)第XI属瘤胃球菌属(Ruminococcus)第XII属生孢杆菌属(Sporobacterium)第III科“消化链球菌科”(“Peptostreptococcaceae”)第I属消化链球菌属(Peptostreptococcus)第II属产线菌属(Filifactor)第III属(Finegoldia)第IV属小纺锤状菌属(Fusibacter)第V属创伤球菌属(Helcococcus)第VI属(Micromonas)第VII属蒂西耶氏菌属(Tissierella)第IV科“真杆菌科”(“Eubacteriaceae”)第I属真杆菌属(Eubacterium)第II属醋酸杆菌属(Acetobacterium)第III属(Anaerovorax)第IV属(Mogibacterium)第V属假支杆菌属(Pseudoramibacter)第V科消化球菌科(Peptococcaceae)第I属消化球菌属(Peptococcus)第II属厌氧弓形菌属(Anaeroarcus)第III属厌氧弯曲菌属(Anaerosinus)第IV属厌氧弧菌属(Anaerovibrio)第V属一氧化碳嗜热菌属(Carboxydothermus)第VI属蜈蚣状菌属(Centipeda)第VII属脱卤素杆菌属(Dehalobacter)第VIII属树源生孢杆菌属(Dendrosporobacter)第IX属脱亚硫酸菌属(Desulfitobacterium)第X属脱磺酸盐生孢杆菌属(Desulfonispora)第XI属脱硫芽孢弯曲菌属(Desulfosporosinus)第XII属脱硫肠状菌属(Desulfotomaculum)第XIII属光岗菌属(Mitsuokella)第XIV属丙酸螺菌属(Propionispira)第XV属琥珀酸螺菌属(Succinispira)。

伯杰氏手册细菌分类弗伯杰氏手册（Bergey's Manual of Systematic Bacteriology）是一部详尽的细菌分类学手册，是微生物分类学家、细菌学家和其他生物学家最重要的参考资料。

它旨在提供一套概括系统的分类范式，按照细菌的演化、生物学特征和潜在生态功能等进行分类，并按照风格统一的目录格式便于参阅，以便于各方识别不同的细菌。

弗伯杰氏手册由贝塞尔大学（Drexel University）微生物学家乔治·贝尔戈（George M. Bergey）和其他几位学者于1925年出版，共有8卷，可分为四类：1）基本科（Primoplane）；2）芽孢杆菌（Sporeforming Bacteria）；3）放线菌（Actinomycetes）和4）其他细菌（Miscellaneous Bacteria）。

在弗伯杰氏手册中，每一类细菌均分为同一属（Genu）、种（Species）和变种（Variety），以细菌的解剖形态（morphology）、生长性质（growth characteristics）、营养需求（nutrient requirements）等为基础进行分类。

除了弗伯杰氏手册，细菌还可以根据形态（morphology）特征进行分类，如细胞鞭毛（flagella）、细胞壁（cell wall）和形态（form）等。

例如，根据细菌是否具有细胞鞭毛，可区分出有鞭毛菌（flagellate bacteria）和未知为鞭毛菌（non-flagellate bacteria）；根据细胞壁结构，可区分出核外小球形（coccus）菌、核外杆形（bacillus）菌和球-杆形（coccoid-bacilloid）菌等。

此外，染色性（staining）也是一个重要的特征，通过染色技术，可以清楚地观察细菌的形态和结构。

弗伯杰氏手册的分类标准一直受到科学家的重视，一直以来，它扮演着细菌分类研究的重要角色和参考权威，是进行细菌分类的重要基础。

伯杰氏细菌鉴定手册引言伯杰氏细菌鉴定手册是一本专门针对细菌鉴定的指南。

本手册旨在帮助实验室技术人员和研究人员正确、迅速地识别和分类细菌。

通过本手册提供的详细步骤和实用技巧，用户可以更好地了解各种细菌的特征和性质，从而做出准确的鉴定结果。

目录•细菌鉴定原理•常用的细菌鉴定方法–形态学鉴定–生理生化鉴定–分子生物学鉴定•案例分析•结论细菌鉴定原理细菌鉴定是通过观察和分析细菌的形态、结构和生理特征等来确定其分类和鉴别的一种方法。

细菌鉴定的基本原理是通过对细菌样本进行一系列实验和测试，从中获取有关细菌特征的信息，并将这些信息与已知的细菌特征进行比对和对照，最终确定细菌的类别和身份。

常用的细菌鉴定方法细菌鉴定方法多种多样，下面介绍一些常用的方法：形态学鉴定形态学鉴定是通过观察细菌的形状、大小、颜色和结构等特征来对细菌进行初步鉴定。

常用的形态学鉴定方法包括显微镜观察、染色技术和胶体金技术等。

通过这些方法，可以获得细菌的形态学特征，如菌体形状、菌体长短、菌体的颜色等，从而初步确定细菌的分类。

生理生化鉴定生理生化鉴定是通过检测细菌在特定环境下的生理和生化特征来进行鉴定的方法。

常用的生理生化鉴定方法包括生长特性观察、代谢能力测试和酶活性检测等。

通过这些方法，可以获得细菌在不同环境条件下的生长特性和代谢能力，从而进一步明确细菌的分类。

分子生物学鉴定分子生物学鉴定是通过检测细菌的基因序列来确定其分类的一种方法。

常用的分子生物学鉴定方法包括PCR技术、DNA测序和引物设计等。

通过这些方法，可以获得细菌的基因序列信息，并与数据库中的已知细菌基因序列进行比对和对照，从而准确地确定细菌的身份。

案例分析以下是一个细菌鉴定的案例分析：案例：不明细菌的鉴定样本名称：不明细菌X实验步骤：1.形态学鉴定：使用显微镜观察，发现不明细菌X为短杆状，无荚膜。

2.生理生化鉴定：将不明细菌X接种在不同培养基中，观察其生长情况。

结果表明不明细菌X能够在大约37°C下生长，对氧气需求较高，利用葡萄糖进行发酵。

《伯杰氏系统细菌学手册》（Bergey’s manual of systematic bacteriology(second edition,2004)一本有代表性的、参考价值极高、比较全面系统的细菌分类手册。

由美国布瑞德（Breed）等人主编。

1923年第1版，后于1925、1930、1934、1939、1948、1957、1974年相继出版了第2至第8版，每个版本都反映了当时细菌学发展的新成就。

其中第8版有美、英、德、法等14个国家的细菌学家参加了编写工作，对系统内的每一属和种都做了较详细的属性描述。

近年来，由于细胞学、遗传学和分子生物学的渗透，大大促进了细菌分类学的发展，使分类系统与真正反映亲缘关系的自然体系日趋接近。

第9版（1984，1986）中实质性的变化，象征着细菌分类学的发展进入新的阶段。

第一，手册更名，原书名为《伯杰氏鉴定细菌学手册》（Bergey＇s Manual of Determinative Bacteriology），第9版由于内容增加，范围扩大，提高了手册的实用性，同时指出各类细菌间的关系，所以改名为《伯杰氏系统细菌学手册》；第二，由1卷分成4卷，这是考虑到能及时反映新进展和使用者的方便；第三，细菌在生物界的地位，8、9版间无变动，但它们的高级分类单位有很大变化（见下表），尤其嗜盐细菌和产甲烷细菌，根据胞壁分析和DNA序列分折，另列疵壁菌门，古细菌纲；第四，趋近自然体系，在各级分类单位中全面应用核酸研究；在表型特征的基础上，以DNA 资料给予决定性的判断。

