jasperreport初级中文学习教程之报表参数
填充一个报表的主要输入是：报表模板，参数和数据源。本章将介绍这些参数，并在接下来的章节中，我们将介绍数据源。
参数是在报表填充操作传递给报表引擎的对象引用。参数传递有用的数据到报表引擎，它可以不通过数据源来传递的数据是有用的。如作者姓名，报告等的标题数据，可以通过参数传递。Jasper报表模板或JRXML模板可以包含零个或多个参数的元素。
参数声明
参数声明很简单，如下所示：
name属性
parameter>元素的name属性是强制性的。它通过名称引用的参数在报表表达式。参数名应该是一个单词。它不应该包含任何特殊字符，如句号或逗号。class属性
class属性也是强制性的，它指定了参数值的类名。它的默认值是
https://www.doczj.com/doc/fc13790096.html,ng.String。这是可以改变的，以在运行时可用任何类。不论报表参数的类型，引擎采用构造于$P{}标记是用来报表表达，从而使手工投射不必要。
内置参数
以下是预定义的报表参数，准备在表达式中使用：
Parameter Name描述
REPORT_PARAMETERS
_MAP
包含所有用户定义和内置参数映射
REPORT_CONNECTION 这指向用于JDBC数据源的用户提供java.sql.Connection 中
REPORT_DATA_SOURC E 这是JRDataSource代表任一用户提供的实例中的内置的数据源类型或用户定义
REPORT_MAX_COUNT 这是一个https://www.doczj.com/doc/fc13790096.html,ng.Integer的值，从而允许用户从数据源限制记录。
REPORT_SCRIPTLET 这指向net.sf.jasperreports.engine.JRAbstractScriptlet和包含报表的scriptlet，由用户提供的一个实例
REPORT_LOCALE 这是一个java.util.Locale的实例，包含资源包所需的语言环境
REPORT_RESOURCE_B
UNDLE
这指向java.util.ResourceBundle对象和包含本地化的消息REPORT_TIME_ZONE这是一个java.util.TimeZone的实例，用于日期格式
REPORT_VIRTUALIZER 这是net.sf.jasperreports.engine.JRVirtualizerobject一个实例，以及用于网页的虚拟化（优化内存消耗）
REPORT_CLASS_LOAD ER 这是在报告充填过程中使用的加载，如图像，字体和子报表模板资源https://www.doczj.com/doc/fc13790096.html,ng.ClassLoader的实例
IS_IGNORE_PAGINATIO N 如果设置为https://www.doczj.com/doc/fc13790096.html,ng.Boolean.TRUE报告将在一个很长的网页和分页符来产生不会发生
例子
让我们通过ReportTitle和Author报表（由JasperReportFill.java生成）。经修订的文件
C:\tools\jasperreports-5.0.1\test\src\com\yiibai\JasperReportFill.java如下：
package com.yiibai;
import java.util.ArrayList;
import java.util.HashMap;
import java.util.Map;
import net.sf.jasperreports.engine.JRException;
import net.sf.jasperreports.engine.JasperFillManager;
import net.sf.jasperreports.engine.data.JRBeanCollectionDataSource;
public class JasperReportFill{
@SuppressWarnings("unchecked")
public static void main(String[]args){
String sourceFileName=
"C://tools/jasperreports-5.0.1/test/jasper_report_template.jasper";
DataBeanList DataBeanList=new DataBeanList();
ArrayList
JRBeanCollectionDataSource beanColDataSource=
new JRBeanCollectionDataSource(dataList);
Map parameters=new HashMap();
/**
*Passing ReportTitle and Author as parameters
*/
parameters.put("ReportTitle","List of Contacts");
parameters.put("Author","Prepared By Manisha");
try{
JasperFillManager.fillReportToFile(
sourceFileName,parameters,beanColDataSource);
}catch(JRException e){
e.printStackTrace();
}
}
}
POJO文件的内
容C:\tools\jasperreports-5.0.1\test\src\com\yiibai\DataBean.java如下所示：
package com.yiibai;
public class DataBean{
private String name;
private String country;
public String getName(){
return name;
}
public void setName(String name){
https://www.doczj.com/doc/fc13790096.html,=name;
}
public String getCountry(){
return country;
}
public void setCountry(String country){
this.country=country;
}
}
文件C:\tools\jasperreports-5.0.1\test\src\com\yiibai\DataBeanList.java的内容如下：
package com.yiibai;
import java.util.ArrayList;
public class DataBeanList{
public ArrayList
ArrayList
dataBeanList.add(produce("Manisha","India"));
dataBeanList.add(produce("Dennis Ritchie","USA"));
dataBeanList.add(produce("V.Anand","India"));
dataBeanList.add(produce("Shrinath","California"));
return dataBeanList;
}
/**
*This method returns a DataBean object,
*with name and country set in it.
