PAUP
（摘自生物信息学-基因和蛋白质分析的使用指南第九章，包括PHYLIP、PAUP、FastDNAml, MACCLADE, MEGA plus METREE, MOLPHY和PAML。）
开发PAUP（Swofford, 1997）的目的是为系统发育分析提供一个简单的，带有菜单界面的，与平台无关的，拥有多种功能（包括进化树图）的程序。在苹果机（Macintosh）上使用过PAUP程序（版本3）的人对这个程序的菜单界面都会很熟悉，虽然这个版本已经不再发行了。PAUP 3.0只建立于MP相关的进化树及其分析功能；而PAUP 4.0已经可以针对核苷酸数据进行与距离方法和ML方法相关的分析功能，以及其它一些特色。
获取和编译程序
在商业版本发行之前，现行的出版物中，有成打的分析使用了PAUP 4.0测试版本（由原作者通过blue@https://www.doczj.com/doc/e515416443.html,提供）。菜单界面的测试版本已经在Macintosh 68K 、PRC 计算机和微软的视窗操作系统上编译通过。命令行版本已经在Sun Sparc、Supersparc、DEC Alpha（OSF1和OPENVMS）、SGI（32位和64位）以及linux上编译通过。
初学的用户应该将其中一个菜单版本浏览一遍。在这些版本中也可以使用命令行，这样会使得命令教程会变得容易一些。通常而言，命令都有缩写。比如，要执行启发式进化树搜索的命令可以键入“hs[earch]”（大小写不敏感；括弧内的字符为选项）。而且，因为文件在各个平台之间都是可移植的，菜单版本可以用来测试数据文件。如果希望在一个很快的Unix机器上跑一个分析程序，这个协议就显得非常重要。如果文件格式出错，菜单版本不仅仅报告文件格式的错误，而且还会打开文件，将错误的地方高亮度显示。
数据格式
PAUP使用一种称为NEXUS的数据格式，这种格式还可以被MACCLADE程序使用，当然PAUP也可以输入PHYLIP, GCG-MSF, NBRF-PIR, HENNIG86数据格式以及文本比对（形如“{ name }
PAUP文件中的数据块可以包含附加的最优化信息，比如特征符和序列标签，丢失数据的定义以及特征符集和特征符权重集的定义；其语法同PAUP 3.0相同，
并且可以通过帮助文档进行交互式查询。一个PAUP文件还可以包含假定和进化树块。这些块的格式同MACCLADE程序所使用的格式基本相同，只有若干差异（Maddison and Maddison, 1992）；举个例子，MACCLADE不能识别空位模式，而空位模式在MP分析中将会把空位看作是附加的特征符状态
（FORMAT
在某些情况下，很难对数据进行手工格式化，这时就可以用菜单界面或者交互式的MACCLADE程序输出正确的格式文件。举个例子，可以通过PAUP菜单界面创建“假定集”。假定中可以包含一个外围集团的说明规范、特定分类群的排除以及特征符，如果是MP分析，还可以包含特征符权重和特征符类型的说明规范。假定还可以存储为一个合适的格式文件；打开一个数据文件的时候，就可以加载这个文件，或者，可以把注释粘贴到一个早先创建的文件中，以避免在并发的通话中需要将其加载。
PAUP也可以读取PHYLIP进化树的描述（从PHYLIP或者CLUSTAL输出），其中所提供的数据将被粘贴到一个NEXUS文件中的一个PAUP格式（begin trees;
建立进化树
目前PAUP中的进化树建立功能包括MP方法，如果是针对核苷酸序列，还有距离方法以及ML方法，使用的是fastDNAml算法（Olsen et al., 1994）。而且，PAUP执行Lake’s不变式方法（Swofford et al., 1996a; Li, 1997）。每一种建树程序都允许使用多种的选项。MP选项包括任意特征符权重方案的说明规范。距离选项包括对NJ, ME, FM（见PAUP发行附注re: PHYLIP）和UPGMA程序的选择。全范围的选项和他们的当前树枝可以通过菜单或者命令行进行查询（节约方法键入：pse [ ttings ] ?；距离方法键入：dse [ ttings ] ?；似然方法键入：lse [ ttings ] ?；）。距离方法和ML方法都有关于取代模型的详细的说明规范（取代数值，gamma, 以及不变位点的参数，假定相等，或者指定数值，或者经验的碱基频率）。任何进化树的这些参数都可以得到评估，只要设置参数数值为“est [ imate ]”, 并且用内存中一个期望使用的进化树执行“des [ cribe tree ]”命令（图9.7）。
根据同PAUP 4.0
不仅是因为PAUP对进化树进行重新排布时更加广泛，而且也是因为因为它对树枝长度的迭代的收敛标准更加严格）。
不管使用哪一种建树方法，PAUP都提供了多种的进化树搜索选项。这些选项包括产生初始进化树（启动进化树）的算法规范：NJ, 逐步相加，或者输入进化树。逐步相加的算法也提供大量的选项，包括分类群“原态”的加和（分类群按照文件顺序相加）：最接近的，最遥远的，或者对任意数目的复制品都是随机的。所有逐步相加算法的选项都考虑到了部分进化树的任意的最大数目，这些部分进化树是要保留下来并且在分类单元相加时进行扩建的。增大这个数目（比方说，增大到100）也就意味着增大了起始拓扑结构的多样性，即使他们并不是随机的。
一个随机的相加策略是默认的搜索策略的有用的补充（最近的相加，TBR交换，保存所有最好的进化树）。在随机搜索中，有大量的复制品可以同较快的NNI交换算法相结合。对于MP分析，可能存在这大量的长度相等的进化树，因此搜索时应该指定从每一个复制品中只保存一部分进化树，这些进化树同较慢的搜索的分值相当或者更好。而且，次优化的进化树的数目（这些进化树将会被交换，以寻找更好的进化树）应该受到限制，可以通过设定MAXTREES将其降至一个较小的数目（比方说，10）。通过这个策略，我们在浏览“进化树空间”区域时（这些区域很可能在较慢的搜索中被丢失），有时候会找到一些较好的进化树或者找到额外的唯一的最优化的进化树。可以指定随机相加的种子，但是默认值总是一样的。因此，除非更换种子，重复随机相加的搜索只能得到同样的结果。
评估进化树