使人为的分类体系过渡到自然体系的理想进一步付诸实现。

细菌高级分类单位原核生物界（Procaryotae）薄壁菌门（Gracilicutes）暗细菌纲（Scotobacteria）无氧光细菌纲（Anoxyphotobacteria）产氧光细菌纲（Oxyphotobacteria）厚壁菌门（Firmicutes）厚壁菌纲（Firmicuteria）放线菌纲（Thallobacteria）软壁菌门（Tendericutes）柔膜菌纲（Mollicuteria）疵壁菌门（Mendosicutes）古细菌纲（Archacobacter伯杰氏系统细菌学手册(2004版）Bergey's manual of systematic bacteriology (second edition,2004)伯杰氏系统细菌学手册伯杰氏系统细菌学手册"第二版的分类伯杰氏系统细菌学手册(2004版）Bergey's manual of systematic bacteriology (second edition,2004)伯杰氏系统细菌学手册第二版的系統細菌學手冊(Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology)，包括五冊，共30sections，主要根據細菌的rRNA、DNA及蛋白質序列進行分類。

《伯杰氏鉴定细菌学手册》与《伯杰氏分类细菌学手册》一、本文概述《伯杰氏鉴定细菌学手册》与《伯杰氏分类细菌学手册》是细菌学领域的两部经典之作，对全球微生物学和生物科学的发展产生了深远影响。

这两部手册以其严谨的科学态度、详尽的细菌分类和鉴定方法，为研究者提供了全面而可靠的参考资源。

本文将对这两部手册进行概述，探讨它们的历史背景、内容特点以及在细菌学领域的重要性和应用价值。

我们将回顾《伯杰氏鉴定细菌学手册》的发展历程和主要内容。

该手册自首次出版以来，已成为细菌鉴定的权威指南，为研究者提供了丰富的细菌鉴定方法和技巧。

我们将介绍手册中的鉴定流程、形态特征、生理生化特性等方面的内容，并探讨其在细菌鉴定中的应用价值。

我们将对《伯杰氏分类细菌学手册》进行概述。

该手册以细菌分类为核心，详细介绍了各类细菌的分类地位、形态特征、生态学特征以及遗传信息等。

我们将分析手册中的分类体系、分类方法和分类标准，并探讨其在细菌分类研究中的重要性和意义。

我们将对两部手册进行比较分析，探讨它们的异同点以及各自的优势。

我们还将讨论这两部手册在细菌学领域的应用前景和潜在挑战，为未来的细菌学研究和应用提供参考和借鉴。

二、《伯杰氏鉴定细菌学手册》概述《伯杰氏鉴定细菌学手册》（Bergey's Manual of Systematic Bacteriology）是细菌学领域的一部经典著作，自其首次出版以来，就一直是细菌分类和鉴定工作的重要参考工具。

该书由一系列权威的细菌学家共同撰写和编辑，涵盖了细菌学的各个方面，包括细菌的分类、形态、生理、生态、遗传、进化以及鉴定方法等。

《伯杰氏鉴定细菌学手册》的特点在于其系统性、全面性和权威性。

它不仅对已知的细菌种类进行了详细的描述和分类，还提供了大量的实验技术和方法，用于细菌的鉴定和分类。

该书还不断更新和完善，以适应细菌学领域的快速发展和变化。

在细菌鉴定方面，该手册提供了详细的鉴定流程和方法，包括形态学观察、生理生化特性分析、分子生物学方法等。

伯杰氏细菌系统分类学手册伯杰氏细菌系统分类学手册《伯杰氏细菌系统分类学手册》（“Bergry’s Manual of Systematic Bacteriology”），第二版，2001 年春，Springer-Verlag 公司，Gerge M. Garrity, Mattew Winters和Nenise B. Searles第二版五卷本与第一版相比又有较大改动，与第八、第九版伯杰氏细菌鉴定学手册也有明显区别。

