第10章微生物的分类鉴定
填空题
1，以进化论为指导思想的分类学，其目的已不仅是物种的识别和归类，而主要是通过分类追溯系统发生，推断进化谱系，这样的分类学也称。
2，大量资料表明：功能重要的分子或功能重要的分子区域比功能不重要的大分子或大分子区域进化变化的。
3．微量多项试验鉴定系统，实际上是一类专门设计制作的特征检测卡。
4．《伯杰氏系统细菌学手册》第一版分卷出版，它将原核生物分成组。
5．微生物种的学名由和两部分构成。
6．分类学的内容涉及3个互相依存又有区别的组成部分，即、命名和。
7．如果相似性系数(S AB)等于1，说明所比较的两菌株rRNA序列，若S AB值小于0.1，则表明两菌株亲缘关系。
8．API／ATB是微量多项试验鉴定系统，它包括众多的，共计有几百种生理生化反应，可鉴定几乎所有常见的。
9．微孔滤膜菌落计数板是一种可携带的检测水中大肠菌数的大肠菌测试卡，适于工作和使用，因可以放在人体内衣口袋中培养。
10．伍斯用寡核苷酸序列编目分析法对微生物的16SrRNA序列进行比较后，提出将生物分成为三界(域)：、和。
11．伍斯为了避免把古细菌也看作是细菌的一类，他又把三界(域)改称为：、和。并构建了三界(域)生物的系统树。
选择题(4个答案选1)
1．《伯杰氏系统细菌学手册》第二版把葡萄球菌属和微球菌属分别放在不同的门中，最可能的原因是( )。
(1)生理生化特征不同(2)DNA—DNA杂交同源性不同(3)革兰氏染色反应不同 (4)G+C含量和rRNA序列不同
2．如果需要查阅枯草芽孢杆菌及相关种的分类学资料，并假定《伯杰氏系统细菌学手册》第二版已经全部出版，你将选择该书的( )。 (1)第一卷 (2)第三卷 (3)第四卷 (4)第五卷
3．血清学试验，尤其在医学细菌的分类鉴定中有重要意义，但它主要用于划分( )。
(1)种内血清型 (2)种间血清型 (3)属间血清型 (4)属以上血清型
4．根据你所掌握的知识，你认为形态学特征在以下几类微生物中的哪一类分类鉴定中显得更加重要?( )
(1)病毒 (2)细菌 (3)酵母菌 (4)霉菌
5．在下列4种细菌中，哪一种最有可能属于 (3)自动微生物检测仪 (4)激光拉曼光谱仪
8．目前微生物的快速检测和自动化分析中，广泛地采用的免疫学技术是( )。
(1)DNA探针 (2)聚合酶链反应技术 (3)DNA芯片 (4)酶联免疫吸附测定法
9．第一个古生菌的全基因组序列测定结果初步证实了它是独立于其他两域生物的第三生命形式。该古生菌是( )。 (1)螺旋体 (2)淋病奈瑟氏菌 (3)变形杆菌 (4)詹氏甲烷球菌
10．细菌的种名也用双名法命名，即种的学名由属名和种名加词两部分组合而成。第一个词的首字母要大写，该词是( )。 (1)种名 (2)属名 (3)人名 (4)科名是非题
1．“大肠埃希氏菌”才是俗称“大肠杆菌”的学名。
2．所谓“模式菌株”通常是指一个细菌的种内最具代表性的菌株。
3．两种细菌的C+C含量相近，说明它们亲缘关系近，反之，C+C含量差别大说明它们亲缘关系远。
4．DNA—DNA杂交主要用于种、属水平上的分类研究，而进行亲缘关系更远(属以上等级)分类单元的比较，则需进行DNA—rRNA杂交。
5．数值分类由于采用了先进的计算机技术，减少了大量的特征测定的实验操作，所以它是比较科学的现代微生物系统分类方法。
6．物理、化学、材料、电子信息等科学和技术领域通常使用的分析、测量物质成分、结构、性能和各种信息的自动化的精密仪器和设备，几乎都能用于微生物的快速鉴定和自动化分析。
7．“吹口气查胃病”的原理是：幽门螺杆菌具有人体不具有的尿素酶，受检者口服13C 标记的尿素，如有该菌感染，则尿素被尿素酶分解生成NH3和13CO2，用质谱仪能快速灵敏地测出受检者呼气中13CO：的量，准确地鉴定是否被幽门螺杆菌感染。
8．亚种名为三元式组合，即由科名、属名加词和亚种名加词构成。
9．现代微生物分类中，任何能稳定地反映微生物种类特征的资料，都有分类学意义，都可以作为分类鉴定的依据。
10．对微生物生理生化特征的比较也是对微生物基因组的间接比较，加上测定生理生化特征比直接分析基因组要容易得多，因此生理生化特征对于微生物的系统分类仍然是有意义的。
问答题
1．蛋白质和核酸分子被用作微生物进化谱系分析所依据的原理是什么?