对于距离方法、MP方法和ML方法，PAUP执行无参数的自引导方法和对折方法，在执行过程中用到了这些建树方法的所有可用的选项。除非另外指定，所有的自引导方法都才能够同样的种子开始（也就是说，重复同样的自引导分析，其结果相同）。如果自引导数值大于50%，则数值将会被绘制在进化树上；如果自引导数值处于50%和任何指定的下界之间，则这些数值将从表格输出中决定。
对MP方法进行自引导分析或者对折分析时，MAXTREES应该设为10和不超过100之间的一个数。这时因为，MP进化树中分解性较差的那部分在用重新取样得到的数据进行操作时，其分解性通常会更差；因此，一个复制品所找到的相同长度的进化树的数目很可能是一个天文数字。因为那些并不能够被全套数据集很好地支持的进化树树枝的自引导数值或者对折数值不会很高，所以，对MAXTREES加以限制（即便是有一些）不会对结果带来多少负荷，尤其是当复制品的数目增大到比方说1000的时候。
另外，PAUP执行Kishino�Hasegawa实验以比较MP或者ML进化树（见发行附注re: PHYLIP）；计算多个进化树的四种类型的一致性（通常是对多个长度相等的MP进化树进行操作）；计算MP进化树的逐步差异；评估指定分区之间的位点的信号冲突（比方说，在总和分析中，核内序列数据和细胞器序列数据）。
在PAUP中有不同的方法来确定一个约束进化树，但是最简单的方法是使用“loa [ d constraints ]”命令，从任何进化树文件或者任何数据文件中的进化树块中把一个或者多个进化树的定义输入到约束进化树缓冲中去。选择约束进化树
要限定“hs [earch ]”命令。如果使用菜单，这个过程会很简单；也可以通过“help loa [ dconstr ]”和“help hs [earch ]”命令查询命令行的语法。
其它特色
许多（但不是所有的）PAUP命令选项都是触发开关，因此在一次通话中一个已经设定的选项保持激活状态。在执行一个新命令或者程序之前，特别是在执行一个包含很多不同程序和数据集的复杂的会话之前，查询当前的设置是非常有用的；查询可以使用菜单，也可以在合适的地方直接键入命令
“{ command-name }
PAUP拥有一额外的附加的特色，在这里我们之涉及到其中的一部分：（1）、为画图、打印或者将PICT文件进化树（包括PHYLIP或者CLUSTAL进化树; 见图9.1）输出为若干种格式（但是，遗憾的是，不包括TreeDraw、PHYLODENDRON 和TREEVIEW的辐射图）的基本的图形特色；（2）、一个能够编辑数据文件和日志文件的文字编辑器，这个编辑器可以分成四个面板，以浏览一个很长的比对或者日志的不同部分；（3）、将输出存入一个新的日志文件，或者将输出附加到一个已经存在的文件中去；（4）、使用外围集团、指定的祖先、指定的祖先状态或者中点方法确定进化树的树根；（5）、计算MP和ML方法中特征符状态的重新构建（如果这个程序使用ML，精确度可能会好一些，但是非常慢，而且对于超过100个不同位点和50个分类群的数据集，几乎是不可实现的；输出结果可以被用来对一个进化树的变化进行手工标记）；（6）、序列之间双重碱基差异的总和（现在叫做“二核苷酸频率”，当然以后的版本可能会用其它名字）。
（网载）可量测实景影像的定义与应用以网格技术为代表的第三次Internet浪潮给信息化测绘创造了前所未有的大好条件，而以人性化服务和给予用户最大创造性空间的Web 2.0对“按规范测量”的传统提出了极大的挑战。如何提供“按需测量”的空间信息服务是摆在我们面前的严峻任务。本文作者提出的基于可量测实景影像的空间信息服务将为上述问题的解决提供一个切实可行的道路。以下将扼要介绍可量测实景影像（DMI）的获取方法及其与4D产品的集成应用。 一、信息化测绘的本质是为社会提供空间信息服务 随着信息技术、网络通信技术、航天遥感和宇航定位技术的发展，地球空间信息学本世纪将形成海陆空天一体化的传感器网络并与全球信息网格相集成，从而实现自动化、智能化和实时化地回答何时（When）、何地（Where）、何目标（What Object）发生了何种变化（What Change），并且把这些时空信息（即4W）随时随地提供给每个人，服务到每件事（4A服务：Anyone，Anything，Anytime and Anywhere）。 从这个意义上讲，我们必须大力推进信息化测绘的建设。要在已经建成的数字化测绘的体系上，抓好测绘生产内外业一体化、数据更新实时化、测绘成果数字化和多样化、测绘服务网络化和测绘产品社会化。而信息化测绘的本质和目标是为社会提供空间信息服务，回答各类用户提出的与空间位置有关的问题。二、现有的4D产品不能满足空间信息服务的需求 长期以来，测绘地形图是测绘的任务和目标，当前测绘成果称为4D产品，即数字高程模型（DEM）、数字正射影像（DOM）、数字线划地图（DLG）和数字栅格地图（DRG）。这些产品是由作业员根据规范的要求从原始航空/航天影像上采集、加工制作的。它们是有限的基础信息，称为基础地理信息，不能满足社会各行各业对空间信息的需求。大量用户需要的与专业应用和个人生活相关的信息，如电力部门的电力设施、市政城管的市政设施、公安部门重点布防设施（消防栓、门牌号码）、交通部门的交通信息、个人位置要求的快餐厅等细小的信息，这些均无法涵盖在传统的4D产品中。 例如公安地理信息系统中的基本信息来自4D产品的仅占20%，其余80%需
试题解析 Part I Listening Comprehension Section A 1．M ：I 'd like to have a single room with bath today. W ： I 'm sorry, but all the rooms are booked. Q ：What does the woman mean? 【解析】B 。本题为细节推理题。男士说自己想要个带浴室的单人间，女士说所有房间都 已订满。由此推断目前没有房间可以提供给男士。 2．W ： Excuse me, sir. Can you tell me how I can get to a bank nearby? M ： Go down the street, and turn left at the corner. You can 't miss it. Q ：Where does the conversation most probably take place? 