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长非编码RNA与人类疾病调控机制的研究进展[1]

网络出版时间:2013-11-1415:16 网络出版地址:http ://https://www.doczj.com/doc/d914424019.html, /kcms /detail /34.1086.R.20131114.1516.001.html

◇讲座与综述◇

长非编码RNA 与人类疾病调控机制的研究进展

樊 波,徐昌水,梁尚栋

(南昌大学基础医学院生理学教研室,江西南昌 330006)

doi:10.3969/j.issn.1001-1978.2013.12.001文献标志码:A 文章编号:1001-1978(2013)12-1629-05

中国图书分类号:R?05;R342.2;R394.2;R36

摘要:在人类基因组中蛋白质编码基因小于2%,基因序列转录后主要形成由非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA)组成巨大的分子网络,它们在真核生物调节细胞活动中发挥核心作用三参与基因调控的非编码RNA 主要分为短非编码RNA 和长非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNAs)两类,大部分非编码RNA 研究都集中在短ncRNA三但研究表明,长非编码RNA 可作为基因调控网络中的主要参与者促进基因的转录调控,与各种人类疾病的机制密切相关三

关键词:长非编码RNA;基因转录;人类疾病;可变剪切;表观遗传;调控机制

收稿日期:2013-08-04,修回日期:2013-09-25

基金项目:国家自然科学基金资助课题(No 81171184,31060139,

30860086,30660059,81200853,81260187);江西省科技支撑计划-社会发展支撑计划重点项目(No 2010BSA09500);江西省教育厅科技项目(No GJJ13155,GJJ11058);江西省自然(青年)科学基金项目(No

20114BAB215022)

作者简介:樊 波(1988-),女,硕士生;研究方向:神经生理学和神

经药理学,E?mail:675436717@https://www.doczj.com/doc/d914424019.html,;

梁尚栋(1957-),男,教授,博士生导师;研究方向:神经生理学和神经药理学,通迅作者,Tel:0791?86360552,E?mail:liangsd88@https://www.doczj.com/doc/d914424019.html,

传统上认为RNA 是DNA 和蛋白质之间的中间介质三随着DNA 测序技术的发展,人们发现,在人类基因组中蛋白质编码基因小于2%[1]三然而,基因序列的主要转录可形成巨大的分子网络非编码RNA(ncRNA),并在真核生物调节细胞活动中发挥核心作用三在过去的10年中,尽管非编码RNA 研究已经取得较大进展,但大部分都集中在短ncRNA 的研究,包括小干扰RNA(small interfering RNA,siRNA)二微小RNA(microRNA,miRNA)和Piwi 蛋白相关的RNA(piR?NA)三长非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNAs)曾被认为是基因转录的 噪声”,它们没有执行生物学功能而被学者所忽略三新近研究表明,lncRNAs 作为基因调控网络中的主要参与者可促进基因的转录调控,与各种疾病机制密切相关三

1 lncRNA 的分类与生物学特性

1.1 lncRNA 的来源与分类 参与基因调控的非编码RNA (调节ncRNA)主要分为两类[2]:短非编码RNA (siRNA,

miRNA,piRNA)和长非编码RNA三其中,21-25nt 基因序列大小的为微RNA(miRNA)和小干扰RNA(siRNA),24-33nt 基因序列大小的为Piwi?相关RNA(piRNA),100-200nt 基因序列大小的为小分子RNA,而那些大于200nt 基因序列的为lncRNAs三与mRNA 一样,lncRNAs 是由RNA 聚合

酶转录,但它没有开放阅读框架[3]三

lncRNAs 主要来源于[2]:①蛋白质编码基因的转录:一

个蛋白质编码基因发生一次框插入,转变为一个与先前编码序列合并的有功能的lncRNA三例如,Xist 基因的外显子和启动子已被证明源于Lnx3蛋白编码基因;②基因重组:在染色质重排之后,两个不转录并且原来分隔很远的序列区域并在一起,产生了一个多外显子lncRNA;③非编码基因通过反转录转座作用复制,产生一个有功能的非编码逆转录基因,或者产生一个没有功能的非编码反转录假基因;④反转录转座作用产生功能性的反转录基因或无功能的逆转录假基因:局部的串联重复序列产生新非编码RNA,两次连续的重复事件在ncRNA 内部形成相邻的重复序列产生lncRNA;例如,Xist 和Kcnq1ot1基因的转录;⑤转位因子插入到基因中产生一个有功能的lncRNA三

基于lncRNAs 与mRNA 之间的关系,lncRNAs 可以分为5类[2]:①同义lncRNA:当与同一链上另一转录物的一个或多个外显子相重叠,称为同义lncRNA;②反义lncRNA:ln?cRNAs 的转录和相邻编码的转录被逆转三如果与另一条链(反义链)上的转录物外显子相重叠时,则称为反义lncRNA;

