Gene7-12
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doi:10.3969/j.issn.1000-484X.2023.12.006LncRNA SNHG12调控miR-138-5p/HIF-1α轴改善缺氧/复氧人血管内皮细胞损伤的研究①魏宗强王琳茹胡文贤张娟子黄贤明李林李强②(青岛大学附属青岛市海慈医院血管外科中心,青岛 266033)中图分类号R289.5 文献标志码 A 文章编号1000-484X(2023)12-2494-07[摘要]目的:研究长链非编码RNA(LncRNA)小核仁RNA宿主基因12(SNHG12)调控miR-138-5p/低氧诱导因子-1α(HIF-1α)轴改善缺氧/复氧(H/R)人血管内皮细胞损伤的作用。
方法:体外培养人脐静脉内皮细胞(HUVECs),随机分为对照组、H/R模型组、H/R+LncRNA SNHG12过表达组、H/R+miR-138-5p mimics组、H/R+共转染组、H/R+共转染阴性对照组,各转染组分别进行转染处理,除对照组外,其余各组给予5 h缺氧,再进行复氧1 h处理,诱导细胞模型,然后通过CCK-8实验检测各组细胞活力情况;通过流式细胞实验检测各组细胞凋亡情况,比较各组细胞凋亡率;通过试剂盒测量各组细胞活性氧(ROS)、乳酸脱氢酶(LDH)及炎症因子IL-6、IL-17、IL-18水平;通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)实验测定各组细胞miR-138-5p及HIF-1α mRNA表达;通过免疫印迹实验检测各组细胞凋亡蛋白半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-9(caspase-9)、Bcl-2相关X蛋白(Bax)及HIF-1α蛋白表达。
结果:与对照组相比,H/R模型组细胞凋亡率、细胞ROS、LDH、IL-6、IL-17及IL-18水平、细胞HIF-1α mRNA 和蛋白水平、细胞caspase-9、Bax及HIF-1α蛋白水平升高(P<0.05),细胞活力、miR-138-5p水平降低(P<0.05)。
第 18 章基因工程根底单元自测题(一) 名词解释1. 遗传工程2.生物技术3.基因工程4.细胞工程5.蛋白质工程6.分子克隆7.载体8.转化和转染9.基因文库10. cDNA 文库(二) 填空1.自然界的常见基因转移方式有、、、。
2.不同DNA分子间发生的共价连接称为,有、两种方式。
3.基因工程的载体必需具备的条件有、、。
4.基因工程常用的载体DNA分子有、、和。
5.一个完整的DNA克隆过程应包括、、、、。
6.目的基因猎取的途径或来源有、、、。
7.基因工程过程中重组体直接筛选法的方式有、、。
8.基因克隆真核生物表达体系常见的有、、表达体系。
9.依据重组体DNA的性质不同,将重组体DNA导入受体细胞的方式有、、等。
10.假设M13的外源基因被插入到lac Z 基因内,则在含有X-gal 的培育基上生长时会消灭色菌落,假设在lac Z基因内无外源基因插入,在同样的条件下呈现色菌落。
11.当细胞与细胞或细菌通过菌毛相互接触时,就可以从一个细胞(细菌)转移到另一细胞(细菌),这种类型的DNA转移称为作用。
12.重组DNA 技术中常用的工具酶有、、、。
(三) 选择题1.以下那种方式保证了免疫球蛋白的多样性?A.转化B. 转染C. 转位D. 转导2.微切割技术使目的基因可来源于以下那种物质?A.真核细胞染色体DNAB.人工合成DNAC. cDNAD. G-文库3.重组DNA 技术中常用的工具酶以下那项不是:A.限制性核酸内切酶B. DNA 连接酶C. DNA 聚合酶ID. RNA 聚合酶4.DNA 致癌病毒感染宿主细胞后,使之发生癌变是由于发生了:A. 转化B. 转导C. 接合D. 转座5.关于基因工程的表达,以下哪项是错误的?A.基因工程也称基因克隆B . 只有质粒DNA 可作为载体C . 重组体DNA 转化或转染宿主细胞D. 需获得目的基因6.有关质粒的表达,以下哪项是错误的?A.pB R322 含有β-半乳糖苷酶的α片段基因B.质粒较易转化C.质粒的遗传表型可作为转化子的筛选依据D.pB R322 的分子中仅有一个E.co R I 内切酶位点7.以下哪项不是重组DNA的连接方式?A.