【解析】C 。本题为细节推理题。女士询问怎么去附近的银行，男士给出了具体的路线。 这样的对话最可能发生在大街上。 3． M ： Susan, we 'll go camping this weekend. Would you like to join us? W ： Oh! Great! I like camping very much. Q ：What will they do at the weekend? 【解析】A 。本题为事实细节题。男士说周末要去露营，问女士是否愿意去，如能正确理 解女士的话 Great!（ 好的 ），本题就迎刃而解。 4．W ： What are the main products of your company? M ： We are a manufacture of household appliances. Q ：What does the company mainly produce? 【解析】D 。女士问公司的主要产品是什么，男士的回答说我们是家居用品生产商。 5．M ：Can I help you, madam? W ： Yes, I bought a mobile phone from your store, but it doesn 't work properly. Q ：What is the woman doing at the store? 【解析】A 。本题为细节推理题。从女士说的手机不能正常使用可以推断出女士去商店 对手机的质量进行投诉。 What kind of job is the man interested in? 【解析】 A 。问题询问男士对哪种工作感兴趣，男士的回答直接就是答案，也就是“我 Section B Conversation 1 W: M: W: M: W: M: W: M: W: M: W: Hi, Jack, what kind of work do you want to do when you finish university? I 've always been interested in anything related to computers. Wow! That s 'a job that pays well. Have you sent any application letters yet? Yes, I have. A few companies have invited me for an interview. Well done! How about you? But I haven 't decided yet. Which field would you like to work in? I have always fond of designing. Q6：
会员访谈：柯达图文影像集团大中华区总部财务总监潘钰 现今大学生的就业形势严峻，国内约有200万大学生将难以找到工作。缺乏工作经验、缺乏对自身特点和企业要求的了解，让大学生茫然不知所措。有人认为是扩招导致大学生人数过多。在一场指导大学生就业规划的讲座上，面对着三百多名期待获得“求职秘诀”的学子，潘钰提出了他的观点：中国在国际分工中所处的地位，决定了大学生结构性的失业。 探索成才之路 从当年走出贵州小城到上海闯荡，到如今成为跨国公司的财务总监，潘钰始终在努力成为中国经济所需要的人才，时刻保持着自强不息、奋发向上的精神。 生存第一的法则，在潘钰求学、就业的选择中发挥着重要的作用。为了毕业时容易找工作，这个曾经的文学青年报考了财务专业；尽管大学毕业时仍然对财务不抱好感，但为了能依靠这项优势在社会上立足，他冷静地认识到必须通过实践建立起扎实的财务基础。因此，当面临是留校任教还是进会计师事务所的选择时，他坚定地选择了后者。 那时他并没有设定很远的目标，只是一心要从山区走出去，闯一闯。然而，最初的职场之路潘钰走得并不顺利。他在上海找工作时四处碰壁，很多企业只招收北大清华等名校毕业生。潘钰空有一腔热血却求职无门。于是，他辗转到常州，在当地一家会计师事务所任职。 这段经历，让潘钰开始思索如何成为企业需要的人才。也是从那时起，他开始学习中国注册会计师（CICPA）。 来到上海后，潘钰就职的第一家外企是麦当劳。麦当劳并未因为他缺乏外企工作背景而将其拒之门外，相反，不仅破格录用而且直接任命他为财务主管。潘钰认为，让他脱颖而出的是他手握的两个“敲门砖”：一个是他用了三年的时间考取的注册会计师资格；另一个则是他不逊于大城市学生的英文能力。 经历过求职的艰辛，潘钰格外关注大学生就业以及人才培养难题。他认为，一方面，大学生毕业难以
常见系统发育软件使用方法 Xie Lei BJFU 1 Paup MP流程: Mac 准备nex文件(interleave和noninterleave均可) →存入新建文件夹→拖入paup或用paup打开→ execute → log file → cstatus → tstatus → hsearch →define outgroup →roottrees →savetrees →describetrees →contree(save to file) →save pict→bootstrap(save tree file) →print bootstrap tree→save pict. →stop log. PC版操作，可将附录批处理文件内容粘贴至nex文件后面，execute即可。 2 Paup ML 流程：Mac 准备nex文件(interleave和noninterleave均可) →存入新建文件夹→拖入paup或用paup打开→execute→从modeltest软件中打开paupblock运算检测模型→生成score file→打开modeltest中的bin读取score数据→生成结果文档→存档并打开此文档→AIC→将begin paup的运算模块贴至原nex数据文件后面→重新将其拖入paup运行→选择ML运算模式→hsearch→打印树图→save pict. →bootstrap. PC版操作，可将附录5批处理文件内容粘贴至nex文件后面，execute即可。