③双向lncRNA:lncRNAs 是在相同的反向方向与一个或多个外显子在相同的链中重叠这类lncRNA 的表达起始位点与其互补链上相邻编码转录物的表达起始点十分靠近;④内含子lncRNA:所有lncRNAs 来自另一转录物的一个内含子;⑤基因间lncRNA:位于两个基因之间的间隔区的ln?cRNA三

1.2 lncRNAs 的亚细胞位点与生物学特性 研究表明,约30%的lncRNAs 只在细胞核中被发现,约15%只在细胞质中被发现,而约50%定位在细胞核和细胞质中三这样的亚细胞分布表明lncRNAs 参与转录和转录后水平的基因调控三在转录水平,来源于启动子或者增强子的lncRNAs 充当起包括结合二收录或协调的转录激活物和抑制物的支架[1,4]三在转录后水平,lncRNAs 识别互补序列的能力能够高效专一地与mRNAs 相互作用三这为lncRNAs 尤其是反义转录子参与调节mRNA 的剪接二编辑二传输二翻译或降解提供了基础三四

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万方数据

研究表明,一些lncRNAs[如稳定未注释转录本(stable unan?notated transcripts,SUTs)和长基因间非编码RNA(long inter?genic ncRNAs,lincRNAs)]可通过它们编码的蛋白质,而不是

通过RNA本身起作用,表明一些lncRNA转录本的低级别翻译可以帮助提供蛋白质编码基因再生的原料[5]三此外,人类线粒体转录的深度测序揭示存在线粒体lncRNAs[6]三

2 lncRNAs的基因调控功能

新近研究发现,称为转录产物的lncRNAs在遗传学和转录中具有重要作用,是基因调控网络的主要参与者三尽管目前对lncRNA的研究不多,但一些少量lncRNA功能研究结果表明,lncRNAs主要通过以下3种途径在基因调控中发挥强大的潜在作用三

2.1 lncRNAs控制染色质重塑 研究表明,多种lncRNAs (包括Xist二Tsix和Xite)参与X染色体的失活,可以收集转录抑制复合物(如PRC2)介导基因沉默三Xist基因在失活的X染色体中有所表达,招募相关X染色体的复合物与X染色体结合而沉默X染色体三其可能机制是Xist基因/Rep A (Rep A是包含基因序列Xist5的1.6kb的lncRNA)与EZh2相互作用,然后吸收PRC2与Xist结合三作为Xist基因的反义RNA,Tsix制约Rep A和PRC2的结合和负调控Xist基因表达[7]三Tian等[8]发现,lncRNA Jpx被X染色体失活中心所编码,激活Xist基因的反义形式,以便Xist的活性被Jpx 和Tsix的正性和负性作用所控制三定位于细胞核中长度为91.5kb的Kcnq1ot1由Kcnq1基因中的第10内含子编码以及在反方向上被转录,它能够沉默Kcnq1区中数10个与父系基因印迹相关的基因三Kcnq1ot1与染色质相互作用,与H3K9和H3K27特定的组蛋白甲基转移酶G9a以及PRC2形成复合物,以特定的谱系方式沉默Kcnq1,而Kcnq1ot1也可与Dnmt1相互作用,保持等位基因甲基化[9]三Air能沉默父系等位基因(包括Igf2r二Slc22a2和Slc22a3),Air与Igf2r 启动子反义交叉抑制96%的Air RNA序列,包括在父系染色体中的沉默大量Igf2r二Slc22a2和Slc22a3等沉默基因的必需区域三

2.2 lncRNAs参与转录调控 lncRNAs可以顺式或反义形式通过多种机制在转录水平控制基因的表达三首先,ln?cRNA作为活性转录因子可以激活靶基因三比如,在中枢神经系统的生长发育中起着重要作用的DlX2,由DLX?5/6区域的两个超级保守增强子所调控三这些增强子其中的一个被转录成

3.8knt长的lncRNA Evf?2,招募转录因子DlX2与其结合,从而激活相邻的蛋白质编码基因的表达,提示lncR?NAs在激活转录中具有重要作用[10];其次,lncRNAs作为转录因子抑制物与转录因子竞争,在转录抑制上发挥作用三例如,定位于转录单位调节区域的信号诱导非编码RNA可以作为选择性配体发挥协作功能,在特定的信号反应中具有招募和调节不同类别RNA结合共调节子的活性,并为整合转录程序提供一个非编码RNA/RNA与蛋白结合方式[7]三2.3 lncRNAs参与转录后控制 由lncRNAs控制的mRNA 转录包括剪接二编辑二翻译和降解等[1]三许多反义lncRNAs 可以被哺乳动物的基因转录,这些反义lncRNAs与mRNA结合实现上述功能[11]三在转录后水平,lncRNAs可与mRNA 形成双链RNA控制基因表达三如Zeb2的反义RNA与Zeb2 mRNA的内含子在5′剪接位点形成双链RNA,从而控制内含子剪接;Zeb2蛋白表达所必需的核糖体结合位点也定位在同一区域;Zeb2的反义RNA因而能加强Zeb2蛋白的表达三lncRNAs也可以针对效应蛋白配合物,并且参与mRNA 剪接,该过程类似siRNA介导的RISC和mRNA结合三反义lncRNAs和mRNA的互补系列可形成一个局部发夹结构,从而产生一个内源性siRNA片段并发挥沉默作用[12]三