*/
private DataBean produce(String name,String country){
DataBean dataBean=new DataBean();
dataBean.setName(name);
dataBean.setCountry(country);
return dataBean;
}
}
让我们添加参数
（jasper_report_template.jrxml）如下。将其保存到
C:\tools\jasperreports-5.0.1\test目录:
width="535"height="15" backcolor="#70A9A9"/> lineColor="#CCCCCC"/> height="15"/> verticalAlignment="Middle"> height="15"/> verticalAlignment="Middle"> width="535"height="14" backcolor="#E5ECF9"/> lineColor="#CCCCCC"/> height="15"/> verticalAlignment="Middle"> height="15"/> verticalAlignment="Middle"/> 报表生成 编译和执行使用常规Ant构建过程上面的文件。build.xml文件中的内容（根据目录保存C:\tools\jasperreports-5.0.1\test）情况如下。 导入文件-baseBuild.xml可以从环境设置章节中了解，并应放置在同一目录中的build.xml。 depends="compile,compilereportdesing,run" description="Launches the report viewer to preview the report stored in the.JRprint file."> fork="true"> description="Compiles the JXML file and produces the.jasper file."> classname="net.sf.jasperreports.ant.JRAntCompileTask"> 接下来，让我们打开命令行窗口并转到build.xml文件放置的目录。最后执行的命令ant-Dmain-class=com.yiibai.JasperReportFill（viewFullReport是默认的目标），如下所示： C:\tools\jasperreports-5.0.1\test>ant -Dmain-class=com.yiibai.JasperReportFill Buildfile:C:\tools\jasperreports-5.0.1\test\build.xml clean-sample: [delete]Deleting directory C:\tools\jasperreports-5.0.1\test\classes [delete]Deleting: C:\tools\jasperreports-5.0.1\test\jasper_report_template.jasper [delete]Deleting: C:\tools\jasperreports-5.0.1\test\jasper_report_template.jrprint compile: [mkdir]Created dir:C:\tools\jasperreports-5.0.1\test\classes [javac]C:\tools\jasperreports-5.0.1\test\baseBuild.xml:28: warning: 'includeantruntime'was not set,defaulting to build.sysclasspath=last; set to false for repeatable builds [javac]Compiling7source files to C:\tools\jasperreports-5.0.1\test\classes compilereportdesing: 正如上文编译的结果，JasperViewer窗口打开如下面的屏幕： 在这里，我们看到的是，报表头"List Of Contacts"，并着有"Prepared By Manisha"显示在报表的开头。 同为比较常用的报表工具，FineReport在报表制作和实现各种效果过程中所需代码量远小于jasperreport，而且FineReport中大部分的报表代码细节被隐藏，呈现出的是是可视化的设计过程，具体到报表参数部分，如下： 参数控件绑定数据 1.描述 FineReport为了让用户快速的实现参数查询数据功能，提供了专门的参数界面，用来放置与查询相关的控件，如下图： 2.示例 根据下图我们制作一个简单的查询界面，从而了解参数查询界面的具体制作方法。 2.1打开报表 打开报表：%FR_HOME%\WebReport\WEB-INF\reportlets\doc\Primary\Para meter\Parameter.cpt，这张模板是模板参数章节的示例模板，该模板中添加了参数界面，以此模板为例来讲述参数界面的一些使用方法。 2.2参数布局 按照下图所示，将控件拖至相应的位置，如下： 另：参数界面采用绝对布局方式，因此可以将控件拖至面板中的任何位置。 2.3参数控件编辑风格 默认的参数控件都是文本框，有时如希望使用日期控件来选择日期，或者下拉框直接选择数据，这就需要为参数控件定义编辑风格了。 如将地区控件设为下拉框。选中地区控件，选择控件中的扳手，在下面的对话框中选择控件类型为下拉框： 注：如果已经选择控件类型之后，又需要重新修改，那么需要删除原来的控件，再在控件列表中拖拽您需要的控件类型至参数面板中，然后修改控件名与参数名称一致即可。 然后在属性表的基本属性>数据字典中，按照下图设置下拉框的数据： 注：给控件设置数据字典，即为控件绑定待选值，一般适用于下拉框、下拉树这类可以直接选择值的控件。 另：如果控件与数据集参数绑定，数据集参数的默认值是无法传递到参数面板控件中的，控件默认值需要另外设置，详细请参照控件默认值，但是模板参数的默认值是可以传递到控件的默认值中的，无需再次设置。 2.4控件名称 参数与控件是通过控件名称进行绑定的，即控件名与参数名保持一致，如果参数控件是通过点击右下角的以下参数未生成按钮生成的，那么控件名会自动与参数就行绑定，如果是自己拖曳的，就需要在控件名属性处修改控件名，使之与参数名保持一致。 2.5保存报表并预览 保存并分页预览便可以看到效果了。 参数过滤 1.描述 用户在参数查询界面的控件中输入参数值，点击查询按钮，就将相应的数据查询出来了，这就是参数的过滤。 根据参数的类型不同，其参数过滤的方式不一样，分为模板参数和数据集参数。 2.模板参数的过滤 模板参数在与控件绑定之后，并没有进行关于查询数据的关联操作，即，如果直接进行分页预览，查询数据时是不会将控件中的参数值进行过滤的。 此时，需要在报表主体的数据列过滤条件中对参数进行过滤处理。 如下图，传入的参数amount金额，需要获取的数据为销售总额大于(参数值-500)，则可以如下使用公式进行参数处理： 操作完成之后，再次预览模板，就能对参数进行过滤了。 3.