电视剧《潜伏》故事梗概第一集抗日战争结束前夕，国、共、日三方对立，关系错综复杂。
正在这时，曾被称为军统特务“密码宝典”的李海丰由重庆转投南京日伪政权，军统内部高层震怒，誓要除掉此人。
在执行抓捕亲共人员任务的时候，军统外勤余则成竟发现自己深爱的未婚妻左蓝与林怀复等激进人士关系甚密。
左蓝的突然出现，让负责监听后发信号的余则成一时犹豫，以至于放走了目标人物“孟先生”,使任务落空。
虽然事后他能够自圆其说，但这一切却被他的顶头上司吕宗方识破。
由于与军统总部人员并不熟络，身为外勤的余则成被戴笠看中，连同吕宗方一起，被秘密派往南京，刺杀叛徒李海丰。
抵达南京后，余则成化名劳文池，顺利的被安排进政保总署电讯处，安插在李海丰的身边。
但事情远远没有想象的顺利，就在余则成摸清了李的行踪，要跟吕宗方接头的时候，吕却被枪杀了。
第二集枪杀吕宗方的人——马奎，很快被政保的人抓住，在审问中马奎交代，除掉吕宗方是军统的密令，因为吕是中共的人。
余则成震惊至极。
吕宗方死后，刺杀李海丰的行动暴露了。
余则成陷入了孤军奋战的尴尬境地，自己的身份、方向都陷入了迷雾。
他在留与走之间矛盾着，但真心抗日的他最终还是单枪匹马锄掉了汉奸李海丰。
本以为可以功成身退的余则成，被转移到了军统南京站，授予嘉奖。
为了了却吕宗方生前遗愿，余则成只身来到陕西会馆，却发现吕宗方早就安排左蓝在那等候他，意图策反他加入中共。
正当余则成因为自己与左蓝身在对立阵营而踌躇不安的时候，暗杀李海丰的事情败露为他遭来杀身之祸，幸好被中共的人救回。
命不该绝的余则成，早已看透了国民党的卑鄙行径，也厌倦了投机自私的军统生活，决心投身革命，跟心爱的人左蓝一起为共产党工作。
第三集可组织并没有把余则成派往延安，而是作为卧底反插回重庆，代号“峨眉峰”。
当余则成以功臣的身份回到重庆，他获得了嘉奖和晋升，并被局长戴笠委以重任----把他派往军统局天津站协助站长吴敬中（余则成在青浦特务训练班时的老师）工作。
谁曾想此刻的余则成已经从惩戒军统叛徒的功臣，变成了中共安插在军统中的先棋。
由于当年参加青浦特训班时填写的资料是已婚，刚到天津的余则成就被站长吴敬中勒令把妻子一起接来，他面对了一个大难题，到哪里去找一个太太呢？面对压力，无奈下，余则成只好主动联络在天津的接头人——秋掌柜，期望在短时间内“造”一个太太出来。
抗战胜利在即，国共的矛盾变得更加纯粹、尖锐。
而军统高层却忙于四方敛财，贪婪狡诈的吴敬中视自己当年的学生余则成为亲信，派他到汉奸穆连成的家里做说客并施压，暗示穆连成要懂得做人。
第四集组织上派给余则成的冒牌夫人终于有了眉目，而习惯了单枪匹马的余则成却只希望这个假夫人证实了自己的已婚身份后便马上离开。
余则成受命加紧敲诈穆连成并结识了穆连成的侄女，一个新派的女学生----晚秋。
同时余则成也发现当年刺杀吕宗方的马奎也在军统天津站任职，但他很怀疑余则成的真实身份，并开始暗中调查。
面对多方压力的余则成四面受敌，而此刻秋掌柜又偏偏传来了组织上派给他的冒牌夫人出了问题的消息。
余则成焦急万分，为了彻底消除敌人对余则成的怀疑，组织上决定临阵换人，另派一位假夫人到天津与余则成生活在一起并协助余则成工作。
穆连成为了保命，愿意拿出酒厂来贿赂吴敬中，正好其侄女晚秋心仪余则成，穆连成更希望通过与军统联姻，来保住自己的家产，吴敬中似乎也愿意促成此事以获得更多的利益。
而此时组织上派给余则成的“太太”终于到了，一见到这个叫翠平的女人，余则成不禁暗中叫苦……第五集脾气火爆、口无遮拦、大大咧咧的翠平让余则成的神经时刻紧绷着，生怕她哪句话说错，暴露了身份。
马奎在余则成身边安放了眼线，情报处长陆桥山质疑翠平的身份。