3 Garli运算ML流程： 准备nex文件(interleave) →存入新建文件夹→拖入paup或用paup打开→execute→输出noninterleave文档（若直接是noninterleave上述过程省略，又如果是PC机paup，无菜单操作，可在paup命令行中输入附录1*的命令回车即可生成noninterleave数据）。 使用noninterleave文档（数据中类群名称不得有单引号，空格，所有方括号中内容删除）→新建文件夹存入→按照流程2进行modeltest→在苹果机上打开Garli→导入数据→把model定好→run(切记此处不要激bootstrap选项) 将上次运算数据拷贝至一新建文件夹→导入苹果版Garli→激活bootstrap选项→定好model→run 所有结果用paup软件打开→save pict→打开bootstrap树→做50% majority rule contree→save pict. 注：Garli苹果和PC版都有，但是操作不同。 数据格式：和算PAUP一样的nexus格式，但是这个格式有很多注意事项，一些常见的小错误会造成软件无法运行。参见下列常见问题： 1 一定要noninterleave的数据，否则软件无法运算 2 [ ]虽然在mrbayes和paup中不成问题但是在garli中有影响，里面内容在算之前全部删除为好。 3 taxon名称中可以有下划线但是不得有空格，逗号句点等，否则无法运行。 Mac版
第三套模拟练习题参考答案 作文参考范文 Information Security The human beings are stepping into the information society. The information industry develops very rapidly, so do the hackers, trick-playing teens, exploring children, fraudsters, and serious white-collar criminals. Thus, information security becomes an impending important issue. In case of information breach, the victims-----government department, an organization or an institution, or a company will inevitably suffer great or small loss. Government may be threatened with national security. Companies may lose opportunities to develop new projects. And the public’s and users’ confidence will be damaged. Then how to deal with this issue? Technology is only a partial solution to information security. What’s more important is that organizations and companies should promote the awareness on information security to its staff. However, since no system can ever be 100 percent secure, a prevention-only approach to information security management is not enough. Companies and organizations should adopt a dual approach to information security management by combing prevention and detection techniques. 快速阅读参考答案 1. B).参见第一段中”In the past few years, human resources experts say time off has consistently placed among the top three employee concerns, along with compensation and staffing levels ...”可知，过去几年中雇员对休息时间的关注程度有所提高. 2. B).参见 A New Generation 小标题下”... younger workers are more likely to be ‘family-centric’or ‘dual-centric’(with equal priorities on both career and family) rather than ‘work-centric’when compared to members of the Boomer Generation.”可知，出生在生育高峰期的那代人与当代的年轻人相比，他们对工作的重视程度要大于对家庭的重视程度. 3. C).参见September 11th and the End of the Roaring Nineties小标题下”I started looking at things completely differently.”可知，Tony Jackson已经改变了对工作和生活的态度. 4. D).参见September 11th and the End of the Roaring Nineties小标题下”Even before September 11th, some experts say the slow shift in worker attitudes was already underway due to the end of the roaring 1990’s ...”可知，在9.11事件之前就有专家称：工人们对待工作的态度在喧嚣的20世纪90年代末已经开始发生转变. 5. A).