数据集参数的过滤 不同于模板参数，定义数据集如SELECT*FROM TableName WHERE ColName=${para}，其中${}中的内容为变量，即数据集参数，FineReport会将${}中的内容计算后形成字符串拼接至SQL中形成最终的可执行查询语句，发送到数据库端进行执行。${}可以直接对数据进行过滤。 如需要给传入的参数加上固定的字符串然后再用来过滤，此时sql可以写成SELECT*FROM[用户密码]where密码='${password+"123"}'若给参数password传递值“ZY”，此时${password+123}的结果就是ZY123，就可以查询出密码是ZY123的数据了。 故，数据集参数控件绑定数据之后，无需下一步操作，就可以预览模板，查看效果了。 参数界面设置 1.描述 FineReport为了让用户快速的实现参数查询数据功能，提供了专门的参数界面，用来放置与查询相关的控件，并且可以对参数界面进行简单的属性设置。 下面我们来一一介绍参数界面的属性设置。 2.是否显示参数界面 有时用户希望能够自己控制是否显示参数界面，用户可以在参数设计界面设置是否显示参数窗体，也可以再访问报表时，在URL后面添加参数&__pi__=false来控制不显示参数面板。 参数界面设置 是否显示参数窗体可以通过在参数界面面板中直接设置，如下图，切换至参数面板编辑界面，点击参数界面的空白处，选中参数界面，在右侧的属性表中将显示参数窗体的勾去掉，就不会显示参数界面： 通过__pi__参数控制 访问报表时在URL后面加上&__pi__=false就可以强制报表不显示参数界面（报表定义了参数界面且设置了显示参数窗体）； 例如：localhost:8075/WebReport/ReportServer?reportlet=GettingStarted.c pt&__pi__=false。 注：pi前后都是两个英文的下划线。 3.点击查询前显示报表内容 润乾报表常用函数 1.to函数说明：生成一组连续的整数数据 语法：to(startExp,endExp{,stepExp}) 参数说明： startExp 整数数据开始的表达式 endExp 整数数据结束的表达式 stepExp 整数数据步长的表达式 函数示例： to(1,5)=list(1,2,3,4,5) to(1,5,2)=list(1,3,5) to(-5,-10,-2)=list(-5,-7,-9) to(-10,-8)=list(-10,-9,-8) 2.select函数说明：从数据集的当前行集中选取符合条件的记录 语法： datasetName.select( sort_exp: 数据排序表达式。当此项为空时先检查desc_exp是否为空，如果为空，则不排序，否则使用select_exp排序。rootGroupExp 是否root数据集表达式 返回值：一组数据的集合，数据类型由select_exp的运算结果决定函数示例： 例1：ds1.select( name ) 从数据源ds1中选取name字段列的所有值, 不排序 例2：ds1.select( #2, true ) 从数据源ds1中选取第二个字段列的所有值并降序排列 例3：ds1.select( name,false,sex=='1') 从数据源ds1中选取性别为男性的name字段列的值并升序排列 例4：ds1.select( name, true, sex=='1', id ) 从数据源ds1中选取性别为男性的name字段列的值并按id字段降序排列 3.Int函数说明：将字符串或数字转换成整数 语法：int( string ) int( number ) 参数说明： string 需要转换的字符串表达式 number 数字，如果带有小数位，转换后小数位被截掉 图解blast验证引物教程 1、进入网页：https://www.doczj.com/doc/fc13790096.html,/BLAST/ 2、点击Search for short, nearly exact matches 3、在search栏中输入引物系列： 注：文献报道ABCG2的引物为5’-CTGAGATCCTGAGCCTTTGG-3’; 5’-TGCCCATCACAACATCATCT-3’ （1）输入方法可先输入上游引物，进行blast程序，同样方法在进行下游引物的blast程序。这种方法叫繁琐，而且在结果分析特异性时要看能与上游引物的匹配的系列，还要看与下游引物匹配的系列——之后看两者的交叉。 （2）简便的做法是同时输入上下游引物：有以下两种方法。输入上下游引物系列都从5’——3’。 A、输入上游引物空格输入下游引物 B、输入上游引物回车输入下游引物 4、在options for advanced blasting中： select from 栏通过菜单选择Homo sapiens【ORGN】Expect后面的数字改为10 5、在format中： select from 栏通过菜单选择Homo sapiens【ORGN】Expect后面的数字填上0 10 6、点击网页中最下面的“BLAST！” 7、出现新的网页，点击Format！ 果。 （1）图形格式： 图中①代表这些序列与上游引物匹配、并与下游引物互补的得分值都位于40～50分 图中②代表这些序列与上游引物匹配的得分值位于40～50分，而与下游引物不互补 图中③代表这些序列与下游引物互补的得分值小于40分，而与上游引物不匹配 通过点击相应的bar可以得到匹配情况的详细信息。 （2）结果信息概要： 从左到右分别为： A、数据库系列的身份证：点击之后可以获得该序列的信息 B、系列的简单描述 C、高比值片段对（high-scoring segment pairs, HSP)的字符得分。按照得分的高低由大到小排列。得分的计算公式＝匹配的碱基×2＋0.1。举例：如果有20个碱基匹配，则其得分为40.1。 D、E值：代表被比对的两个序列不相关的可能性。【The E value decreases exponentially as the Score (S) that is assigned to a match between two sequences increases】。E值最低的最有意义，也就是说序列的相似性最大。设定的E值是我们限定的上限，E值太高的就不显示了 E、最后一栏有的有UEG的字样，其中： U代表：Unigene数据库 E代表：GEO profiles数据库 G代表：Gene数据库 Blast 2.4.0+本地化详细流程（基于Windows系统） 1.程序获得。从NCBI上下载Blast本地化程序，下载地址： ftp://https://www.doczj.com/doc/fc13790096.html,/blast/executables/blast+/LATEST/ 64×安装版▲ 64×解压（绿色）版▲ 最好安装或解压到X盘根目录：如X:\blast，尽量简短，方便后边命令输入。 2.原始序列获得。方法1：找到转录组测序数据unigene数据库文件：unigene.fasta 或unigene.fa，若为unigene.fa则直接改后缀为.fasta即可。找到或修改后将数据库文件移动至Blast本地化程序目录“X:\blast\bin”。方法2：从NCBI中的ftp 库下载所需要库，链ftp://https://www.doczj.com/doc/fc13790096.html,/blast/db/FASTA/，其中nr.gz为非冗余的数据库，nt.gz为核酸数据库，month.nt.gz为最近一个月的核酸序列数据。