站长也发现余则成在重庆的时候与左蓝关系密切，生活就在怀疑和被怀疑中继续着。
翠平来天津之前在太行山区当游击队长，对都市的生活也一无所知，也根本没有接受过专业的特勤训练，对潜伏的工作更是一窍不通。
性格刚烈而又十分单纯的她闹出许多事情让余则成哭笑不得，有的时候甚至还跟他对着干。
好在吴敬中的太太以前也是乡下人，她一心拉拢翠平。
为了让余则成继续为他们家敛财，她还悉心教导翠平习惯官太太的生活。
余则成也试图向翠平解释如何进行潜伏工作，但翠平一时之间根本无法完成从游击队长到地下工作者的身份转变，这样的生活继续下去极有可能暴露身份。
守着这个定时炸弹，余则成陷入尴尬的困境。
第六集余则成依照站长的安排跟晚秋“谈情说爱”的时候，却发现穆连成正在偷偷的转移财产。
翠平依然难以融入官太太的生活，她想不通这种生活与任务有什么联系。
吴敬中之前曾经安插特务“佛龛”进入延安，以备后用。
经“佛龛”调查，左蓝与共党间谍“峨眉峰”有莫大关系。
在这种混乱的局势下，国共军事调处开始了，以吴敬中为首的天津军统对军调进行了严密的部署。
余则成把军统秘密安排的第一手资料及时的汇报给秋掌柜，并希望把跟自己闹情绪的翠平调走。
秋掌柜却帮助余则成略施小计安抚翠平，使其听命于余则成。
在军统安排缜密的会场，余则成惊异的发现左蓝竟是共方代表之一。
吴敬中本想给共方造成舆论压力，可哪料左蓝利用余则成提供给秋掌柜的资料力指国民党假意和谈。
左蓝并没有预想到会在这种场合见到余则成，余则成“峨眉峰”的身份是绝密的，所以左蓝也不明白这到底是缘分下的偶遇，还是敌方的蓄意安排。
第七集吴敬中对军调秘密部署的情报外泄十分震怒，他勒令马奎陆桥山尽快查明情报外泄的原因。
吴敬中知道余则成和左蓝曾经的亲密关系，话里话外一直试探余则成。
余则成也意识到自己被怀疑，他在犹豫该用哪种方式解决这个麻烦。
翠平始终没有理解他们的任务的严重性，总觉得余则成小题大做，故意针对自己，心直口快的她，不顾隔墙有耳，在家发泄心中的不满。
余则成只好用前人滴血的事实教育她，翠平听后似乎还是将信将疑。
负责调查情报流失的马奎，发现站长吴敬中跟穆连成多次秘密接触，而这次共方代表邓铭又是穆连成的大学同学，难道是站长贼喊捉贼么？秋掌柜传达了上级对余则成提供军调秘密情报的嘉奖，余则成非常高兴。
当秋掌柜问及翠平的情况时，余则成却还是觉得翠平不适合潜伏工作。
军统局长戴笠要到天津视察工作，天津站内部个个心怀鬼胎，只求自保。
吃水越深，牵拌越多，这个游戏愈加复杂了。
第八集戴笠局长的到天津是为了查处军统内部贪赃枉法的情况，这使得站长吴敬中倍感紧张，他找到余则成示好，余则成也懂事的安抚站长的疑虑，尽收顺水人情。
马奎和陆桥山为了自己的前途也争相向戴笠献媚。
由于天津正闹麻风病，负责接头的秋掌柜也成了疑似病人，致使余则成手中的新情报无法及时送出。
还好有个应急预案，焦急的余则成回到家，从收音机里接受新的指令。
翠平对未知的数字很感兴趣，此时她已经慢慢的对眼前的假丈夫有了微妙的感觉。
余则成按照指令，找到了接头的咖啡馆，可岂料与他接头的人竟是左蓝，左蓝又惊又喜……根据新情报，共方先得头筹，继续给军统施压。
马奎和陆桥山百思不得其解，就在大家被站长痛骂的时候，众人得到了一个惊人的消息——戴局长的飞机失踪了！站长打算去重庆一探究竟，临行前把职务交给陆桥山代理，马奎却对陆桥山不屑一顾。
第九集翠平已经能为余则成做一些简单的工作，她对余则成的好感也是与日俱增。
陆桥山和马奎为了争夺副站长一职明争暗斗，余则成正好坐收渔人之利。