粘性末端与粘性末端的连接 B .平端与平端的连接C . 粘性末端与平端的连接D . 人工接头连接8.有关噬菌体的表达哪项不符合?A.感染大肠杆菌时仅把D NA注入大肠杆菌内B.只有裂解一种生活方式C . 溶源和裂解两种生活方式可以相互转变D. 噬菌体是由外壳蛋白和D NA 组装而成9.D NA 克隆不包括以下哪项步骤?A. 选择一个适合的载体B . 重组体用融合法导入细胞C . 用连接酶连接载体D NA 和目的D NA,形成重组体D . 用载体的相应抗生素抗性筛选含重组体的细菌10.以下哪项不能作为表达载体导人真核细胞的方法?A.磷酸钙转染 B . 电穿孔 C . 脂质体转染 D . 氯化钙转染11.以下哪项不能作为基因工程重组体的筛选方法?A.PC R 技术B. 宿主菌的养分缺陷标志补救C . 抗药性标志选择 D. Southern 印迹12.关于转化错误的选项是:A.受体细胞获得的遗传表型B.外源D NA确定整合进受体细胞基因组C.自然界中较大的外源D NA转化几率较低D.自然界中较大的外源DNA 转化几率较高13.以下哪种酶是重组DNA 技术中最重要的?A. 反转录酶B. 碱性磷酸酶C. DNA 连接酶D. DNA 聚合酶I14.在分子生物学中,基因克隆主要指:A. DNA 的复制B. DNA 的转录C. DNA 的剪切D. RNA 的转录15.在分子生物学中,重组DNA 又称为:A. 酶工程B. 蛋白质工程C. 细胞工程D. 基因工程16.cDNA 是指:A.在体外经反转录合成的与RNA互补的DNAB.在体外经反转录合成的与DNA 互补的DNAC . 在体外经反转录合成的与RNA 互补的RNAD. 在体内经反转录合成的与RNA 互补的RNA17.聚合酶链式反响常常缩写为:A. PRCB. PERC. PC RD. B C R18.在DNA序列的状况下,猎取目的基因的最便利的方法是:A.人工化学合成B. 基因组文库法C. cDNA 文库法D. PCR 法19.用于PC R 反响的酶是:A.DNA 连接酶B. TaqDNA 聚合酶C. 逆转录酶D. 碱性磷酸酶20.在cDNA 技术中,所形成的发夹环可用A.限制性内切核酸酶切除B. 用3′外切核酸酶切除C. 用S1 核酸酶切除D. 用5′外切核酸酶切除21,cDNA 文库包括该种生物的A. 某些蛋白质的构造基因B. 全部蛋白质的构造基因C. 全部构造基因D. 内含子和调控区22.关于感受态细胞性质的描述,下面哪一种说法不正确?A.具有可诱导性B. 具有可转移性C. 细菌生长的任何时期都可以消灭D. 不同细菌消灭感受态的比例是不同的23.在简并引物的3′端尽量使用具有简并密码的氨基酸,这是由于A.Taq 酶具有确定的不准确性B. 便于排解错误碱基的掺人C. 易于退火D. 易于重组连接24.变色的酚中含有氧化物,这种酚不能用于DNA分别,缘由主要是A.氧化物会转变pH 值B.氧化物可使DNA 的磷酸二酯键断裂C. 氧化物同DNA 形成复合物D. 氧化物在DNA 分别后不易除去(四) 是非题1. 基因表达的最终产物都是蛋白质。
与试验研究白来航鸡干扰素刺激基因12 PCR 扩增张淑萍1葛中东2张凯2夏宇欣2姜莉莉2樊兆斌2**基金项目:山东省自然科学基金项目“J3-半乳糖凝集素在禽网状内皮组织增生症病毒感染作用机制研究” (ZR2019MC036);菏泽学院培育基金项目野ATP1B1对禽网状内皮组织增生症病毒复制影响研究(XY18PY01)”。
作者简介:张淑萍(1965.11-),女,濮阳市清丰人,研究方向:药品检测及动物疫病。
*通信作者。
(1,菏泽市食品药品检验检测研究院274000; 2,菏泽学院药学院274715)摘要:本试验拟克隆白来航鸡干扰素刺激基因12 (ISG12),并对其进行生物信息学预测分析。
根据ncbi 发表的原鸡ISG12基因序列(登录号:BN000223.1),设计ISG12基因特异性扩增引物。
提取白来航鸡的肝脏、脾脏RNA ,并反转录为cD- NA ,利用RT-PCR 技术扩增白来航鸡ISG12基因序列,并利用生物软件对其编码蛋白进行生物信息学分析预测。
结果显示,白来航鸡ISG12基因CDS 区为324bp ,编码107个氨基酸遥ISG12编码蛋白理论分子量为10.28 kD ,理论等电点(PI ) 为10.18,不稳定系数为59.46,脂肪系数为41.12遥存在3个明显的亲水区,整条多肽链表现为亲水性;无信号肽,不存在跨膜区;存在21个潜在的磷酸化位点,6个潜在的O-糖基化位点,不含N-糖基化修饰位点;含有3个抗原决定簇区域。
