蛋白质四级结构及其检测方法
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文献综述蛋白多级结构的表征及测定方式摘要研究蛋白质的结构对生命科学有重要意义,因为明确了蛋白质的结构,有助于了解蛋白质的作用,了解蛋白质如何行使其生物功能,认识蛋白质与蛋白质(或其它分子)之间的相互作用,这无论是对于生物学还是对于生物医学和生物药学,都是非常重要的。
蛋白质分子的多级结构可划分为四级,以描述其不同的方面,包括蛋白二级结构、超二级结构和结构域、三级结构、四级结构。
关键词:二级结构超二级结构和结构域三级结构四级结构表征和测定方式1 蛋白多级结构概述蛋白质分子是由氨基酸首尾相连缩合而成的共价多肽链,每一种天然蛋白质都有自己特有的空间结构或称三维结构,这种三维结构通常被称为蛋白质的构象,即蛋白质的结构。
1.1 蛋白质的二级结构蛋白质的二级结构(secondary structure)是指多肽链中主链原子的局部空间排布即构象,不涉及侧链部分的构象。
蛋白质主链构象的结构单元包括:α-螺旋(α-helix)、β-片层结构(β-pleated sheet)或称β-折迭、β-转角(β-turn或β-bend)、无规卷曲(random coil)。
α-螺旋有以下几个特点:①多个肽键平面通过α-碳原子旋转,相互之间紧密盘曲成稳固的右手螺旋。
②主链呈螺旋上升,每3.6个氨基酸残基上升一圈,相当于0.54nm。
③每一个氨基酸残基中的NH和前面相隔三个残基的C=O之间形成氢键。
④肽链中氨基酸侧链R,分布在螺旋外侧,其形状、大小及电荷影响α-螺旋的形成。
β-片层结构有以下几个特点:①是肽链相当伸展的结构,肽链平面之间折叠成锯齿状,相邻肽键平面间呈110°角。
氨基酸残基的R侧链伸出在锯齿的上方或下方。
②依靠两条肽链或一条肽链的两段肽链间的C=O与H形成氢键,使构象稳定。
③两段肽链可以是平行的,也可以是反平行的。
即前者两条链从“N端”到“C端”是同方向的,后者是反方向的。
β-片层结构的形式十分多样,正、反平行能相互交替。
蛋白质的四级结构及其稳定性蛋白质作为生命体中最基本的分子机器,扮演着细胞内许多关键功能的角色。
它们通过特定的三维空间结构实现其功能,而这个结构的稳定性则对蛋白质的功能和生物学活性产生重要影响。
蛋白质的三维结构可被分为四个层次,分别是一级结构、二级结构、三级结构和四级结构。
本文将讨论这些结构及其与蛋白质稳定性的关系。
一级结构是指蛋白质的氨基酸序列。
氨基酸顺序的不同决定了蛋白质的种类和功能。
通过化学键连接氨基酸残基的方式,形成了多肽链。
这一级结构的稳定性对于维护蛋白质的整体结构和功能至关重要。
二级结构是指多肽链中部分区域的局部折叠方式,常见的二级结构包括α-螺旋和β-折叠。
螺旋结构由多个氨基酸残基围绕中心轴旋转形成,而β-折叠则是由多个延伸的链之间的氢键相互连接而成。
二级结构的稳定性受到氨基酸残基间氢键的影响,氢键的形成和破坏直接决定了二级结构的稳定性。
三级结构是指蛋白质整体的立体构象。
这个结构是由具有相似序列的多肽链在空间中相对位置的排列所决定。
蛋白质的立体构象是通过水合效应、疏水效应和静电相互作用等力的平衡来维持的。
任何造成这些力的改变都有可能影响蛋白质的稳定性。
四级结构是指两个或多个多肽链相互结合形成的多肽复合物。