它不是根据表型，而是以系统发生（进化）的框架为基础。

参照了16S rDNA的序列。

编辑们预计在手册第一卷到最后一卷出版的5、6年间，可能会再发现100多个新属。

他们会不断修订错误，在后继出版的各卷中，出一个新的分类大纲。

伯杰氏手册公司的网站（/bergeys）也会定期更新。

第二版的第一卷在2001年5月出版；第二卷在2004年2月出版。

古生菌域（Doma in “Archaea”）1. 第AI门泉古生菌门(Crenarchaeota phy. nov.)第I纲热变形菌纲(Thermoprotei class. nov.)第I目热变形菌目(Thermoproteales)第I科热变形菌科(Thermoproteaceae)第I属热变形菌属(Thermoproteus)第II属热杆菌属(Caldivirga)第III属热棒菌属(Pyrobaculum)第IV属热枝菌属(Thermocladium)第II科热丝菌科(Thermofilaceae)第I属热丝菌属(Thermofilum)第II目硫还原古球菌目(Desulfurococcales ord. nov.)第I科硫还原古球菌科(Desulfurococcaceae)第I属硫还原古球菌属(Desulfurococcus)第II属(Acidolobus)第III属气热菌属(Aeropyrum)第IV属浆果状火球菌属(Ignicoccus)第V属葡萄嗜热菌属(Staphylothermus)第VI属斯梯特氏菌属(Stetteria)第VII属恐硫球菌属(Sulfophobococcus)第VIII属热盘菌属(Thermodiscus gen. nov.)第IX属耐热球菌属(Thermosphaera)第II科热网菌科(Pyrodictiaceae)第I属热网菌属(Pyrodictium)第II属栖高温菌属(Hyperthermus)第III属热叶菌属(Pyrolobus)第III目硫化叶菌目(Sulfolobales)第I科硫化叶菌科(Sulfolobaceae)第I属硫化叶菌属(Sulfolobus)第II属酸菌属(Acidianus)第III属生金球菌属(Metallosphaera)第IV属栖冥河菌属(Stygiolobus)第V属硫代谢球菌属(Sulfurisphaera)第VI属硫化球菌属(Sulfurococcus)2.第AII门广古生菌门(Euryarchaeota phy. nov.) 第I纲甲烷杆菌纲(Methanobacteria class. nov.)第I目甲烷杆菌目(Methanobacteriales)第I科甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae)第I属甲烷杆菌属(Methanobacterium)第II属甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)第III属甲烷球形菌属(Methanosphaera)第IV属甲烷嗜热杆菌属(Methanothermobacter)第II科甲烷嗜热菌科(Methanothermaceae)第I属甲烷嗜热菌属(Methanothermus)第II纲甲烷球菌纲(Methanococci class. nov.)第I目甲烷球菌目(Methanococcales)第I科甲烷球菌科(Methanococcaceae)第I属甲烷球菌属(Methanococcus)第II属甲烷嗜热球菌属(Methanothermococcus gen. nov.)第II科甲烷热球菌科(Methanocaldococcaceae fam. nov.)第I属甲烷热球菌属(Methanocaldococcus gen. nov.)第II属甲烷干热菌属(Methanotorris gen. nov.)第II目甲烷微菌目(Methanomicrobiales)第I科甲烷微菌科(Methanomicrobiaceae)第I属甲烷微菌属(Methanomicrobium)第II属甲烷袋状菌属(Methanoculleus)第III属产甲烷袋菌属(Methanofollis)第IV属产甲烷菌属(Methanogenium)第V属叶形甲烷菌属(Methanolacinia)第VI属甲烷盘菌属(Methanoplanus)第II科甲烷粒菌科(Methanocorpusculaceae)第I属甲烷粒菌属(Methanocorpusculum)第III科甲烷螺菌科(Methanospirillaceae fam. nov.)第I属甲烷螺菌属(Methanospirillum)未定属第I属产甲烷石状菌属(Methanocalculus)第III目甲烷八叠球菌目(Methanosarcinales)第I科甲烷八叠球菌科(Methanosarcinaceae)第I属甲烷八叠球菌属(Methanosarcina)第II属甲烷拟球菌属(Methanococcoides)第III属甲烷喜盐菌属(Methanohalobium)第IV属甲烷嗜盐菌属(Methanohalophilus)第V属甲烷叶菌属(Methanolobus)第VI属甲烷微球菌属(Methanomicrococcus)第VII属甲烷盐菌属(Methanosalsum gen.nov.)第II科鬃毛甲烷菌科(Methanosaetaceae fam.nov.) 第I属鬃毛甲烷菌科属(Methanosaeta)第III纲盐杆菌纲(Halobacteria class. nov.)第I目盐杆菌目(Halobacteriales)第I科盐杆菌科(Halobacteriaceae)第I属盐杆菌属(Halobacterium)第II属盐盒菌属(Haloarcula)第III属盐棒杆菌属(Halobaculum)第IV属盐球菌属(Halococcus)第V属富盐菌属(Haloferax)第VI属盐几何形菌属(Halogeometricum)第VII属盐杆状菌属(Halorhabdus)第VIII属盐红菌属(Halorubrum)第IX属盐栖菌属(Haloterrigena)第X属无色嗜盐菌属(Natrialba)第XI属钠线菌属(Natrinema)第XII属嗜盐碱杆菌属（Natronobacterium）第XIII属嗜盐碱球菌属(Natronococcus)第XIV属嗜盐碱单胞菌属(Natronomonas)第XV属碱红菌属(Natronorubrum)第IV纲热原体纲(Thermoplasmata class. nov.)第I目热原体目(Thermoplasmatales ord. nov.)第I科热原体科(Thermoplasmataceae fam. nov.) 第I属热原体属(Thermoplasma)第II科嗜酸古菌科(Picrophilaceae)第I属嗜酸古菌属(Picrophilus)第III科铁原体科(Ferroplasmataceae)第I属铁原体属(Ferroplasma)第V纲热球菌纲(Thermococci class. nov.)第I目热球菌目(Thermococcales)第I科热球菌科(Thermococcaceae)第I属嗜热球菌属(Thermococcus)第II属古老球菌属(Palaeococcus)第III属热球菌属(Pyrococcus)第VI纲古生球菌纲(Archaeoglobi class. nov.)第I目古生球菌目(Archaeoglobales ord. nov.)第I科古生球菌科(Archaeoglobaceae fam. nov.) 第I属古生球菌属(Archaeoglobus)第II属铁球菌属(Ferroglobus)第VII纲甲烷嗜高热菌纲(Methanopyri class. nov.)第I目甲烷嗜高热菌目(Methanopyrales ord. nov.)第I科甲烷嗜高热菌科(Methanopyraceae fam. nov.)第I属甲烷嗜高热菌属(Methanopyrus)3.细菌域“Bacteria”第BI门产液菌门(Aquificae phy. nov.) 第I纲产液菌纲(Aquificae class. nov.)第I目产液菌目(Aquificales ord. nov.)第I科产液菌科(Aquificaceae fam. nov.)第I属产液菌属(Aquifex)第II属热杆菌属(Calderobacterium)第III属氢杆菌属(Hydrogenobacter)第IV属热发状菌属(Thermocrinis)未定属第I属脱硫杆状菌属(Desulfurobacterium)4.