参见September 11th and the End of the Roaring Nineties小标题下”... due to the fact that workers have been pushed to their limit in recent years.”可知，工人们的工作时间已经达到极限，这是他们改变了对工作的态度的原因. 6. D).参见Monetary Needs Less Intense Due to Dual Income Households 小标题下”Financial pressures are eased by both of them working and keeping a careful watch on their expenses.”可知，他们没有过大的经济压力是由于夫妻双方都有工作，而且不乱花钱. 7. D).参见Burnout小标题下”After a layoff, workers who remain behind are often asked to pick up most or even all the load of the people who were let go, requiring more and more hours at the office.”可知，裁员后，被辞退员工的工作通常由在职的员工帮助完成. 8. 20%.参见第一段最后一句”... but the desire for time off is up almost 20% from just three years ago when https://www.doczj.com/doc/e515416443.html, conducted a similar poll.”可知，与三年前的统计数据相比，要休息时间而不要补贴的人数上升了20%.
系统发育及群体遗传统计分析软件使用流 程(公开版 谢磊左云娟徐新伟 基础知识与注意事项: 1 interleave vs. noninterleave DNA序列数据分段显示为interleave格式,如果一行显示则为noninterleave 格式。 除了PAUP之外,几乎所有系统发育分析软件都要求noninterleave格式的数据。但是当几个片段的序列combine时会得到interleave格式的数据,这时候PAUP 能够识别运输interleave格式的优点就显示出来了。PAUP可以输出noninterleave 格式的数据,所以可以使用PAUP进行数据格式转换以得到能够用于其他软件的数据格式(MAC版PAUP进行菜单操作即可,PC版PAUP方法见附录1*。export format=nexus interleaved=no file=temp.txt (生成noninterleave文件命令 2 log file Log file就是在运算之前建立日志,运算的所有过程都会随时记录在一个文档当中便于以后查询。建议在每次使用PAUP算树时首先进行Log file。 3 存树 系统发育树的保存有两种方式,一种是存成nex格式的树文件,另一种是存成PICT格式的图文件。Nex格式的树文件是用按层次加括号的方式表示类群之间关系,如((A,B(C,D,这个文件可以用PAUP、MacClade或Treeview 打开生成文章需要的图文件。而图文件则是写文章时候需要的文件,一般可以用AI或WORD进行编辑修饰。建议每次运算都要保存树文件,因为树文件可以随时生成图文件,如果只保存图文件一旦数据出现损坏或丢失则需要重新运算。 4 写文章时需要的参数
Medeltest3.7： 准备工作： 下载modeltest软件windows版本，解压到系统盘，这里为C盘，我们这里将其置于根目录。 从https://www.doczj.com/doc/e515416443.html,/phylogenetics/modeltest.html该网站下载文件modelblockPAUPb10.txt和文件ML-search.txt。下载Paup4.0 1．打开paup，打开你自己的filename.nex文件，然后再打开并执行所下载的modelblockPAUPb10.txt文件。 Paup将运行并产生一个名为model.scores的文件。 2．将产生的model.scores文件与modeltest执行程序放置在相同的文件夹内，这里为C:\modeltest3.7\Modeltest3.7 folder\bin\modeltest3.7.win。 3．在开始－运行中输入cmd命令，确认，弹出一个dos界面的窗口，将其默认目录改为model.scores文件所在文件夹，修改方式为在dos窗口输入：cd 盘符：\filename\filename，确认，这里我们输入 cd C:\modeltest3.7\” Modeltest3.7 folder” \bin\。带有空格的文件夹名要用双引号括起来。 4．修改好后，在窗口内输入：Modeltest3.7.win.exe < model.scores > test.outfile，确认。在model.scores 所在文件夹内产生test.outfile文件，即我们所需要的文件。文件test.outfile的文件名可以修改。5．用记事本打开test.outfile文件，里面列出了两种检验标准LRT和AIC分别选出的最优DNA进化模型。6．如果你要在paup中利用最大似然法建树，那么只需将其中一种标准的对应命令拷贝到下载的ML-serch.txt文件中标记的位置，然后用paup打开你的nex文件之后执行该文件即可。或者将命令拷贝到你自己的ML批处理文件内执行。命令既是begin paup;和end;之间的部分。 7．如果是用于mrbayes分析，不能直接拷贝上述命令。 其中base即Base frequencies，代表各碱基出现的频率，顺序为A-C-G-T，其中T的频率没有列出来，不过这些值都可以在test.outfile中找到。在mrbayes中，对应于Statefreqpr选项，该选项默认状态为Dirichlet(1.0,1.0,1.0,1.0)，依次为A-C-G-T的频率，即各碱基的出现频率相同。