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rabbit
Antibody of Z-DNA
Antibody of Z-DNA
goat
果蝇唾液腺染色体 细胞学制片
羊抗兔二级抗体
偶联荧光标记
免疫反应
Z-DNA in Drosophila chromosome proved by anti-Z antibody
Immunoligica slid
可能的功能
基因表达调控
Z-DNA
(小沟, 信息少)
基因关闭
B-DNA
(大沟, 信息多)
基因表达
三股螺旋DNA (Trible Helix DNA, T.S DNA)
※ T.S DNA 的发现与证实
l l 1953 年以前Pauling (Chemist)
提出 T.S DNA 存在的可能性
1953 年 Watson & Crick D.S DNA model
• 双 螺旋中存在 大,小 沟
DNA单链的延伸
3‘端
DNA双螺旋的结构特点
l 碱基顶部基团裸露在DNA 大沟内
l 蛋白质因子与DNA 的特异结合依赖于 氨基酸与DNA 间的氢键的形成 l 蛋白质因子沿大沟与DNA形成专一性 结合的机率与多样性高于沿小沟的结合 l 大沟的空间更有利于与蛋白质的结合
( Left-Handed Double Helix ) 1953. Watson , Crick & Wilkins ● 技术条件本身的局限(分辨度) ● 研究的精确性(原子间结构的特点?)
● 不能人工合成寡聚核苷酸片段 (oligo-dnt fragment )
● 仅获得了DNA fiber graphic of X-ray
证明沿大沟存在多余的氢键给体与受体 潜在的专一与DNA (蛋白质) 结合的能力
形成T.S DNA 可能性
l 1957年Davis , Felsenfeld , Rich 发现
poly(U) + poly(U) + poly(A) T.S RNA 但由于D.S DNA的提出 而被忽视
T.S DNA的概念 l 1966年Miller & Sobell 实现 RNA + D.S DNA Trible polyNt
Distance/bp
Distance/helix
~0.34nm
3.4nm
~0.38nm
4.46nm
~0.25nm
2.8nm
Diameter/helix Sequence
2.0 nm Any
1.8nm Poly G-C Poly C-A Poly T-G Poly T-A
1.9nm Any
Form
1979. Alecxander Rich (MIT) l 人工合成6 bp (G/C) 6 核苷酸片段 l 获得寡聚核苷酸的crystal graphic of x-ray l 图象的分辨度达到0.9埃 (0.09 nm)
l 研究了原子间的Bond angle Distance Ring pucker
O
O
NH3
O
NH3 NH3
Uracil (U)
Thymine (T)
Aderine (A)
Guanine (G)
Cytosine (C)
3.2.2 核苷的构象 ( conformation of nucleoside )
purin
pyimidine
χ = C4-N9-C1’-O4’
χ = C2-N1-C1’-O4’
DNA stands for: D: Deoxyribose N: Nucleic A: Acid
DNA is too small to see, but under a microscope it looks like a twisted up ladder!
Every living thing has DNA. That means that you have something in common with a zebra, a tree, a mushroom and a beetle!!!!
1952. Alexander Todd
3’, 5’ phosphodiester bond
Nt~~Nt ~~Nt~~Nt~~Nt
1952. M. H. F. Wilkins & Rosalind Frankin
X~ray photograph of DNA with high quality
1953.
1.5M Nacl Br.poly(dG-dC) poly(dG-dm5C)
4.0M Nacl Br.poly(dG-dC) poly(dG-dm5C) poly(dG-dC)
Z-DNA 的检测
4M Nacl B-DNA Z-DNA Br+ Z-DNA(Br8G)
0.2 M Nacl Z-DNA (Br8G) 趋于稳定
●
DNA作为遗传物质的优点 (自然选择的优势)
★ 储存遗传信息量大 1kb DNA序列 ★A / T, C / G 互补 双螺旋结构 41000 种遗传信息 复制, 转录 遗传稳定 ★ 核糖的2’ – OH 脱氧 ★ 可以突变 方便修复 在水溶液中的稳定性高于RNA
以求不断进化 以求稳定遗传
★ DNA中有T无U
RNA
RNase pH11.5
2’, 3’ 环式单核苷酸
2’ 单磷酸核苷酸
3’ 单磷酸核苷酸
p
3’ 单磷酸核苷酸
O
OH
RNA RNase
O OH
p
p
O OH
p
pH11.5
O
O
p
OH
2’ 单磷酸核苷酸
O
p
2’, 3’ 环式单核苷酸
OH O
OH
OH
p
Nucleotide (Nt) basic unit
4.1.2 DNA的双螺旋结构
3.3.1 DNA 双螺旋结构模型 (DNA Double Helix Model)
1938. W. T. Astbury
X~ ray photograph of DNA
1950. Cha + C
Rich AT form & rich GC form
(G/C)6 Left-handed double helix
任何 > 6 bp py-pu 交替排列序列的DNA片段均可 形成Z-DNA, 但难易程度不同
DNA的分子构型 ( B, Z, A ) 比较
Z-DNA Z-DNA
B-DNA
A-DNA
DNA的分子构型 ( B, Z, A ) 比较
Form Helix Direction bp/circle B Right 10 Z Left 12 A Right 10.7
B
Z
A
Condition
Normal
4M Na+
DNA-Na Crytic D.S RNA DNA/RNA
A, G-anti T, C-anti
Conformation ( dGMP, dAMP ) C2, C3 / Pu Groove
A,G-anti C, T-anti C2-endo Minor Major No
*数目 染色体在体细胞内的存在特点: *形态 *存在方式 成对
同种生物的染色体,数目相同,形态相似。不同种生物,数目、形态则不一样。
男性
女性
果蝇的染色体(4对)
人的染色体(23对)
23对
46条
8对
16条
20条
10对
色每 体一 的种 数生 目物 是的 一细 定胞 的内 , 染
照片中的 这位小朋友 因为多了一 条染色体, 就远不如别 的小朋友那 么聪明伶俐 了。
dGMP in B-DNA dGMP in Z-DNA
Anti
syn
Z-DNA
DNA
CpG
B-DNA
GpC
B-DNA
B-DNA
B-DNA
B-DNA
Z-DNA
Z-DNA
分 子 构 型 的 比 较
B-DNA B-DNA
Z-DNA 的检测
Antibody (nM)
0.2 M Nacl Br.poly(dG-dC)
影响双螺旋结构稳定性的因素
碱基堆积的棒状实体
l 氢键 (Hydrogen bond 4~6 kc / mol) 弱键, 可加热解链 氢键堆积, 有序排列(线性, 方向) l 磷酸酯键 (phosphoester bond 80~90 kc / mol)
强键, 需酶促解链
l 0.2 mol / L Na+ 生理盐条件
4.1 DNA结构的多样性和动态性
4.1.1.多核苷酸链
Nucleic Acid (NA)
Polynucleotide chain (poly Nt)
Nucleotide (Nt) basic unit Mono-phosphate (Mp) Nucleoside (Ns)
Deoxy-ribose ( Ribose ) Base Purin (pu) Aderine (A) Guanine (G) Pyrimidine (py) Thymine (T) Uracil (U) Cytosine (C)
Watsosn & Crick
Right handed B-form DNA Double helix Model
• 每一单链具有 5‘ 3’极性
• 两条单链间以氢键 连接 • 两条单链,极性相
反,反向平行
• 以中心为轴, 向 右 盘 旋 (B-form)