第BII门栖热袍菌门(Thermotogae phy. nov.)第I纲栖热袍菌纲(Thermotogae class. nov.)第I目栖热袍菌目(Thermotogales ord. nov.)第I科栖热袍菌科(Thermotogaceae fam. nov.)第I属栖热袍菌属(Thermotoga)第II属闪烁杆菌属(Fervidobacterium)第III属地袍菌属(Geotoga)第IV属石袍菌属(Petrotoga)第V属栖热腔菌属(Thermosipho)5.第BIII门热脱硫杆菌门(Thermodesulfobacteria phy. nov.) 第I纲热脱硫杆菌纲(Thermodesulfobacteria class. nov.)第I目热脱硫杆菌目(Thermodesulfobacteriales ord. nov.)第I科热脱硫杆菌科(Thermodesulfobacteriaceae fam. nov.)第I属热脱硫杆菌属(Thermodesulfobacterium)6.第BIV门异常球菌——栖热菌门(Deinococcus-Thermus) 第I纲异常球菌纲(Deinococci class. nov.)第I目异常球菌目(Deinococcales)第I科异常球菌科(Deinococcaceae)第I属异常球菌属(Deinococcus)第II目栖热菌目(Thermales ord. nov.)第I科栖热菌科(Thermaceae fam. nov.)第I属栖热菌属(Thermus)第II属稍热菌属(Meiothermus)7.第BV门金矿菌门(Chrysiogenetes phy. nov.)第I纲金矿菌纲(Chrysiogenetes class. nov.)第I目金矿菌目(Chrysiogenales ord. nov.)第I科金矿菌科(Chrysiogenaceae fam. nov.)第I属金矿菌属(Chrysiogenes)8.第BVI门绿屈挠菌门(Chloroflexi phy. nov.)第I纲绿屈挠菌纲(Chloroflexi)第I目绿屈挠菌目(Chloroflexales)第I科绿屈挠菌科(Chloroflexaceae)第I属绿屈挠菌属（Chloroflexus）第II属绿丝菌属(Chloronema)第III属螺丝菌属(Heliothrix)第II科颤绿细菌科(Oscillochloridaceae)第I属绿颤细菌属(Oscillochloris)第II目滑柱菌目(Herpetosiphonales)第I科滑柱菌科(Herpetosiphonaceae)第I属滑柱菌属(Herpetosiphon)第BVII门热微菌门(Thermomicrobia phy. nov.) 第I纲热微菌纲(Thermomicrobia class. nov.)第I目热微菌目(Thermomicrobiales ord. nov.)第I科热微菌科(Thermomicrobiaceae fam. nov.)第I属热微菌属(Thermomicrobium)第BVIII门硝化螺菌门(Nitrospira phy. nov.)第I纲硝化螺菌纲(Nitrospira)第I目硝化螺菌目(Nitrospirales)第I科硝化螺菌科(Nitrospiraceae)第I属硝化螺菌属(Nitrospira)第II属钩端螺菌属(Leptospirillum)第III属磁细菌属(Magnetobacterium)第IV属热脱硫弧菌属(Thermodesulfovibrio)第BIX门铁还原杆菌门(Deferribacteres phy. nov.)第I纲铁还原杆菌纲(Deferribacteres class. nov.)第I目铁还原杆菌目(Deferribacterales ord. nov.)第I科铁还原杆菌科(Deferribacteraceae fam. nov.)第I属铁还原杆菌属(Deferribacter)第II属氮还原弧菌属(Denitrovibrio)第III属弯枝菌属(“Flexistipes”)第IV属地弧菌属(Geovibrio)未定属第I属互养菌属(Synergistes)第BX门蓝细菌门(Cyanobacteria) 第I纲蓝细菌(Cyanobacteria)第I亚组第I科第I形态属管孢蓝细菌属(Chamaesiphon)第II形态属色球蓝细菌属(Chroococcus)第III形态属蓝细菌属(Cyanobacterium)第IV形态属蓝菌属(Cyanobium)第V形态属蓝丝菌属(Cyanothece)第VI属蓝菌属(Dactylococcopsis)第VII形态属粘杆菌属(Gloeobacter)第VIII形态属粘球蓝细菌属(Gloeocapsa)第IX形态属粘杆蓝细菌属(Gloeothece)第X形态属微囊蓝胞菌属(Microcystis)第XI形态属原绿球菌属(Prochlorococcus)第XII形态属原绿蓝细菌属(Prochloron)第XIII形态属聚球蓝细菌属(Synechococcus)第XIV形态属集胞蓝细菌属(Synechocystis)第II亚组第I科第I形态属蓝囊胞菌属(Cyanocystis)第II形态属小皮果蓝细菌属(Dermocarpella)第III形态属斯塔尼尔氏菌属(Stanieria)第IV形态属异球蓝细菌属(Xenococcus)第II科第I形态属拟色球蓝细菌属(Chroococcidiopsis)第II形态属粘八叠球菌属(Myxosarcina)第III形态属宽球蓝细菌属(Pleurocapsa)第III亚组第一科第I形态属节螺蓝细菌属(Arthrospira)第II形态属博氏蓝细菌属(Borzia)第III形态属发毛针蓝细菌属(Crinalium)第IV形态属吉特勒氏线状蓝细菌属(Geitlerinema)第V属盐螺旋藻属(Halospirulina)第VI形态属纤发鞘丝蓝细菌属(Leptolyngbya)第VII形态属湖丝蓝细菌属(Limnothrix)第VIII形态属鞘丝蓝细菌属(Lyngbya)第IX形态属微鞘蓝细菌属(Microcoleus)第X形态属颤蓝细菌属(Oscillatoria)第XI形态属浮霉丝状蓝细菌属(Planktothrix)第XII形态属原绿丝蓝细菌属(Prochlorothrix)第XIII形态属假鱼腥蓝细菌属(Pseudanabaena)第XIV形态属螺旋蓝细菌属(Spirulina)第XV形态属斯塔尔氏蓝细菌属(Starria)第XVI形态属束蓝细菌属(Symploca)第XVII形态属束毛蓝细菌属(Trichodesmium)第XVIII形态属灰线蓝细菌属(Tychonema)第IV亚组第I科第I形态属鱼腥蓝细菌属(Anabaena)第II形态属项圈蓝细菌属(Anabaenopsis)第III形态属蓝束丝蓝细菌属(Aphanizomenon)第IV形态属蓝螺菌属(Cyanospira)第V形态属拟筒孢蓝细菌属(Cylindrospermopsis)第VI形态属筒孢蓝细菌属(Cylindrospermum)第VII形态属节球蓝细菌属(Nodularia)第VIII形态属念珠蓝细菌属(Nostoc)第IX形态属伪枝蓝细菌属(Scytonema)第II科第I形态属眉蓝细菌属(Calothrix)第II形态属胶须蓝细菌属(Rivularia)第III形态属单歧蓝细菌属(Tolypothrix)第V亚组第I科第I形态属拟绿胶蓝细菌属(Chlorogloeopsis)第II形态属飞氏蓝细菌属(Fischerella)第III形态属吉特勒氏蓝细菌属(Geitleria)第IV形态属(Iyengariella)第V形态属拟念珠蓝细菌属(Nostochopsis)第VI形态属真枝蓝细菌属(Stigonema)第BXI门绿菌门(Chlorobi phy. nov.) 第I纲“绿菌纲”(“Chlorobia”)第I目绿菌目(Chlorobiales)第I科绿菌科(Chlorobiaceae)第I属绿菌属(Chlorobium)第II属绿臂菌属(Ancalochloris)第III属绿滑菌属(Chloroherpeton)第IV属暗网菌属(Pelodictyon)第V属突柄绿菌属(Prosthecochloris)第BXII门变形杆菌门(Proteobacteria phy. nov.) 