下载的month.nt.gz先用WINRAR解压缩，然后用makeblastdb.exe格式化。方法3：利用新版blast自带的update_blastdb.pl进行下载，这需要安装perl程序。 注释：上述三种方法各有优缺点，前两种下载速度较快，但是每次进行检索都需要对数据库进行格式化（转化成二进制数据），第三种方法下载速度较慢，但是NCBI 中已经格式化好的，在进行本地检索时不需再进行格式化，直接用即可。 3.用文本编辑器（txt文件改名字及后缀）创建一个ncbi.ini文件，文件包含下 面内容：[NCBI]Data="C:\blast\data\" 先新建TXT文件，然后改属性，将ncbi.ini文件存放到C:\Windows 4.将Blast本地化程序目录添加路径中（该步骤非必须，但会给以后的操作带来 方便），方法： a)右击我的电脑选择属性，选择高级，点击环境变量，设置环境变量 b)系统变量中，选择Path，点击“编辑”，在变量值的后面添加Blast本地化 程序所在路径，E:\blast 点击确定，将安装路径添加到path。 5.运行MS-DOC。打开DOC窗口（点击开始，选择运行，打开的输入框中输 入“CMD”，确定），访问Blast本地化程序所在文件夹，依次输入：（1）X: 回车；（2）cd blast\bin，回车。 润乾常用函数数值计算 函数说明：abs(numberExp) 计算参数的绝对值 语法： abs(numberExp) 参数说明： numberExp 待计算绝对值的数据 返回值： 数值型 示例： 例1：abs(-3245.54) 返回：3245.54 例2：abs(-987) 返回：987 函数说明：cos(numberExp) 计算参数的余弦值，其中参数以弧度为单位 相关的函数有sin() 计算参数的正弦值 tan() 计算参数的正切值 语法： cos(numberExp) 参数说明： numberExp 待计算余弦值的弧度数 返回值：double型 示例： 例1：cos(pi()) 返回：-1 例2：cos(pi(2)) 返回：1 函数说明：eval( StringExp ) 动态解析并计算表达式 语法： eval( StringExp ) eval( StringExp, SubRptExp ) eval( StringExp, DataSetExp ) 参数说明： StringExp 待计算的表达式串 SubRptExp 嵌入式子报表对象，一般是含有子报表的单元格 DataSetExp 数据集对象，一般是ds函数 返回值：表达式的结果值，数据类型由表达式决定 示例： 例1：eval( "1+5" ) 返回6 例2：eval("B2+10", A1) 其中A1为嵌入式子报表，表示计算A1子报表中的B2+10 例3：eval("salary+100", ds("ds1")) 表示计算数据集ds1中salary加100 函数说明：exp(nExp) 计算e的n次幂 语法： exp(nExp) 参数说明： nExp 指定次幂数 返回值：数值型 示例： 例1：exp(4.3) 返回：73.69979369959579 函数说明：fact(nExp) 计算参数的阶乘 语法： fact(nExp) 本地blast的详细用法 Posted on 03 四月 2009 by 柳城，阅读 9,626 本地blast的详细使用方法 blast all -p blastn -i myRNA.fasta -d humanRNA.fasta -o myresult.blastout -a 2 -F F -T T -e 1e-10 解释如下： blastall: 这是本地化/命令行执行blast时的程序名字！(Tips:blastall直接回车就会给出你所有的参数帮助，但是英文的) -p: p 是program的简写,program在计算机领域中是程序的意思。此参数是指定要使用何种子程序，所谓子程序，就是针对不同的需要，如核酸序列和核酸序列进行比对、蛋白质序列和蛋白质序列进行比对、假设翻译后核酸序列于蛋白质序列进行比对，选择相应的子程序: blastn 是用于核酸对核酸 blastp 是蛋白质对蛋白质序列等等，一共5个自程序。 -i: i 是input的简写，意思是输入文件，就是你自己的要进行比对的序列文件(fasta格式） -d: d是database的简写,意思是要比对的目标数据库,在例子中就是humanRNA.fasta (别忘了要formatdb) -o: o是output的简写，意思是结果文件名字，这个根据你自己的习惯起名字，可以带路径，(上边两个参数-i -d 也都可以带路径) *注意以上4个参数是必须的，缺一不可，下面的参数是为了得到更好的结果自己可调的参数，如果你不加也没有关系，blastall程序本身会给一个默认值！ -a: 是指计算时要用的CPU个数，我的机器有两个CPU，所以用-a 2，这样可以并行化进行计算，提高速度，当然你的计算机就一个CPU,可以不用这个参数，系统默认值为1,就是一个CPU -F: 是filter的简写，blastall程序中有对简单的重复序列和低复杂度的一些repeats过滤调，默认是T (注意以后的有几种参数就两个选项，T/F T就是ture,真，你可以理解为打开该功能; F就是false，假，理解为关闭该功能) -T: 是HTML的简写，是指blast结果文件是否用HTML格式，默认是F!如果你想用IE看，我建议用-T T -e: 是Expectation value，期望值，默认是10，我用的10-10！ BLASTALL 用法 a.格式化序列数据库 格式化序列数据库— —formatdb formatdb简单介绍: formatdb处理的都是格式为 ASN.1和FASTA，而且不论是核苷酸序列数据库，还是蛋白质序列数据库；不论是使用Blastall ，还是Blastpgp，Mega Blast应用程序，这一步都是不可少的。 formatdb命令行参数: formatdb - 得到formatdb 所有的参数显示（见附录二）和介绍， 主要参数的说明: N C B I在线B L A S T使用方法与结果详解 IMB standardization office【IMB 5AB- IMBK 08- IMB 2C】 N C B I在线B L A S T使用方法与结果详解 BLAST（BasicLocalAlignmentSearchTool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。 BLAST采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。 Blast中常用的程序介绍： 1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。 2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。 3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。 4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。 