这种结构可以通过非共价键(如离子键、范德华力、氢键等)或共价键(如二硫键)来稳定。
多肽链间的相互作用对四级结构的形成和稳定性起着至关重要的作用。
蛋白质的四级结构和稳定性的关系非常密切,任何一个结构层次的改变都可能导致蛋白质失去功能或功能受损。
例如,突变可以改变蛋白质的氨基酸序列,从而破坏一级结构的稳定性;氢键的改变可以影响二级结构的稳定性;环境条件的变化可以导致三级结构的改变;而对于四级结构的改变会直接影响多肽复合物的稳定性。
总之,蛋白质的四级结构及其稳定性是保证蛋白质正常功能的重要因素。
在探索蛋白质的功能和生理活性时,我们必须深入理解这些结构,并探索各层次之间的相互关系。
只有这样,我们才能更好地理解蛋白质的生物学功能以及其在疾病和药物研发中的重要作用。
蛋白质的四级结构名词解释
1. 第一级结构- 氨基酸序列
蛋白质的第一级结构指的是蛋白质分子中氨基酸的线性排列顺序。
氨基酸是蛋白质的基本单元,蛋白质的性质主要依赖于氨基酸序列的种类、数量和分布。
2. 第二级结构- α-螺旋和β-折叠
蛋白质的第二级结构指的是氨基酸在空间中的排列方式。
其中,α-螺旋是一种由氢键连接的螺旋状结构,β-折叠则是由氢键连接的折叠状结构。
不同的氨基酸序列会形成不同的第二级结构,从而影响蛋白质的功能和性质。
3. 第三级结构- 溶液中的三维结构
蛋白质的第三级结构指的是蛋白质分子在溶液中的三维形态。
它是由氨基酸在空间中的排列方式所决定的。
蛋白质的第三级结构决定了其功能和稳定性,例如酶的催化活性和抗体的特异性。
4. 第四级结构- 多个蛋白质分子之间的相互作用
蛋白质的第四级结构指的是由多个蛋白质分子相互作用形成的大分子复合物。
例如,许多脂蛋白是由多个蛋白质分子和脂质分子组成的。
蛋白质的第四级结构也可以影响蛋白质的功能和稳定性。
蛋白质的四级结构及其在生物体中的功能蛋白质是生物体中最重要的分子之一,在维持生命活动中扮演着重要角色。
蛋白质的四级结构是指其在空间结构上的层次分布,包括了原子间的相互作用和分子内的组织方式。
正是蛋白质的四级结构决定了其丰富多样的功能。
本文将详细阐述蛋白质的四级结构及其在生物体中的功能。
Introduction引言蛋白质是由氨基酸构成的,具有复杂的结构和多样的功能。
它们在生物体内发挥着重要的作用,包括催化反应、传递信号、结构支撑和运输物质。
蛋白质具有四级结构,分别是一级结构、二级结构、三级结构和四级结构,每个层次都对其功能起着关键性的作用。
一级结构一级结构一级结构是指蛋白质中氨基酸的线性序列。
蛋白质的一级结构由20种氨基酸按照一定顺序组成,这种序列的独特性决定了蛋白质的功能。
例如,胰岛素就是由51个氨基酸组成的多肽,其一级结构的特定序列决定了其能够在体内调节血糖水平。
二级结构二级结构二级结构是指蛋白质中多个氨基酸之间的局部空间排列方式。
最常见的二级结构形式是α-螺旋和β-折叠。
α-螺旋是一种右旋螺旋形式,其结构稳定并且能够有效地进行分子间相互作用。
β-折叠则是由平行或反平行的β链相邻排列而形成的结构,提供了分子的稳定性和结构刚性。
三级结构三级结构三级结构是指蛋白质中各个二级结构之间的空间排列方式。
蛋白质的三级结构通常是通过非共价键(如氢键、离子键和范德华力)形成的,这些键可以将蛋白质的不同部分粘在一起。
三级结构的形成对于蛋白质的功能至关重要,因为它决定了蛋白质的空间构型和对其他分子的识别和结合能力。
