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分子标记辅助育种技术分子标记辅助育种技术第一节分子标记的类型和作用原理遗传标记是指可以明确反映遗传多态性的生物特征。
在经典遗传学中，遗传多态性是指等位基因的变异。
在现代遗传学中，遗传多态性是指基因组中任何座位上的相对差异。
在遗传学研究中，遗传标记主要应用于连锁分析、基因定位、遗传作图及基因转移等。
在作物育种中，通常将与育种目标性状紧密连锁的遗传标记用来对目标性状进行追踪选择。
在现代分子育种研究中，遗传标记主要用来进行基因定位和辅助选择。
1、形态标记形态标记是指那些能够明确显示遗传多态性的外观性状。
如、株高、穗型、粒色等的相对差异。
形态标记数量少，可鉴别标记基因有限，难以建立饱和的遗传图谱。
有些形态标记受环境的影响，使之在育种的应用中受到限制。
2、细胞学标记细胞学标记是指能够明确显示遗传多态性的细胞学特征。
如染色体的结构特征和数量特征。
核型：染色体的长度、着丝粒位置、随体有无。
可以反映染色体的缺失、重复、倒位、易位。
染色体结构特征带型：染色体经特殊染色显带后，带的颜色深浅、宽窄和位置顺序,可以反映染色体上常染色质和异染色质的分布差异。
染色体数量特征—是指细胞中染色体数目的多少。
染色体数量上的遗传多态性包括整倍体和非整倍体变异。
细胞学标记优点：克服了形态标记易受环境影响的缺点。
缺点：（1）培养这种标记材料需花费大量的人力物力；（2）有些物种对对染色体结构和数目变异的耐受性差，难以获得相应的标记材料；（3）这种标记常常伴有对生物有害的表型效应；（4）观察鉴定比较困难。
3、蛋白质标记用作遗传标记的蛋白质分为酶蛋白质和非酶蛋白质两种。
非酶蛋白质：用种子储藏蛋白质经一维或二维聚丙烯酰胺凝胶电泳，根据显示的蛋白质谱带或点，确定其分子结构和组成的差异。
酶蛋白质：利用非变性淀粉凝胶或聚丙烯酰胺凝胶电泳及特异性染色检测，根据电泳谱带的不同来显示酶蛋白在遗传上的多态性。
蛋白质标记的不足之处：（1）每一种同工酶标记都需特殊的显色方法和技术；（2）某些酶的活性具有发育和组织特异性；（3）标记的数量有限。
江苏农业学报(ＪｉａｎｇｓｕＪ.ｏｆＡｇｒ.Ｓｃｉ.)ꎬ２０２４ꎬ４０(１):１８３￣１９２ｈｔｔｐ://ｊｓｎｙｘｂ.ｊａａｓ.ａｃ.ｃｎ孙雨桐ꎬ刘德帅ꎬ冯㊀美ꎬ等.果树分子标记辅助育种研究进展[Ｊ].江苏农业学报ꎬ２０２４ꎬ４０(１):１８３￣１９２.ｄｏｉ:１０.３９６９/ｊ.ｉｓｓｎ.１０００￣４４４０.２０２４.０１.０２０果树分子标记辅助育种研究进展孙雨桐ꎬ㊀刘德帅ꎬ㊀冯㊀美ꎬ㊀齐㊀迅ꎬ㊀姚文孔(宁夏大学农学院/宁夏优势特色作物现代分子育种重点实验室/林木资源高效生产全国重点实验室ꎬ宁夏银川７５００２１)收稿日期:２０２３￣０２￣２５基金项目:宁夏回族自治区农业育种项目(ＮＸＮＹＹＺ２０２１０１)ꎻ宁夏回族自治区重点研发项目(２０１８ＢＥＢ０４００４)作者简介:孙雨桐(１９９８－)ꎬ女ꎬ黑龙江五常人ꎬ硕士研究生ꎬ研究方向为果树学ꎮ(Ｅ￣ｍａｉｌ)ｓｙｔ１５１４６０６３０１０＠１６３.ｃｏｍ通讯作者:姚文孔ꎬ(Ｅ￣ｍａｉｌ)ｙａｏｗｅｎｋｏｎｇ＠１６３.ｃｏｍ㊀㊀摘要:㊀随着分子生物学的不断发展ꎬ分子标记在果树育种中发挥的作用也愈发重要ꎮ本文主要对不同果树育种的分子标记类型及分子标记在果树种质资源鉴定㊁抗性育种㊁无核育种㊁早熟育种㊁品质改良育种㊁分子遗传图谱构建与数量性状座位(ＱＴＬ)基因定位等方面的应用进行了综述ꎬ为果树分子标记辅助育种提供参考ꎮ关键词:㊀果树ꎻ分子标记ꎻ遗传图谱ꎻＱＴＬ定位中图分类号:㊀Ｓ６０３.６㊀㊀㊀文献标识码:㊀Ａ㊀㊀㊀文章编号:㊀１０００￣４４４０(２０２４)０１￣０１８３￣１０Ａｄｖａｎｃｅｓｏｆｍｏｌｅｃｕｌａｒｍａｒｋｅｒｓａｓｓｉｓｔｅｄｓｅｌｅｃｔｉｏｎａｐｐｌｉｅｄｉｎｆｒｕｉｔｔｒｅｅｂｒｅｅｄ￣ｉｎｇＳＵＮＹｕ￣ｔｏｎｇꎬ㊀ＬＩＵＤｅ￣ｓｈｕａｉꎬ㊀ＦＥＮＧＭｅｉꎬ㊀ＱＩＸｕｎꎬ㊀ＹＡＯＷｅｎ￣ｋｏｎｇ(ＳｃｈｏｏｌｏｆＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅꎬＮｉｎｇｘｉａＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ/ＮｉｎｇｘｉａＫｅｙＬａｂｏｒａｔｏｒｙｏｆＭｏｄｅｒｎＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｒｅｅｄｉｎｇｏｆＤｏｍｉｎａｎｔａｎｄＣｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃＣｒｏｐｓ/ＳｔａｔｅＫｅｙＬａｂｏｒａ￣ｔｏｒｙｏｆＥｆｆｉｃｉｅｎｔＰｒｏｄｕｃｔｉｏｎｏｆＦｏｒｅｓｔＲｅｓｏｕｒｃｅｓꎬＹｉｎｃｈｕａｎ７５００２１ꎬＣｈｉｎａ)㊀㊀Ａｂｓｔｒａｃｔ:㊀Ｗｉｔｈｔｈｅｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔｏｆｍｏｌｅｃｕｌａｒｂｉｏｌｏｇｙꎬｍｏｌｅｃｕｌａｒｍａｒｋｅｒｓｈａｖｅｐｌａｙｅｄｍｏｒｅｉｍｐｏｒｔａｎｔｒｏｌｅｓｉｎｔｈｅｂｒｅｅｄｉｎｇｏｆｆｒｕｉｔｔｒｅｅｓ.Ｉｎｔｈｉｓｐａｐｅｒꎬｗｅｍａｉｎｌｙｅｘｐｏｕｎｄｅｄｔｈｅｔｙｐｅｓｏｆｍｏｌｅｃｕｌａｒｍａｒｋｅｒｓｉｎｄｉｆｆｅｒｅｎｔｆｒｕｉｔｔｒｅｅｓｂｒｅｅｄｉｎｇꎬａｎｄｓｕｍｍａｒｉｚｅｄｔｈｅａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｏｆｍｏｌｅｃｕｌａｒｍａｒｋｅｒｓｉｎｔｈｅｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎｏｆｇｅｒｍｐｌａｓｍｒｅｓｏｕｒｃｅｓꎬｒｅｓｉｓｔａｎｃｅｂｒｅｅｄｉｎｇꎬｓｅｅｄｌｅｓｓｂｒｅｅｄｉｎｇꎬｅａｒｌｙｍａｔｕｒｉｔｙｂｒｅｅｄｉｎｇꎬｑｕａｌｉｔｙｉｍｐｒｏｖｅｍｅｎｔｂｒｅｅｄｉｎｇꎬｍｏｌｅｃｕｌａｒｇｅｎｅｔｉｃｍａｐｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎａｎｄｑｕａｎｔｉ￣ｔａｔｉｖｅｔｒａｉｔｌｏｃｕｓ(ＱＴＬ)ｍａｐｐｉｎｇｉｎｆｒｕｉｔｔｒｅｅｓ.Ｏｕｒｓｔｕｄｙｃａｎｐｒｏｖｉｄｅｒｅｆｅｒｅｎｃｅｆｏｒｍｏｌｅｃｕｌａｒｍａｒｋｅｒａｓｓｉｓｔａｎｔｂｒｅｅｄｉｎｇｉｎｆｒｕｉｔｔｒｅｅｓ.Ｋｅｙｗｏｒｄｓ:㊀ｆｒｕｉｔｔｒｅｅｓꎻｍｏｌｅｃｕｌａｒｍａｒｋｅｒｓꎻｇｅｎｅｔｉｃｍａｐｐｉｎｇꎻＱＴＬｌｏｃａｌｉｚａｔｉｏｎ㊀㊀果树育种的常规手段主要有杂交育种㊁诱变育种㊁倍性育种等ꎬ但由于果树杂种比较多㊁品种来源复杂㊁多为多年生木本植物㊁生长周期长等因素ꎬ导致传统育种周期长㊁效率低㊁不确定因素多ꎮ相比于常规育种ꎬ分子标记辅助选择(Ｍｏｌｅｃｕｌａｒｍａｒｋｅｒａｓ￣ｓｉｓｔｅｄｓｅｌｅｃｔｉｏｎꎬＭＡＳ)可以提高育种效率ꎬ缩短育种周期ꎬ并且在遗传多样性㊁品种鉴定等方面也有较好的效果[１]ꎮ分子标记技术种类繁多ꎬ如随机扩增多态性ＤＮＡ(ＲａｎｄｏｍａｍｐｌｉｆｉｅｄｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃＤＮＡꎬＲＡＰＤ)㊁扩增片段长度多态性(ＡｍｐｌｉｆｉｅｄｆｒａｇｍｅｎｔｌｅｎｇｔｈｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍꎬＡＦＬＰ)㊁简单序列重复(ＳｉｍｐｌｅｓｅｑｕｅｎｃｅｒｅｐｅａｔꎬＳＳＲ)㊁单核苷酸多态性(Ｓｉｎｇｌｅｎｕ￣ｃｌｅｏｔｉｄｅｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍꎬＳＮＰ)等ꎬ这些分子标记被广泛应用于果树的遗传育种㊁亲缘关系判断㊁遗传图谱构建以及数量性状座位(ＱＴＬ)定位等研究中ꎮ这将加速果树品种的改良进程ꎬ提高育种效率ꎮ３８１１㊀果树上应用分子标记的主要类型１.