3 lncRNAs参与疾病的调控机制

lncRNAs几乎参与从转录到mRNA的剪接二RNA的降解和翻译的基因生命周期的每一个过程,而与疾病发生机制密切相关三

3.1 lncRNAs介导的表观遗传基因表达沉默 细胞周期蛋白激酶4b(INK4b)抑制蛋白二蛋白质可变阅读框(ARF)和细胞周期蛋白激酶4a(INK4a)抑制蛋白基因是与多种癌症有关的3种抑癌基因三INK4b抑制蛋白也是p15细胞周期蛋白依赖性激酶抑制蛋白(CDKN2B),其基因编码p15蛋白三INK4a抑制蛋白也是p16/细胞周期蛋白依赖性激酶抑制蛋白(CDKN2A),其基因编码p16蛋白三p15和p16均参与细胞周期调控三蛋白质可变阅读框(ARF)通过促进MDM2蛋白的降解来激活凋亡通路和抑制细胞周期三参与这个复杂过程的是反义lncRNA即ANRIL(INK4基因座的反义lncRNA),长30~40kb[13]三ANRIL为INK4b的反转录,ANRIL的表达与INK4a的表观遗传沉默有关三

研究表明,lncRNA ANRIL通过顺式作用元件介导抑制INK4a转录的作用机制[14]三改变ANRIL活性可能导致INK4b/ARF/INK4a基因沉默,导致癌症的发生三如在前列腺癌的组织中发现CBX7[PRC1(polycomb repressive complex 1)成员之一]和ANRIL的含量均增加,与INK4a的含量减少密切相关,ANRIL能引起INK4b/ARF/INK4a基因的异常沉默而成为癌形成的始动因子[14]三基因组相关研究(GWAS)表明,包含ANRIL的基因间区与冠状动脉疾病二颅内动脉瘤二2型糖尿病以及一些癌症有着明显的关联,在ANRIL中以及周围的特定单核苷酸多态性(SNP)位点与这些疾病的发展相关[13]三一些SNPs直接影响增强子的功能[15],而其它的SNPs则改变ANRIL转录子的转录和加工过程[16]三另外,lncRNA HOTAIR可通过重塑染色质结构影响癌症的发生三据报道,乳腺癌中HOTAIR表达量的增加与不良的预后和肿瘤转移有关[16]三HOTAIR通过反式作用元件使HOXD基因沉默,它通过与PRC2(polycomb repressive com?plex2)二(LSD1)?CoREST复合物作用形成模块化框架结构[17]三PRC2是一种可激活H3K27组蛋白甲基化酶,而LSD1是一种可识别H3K4me3标记的组蛋白甲基转移酶三使用一系列的缺失突变体,可将HOTAIR与相应蛋白质相互作用不可缺少的结构域映射到RNA的一级序列上三随着HOTAIR表达量增加,PRC2获得染色质新的靶标位点从而抑制一些转移抑制基因的转录三这些转移抑制基因沉默导致乳腺癌的转移[18]三因此,HOTAIR含量的改变将加强在

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异常肿瘤转移抑制靶标位点上PRC2的抑制作用,导致乳腺癌的发生三

3.2 lncRNAs介导的剪接调控 lncRNA MALAT?1介导早期的非小细胞肺癌(NSCLC)的转录三研究发现[20],MALAT?1可和参与剪接的核磷酸蛋白中SR(serine/arginine?rich)蛋

白家族相互作用来调控选择性剪接[19-20]三由染色体11q13转录的MALAT?1长6.5kb,含量多,主要位于核散斑三MALAT?1调节mRNA前体剪接因子在核散斑的分布,尤其影响SR蛋白的磷酸化位点[20]三在MALAT?1衰老细胞中,磷酸化位点错误和非磷酸化SR蛋白质的含量增加,导致外显子含量增加[20]三神经元中MALAT?1含量丰富,神经元与突触发生有关[19]三通过调节神经元中SR剪接因子的活性可调节控制突触发生二突触的含量以及突触形成基因的表达[19]三因此,在不同细胞类型中MALAT?1通过与特定mR?NA结构作用来调节转录后mRNA前体的加工三研究发现[20],MALAT?1在NSCLC转移肿瘤中的表达量是非转移肿瘤组织的3倍,MALAT?1为特定剪接因子的积累提供结合位点,如磷酸化SR蛋白质,这在一定程度上保证有效的选择性剪接三