四级结构四级结构四级结构是指蛋白质由多个亚基组装而成的空间结构。
有些蛋白质由一个亚基组成,而另一些则由多个亚基组装而成。
亚基之间通过共价键或非共价键相互连接,形成一个整体结构。
四级结构的形成使得蛋白质能够承担特定的功能,如催化反应或传递信号,从而对生物体的正常运作起到关键作用。
结论结论蛋白质的四级结构是其在空间结构上的层次分布,包括了原子间的相互作用和分子内的组织方式。
论述一、二、三、四级蛋白质结构及其检测方法?蛋白质定义:由一条或多条多肽链以特殊方式结合而成的生物大分子,通常是将分子量在6000道尔顿以上的多肽称为蛋白质。
一、蛋白质一级结构:(一)定义:蛋白质的一级结构又称为共价结构或化学结构,它是指蛋白质中的氨基酸按照特定的排列顺序通过肽键连接起来的多肽链结构。
氨基酸残基主要通过肽键连接,有些蛋白质中含有二硫键。
(二)检测方法:二硝基氟苯(DNFB)法、丹磺酰氯法、氨肽酶法、C-末端氨基酸测定(肼解法、还原法、羧肽酶法)二、蛋白质二级结构:(一)定义:蛋白质分子中某一段肽链的局部空间结构,即该段肽链主链骨架原子的相对空间位置,只涉及肽链主链的构象及链内或链间形成的氢键。
并不涉及氨基酸残基侧链的构象。
主要的化学键为氢键。
(二)检测方法:构象的研究方法:X射线衍射法、核磁共振光谱法、圆二色谱CD、紫外-可见差光谱、荧光探针法、激光拉曼光谱法、红外光谱法、关联规则与遗传算法。
三、蛋白质三级结构:(一)定义:整条肽链中全部氨基酸残基的相对空间位置。
即肽链中所有原子在三维空间的排布位置。
主要的化学键:疏水键、离子键、二硫键、氢键和配位键稳定维系三级结构的作用。
(二)检测方法:同源建模(比较建模SWISS-MODEL)法、穿针引线方法(折叠识别方法)、从头预测法、最速下降法、牛顿法、共轭梯度法、遗传算法、分解-结合法、离散化方法、分子动力学法、混合预测方法、粒子群优化算法(PSO)。
四、蛋白质四级结构:(一)定义:有些蛋白质分子含有二条或多条多肽链,每一条多肽链都有完整的三级结构,称为蛋白质的亚基。
蛋白质分子中各亚基的空间排布及亚基接触部位的布局和相互作用,称为蛋白质的四级结构。
亚基之间的结合力主要是疏水作用,其次是氢键和离子键。
(二)检测方法:线性降维法:Swiss-Prot数据库中抽取数据集进行四级结构预测。
Quat-PRE方法:综合运用mRMR方法和SVM的wrapper方法进行四级结构预测。
解释蛋白质的四级结构
嘿,你知道吗?蛋白质这家伙可有大学问呢!蛋白质的四级结构,
就像是一个超级团队的组合。
咱就拿一场足球比赛来类比吧。
比如说,一个足球队里有前锋、中场、后卫和守门员(这就好比蛋白质的不同
亚基),他们各自有着不同的职责和特点,但只有当他们团结协作,
共同组成一个完整的队伍时,才能在球场上发挥出最大的作用,去赢
得比赛(这就类似蛋白质四级结构形成后发挥功能)。
蛋白质的四级结构就是指由多个具有独立三级结构的多肽链(也就
是亚基)通过非共价键相互结合形成的聚合体。
你想想啊,每个亚基
就像是球队里的一名球员,都有着自己独特的能力和作用。
比如说血红蛋白,它就是由四个亚基组成的。
这四个亚基就像是四
个小伙伴,紧密地合作着。
当氧气出现的时候,它们就一起行动起来,把氧气抓住,然后运送到身体需要的地方去。
这多神奇啊!