１㊀ＲＡＰＤ分子标记为适应不良环境以及抵御病虫危害ꎬ培育具有一定抗性的果树品种至关重要ꎮＴａｒｔａｒｉｎｉ[２]从５种不同的ＲＡＰＤ标记中筛选出与ＭｄＶｆ基因紧密相关的ＯＰＡＭ１９２２００和ＯＰＡＬ０７５８０ꎬ标记了苹果(Ｍａｌｕｓｄｏ￣ｍｅｓｔｉｃａ)抗赤霉病Ｖｆ基因ꎮ杨亚州等[３]以燕山葡萄和河岸葡萄的Ｆ１代为材料ꎬ通过７个ＲＡＰＤ标记对其抗旱性进行研究ꎬ将ＲＡＰＤ标记５２２６￣１１００转化成专一性的ＳＣＡＲ(Ｓｅｑｕｅｎｃｅｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚｅｄａｍｐｌｉｆｉｅｄｒｅｇｉｏｎｓꎬ特定序列扩增)标记ＤＲ￣７６０ꎮ其次ＲＡＰＤ分子标记多用于果树遗传多样性及品种鉴定ꎬ余智城等[４]对１６份柑橘包括１１份琯溪蜜柚进行遗传多样性分析ꎬ通过１５条ＲＡＰＤ引物将１６份材料分为２大类(表１)ꎮ表１㊀随机扩增多态性ＤＮＡ(ＲＡＰＤ)分子标记在果树上的应用Ｔａｂｌｅ１㊀ＡｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｏｆｒａｎｄｏｍａｍｐｌｉｆｉｅｄｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃＤＮＡ(ＲＡＰＤ)ｍｏｌｅｃｕｌａｒｍａｒｋｅｒｓｏｎｆｒｕｉｔｔｒｅｅｓ物种(属)功能主要结果参考文献苹果(ＭａｌｕｓＭｉｌｌ.)筛选抗病基因从５种不同的ＲＡＰＤ标记中筛选出与Ｖｆ基因紧密相关ＯＰＡＭ１９２２００和ＯＰＡＬ０７５８０标记苹果抗赤霉病Ｖｆ基因[２]葡萄(ＶｉｔｉｓＬ.)筛选抗旱基因以燕山葡萄和河岸葡萄的Ｆ１代为材料ꎬ通过７个ＲＡＰＤ标记对其抗旱性进行研究ꎬ获得了抗旱基因的ＲＡＰＤ标记[３]柑橘(ＣｉｔｒｕｓＬ.)遗传多样性分析以１６份柑橘包括１１份琯溪蜜柚为材料用１５条ＲＡＰＤ引物对其遗传多样性进行分析ꎬ将１６份材料分为２大类[４]李(ＰｒｕｎｕｓＬ.)绘制遗传图谱利用ＲＦＬＰ(限制性内切酶片段长度多态性)和ＲＡＰＤ标记绘制桃的遗传连锁图谱[５]品种鉴定使用３６０个ＲＡＰＤ引物进行大片段分析ꎬ以鉴定桃与桃㊁桃与杏仁杂交中特定位点相关的标记[６]遗传多样性分析用ＲＡＰＤ分子标记技术对７个樱桃品种进行多态性分析ꎬ将７个樱桃品种分为４类[７]杧果(ＭａｎｇｉｆｅｒａＬ.)遗传多样性分析从２０个ＲＡＰＤ引物中筛选１５个引物ꎬ分析了３４份传统杧果种质的遗传变异和亲缘关系[８]１.２㊀ＡＦＬＰ分子标记分析果树遗传多样性ꎬ有助于果树的分类ꎮ董美超等[９]针对９０份鳄梨品种材料从２４对ＡＦＬＰ引物中筛选出８对进行遗传多样性分析ꎬ根据遗传相似系数可划分为４个类群ꎮＬａｉ等[１０]采用ＡＦＬＰ和甲基化敏感扩增多态性(Ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎｓｅｎｓｉｔｉｖｅａｍｐｌｉ￣ｆｉｅｄｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍꎬＭＳＡＰ)的分子标记技术探究车道晚脐橙与芽变南瓜状脐橙之间的基因和基因组甲基化差异ꎬ结果表明芽变南瓜状脐橙的出现是由于基因突变ꎮ可见ＡＦＬＰ结合ＭＳＡＰ分子标记技术可以研究橙的早熟及果实形状的基因突变ꎬ这为此方面其他果树的研究提供了理论及技术的支持(表２)ꎮ表２㊀扩增片段长度多态性(ＡＦＬＰ)分子标记在果树上的应用Ｔａｂｌｅ２㊀Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｏｆａｍｐｌｉｆｉｅｄｆｒａｇｍｅｎｔｌｅｎｇｔｈｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ(ＡＦＬＰ)ｍｏｌｅｃｕｌａｒｍａｒｋｅｒｓｏｎｆｒｕｉｔｔｒｅｅｓ物种(属)㊀㊀㊀功能㊀主要结果参考文献鳄梨(ＰｅｒｓｅａＭｉｌｌ.)遗传多样性分析为了研究９０份鳄梨品种材料ꎬ从２４对ＡＦＬＰ引物中筛选出８对进行遗传多样性分析ꎬ根据遗传相似系数可划分为４个类群[９]苹果(ＭａｌｕｓＭｉｌｌ.)遗传多样性分析用ＡＦＬＰ对泰山红星㊁沂蒙短枝红星㊁红星和金冠４个苹果品种进行了遗传分析ꎬ结果表明ꎬ泰山红星苹果多态性显著高于其他品种[１１]柑橘(ＣｉｔｒｕｓＬ.)筛选果实形状基因采用ＡＦＬＰ和ＭＳＡＰ分析车道晚脐橙及其芽变南瓜状脐橙的基因和基因组甲基化差异ꎬ结果表明基因突变发生在车道晚脐橙和其芽变南瓜状脐橙之间[１０]遗传多样性分析用ＡＦＬＰ技术对３个亲本和１６个辐射诱变和芽变的柑橘品种进行了遗传差异分析[１２]筛选早熟基因以脐橙试验材料ꎬ用ＡＦＬＰ和ＭＳＡＰ对其在基因组㊁甲基化修饰水平与脐橙早熟性状之间的关系进行探究ꎬ结果表明ꎬ果实熟期与去甲基化相关[１３]猕猴桃(ＡｃｔｉｎｉｄｉａＬｉｎｄｌ.)遗传多样性分析使用ＡＦＬＰ技术对３３份猕猴桃的遗传多样性进行分析ꎬ可以将３３份种质分为３个类群[１４]ＭＳＡＰ:甲基化敏感扩增多态性ꎮ１.３㊀ＳＳＲ分子标记ＳＳＲ标记的优点是大量标记及其共显性遗传ꎬ也正因如此ＳＳＲ分子标记被广泛应用在果树育种中ꎮ王立新等[１５]从１４４对ＳＳＲ引物中筛选出３对引物对４０４８１江苏农业学报㊀２０２４年第４０卷第１期份苹果进行检测ꎬ结果表明ꎬ这３对引物可以鉴定区分４０份苹果ꎮＫｉｍｕｒａ等[１６]用９个ＳＳＲ标记鉴别６０个亚洲梨品种ꎬ研究结果表明其中７个ＳＳＲ标记能将５８个品种区分开ꎮ刘国彬等[１７]以１９种欧李种质及其近缘种杏李㊁李资源为试验材料ꎬ利用ＳＳＲ标记进行品种鉴定并构建分子身份证ꎮ魏姗姗等[１８]以９５份桃品种为试材ꎬ利用１８对ＳＳＲ引物对桃进行遗传多样性分析ꎬ发现了桃品种的８个连锁群ꎮ胡光明等[１９]以红阳猕猴桃为材料ꎬ从４３５对ＳＳＲ引物中筛选出６７对引物ꎬ用于猕猴桃属种质资源的亲缘关系及遗传多样性分析ꎮＭａｈｊｂｉ等[２０]以２０个突尼斯柑橘品种为材料ꎬ通过７个ＳＳＲ位点建立了它们的亲缘关系来探究其遗传多样性ꎮ此外ＳＳＲ分子标记也被用于果树品质育种㊁抗性育种以及遗传图谱构建(表３)ꎮ表３㊀简单序列重复(ＳＳＲ)分子标记在果树上的应用Ｔａｂｌｅ３㊀Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｏｆｓｉｍｐｌｅｓｅｑｕｅｎｃｅｒｅｐｅａｔ(ＳＳＲ)ｍｏｌｅｃｕｌａｒｍａｒｋｅｒｓｏｎｆｒｕｉｔｔｒｅｅｓ物种(属)㊀㊀㊀功能㊀主要结果参考文献苹果(ＭａｌｕｓＭｉｌｌ.)品种鉴定用１４４对ＳＳＲ引物对４０份苹果进行检测ꎬ最少用３对引物进行组合即可鉴定４０份苹果[１５]筛选品质位点以短枝富士和粉红女士２１６株Ｆ１代群体为试验材料ꎬ使用ＳＳＲ标记获得了２个与果实酸度连锁的分子标记[２１]筛选抗病基因从１４４对ＳＳＲ引物中选出１７对在抗病和感病之间表现出多态性的引物标记苹果抗褐斑病ꎬ结果表明标记基因位于苹果第８连锁群ＬＧ８上[２２]梨(ＰｙｒｕｓＬ.)品种鉴定以亚洲梨为材料ꎬ用９个ＳＳＲ标记鉴别６０个品种的亚洲梨能将５８个品种区分开[１６]李(ＰｒｕｎｕｓＬ.)品种鉴定以１９种欧李种质及其近缘种杏李㊁李资源为试验材料ꎬ利用ＳＳＲ标记进行品种鉴定并构建分子身份证[１７]遗传多样性分析以９５份不同的桃品种为研究材料ꎬ用ＳＳＲ标记对桃遗传多样性进行分析ꎬ可将桃分为扁球形和球形２个类群[１８]柑橘(ＣｉｔｒｕｓＬ.)遗传多样性分析以２０个突尼斯柑橘品种为材料ꎬ通过７个ＳＳＲ位点建立了它们的亲缘关系[２０]葡萄(ＶｉｔｉｓＬ.)筛选无核基因２０个个体被选为无籽葡萄育种研究的遗传资源ꎬＶＭＣ７ｆ２标记被鉴定为与无核性状最相关的标记[２３]绘制遗传图谱在９６个个体的全同胞群体的２个亲本上共测试了３４６对引物ꎬ成功扩增了３１０个标记ꎬ基于２个群体中２４５个ＳＳＲ标记的分离ꎬ构建了４个图谱[２４]筛选抗性基因使用葡萄参考连锁图的ＳＳＲ标记ꎬ在连锁群１５(ＬＧ１５)上确定抗性位点的位置[２５]猕猴桃(ＡｃｔｉｎｉｄｉａＬｉｎｄｌ.)性别鉴定利用毛花猕猴桃的基因组来开发与性别鉴定相关ＳＳＲ标记ꎬ从中筛选出了１对可以鉴定毛花猕猴桃雌雄株的引物[２６]１.４㊀ＳＲＡＰ分子标记相关序列扩增多态性(Ｓｅｑｕｅｎｃｅｒｅｌａｔｅｄａｍｐｌｉ￣ｆｉｅｄｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍꎬＳＲＡＰ)标记与ＲＡＰＤ标记的原理和步骤极为相似ꎬ但ＳＲＡＰ相对于ＲＡＰＤꎬ稳定性高ꎬ重复性好ꎬ多态性较高ꎮ董星光[２７]以黄冠和鸭梨为试材ꎬ用ＳＲＡＰ和ＡＦＬＰ标记对其抗病基因进行分析ꎬ发现与抗黑星病相关的１条ＳＲＡＰ标记和１条ＡＦＬＰ标记ꎬ可见ＳＲＡＰ与ＡＦＬＰ可联合用于梨的抗病品种的选育ꎮ冯涛等[２８]以小白桃㊁津柳早红为试材ꎬ用１２条ＳＲＡＰ引物对其早熟基因进行分析ꎬ结果表明ＳＲＡＰ标记可以用于鉴定桃成熟期芽变(表４)ꎮ表４㊀相关序列扩增多态性(ＳＲＡＰ)分子标记在果树上的应用Ｔａｂｌｅ４㊀Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｏｆｓｅｑｕｅｎｃｅｒｅｌａｔｅｄａｍｐｌｉｆｉｅｄｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ(ＳＲＡＰ)ｍｏｌｅｃｕｌａｒｍａｒｋｅｒｓｏｎｆｒｕｉｔｔｒｅｅｓ物种(属)㊀功能㊀主要结果参考文献梨(ＰｙｒｕｓＬ.)