3.3 lncRNAs介导的翻译调控 染色体11q23.3编码的保守RNA翻译出反义lncRNA淀粉样前体蛋白(APP)?切割酶(BACE1?AS)三BACE1?AS是由编码BACE1的反义链转录翻译而来,BACE1是一种天冬氨酰蛋白酶,在b位点切割APP形成淀粉样蛋白b肽(amyloid b?peptide,Ab),这两种物质有100nt相同,是由外显子6编码[21]三Ab神经肽的积累与许多神经系统疾病的发生有关,由此显示调控BACE1的催化活性至关重要[21]三阿尔采末病(Alzheimer’s disease, AD)患者中Ab二BACE1蛋白质二以及BACE1?AS浓度均较高,表明BACE1表达量的改变将导致疾病的发生[22]三BACE1的表达是由BACE1?AS严格调控,BACE1?AS控制着BACE1mRNA转录后的去向三在患有AD的人类受试者大脑中,BACE?1AS的含量与AD的严重程度有关[22]三

3.4 lncRNAs对细胞凋亡和细胞周期的调控 lncRNAs通过控制细胞生长参与整个细胞的行为调控三如lncRNA增长停滞特异性5(growth?arrest?specific5,Gas5)在应对营养饥饿时通过调节糖皮质激素的活性促使细胞凋亡[23]三Gas5与糖皮质激素受体(GR)的DNA结合结构域(DBD)作用,防止GR与同源糖皮质激素反应元件(GRE)作用三在正常条件下,GR靶基因可抑制细胞凋亡,如细胞凋亡抑制剂2 (cIAP2)可抑制细胞死亡的执行者半胱天冬蛋白酶(caspas?es)3二7和9三随着细胞生长停滞,Gas5的活性能增强GR与cIAP2GRE的结合能力,从而减少cIAP2的表达量,消除其对caspase的抑制作用[23]三Gas5的功能取决于它与GR蛋白的直接作用,其相互作用的位点是GR DBD和一个在539 -544nt和553-559nt之间包含有类似GRE序列的lncRNA Gas5原始序列的发夹结构,与自身免疫性疾病(如大鼠BXSB系的系统性红斑狼疮)的易感性相关[23]三研究发现,乳腺癌细胞中的Gas5转录水平明显降低,表明Gas5可以作为一种肿瘤抑制基因,维持caspase的活性而促使细胞凋亡[24]三此外,在黑色素瘤二B细胞淋巴瘤二前列腺癌和乳腺癌中检测到Gas5影响染色体易位,该染色体中含有Gas5基因的1q25位点[25]三综上所述,Gas5作为类固醇激素受体的转录因子转录诱导剂(称为riborepressors),调控着细胞凋亡与人类潜在疾病的发展三

参与细胞周期调控的另一种lncRNA是长基因间的ncRNA P21(lincRNA?p21),用来研究被p53调控的lincR?NAs[25]三在DNA损伤反应中,p53直接诱导lincRNA?p21的表达,lincRNA?p21是位于临近细胞周期调节基因的长3kb 片段Cdkn1a?3kb的转录三Cdkn1a?lincRNA?p21通过抑制干扰细胞凋亡的基因转录来抑制p53?依赖的转录反应三Lin?cRNAp21与核糖核蛋白K(hnRNP?K)相互作用形成复合物,抑制大量阻碍p53表达的基因转录三减少lincRNA?p21导致hnRNPK错误定位,并减少了与抑制p53表达基因启动子区域的作用三lincRNA?p21通过780nt区域的5′末端与hnRNP?K作用三lincRNA?p21可以通过诱导细胞凋亡程序触发细胞死亡,推测lincRNA?p21的功能丧失是导致癌症发生的一个重要因素[25]三

3.5 lncRNAs基因突变与疾病机制 lncRNAs是单个域的模块分子,其错误表达与许多疾病机制密切相关[18]三基因组中大部分序列被转录,突变的基因也被转录,潜在影响着大量的lncRNAs三因此,基因组中大部分的突变发生在非编码区和间隔区[26]三大规模的基因突变包括基因整段的缺失二扩增和染色体易位三小规模的基因突变涉及几个核苷酸的插入和丢失,而改变阅读框,这使基因表达可能不受影响二或者导致基因沉默二错义突变或导致翻译中断无义突变三3.5.1 lncRNAs与大规模突变 研究发现,一系列小的非编码RNAs(microRNAs)与人类白血病和癌症患者中染色体畸变有紧密的关系三microRNAs引起染色体畸变后影响许多lncRNAs的表达,造成癌症和其他疾病的发生三与精神分裂症和其它神经精神疾病紧密相关的一对染色体易位(1;