在此需将该选项状态修改为fixed( )，括号中依次填入base中对应的值，中间逗号隔开，如Statefreqpr=fixed(0.1649,0.3340,0.3209,0.1801)。其中各值相加为1，但在mrbayes中，各值范围不定，各选项的值可同时乘或除以某值，如100，1000等，只要比例不变。如在此可修改为Statefreqpr=fixed(1649,3340,3209,1801)。 其中rmat即rate matrix，是碱基位点的变异频率或者说异质率（rate heterogeneity），共6个值，R(a) [A-C]，R(b) [A-G]，R(c) [A-T]，R(d) [C-G]，R(e) [C-T]，R(f) [G-T]。rmat命令中只列出前五个，最后一个R(f) [G-T]未列出，不过这些值都可以在test.outfile中找到。在mrbayes中，该命令对应于revmatpr选项，该选项默认状态为Revmatpr=Dirichlet(1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0)，括号中对应于rmat的各值，顺序不变，依次为[A-C]，[A-G]，[A-T]，[C-G]，[C-T]，[G-T]，各数值间用逗号隔开；在此，我们需将该选项状态修改为fixed，即recmatpr＝fixed( )，括号中依次填入rmat中对应的各值，如revmatpr＝fixed(1.0000,3.7410,1.0000,1.0000,2.0672,1.0000)。 其中pinvar即Proportion of invariable sites，是不变位点的比率或称among-site rate variation，在mrbayes 中对应于Pinvarpr选项，该命令默认为uniform状态，即pinvarpr = uniform(0,1)，取0-1内的一个值，0-1也是该选项的有效范围，在此，我们将该选项修改为fixed固定值选项，即pinvarpr=fixed( )，括号内填入pinvar中对应的数值，如pinvarpr=fixed(0.3076)。 其中Shape即Gamma distribution shape parameter，确定伽马分布的形状参数α，在mrbayes中对应于Shapepr选项，该选项默认状态为α范围内的均一分布，shapepr = uniform(0, α) ，在此修改为shapepr =fixed(1.5422)。 现在假设原命令是： lset Base=(0.1649 0.3340 0.3209) Nst=6 Rmat=(1.0000 3.7410 1.0000 1.0000 2.0672) Rates=gamma Shape=1.5422 Pinvar=0.3076; 修改后对应的mrbayes命令为： Lset nst=6 rates=gamma;
13年暑假社会实践报告 今年的暑假，又一次去接触了这个社会。放假后不久我便去了一个文印店开始了为期一个多月的假期社会实践。 第一天上班有点兴奋也有点紧张。两层楼的工作室分为两部分，一楼是处理图文的地方，也就是我工作的地方，这里放着几台电脑和打印机，一台智能复印件传真机，一台油印机和存放着各种不同大小颜色质地的纸张柜子。刚开始， 在学校里也许有老师分配说今天做些什么，明天做些什么，但在这里，不一定有人会告诉你这些，你必须自觉地去做，而且要尽自已的努力做到最好，一件工作的效率就会得到别人不同的评价。在学校，只有学习的氛围，毕竟学校是学习的场所，每一个学生都在为取得更高的成绩而努力。而这里是工作的场所，每个人都会为了获得更多的报酬而努力，无论是学习还是工作，都存在着竞争，在竞争中就要不断学习别人先进的地方，也要不断学习别人怎样做人，以提高自已的能力！记得老师曾经说过大学是一个小社会，但我总觉得校园里总少不了那份纯真，那份真诚，尽管是大学高校，学生还终归保持着学生的身份。而走进社会，接触各种各样的客户、同事、上司等等，关系复杂，但我得去面对我从未面对过的一切。在这次实践中，我感受很深的一点是，在学校，理论的学习很多，而且是多方面的，几乎是面面俱到；而在实际工作中，可能会遇到书本上没学到的，又可能是书本上的知识一点都用不上的情况。或许工作中运用到的只是很简单的问题，只要套公式似的就能完成一项任务。有时候我会埋怨，实际操作这么简单，但为什么书本上的知识让人学得这么吃力呢？这是社会与学校脱轨了吗？也许老师是正确的，虽然大学生生活不像踏入社会，但是总算是社会的一个部分，这是不可否认的事实。但是有时也要感谢老师孜孜不倦地教导，有些问题有了有课堂上地认真消化，有平时作业作补充，我比一小部分人具有更高的起点，有了更多的知识层面去应付各种工作上的问题，作为一名新世纪的大学生，应该懂得与社会上各方面的人交往，处理社会上所发生的各方面的事情，这就意味着大学生要注意到社会实践，社会实践必不可少。 虽然这一个月的实践虽然累但很充实，工作结束后，我也有了几点心得： 1：要善于沟通，有不懂的地方要及时向别人请教，不耻问人。在工作的时候虚心请教同事不仅能学到使用的东西，还能增进同事之间的友谊，融合的工作关系和氛围能事半功倍，还能拥有一个愉快的工作心情。 2：要有耐心和热情。对顾客的耐心是一种对他们的尊重，也是具有亲和力的表现。在这地方，文印店并不止这一家，让顾客在接受服务的时候能有舒心的感受才能建立起门店的口碑，增强竞争力。热情能够感染你周围的人，给人一种有好上进的印象，也容易让领导注意到你，看到你的努力。3：要勤快机灵，懂得给自己找事情，一些细节的关注，一些细微的工作会给人一种你真的用心的在关心公司的感觉。对于自己力所能及的小事不要偷懒，不管分内分外。 4：在社会中要克服自己胆怯的心态。开始放假的时候即将要去打假期工时，自己就害怕
用HYDRUS-1D模拟剖面变饱和度地下水流（简明手册） 王旭升 中国地质大学(北京) 目录 1. 如何获取HYDRUS-1D (2) 2. 版权声明 (2) 3. 参考资料 (3) 4. HYDRUS-1D的WINDOWS界面 (4) 5. 设计模型 (6) 6. 使用HYDRUS-1D创建模型 (7) 7. 输入模型控制信息 (7) 8. 水流模型——迭代计算参数 (10) 9. 水流模型——土壤水力特性模型 (11) 10. 水流模型——土壤水分特征曲线 (11) 11. 水流模型——边界条件 (12) 12. 水流模型——定水头或通量边界设置 (13)
