MS疑难杂症

MS计算XRD后怎样用origin把几个XRD图合并在一起

作者: jelly62 (站内联系TA) 发布: 2012-03-22

我想用MS计算几个模型的XRD图，计算后怎么样把这些数据导出来用origin作图呢？而且我想把这几个模型的图都合并在一个图中，用什么方法实现啊。

很多虫友给了我帮助，但是我的问题还是没有解决，下载了一个8.0的origin做出来的图和MS的图还是不一样，有部分不能显示出来。下面第三幅图是MS计算出来的，第一、二两幅图是origin做出来的，都是后半部分没有显示出来。

origin6.1

origin8.0

MS

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贺仪 (站内联系TA) 在ms里面直接复制，然后再origin里直接黏贴就行

xhzha (站内联系TA)

origin有合并图片的功能

jelly62 (站内联系TA)

2楼: Originally posted by 贺仪 at 2012-03-22 20:41:01:

在ms里面直接复制，然后再origin里直接黏贴就行

可是粘贴后在origin中做出来的图和MS中的图不一样哦

weiyongkai (站内联系TA)

很简单，上面有合并图形的图标！

贺仪 (站内联系TA)

4楼: Originally posted by jelly62 at 2012-03-22 20:45:44:

可是粘贴后在origin中做出来的图和MS中的图不一样哦

怎么不一样？

jelly62 (站内联系TA)

6楼: Originally posted by 贺仪 at 2012-03-22 20:46:43:

怎么不一样？ 你看看这两幅图

jelly62 (站内联系TA)

6楼: Originally posted by 贺仪 at 2012-03-22 20:46:43:

怎么不一样？

后半部分没有了

lifeycc (站内联系TA)

在origin 里面画好两个图，然后用edit-merge这个功能可以合并图

chikn (站内联系TA)

我也很想知道怎么搞，坐等答案，祝福楼主

lleo (站内联系TA)

plot 里面有选项的 选什么瀑布的那个就行了

贺仪 (站内联系TA)

7楼: Originally posted by jelly62 at 2012-03-22 20:52:22:

你看看这两幅图

7d/c6/1087580_1332420713_403.jpg

84/a7/1087580_1332420720_874.jpg

你是不是没有全选上呀？

jelly62 (站内联系TA) 12楼: Originally posted by 贺仪 at 2012-03-22 21:56:26:

你是不是没有全选上呀？

我确认全选上了，还是这样。不知道为什么。

贺仪 (站内联系TA)

13楼: Originally posted by jelly62 at 2012-03-23 09:51:46:

我确认全选上了，还是这样。不知道为什么。

这个可以不选直接复制，你试试看

jelly62 (站内联系TA)

14楼: Originally posted by 贺仪 at 2012-03-23 14:28:45:

这个可以不选直接复制，你试试看

是了，还是一样哦

贺仪 (站内联系TA)

15楼: Originally posted by jelly62 at 2012-03-23 15:22:29:

是了，还是一样哦

那你用origin是不是启用了speed mode？关闭试试吧……

唯美的心 (站内联系TA)

我也想看看

【求助】MS遇到的问题

作者: 咖啡喝不醉 (站内联系TA) 发布: 2010-12-04

1.discover能量最小化不收敛是什么原因？这样出来的结果可靠吗？

2.数据不稳定，是不是体系未趋于平衡呢？怎么解决这个问题呢？

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qphll (站内联系TA)

如果是有文献可以参照, 那么尽量先采用文献值; 如果是新的体系, 那么很多参数都是需要测试的.

你的两个问题其实反映的是同一个本质: 体系还未平衡.

建议:

(1) 首先做minimization, 使得体系的overlap消除, 这样MD开始的那个初始构型比较合理;

(2) 跑足一定的步数, 看能量是否收敛. 这里的收敛并不是要求能量就不变化了, 而是说能量在一个比较小的范围内周期震荡.

看你体系大小, 但是一般来讲如果1~2ns以后, 体系能量还是有很大的震荡, 那么需要考虑你的参数的使用是不是合理.

其实我也是'空对空', 以后提问记得上图.

一图胜千言.

咖啡喝不醉 (站内联系TA)

Originally posted by qphll at 2010-12-05 02:47:49:

如果是有文献可以参照, 那么尽量先采用文献值; 如果是新的体系, 那么很多参数都是需要测试的.