11)(q42.1;q14.3)会直接影响到1号染色体上的两个基因?DISC1和DISC2三DISC1是1个蛋白编码基因,DISC2编码1个反义的非编码RNA,DISC2可调控DISC1,染色体断裂会导致DISC1含量失调三进一步的研究发现在与精神分裂症有关DISC1基因序列中存在大量的SNPs,可能是与DISC2调控失调有关三此外,大量含有INK4/ARF基因和ANRIL lncRNA片段的丢失会引发遗传性皮肤恶性黑色素瘤(CMM)和神经系统肿瘤综合征(NST),在癌症的发生和遗传中起关键性作用[13]三Daughters等[27]发现lncRNA基因的一级序列的微量扩增与脊髓小脑性共济失调(SCA8)有关三以上研究表明,患者体内染色体重排会影响lncRNAs三

3.5.2 lncRNAs与小规模突变 研究表明,SNPs与RNA分子的关键调节部位结合会严重影响它的功能,基因5′端和3′端非编码区域与疾病相关SNPs的结构密切相关[26]三这些调控区域受SNPs的影响,它们与白内障综合征二β?地中海贫血症二软骨毛发发育不全二视网膜母细胞瘤二慢性阻塞性肺疾病(COPD)二高血压等疾病相关[26]三GWAS研究表明,非编码区的SNPs与不同疾病高水平的患病率有关,如大量的

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SNPs停留INK4/ARF位点将增加2型糖尿病的患病率三在富集SNPs染色体区域含有与编码基因lncRNA ANRIL相邻的蛋白质编码基因CDKN2A(INK4a)和CDKN2B(INK4b)三基因多态性分析表明,SNPs会扰乱ANRIL剪接,使转录不断地进行,抑制RNase R的酶解作用[16];白血病和大肠癌与ncRNA基因的生殖细胞和体细胞中突变有关[28]三以上研究表明,转录影响ANRIL的正常功能并影响INK4/ARF的表达三

3.6 lncRNA蛋白结合模式与疾病 除了lncRNAs本身, lncRNAs的蛋白结合模式突变被认为是各种功能紊乱的驱动器,表明缺陷的核糖核蛋白可引起疾病三一些神经退行性疾病,如脊髓小脑性共济失调(SCA)二肌萎缩性侧索硬化症(ALS)二脆性X及其它疾病已被证明是与RNA结合蛋白的调节有关[29-30]三失调的错误折叠和/或蛋白的积累是这些疾病的一个共同特征三如ALS二RNA和DNA结合蛋白TDP?43有多个突变,导致神经退行性病变,其机制可能是突变TDP?43蛋白更容易聚集,通过抑制TDP?43正常功能而影响RNA三最近研究表明,RNA结合蛋白FUS/TLS在运动神经元的早期变性中发挥作用,与ALS等多种多聚谷氨酰胺疾病有关[31-32]三FUS/TLS与TDP?43具有结构相似性,FUS/ TLS在转录和RNA加工中有一定的功能,一系列FUS/TLS 的显性错义突变与家族性ALS发病有关[31-32]三脆性X智力迟钝蛋白(FMRP)的突变与神经元mRNAs位点和翻译缺失的脆性X综合征密切相关三一些研究表明,FMRP调节神经元到树突局部蛋白合成的转录本运输与啮齿类动物ln?cRNA BC1和灵长类动物的同源体BC200相关[33]三在人类AD中BC200的RNA水平明显上调,完全是由于BC200 RNA与神经元胞体而不是树突棘的错误定位引起[33]三虽然BC200的错误表达及定位是AD的生物标志物,但是BC200是否涉及AD发病机制,目前尚不清楚三

4 结束语

失调lncRNAs的发现在人类疾病的分子结构呈现出新的复杂性三在一般情况下,lncRNAs的错误表达导致多种疾病的发生三此外,一些证据表明即使是小规模的突变,如SNP位点,也可影响lncRNA结构和功能三然而,未来研究需要阐明的是lncRNA功能域的致病基因突变影响其调节范围和协调与其它分子相互作用的能力,从而参与疾病的发生机制三进一步研究lncRNA结构和功能的可能为人类疾病的预防和治疗提供新的基于RNA的靶标三

参考文献:

[1] Mercer T R,Dinger M E,Mattick J S.Long non?coding RNAs:

insights into functions[J].Nat Rev Genet,2009,10(3):155-9.

[2] Ponting C P,Oliver P L,Reik W.Evolution and functions of long

noncoding RNAs[J].Cell,2009,136(4):629-41. [3] Amaral P P,Clark M B,Gascoigne D K,et al.lncRNAdb:a ref?

erence database for long noncoding RNAs[J].Nucleic Acids Res, 2011,39(Database issue):D146-D51.