本试验成功克隆了白来航鸡ISG12基因,为深入了解ISG12编码蛋白的功能及进一步阐述其抗病毒的机理提供了科学依据。
关键词:ISG12基因;基因克隆;序列分析干扰素刺激基因(Interferon-stimulated genes, ISGs )是干 扰素(IFN )下游的效应分子,IFN 作用于靶细胞表面受体后, 通过一系列信号传导激活ISGs 的转录、表达m 2],在宿主免疫 调节及抗病毒过程中发挥重要功能叫IFN 通过ISGs 发挥包括 抗病毒、凋亡、抗增殖、抗肿瘤和免疫调节在内的多种细胞和生理功能|4]遥不同的ISGs 可以针对病毒从入侵到释放的不同阶段发挥抑制作用 叫 以往针对ISGs 的研究主要集中在ISG15、 Mx1、PKR 等|6-11],对ISG12的研究相对较少遥 ISG12蛋白作为一个潜在的重要细胞因子,参与了机体的抗病毒过程。
人类KRAS基因7种突变检测试剂盒(荧光PCR法)说明书【产品名称】通用名称:人类KRAS基因7种突变检测试剂盒(荧光PCR法)英文名称:Human KRAS Gene 7 Mutations Fluorescence Polymerase Chain Reaction (PCR) Diagnostic Kit【包装规格】12测试/盒【预期用途】KRAS基因是人体肿瘤中常见的致癌基因。
该基因的突变常见于多种恶性肿瘤,在肺癌患者中的突变率为15~30%,在结直肠癌患者中的突变率为20~50%。
导致KRAS处于激活状态的突变主要位于第12和13密码子上。
KRAS 基因突变一般会使肺癌患者对EGFR酪氨酸激酶抑制剂产生耐药,使结直肠癌患者对抗EGFR抗体类药物产生耐药。
但是,2010年10月的最新研究发现第13密码子上的Gly13Asp(G13D)突变亦对抗EGFR抗体类药物有治疗反应性(参见:De Roock. W. JAMA. 2010;304(16):1812-1820)。
因此,KRAS基因突变检测能提高肿瘤临床治疗的针对性,降低治疗费用,节省宝贵的治疗时间。
大部分肿瘤的突变都是体细胞突变,突变细胞往往与野生型细胞混杂在一起,因此所提取的DNA常带有大量野生型DNA,所以对体细胞突变检测需要较高的特异性,而目前广泛使用的直接测序法检测能力有限,不能完全满足临床需要。
本试剂盒用于检测人类KRAS基因的12和13密码子上7种热点体细胞突变(见表1),试剂盒以DNA为检测样本,提供突变状态的定性评估。
辅助临床医生筛选出可受益于肿瘤靶向药物的大肠癌等癌症患者。
该产品用于组织中提取DNA的KRAS基因7种突变的检测,为临床医生对大肠癌或肺癌患者选择肿瘤靶向药物治疗提供参考。
表1 人类KRAS基因的12和13密码子上7种热点体细胞突变突变名称氨基酸变化碱基变化Cosmic ID 公司命名Gly12Asp 甘氨酸到天门冬氨酸GGT>GAT 521 12-2-A Gly12Ala 甘氨酸到丙氨酸GGT>GCT 522 12-2-C Gly12Val 甘氨酸到缬氨酸GGT>GTT 520 12-2-T Gly12Ser 甘氨酸到丝氨酸GGT>AGT 517 12-1-A Gly12Arg 甘氨酸到精氨酸GGT>CGT 518 12-1-C Gly12Cys 甘氨酸到胱氨酸GGT>TGT 516 12-1-T Gly13Asp 甘氨酸到天门冬氨酸GGC>GAC 532 13-2-A 【检测原理】本试剂盒基于实时PCR平台结合了特异引物和双环探针两种技术,检测DNA样品中含有的突变基因。
胡康, 金晓雨, 张雪, 等. 大豆GmGST7基因耐酸铝功能研究[J]. 华南农业大学学报, 2023, 44(5): 769-779.HU Kang, JIN Xiaoyu, ZHANG Xue, et al. Study on the tolerant function of soybean GmGST7 gene to acidic aluminum stress[J]. Journal of South China Agricultural University, 2023, 44(5): 769-779.大豆GmGST7基因耐酸铝功能研究胡 康 ,金晓雨,张 雪,王金玉,程艳波,连腾祥,年 海,马启彬(华南农业大学 农学院/国家大豆改良中心广东分中心/亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室/广东省分子育种重点实验室/岭南现代农业科学与技术广东省实验室, 广东 广州 510642)摘要: 【目的】耐酸铝基因GsMYB7过表达转化大豆品种‘华春6号’后,从转基因株系的表达谱中获得目标基因GmGST7,该基因受酸铝胁迫诱导上调,且位于GsMYB7基因下游,进一步分析其耐酸铝功能,以期提高大豆酸铝耐受能力。