13. 根系吸水——吸水模型 (14) 14. 根系吸水——水分胁迫参数 (15) 15. 输入可变边界条件的信息 (16) 16. 编辑土壤剖面——使用图形界面 (18) 17. 编辑土壤剖面——使用表格 (21) 18. 运行模型 (22) 19. 察看结果 (22) 20. 输出结果 (23) HYDRUS-1D是一个共享专业软件，用于模拟一维变饱和度地下水流、根系吸水、溶质运移和热运移。本手册只介绍应用HYDRUS1D模拟垂向剖面水流和根系吸水的操作方法。 1. 如何获取HYDRUS-1D HYDRUS-1D由位于欧盟捷克的PC-Progress工程软件开发公司发行，用户可以登录该公司首页: https://www.doczj.com/doc/e515416443.html,。为了下载HYDRUS-1D，应先注册成为用户，然后下载Hydrus-1D的安装文件：H1D_4_14.exe。这个文件对应目前HYDRUS-1D的最高版本。 2. 版权声明
Modeltest 3.5 (May 2004) ? David Posada dposada@uvigo.es http://darwin.uvigo.es/software/modeltest.html DISCLAIMER This program is free software; you can redistribute it and/or modify it under the terms of the GNU General Public License as published by the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or (at your option) any later version. This program is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU General Public License for more details.You should have received a copy of the GNU General Public License along with this program; if not, write to the Free Software Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA 02111-1307, USA. IMPORTANT: Note than only the last versions of Modeltest (3.x) are compatible with the new PAUP* version (4.0). Also consult the PAUP web page (https://www.doczj.com/doc/e515416443.html,/index.html) for potential bugs that may interfere with Modeltest HISTORY Version 3.5 (May 04):This is a minor update that does not affect the calculations., AIC weights were sorted by their value, but because these can be almost zero (zero for the computer) for several models, their order would not make sense in the light of the AIC values. Now the program order the AIC weights by the AIC scores. Version 3.4 (March 04): There was a typo printing the Rd value for K81uf+I. It was printing p-inv instead. (thanks to Michael Sorenson) Version 3.3 (Nov 03):Added options to include branch length estimates as parameters and to calculate AICc. Changed some option letters accordingly. Version 3.2 (March 03): Aesthetic changes. TrN+I had 5 df instead of 6. Version 3.1 (Jan 02): Akaike weights and AIC differences are now calculated. Several minor aesthetic variations. Version 3.07 (May 01): There was a bug that caused that the wrong set of likelihood scores to be printed in the first column when this option was selected. Version 3.06 (Apr 01): Print likelihood scores by default. In the windows version there was a bug by which the file scores.txt was always the standard input (Andy Vierstraete). Using GNU licencese (I should have done this a long time ago) (thanks to Naoki Takebayashi) Version 3.05 (Feb 01): In the windows version, the AIC[55] gave an AIC of 0 to the GTRIG. Now dimension is AIC[56] (Juan Suarez). TIM+G reported invariable sites instead of gamma shape (Cymon Cox) Version 3.04 (July 00): The program outputs now a block of commands to implement the likelihood