[4] Wang K C,Chang H Y.Molecular mechanisms of long noncoding

RNAs[J].Mol Cell,2011,43(6):904-14.[5] Ingolia N T,Lareau L F,Weissman J S.Ribosome profiling of

mouse embryonic stem cells reveals the complexity and dynamics of mammalian proteomes[J].Cell,2011,147(4):789-802. [6] Mercer T R,Neph S,Dinger M E,et al.The human mitochondri?

al transcriptome[J].Cell,2011,146(4):645-58. [7] Chen L L,Carmichael G G.Decoding the function of nuclear long

nonzcoding RNAs[J].Curr Opin Cell Biol,2010,22(3):357-

64.

[8] Tian D,Sun S,Lee J T.The long noncoding RNA,Jpx,is a mo?

lecular switch for X chromosome inactivation[J].Cell,2010,143

(3):390-403.

[9] Fedoriw A M,Calabrese J M,Mu W,et al.Differentiation?driven

nucleolar association of the mouse imprinted Kcnq1locus[J].G3 (Bethesda),2012,2(12):1521-8.

[10]Orom UA,Derrien T,Beringer M,et al.Long noncoding RNAs

with enhancer?like function in human cells[J].Cell,2010,143

(1):46-58.

[11]He Y,Vogelstein B,Velculescu VE,et al.The antisense tran?

scriptomes of human cells[J].Science,2008,322(5909):1855

-7.

[12]Ogawa Y,Sun B K,Lee J T.Intersection of the RNA interference

and X?inactivation pathways[J].Science,2008,320(5881): 1336-41.

[13]Pasmant E,Sabbagh A,Vidaud M,Bieche I.ANRIL,a long,

noncoding RNA,is an unexpected major hotspot in GWAS[J].

FASEB J,2010,25(2):444-8.

[14]Yap K L,Li S,Mu?oz?Cabello A M,et al.Molecular interplay of

the non coding RNA ANRIL and methylated histone H3Lysine27 by polycomb CBX7in transcriptional silencing of INK4a[J].Mol Cell,2010,38(5):662-74.

[15]Harismendy O,Notani D,Song X,et al.9p21DNA variants as?

sociated with coronary artery disease impair interferong signalling response[J].Nature,2011,470(7333):264-8. [16]Burd C E,Jeck W R,Liu Y,et al.Expression of linear and novel

circular forms of an INK4/ARF?associated non?coding RNA corre?lates with atherosclerosis risk[J].PLoS Genet,2010,6(12): e1001233.

[17]Tsai M C,Manor O,Wan Y,et al.Long noncoding RNA as mod?

ular scaffold of histone modification complexes[J].Science,2010, 329(5992):689-93.

[18]Gupta R A,Shah N,Wang K C,et al.Long non?coding RNA

HOTAIR reprograms chromatin state to promote cancer metastasis [J].Nature,2010,464(7291):1071-6.

[19]Watts R,Johnsen V L,Shearer J,Hittel D S.Myostatin?induced

inhibition of the long noncoding RNA Malat1is associated with decreased myogenesis[J].Am J Physiol Cell Physiol,2013,304

(10):C995-C1001.

[20]Tripathi V,Shen Z,Chakraborty A,et al.Long noncoding RNA

MALAT1controls cell cycle progression by regulating the expres?sion of oncogenic transcription factor B?MYB[J].PLoS Genet, 2013,9(3):e1003368.

[21]Rabe S,Reichwald J,Ammaturo D,et al.The Swedish APP muta?

tion alters the effect of genetically reduced BACE1expression on

四2361四中国药理学通报 Chinese Pharmacological Bulletin 2013Dec;29(12)万方数据

the APP processing[J].J Neurochem ,2011,119(1):231-9.

[22]Vassar R,Kandalepas P C.The β?secretase enzyme BACE1as a

therapeutic target for Alzheimer′s disease[J].Alzheimers Res T?her ,2011,3(3):20.

[23]Kino T,Hurt D E,Ichijo T,et al.Noncoding RNA gas5is a

growth arrest?and starvation?associated repressor of the glucocorti?

coid receptor[J].Sci Signal ,2010,3(107):ra8.

[24]Huarte M,Guttman M,Feldser D,et al.A large intergenic non?

coding RNA induced by p53mediates global gene repression in the

p53response[J].Cell ,2010,142(3):409-19.

[25]Mourtada?Maarabouni M,Watson D,Munir M,et al.Apoptosis

suppression by candidate oncogene PLAC8is reversed in other cell types[J].Curr Cancer Drug Targets ,2013,13(1):80-91.

[26]Halvorsen M,Martin J S,Broadaway S,Laederach A.Disease?as?

sociated mutations that alter the RNA structural ensemble [J].PLoS Genet ,2010,6(8):e1001074.

[27]Daughters R S,Tuttle D L,Gao W,et al.RNA gain?of?function

in spinocerebellar ataxia type 8[J].PLoS Genet ,2009,5(8):

e1000600.

[28]Wojcik S E,Rossi S,Shimizu M,et al.Non?coding RNA se?

quence variations in human chronic lymphocytic leukemia and colorectal cancer[J].Carcinogenesis ,2010,31(2):208-15.