筛选抗病基因以黄冠梨和鸭梨为试材ꎬ用ＳＲＡＰ标记对其抗病基因进行分析ꎬ从１２０对引物中筛选出１条与抗黑星病相关的ＳＲＡＰ标记[２７]李(ＰｒｕｎｕｓＬ.)筛选早熟基因以小白桃㊁津柳早红为试材用１２条ＳＲＡＰ引物对其早熟基因进行分析ꎬ结果表明ＳＲＡＰ标记可以鉴定桃成熟期芽变[２８]苹果(ＭａｌｕｓＭｉｌｌ.)筛选耐盐基因以西府海棠和Ｓ１９杂交组的Ｆ１单株为试材ꎬ用ＳＲＡＰ标记对其耐盐基因进行分析ꎬ获得了４条与耐盐基因相关的标记[２９]柑橘(ＣｉｔｒｕｓＬ.)遗传多样性分析以５１份酸橙(Ｃｉｔｒｕｓａｕｒａｎｔｉｕｍ)为研究材料ꎬ用２１个ＳＲＡＰ引物来研究其与亲本的遗传关系和多样性[３０]葡萄(ＶｉｔｉｓＬ.)遗传多样性分析以３９个玫瑰香系葡萄品种为试材ꎬ利用ＳＲＡＰ标记技术对其遗传多样性进行分析并构建其ＤＮＡ指纹图谱[３１]椰子(ＣｏｃｏｓＬ.)遗传多样性分析使用ＳＲＡＰ标记分析从湄公河三角洲收集的１９个椰子品种的遗传多样性ꎬ并绘制其遗传关系[３２]５８１孙雨桐等:果树分子标记辅助育种研究进展１.５㊀ＳＣＡＲ分子标记测序的扩增区段(Ｓｅｑｕｅｎｃｅｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚｅｄａｍｐｌｉ￣ｆｉｅｄｒｅｇｉｏｎꎬＳＣＡＲ)标记最初是从ＲＡＰＤ分子标记技术衍生而来的ꎬ并且重复性和特异性比ＲＡＰＤ更好ꎮ为减少农药对环境和人体的危害ꎬ选育抗病品种具有重要意义ꎬＳＣＡＲ分子标记在果树抗病育种方面发挥着重要的作用ꎮ祁楠等[３３]以秦冠和富士Ｆ１代群体为试材ꎬ将苹果抗斑点落叶病相关基因的１个ＲＡＰＤ标记转换为ＳＣＡＲ标记(表５)ꎮＤｅｎｇ等[３４]以柑橘为材料克隆并测序了２０个与抗柑橘三叶草病毒基因连锁的ＲＡＰＤ片段中的７个ꎬ并将它们转化为ＳＣＡＲ标记ꎮ赵伟[３５]以用８种葡萄作为亲本的杂交后代为材料ꎬ用ＳＣＡＲ标记ＳＣＯ１１￣９１４对其白粉病抗性进行检测ꎮ表５㊀测序的扩增区段(ＳＣＡＲ)分子标记在果树上的应用Ｔａｂｌｅ５㊀Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｏｆｓｅｑｕｅｎｃｅｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚｅｄａｍｐｌｉｆｉｅｄｒｅｇｉｏｎ(ＳＣＡＲ)ｍｏｌｅｃｕｌａｒｍａｒｋｅｒｓｏｎｆｒｕｉｔｔｒｅｅｓ物种(属)㊀功能㊀主要结果参考文献苹果(ＭａｌｕｓＭｉｌｌ.)筛选抗病基因以秦冠和富士Ｆ１代群体为试材ꎬ将苹果抗斑点落叶病基因的１个ＲＡＰＤ标记转换为ＳＣＡＲ标记[３３]柑橘(ＣｉｔｒｕｓＬ.)筛选抗病基因克隆并测序了２０个与抗柑橘三叶草病毒基因连锁的ＲＡＰＤ片段中的７个ꎬ并将它们转化ＳＣＡＲ标记[３４]梨(ＰｙｒｕｓＬ.)筛选矮化基因以矮化梨与茌梨的杂交后代共１１１个单株为试材ꎬ获得了１个控制梨树矮化性状基因的ＲＡＰＤ标记Ｓ１１７２￣９４０ꎬ并转换成了ＳＣＡＲ标记[３６]葡萄(ＶｉｔｉｓＬ.)筛选无核基因利用ＳＣＦ２７￣２０００和ＳＣＣ８￣１０１８对３２个杂种株系进行分子标记检测ꎬ其中有１７个株系都出现了无核的特异性条带[３７]筛选抗病基因以８种葡萄作为亲本的杂交后代材料ꎬ用ＳＣＡＲ标记ＳＣＯ１１￣９１４对其白粉病抗性进行检测[３５]１.６㊀ＳＮＰ分子标记ＳＮＰ检测方法主要有酶切扩增多态性序列(ＣＡＰＳ)㊁单链构象多态性(ＳＳＣＰ)㊁直接测序和基因芯片等ꎮＢａｌｄｉ等[３８]通过２个苹果品种Ｆｉｅｓｔａ和Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ之间杂交的分离群体开发ＣＡＰＳ和ＳＳＣＰ标记ꎬ标记其抗性基因的定位ꎬ实现了克隆序列的遗传作图ꎮＳＮＰ多用于遗传图谱的构建ꎮＡｎｔａｎ￣ａｖｉｃｉｕｔｅ等[３９]使用来自２８种海棠基因型的ＳＮＰ数据为海棠开发了全基因组基因分型阵列ꎮ该阵列为任何给定的海棠后代提供了高通量基因分型和连锁图谱开发的前景ꎮ将２２７２个ＳＮＰ标记的数据整合到Ｍ４３２子代的图谱中ꎬ并展示了最完整和最饱和的普米拉分枝杆菌１７个连锁群的图谱ꎮ唐海霞等[４０]以冬枣和金丝４号的Ｆ１代１０３株群体为材料ꎬ用简化基因组测序技术(ＧＢＳ)开发的ＳＮＰ构建了１张包含１２条连锁群的遗传图谱ꎮ相关研究(表６)为果树数量性状定位㊁功能基因挖掘以及图位克隆等研究提供了有效的理论依据ꎮ表６㊀单核苷酸多态性(ＳＮＰ)分子标记在果树上的应用Ｔａｂｌｅ６㊀Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｏｆｓｉｎｇｌｅｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ(ＳＮＰ)ｍｏｌｅｃｕｌａｒｍａｒｋｅｒｓｏｎｆｒｕｉｔｔｒｅｅｓ物种(属)㊀㊀㊀功能㊀主要结果参考文献苹果(ＭａｌｕｓＭｉｌｌ.)绘制遗传图谱将２２７２个ＳＮＰ标记的数据整合到Ｍ４３２子代的图谱中ꎬ并展示了最完整和最饱和的普米拉分枝杆菌１７个连锁群的图谱[３９]枣(ＺｉｚｉｐｈｕｓＭｉｌｌ.)绘制遗传图谱以冬枣和金丝４号杂交的Ｆ１代１０３株群体为材料ꎬ用ＳＮＰ分子标记构建了１张包含１２条连锁群的遗传图谱[４０]柑橘(ＣｉｔｒｕｓＬ.)品种鉴定利用ＳＮＰ分子标记区分Ｈａｒｙｅｊｏｓａｅｎｇ与其他７个温州蜜柑品种的ＤＮＡ序列差异[４１]葡萄(ＶｉｔｉｓＬ.)筛选抗虫基因ＳＮＰ标记可用于葡萄对爪哇根结线虫抗性基因(ＭＪＲ１)的标记辅助选择[４２]龙眼(ＤｉｍｏｃａｒｐｕｓＬｏｕｒ.)绘制遗传图谱以２００株凤梨朵和大乌圆的杂交后代Ｆ１作为作图群体ꎬ利用ＲＡＤ￣ｓｅｑ技术开发ＳＮＰ分子标记构建遗传图谱[４３]２㊀果树遗传图谱构建概况分子标记已被广泛用于构建遗传图谱ꎬ遗传图谱是基于遗传距离的图谱ꎬ它反映的是不同基因座之间的遗传距离和连锁程度ꎮ目前ꎬ大量分子标记如ＳＮＰ㊁ＳＣＡＲ㊁ＳＳＲ㊁ＡＦＬＰ㊁ＳＲＡＰ等被用于果树遗传作图ꎮＷｕ等[４４]以八月红和砀山酥梨杂交的１０２个梨Ｆ１代单株为作图群体ꎬ用ＳＮＰ与ＳＳＲ整合构建６８１江苏农业学报㊀２０２４年第４０卷第１期了梨的高密度连锁图谱ꎬ该图谱是用快速和稳健的限制性相关ＤＮＡ测序技术(ＲＡＤｓｅｑ)绘制的ꎮ连锁图谱由ＳＮＰ标记和ＳＳＲ标记组成ꎬ共３２４１个标记ꎬ跨度为２２４３.４ｃＭꎬ平均标记距离为０ ７０ｃＭꎮ刘更森[４５]以富士和金冠杂交的Ｆ１代１２２个单株为作图群体ꎬ选用已开发的ＳＮＰꎬ结合ＳＳＲ标记构建了苹果遗传图谱ꎮ以杧果金黄和贵妃杂交的９８株Ｆ１代植物为作图群体ꎬ用ＳＲＡＰ㊁ＡＦＬＰ和ＩＳＳＲ分子标记进行作图ꎬ该图谱由３３个连锁群组成ꎬ总遗传距离为１５６１.１ｃＭ[４６]ꎮ已构建遗传图谱的果树品种见表７ꎮ表７㊀果树遗传图谱构建概况Ｔａｂｌｅ７㊀Ｏｖｅｒｖｉｅｗｏｆｆｒｕｉｔｔｒｅｅｇｅｎｅｔｉｃｍａｐｐｉｎｇｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎ物种㊀㊀㊀(属的拉丁名)㊀㊀㊀作图亲本㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀标记类型㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀群体大小(株)连锁群数量(个)参考文献苹果(ＭａｌｕｓＭｉｌｌ.)富士ˑ坂田津轻ＳＮＰ１５０１７[４７]蜜脆ˑ秦冠ＳＮＰ３５０３４[４８]富士ˑ金冠ＳＮＰ㊁ＳＳＲ１２２１７[４５]梨(ＰｙｒｕｓＬ.)崇化大梨ˑ新世纪梨ＳＳＲ㊁ＳＲＡＰ㊁ＩＳＳＲ２１０１４[４９]红茄梨ˑ晚秀梨ＳＮＰ㊁ＳＳＲ１６１１７[５０]八月红ˑ砀山酥梨ＡＦＬＰ㊁ＳＲＡＰ㊁ＳＳＲ９７１７[５１]李(ＰｒｕｎｕｓＬ.)黄水蜜ˑ中油桃１４号ＳＮＰ８６８[５２]红垂枝ˑ白花山碧ＳＳＲ㊁ＡＦＬＰ㊁ＳＲＡＰ５２１１[５３]柑橘(ＣｉｔｒｕｓＬ.)梨橙２号ˑ晚蜜２ＳＳＲ㊁ＣＯＳ８０１０[５４]Ｍｕｒｃｏｔｔ橘橙ˑＰêｒａ甜橙ＡＦＬＰ８７９[５５]Ｃｒａｖｏ橘ˑＰêｒａ甜橙ＲＡＰＤ９４１２[５６]葡萄(ＶｉｔｉｓＬ.)赤霞珠ˑ左优红ＳＮＰ㊁ＳＳＲ１８１１９[５７]枣(ＺｉｚｉｐｈｕｓＭｉｌｌ.)ＪＭＳ２ˑ邢１６ＳＮＰ１６７１２[５８]冬枣ˑ金丝４号ＳＮＰ㊁ＳＳＲ１１１１２[５９]荔枝(ＬｉｔｃｈｉＳｏｎｎ.)