Diamond 3 界面选项的功能介绍
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Diamond TG/DTA操作指南一、开机1、打开计算机和仪器电源,启动电脑上的的Pyris Manager软件,会在屏幕上方出现Pyris任务栏,如下图所示:2、点击“Diamond TG/DTA”按钮,约10秒钟后就可启动Pyris Software 主界面。
如下图所示:控制面板功能如下:开始/结束按钮(Start/Stop)。
当所有的准备工作准备就绪后(比如加样、程序温度设定、重量稳定等),就可以点击该按钮启动数据采集过程。
再次点击则数据采集过程结束,实验数据被自动保存,程序温度自动回到加样温度(室温)。
另外,此按钮还有连线的功能。
当在TG/DTA主机电源未开的情况下,启动Pyris软件和Diamond TG/DTA启动按钮,虽然软件已经启动,但处于未连接状态,按钮图案为。
此时,如果将TG/DTA电源打开,点击该按钮就可以方便快速进行连接,按钮也恢复连接状态,而不用退出软件重新启动。
但再次点击却没有断线的功能,而是根据当前的方法文件开始数据的采集。
调温按钮(Go to Temperature)。
该按钮和其下的编辑框配合使用,目的是将程度温度走到编辑框中所指定的温度,速率是用户定义的“Go to temperature rates”速率,在“Preference”中定义。
回到加样温度(Go to Load)。
将程序温度调到加样温度。
加样温度在“Preference”中定义,一般定义为室温。
等温(Hold Temperature)。
不论仪器是在空闲状态还是数据采集状态,点击该按钮都将立即停止对程序温度的改变,也即开始在当前温度下的等温过程。
重量清零称重刷新数据观察窗口(Reset Monitor)。
该命令用于清除数据观察窗口中杂乱无章的实时监控曲线。
经常反复使用。
热流归零(Set Heat Flow to Zero)。
将热流调零。
在进行数据采集前,该命令非常有用。
当热流在其值不为0的地方平衡后,可以通过数次点击该按钮实现热流的归零。
Diamond基础操作手册Crystal Impact Diamond是一款分子和晶体结构可视化软件。
Diamond整合了丰富的功能,可以简化处理晶体结构数据冗长的工作,不仅适用于研究和教学,同时也可以应用与出版和作报告。
1.配合物分子结构的绘制(1) 双击diamond快捷方式,进入主程序。
打开数据.cif文件,程序将出现一系列对话框,可一直点击“下一步”,知道有“完成”出现,点击“完成”,如再有对话框出现仍点击“完成”,程序进入结构图编辑页面。
(2) 在做图之前,首先点击修改键长按钮,出现键长对话框,将不可能成键的原子组去掉(如Cd-C Cd-H),并根据已知键长范围设定原子组,如下图Cd-O键最大值约在2.7,所以将计算机默认值由2.880改为2.700。
(3) 选择添加不对称单元原子按钮,将在屏幕上出现该配合物一个不对称单元中的原子(未键连)。
(4) 在Build菜单中找到Filter,单击出现对话框,在该对话框中,原子前若挑钩则表示其在屏幕中会正常显示出来。
如果不挑钩则表示该原子被过滤掉,将不显示出来。
在配合物的结构图中一般H原子不需要显示出来,所以我们将H原子的钩去掉。
(5)配位环境图的绘制。
选择屏幕左下方的连接原子按钮,将(3)中孤立的原子连接起来。
由于配位环境图的绘制需要补全与金属离子键合的所有分子,因此使用补全配位模式按钮,将另外两个三唑长出来。
对于配位环境图中的非碳原子需标出原子序号,方法为鼠标左键单击要编号原子,然后选择屏幕下方的原子标号按钮。
如果对于程序直接给出的原子标号字体大小不满意,可以鼠标左键双击原子标号进入原子标号设定对话框进行设定。
注意对后长出来的与金属离子直接相连的原子需要根据该原子的对称操作符号(与.txt文件中的对称操作对应)给出相应的对称操作记号。
如N2的对称操作为x,-y+1/2,z+1/2 在.txt文件中对应的操作码符号为#1,则该原子在标注时为N2A。