[29]Lagier?Tourenne C,Cleveland D W.Rethinking ALS:the FUS a?bout TDP?43[J].Cell ,2009,136(6):1001-4.

[30]徐 宏,梁尚栋.长非编码RNA 与其他表观遗传学的相互调

控与神经系统疾病[J].中国药理学通报,2012,28(10):1348-51.

[30]Xu H,Liang S D.Epigenetic regulation mediated by long noncod?

ing RNA in nervous system disease [J].Chin Pharmacol Bull ,

2012,28(10):1348-51.

[31]Kwiatkowski T J,Bosco D,LeClerc A L,et al.Mutations in the

FUS /TLS gene on chromosome 16cause familial amyotrophic later?

al sclerosis[J].Science ,2009,323(5918):1205-8.

[32]Vance C,Rogelj B,Hortobágyi T,et al.Mutations in FUS,an

RNA processing protein,cause familial amyotrophic lateral sclero?

sis type 6[J].Science ,2009,323(5918):1208-11.

[33]Mus E,Hof P R,Tiedge H.Dendritic BC200RNA in aging and

in Alzheimer′s disease[J].Proc Natl Acad Sci USA ,2007,104(25):10679-84.

Research development of long noncoding RNA related to the

regulation mechanisms of human diseases

FAN Bo,XU Chang?shui,LIANG Shang?dong

(Dept of Physiology ,Basic Medical College of Nanchang University ,Nanchang 330006,China )

Abstract :Less than 2%of genes in human genome are protein?coding genes,and gene sequence is mainly transcribed into huge molecular network of non?coding RNAs (ncRNAs),which plays

a central role in adjusting cellular activity in eukaryotes.NcR?NAs participating in gene regulation are mainly divided into two classes:short ncRNAs and long ncRNAs (lncRNAs ).Most studies of ncRNAs have been focused on short ncRNA.Howev?er,studies have shown that lncRNAs,as the major participants of gene regulatory network,contribute to the transcriptional regu?

lation of gene and are closely related to the mechanisms of vari?ous human diseases.

Key words :long non?coding RNA;gene transcription;human diseases;alternative splicing;epigenetic;regelatory mechanism ◇消 息◇

‘中国药理学通报“入选 中国国际影响力优秀学术期刊”

国际被引频次接近SCI 期刊中游水平

2012年12月26日,由中国科学文献计量评价中心与清华大学图书馆研制的‘中国学术期刊影响因子年报&国际引证报告(2012版)“发布会在北京国际会议中心举行三‘中国药理学通报“入选 中国国际影响力优秀学术期刊”,国际他引频次298次,国际他引影响因子0.05,复合影响因子1.541三

中国国际影响力优秀学术期刊”是基于Web of Science,依据‘CAJ 国际引证报告“,按2011年度中国学术期刊被SCI 期

刊二SSCI 期刊引用的总被引频次排序并经40多位期刊界专家审议,从我国5786种期刊中遴选出 中国国际影响力优秀学术期刊”175种,其中最低总被引频次的期刊高于1329种SCI 收录的期刊三表明‘中国药理学通报“被引总频次接近SCI 收录期刊的中游水平三统计分析结果表明,从定量分析的角度看, 中国国际影响力优秀学术期刊”已经具备相当国际影响,迈进国际期刊门槛;我国学术期刊整体 走出去”已经取得显著成效三为了让国际二国内作者与读者认知和支持我国的国际化期刊品牌,整体提升期刊界走向世界的信心和目标,大会为 中国国际影响力优秀学术期刊”进行了颁证,并在 中国知网”首页公布三

(黄河胜)

3361四中国药理学通报 Chinese Pharmacological Bulletin 2013Dec ;29(12)

万方数据

长非编码RNA与人类疾病调控机制的研究进展

作者:樊波, 徐昌水, 梁尚栋, FAN Bo, XU Chang-shui, LIANG Shang-dong

作者单位:南昌大学基础医学院生理学教研室,江西,南昌,330006

刊名:

中国药理学通报

英文刊名:CHINESE PHARMACOLOGICAL BULLETIN

年,卷(期):2013,29(12)

参考文献(34条)

1.Mercer T R;Dinger M E;Mattick J S Long non-coding RNAs:insights into functions 2009(03)

2.Ponting C P;Oliver P L;Reik W Evolution and functions of long noncoding RNAs[外文期刊] 2009(04)

3.Amaral P P;Clark M B;Gascoigne D K lncRNAdb:a reference database for long noncoding RNAs

2011(Database issue)

4.Wang K C;Chang H Y Molecular mechanisms of long noncoding RNAs 2011(06)

5.Ingolia N T;Lareau L F;Weissman J S Ribosome profiling of mouse embryonic stem cells reveals the complexity and dynamics of mammalian proteomes 2011(04)