再看看肌红蛋白,它虽然只有一个亚基,但它也有着自己的重要使
命呀。
在我们身体里,蛋白质的四级结构起着至关重要的作用呢。
它决定
了蛋白质的功能和活性,就像球队的战术决定了比赛的胜负一样。
如
果四级结构出了问题,那可不得了,就好像球队里队员之间不配合了,那还怎么赢得比赛呀?我们的身体也会出现各种问题呢!
总之,蛋白质的四级结构真的超级重要,它让蛋白质变得更加复杂和多样化,也让我们的身体能够正常地运转。
你现在是不是对蛋白质的四级结构有了更深刻的理解呢?我觉得啊,了解这些真的很有意思呢,能让我们更好地认识自己的身体呀!。
蛋白质四级结构名词解释
蛋白质是生物体内最基本的分子之一,它们由氨基酸单元组成,通过化学键连接在一起,形成线性的多肽链。
在特定的条件下,多肽链会折叠成特定的三维结构,这种结构被称为蛋白质的构象。
蛋白质的构象可以分为四个层次,分别是:
1. 一级结构:指多肽链的线性序列,即氨基酸的排列顺序。
2. 二级结构:指多肽链的局部折叠形态,主要有α-螺旋和β-折叠两种形式。
3. 三级结构:指整个多肽链的空间构型,由二级结构之间的相对位置和方向决定。
4. 四级结构:指由两个或多个多肽链相互作用形成的复合物,如由多个多肽链组成的酶或抗体等。
蛋白质的四级结构对其功能和性质具有重要影响,因此对其结构的研究具有重要意义。
在学习蛋白质四级结构时,可以通过模型、图表等方式进行辅助学习,同时也需要掌握相关的蛋白质结构分析方法和技术。
蛋白质4级结构
蛋白质的四级结构是指在多亚基蛋白质中,各个具有独立三级结构的亚基通过非共价键相互连接和排列所形成的整个蛋白质分子的
空间构象。
这种高级结构是由亚基之间的相互作用稳定下来的,包括氢键、离子键、疏水作用力、范德华力以及有时候辅以金属离子或小分子配体的作用。
每个亚基本身就是一条折叠成特定三维结构的多肽链,即拥有完整的三级结构。
当多个这样的亚基结合在一起时,它们之间复杂的相对空间排列决定了整个蛋白质复合体的功能和生物学活性。
简单来说,蛋白质的四级结构描述的是一个蛋白质分子如何由多个亚基装配成
一个功能单元的过程和结果,这对于许多酶、受体、转运蛋白等生物大分子执行其生理功能至关重要。
蛋白质的四级结构特点
蛋白质的四级结构是指蛋白质的多条多肽链之间相互作用所形成的更为复杂聚合物的一种结构形式。
其主要特点包括:
1. 亚基的空间排列:蛋白质四级结构主要描述蛋白质亚基空间排列以及亚基之间的连接和相互作用,不涉及亚基内部结构。
2. 亚基间的相互作用力:蛋白质亚基之间主要通过疏水作用、氢键、离子键等作用力形成四级结构,其中最主要的是疏水作用。
3. 非共价键连接:四级结构中,各亚基间的结合力主要是非共价键,如疏水键、离子键和氢键等。
4. 动态特性:蛋白质四级结构并不是固定不变的,它可以随着环境条件的变化而发生改变,如温度、pH值和离子浓度等。
这种动态特性使得蛋白质能够适应不同的生理需求和环境变化。
综上所述,蛋白质四级结构的特点主要表现在亚基的空间排列、亚基间的相互作用力、非共价键连接以及动态特性等方面。
这些特点对于理解蛋白质的功能和作用机制具有重要意义。
蛋白质结构与分析方法蛋白质是生命体中的重要分子之一,其结构对生命活动的进行起着至关重要的作用。