5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。 NCBI的在线BLAST： 下面是具体操作方法 1，进入在线BLAST界面，可以选择blast特定的物种（如人，小鼠，水稻等），也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列。不同的blast程序上面已经有了介绍。这里以常用的核酸库作为例子。 2，粘贴fasta格式的序列。选择一个要比对的数据库。关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。一般的话参数默认。 3，blast参数的设置。注意显示的最大的结果数跟E值，E值是比较重要的。筛选的标准。最后会说明一下。 4，注意一下你输入的序列长度。注意一下比对的数据库的说明。 5，blast结果的图形显示。没啥好说的。 6，blast结果的描述区域。注意分值与E值。分值越大越靠前了，E值越小也是这样。7，blast结果的详细比对结果。注意比对到的序列长度。评价一个blast结果的标准主要有三项，E值（Expect)，一致性(Identities)，缺失或插入（Gaps）。加上长度的话，就有四个标准了。如图中显示，比对到的序列长度为1405，看Identities这一值，才匹配到1344bp,而输入的序列长度也是为1344bp（看上面的图），就说明比对到的序列要长一 图解blast验证引物教程 ——以文献报道的人类的ABCG2的引物为例 1、进入网页：https://www.doczj.com/doc/fc13790096.html,/BLAST/ 2、点击Basic BLAST中的nucleotide blast选项 3、完成2操作后就进入了Basic Local Alignment Search Tool界面 （1）在Enter Query Sequence栏中输入引物序列： 注：文献报道ABCG2的引物为5’-CTGAGATCCTGAGCCTTTGG-3’; 5’-TGCCCATCACAACATCATCT-3’ 简便的做法是同时输入上下游引物。输入上下游引物系列都从5’—3’。输入上游引物后，加上≥20个字母n，再输入下游引物，如下图： （2）在Choose Search Set栏中： Database根据预操作基因的种属定了，本引物可选Human genomic + transcript或 Others (nr etc.)。本人倾向于选后者，觉得此库信息更多。如下图： （3）在Program Selection中：选择Somewhat similar sequences (blastn)项，如下图： （4）在此界面最下面：如下图 Show results in a new window项是显示界面的形式，可选可不选，在此我们选上了。关键要点击Algorithm parameters参数设置，进入参数设置界面。 4. 参数设置： （1）在General Parameters中：Expect thresshold期望阈值须改为1000，大于1000也可以； 在Word size的下拉框将数字改为7。如下图： 报表使用手册 报表使用手册 XX股份有限公司 中国济南 目录 1概述.............................................................................................................................. - 3 - 2安装.............................................................................................................................. - 3 - 2.1准备好安装程序.......................................................................................... - 3 - 2.2安装中的选项.............................................................................................. - 3 - 2.3授权文件配置.............................................................................................. - 4 - 3报表制作...................................................................................................................... - 5 - 3.1报表制作要求.............................................................................................. - 5 - 3.2制作一张报表的步骤.................................................................................. - 5 - 3.3启动报表设计器.......................................................................................... - 6 - 3.4连接数据源.................................................................................................. - 7 - 3.4.1 数据源对话框......................................................................................... - 7 - 3.4.2 编辑数据源............................................................................................. - 7 - 3.4.3 注意事项................................................................................................. - 9 - 3.5设计报表格式.............................................................................................. - 9 - 3.5.1 格式设计................................................................................................. - 9 - 3.5.2 