马贵荔ˑ焦核三月红ＲＡＰＤ㊁ＳＲＡＰ㊁ＡＦＬＰ７６２０[６０]芒果(ＭａｎｇｉｆｅｒａＬ.)金黄ˑ贵妃ＳＲＡＰ㊁ＡＦＬＰ㊁ＩＳＳＲ９８３３[４６]龙眼(ＤｉｍｏｃａｒｐｕｓＬｏｕｒ.)凤梨朵ˑ大乌圆ＲＡＰＤ㊁ＩＳＳＲ㊁ＳＲＡＰ㊁ＡＦＬＰ９４２１[６１]ＳＮＰ:单核苷酸多态性ꎻＳＳＲ:简单序列重复ꎻＳＲＡＰ:相关序列扩增多态性ꎻＩＳＳＲ:简单重复系列区间ꎻＡＦＬＰ:扩增片段长度多态性ꎻＣＯＳ:保守直系同源序列ꎻＲＡＰＤ:随机扩增多态性ＤＮＡꎮ３㊀ＱＴＬ基因定位在果树育种中的应用通常没有一种基因能唯一决定某些性状ꎬ一般一组基因作为一个整体控制着某一特性ꎮ与特定数量性状相关的基因所在的基因组区域称为ＱＴＬꎬ即数量性状位点ꎮ自从分子标记出现以来ꎬ研究人员和育种人员一直致力于识别与这些ＱＴＬ相关的功能标记ꎬ在果树的重要性状ＱＴＬ定位和分子标记辅助育种等方面均取得较好的成果ꎬ如果树生长发育㊁果实的品质㊁抗逆性的强弱等ꎮ前人已对苹果㊁梨㊁柑橘等多种果树的生长发育特性(开花㊁生根能力㊁矮化等)㊁果实品质(质量㊁大小㊁颜色㊁硬度㊁风味等)㊁抗生物胁迫㊁抗非生物胁迫(耐盐碱㊁抗干旱㊁抗寒等)等重要农艺性状进行分析ꎬ有助于培育特定目标性状的果树品种ꎮ３.１㊀与苹果相关的ＱＴＬ苹果ＱＴＬ的鉴定集中于其主要农艺性状[如矮化㊁果实品质(包括果实质量㊁果实大小㊁果实颜色以及果肉的糖酸含量)㊁苹果的抗逆性(抗寒㊁抗旱㊁耐盐碱等)]ꎮＦｏｓｔｅｒ等[６２]对４１份Ｍ９３Ｒｏｂｕｓｔａ５(非矮化)与Ｂｒａｅｂｕｒｎ接穗嫁接的砧木群体的ＱＴＬ进行分析ꎬ结果表明ꎬ连锁群ＬＧ５上的一个主要ＱＴＬ对接穗的矮化有显著影响ꎮＺｈｅｎｇ等[６３]用来自海棠㊁红富士㊁金冠㊁乔纳森家系９４２２株苹果Ｆ１代杂交种为试材ꎬ检测得到９个与苹果果皮颜色遗传变异有关的微效ＱＴＬ(表８)ꎮ孙瑞[６４]以红玉㊁金冠以及红７８１孙雨桐等:果树分子标记辅助育种研究进展玉和金冠的Ｆ１代杂交群体２９７株苹果为试材ꎬ对其品质性状进行ＱＴＬ定位ꎬ共得到１２个ＱＴＬ位点ꎮ３.２㊀与梨相关的ＱＴＬ迄今ꎬＱＴＬ定位在梨的研究上取得了一定的成果ꎮ赵亚楠[６５]利用苹果梨和八月红１５０株Ｆ１代材料对１４个果实品质性状进行基因定位分析ꎬ共获得２８个ＱＴＬ位点ꎬ其中与单果质量相关的ＱＴＬ位点有５个㊁与果心大小相关的ＱＴＬ位点有２个㊁与果肉硬度相关的ＱＴＬ位点有３个㊁与果实横径相关的ＱＴＬ位点有６个㊁与果梗长度相关的ＱＴＬ位点有１个㊁与可溶性固形物含量相关的ＱＴＬ位点有６个㊁与可滴定酸含量相关的ＱＴＬ位点有２个ꎬ共扫描到２２６６个基因ꎮＳｕｎ等[６６]以１３１个亚洲梨和欧洲梨为试验材料ꎬ在已被鉴定的病害相关ＱＴＬ区域中找到４１个核苷酸结合位点(ＮＢＳ)编码基因(表９)ꎮ表８㊀苹果相关的数量性状座位(ＱＴＬ)Ｔａｂｌｅ８㊀Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅｔｒａｉｔｌｏｃｕｓ(ＱＴＬ)ｒｅｌａｔｅｄｔｏａｐｐｌｅ亲本功能㊀㊀㊀群体大小(株)ＱＴＬ数量(个)参考文献Ｍａｌｌｉｎｇ９ˑＲｏｂｕｓ￣ｔａ５标记矮化的位点４１６[６２]海棠㊁红富士㊁金冠㊁乔纳森标记果皮颜色的位点９４２２９[６３]红玉ˑ金冠标记果实质量的位点２９７２[６４]红玉ˑ金冠标记果实酸度的位点２９７６[６４]红玉ˑ金冠标记糖含量的位点２９７２[６４]红玉ˑ金冠标记抗病的位点５３４２９[６７]ＢａｌｅｎｇＣｒａｂˑＭ９标记耐盐碱的位点３２５８４２[６８]ＭａｌｕｓｄｏｍｅｓｔｉｃａˑＭ.ａｓｉａｔｉｃａ标记果肉硬度的位点２６６４３２[６９]ＭａｌｕｓｄｏｍｅｓｔｉｃａˑＭ.ａｓｉａｔｉｃａ标记果肉脆度的位点２６６４３０[６９]ＦｏｒｔｕｎｅˑＭｕｒｃｏｔｔ标记苹果酸的位点１４６３８[７０]秦冠ˑ蜜脆标记抗旱的位点３５０５５[７１]３.３㊀与柑橘相关的ＱＴＬ通过分子标记构建柑橘的遗传连锁图谱可以获得果实发育等农艺性状和应答逆境胁迫的ＱＴＬꎮ罗艾等[７２]以晚蜜２号和梨橙２号的９４株Ｆ１代材料为群体ꎬ进行ＱＴＬ定位分析ꎬ发现４个与果实质量相关的ＱＴＬ定位ꎬ７个与果实大小相关的ＱＴＬ定位ꎮ马喜军[７３]以晚蜜２号和梨橙２号的３５０株Ｆ１代为试验材料对柑橘抗寒性相关的ＱＴＬ进行定位ꎬ得到７个与柑橘抗寒性相关的ＱＴＬꎬ分布于４个连锁群上ꎬ分别为ＬＷ１㊁ＬＷ２㊁ＬＷ３和ＬＷ８ꎮＨｕａｎｇ等[７４]对甜橙ˑ枳橙属间杂交的１７０株Ｆ１代进行基因分型分析ꎬ在枳遗传图谱上鉴定到４个与柑橘黄龙病相关的ＱＴＬ(表１０)ꎮ表９㊀梨相关的数量性状座位(ＱＴＬ)Ｔａｂｌｅ９㊀Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅｔｒａｉｔｌｏｃｕｓ(ＱＴＬ)ｒｅｌａｔｅｄｔｏｐｅａｒ亲本㊀㊀功能㊀㊀㊀群体大小(株)ＱＴＬ数量(个)参考文献苹果梨ˑ八月红标记果实大小的位点１５０６[６５]苹果梨ˑ八月红标记果肉硬度的位点１５０３[６５]苹果梨ˑ八月红标记可溶性固形物的位点１５０６[６５]苹果梨ˑ八月红标记可滴定酸的位点１５０２[６５]苹果梨ˑ八月红标记果实质量的位点１５０５[６５]亚洲梨ˑ欧洲梨标记抗病的位点１３１４１[６６]八月红ˑ砀山酥梨标记果实质量的位点１０２２[７５]八月红ˑ砀山酥梨标记果实大小的位点１０２２[７５]表１０㊀柑橘相关的数量性状座位(ＱＴＬ)Ｔａｂｌｅ１０㊀Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅｔｒａｉｔｌｏｃｕｓ(ＱＴＬ)ｒｅｌａｔｅｄｔｏｃｉｔｒｕｓ亲本㊀㊀功能㊀㊀㊀群体大小(株)ＱＴＬ数量(个)参考文献晚蜜２号ˑ梨橙２号标记果实质量的位点９４４[７２]晚蜜２号ˑ梨橙２号标记果实大小的位点９４７[７２]梨橙２号ˑ晚蜜２号标记抗寒的位点３５０７[７３]甜橙ˑ枳橙标记抗病的位点１７０４[７４]红橘ˑ枳壳标记果肉色泽的位点７９２[７６]ＦｏｒｔｕｎｅˑＭｕｒｃｏｔｔ标记挥发性物质的位点１１６２０６[７７]ＴｒｉｆｏｌｉａｔａˑＣｌｅｏｐａｔｒａｍａｎｄａｒｉｎ标记耐盐碱的位点９８[７８]３.４㊀与其他果树相关的ＱＴＬ除常见果树外ꎬ其他果树重要性状相关的ＱＴＬ定位研究也取得了很大进展ꎮＣｉｒｉｌｌｉ等[７９]评估１３３份桃种质ꎬ定位到１个可以推迟桃花期的ＱＴＬꎮ鲍荆凯[８０]用ＪＭＳ２和交城５号枣的１５０株Ｆ１代材料对其ＱＴＬ定位进行分析ꎬ共获得１０４个ＱＴＬ位点ꎬ其中与果实大小相关的ＱＴＬ位点５７个㊁与果实糖组分相关的ＱＴＬ位点１７个㊁与果实酸组分相关的ＱＴＬ位点３０个ꎮ刘春燕[８１]以桂海４号和山梨猕猴桃的杂交后代开展ＱＴＬ定位研究ꎬ共检测到４４个ＱＴＬ位点ꎬ其中与果实质量相关的ＱＴＬ位点７个ꎬ与果实横纵径相关的ＱＴＬ位点２１个ꎮ史晓畅[８２]以８８１江苏农业学报㊀２０２４年第４０卷第１期山东大绵球和新宾软籽山楂的１３０株杂交Ｆ１代为材料ꎬ检测到２个与单果质量相关的ＱＴＬ位点ꎬ６个与果皮穿刺硬度相关的ＱＴＬ位点ꎬ３个与果实大小相关的ＱＴＬ位点ꎬ５个与果皮脆性相关的ＱＴＬ位点ꎬ５个与果肉平均硬度相关的ＱＴＬ位点ꎮ这些研究(表１１)不仅丰富了果树的遗传学研究ꎬ也为果实品质及果树抗逆的遗传机制和育种研究提供了理论基础ꎮ４㊀展望在果树的品种鉴定㊁辅助育种(早熟㊁无核㊁矮化㊁品质以及抗性等)㊁遗传图谱的构建和农艺性状基因定位等方面ꎬＤＮＡ分子标记被广泛应用ꎮＤＮＡ分子标记技术种类多样ꎬ大致可分为三类ꎮ第一类:以电泳技术和分子杂交技术为核心的分子标记技术ꎬ如ＲＦＬＰꎻ第二类:以ＤＮＡ聚合酶链式反应(ＰｏｌｙｍｅｒａｓｅｃｈａｉｎｒｅａｃｔｉｏｎꎬＰＣＲ)为基础的分子标记技术ꎬ包括ＲＡＰＤ㊁ＳＳＲ㊁ＳＣＡＲ等ꎻ第三类:以ＤＮＡ测序为核心的分子标记技术ꎬ如ＳＮＰ标记[８３]ꎮＲＦＬＰ具有共显性且不需要先验序列信息ꎬ但它耗时长ꎬ需要大量纯ＤＮＡꎬ价格也比较昂贵[８４]ꎮＲＡＰＤ操作简单ꎬ所需ＤＮＡ量少ꎬ多态显性ꎬ但需要高度纯化的ＤＮＡ并且再现性低ꎮＤＮＡ的数量和质量㊁ＰＣＲ缓冲液㊁氯化镁浓度㊁退火温度和ＴａｑＤＮＡ聚合酶是影响ＲＡＰＤ标记再现性的一些重要因素[８５]ꎮＡＦＬＰ标记将ＲＦＬＰ和ＰＣＲ技术结合在一起ꎬ先对ＤＮＡ进行消化ꎬ然后进行ＰＣＲꎮＡＦＬＰ标记物具有低成本ꎬ并且不需要先前的序列信息ꎮ在ＡＦＬＰ中ꎬ既可以使用高质量的ＤＮＡꎬ也可以使用部分降解的ＤＮＡꎬ但是ꎬ该ＤＮＡ不能含有任何限制性内切酶或ＰＣＲ抑制剂[８６]ꎮ相较于ＲＦＬＰ㊁ＲＡＰＤ㊁ＡＦＬＰ等分子标记ꎬＳＳＲ标记具有多态性检出率高㊁基因组中分布广泛㊁结果稳定可靠等特点ꎬ是检测品种真实性㊁分析品种间遗传差异以及鉴定纯度的理想标记[８７]ꎮＳＮＰ可以提供最简单和最大数量的标记ꎮＳＮＰ在植物和动物中大量存在[８８￣９１]ꎬ植物中的ＳＮＰ频率为每１００~３００ｂｐ中有１个ＳＮＰꎮＳＮＰ成本低ꎬ在基因组中广泛分布ꎬ无需先验序列信息ꎬ再现性高ꎬ共显性标记ꎬ但其开发成本较高ꎮ人们基于不同的等位基因识别技术和检测平台已经开发了大量的ＳＮＰ基因分型方法ꎬ其中ꎬＲＬＦＰ(ＳＮＰ￣ＲＦＬＰ)是最简单的方法ꎬＣＡＰＳ标记技术也可以应用于ＳＮＰ检测[９２]ꎮ分子标记种类繁多ꎬ功能优势也有所不同ꎬ根据试验的目的选择合适的分子标记有助于解决具体问题ꎮ表１１㊀与其他果树相关的数量性状座位(ＱＴＬ)Ｔａｂｌｅ１１㊀Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅｔｒａｉｔｌｏｃｕｓ(ＱＴＬ)ｒｅｌａｔｅｄｔｏｏｔｈｅｒｆｒｕｉｔｔｒｅｅｓ物种(属)㊀㊀㊀㊀㊀㊀亲本㊀㊀㊀㊀㊀功能㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀群体大小(株)ＱＴＬ数量(个)参考文献李(ＰｒｕｎｕｓＬ.)