【方法】采用生物信息学方法分析GmGST7基因的碱基序列、蛋白结构域和构建系统进化树。
通过烟草叶片瞬时转化法完成亚细胞定位。
通过RT-qPCR 分析该基因组织表达特异性。
设计0、25、50、75 和 100μmol/L 5个AlCl 3浓度梯度,研究GmGST7对酸铝胁迫的响应。
在50 μmol/L AlCl 3处理下,设计0、4、8、12、16、24、36、48和72 h 共9个时间梯度,对GmGST7的表达模式进行分析。
过表达GmGST7基因遗传转化拟南芥,鉴定阳性植株,并对转基因株系进行耐酸铝表型验证、氧化水平测定、耐酸铝标志基因及下游基因的表达分析。
【结果】GmGST7基因位于大豆第7号染色体,序列全长为1 128 bp 。
名词解释:*顺反子假说(Theory of cistron):顺反子是基因的同义词。
在一个顺反子内,有若干个突变单位——突变子,有若干个交换单位——交换子。
基因是一个具有特定功能的,完整的,不可分割的最小的遗传单位。
*C值矛盾:从总体上说,生物基因组的大小同生物在进化上所处地位的高低没有绝对的相关性,这种现象称为C值矛盾*间隔基因:即真核生物的结构基因是由若干外显子和内含子序列相间隔排列组成的间隔基因。
*跳跃基因(Jumping gene, 或叫转座子-Transposon, Tn):能发生转座的独立的遗传结构单位*DNA半保留复制:复制过程中亲代DNA的双链分子彼此分离,作为模板,按A T配对,CG配对的原则,合成两条新生子链的复制方式。
*半不连续复制:DNA复制时,前导链按DUMP片段以连续复制的方式完成子代DNA的合成,后随链以不连续复制的方式完成冈崎片段的合成。
*冈崎片段:在脉冲标记实验中最初合成的10~20s片段。
*DNA复制的转录激活:前导链的RNA引物是由RNA聚合酶合成的,如同基因转录过程一样,RNA 聚合酶可以使双链DNA分子的局部开链,在合成10~12个核苷酸的RNA片段之后,再由DNA聚合酶完成前导链DNA的合成,在完成近1000~2000个核苷酸的DNA合成后,后随链才在引发酶的作用下开始启动冈崎片段的引物RNA的合成,所以将这一过程也称为DNA复制的转录激活。
位置效应:基因的功能不仅决定于它的自身结构和剂量,也决定于它所在的位置及其与邻近基因间的相互联系。
顺反子(Cistron):是基因的同义词,即染色体上的一个区段。
全同等位基因:在同一基因座位中,同一突变位点,向不同方向发生突变所形成的等位基因。
非全同等位基因:在同一基因座位中,不同突变位点与突变所形成的等位基因。
顺式作用元件(cis action factor)反式作用因子(trans action factor)增色效应:随温度升高单链状态的DNA分子不断增加而表现出值递增的效应。
【产品名称】通用名称:人类KRAS基因7种突变检测试剂盒(荧光PCR法)英文名称:Human KRAS Gene 7 Mutations Fluorescence Polymerase ChainReaction (PCR) Diagnostic Kit【包装规格】12测试/盒【预期用途】KRAS基因是人体肿瘤中常见的致癌基因。
该基因的突变常见于多种恶性肿瘤,在肺癌患者中的突变率为15~30%,在结直肠癌患者中的突变率为20~50%。
导致KRAS处于激活状态的突变主要位于第12和13密码子上。
KRAS基因突变一般会使肺癌患者对EGFR酪氨酸激酶抑制剂产生耐药,使结直肠癌患者对抗EGFR抗体类药物产生耐药。
但是,2010年10月的最新研究发现第13密码子上的Gly13Asp(G13D)突变亦对抗EGFR抗体类药物有治疗反应性(参见:De Roock. W. JAMA. 2010;304(16):1812-1820)。
因此,KRAS基因突变检测能提高肿瘤临床治疗的针对性,降低治疗费用,节省宝贵的治疗时间。