因为穆连成的关系而开始怀疑站长的马奎，趁站长不在偷偷潜入站长的办公室，在他偷偷翻看资料的时候，余则成及时出现制止，不仅正面表明了自己的清白，还发现了站长秘密档案中出现的一个早被安插在延安的人——“佛龛”。
组织上终于同意把翠平调离天津，可已经不吵架了的余则成和翠平，也只能接受安排。
不料翠平乘坐的长途车被土匪劫走，翠平下落不明。
究竟是意外，还是军统的阴谋？余则成一时也分辨不出来。
祸不单行，当他想找秋掌柜汇报近期的情报时，却意外发现秋掌柜被马奎的特务们抓住了。
被捕后的秋掌柜宁死也不透露任何信息，他用咬断自己舌头前的方式暗示余则成自己决不会叛变。
无独有偶，翠平被征粮队的大兵救回，去而复返的翠平也明白了许多事理，不再胡闹了。
第十集余则成把秋掌柜和“佛龛”的事都告诉了左蓝，希望左蓝能够尽快找出“佛龛”，并帮助自己除掉马奎。
翠平开始逐渐的融入到官太太的生活中，虽然有的时候难免会露出马脚，但她也学会了巧妙地掩饰过去。
穆连成趁着军调期间吴敬中无暇顾及他的机会带着家产出逃日本，当余则成告诉吴敬中这个消息，吴敬中因为没有榨干他的油水而感到后悔不已。
经过一番巧妙地策划，左蓝以解救秋掌柜为名，多次秘密约见马奎，而余则成也趁机带着陆桥山从附近路过，制造偶遇，深化了马、陆之间的猜疑。
根据余则成提供的线索，“佛龛”——李涯露出了狐狸尾巴，在延安被捕。
左蓝代表共方提出，以李涯来交换秋掌柜，双方互利。
吴敬中气急败坏，却又只能顺从。
正在这时，陆桥山指出马奎曾与左蓝交往频繁，所有证据的矛头都指向了马奎。
第十一集站长从秘书和余则成处得到的反馈信息，更确定了马奎居心叵测的事实。
陆桥山马上扣押了马奎，进行审问。
原来当时左蓝让马奎带为转交给秋掌柜的纸条，其中另有玄机，被火烤过之后，纸条上的信息都直指“峨眉峰”就是马奎，而其他能证明马奎清白的人在余则成的“安排”下也早已消失。
面对这一系列的有力证据马奎百口难辨。
当然，这一切都源于余则成和左蓝的精心策划和巧妙配合。
此战告捷，余则成与翠平举杯庆祝，一醉方休。
次日酒醒余则成发现他与翠平同床而卧，虽然没有发生任何事情，余则成也不禁吓出一身冷汗。
他们虽然以夫妻之名生活，却只不过是为了完成潜伏任务，以前两个人都是分床而睡的，如此发展下去余则成担心会触犯纪律。
李涯与秋掌柜的交换顺利的完成了，余则成非常高兴。
趁此机会翠平为余则成举行了简单的入党仪式，余则成宣誓愿为共产主义事业奋斗终身！第十二集站长和陆桥山为了一己私欲便落井下石，编造一篇圆满的口供，并预谋在送马奎回总部的路上，解决心腹大患。
翠平进步不小，努力的认字，对人情世故也开了点窍。
马奎之前安插在余则成身边的周会计，见形势变化，马上找余则成投诚。
翠平这才能够真正的理解，自己每天都被别人秘密的监视中，事情也远远比想象的要复杂。
可当大家刚喘了口气的时候，马奎却在押送途中逃跑了。
军统正式改名为保密局，李涯也被派回天津顶替马奎的职务。
城府极深的李涯说服吴敬中让余则成去策反左蓝，一则策反，二则试探余则成的底细，一箭双雕。
在余则成与左蓝见面的时候，站长找到马奎的夫人做诱饵，打电话给左蓝诱她进入圈套。
站长太太本来要和翠平去探望马太太，可不知内情的站长太太看到自己丈夫在马家神秘的进出，顿时醋意大发，大闹马家。
错有错着，忙乱中，翠平不仅发现了站长的真实目的，还发现了跟马太太有染的其实是站长的洪秘书。
第十三集逐渐成长的翠平，变得机智冷静，在众目睽睽之下，假意和余则成吵架，巧妙的塞给他一张红中，这让余则成都很意外。
红中代表洪秘书，当然，余则成很快的就从洪秘书口中套出了站长和李涯诱捕左蓝的真相！重获自由的马奎并没有急于逃命，而是把满心的愤恨归结于左蓝，他要这个女人付出应有的代价。