因此,对蛋白质结构的研究成为了生命科学中一项重要的研究领域。
本文将探讨蛋白质结构及其分析方法。
一、蛋白质的结构蛋白质在生物大分子中占据非常重要的位置,其分子结构复杂,通常由氨基酸序列和三级结构组成。
氨基酸序列通常是指蛋白质中氨基酸的排列顺序,而三级结构则是指蛋白质在空间中所形成的特定的结构。
蛋白质的结构可以分为四个层次,即一级结构、二级结构、三级结构和四级结构。
其中,一级结构是指蛋白质分子中氨基酸的排列顺序。
二级结构是在氨基酸序列中的某一段区域内,相邻氨基酸之间的空间构象相同的规则局部结构,包括α-螺旋、β-折叠、β-转角等。
三级结构是指整个蛋白质分子的立体结构,由氨基酸序列和二级结构中相邻段之间的连接方式所决定。
四级结构则是指由两个或多个蛋白质分子组成的复合体。
二、蛋白质分析方法1. X射线晶体学X射线晶体学是研究蛋白质分子结构的主要方法之一。
该方法的核心是通过将蛋白质结晶成晶体,然后进行X射线衍射实验,从而获得蛋白质的高分辨率结构信息。
该方法已经被广泛应用于新药研发中。
2. 核磁共振核磁共振(NMR)技术是蛋白质结构分析的另一种重要方法。
在NMR技术中,蛋白质的解离产物(即单个的多肽链)被置于磁场中,并通过测量其核磁共振信号来测定蛋白质的三维结构。
与X射线晶体学不同,NMR技术可以直接测定溶液中的蛋白质分子结构。
3. 质谱质谱技术是一种高度敏感的分析方法,可以用于分离和测量蛋白质分子和其组成部分的质量。
通过将蛋白质进行裂解,并利用质谱仪对其进行分析,可以得到蛋白质的氨基酸序列和其分子量信息。
该方法已经被广泛应用于蛋白质组学领域。
4. 电泳电泳技术是利用电场在非均质介质中移动带电颗粒的技术。
通过将蛋白质在凝胶上进行电泳,可以根据蛋白质分子的质量和电荷特性分离出不同大小和电荷的蛋白质,进而进行进一步的分析。
蛋白质的四级结构
蛋白质是生物体最重要的构成部分之一,它们可以在生物体内发挥重要的生物功能。
蛋白质有一种称为“四级结构”的特殊结构。
这种结构由肽链、二级结构、三级结构和四级结构组成。
蛋白质的四级结构是构成蛋白质功能的基础。
蛋白质的肽链是由氨基酸序列组成的,氨基酸的个数和顺序不同会导致蛋白质的结构和功能发生变化。
肽链的不同段落会经由氢键和疏水性相互作用而形成二级结构,从而形成一种特定的曲折结构。
这种曲折结构变成更复杂的形状而形成三级结构。
这种三级结构又由氢键和疏水性作用而形成四级结构,使蛋白质的四级结构变得更为复杂。
四级结构是蛋白质的最重要结构之一,具体来说,它们可以改变蛋白质的结构,从而改变蛋白质的功能。
四级结构可分为几种,例如α-螺旋、β-转角折叠、π-螺旋等。
四级结构是蛋白质结构和功能
之间最重要的关联。
四级结构中最常见的,尤其是α-螺旋,是维持
蛋白质结构并为蛋白质提供稳定性的结构元素。
随着对蛋白质结构的深入研究,人们越来越理解蛋白质的四级结构。
目前,分子生物学家正在利用电子显微镜以及其他技术来研究蛋白质的四级结构,从而更好地了解蛋白质的结构和功能。
同时,人们也在努力开发新的药物以调节蛋白质的功能,以治疗多种疾病,比如癌症和免疫系统疾病。