2．为什么16S(18S)rRNA目前被挑选作为研究微生物进化的主要对象?
3．试述古生菌和细菌的主要区别。
4．为什么在从事微生物的工作中不仅要注意种名还要注意菌株名称?
5．外单位送来一个细菌培养物要求鉴定，你如何将其鉴定到种?(说明工作步骤)
6．现代微生物分类主要根据基因型特征来建立分类单元，基因型特征的测定通常都需要高新的复杂技术，而以实用为目的菌种鉴定却希望采用更易于测定的表型特征，你认为如何解决这一矛盾?
第三节微生物的分类鉴定方法 一、微生物鉴定的依据 获得纯化的微生物分离菌株后，首先判定是原核微生物还是真核微生物，这实际上在分离过程中所使用的方法和选择性培养基已经决定了分离菌株的大类的归属，从平板菌落的特征和液体培养的性状都可加以判定。然后，如是原核微生物，便可根据表14-3 所示的经典分类鉴定指标进行鉴定，如条件允许，可做碳源利用的BIOLOG-GN 分析和16S rDNA 序列分析。多项结果结合起来确定分离菌株的属和种。 表14-3 微生物经典分类鉴定方法的指标依据 二、微生物鉴定的技术与方法 根据目前微生物分类学中使用的技术和方法，可把它们分成四个不同的水平：①细胞形态和行为水平，②细胞组分水平，③蛋白质水平，④基因组水平； 在微生物分类学发展的早期，主要的分类鉴定指标是以在细胞形态和习性为主，可称为经典的分类鉴定法。其他三种实验技术主要是60 年代以后采用的，称为化学分类和遗传学分类法，这些方法再加上数值分类鉴定法，可称为现代的分类鉴定方法。 （一）、经典分类鉴定法 经典分类法是一百多年来进行微生物分类的传统方法。其特点是人为地选择几种形态生理生化特征进行分类，并在分类中将表型特征分为主、次。一般在科以上分类单位以形态特征、科以下分类单位以形态结合生理生化特征加以区分。最后，采用双歧法整理实验结果，排列一个个的分类单元，形成双歧检索表（图14-4 ）。 A. 能在60 o C 以上生长 B. 细胞大，宽度1.3~1.8mm ……………………………………… 1. 热微菌属 ( Thermomicrobium )
BB. 细胞小，宽度0.4~0.8mm C. 能以葡萄糖为碳源生长 D. 能在pH4.5 生长…………………………………………… 2. 热酸菌属 ( Acidothermus ) DD. 不能在pH4.5 生长………………………………………………… 3. 栖热菌属( Thermus ) CC. 不能以葡萄糖为唯一碳源……………………… 4. 栖热嗜油菌属( 栖热嗜狮菌 属Thermoleophilum ) AA. 不能在60 o C 以上生长 图14-4 双歧法检索表例样 应用BIOLOG-GN 仪检测分离菌株对众多碳源的利用情况判断分离菌株的分类地位，近年来也时有应用。在BIOLOG-GN 仪上有96 个小孔，其中95 孔内分装有95 种不同碳源的缓冲液，1 孔为无碳源的缓冲液对照，各孔接入适宜菌浓度和液量的分离菌株培养物，定温培养，每日定时读取BIOLOG-GN 仪计算机上各碳源利用情况，一般为时1 周，BIOLOG-GN 仪可显示出该鉴定菌株的最可能归属。 （二）、数值分类法 又称阿德逊氏分类法() 。它的特点是根据较多的特征进行分类，一般为50 ～60 个，多者可达100 个以上，在分类上，每一个特性的地位都是均等重要。通常是以形态、生理生化特征，对环境的反应和忍受性以及生态特性为依据。最后，将所测菌株两两进行比较，并借用电子计算机计算出菌株间的总相似值，列出相似值矩阵( 图14-5) 。为便于观察，应将矩阵重新安排，使相似度高的菌株列在一起，然后将矩阵图转换成树状谱(dendrogram)( 图14-6) ，再结合主观上的判断( 如划分类似程度大于85 ％者为同种，大于65 ％者为同属等) ，排列出—个个分类群。 图14-5 显示 6 个细菌菌株的遗传相似矩阵图