你的两个问题其实反映的是同一个本质: 体系还未平衡.

建议:

(1) 首先做minimization, 使得体系的overlap消除 ...

此为其中的一个片段，

谢谢帮忙再分析一下！

043114076 (站内联系TA)

把结果再优化一下试试

咖啡喝不醉 (站内联系TA)

在做聚乙烯的能量最小化时，聚乙烯的结构是用build直接建成的。可是无论能量最小化多少次，都显示不收敛。这是为什么呢？

咖啡喝不醉 (站内联系TA)

Originally posted by 咖啡喝不醉 at 2010-12-08 15:30:43:

此为其中的一个，我不知道是怎么回事，是否已经收敛。谢谢帮忙再分析一下！

043114076 (站内联系TA)

虽然没有达到收敛标准，但可以认为结果有效。

不知道你是用来产生MD的初始构象还是仅仅想最小化，如果是前者已经完全达到标准了

咖啡喝不醉 (站内联系TA)

问题已解决，谢谢各位的帮忙！

如何将纳米粒子与聚合物组装起来

作者: 农岚沐 (站内联系TA) 发布: 2012-11-29

我想做添加纳米粒子的聚合物材料，目前设想的单胞很简单，就是在聚合物的中央添加一个半径为30埃的二氧化硅粒子，聚合物中央也已经相应挖空了。请问如何将他们组装起来？ 或者说我的这个思路就不对？望高人指点！

粒子填充.jpg

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jiaoyixiong (站内联系TA)

把两个都保存成PDB格式的文件

直接把其中的一个pdb里的内容复制粘贴到另一个pdb文件的后面，

用VMD 打开，使用moveby 命令，可以调节二者的相对位置。

当二者的位置调节好之后，再使用

writepdb 命令，输出正确格式的PDB 文件。

农岚沐 (站内联系TA)

2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-11-29 23:09:33

把两个都保存成PDB格式的文件

直接把其中的一个pdb里的内容复制粘贴到另一个pdb文件的后面，

用VMD 打开，使用moveby 命令，可以调节二者的相对位置。 当二者的位置调节好之后，再使用

writepdb 命令，输出正确 ...

得安装VMD吧？那太不方便了啊。

农岚沐 (站内联系TA)

我发现用AC来建模的时候，CPU总是只有一个核在转。我的笔记本是双核的，WIN7 32位，连着网，最多占用50%。另外有一台WIN7 64位的，I7处理器，8核，最多占用13%，就是八分之一。但是如果我在笔记本上运行Forcite的话，就可以在Job Control 里设置双核一起跑，而且接近百分百。

请问各位高人，怎么让AC模块也能百分百跑起来？

农岚沐 (站内联系TA)

我试过直接将1个纳米粒子与80条聚合物单链进行封装，但是都是运行了一段时间之后出现failure，只能得到一个密度严重偏低的大盒子，边长大了接近四倍。也找不出问题到底出在哪里。望指点迷津！

jolly1987 (站内联系TA)

4楼: Originally posted by 农岚沐 at 2012-11-30 08:45:33

我发现用AC来建模的时候，CPU总是只有一个核在转。我的笔记本是双核的，WIN7 32位，连着网，最多占用50%。另外有一台WIN7 64位的，I7处理器，8核，最多占用13%，就是八分之一。但是如果我在笔记本上运行Forcite的话 ...

你的MS版本是多少？AC好像是基于Discover的动力学模块，你试着在Discover/setup里调整Job Control试试

jolly1987 (站内联系TA)

直接将二氧化硅粒子复制，粘贴到右边聚合物晶格里，调整二氧化硅的位置到你挖的空里应该就可以了，然后运行一下结构优化

jolly1987 (站内联系TA)

5楼: Originally posted by 农岚沐 at 2012-11-30 10:10:19

我试过直接将1个纳米粒子与80条聚合物单链进行封装，但是都是运行了一段时间之后出现failure，只能得到一个密度严重偏低的大盒子，边长大了接近四倍。也找不出问题到底出在哪里。望指点迷津！

有运行前后的图吗？用的什么系宗？

农岚沐 (站内联系TA)

8楼: Originally posted by jolly1987 at 2012-11-30 10:46:26

有运行前后的图吗？用的什么系宗？...