Diamond基础操作指南(大全)Diamond基础操作手册Crystal Impact Diamond 是一款分子和晶体结构可视化软件。
Diamond 整合了丰富的功能,可以简化处理晶体结构数据冗长的工作,不仅适用于研究和教学,同时也可以应用与出版和作报告。
1. 配合物分子结构的绘制(1)双击diamond 快捷方式,进入主程序。
打开数据.cif 文件,程序将出现一系列对话框,可一直点击“下一步”,知道有“完成”出现,点击“完成”,如再有对话框出现仍点击“完成”,程序进入结构图编辑页面。
(2)在做图之前,首先点击修改键长按钮,出现键长对话框,将不可能成键的原子组去掉(如Cd-C Cd-H ),并根据已知键长范围设定原子组,如下图Cd-O 键最大值约在2.7,所以将计算机默认值由2.880 改为2.700。
(3)选择添加不对称单元原子按钮,将在屏幕上出现该配合物一个不对称单元中的原子(未键连)。
(4)在Build 菜单中找到Filter,单击出现对话框,在该对话框中,原子前若挑钩则表示其在屏幕中会正常显示出来。
如果不挑钩则表示该原子被过滤掉,将不显示出来。
在配合物的结构图中一般H 原子不需要显示出来,所以我们将H 原子的钩去掉。
(5)配位环境图的绘制。
选择屏幕左下方的连接原子按钮,将(3)中孤立的原子连接起来。
由于配位环境图的绘制需要补全与金属离子键合的所有分子,因此使用补全配位模式按钮,将另外两个三唑长出来。
对于配位环境图中的非碳原子需标出原子序号,方法为鼠标左键单击要编号原子,然后选择屏幕下方的原子标号按钮。
如果对于程序直接给出的原子标号字体大小不满意,可以鼠标左键双击原子标号进入原子标号设定对话框进行设定。
注意对后长出来的与金属离子直接相连的原子需要根据该原子的对称操作符号(与.txt 文件中的对称操作对应)给出相应的对称操作记号。
如N2 的对称操作为x,-y+1/2,z+1/2 在.txt 文件中对应的操作码符号为#1,则该原子在标注时为N2A 。
晶体结构模型软件Diamond的使用技巧摘要通过用Diamond软件构造C60笼型分子结构模型以及对笼型分子各个面的分别封闭,介绍了从“.CIF”格式文件中获得晶体结构数据;原子间距的测量;插入“dummy”原子辅助构造多面体及利用插入“dummy”原子对五边形、六边形分别进行封闭等Diamond软件的使用方法和技巧。
关键词Diamond软件C60 晶体结构模型Diamond软件是由德国波恩大学Crystal Impact GbR公司开发研制的一个晶体结构模型专业软件,可免费从网上下载,网址为/。
由于其功能强大、界面友好、使用方便,越来越多的教师开始使用该软件进行晶体结构的教学,并介绍该软件的应用[1~3]。
然而,这些介绍过于简单,不能满足构造复杂结构模型的要求。
本文将以C60晶体结构模型和分子模型的构造为例,介绍该软件的操作。
1 从“.CIF”格式文件(晶体信息文件)中获得晶体结构数据打开软件,点“File | Open”,找到安装软件的目录,比如“C:\Program Files \Diamond”,打开“Tutorial”文件夹,保证文件类型为“All Files(*.*)”或“CIF(*.CIF)”,双击名为“C60”的文件。
弹出名为“File Import Assistant”的窗口,点击“下一步”,在弹出的“File Format”窗口中确保File后面为“Crystallographic Information File(CIF)”,点击“下一步”,在弹出的“Picture Creation”窗口中“If the dataset is a crystal”后面下拉选项中选中“Create a blank picture”,点击“下一步”,在弹出的窗口中点“完成”。
出现一个“C60> S1252286>picture1”空白窗口,此时观察右边的“Data brief”窗口,C60的晶体结构数据已经存在了。