大部分肿瘤的突变都是体细胞突变,突变细胞往往与野生型细胞混杂在一起,因此所提取的DNA常带有大量野生型DNA,所以对体细胞突变检测需要较高的特异性,而目前广泛使用的直接测序法检测能力有限,不能完全满足临床需要。
本试剂盒用于检测人类KRAS基因的12和13密码子上7种热点体细胞突变(见表1),试剂盒以DNA为检测样本,提供突变状态的定性评估。
辅助临床医生筛选出可受益于肿瘤靶向药物的大肠癌等癌症患者。
该产品用于组织中提取DNA的KRAS基因7种突变的检测,为临床医生对大肠癌或肺癌患者选择肿瘤靶向药物治疗提供参考。
表1 人类KRAS基因的12和13密码子上7种热点体细胞突变突变名称氨基酸变化碱基变化Cosmic ID 公司命名Gly12Asp 甘氨酸到天门冬氨酸GGT>GAT 521 12-2-A Gly12Ala 甘氨酸到丙氨酸GGT>GCT 522 12-2-C Gly12Val 甘氨酸到缬氨酸GGT>GTT 520 12-2-T Gly12Ser 甘氨酸到丝氨酸GGT>AGT 517 12-1-A Gly12Arg 甘氨酸到精氨酸GGT>CGT 518 12-1-C Gly12Cys 甘氨酸到胱氨酸GGT>TGT 516 12-1-T Gly13Asp甘氨酸到天门冬氨酸GGC>GAC 53213-2-A【检测原理】本试剂盒基于实时PCR平台结合了特异引物和双环探针两种技术,检测DNA样品中含有的突变基因。
丹参治疗肝癌分子机制的网络药理学探讨An network pharmacological study on molecular mechanism ofsalvia miltiorrhiza on liver cancer徐倩1曾柏荣2*(1.湖南中医药大学,湖南 长沙,410208;2.湖南中医药大学第一附属医院,湖南 长沙,410007)中图分类号:R285文献标识码:A文章编号:1674-7860(2020)31-0001-07证型:IAD【摘要】目的:基于网络药理学方法预测丹参治疗肝癌的可能作用靶点及机制。
方法:通过中药系统药理学数据库和分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)收集中药丹参的活性成分及其对应的靶基因,运用GeneCards数据库、DrugBank数据库获得肝癌相关靶基因,匹配共同基因作为丹参治疗肝癌的潜在靶标。
应用Cytoscape软件完成“中药-活性成分-作用靶点-疾病”网络,通过String数据库完成蛋白相互作用(Protein-protein interaction,PPI)网络,最后基于Metascape数据库进行基因本体论(Gene Ontology,GO)及京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析。
结果:获得丹参酮ⅡA、隐丹参酮等59个丹参治疗肝癌的活性成分,作用于77个潜在靶标,预测可能与磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(Phosphatidylinositol 3-Kinase/Protein KinaseuB,PI3K-AKT)、乙型肝炎、人类T细胞白血病病毒1型(Human T Cell Leukemia Virus Type 1,HTLV-1)感染、癌症中的miRNAs 等信号通路有关。
loc_os-chr-g-number基因编号规则基因是生物体内负责遗传信息传递和功能实现的分子,对于研究生物学和遗传学具有重要意义。
基因编号是为了方便研究人员识别和命名基因,在国际上通用的一套规则。
在植物基因研究领域中,有一套被广泛采用的基因编号规则,即LOC_OS-CHR-G-Number基因编号规则。
本文将介绍这一规则的具体内容及其应用。
一、LOC_OS-CHR-G-Number基因编号规则的基本原则LOC_OS-CHR-G-Number基因编号规则的制定是为了标识和命名水稻基因。
其中,“LOC”代表Location,表示基因位于某个特定的位置。
“OS”代表Oryza sativa,表示水稻这个植物物种。
“CHR”代表Chromosome,表示基因位于某个染色体上。
“G”代表Gene,表示这个编号是一个基因编号。
“Number”表示基因在染色体上的排序号。