第十一章微生物的分类习题 一、填空题 1、以进化论为指导思想的分类学，其目的已不仅是物种的识别和归类，而主要是通过分类追溯系统发生，推断进化谱系，这样的分类学也称。（生物系统学） 2、大量资料表明：功能重要的大分子或功能重要的大分子区域比功能不重要的分子或分子区域进化变化的。（速率低） 3、微量多项试验鉴定系统，实际上是一类专门设计制作的特征检测卡。（生理生化） 4、《伯杰氏系统细菌学手册》第一版分卷出版，它将原核生物分成组。（4、 33） 5、微生物种的学名由和两部分构成。（属名种名加词） 6、分类学的内容涉及3个互相依存又有区别的组成部分，即、命名和。（分类，鉴定） 7、如果相似性系数（S ）等于1，说明所比较的两菌株rRNA序列， AB 值小于0.1，则表明两菌株亲缘关系。（相同，很远） 若S AB 8、API/ATB是微量多项试验鉴定系统，它包括众多的，共计有几百种生理生化反应，可鉴定几乎所有常见的。（鉴定系统，细菌）9、微孔滤膜菌落计数板是一种可携带的检测水中大肠菌数的大肠菌测试卡，因可以放在人体内衣口袋中培养，而适于工作和使用。（野外，家庭） 10、伍斯用寡核苷酸序列编目分析法对微生物的16S?rRNA序列进行比较后，提出将生物分成三界（域）：、、和。（古细菌真细菌真核生物） 11、伍斯为了避免把古细菌也看作是细菌的一类，他又把三界（域）改称为：、、和。并构建了三界（域）生物的系统树。（细菌古细菌真核生物） 二、选择题 1、《伯杰氏系统细菌学手册》第二版把葡萄球菌属和微球菌属分别放在不同的门中，最可能的原因是（ 4 ）。 （1）生理生化特征不同（2）DNA—DNA杂交同源性不同
第十章传染与免疫 1简述宿主对病原菌的防御机制。 答：机体对侵入体内的病原微生物有固有免疫和适应性免疫两种应答方式。病原微生物感染与宿主的免疫状态密切相关，免疫力完全正常的宿主，固有性免疫应答足以将抵达病原微生物清除；而当感染趋向于慢性，或者宿主曾经被致敏，则适应性免疫应答迅速启动。 1.固有性免疫应答模式识别受体固有性免疫应答起始于免疫细胞表面模式识别受体对病原微生物的识别，通过分泌或膜结合受体对微生物进行识别是固有免疫系统的一个重要功能。识别微生物后，固有免疫系统释放杀微生物分子、细胞因子、趋化因子等。吞噬细胞通过膜表面多种受体与病原微生物结合来实现吞噬作用。宿主对真菌的免疫反应依赖于几类激发信号级联反应的跨膜受体。识别这些菌体可促进机体的保护性应答反应，包括对真菌的摄取及杀伤(通过呼吸爆发介导)，以及产生大量的细胞因子和趋化因子包括肿瘤坏死因子、白细胞介素1、白细胞介素6以及粒细胞一单核细胞集落刺激因子等。巨噬细胞许多研究表明，吞噬细胞的数量和功能的下降，是导致宿主对烟曲霉易感的主要因素。吞噬细胞在保护宿主免受烟曲霉感染方面起着重要作用。巨噬细胞作为吞噬细胞系统的一部分，构成了机体抵抗病原微生物侵袭的第一道防线。 2.在固有性免疫机能完好的情况下，T细胞抵抗病原微生物感染的作用是可以忽略的，只有在固有性免疫受损的宿主，适应性免疫应答的重要性才得以体现。