第I纲“阿耳法变形杆菌纲”(“Alphaproteobacteria”)第I目红螺菌目(Rhodospirillales)第I科红螺菌科(Rhodospirillaceae)第I属红螺菌属(Rhodospirillum)第II属固氮螺菌属(Azospirillum)第III属磁螺菌属(Magnetospirillum)第IV属棕色螺菌属(Phaeospirillum)第V属红篓菌属(Rhodocista)第VII属红螺旋菌属(Rhodospira)第VII属海玫瑰菌属(Rhodothalassium)第VIII属玫瑰弧菌属(Rhodovibrio)第IX属蔷薇螺菌属(Roseospira)第X属斯科曼氏球菌属(Skermanella)第II科醋杆菌科(Acetobacteraceae)第I属醋杆菌属(Acetobacter)第II属嗜酸菌属(Acidiphilium)第III属酸球形菌属(Acidisphaera)第IV属酸胞菌属(Acidocella)第V属酸单胞菌属(Acidomonas)第VI属(Asaia)第VII属脆弱球菌属(Craurococcus)第VIII属葡糖酸醋杆菌属(Gluconacetobacter)第IX属葡糖杆菌属(Gluconobacter)第X属副脆弱球菌属(Paracraurococcus)第XI属红球形菌属(Rhodopila)第XII属玫瑰球菌属(Roseococcus)第XIII属星状菌属(Stella)第XIV属扎瓦尔金氏菌属(Zavarzinia)第II目立克次氏体目(Rickettsiales)第I科立克次氏体科(Rickettsiaceae)第I属立克次氏体属(Rickettsia)第II属东方体属(Orientia)第III属沃尔巴克氏体属(Wolbachia)第II科埃里希氏体科(Ehrlichiaceae)第I属埃里希氏体属(Ehrlichia)第II属埃及小体属(Aegyptianella)第III属无形小体属(Anaplasma)第IV属考德里氏体属(Cowdria)第V属新立克次氏体属(Neorickettsia)第VI属(Xenohaliotis)第III科“全孢螺菌科”(“Holosporaceae”)第I属全孢螺菌属(Holospora)第II属杀手杆菌屑(Caedibacter)第III属溶菌属(Lyticum)第IV属多核杆菌属(Polynucleobacter)第V属类杀手杆菌属(Pseudocaedibacter)第VI属共生小体属(Symbiotes)第VII属罩杆菌属(Tectibacter)第VIII属(Odyssella)第III目红杆菌目(Rhodobacterales)第I科红杆菌科(Rhodobacteraceae)第I属红杆菌属(Rhodobacter)第II属阿赫兰氏菌属(Ahrensia)第III属下水道球菌属(Amaricoccus)第IV属南极杆菌属(Antarctobacter)第V属芽殖杆菌属(Gemmobacte r)第VI属海氏菌属(Hirschia)第VII属生丝单胞菌属(Hyphomonas)第VIII属海洋杆状菌属(Maricaulis)第IX属甲基盒菌属(Methylarcula)第X属十八杆菌属(Octadecabacter)第XI属副球菌属(Paracoccus)第XII属小红卵菌属(Rhodovulum)第XIII属玫瑰菌属(Roseibium)第XIV属(Roseinatronobacter)第XV属粉红活动菌属(Roseivivax)第XVI属玫瑰杆菌属(Roseobacter)第XVII属玫瑰变色菌属(Roseovarius)第XVIII属红色单胞菌属(Rubrimonas)第XIX属鲁杰氏菌属(Ruegeria)第XX属箭头菌属(Sagittula)第XXI属斯塔雷氏菌属(Staleya)第XXII属斯塔普氏菌属(Stappia)第XXIII属亚硫酸盐杆菌属（Sulfitobacter）第IV目鞘氨醇单胞菌目(“Sphingomonadales”)第I科鞘氨醇单胞菌科(“Sphingomonadaceae”)第I属鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）第II属芽单泡菌属(Blastomonas)第III属赤细菌属(Erythrobacter)第IV属赤微菌属(Erythromicrobium)第V属红单胞菌属(Erythromonas)第VI属产卟啉杆菌属(Porphyrobacter)第VII嘱根单胞菌属(Rhizomonas)第VIII属橙色杆菌属（Sandaracinobacter）第IX属发酵单咆菌属(Zymomonas)第V目柄杆菌目(Caulobacterales)第I科柄杆菌科(Caulobacteraceae)第I属柄杆菌属(Caulobacter)第II属不粘柄菌属(Asticcacaulis)第III属短波单胞菌属(Brevundimonas)第IV属苯基杆菌属(Phenylobacterium)第VI目“根瘤菌目”(“Rhizobiales”)第I科根瘤菌科(Rhizobiaceae)第I属根瘤菌属(Rhizobium)第II属土壤杆菌属(Agrobacterium)第III属嗜碳菌属(Carbophilus)第IV属螯合杆菌属(Chelatobacter)第V属剑菌属(Ensifer)第VI属中华根瘤菌属(Sinorhizobium)第II科巴尔通氏体科(Bartonellaceae)第I属巴尔通氏体属(Bartonella)第III科市鲁氏菌科(Brucellaceae)第I属布鲁氏菌属(Brucella)第II属枝面菌属(Mycoplana)第III属苍白杆菌属(Ochrobactrum)第IV科“叶瘤杆菌科”(“Phyllobacteriaceae”)第I属叶瘤杆菌属(Phyllobacterium)第II属异根瘤菌属(Allorhizobium)第III属氨基杆菌属(Aminobacter)第IV属污水菌属(Aquamicrobium)第V属废水杆菌属(Defluvibacter)第VI属中间根瘤菌属(Mesorhizobium)第VII属假氨基酸杆菌属(Pseudaminobacter) 第V科“甲基孢囊菌科”(“Methylocystaceae”)第I属甲基孢囊菌属(Methylocystis)第II属甲基球形菌属(Methylopila)第III属甲基弯曲菌属(Methylosinus)第VI科“拜叶林克氏菌科”(“Beijerinckiaceae”)第I属拜叶林克氏菌属(Beijerinckia)第II属螯台球菌属(Chelatococcus)第III属德克斯氏菌属(Derxia)第IV属（Methylocella）第VII科“慢生根瘤菌科”(“Bradyrhizobiaceae”)第I属慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium)第II属阿菲波菌属(Afipia)第III属土壤单胞菌属(Agromonas)第IV属芽生杆菌属(Blastobacter)第V属包西氏菌属(Bosea)第VI属硝化杆菌属(Nitrobacter)第VII属寡养菌属(Oligotropha)第VIII属红假单胞菌属(Rhodopseudomonas)第VIII科生丝微菌科(Hyphomicrobiaceae)第I属生丝微菌属(Hyphomicrobium)第II属臂微菌属(Ancalomicrobium)第III属屈曲杆菌属(Ancylobacter)第IV属角微菌属(Angulomicrobium)第V属水杆菌属(Aquabacter)第VI属固氮根瘤菌属(Azorhizobium)第VII属绿芽菌属(Blastochloris)第VIII属戴沃斯菌属(Devosia)第IX属双歧微菌属(Dichotomicrobium)第X属线状微球菌属(Filomicrobium)第XI属芽殖菌属(Gemmiger)第XII属双头菌属(Labrys)第XIII属耗甲基杆菌属(Methylorhabdus)第XIV属土微菌属(Pedomicrobium)第XV属突柄微菌属(Prosthecomicrobium)碧XVI属红微菌属(Rhodomicrobium)第XVII属红游动菌属(Rhodoplanes)第XVIII属塞里伯氏菌属(Seliberia)第XIX属(Starkeya)第XX属黄色杆菌属(Xanthobacter)第IX科“甲基杆菌科”(“Methylobacteriaceae”)第I属甲基杆菌属(Methylobacterium)第II属甲基杆菌属(Protomonas)第III属玫瑰单胞菌属(Roseomonas)第X科“红菌科”(“Rhodobiaceae”)第I属红菌属(Rhodobium)第II纲“贝塔变形杆菌纲”(“Betaproteobacteria”)第I目“伯克霍尔德氏菌目”(“Burkholderiales”)第I科“伯克霍尔德氏菌科”(“Burkholderiaceae”)第I属伯克霍尔德氏菌属(Burkholderia)第II属贪铜菌属(Cupriavidus)第III属劳特罗普氏菌属(Lautropia)第IV属(Pandoraea)第V属热丝菌属(Thermothrix)第II科“罗尔斯通氏菌科”(“Ralstoniaceae”)第I属罗尔斯通氏菌属(Ralstonia)第III科“草酸杆菌科”(“Oxalobacteraceae”)第I属草酸杆菌属(Oxalobacter)第II属杜擀氏菌属(Duganella)第III属草螺菌属(Herbaspirillum)第IV属紫色杆菌属(Janthinobacterium)第V属(Massilia)第VI属地神菌属(Telluria)第IV科产碱杆菌科(Alcaligenaceae)第I属产碱杆菌属(Alcaligenes)第II属无色杆菌属(Achromobacter)第III属鲍特氏菌属(Bordetella)第IV属居鸽菌属(Pelistega)第V属萨特氏菌属(Sutterella)第VI属泰勒氏菌属(Taylorella)第V科丛毛单胞菌科(Comamonadaceae) 第I属丛毛单胞菌属(Comamonas)第II属食酸菌属(Acidovorax)第III属水杆菌属(Aquabacterium)第IV属短单胞菌属(Brachymonas)第V属戴尔福特菌属(Delftia)第VI属氢噬胞菌属(Hydrogenophaga)第VII属艾德昂菌属(Ideonella)第VIII属纤发菌属(Leptothrix)第IX属极胞菌属(Polaromonas)第X属红育菌属(Rhodoferax)第XI属玫瑰色半光合菌属(Roseateles)第XII属红长命菌属(Rubrivivax)第XIII属球衣菌属(Sphaerotilus)第XIV属(Tepidimonas)第XV属硫单胞菌属(Thiomonas)第XVI属贪噬菌属(Variovorax)第II目“嗜氢菌目”(“Hydrogenophilales”)第I科“嗜氢菌科”(“Hydrogenophilaceae”)第I属嗜氢菌属(Hydrogenophilus)第II属硫杆菌属(Thiobacillus)第III目“嗜甲基菌目”(“Methylophilales”)第I科“嗜甲基菌科”(“Methylophilaceae”)第I属嗜甲基菌属(Methylophilus)第II属甲基小杆菌属(Methylobacillus)第III属食甲基菌属(Methylovorus)第IV目奈瑟氏球菌目(“Neisseriales”)第I科奈瑟氏球菌科(Neisseriaceae)第I属奈瑟氏球菌属(Neisseria)第II属小链菌属(Alysiella)第III属水螺菌属(Aquaspirillum)第IV属链状球菌属(Catenococcus)第V属色杆菌属(Chromobacterium)第VI属艾肯氏菌属(Eikenella)第VII属甲酸弧菌属(Formivibrio)第VIII属紫色小杆菌属(Iodobacter)第IX属金氏菌属(Kingella)第X属微枝杆菌属(Microvirgula)第XI属嗜脯氨酸菌属(Prolinoborus)第XII属西蒙斯氏菌属(Simonsiella)第XIlI属透明颤菌属(Vitreoscilla)第XIV属福格斯氏菌属(Vogesella)第V目“亚硝化单胞菌目”(“Nitrosomonadales”)第I科“亚硝化单胞菌科”(“Nitrosomonadaceae”)第I属亚硝化单胞菌属(Nitrosomonas)第II属亚硝化螺菌属(Nitrosospira)第II科螺菌科(Spirillaceae)第I属螺菌属(Spirillum)第III科嘉利翁氏菌科(Gallionellaceae)第I属嘉利翁氏菌属(Gallionella)第VI目“红环菌目”(“Rhodocyclales”)第I科红环菌科(Rhodocyclaceae)第I属红环菌属(Rhodocyclus)第II属固氮弧菌属(Azoarcus)第III属(Azonexus)第IV属固氮螺菌属(Azospira)第V属固氮弧菌属(Azovibrio)第VI属铁杆菌属(Ferribacterium)第VII属丙酸杆状菌属(Propionibacter)第VIII属丙酸弧菌属(Propionivibrio)第IX属索氏菌属(Thauera)第X属动胶菌属(Zoogloea)第III纲“伽马变形菌纲”(“Gammaproteobacteria”)第I目“着色菌目“(“Chromatiales”)第I科着色菌科(Chromatiaceae)第I属着色菌属(Chromatium)第II属异着色菌属（Allochromatium）第III属可变杆菌属(Amoebobacter)第IV属盐着色菌属(Halochromatium)第V属盐硫杆菌属(Halothiobacillus)第VI属等着色菌属(Isochromatium)第VII属闪杆菌属(Lamprobacter)第VIII属闪囊菌属(Lamprocystis)第IX属海洋着色菌属(Marichromatium)第X属亚硝化球菌属(Nitrosococcus)第XI属斐佛氏菌属(Pfennigia)第XII属杆状色菌属(Rhabdochromatium)第XIII属热着色菌属(Thermochromatium)第XIV属硫碱球菌属(Thioalkalicoccus)第XV属荚硫菌属(Thiocapsa)第XVI属硫球菌属(Thiococcus)第XVII属囊硫菌属(Thiocystis)第XVIII属网硫菌属(Thiodictyon)第XIX属第XX属盐荚硫菌属(Thiohalocapsa)第XXI属硫明卵菌属(Thiolamprovum)第XXII属板硫菌属(Thiopedia)第XXIII属热红球菌属(Thiorhodococcus)第XXIV属硫红弧菌属(Thiorhodovibrio)第XXV属硫螺旋菌届(Thiospirillum)第II科外硫红螺菌科（Ectothiorhodospiraceae）第I属外硫红螺菌属(Ectothiorhodospira)第II属非红单胞菌属(Arhodomonas)第III属需盐红螺菌属(Halorhodospira)第IV属硝化球菌属(Nitrococcus)第V属硫红螺菌属(Thiorhodospira)第II目酸硫杆菌目(Acidithiobacillales)第I科酸硫杆状菌科(Acidithiobacillaceae)第I属酸硫杆状菌属(Acidithiobacillus) 第II科热硫杆状菌科(Thermithiobacillaceae) 第I属热硫杆状菌属(Thermithiobacillus) 