二、LOC_OS-CHR-G-Number基因编号规则的具体规定根据LOC_OS-CHR-G-Number基因编号规则,首先要确定该基因位于哪个染色体上。
水稻基因组中有12个染色体,分别编号为1到12。
在染色体编号后加上“p”表示该基因位于该染色体的长臂上,“q”表示该基因位于该染色体的短臂上。
然后,在染色体位点编号后加上“.”表示该基因在染色体上的具体位置。
例如,LOC_Os01g01010代表位于水稻第一号染色体上的第1010个基因,LOC_Os12g01010代表位于水稻第12号染色体上的第1010个基因。
三、LOC_OS-CHR-G-Number基因编号规则的应用案例LOC_OS-CHR-G-Number基因编号规则在水稻基因研究中被广泛应用。
例如,研究人员发现了一个与抗病性相关的基因位于水稻第三号染色体上的特定位点上,他们可以将这个基因命名为LOC_Os03gxxxxx,其中“xxxxx”是该基因的具体编号。
通过基因编号规则的应用,研究人员可以更容易地识别和命名水稻基因。
名词解释汇总1.分子杂交不同的DNA 片段之间,DNA 片段与RNA 片段之间,如果彼此间的核苷酸排列顺序互补也可以复性,形成新的双螺旋结构。
这种按照互补碱基配对而使不完全互补的两条多核苷酸相互结合的过程称为分子杂交。
2.cDNA文库以mRNA为模板,经反转录酶催化,在体外反转录成cDNA,与适当的载体(常用噬菌体或质粒载体)连接后转化受体菌,则每个细菌含有一段cDNA,并能繁殖扩增,这样包含着细胞全部mRNA信息的cDNA克隆集合称为该组织细胞的cDNA文库。
cDNA文库特异地反映某种组织或细胞中,在特定发育阶段表达的蛋白质的编码基因,因此cDNA文库具有组织或细胞特异性。
3.选择标记基因选择基因(又称选择标记基因),主要是一类编码可使抗生素或除草剂失活的蛋白酶基因,这种基因在执行其选择功能时,通常存在检测慢(蛋白酶作用需要时间)、依赖外界筛选压力(如抗生素、除草剂)等缺陷。
4.ORF开放阅读框(Open Reading Frame, ORF)从起始密码子开始,是DNA序列中具有编码蛋白质潜能,一段无终止密码子打断的碱基序列。
5.转化转化(transformation)是某一基因型的细胞从周围介质中吸收来自另一基因型的细胞的DNA 而使它的基因型和表现型发生相应变化的现象。
该现象首先发现于细菌。
6.转染专指感受态的大肠杆菌细胞捕获和表达噬菌体DNA分子的过程7.转导转导(transduction)由噬菌体将一个细胞的基因传递给另一细胞的过程。
它是细菌之间传递遗传物质的方式之一。
其具体含义是指一个细胞的DNA或RNA通过病毒载体的感染转移到另一个细胞中。
8.质粒不亲和性在没有选择压力下,两种不一样的质粒不能在同一宿主细胞系中稳定共存的现象9.RACERACE是基于PCR技术基础上由已知的一段cDNA片段,利用锚式PCR,快速扩增cDNA末端从而获得已知mRNA内一段小序列与3‘或5’的cDNA序列技术。
·研究论文·Chinese Journal of Animal Infectious Diseases中国动物传染病学报摘 要:东南亚十二节段RNA 病毒属为呼肠孤病毒科中的一个新属,该属包括版纳病毒(BAV )、芒市病毒(MSV )、卡皮罗病毒(KDV )和辽宁病毒(LNV )四种病毒。
为建立上述四种病毒的群特异性核酸检测方法,本研究根据BAV 、MSV 、KDV 和LNV 毒株VP12基因序列的保守区,设计特异性引物和TaqMan 探针,建立了荧光定量qRT-PCR 和常规RT-PCR 检测方法,并分别进行了特异性、灵敏性和重复性的检测。
实验结果表明,两种检测方法分别对四种病毒均有特异性的扩增和荧光信号检出,而对流行性出血病病毒(EHDV )、蓝舌病病毒(BTV )、中山病病毒(CHUV )、广西环状病毒(GXOV )、阿卡斑病毒(AKAV )、云南环状病毒(YUOV )等病毒无扩增和无有效荧光信号检出,具有较好的特异性。
灵敏性实验结果显示,荧光定量qRT-PCR 检测四种病毒核酸的下限可达10 copies/μL ,常规RT-PCR 的检测下限为102 copies/μL ,荧光定量方法灵敏度是常规方法的10倍。
四种病毒荧光定量qRT-PCR 方法的组内和组间重复试验标准差均小于0.8,变异系数均小于3%,表明该方法均具有良好的稳定性。