Diamond基础操作手册Crystal Impact Diamond是一款分子和晶体结构可视化软件。
Diamond整合了丰富的功能,可以简化处理晶体结构数据冗长的工作,不仅适用于研究和教学,同时也可以应用与出版和作报告。
1.配合物分子结构的绘制(1) 双击diamond快捷方式,进入主程序。
打开数据.cif文件,程序将出现一系列对话框,可一直点击“下一步”,知道有“完成”出现,点击“完成”,如再有对话框出现仍点击“完成”,程序进入结构图编辑页面。
(2) 在做图之前,首先点击修改键长按钮,出现键长对话框,将不可能成键的原子组去掉(如Cd-C Cd-H),并根据已知键长范围设定原子组,如下图Cd-O键最大值约在2.7,所以将计算机默认值由2.880改为2.700。
(3) 选择添加不对称单元原子按钮,将在屏幕上出现该配合物一个不对称单元中的原子(未键连)。
(4) 在Build菜单中找到Filter,单击出现对话框,在该对话框中,原子前若挑钩则表示其在屏幕中会正常显示出来。
如果不挑钩则表示该原子被过滤掉,将不显示出来。
在配合物的结构图中一般H原子不需要显示出来,所以我们将H原子的钩去掉。
(5)配位环境图的绘制。
选择屏幕左下方的连接原子按钮,将(3)中孤立的原子连接起来。
由于配位环境图的绘制需要补全与金属离子键合的所有分子,因此使用补全配位模式按钮,将另外两个三唑长出来。
对于配位环境图中的非碳原子需标出原子序号,方法为鼠标左键单击要编号原子,然后选择屏幕下方的原子标号按钮。
如果对于程序直接给出的原子标号字体大小不满意,可以鼠标左键双击原子标号进入原子标号设定对话框进行设定。
注意对后长出来的与金属离子直接相连的原子需要根据该原子的对称操作符号(与.txt文件中的对称操作对应)给出相应的对称操作记号。
如N2的对称操作为x,-y+1/2,z+1/2 在.txt文件中对应的操作码符号为#1,则该原子在标注时为N2A。
POV-Ray与Diamond 3 联用作图简介(第二节)15151晶体论坛荣誉出品窦伟兰州大学化学化工学院第二节Diamond中的POV-Ray设置其实很多晶体类软件比如ORTEP-3,Mercury 2.2 等均可输出pov 文件。
但是ORTEP-3功能过于简单,Mercury的POV设置没有完善。
目前,相容性较好的应该属Diamond 3了。
按照我们前面的介绍,若想实现软件间的兼容必须先解决晶体结构中的原子和键的表达问题。
Diamond 3软件使用的是Sphere(代表atom)和Cyclinder(代表bond)的组合方式,具体说来有以下几点:(1)将所有的原子(包括衍生出的)和化学键分别成组,联动操作要分别设置原子组和键组;(2)默认c轴方向为初始方向,在您进行任意旋转时,程序只需对比并记住您的旋转方向即可,采取rotate 命令很容易实现;原子坐标的变化引起的大量数据的变动得以巧妙解决;(3)文件编写简洁清晰,易于后期修改(这是我们本文一切的起点)。
1.基本设置进入POV-Ray设置界面非常容易,下辖的五个选项中常用的是Global Settings、Render Into Bitmap和Create Scene File,其他两个选项实际上用处不大。
2.Global Setting里Settings这里的选项和设置是整个作图程序的关键步骤,主要从四个方面设置图片效果。
2.1 Materials:提供原子或键的材质选择,可供选择的材质非常多,但常用的是前五项。
为了便于对效果进行对比,我们选择800*600分辨率,全充满模型进行作图,其他条件不变(限于篇幅,只演示了Default 模式的设置过程;不对图片进行后期处理,因而采用Render Into Bitmap 方式,得到.bmp格式的图片):后面的各项材质选择均采用如上步骤,得到的效果如下图:材质类型 材质效果(未设置光源)特点及说明Default朴实无华Dull虚幻缥缈常用于配合光源构建美图Plastic华丽夺目不用光源,同样构建超强效果Rubber温文儒雅Shiny细致精巧最具匠心的设计,在全充满模型里最常用。