总之,蛋白质的四级结构是蛋白质结构和功能之间最重要的关联,因此研究这种结构对于人们了解蛋白质结构和功能具有重要意义。
随
着科学技术的发展,人们将能够更加全面地了解蛋白质的四级结构,以实现药物分子设计,开发更有效的治疗方法。
蛋白质的一二三四级结构的化学键蛋白质是生物体内的重要分子,它们在细胞的结构、功能和代谢过程中发挥着重要的作用。
蛋白质的一二三四级结构是指蛋白质分子在空间中的不同层次的结构组织。
这些结构是通过化学键的形成和断裂来实现的。
一级结构是指蛋白质分子中氨基酸的线性排列顺序。
氨基酸是构成蛋白质的基本单位,它们通过肽键连接在一起,形成多肽链。
氨基酸的排列顺序决定了蛋白质的一级结构,也决定了蛋白质的功能和特性。
不同的氨基酸在生物体内以特定的顺序排列,从而形成不同的蛋白质。
二级结构是指蛋白质分子中氨基酸的空间排列形式。
在蛋白质分子中,氨基酸之间存在着不同的化学键,如氢键和范德华力等。
这些化学键使得蛋白质分子在空间中形成了特定的结构,如α螺旋和β折叠。
这些二级结构的形成是由氨基酸之间相互作用而产生的,它们对于蛋白质的稳定性和功能发挥起着重要作用。
三级结构是指蛋白质分子中不同区域之间的空间排列形式。
蛋白质分子通常由多个二级结构区域组成,这些区域之间通过各种化学键相互作用,形成了具有特定空间结构的蛋白质分子。
这些化学键包括氢键、离子键、疏水作用等,它们使得蛋白质分子在空间中形成了复杂的结构,从而决定了蛋白质的功能和特性。
四级结构是指蛋白质分子中多个多肽链之间的空间排列形式。
在某些蛋白质分子中,多个多肽链通过化学键相互连接,形成了复杂的结构。
这些多肽链之间的连接方式有多种,如共价键、离子键和范德华力等。
这些化学键使得蛋白质分子在空间中形成了特定的结构,从而决定了蛋白质的功能和特性。
蛋白质的一二三四级结构是相互关联、相互依存的。
一级结构决定了蛋白质的二级结构,而二级结构决定了蛋白质的三级结构,三级结构又决定了蛋白质的四级结构。
这些结构之间的相互作用使得蛋白质分子在生物体内发挥着各种重要的功能。
对于理解蛋白质的结构和功能,以及设计合成新的蛋白质具有重要意义。
蛋白质的一二三四级结构是通过化学键的形成和断裂来实现的。
这些结构决定了蛋白质的功能和特性,对于生物体的正常运行起着重要作用。
蛋白一级二级三级四级结构特征蛋白质是生物体内广泛存在的一类重要有机物,它们在维持生命活动、调节代谢、传递信号以及构建细胞结构等方面起着重要的作用。
而蛋白质的功能与其结构密切相关,蛋白质的结构可以分为一级、二级、三级和四级结构。
一级结构是蛋白质最基本的结构,也是由所有蛋白质共有的结构单元组成。
一级结构是由氨基酸的线性排列组成的,氨基酸之间通过肽键连接。
氨基酸是蛋白质的构建单元,共有20种不同的氨基酸。
蛋白质的一级结构决定了蛋白质的种类和序列。
二级结构是一级结构的进一步组织,主要有α-螺旋和β-折叠两种形式。
α-螺旋是由蛋白质链的某一部分呈螺旋状排列而成,螺旋中的氨基酸侧链向外延伸。
β-折叠是由蛋白质链的某一部分呈折叠状排列而成,折叠中的氨基酸侧链向上下延伸。
二级结构的形成主要依靠氢键的作用,使蛋白质链折叠成特定的形状。
三级结构是指蛋白质链在空间上的折叠形态,是蛋白质空间结构的整体。