标记开花的位点１３３１[７９]枣(ＺｉｚｉｐｈｕｓＭｉｌｌ.)ＪＭＳ２ˑ交城５号标记果实大小的位点１５０５７[８０]ＪＭＳ２ˑ交城５号标记果实糖组分的位点１５０１７[８０]ＪＭＳ２ˑ交城５号标记果实酸组分的位点１５０３０[８０]猕猴桃(ＡｃｔｉｎｉｄｉａＬｉｎｄｌ.)桂海４号ˑ山梨猕猴桃标记果实质量的位点１７４７[８１]桂海４号ˑ山梨猕猴桃标记果实大小的位点１７４２１[８１]山楂(ＣｒａｔａｅｇｕｓＬ.)山东大绵球ˑ新宾软籽标记果实质量的位点１３０２[８２]山东大绵球ˑ新宾软籽标记果实大小的位点１３０３[８２]山东大绵球ˑ新宾软籽标记果皮硬度的位点１３０６[８２]山东大绵球ˑ新宾软籽标记果肉脆度的位点１３０５[８２]葡萄(ＶｉｔｉｓＬ.)赤霞珠ˑ左优红标记抗寒的位点１８１８[９３]枣(ＺｉｚｉｐｈｕｓＭｉｌｌ.)ＤａｖｉｓˑＧｅｏｒｇｉａＢｅｌｌｅ标记抗寒的位点２１１１２[９４]㊀㊀为同时提高育种效率㊁缩短育种周期ꎬ寻找与农艺性状密切相关的分子标记至关重要ꎮ分子标记辅助育种(ＭＡＳ)的优势可以体现在以下３个方面ꎮ一㊁允许提前选择ꎮ在育种中ꎬ有些性状需要特定的生长环境和一定的生长周期ꎮ二㊁同一性状利用多个等位基因ꎮ在不同的育种材料中ꎬ可能存在多个基因影响同一性状(如抗病性和品质)ꎬ利用表型很难识别这些等位基因ꎮ三㊁允许同时选择多个性状ꎮ所选单株或品系不仅要在单株抗病㊁品质㊁产量等方面表现良好ꎬ综合性状也要相对较好ꎮ因此ꎬ有必要对育种的种群９８１孙雨桐等:果树分子标记辅助育种研究进展中每个目标性状逐一进行识别和筛选ꎮ以往的研究大多将目的基因的分子标记与育种工作分离ꎬ不能很好地应用于实际ꎮ今后分子标记技术的发展将与传统育种相结合ꎬ使其尽快为育种工作服务ꎮ这有助于提高果树作物育种效率ꎬ加快育种发展进程ꎮ参考文献:[１]㊀ＫＡＴＵＬＡ￣ＤＥＢＲＥＣＥＮＩＤꎬＬＥＮＣＳＥＳＡＫꎬＳＺＯＫＥＡꎬｅｔａｌ.Ｍａｒｋｅｒ￣ａｓｓｉｓｔｅｄｓｅｌｅｃ￣ｔｉｏｎｆｏｒｔｗｏｄｏｍｉｎａｎｔｐｏｗｄｅｒｙｍｉｌｄｅｗｒｅｓｉｓｔａｎｃｅｇｅｎｅｓｉｎｔｒｏｇｒｅｓｓｅｄｉｎｔｏａｈｙｂｒｉｄｇｒａｐｅｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ[Ｊ].ＳｃｉｅｎｔｉａＨｏｒｉｃｕｌｔｕｒａｅꎬ２０１０ꎬ１２６(４):４４８￣４５３.[２]㊀ＴＡＲＴＡＲＩＮＩＳ.ＲＡＰＤｍａｒｋｅｒｓｌｉｎｋｅｄｔｏｔｈｅＶｆｇｅｎｅｆｏｒｓｃａｂｒｅ￣ｓｉｓｔａｎｃｅｉｎａｐｐｌｅ[Ｊ].ＴｈｅｏｒｅｔｉｃａｌａｎｄＡｐｐｌｉｅｄＧｅｎｅｔｉｃｓꎬ１９９６ꎬ９２:８０３￣８１０.[３]㊀杨亚州ꎬ王跃进ꎬ张剑侠ꎬ等.中国葡萄属野生种抗旱基因的分子标记及遗传分析[Ｊ].园艺学报ꎬ２００７ꎬ３４(５):１０８７￣１０９２. [４]㊀余智城ꎬ何雪娇ꎬ林秀香ꎬ等.琯溪蜜柚芽变种质遗传多样性的ＲＡＰＤ分析[Ｊ].福建热作科技ꎬ２０２２ꎬ４７(３):３８￣４１. [５]㊀ＲＡＪＡＰＡＫＳＥＳꎬＢＥＬＴＨＯＦＦＬＥꎬＨＥＧꎬｅｔａｌ.ＧｅｎｅｔｉｃｌｉｎｋａｇｅｍａｐｐｉｎｇｉｎｐｅａｃｈｕｓｉｎｇｍｏｒｐｈｏｌｏｇｉｃａｌꎬＲＦＬＰａｎｄＲＡＰＤｍａｒｋｅｒｓ[Ｊ].ＴｈｅｏｒｅｔｉｃａｌａｎｄＡｐｐｌｉｅｄＧｅｎｅｔｉｃｓꎬ１９９５ꎬ９０(３/４):５０３￣５１０. [６]㊀ＷＡＲＢＵＲＴＯＮＭＬꎬＢＥＣＥＲＲＡ￣ＶＥＬáＳＱＵＥＺＶＬꎬＧＯＦＦＲＥＤＡＪＣꎬｅｔａｌ.ＵｔｉｌｉｔｙｏｆＲＡＰＤｍａｒｋｅｒｓｉｎｉｄｅｎｔｉｆｙｉｎｇｇｅｎｅｔｉｃｌｉｎｋａｇｅｓｔｏｇｅｎｅｓｏｆｅｃｏｎｏｍｉｃｉｎｔｅｒｅｓｔｉｎｐｅａｃｈ[Ｊ].ＴｈｅｏｒｅｔｉｃａｌａｎｄＡｐｐｌｉｅｄＧｅｎｅｔｉｃｓꎬ１９９６ꎬ９３(５/６):９２０￣９２５.[７]㊀黄晗达ꎬ杨静慧ꎬ龚无缺ꎬ等.７个樱桃品种亲缘关系的ＲＡＰＤ分析[Ｊ].天津农学院学报ꎬ２０１８ꎬ２５(１):５￣８.[８]㊀ＨＩＭＡＢＩＮＤＵＡꎬＲＡＪＡＳＥＫＨＡＲＭ.ＣｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎｏｆｔｒａｄｉｔｉｏｎａｌｍａｎｇｏｇｅｒｍｐｌａｓｍｏｆｃｏａｓｔａｌＡｎｄｈｒａＰｒａｄｅｓｈｕｓｉｎｇＲＡＰＤｍａｒｋｅｒｓ[Ｊ].ＥｌｅｃｔｒｏｎｉｃＪｏｕｒｎａｌｏｆＰｌａｎｔＢｒｅｅｄｉｎｇꎬ２０２１ꎬ１２(４):１２６１￣１２６７.[９]㊀董美超ꎬ杨㊀帆ꎬ李进学ꎬ等.９０份鳄梨种质资源ＡＦＬＰ遗传多样性分析[Ｊ].福建农业学报ꎬ２０２０ꎬ３５(１):１３￣１９.[１０]ＬＡＩＣＷꎬＬＩＮＹＬꎬＺＨＯＵＸＪꎬｅｔａｌ.ＡＦＬＰａｎｄＭＳＡＰａｎａｌｙｓｉｓｏｆ ＬａｎｅＬａｔｅ ｎａｖｅｌｏｒａｎｇｅａｎｄｉｔｓｂｕｄｓｐｏｒｔｐｕｍｐｋｉｎ￣ｌｉｋｅｎａｖｅｌｏｒａｎｇｅ[Ｊ].ＰｌａｎｔＤｉｓｅａｓｅｓａｎｄＰｅｓｔｓꎬ２０２２ꎬ１３(１):２０￣２５. [１１]王晓英ꎬ郭廷松ꎬ王新花ꎬ等.４个苹果品种的ＡＦＬＰ分子标记研究[Ｊ].山东农业大学学报(自然科学版)ꎬ２０１８ꎬ４９(１):９０￣９３.[１２]王㊀平ꎬ唐小浪ꎬ马培恰ꎬ等.辐射诱变和芽变柑橘品种(系)的ＡＦＬＰ分析[Ｊ].果树学报ꎬ２０１２ꎬ２９(１):１３０￣１３４.[１３]赖春旺ꎬ周小娟ꎬ米兰芳ꎬ等.脐橙早熟芽变及其早熟性状回复型材料的ＡＦＬＰ和ＭＳＡＰ分析[Ｊ].果树学报ꎬ２０２２ꎬ３９(８):１３４６￣１３５７.[１４]张㊀慧ꎬ张世鑫ꎬ吴绍华ꎬ等.猕猴桃属３３份种质资源的ＡＦＬＰ遗传多样性分析[Ｊ].生物学杂志ꎬ２０１８ꎬ３５(２):２９￣３３. [１５]王立新ꎬ张小军ꎬ史星雲ꎬ等.苹果栽培品种ＳＳＲ指纹图谱的构建[Ｊ].果树学报ꎬ２０１２ꎬ２９(６):９７１￣９７７.[１６]ＫＩＭＵＲＡＴꎬＳＨＩＹＺꎬＳＨＯＤＡＭꎬｅｔａｌ.Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎｏｆａｓｉａｎ￣ｐｅａｒｖａｒｉｅｔｉｅｓｂｙＳＳＲａｎａｌｙｓｉｓ[Ｊ].ＢｒｅｅｄｉｎｇＳｃｉｅｎｃｅꎬ２００２ꎬ５２(２):１１５￣１２１.[１７]刘国彬ꎬ姚砚武ꎬ曹㊀均.利用荧光ＳＳＲ标记构建欧李种质分子身份证[Ｊ].东北林业大学学报ꎬ２０２２ꎬ５０(１０):１０￣１７. [１８]魏姗姗ꎬ杨敏生ꎬ梁海永.桃品种遗传多样性ＳＳＲ分析[Ｊ].耕作与栽培ꎬ２０２２ꎬ４２(１):１￣５ꎬ９.[１９]胡光明ꎬ张㊀琼ꎬ韩㊀飞ꎬ等.猕猴桃属植物通用型ＳＳＲ分子标记引物的筛选及应用[Ｊ].中国农业科学ꎬ２０２２ꎬ５５(１７):３４１１￣３４２５.[２０]ＭＡＨＪＢＩＡꎬＯＵＥＳＬＡＴＩＡꎬＢＡＲＡＫＥＴＧꎬｅｔａｌ.ＡｓｓｅｓｓｍｅｎｔｏｆｇｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆＴｕｎｉｓｉａｎｏｒａｎｇｅꎬＣｉｔｒｕｓｓｉｎｅｎｓｉｓ(Ｌ.)ｏｓｂｅｃｋｕｓｉｎｇｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ(ＳＳＲ)ｍａｒｋｅｒｓ[Ｊ].ＧｅｎｅｔｉｃｓａｎｄＭｏｌｅｃｕｌａｒＲｅｓｅａｒｃｈꎬ２０１６ꎬ１５(２):１￣１２.[２１]王雷存ꎬ樊红科ꎬ高㊀华ꎬ等.苹果酸度基因(Ｍａ)ＳＳＲ标记及遗传分析[Ｊ].园艺学报ꎬ２０１２ꎬ３９(１０):１８８５￣１８９２.[２２]寿园园.苹果抗褐斑病性遗传分析与ＳＳＲ分子标记[Ｄ].