目前，对两种类型细胞因子的调节研究较深入，Thl型细胞因子的产生伴随着细胞免疫为主的反应，Th2型细胞因子的产生则有助于以抗体为主的体液免疫。总的来说，抗真菌反应以细胞免疫为主，Thl型有利于对真菌感染的免疫防护。研究中发现，Th2型细胞因子，机体对病原微生物越不易感。对于Thl类细胞引起的保护性免疫反应的机制，目前有一个共识，即在识别病原微生物抗原之后，T细胞活化引起大量细胞因子的释放，增强巨噬细胞和中性粒细胞的杀伤功能。当病原微生物与T细胞、抗原呈递细胞、中性粒细胞共孵育时，对菌丝的杀伤要明显强于T细胞缺席时的效果。 2决定传染结局的三因素是什么？简述三者的相互关系。 答：1 传染源，传播途径，易感人群； 2 传染源是作为传播的起点，没有传染源，就不会有传染病发生； 3 传播途径是病原体传播的媒介，没有这个媒介病原体就不会在传染源和健康人群中传播，比如通过血液传播，消化道传播、呼吸道传播等等。 关系：病原体和宿主免疫力是决定传染结局的关键因素。当病原体致病性弱、宿主的免疫力强时往往导致隐性传染；当病原体致病性强、宿主的免疫力弱时，往往导致显性传染。环境因素在传染中起着间接作用，良好的环境因素有助于增强宿主的免疫力，也有利于限制或切断病原体的传播，因而可以防止传染病的发生；不利的环境因素则导致与其相反的结果。
微生物的分类鉴定方法 1. 内容 微生物分类鉴定：经典方法、现代方法。 2. 练习 一、填空题 1.不论鉴定哪一累微生物，其工作步骤都离不开一下3项________，________，________。 答案：获得该微生物的纯培养，测定一系列必要的鉴定指标，查找权威性的菌种鉴定手册。 2.DNA碱基比是指________值，简称GC值。 答案：（G+C）mol% 3. 测验 一、填空题 1.按碱基的互补配对原理，用人工方法对两条不同来源的单链核酸进行________，以重 新构建一条新的________技术，称为核酸杂交。 一、简答题 1.现代微生物鉴定的经典指标有哪些？ 2.核酸分子杂交在微生物的分类鉴别中有何应用？ 4. 案例 5. 资源下载 课程讲义资源（Word文档）、教学课件资源（PPT）、视频录像资源（视频录像）。6. 扩展学习 使用教材： 微生物学教程第3版周德庆主编高等教育出版社2011 参考书目：
1.沈萍主编，《微生物学》，高等教育出版社，2000； 2.沈萍、范秀容、李广武编，《微生物学实验》第3版，高等教育出版社，1999； 3.Prescott LM, Harley JP, and Klein DA. Microbiology (5th ed.), Higher education press and McGraw-Hill Companies, 2002. 4. 闵航（2005）：微生物学. 浙江大学出版社 参考期刊： 微生物学报中国科学院微生物研究所；中国微生物学会主办 微生物学通报中国微生物学会；中国科学院微生物研究所主办 参考网址： 中国微生物信息网络hppt://159.226.80.1/chinese.html 中国微生物资源信息共享https://www.doczj.com/doc/d65097340.html,/sdinfo 中国微生物信息网络https://www.doczj.com/doc/d65097340.html,/