以上结果表明,本研究建立的BAV 、MSV 、KDV 和LNV 四种病毒的荧光定量qRT-PCR 和常规RT-PCR 方法具有快速、准确、稳定等优点,可为四种病毒的早期诊断、快速检测、流行病学调查和实验研究等提供有效的技术方法。
关键词:版纳病毒;芒市病毒;卡地皮诺病毒;辽宁病毒;RT-PCR ;病毒检测中图分类号:S852.65文献标志码:A文章编号:1674-6422(2023)01-0098-08Development of Real-time Fluorescent Quantitative RT-PCR and ConventionalRT-PCR for Detection of Southeastern Asian Dodeca RNA Viruses收稿日期:2020-09-28基金项目:国家重点研发计划(2017YFC1200505);国家公益性行业(农业)科研专项(201303035);云南省中青年学术和技术带头人后备人才培养项目(2017HB055)作者简介:杨振兴,男,硕士,副研究员,主要从事牛羊虫媒病毒研究;李占鸿,男,硕士,助理研究员,主要从事牛羊虫媒病毒研究通信作者:廖德芳,E-mail:*******************;杨恒,E-mail:*************************东南亚十二节段RNA 病毒荧光定量qRT-PCR 和常规RT-PCR 检测方法的建立杨振兴,李占鸿,李卓然,李华春,廖德芳,杨 恒(云南省畜牧兽医科学院 热带亚热带动物病毒病重点实验室,昆明650224)2023,31(1):98-105Abstract: Southeastern Asian dodeca RNA viruses (Seadornavirus ) belong to a new genus of the Reoviridae family, which includes Banna virus (BA V), Mangshi virus (MSV), Kadipiro Virus (KDV) and Liaoning virus (LNV). In order to develop a group-specifi c nucleic acid detection method for BA V , MSV , KDV and LNV , specifi c primers and TaqMan probes were designed based on the conserved regions of the VP12 gene sequences of the 4 viruses for development of a real-time quantitative RT-PCR (qRT-PCR) and conventional RT-PCR. The results showed that both assays specifi cally amplifi ed the 4 viruses b u t not for epizootic hemorrhagic disease virus (EHDV), bluetongue Virus (BTV), Chuzan virus (CHUV), Guangxi Orbivirus (GXOV), Akabane virus (AKA V) and Yunnan Orbivirus (YUOV). The detectionYANG Zhenxing, LI Zhanhong, LI Zhuoran, LI Huachun, LIAO Defang, YANG Heng(Yunnan Tropical and Subtropical Animal Virus Disease Laboratory, Yunnan V eterinary and Animal Science Institute, Kunming 650224, China)· 99 ·杨振兴等:东南亚十二节段RNA 病毒荧光定量qRT-PCR 和常规RT-PCR 检测方法的建立第31卷第1期东南亚十二节段RNA病毒属(Seadornavirus )隶属呼肠孤病毒科(Reoviridae),为2005年国际病毒分类委员会(International Committee for the Taxonomy of Viruses, ICTV)第八次会议新确认的一个病毒属[1]。