哈尔滨:东北农业大学ꎬ２００９.[２３]ＡＫＫＵＲＴＭꎬÇＡＫＩＲＡꎬＳＨＩＤＦＡＲＭꎬｅｔａｌ.ＵｓｉｎｇＳＣＣ８ꎬＳＣＦ２７ａｎｄＶＭＣ７ｆ２ｍａｒｋｅｒｓｉｎｇｒａｐｅｖｉｎｅｂｒｅｅｄｉｎｇｆｏｒｓｅｅｄｌｅｓｓｎｅｓｓｖｉａｍａｒｋｅｒａｓｓｉｓｔｅｄｓｅｌｅｃｔｉｏｎ[Ｊ].ＧｅｎｅｔｉｃｓａｎｄＭｏｌｅｃｕｌａｒＲｅ￣ｓｅａｒｃｈꎬ２０１２ꎬ１１(３):２２８８￣２２９４.[２４]ＡＤＡＭ￣ＢＬＯＮＤＯＮＡＦꎬＲＯＵＸＣꎬＣＬＡＵＸＤꎬｅｔａｌ.Ｍａｐｐｉｎｇ２４５ＳＳＲｍａｒｋｅｒｓｏｎｔｈｅＶｉｔｉｓｖｉｎｉｆｅｒａｇｅｎｏｍｅ:ａｔｏｏｌｆｏｒｇｒａｐｅｇｅ￣ｎｅｔｉｃｓ[Ｊ].ＴｈｅｏｒｅｔｉｓｃｈｅａｎｄＡｎｇｅｗａｎｄｔｅＧｅｎｅｔｉｋꎬ２００４ꎬ１０９(５):１０１７￣２２２７.[２５]ＫＵＣＺＭＯＧＡꎬＧＡＬＡＭＢＯＳＡꎬＨＯＲＶáＴＨＳꎬｅｔａｌ.ＭａｐｐｉｎｇｏｆｃｒｏｗｎｇａｌｌｒｅｓｉｓｔａｎｃｅｌｏｃｕｓＲｃｇ１ｉｎｇｒａｐｅｖｉｎｅ[Ｊ].ＴｈｅｏｒｅｔｉｓｃｈｅａｎｄＡｎｇｅｗａｎｄｔｅＧｅｎｅｔｉｋꎬ２０１２ꎬ１２５(７):１５６５￣１５７４.[２６]刘嘉艺ꎬ岳俊阳ꎬ刘永胜.基于毛花猕猴桃基因组的性别相关ＳＳＲ分子标记的开发[Ｊ].合肥工业大学学报(自然科学版)ꎬ２０２２ꎬ４５(８):１１３５￣１１３８ꎬ１１４６.[２７]董星光.梨抗黑星病基因的分子标记研究[Ｄ].北京:中国农业科学院ꎬ２００９.[２８]冯㊀涛ꎬ刘㊀娟ꎬ华夏雪.利用ＳＳＲ㊁ＳＲＡＰ分子标记鉴定桃早熟芽变[Ｊ].江苏农业科学ꎬ２０１７ꎬ４５(６):４２￣４４.[２９]孙叶红ꎬ张㊀媛ꎬ李中勇ꎬ等.苹果砧木耐盐性基因ＳＲＡＰ标记的鉴定及序列分析[Ｊ].华北农学报ꎬ２０１５ꎬ３０(２):５９￣６３. [３０]ＰＯＬＡＴＩꎬＫＡＣＡＲＹＡꎬＹＥＳＩＬＯＧＬＵＴꎬｅｔａｌ.Ｍｏｌｅｃｕｌａｒｃｈａｒａｃ￣ｔｅｒｉｚａｔｉｏｎｏｆｓｏｕｒｏｒａｎｇｅ(Ｃｉｔｒｕｓａｕｒａｎｔｉｕｍ)ａｃｃｅｓｓｉｏｎｓａｎｄｔｈｅｉｒｒｅｌａｔｉｖｅｓｕｓｉｎｇＳＳＲａｎｄＳＲＡＰｍａｒｋｅｒｓ[Ｊ].ＧｅｎｅｔｉｃｓａｎｄＭｏｌｅｃｕ￣ｌａｒＲｅｓｅａｒｃｈꎬ２０１２ꎬ１１(３):３２６７￣３２７６.[３１]尚晓星ꎬ张安世ꎬ刘㊀莹ꎬ等.玫瑰香系葡萄种质资源ＳＲＡＰ遗传多样性分析及指纹图谱构建[Ｊ].分子植物育种ꎬ２０２０ꎬ１８(６):１９１６￣１９２２.[３２]ＸＵＡＮＤＴＫꎬＮＧＵＹＥＮＱＴꎬＫＨＡＮＧＮＨＭꎬｅｔａｌ.Ｍｏｌｅｃｕｌａｒｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎｏｆｃｏｃｏｎｕｔ(ＣｏｃｏｓｎｕｃｉｆｅｒａＬ.)ｖａｒｉｅｔｉｅｓｉｎＶｉｅｔ￣ｎａｍｕｓｉｎｇｓｅｑｕｅｎｃｅ￣ｒｅｌａｔｅｄａｍｐｌｉｆｉｅｄｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ(ＳＲＡＰ)ｍａｒｋｅｒｓ[Ｊ].Ｂｉｏｌｏｇｉａꎬ２０２２ꎬ７７(１１):１８３￣１９１.[３３]祁㊀楠ꎬ万怡震ꎬ高㊀华ꎬ等.苹果抗斑点落叶病基因的一个０９１江苏农业学报㊀２０２４年第４０卷第１期。
分子标记辅助选择在玉米育种中的应用分子标记的应用极大地提高了性状选择的效率和准确性，在玉米育种中，分子标记辅助选择是通过分析与目标基因紧密连锁的分子标记来判断目标基因是否存在，大大加速目标基因的转移和利用，从而提高回交育种的效率，较早淘汰不利相关性状，设计和培育理想品种，其快速、准确的优越性已在实践中表现。
1 分子标记辅助选择在玉米育种中的应用1.1 品质性状利用分子标记辅助选择在优质蛋白、高赖氨酸等品质性状上取得一定进展。
白鹏飞等（2011）利用分子标记辅助选择构建qpm近等基因系，以phi057为特异性引物，对90个回交群体各世代进行选择，构建出一批来自不同遗传背景的qpm近等基因系。
梁国虎等（2011）利用基因内的分子标记获得的聚合家系不仅保持了良好的糯性，还显著提高了赖氨酸含量。
杨耀迥等（2010）利用与糯玉米隐性基因（w）x紧密连锁的3对ssr标记phio22、phio27和phio61进行辅助选择选育，在甜质s1家系早代实现了隐性纯合wxwx基因的分子标记辅助选择。
1.2 丝黑穗病玉米丝黑穗病是东北地区玉米的限制性病害，每年给农业生产造成巨大的损失。
石红良等（2005）以mo17（抗）×黄早四（感）分离群体，检测到一致性的qtl分别位于bin 2.09和3.04上。
吉林省农科院与中国农大合作玉米丝黑穗病基因定位，已将主效qtlqhsr1定位在第2染色体bin2.09区段内，找到主效qtl，解释36%的表型变异。
在主效qtl区域发展高密度分子标记，继续精细定位，最终将主效qtl限定在分子标记sts6及sts8的170 kb范围内，此区间发展14个分子标记。
吉海莲等（2007，2012）采用元分析技术，获得2个“一致性”抗病qtl，并选用抗玉米丝黑穗病自交系mo17和sh15为供体，与受体感病自交系黄早四和昌7-2构建回交群体（bc3f1＼bc4f2），通过连锁不平衡分析，在染色体2.09和3.04区段发掘和验证2个抗玉米丝黑穗病主效qtl，连锁标记分别为umc2077和phio53或bnlg1965。
分子标记辅助小麦抗赤霉病育种与抗（感）赤霉病QTL的定位小麦赤霉病是世界温暖暖湿润地区的重要灾害性病害,其抗性是数量性状的遗传。
培育和种植抗病品种是防治小麦赤霉病发生的最经济有效措施。
本研究应用分子标记辅助选择技术和回交育种方法,以苏麦3号和望水白为赤霉病抗性基因Fhbl和Fhb2的供体亲本,对我国种植面积最大的两个弱筋小麦品种扬麦13和扬麦15进行赤霉病抗性改良。
在2007-2010年度采用田间自然发病和单花滴注接种赤霉病鉴定方法,以望水白×安农8455和苏麦3号×安农2号两个重组自交系群体为试验材料,进行抗(感)赤霉病侵染和扩展QTL的定位与作图；研究发现与赤霉病抗性相关的表型性状。
试验结果表明：1.应用Fhbl和Fhb2基因的分子标记辅助选择技术,对扬麦13和扬麦15的赤霉病抗性进行回交改良是有效的。
在同一组合中,同一回交次数的不同世代间抗性选择效率随着自交世代增加而提高,即在F4代选择高于F3代,F3代高于F2代；F3、F4代的病小穗率随着回交次数增加有上升趋势,抗病性比轮回亲本的降幅减小,赤霉病抗性降低。
育成了携带Fhb1和Fhb2基因的扬麦13和扬麦15抗赤霉病品系,与轮回亲本相比较,病小穗率降低了87.51%-91.82%和产量提高了17.24%-26.72%的R扬麦13-2、13-7、13-8,以及病小穗率降低了69.69%-90.36%和产量提高了11.34%-23.08%的R扬麦15-2、15-3、15-5、15-6、15-7,试验认为可以替代大面积生产上不抗赤霉病的扬麦13和扬麦15。
试验证实了3BS染色体上Fhb1是赤霉病抗性主要效应QTL,且Fhb1、Fhb2基因对赤霉病抗性具有加性效应。
在扬麦13和扬麦15的背景中导入Fhb1基因,病小穗率降幅达44.66%以上；导入Fhb1和Fhb2基因,病小穗率比含Fhb1基因的又降低了14.86%-55.06%,抗性基因聚合可进一步提高赤霉病抗性水平。
基因组学技术在家禽遗传育种中的应用随着生物技术的不断发展，基因组学逐渐成为家禽遗传育种中不可或缺的工具。
基因组学技术可以从分子水平上对遗传信息进行深入研究，为家禽育种提供更丰富的基因资源和更精准的遗传分析手段。
本文将介绍基因组学技术在家禽遗传育种中应用的几个方面。
1. 基因鉴定与筛查DNA序列分析是现代基因组学技术的核心，通过基因鉴定与筛查，可以发现家禽基因与特定表型特征的联系，进而在选择和育种过程中进行有针对性的筛选。
基因鉴定可用于鉴定一定的单基因遗传病，如正常代谢依赖的矿物元素、维生素等；而筛查常应用于探究具有复杂性状的基因和调控因子，如性状延迟修饰与量性状基因组联合分析。
2. 基因组学标记辅助选择基因组学标记在家禽遗传育种中发挥着重要作用。
通过对不同种群家禽进行千基因分型，可以建立起基因多态情况的详细数据库。
标记辅助选择技术中，分子标记作为基因型描述符，将鸡群染色体上的QTL与性状相关的致密光谱定位到编目基因组组织标注图中，并在亲代繁殖群中选择标记基因分型和性状性状表现间的统计分析中发现显性和隐性遗传效应信息。
当前，基因组学标记已被广泛应用于家禽病害抗性、生长性能、气候适应能力等方面的研究中。
3. 基因表达定量分析基因表达一般是由转录因子及其对其嵌入基因组DNA中的DNA结构达成的特有转录结晶决定。