需注意事项........................................................................................... - 10 - 3.6定义参数.................................................................................................... - 10 - 3.6.1 参数的编辑........................................................................................... - 10 - 3.6.2 常用参数举例....................................................................................... - 11 - 3.7定义宏........................................................................................................ - 11 - 3.7.1 宏的编辑............................................................................................... - 11 - 3.7.2 常用宏举例........................................................................................... - 12 - 3.8建立数据集................................................................................................ - 12 - 3.8.1 数据集的编辑....................................................................................... - 12 - 3.8.2 常用数据集举例................................................................................... - 13 - 3.9设置单元格属性........................................................................................ - 14 - 3.9.1 数据集在单元格中应用....................................................................... - 14 - 3.9.2 显示格式............................................................................................... - 14 - 3.9.3 设置预警条件....................................................................................... - 15 - 3.9.4 增加动态背景色................................................................................... - 15 - 3.9.5 按参数隐藏列....................................................................................... - 16 - 3.9.6 主格应用............................................................................................... - 16 - 3.10报表预览.................................................................................................... - 17 - 3.11报表发布.................................................................................................... - 17 - 4报表部署.................................................................................................................... - 18 - 4.1部署位置.................................................................................................... - 18 - 4.2Web中显示................................................................................................ - 18 - 5重要概念.................................................................................................................... - 19 - 5.1数据源........................................................................................................ - 19 - 5.2数据集........................................................................................................ - 19 - 5.3参数............................................................................................................ - 19 - 5.4宏定义........................................................................................................ - 22 - 图解blast 验证引物教程 ——以文献报道的人类的ABCG2的引物为例 1、 进入网页：https://www.doczj.com/doc/fc13790096.html,/BLAST/ 2、 点击Basic BLAST 中的nucleotide blast 选项 3、 完成2操作后就进入了Basic Local Alignment Search Tool 界面 （1）在Enter Query Sequence 栏中输入引物序列： 注：文献报道ABCG2的引物为5’-CTGAGATCCTGAGCCTTTGG-3’; 5’-TGCCCATCACAACATCATCT-3’ 简便的做法是同时输入上下游引物。