第III目“黄单胞菌目”(“Xanthomonadales”)第I科“黄单胞菌科”(“Xanthomonadaceae”)第I属黄单胞菌属(Xanthomonas)第II属弗拉特氏菌属(Frateuria)第III属藤黄单孢菌属(Luteimonas)第IV属溶杆菌属(Lysobacter)第V属涅瓦河菌属(Nevskia)第VI属假黄单胞菌属(Pseudoxanthomonas)第VII属罗思河小杆菌属(Rhodanobacter)第VIII属寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)第IX属木杆菌属(Xylella)第IV目“心杆菌目”(“Cardiobacteriales”)第I科心杆菌科(Cardiobacteriaceae)第I属心杆菌属(Cardiobacterium)第II属腐蹄杆菌属(Dichelobacter)第III属萨顿氏菌属(Suttonella)第V目“硫发菌目”(“Thiotrichales”)第I科“硫发菌科”(“Thiotrichaceae”)第I属硫发菌属(Thiothrix)第II属无色菌属(Achromatium)第III属贝日阿托氏菌属(Beggiatoa)第IV属亮发菌属(Leucothrix)第V属大单胞菌属(Macromonas)第VI属硫小杆菌属(Thiobacterium)第VII属硫珍珠状菌属(Thiomargarita)第VIII属辫硫菌属(Thioploca)第IX属硫螺菌属(Thiospira)第II科“鱼立克次氏体科”(“Piscirickettsiaceae”)第I属鱼立克次氏体属(Piscirickettsia)第II属解环菌属(Cycloclasticus)第III属氢弧菌属(Hydrogenovibrio)第IV属噬甲基菌属(Methylophaga)第V属硫微螺菌属(Thiomicrospira)第III科“弗朗西斯氏菌科”(“Francisellaceae”)第I属弗朗西斯氏菌属(Francisella)第VI目“军团菌目”(“Legionellales”)第I科军团菌科(Legionellaceae)第I属军团菌属(Legionella)第II科“考克斯氏体科”(“Coxiellaceae”)第I属考克斯氏体属(Coxiella)第II属立克次氏小体属(Rickettsiella)第VII目甲基球菌目(Methylococcales)第I科甲基球菌科(Methylococcaceae)第I属甲基球菌属(Methylococcus)第II属甲基杆菌属(Methylobacter)第III属喜热噬甲基菌属(Methylocaldum)第IV属甲基微菌属(Methylomicrobium)第V属甲基单胞菌属(Methylomonas)第VI属甲基球状菌属(Methylosphaera)第VIII目“海洋螺菌目”(“Oceanospirillales”)第I科“海洋螺菌科”(“Oceanospirillaceae”)第I属海洋螺菌属(Oceanospirillum)第II属浴者菌属(Balneatrix)第III属海床杆菌属(Fundibacter)第IV属海单胞菌属(Marinomonos)第V属海螺菌属(Marinospirillum)第VI属海神单胞菌属(Neptunomonas)第II科盐单胞菌科(Halomonadaceae)第I属盐单胞菌属(Halomonas)第II属食烷菌属(Alcanivorax)第III属肉胞菌属(Carnimonas)第IV属色盐杆菌属(Chromohalobacter)第V属德莱氏菌属(Deleya)第VI属发酵细菌属(Zymobacter)第IX目假单胞菌目(Pseudomonadales)第I科假单胞菌科(Pseudomonadaceae)第I属假单胞菌属(Pseudomonas)第II属氮单胞菌属(Azomonas)第III属固氮菌属(Azotobacter)第IV属纤维弧菌属(Cellvibrio)第V属金色单胞菌属(Chryseomonas)第VI属黄色单胞菌属(Flaviomonas)第VII属俊片菌属(Lampropedia)第VIII属中嗜杆菌属(Mesophilobacter)第IX属桑葚状球菌属(Morococcus)第X属寡源杆菌属(Oligella)第XI属根杆菌属(Rhizobacter)第XII属皱纹单胞菌属(Rugamonas)第XIII属蛇形菌属(Serpens)第XIV属栖热嗜油菌属(Thermoleophilum) 第XV属嗜木杆菌属(Xylophilus)第II科莫拉氏菌科(Moraxellaceae)第I属莫拉氏菌属(Moraxella)第II属不动杆菌属(Acinetobacter)第III属嗜冷杆菌属(Psychrobacter)第X目“交替单胞菌目”(“Alteromonadales”)第I科“交替单胞菌科”(“Alteromonadaceae”)第I属交替单胞菌属(Alteromonas)第II属(Allishewanella)第III属科尔维尔氏菌属(Colwellia)第IV属铁还原单胞菌属(Ferrimomas)第V属冰居菌属(Glaciecola)第VI属(Idiomarina)第VII属海杆状菌属(Marinobacter)第VIII属海杆菌属(Marinobacterium)第IX属微泡菌属(Microbulbifer)第X属莫里特拉氏菌属(Moritella)第XI属假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas) 第XII属希瓦氏菌属(Shewanella)第XI目“弧菌目”(“Vibrionales”)第I科弧菌科(Vibrionaceae)第I属弧菌属(Vibrio)第II属异单胞菌属(Allomonas)第III属水栖菌属(Enhydrobacter)第V属发光杆菌属(Photobacterium)第VI属盐弧菌属(Salinivibrio)第XII目“气单胞菌目”(“Aeromonadales”)第I科气单胞菌科(Aeromonadaceae)第I属气单胞菌属(Aeromonas)第II属海洋单胞菌属(Oceanomonas)第III属甲苯单胞菌属(Tolumonas)第II科琥珀酸弧菌科(Succinivibrionaceae) 第I属琥珀酸弧菌属(Succinivibrio)第II属厌氧螺菌属(Anaerobiospirillum)第III属瘤胃杆菌属(Ruminobacter)第IV属琥珀酸单胞菌属(Succinimonas)第XIII目肠杆菌目(Enterobacteriales)第I科肠杆菌科(Enterobacteriaceae)第I属肠杆菌属(Enterobacter)第II属交替球菌属(Alterococcus)第III属杀雄菌属(Arsenophonus)第IV属布伦勒氏菌属(Brenneria)第V属巴克纳氏菌属(Buchnera)第VI属布戴约维采菌属(Budvicia)第VII属布丘氏菌属(Buttiauxella)第VIII属鞘杆菌属(Calymmatobacterium) 第IX属西地西菌属(Cedecea)第X属柠檬酸杆菌属(Citrobacter)第XI属爱德华氏菌属(Edwardsiella)第XII属欧文氏菌属(Erwinia)第XIII属埃希氏菌属(Escherichia)第XIV属爱文氏菌属(Ewingella)第XV属哈夫尼菌属(Hafnia)第XVI属克雷伯氏菌属(Klebsiella)第XVII属克吕沃尔氏菌属(Kluyvera)第XVIII属勒克氏菌属(Leclercia)第XIX属勒米诺氏菌属(Leminorella)第XX属米勒氏菌属(Moellerella)第XXI属摩根氏菌属(Morganella)第XXII属肥杆菌属(Obesumbacterium)第XXIII属泛菌属(Pantoea)第XXIV属坚固杆菌属(Pectobacterium) 第XXV属光杆状菌属(Photorhabdus)第XXVI属邻单胞菌属(Plesiomonas)第XXVII属布拉格菌属(Pragia)第XXVIII属变形菌属(Proteus)第XXIX属普罗威登斯菌属(Providencia)第XXXI属糖杆菌属(Saccharobacter)第XXXII属沙门氏菌属(Salmonella) 