成熟的基因表达定量技术使得育种工作可以在基础免疫学、胚胎发育、营养过程以及免疫表现这四个层面应用上进行进一步的研究。
基因表达定量作为对家禽基因组学的基础贡献，Aflatoxin耐受、抗体病毒、接种细胞等表达特征的研究消费了大量数据，为育种基因组学的生物信息学技术提供了宝贵资源。
4. 基因组信息技术基因组信息技术是基于基因组信息和计算机技术开发出的育种工具。
基因组信息技术可以通过分析海量基因信息数据，找出在育种中具有重要意义的基因信息，同时可以把这些基因信息嵌入到家禽遗传育种中去，从而取得较好的效应。
分子遗传标记及其应用分子遗传标记及其应用摘要：分子遗传标记育种是一种新兴的分子标记技术，目前已经在分子生物学特别是在分子遗传学上得到了广泛的应用。
本文介绍了分子遗传标记的概念及应用。
关键字：分子遗传标记，标记辅组选择Abstract：Served as an newly rising genetic marker technique,molecule genetic markers is being widely used on molecule biology,especially in molecule genetic researches. This article gives a brief introduction of the conception and utilization of molecule genetic markers.Keywords:marker assisted selection；molecule genetic markers一．分子遗传标记技术1．1分子遗传标记的定义DNA分子遗传标记技术是一种新兴的分子标记技术，目前已经在分子生物学特别是在分子遗传学上得到了广泛的应用，由于真核生物的遗传信息都储存在染色体和细胞器基因组的DNA序列中，因此从理论上讲，DNA水平上的分子标记是所有遗传标记中最为稳定，最为可靠的。
随着现代分子生物学技术的发展，使直接利用DNA序列中核甘酸的变异作为遗传标记成为了可能。
目前，对分子遗传标记较完整的描述，是指易于识别，遵循孟德尔遗传模式的，具有个体特异性或其分布规律具有种质特征的某一类表型特征或遗传物质；其范围包括：①基因或遗传物质的产物的变异特征；②作为基因或遗传物质载体的染色体的形态学变异；③基因或遗传物质本身的变异[1]。
1．2分子遗传标记的作用分子遗传标记能够在DNA水平上对编码和非编码序列的遗传变异进行检测，不受内外环境的影响；大多数分子标记多态性的信息含量很高；而且检测迅速、方便，无组织差异。
名词解释1. 分子育种：利用DNA相关的理论和技术展开的育种工作包括转基因和分子标记辅助选择两方面2. 前景选择：用目标性状的连锁标记对目标基因的选择称为前景选择。
3. 背景选择：用基因组中均匀分布的标记对基因组中除了目标基因之外的其它部分（即遗传背景）的选择，称为背景选择4. 基因聚合：基因聚合（gene pyramiding）就是将分散在不同品种中的有用基因聚合到同一个基因组中5. 基因转移：基因转移（gene transfer）或基因渗入（gene transgression）是指将供体亲本（一般为地方品种、特异种质或育种中间材料等）中的有用基因（即目标基因）转移或渗入到受体亲本（一般为优良品种或杂交品种亲本）的遗传背景中，从而达到改良受体亲本个别性状的目的6. 转基因育种：作物转基因育种就是根据育种目标，从供体生物中分离目的基因，经DNA重组与遗传转化或直接运载进入受体作物，经过筛选获得稳定7. 基因定位：基因定位（Mapping of genes ）是指通过遗传作图的方法，确定基因与遗传标记之间的关系。
8. 遗传标记：遗传标记是指在遗传分析上用作标记的基因，也称为标记基因。
遗传标记在重组实验中多用于测定重组型和双亲型。
9. 遗传多态性：遗传多态性（genetic polymorphism）同一群体中两种或两种以上变异类型并存的现象，其中最少的一种类型也并非由于反复突变才得以维持，并且变异类型不包括连续性变异如人的高度等10. 遗传图：遗传图（genetic map），又称为连锁图(linkage map），是指基因或DNA标志在染色体上的相对位置与遗传距离11．遗传作图：是指应用遗传学技术构建能显示基因以及其他序列待征在基因组上位置的图，遗传图谱的构建即遗传作图(Genetic mapping) 。
它是利用遗传学的原理和方法，构建能反映基因组中遗传标记之间遗传关系的图谱。
或者是：制作遗传标记连锁图。
1132017年34卷第02期 SWINE INDUSTRY SCIENCE 猪业科学遗传改良GENETIC IMPROVEMENT精品思想 市场战略分子遗传标记技术及其在动物育种中的研究进展宋志芳1，于国生1，,解佑志1，芦春莲1，2，曹洪战1，2*（1.河北农业大学动物科技学院，河北 保定 071000；2.河北农业大学猪业科学研究所，河北 保定 071000）摘 要：遗传标记经历了从传统的标记即形态学标记、细胞学标记、生物化学标记到现代分子标记的发展，分子标记具有很多优势，也促进了动植物育种、人类医学、基因定位以及构建遗传图谱的改革。
遗传标记能应用于畜禽的遗传多样性分析、种质资源的鉴定、亲缘关系的研究、遗传图谱的构建、分子标记辅助选择和QTL 定位等领域，文章主要综述了分子标记在标记辅助选择的应用。
关键词：标记辅助选择；分子育种；分子标记作者简介：宋志芳（1992-），女，山东菏泽人，研究生，研究方向：动物遗传育种，E-mail ：187********@1 分子标记分子标记作为一种遗传标记，以个体间核苷酸序列的变异为基础，能够直接反映出DNA 水平的遗传多态性，有广义分子标记和狭义分子标记之分。
广义的分子标记一般指DNA 序列或蛋白质，能够遗传且可检测；狭义的分子标记一般指特异性DNA 片段，能够反映生物个体或种群间基因组中的差异。
理想的分子标记必须达到以下几个要求：具有高多态性；共显性遗传（即利用分子标记可鉴别二倍体中的基因型）；能明确辨别等位基因；遍布整个基因组；要求分子标记在整个基因组中分布均匀；即无基因多效性；检测手段简单、快速；成本低；重复性好。
但是在实际实验过程中，分子标记很难达到理想状态。
随着生物技术的发展，目前已经出现了种类不同的分子标记，比如限制性片段长度多态性、小卫星序列、微卫星序列或简单重复序列、随机扩增多态性DNA、扩增片段长度多态性、特定序列位点、DNA 单链构象多态性、单核苷酸多态性以及脉冲场电泳等。
分子标记辅助选择（MAS）与QTL定位在鸡遗传育种中的应用摘要：近年来，随着畜禽基因组研究计划相继开展，分子标记的研究与应用得到了迅速的发展，这为准确地评价畜禽群体遗传结构及遗传多样性提供了新的机遇。
分子标记辅助选择（MAS）也越来越受到育种学家的广泛关注，并且目前已用于生产实践，对提高经济效益和育种效率起到了大的推动作用。
而对鸡的染色体上QTL定位工作也有了迅猛的发展，成为动物基因定位工作中一个异常活跃的领域。
对鸡数量性状的研究也已发展为直接将研究目标指向各个数量性状位点，借助各种遗传标记，构建遗传连锁图谱，通过一定的统计分析方法，从而将影响数量性状的多个基因定位于特定的染色体区域。
分子标记辅助选择（MAS）与QTL定位之间具有紧密联系。
本文主要综述分子标记辅助选择（MAS）与QTL定位在鸡遗传育种中的研究进展。
关键词：鸡；分子标记辅助选择（MAS）；QTL定位1.引言鸡的许多经济性状属数量性状，该类性状的发生受到2对或更多对等位基因的控制，每对等位基因没有显性与隐性的区别，而是共显性的。
这些等位基因对该数量遗传性状形成的作用微小，所以也称为微效基因(minor gene)，它们在染色体上的位置称为数量性状基因座(quantitative trait loci，QTL)。
目前随着QTL 研究的深入，不仅丰富和发展了数量遗传学的内容，成为新兴的分子数量遗传学的主体，也必将对畜禽的育种改良起到极大的推动作用，从而开创动物育种的新纪元。
2.分子标记辅助选择（MAS）2.1 相关概念Stam（1986）提出通过限制性片段长度多态性（RFLP），可对生物有机体的基因组进行标记，利用标记基因型能非常准确地估计数量性状的育种值，以该育种值为基础的选择，称为标记辅助选择（marker assisted selection,MAS）。
Lander 和Thompson（1990）定义标记辅助选择，为把分子遗传学方法和人工选择相结合达到性状（traits）最大的遗传改进，人们进一步将MAS定义为以分子遗传学和遗传工程为手段，在连锁分析的基础上，运用现代育种原理和方法，实现性状最大的遗传改进。