输入上下游引物系列都从5’— 3’。 输入上游引物后，加上≥20个字母n ，再输入下游引物，如下图： 生 物 秀 （2）在Choose Search Set 栏中： Database 根据预操作基因的种属定了，本引物可选Human genomic + transcript 或Others (nr etc.)。本人倾向于选后者，觉得此库信息更多。如下图： （3）在Program Selection 中：选择Somewhat similar sequences (blastn)项，如下图： （4）在此界面最下面：如下图 生物秀-专心做生物 w w w .b b i o o .c o m Show results in a new window 项是显示界面的形式，可选可不选，在此我们选上了。关键要点击Algorithm parameters 参数设置，进入参数设置界面。 4. 参数设置： （1）在General Parameters 中：Expect thresshold 期望阈值须改为1000，大于1000也可以；在Word size 的下拉框将数字改为7。如下图： （2）Scoring Parameters 无须修改 （3）Filters and Masking 中，一般来说也没有必要改 5．点击最下面一栏的BLAST 按钮，如图： 6.点击BLAST 按钮后，跳转出现如下界面： 7. 等待若干秒之后，自动跳转出现显示BLAST 结果的网页。该网页用三种形式来显示blast 的结果。 生物秀-专心做生物 w w w .b b i o o .c o m 本地Blast使用说明 一、软件的下载安装 1.1安装流程 建议安装在非系统盘，如将下载的 BLAST 程序安装到 E:\blast，生成bin、doc 两个子目录，其中 bin 是程序目录，doc 是文档目录，这样就安装完毕了。 1.2 设置环境变量 右键点击“我的电脑”－“属性”，然后选择“高级系统设置”标签－“环境变量”(图1)，在用户变量下方“Path”随安装过程已自动添加其变量值，即“E:\Blast\bin”。此时点击“新建”－变量名“BLASTDB”，变量值为“E:\Blast\db”(即数据库路径，图2)。 二、查看程序版本信息 点击 Windows 的“开始”菜单下的“运行”，输入“cmd”调出 MS-DOS 命令行，转到 Blast 安装目录，输入命令“blastn -version”即可查看版本，若能显示说明本地blast 已经安装成功。 三、使用 3.1本地数据库的构建 下载所需的数据（Fasta格式），将X 放到E：\blast\db 文件夹下，然后调出MS-DOS 命令行，转到E：\blast\db 文件夹下运行以下命令：格式化 数据库，命令为： makeblastdb -in 数据库文件 -dbtype 序列类型（核酸：nul;蛋白：prot）-title database_title-parse_seqids -out database_name-logfile File_Name 格式化数据库后，创建三个主要的文件——库索引(indices)，序列(sequences)和头(headers)文件。生成的文件的扩展名分别是：.pin、.psq、.phr（对蛋白质序列）或.nin、.nsq、.nhr（对核酸序列）。而其他的序列识别符和索引则包含在.psi和.psd（或.nsi 和.nsd）中。 3.2核酸序列相似性搜索 blastn -db database_name -query input_file -out output_file -outfmt "7 qacc sacc qstart qend sstart send length bitscore evalue pident ppos" 备注：qacc：查询序列Acession号；sacc：目标序列Acession号； qstart qend：分别表示查询序列比对上的起始、终止位置； sstart send：分别表示目标序列比对上的起始、终止位置； length：长度； bitscore：得分； evalue：E-Value值； pident：一致性； ppos：相似性 3.3 查看并获取目标序列： blastdbcmd -db refseq_rna -entry 224071016 -out test.fa 可以从数据库中提取gi号为224071016的序列,并且以fasta格式存入文 件 3.4蛋白质序列相似性搜索 Blastp -db database_name-query input_file -out output_file -outfmt "7 qacc sacc qstart qend sstart send length bitscore evalue pident ppos" 3.5 查看并获取目标序列：重复3.3 核酸BLAST： ?blastn程式——核酸序列比对。 ?MegaBLAST——可搜寻一批EST序列、长序列cDNA或基因体序列。 BLAST——Basic Local Alignment Search Tool——核酸与蛋白质序列比对工具。BLAST网页提供BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）程式、概述、使用说明与常见问题解答（网址：https://www.doczj.com/doc/fc13790096.html,/BLAST/）。 BLAST Program Selection Guide： https://www.doczj.com/doc/fc13790096.html,/blast/producttable.shtml#tab31 在做BLASTn的时候，系统会给出三个程序选项，分别是Highly similar sequences (megablast)， More dissimilar sequences (discontiguous megablast)，Somewhat similar sequences (blastn) 。 第一个选项megablast是对高度相似DNA序列间的比较。鉴别一段未知DNA序列的最好办法就是看看在公共数据库中这段序列是否存在。Megablast就是对那些具有高度相似（相似性95% 以上）的长序列片断所特别设计的一种序列比较工具。Megablast除了提供序列联配的显著性期望值域之外，还提供了一种百分值域。在进行序列比较时，用户可以同时调整这两个参数以优化搜索结果。 第二个选项discontiguous megablast，当序列之间的差异比megablast大时，一般选用这个程序。其算法的基本原理是将查询序列分为一个一个的小片断，我们把它叫做字，通过字与数据库序列相比较，如果能够精确匹配，则以这个字为种子向两边延伸，从而获得符合我们要求的相似性序列。discontiguous megablast所应用的字是不连续的，这使得他的搜索精确性在三种搜索程序中是最高的。其模板类型选项分为三种编码（0），非编码（1），两者都有（2）。