第XXXIII属沙雷氏菌属(Serratia)第XXXIV属志贺氏菌属(Shigella)第XXXV属伴蝇菌属(Sodalis)第XXXVI属塔特姆氏菌属(Tatumella)第XXXVII属特拉布斯氏菌属(Trabulsiella)第XXXVIII属威格尔斯沃思氏菌属(Wigglesworthia)第XXXIX属致病杆菌属(Xenorhabdus)第XL属耶尔森氏菌属(Yersinia)第XLI属预研菌属(Yokenella)第XIV目巴斯德氏菌目(Pasteurellales)第I科巴斯德氏菌科(Pasteurellaceae)第I属巴斯德氏菌属(Pasteurella)第II属放线杆菌属(Actinobacillus)第III属嗜血菌属(Haemophilus)第IV属隆派恩菌属(Lonepinella)第V属曼海姆氏菌属(Mannheimia)第VI属海豚杆菌属(Phocoenobacter)第IV纲“德耳塔变形杆菌纲”(“Deltaproteobacteria”)第I目“脱硫菌目”(“Desulfurellales”)第I科“脱硫菌科”（“Desulfurellaceae”）第I属脱硫菌属(Desulfurella)第II属希普氏菌属(Hippea)第II目“脱硫弧菌目”(“Desulfovibrionales”)第I科“脱硫弧菌科”(“Desulfovibrionaceae”)第I属脱硫弧菌属(Desulfovibrio)第II属嗜胆菌属(Bilophila)第III属劳森氏菌属(Lawsonia)第II科“脱硫微杆菌科”(“Desulfomicrobiaceae”)第I属脱硫微杆菌属(Desulfomicrobium)第III科“脱硫盐菌科”(“Desulfohalobiaceae”)第I属脱硫盐菌属(Desulfohalobium)第II属脱硫单胞菌属(desulfomonas)第III属脱硫酸弯曲杆菌属(Desulfonatronovibrio)第IV科脱硫弯曲杆菌科(“Desulfonatronumaceae”)第I属脱硫弯曲杆菌属(Desulfonatronum)第III目脱硫杆菌目(“Desulfobacterales”)第I科脱硫杆菌科(“Desulfobacteraceae”)第I属脱硫杆菌属(Desulfobacter)第II属脱硫杆状菌属(Desulfobacterium)第III属脱硫橄榄样菌属(Desulfobacula)第IV属脱硫胞状菌属（Desulfocella）第V属脱硫球菌属（Desulfococcus）第VI属脱硫豆状菌属（Desulfofaba）第VII属脱硫冷栖菌属（Desulfofrigus）第VIII属脱硫线菌属（Desulfonema）第IX属脱硫八叠球菌属（Desulfosarcina）第X属脱硫螺菌属（Desulfospira）第XI属脱硫小杆菌属(Desulfotalea)第XII属(“Desulfotignum”)第II科脱硫叶菌科(”Desulfobulbaceae”)第I属脱硫叶菌属(Desulfobulbus)第II属脱硫盒菌属(Desulfocapsa)第III属脱硫棒菌属(Desulfofustis)第IV属脱硫管状菌属(Desulforhopalus)第III科硝化刺菌科(Nitrospinaceae)第I属硝化刺菌属(Nitrospina)第II属脱硫橄榄状菌属(Desulfobacca)第III属脱硫念珠菌属(Desulfomonile)第IV目脱硫单胞菌目(“Desulfuromonadales”)第I科脱硫单胞菌科(“Desulfuromonadaceae”)第I属脱硫单胞菌属(Desulfuromonas)第II属硫还原弯形菌属（Desulfuromusa)第II科“土杆菌科”(“Geobacteraceae”)第I属土杆菌属(Geobacter)第III科“粘土杆菌科”(“Pelobacteraceae”)第I属粘土杆菌属(Pelobacter)第II属丙二酸单胞菌属(Malonomonas)第III属(Trichlorobacter)第V目“互营杆菌目”(“Syntrophobacterales”)第I科“互营杆菌科”（“Syntrophobacteraceae”）第I属互营杆菌属(Syntrophobacter)第II属脱硫葡萄状菌属(Desulfacinum)第III属杆状脱硫菌属(Desulforhabdus)第IV属(Desulfovirga)第V属热硫还原杆菌属(Thermodesulforhabdus) 第II科“互养菌科”(“Syntrophaceae”)第I属互养菌属(Syntrophus)第II属史密斯氏菌属(Smithella)第VI目“蛭弧菌目”(“Bdellovibrionales”)第I科“蛭弧菌科”(“Bdellovibrionaceae”)第I属蛭弧菌属(Bdellovibrio)第II属(Bacteriovorax)第III属云母弧菌属(Micavibrio)第IV属吸血弧菌属(Vampirovibrio)第VII目枯球菌目(Myxococcales)第I科帖球菌科(Myxococcaceae)第I属粘球菌属(Myxococcus)第II属囊球菌属(Angiococcus)第II科原囊菌科(Archangiaceae)第I属原囊菌属(Archangium)第III科孢囊杆菌科(Cystobacteraceae)第I属孢囊杆菌属(Cystobacter)第II属蜂窝囊菌属(Melittangium)第III属标桩菌属(Stigmatella)第IV科多囊菌科(Polyangiaceae)第I属多囊菌属(Polyangium)第II属软骨霉状菌属(Chondromyces)第III属侏儒囊菌属(Nannocystis)第V纲“艾普西隆变形杆菌纲”(“Epsilonproteobacteria”)第I目“弯曲杆菌目”(“Campylobacterales”)第I科弯曲杆菌科(Campylobacteraceae)第I属弯曲杆菌属(Campylobacter)第II属弓形菌属(Arcobacter)第III属硫化螺旋菌属(Sulfurospirillum)第IV属卵硫菌属(Thiovulum)第II科“螺杆菌科”(“Helicobacteraceae”)第I属螺杆菌属(Helicobacter)第II属沃林氏菌属(Wolinella)第BXIII门厚壁菌门(Firmicutes) 第I纲梭菌纲(“Clostridia”)第I目梭菌目(Clostridiales)第I科梭菌科(Clostridaceae)第I属梭菌属(Clostridium)第II属醋弧菌属(Acetivibrio)第III属氨基酸杆菌属(Acidaminobacter)第IV属厌氧杆菌属(Anaerobacter)第V属喜热菌属(Caloramator)第VI属(Coprobacillus)第VII属(Natronincola)第VIII属产醋杆菌属(Oxobacter)第IX属八叠球菌属(Sarcina)第X属孢杆菌属(Sporobacter)第XI属热分枝菌属(Thermobrachium)第XII属(Thermohalobacter)第XIII属丁达尔氏菌属(Tindallia)第II科“毛螺菌科”(“Lachnospiraceae”)第I属毛螺菌属(Lachnospira)第II属醋香肠菌属(Acetitomaculum)第III属厌氧细杆菌属(Anaerofilum)第IV属丁酸弧菌属(Butyrivibrio)第V属(Catenibacterium)第VI属卡托氏菌属(Catonella)第VII属粪球菌属(Coprococcus)第VIII属约翰森氏菌属(Johnsonella)第IX属假丁酸弧菌属(Pseudobutyrivibrio)第X属罗斯伯里氏菌属(Roseburia)第XI属瘤胃球菌属(Ruminococcus)第XII属生孢杆菌属(Sporobacterium)第III科“消化链球菌科”(“Peptostreptococcaceae”)第I属消化链球菌属(Peptostreptococcus)第II属产线菌属(Filifactor)第III属(Finegoldia)第IV属小纺锤状菌属(Fusibacter)第V属创伤球菌属(Helcococcus)第VI属(Micromonas)第VII属蒂西耶氏菌属(Tissierella)第IV科“真杆菌科”(“Eubacteriaceae”)第I属真杆菌属(Eubacterium)第II属醋酸杆菌属(Acetobacterium)第III属(Anaerovorax)第IV属(Mogibacterium)第V属假支杆菌属(Pseudoramibacter)第V科消化球菌科(Peptococcaceae)第I属消化球菌属(Peptococcus)第II属厌氧弓形菌属(Anaeroarcus)第III属厌氧弯曲菌属(Anaerosinus)第IV属厌氧弧菌属(Anaerovibrio)第V属一氧化碳嗜热菌属(Carboxydothermus)第VI属蜈蚣状菌属(Centipeda)第VII属脱卤素杆菌属(Dehalobacter)第VIII属树源生孢杆菌属(Dendrosporobacter)第IX属脱亚硫酸菌属(Desulfitobacterium)第X属脱磺酸盐生孢杆菌属(Desulfonispora)第XI属脱硫芽孢弯曲菌属(Desulfosporosinus)第XII属脱硫肠状菌属(Desulfotomaculum)第XIII属光岗菌属(Mitsuokella)第XIV属丙酸螺菌属(Propionispira)第XV属琥珀酸螺菌属(Succinispira)。