6.Mercer T R;Neph S;Dinger M E The human mitochondrial transcriptome 2011(04)

7.Chen L L;Carmichael G G Decoding the function of nuclear long nonzcoding RNAs[外文期刊] 2010(03)

8.Tian D;Sun S;Lee J T The long noncoding RNA,Jpx,is a molecular switch for X chromosome

inactivation 2010(03)

9.Fedoriw A M;Calabrese J M;Mu W Differentiation-driven nucleolar association of the mouse imprinted Kcnq1 locus 2012(12)

10.Orom UA;Derrien T;Beringer M Long noncoding RNAs with enhancer-like function in human cells[外文期刊] 2010(01)

11.He Y;Vogelstein B;Velculescu VE The antisense transcriptomes of human cells[外文期刊] 2008(5909)

12.Ogawa Y;Sun B K;Lee J T Intersection of the RNA interference and X-inactivation pathways[外文期刊] 2008(5881)

13.Pasmant E;Sabbagh A;Vidaud M;Bieche I ANRIL,a long,noncoding RNA,is an unexpected major hotspot

in GWAS 2010(02)

14.Yap K L;Li S;Mu(n)oz-Cabello A M Molecular interplay of the non coding RNA ANRIL and methylated histone H3 Lysine 27 by polycomb CBX7 in transcriptional silencing of INK4a 2010(05)

15.Harismendy O;Notani D;Song X9p21 DNA variants associated with coronary artery disease impair interferong signalling response 2011(7333)

16.Burd C E;Jeck W R;Liu Y Expression of linear and novel circular forms of an INK4/ARF-associated non-coding RNA correlates with atherosclerosis risk 2010(12)

17.Tsai M C;Manor O;Wan Y Long noncoding RNA as modular scaffold of histone modification complexes 2010(5992)

18.Gupta R A;Shah N;Wang K C Long non-coding RNA HOTAIR reprograms chromatin state to promote cancer metastasis 2010(7291)

19.Watts R;Johnsen V L;Shearer J;Hittel D S Myostatin-induced inhibition of the long noncoding RNA Malat 1 is associated with decreased myogenesis 2013(10)

20.Tripathi V;Shen Z;Chakraborty A Long noncoding RNA MALAT1 controls cell cycle progression by regulating the expression of oncogenic transcription factor B-MYB 2013(03)

21.Rabe S;Reichwald J;Ammaturo D The Swedish APP mutation alters the effect of genetically reduced

BACE1 expression on the APP processing 2011(01)

22.Vassar R;Kandalepas P C The β-secretase enzyme BACE1 as a therapeutic target for Alzheimer′s disease 2011(03)

23.Kino T;Hurt D E;Ichijo T Noncoding RNA gas5 is a growth arrest-and starvation-associated repressor of the glucocorticoid receptor 2010(107)

24.Huarte M;Guttman M;Feldser D A large intergenic noncoding RNA induced by p53 mediates global gene repression in the p53 response 2010(03)

25.Mourtada-Maarabouni M;Watson D;Munir M Apoptosis suppression by candidate oncogene PLAC8 is reversed in other cell types 2013(01)

26.Halvorsen M;Martin J S;Broadaway S;Laederach A Disease-associated mutations that alter the RNA structural ensemble 2010(08)

27.Daughters R S;Tuttle D L;Gao W RNA gain-of-function in spinocerebellar ataxia type 8 2009(08)

28.Wojcik S E;Rossi S;Shimizu M Non-coding RNA sequence variations in human chronic lymphocytic leukemia and colorectal cancer[外文期刊] 2010(02)

https://www.doczj.com/doc/d914424019.html,gier-Tourenne C;Cleveland D W Rethinking ALS:the FUS about TDP-43[外文期刊] 2009(06)

30.徐宏;梁尚栋长非编码RNA 与其他表观遗传学的相互调控与神经系统疾病 2012(10)

31.Xu H;Liang S D Epigenetic regulation mediated by long noncoding RNA in nervous system disease[期刊论文]-Chinese Pharmacological Bulletin 2012(10)

32.Kwiatkowski T J;Bosco D;LeClerc A L Mutations in the FUS/TLS gene on chromosome 16 cause familial amyotrophic lateral sclerosis[外文期刊] 2009(5918)

33.Vance C;Rogelj B;Hortobágyi T Mutations in FUS,an RNA processing protein,cause familial amyotrophic lateral sclerosis type 6[外文期刊] 2009(5918)

34.Mus E;Hof P R;Tiedge H Dendritic BC200 RNA in aging and in Alzheimer′s disease 2007(25)

引用本文格式:樊波.徐昌水.梁尚栋.FAN Bo.XU Chang-shui.LIANG Shang-dong长非编码RNA与人类疾病调控机制的研究进展[期刊论文]-中国药理学通报 2013(12)

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