在编码模式中，根据第三位碱基的摆动原理，只要第一个和第二个碱基能够精确匹配，那么第三个碱基可以忽略，不做比较。在字的长度相同的情况下，discontiguous megablast的精确度要高于blastn。 第三个选项Somewhat similar sequences (blastn)，这个程序比较的序列其相似程度可以非常低。它采用的算法与discontiguous megablast相同，只不过它的字是连续的。Blastn的字要比megablast短，所以其精确度要高于megablast，但是运算速度要慢一些。 注：字是影响blast灵敏度的一个主要参数，其取值要根据具体情况具体而定。 NCBI BLASTn: https://www.doczj.com/doc/fc13790096.html,/public_documents/vibe/details/NcbiBlastn.html 1 前言 鉴于目前报表开发没有一个统一的规范，每个开发的风格和习惯也不一致，所以动手写了这份报表开发文档，一来有助于统一大家的报表的风格，提供一些常见问题的解决方案，二来方便以后新人的学习使用。本人也是略懂皮毛，有什么错误和不足之处，欢迎大家补充修改。 2.报表工具安装 解压后运行runqian-v4.5.5-install.exe安装文件，按引导完成安装。其中，在初次打开报表文件和发布报表文件的时候（后续会提到），会提示我们需要lic文件，就是下图中的两个lic文件。 Figure 1 3.报表工具的使用 3-1 配置数据源 使用报表时需要先对数据源进行配置： Figure 2选择新建一个数据源： Figure 3 项目中默认使用的数据源名称为reportjndi.参考图3进行配置后，点击连接，进行数据源连接，这样就完成了报表服务器与数据库的连接。 3-2 新建报表 目前的报表形式分为两部分，一是用来显示查询结果的“报表名.raq”文件，另一个是用来提供查询条件的“报表名_arg.raq”文件。我们只需要在保存文件的时候，按上述格式命名，打开.raq文件时，会自动打开相关的_arg.raq文件。 3-3 结果显示报表设计 首先新建一张报表，直接点击左上角工具栏上的即可。按照给定的表样设计好报表名名、列名。如下图，这里提供一种样式当做参考模板，如客户无特殊需求，希望各开发按照统一的样式标准进行设计，有助于提高所有报表的统一性，后面还会提到一些规范，希望大家也可以遵守起来。 Figure 4 报表名这一行，采用黑色、二号字，加粗。列名采用白色、三号字，加粗，背景色使用淡紫色（颜色相近即可）。若每一列下面还要分列，则使用黑色、小三号字，结果数据使用黑色、四号字。 Figure 5 设定好报表样式后，开始根据逻辑进行取数，设置每一列的宽度时，如果需要在一行中完整显示的，要选择“按单元格内容扩大”，并去掉“自动换行”。 NCBI中Blast种类及使用简介 NCBI中Blast种类简介 1． Blast Assembled Genomes 在一个选择的物种基因组序列中去搜索。 2．Basic Blast 2.1 nucleotide blast--- 用核酸序列到核酸数据库中进行搜索，包括3个程序 2.1.1 Blastn----核酸序列（n）到核酸序列数据库中搜索，是一种标准的搜索。 2.1.2 megablast----该程序使用“模糊算法”加快了比较速度,可以用于快速比较两大系列序列。可以用来搜索一匹ESTs序列和大的cDNA或基因组序列, 适用于由于测序或者其他原因形成的轻微的差别的序列之间的比较 2.1.3 discontiguous megablast----与megablast不同的是主要用来比较来自不同物种之间的相似性较低的分歧序列。 2.2 Protein Blast 2.2.1 Blastp ---蛋白质序列到蛋白质序列数据库中搜索，是一种标准的搜索。 2.2.2 psi-blast---位点特异迭代BLAST —用蛋白查询来搜索蛋白资料库的一个程式。所有被BLAST发现的统计有效的对齐被总和起来形成一个多次对齐，从这个对齐，一个位置特异的分值矩阵建立起来。这个矩阵被用来搜索资料库，以找到额外的显著对齐，这个过程可能被反复迭代一直到没有新的对齐可以被发现。 2.2.3 PHI-BLAST---以常规的表达模型为特别位置进行PSI - BLAST检索,找出和待查询序列具有一样的表达模型且具有同源性的蛋白质序列。 2.3 Translating BLAST 2.3.1 blastx----先将待查询的核酸序列按6 种读框翻译成蛋白质序列,然后将翻译出的蛋白质序列与NCBI 蛋白质序列数据库比较。 2.3.2 tblastn-----先将核酸序列数据库中的核酸序列按6 种读框翻译成 润乾报表设计器简易教程 建立一个新的报表由存储过程的编写和表样的设计两部分组成，其中，表样的设计是利 用润乾设计器进行的。用润乾建立一个新的表样可以分为以下几步：新建数据源、连接数据源、设置参数、设置数据集、绘制表样、预览表样。 在以下步骤说明中，以预算上报下达差异表为例进行说明。该报表的查询条件包括年度、 单位和模板。表样如下所示： 2010年预算上报下达差异表 制表部门：查询单位期间：2010年单位：万元 制表人：登录用户制表时间：2010-07-26 1新建数据源 配置数据源的目的是为了连接数据库。 配置的步骤如下： 打开设计器后，点击配置——数据源，打开配置数据源的界面。 点击新建，在数据库类型中根据实际情况选择数据库类型，针对TBM系统，选择的是关系数据库，点击确定。 在数据源常规属性设置页面进行数据源的设置，如下图所示： ?数据源名称：可以任意指定，建议采取tbmbj等名称对各地数据库进行直观性 区分。 ?数据库类型：选择对应数据库类型，TBM系统采用的是DB2数据库。 ?客户端字符集：指的是从数据库取出的数据在客户端展现时的字符编码，可以采用默认的GBK。 ?数据库字符集：指的是从数据库中取过来的字符编码，根据数据库的编码类型选择，可以采用默认的GBK。 ?驱动程序：输入“com.ibm.db2.jcc.DB2Driver”即可。 ?数据源URL：数据源URL的输入格式为jdbc:db2:// IP地址:端口号/数据库名，例如：jdbc:db2://192.168.168.6:50000/tbmbj。 ?用户、口令：数据库用户名和密码。 设置完成后，点击【确定】按钮，回到数据源配置界面，关系数据库类型的数据源就配置完成了，数据源配置界面中就列出了新建的数据源。 2连接和断开数据源 选中需要连接和断开的数据源后，点击数据源配置窗口的连接或断开即可。 3设置参数 此处设置的参数是指报表中需要的参数，包括报表的查询条件、从页面URL传过来的参数等。 对于预算上报和下达差异表，需要传入两类参数：一是查询条件，包括年份dateflag、单位dptid和模板groupid；二是从URL中传过来的参数，用于显示制表部门和制表人，其中指标部门即用户在查询条件中选择的单位，无需再次设置该参数，制表人即当前登录用户，因此需设置参数userid。由于从页面或URL传入的都是ID而不是名称，所以 在设置参数的时候也是设置的dptid而不是dptname，别的参数类似。 点击配置——参数，打开参数编辑页面，点击增加后在该页面增加一条参数记录；润乾报表常用函数
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