2.2 常用分子遗传标记及应用目前常用于家禽遗传育种的分子遗传标记主要有：(1)限制性片段长度多态(Restriction Fragment Length Polymorphism，RFLP);(2)DNA指纹(DNA fingerprint，DFP);(3)随机扩增多态DNA(Randomly Amplified polymorphisms DNA，RAPD);(4)微卫星DNA(Microsatellite DNA);(5)单核苷酸多态性(single nucleotidepolymorphism，SNP);另外随着仪器的改善和技术的不断提高，现在也发展了很多新型、高效的检测突变的方法。
下面主要介绍目前家禽遗传育种中常用的分子遗传标记。
2.2.1限制性酶切片段长度多态性(RFLP)RFLP标记是80年代初发展起来的第一代分子标记技术。
所谓RFLP，是指用限制性内切酶处理不同个体基因组DNA后，含同源序列的酶切片段在长度上的差异。
其差异的检测是利用标记的同源序列DNA片段作探针(RFLP标记)进行分子杂交，再通过放射自显影(或非同位素技术)实现的。
现在的RFLP标记一般与PCR 技术结合起来应用。
根据待分析的DNA片段序列，设计特异引物，经PCR扩增，再用适当的限制性内切酶酶解。
由于待分析的DNA片段不太长，酶解后片段不会太多，这些酶切片段经琼脂糖凝胶电泳，就可根据片段的大小将其分开。
凝胶用溴化乙锭染色后，可直接在紫外灯下观察结果，比较限制性酶切片段的多态性。
徐日福等（2005）在鸡的基因组中扩增了MHCB-LB基因第2外显子长度为374 bp的片段，通过克隆、测序，发现了20个B-LB等位基因。
对第2外显子6个限制性酶切位点的PCR-RFLP多态性进行分析，并运用在这6个位点所观测的纯合基因型组合对B-LB等位基因进行初步检测，结果显示，该方法的等位基因检出率可达65％，等位基因主型检出率为68.75％。
2.2.2 DNA指纹标记1985年Jeffreys A.J等制备出在哺乳动物和鸟类基因组DNA中检测出高度多态性的两个小卫星探针,即33.15探针(核心序列为AGAGGTGGGCAGGTGG)和33.6探针(核心序列为AGGGCTGGAGG3)用类似于RFLP分析方法，在低严谨的条件下，利用小卫星探针与基因组DNA的酶切片段进行Southern杂交，可以得到10多条的杂交图带。
由于不同的个体得到不同杂交图谱，就像不同的人具有特异的指纹标识一样，所以称之为DNA指纹。
DNA指纹具有多位点性、高变异性、简单而稳定的遗传性及体细胞稳定性四个特点。
盛浩伟等以EAV(禽内源性反转录病毒片段)为探针,EcoR I为限制性内切酶对新扬州鸡DNA指纹图谱进行了研究。
结果表明：DNA指纹J带在新扬州鸡上存在，并对新扬州鸡早期增重具有减效效应，可作为新扬州鸡早期增重的遗传标记进行标记辅助选择。
2.2.3 RAPD标记Williams等于1990年首次运用随机引物对基因组DNA进行PCR扩增，成功获得了作为分子标记的多态DNA片段。
RAPD技术具有操作简便快捷，所用引物较短(通常为10个碱基)，引物来源丰富而广泛，无需知道引物和模板DNA的序列，相同引物可以用于不同动物的基因组DNA多态牲检测，材料面广，样品用量少，灵敏度高等特点，目前已被广泛应用于畜禽群体遗传结构的分析。
Sharma等(2001)应用RAPD技术研究5个鸡种群间的变异，发现50条随机引物中12条引物会产生多态性的RAPD图像，96条扩增片段中有25％显示多态性。
研究结果表明，RAPD技术在探索鸡种群间的多态性及确定它们间的遗传距离具有高效性，同时发现白色来航鸡与其它品种遗传相似性很低。
2.2.4 微卫星标记微卫星DNA(Microsatellite DNA)，又称简单重复序列或短串联重复序列，由1-6 bp重复序列构成的微卫星本体和两侧的侧翼序列所构成，广泛分布于真核生物的基因组中。
在微卫星DNA重复序列即微卫星本体中，可变重复数的核心序列头尾相连组成串联重复序列，其可变重复数构成了微卫星DNA多态性的基础，而微卫星座位串联重复碱基的长度是影响其突变率的主要因素。
与传统的标记方法相比，微卫星标记，因其高度的多态性、广泛而又随机地分布于整个基因组以及共显性遗传的特点，目前已经成为群体遗传结构、遗传多样性研究中的最普遍最有效的工具之一。
微卫星多态性分析在畜禽遗传多样性评估、品种资源的分类和保存等方面发挥着重要作用。
陈红菊等(2003)利用5个微卫星标记分析了日照麻鸡、寿光鸡、莱芜黑鸡、济宁百日鸡、鲁西斗鸡、安卡黄鸡和广西黄鸡的遗传多样性，结果表明日照麻鸡与济宁百日鸡的距离最近，鲁西斗鸡与其他鸡种距离均较远。
2.2.5 SNP标记2.2.5.1 SNP的基本概念单核苷酸多态性(Single Nucleotidepolymorphism，SNP)是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性，是人类和动物基因组中普遍存在的一种分子标记。
SNP在基因组中密度高，在入类基因组中估计每300-1000bp 出现一个，其遗传稳定性较高，尤其是位于基因表达序列内的cSNP(SNP in cDNA sequenes)有可能直接影响基因的表达水平或蛋白质结构，影响着生物系统的表达调控网络，从而引起性状表型的变化。
因此SNP位点及其突变关联分析在基因功能研究中得到了广泛的应用。
鸡的SNP遗传图谱也已完成，整个鸡的染色体含有280万个SNP位点。
从对生物的遗传性状的影响上来看，SNP又可分为两种：一种是同义SNP(Synonymous SNP)，即SNP所致的编码序列的改变并不影响其所翻译的蛋白质的氨基酸序列，突变碱基与未突变碱基的含义相同；另一种是非同义SNP(non·synonymous SNP)，指碱基序列的改变可使以其为模板翻译的蛋白质序列发生改变，从而影响了蛋白质的功能，这种改变常是导致生物性状改变的直接原因。
SNP 中约有一半为非同义突变。
SNP用作遗传标记具有以下优点：(1)SNP在动物群体中是等位基因性的，在任何群体中其等位基因频率都可估计出来。
(2)它在基因组中的分布较微卫星标记广泛得多。
在人类群体中，SNP的频率约占l％甚至更高。
(3)与串联重复的微卫星座位相比，SNP是高度稳定的，尤其是处于编码区的SNP(cSNP)，前者的高突变率容易引起对群体的遗传分析出现困难。
对于大规模的研究而言，它比微卫星标记和其他的重复序列更可靠。
(4)部分位于基因内部的SNP可能会直接影响产物蛋白质的结构或基因表达水平，因此，它们本身可能就是性状、疾病遗传机制的候选改变位点。
(5)易于进行自动化、规模化分析，缩短了研究时间。
2.2.5.2 SNP的检测方法由于SNP的二态性，非此即彼，使其具备其他分子标记无可比拟的优越性，奠定了应用DNA微阵列、DNA芯片等高新技术来发现与检测生物基因组之间差异的基础。
从技术上来讲，凡是检测点突变的方法都可用于鉴定SNP，但迄今为止还没有任何一种方法是万能的。
经典方法采用PCR-单链构象多态性(PCR-SSCP)分析、RFLP等，由于它们必须通过凝胶电泳等进行分析，因此，距快速、高效、自动化的目标还相差甚远。
RFLP只能检测到SNP的一部分。
上述方法仅能判断SNP的有无而不能知道碱基类型，因此这些方法发现的SNP需用进行序列测定加以确认。
在几种用于检测突变的PCR相关技术中，PCR-SSCP分析可能是最易操作而且是最灵敏的方法之一。
该方法的基本原理是：经PCR扩增的DNA片段在变性剂(如甲酰胺)或低离子浓度下，经高温处理使之解链并保持在单链状态下，然后于一定浓度的非变性聚丙烯酰胺凝胶中电泳，当DNA发生碱基置换突变(点突变)时，会造成单链构象不同，通过显色或显影在凝胶上显示出带型的差别，即多态性。
PCR-SSCP检测突变的能力依赖于突变对分子折叠的影响以及分子折叠对电泳迁移率的影响。
目前还不能在理论上预测这些因素，因此在理论上估计PCR-SSCPP 的灵敏度非常困难，根据经验估计其灵敏度也很困难，因为这种灵敏度明显依赖于被检测片段的序列。
检测片段越长，PCR-SSCP分析的灵敏度越低，因此要把长的片段先降解成短的片段再进行SSCP分析。
这样可以通过在重叠的亚片段上分别扩增目标序列或者通过先扩增完整片段，再用适当的限制性内切酶消化扩增片段来完成。
2.2.5.3 SNP在鸡遗传育种中的应用在鸡遗传育种的过程中，人们一直致力于寻找一些可靠的遗传标记来提高育种效率。