< >内为需要输入的内容，但不包括括号。所有命令都需要在MrBayes >的提示下才能输入。 文件格式： 文件输入，输入格式为Nexus file（ASCII，a simple text file，如图）： 或者还有其他信息： interleave=yes 代表数据矩阵为交叉序列interleaved sequences nexus文件可由MacClade或者Mesquite生成。但Mrbayes并不支持the full Nexus standard。 同时，Mrbayes象其它许多系统软件一样允许模糊特点，如：如果一个特点有两个状态2、3，可以表示为：(23)，(2,3)，{23}或者{2,3}。但除了DNA{A, C, G, T, R, Y, M, K,S, W, H, B, V, D, N}、RNA{A, C, G, U, R, Y, M, K, S, W, H, B, V, D, N}、Protein {A, R, N, D, C, Q, E, G, H, I, L, K, M, F, P, S, T, W, Y, V, X}、二进制数据{0, 1}、标准数据（形态学数据）{0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 5, 7, 8, 9}外，并不支持其他数据或者符号形式。 执行文件： execute
Model Test Four 试题解 析 Part I Listening Comprehension Section A 1． Are you Mr. Baker from America? A ． Never mind. B. Yes ， I am. C. No problem. D. Here it is. 解析】 B. 问题：你是从美国来的贝克先生吗 ? 答案： A ） 没关系。 B ） 我就是。 C ） 没问题。 只有答案 B 符合题意。 How do you like you work ？ A. I like it very much. B. T hat's a good idea. C ．Thank you ． D ． You ' re welcome ． 【解析】 A. 问题：你觉得你的工作怎么样 ? 答案：A ）我非常喜欢。B ）真是个好主意。C ） 只有答案 A 符合题意。 Would you give me the report ， Tom? A. Let 's go. B ．Don 't mention it ． C ．It 's delicious ． D. Here you are. 【解析】 D. 问题：请你将报告递过来好吗 ? 答案：A ）咱走吧。B ）别提了。C ）味道真好。 只有答案 D 符合题意。 4． What's your father ' s job? A. He's busy. B. H e's fine. C ．He 's fifty ． D. He's a doctor. 【解析】 D. 问题：你父亲做什么工作？ 答案：A ）他很忙。B ）他很好。 C ）他50岁了。 只有答案 D 符合题意。 5． Would you like a cup of coffee? A. That 's difficult. B ．It ' s sunny today. C. Yes ， please. D ． This way ， 【解析】 C. 问题： 答案： 2. 3． 这边。 D ） 给你。 谢谢你。 D ） 不用谢。 D ） 给你。 D ） 他是个医 生。 please ． 你要喝杯咖啡吗 ? A ）太难了。 B ）今天阳光明媚。 C ）好的，那就来一杯。 D ）请走 只有答案 C 符合题意。
项目工程图文影像资料管理制度 一、目的： 为完善施工中过程影像资料和竣工影像资料的管理，保证工程有据可查，且为东关大道工程一标段（安装专业）项目部影像资料的收集、整理、保存及移交归档，特制定本制度。 二、适用范围： 本制度适用于北京市通州运河核心区市政配套工程东关大道工程一标段（安装专业）工程影像资料的管理。 三、职责： 技术质量部专业质检员负责施工过程中影像档案资料的拍摄、收集；由项目部资料员负责整理保管。 四、管理规定： 1 影像资料管理内容： 1.1影像资料应能全面反映工程中主要分项、分部工程的质量验收与控制情况，记录施工全过程的质量状况。 1.2影像资料能切实反映施工控制状况，与工程建设进度配合，合理安排拍摄计划，循序渐进实施影像资料收集。 1.3影像资料能反映工程关键部位，隐蔽工程、关键工序和特殊过程等重点监督的内容，以及涉及质量、安全检验的具体操作情况。 1.4影像资料应全面反映工程异常情况及处理全过程。 2 影像拍摄质量要求：
2.1数码影像应具备主题鲜明、影像清晰、画面完整等特点。 2.2拍摄的角度、距离等应能保证影像资料反映所验收部位的质量状况。 2.3当拍摄设置的专项节点和需要空间部位反应时，应从多个角度拍摄记录。 3 影像资料管理要求： 3.1工程影像由专业质检员对各项工程在施工过程中进行跟踪拍摄。 3.2针对各项工程施工特点，筛选具有针对性的工程影像，进行分类收集保存。 3.3影像资料以设定的系统工程及主要专业作为归档单元，按分部、分项工程分类整理。 3.4项目部资料负责工程项目影像资料的最终收集、整理、保存及管理。 3.5影像电子文件命名规则：流水号+内容，（如001 0+750—0+755线槽安装）。 3.6影像资料存档规则：项目-----专业（配电、照明、排水、通风、设备等）------资料分类（工程过程、质量控制点、质量检查、安全检查、安全隐患点等）------影像文件 3.7重点项目控制点要在影像资料中加以说明标注。