三级结构的折叠是由一级和二级结构之间的相互作用所决定的。
这些相互作用包括氢键、离子键、范德华力和疏水效应等。
蛋白质的三级结构决定了其功能和稳定性。
四级结构是指由两个或多个蛋白质链相互组合而成的整体结构。
这些蛋白质链之间通过非共价键或共价键相互连接。
四级结构的形成使得蛋白质链之间形成稳定的空间结构,并且增加了蛋白质的功能多样性。
蛋白质的一级、二级、三级和四级结构共同决定了蛋白质的功能和性质。
一级结构决定了蛋白质的种类和序列,二级结构决定了蛋白质的折叠形态,三级结构决定了蛋白质的空间结构,四级结构决定了蛋白质的组装方式。
不同的结构特征使得蛋白质具有了不同的功能和性质。
蛋白质的一级、二级、三级和四级结构是蛋白质结构层次的不同表现形式,它们相互作用、相互依存,共同决定了蛋白质的功能和性质。
对于研究蛋白质的功能和调控机制,了解蛋白质的结构特征是至关重要的。
通过对蛋白质结构的深入研究,可以揭示蛋白质的生物学功能以及与疾病之间的关联,为药物设计和治疗提供理论依据。
论述一、二、三、四级蛋白质结构及其检测方法?
蛋白质定义:由一条或多条多肽链以特殊方式结合而成的生物大分子,通常是将分子量在6000道尔顿以上的多肽称为蛋白质。
一、蛋白质一级结构:
(一)定义:蛋白质的一级结构又称为共价结构或化学结构,它是指蛋白质中的氨基酸按照特定的排列顺序通过肽键连接起来的多肽链结构。
氨基酸残基主要通过肽键连接,有些蛋白质中含有二硫键。
(二)检测方法:
二硝基氟苯(DNFB)法、丹磺酰氯法、氨肽酶法、C-末端氨基酸测定(肼解法、还原法、羧肽酶法)
二、蛋白质二级结构:
(一)定义:蛋白质分子中某一段肽链的局部空间结构,即该段肽链主链骨架原子的相对空间位置,只涉及肽链主链的构象及链内或链间形成的氢键。
并不涉及氨基酸残基侧链的构象。
主要的化学键为氢键。
(二)检测方法:
构象的研究方法:X射线衍射法、核磁共振光谱法、圆二色谱CD、紫外-可见差光谱、荧光探针法、激光拉曼光谱法、红外光谱法、关联规则与遗传算法。
三、蛋白质三级结构:
(一)定义:整条肽链中全部氨基酸残基的相对空间位置。
即肽链中所有原子在三维空间的排布位置。
主要的化学键:疏水键、离子键、二硫键、氢键和配位键稳定维系三级结构的作用。
(二)检测方法:
同源建模(比较建模SWISS-MODEL)法、穿针引线方法(折叠识别方法)、从头预测法、最速下降法、牛顿法、共轭梯度法、遗传算法、分解-结合法、离散化方法、分子动力学法、混合预测方法、粒子群优化算法(PSO)。
四、蛋白质四级结构:
(一)定义:有些蛋白质分子含有二条或多条多肽链,每一条多肽链都有完整的三级结构,称为蛋白质的亚基。
蛋白质分子中各亚基的空间排布及亚基接触部位的布局和相互作用,称为蛋白质的四级结构。
亚基之间的结合力主要是疏水作用,其次是氢键和离子键。
(二)检测方法:
线性降维法:Swiss-Prot数据库中抽取数据集进行四级结构预测。
Quat-PRE方法:综合运用mRMR方法和SVM的wrapper方法进行四级结构预测。
最近邻居算法:从蛋白质一级序列出发,利用蛋白质序列氨基酸组成、二肽组成以及混合组成方法对蛋白质单聚体、二聚体、三聚体、四聚体、五聚体、六聚体和八聚体进行分类研究。