第十章微生物的分类与鉴定 一、选择题 1.真菌的分类单元-门的词尾为（A ） 2.A、–mycota B、–mycetes C、–mycotina D、-mycetidae 3.下列传统分类指标中始终被用作微生物分类和鉴定的重要依据的是（A ） 4.A、形态学特征 B、生理特征 C、生态学特征 D、分子生物学特征 5.下列拉丁文哪个书写格式正确（ C ） 6.A、Fusarium oxysporium B、Aspergillus japonicus Saito 7. C、Bacillus amyloliquefaciens D、Clostridium Kluyveri 8.1978年，根据16S rRNA和18S rRNA的碱基序列将生物分为“三域”的科 学家是（D ） 9.A、Ainsworth B、Bergey C、Leedale D、Woese 10.1995年，Ainsworth分类系统把菌物列入真核生物域，将其分为3个界， 下面哪项不属于其中（ D ） 11.A、原生动物界 B、假菌界 C、真菌界 D、菌物界 12.有关菌株的说法，下列哪项说法不对（ B ） 13.A、菌株强调的是遗传型纯的谱系 B、菌株的名称不可随意确定 14.C、菌株与克隆相同，为一个物种内遗传多态性的客观反映 15.D、菌株实际上是某一微生物达到遗传型纯的标志， 二、是非题 1．微生物的种是微生物分类的基本单元，但是目前还没有一个公认的、明确的定义。（√） 2．两个微生物菌株具有相同G+C含量表明它们之间的亲缘关系一定很相近。（×）
3．亚种是进一步细分种时所用的单元，一般指除某一明显而稳定的特征外，其余鉴定特征都与模式种相同的种，其命名方法按“三名法”处 理。（√） 4．变种是亚种的同义词，在《国际细菌命名法规》中不主张使用。（√）5．在微生物分类中，DNA（G+C）mol%的比较只能做否定判断。（√）6．微生物DNA之间的同源性越高，说明它们之间亲缘关系就越近，反之亦然。（×） 7．菌株是一个物种内遗传多态性的客观反应，是遗传型纯的谱系，其名称可以随意确定。（√） 8．模式菌株是一个种的具体活标本。（√） 9．据科学家1992年估计，地球上生存的菌物约有150万种。（√）10．微生物自动化鉴定技术一般都是利用微生物的生理生化反应特性而设计的。（√） 11．细菌分子鉴定常用16S rRNA序列分析，而真菌分子鉴定常用ITS序列分析。（√） 12．所谓“模式菌株”通常是指一个细菌的种内最具代表性的菌株。（×）13．对微生物生理生化特征的比较也是对微生物基因组的间接比较，加上测定生理生化特征比直接分析基因组要容易得多，因此生理生化特征对于微生物的系统分类仍然是有意义的。（√） 14．现代微生物分类中，任何能稳定地反映微生物种类特征的资料，都有分类学意义，都可以作为分类鉴定的依据。（×） 15．DNA-DNA杂交主要用于种、属水平上的分类研究，而进行亲缘关系更远(属以上等级)分类单元的比较，则需进行DNA-rRNA杂交。（√）
《微生物学》复习题 第十章微生物的分类和鉴定 1、名词解释 1 系统发育树： 2 培养物： 3 菌株： 4 种： 6 属： 7 数值分类法： 8 模式（或典型）菌株： 9 DNA（G+C）mol%值： 10 三域学说： 二、是非题 1、“大肠埃希氏菌”才是俗称“大肠杆菌”的学名。（） 2、所谓“模式菌株”通常是指一个细菌的种内了具代表的菌株。（ ） 3、两种细菌的G+C含量相近，说明它们亲缘关系近，反之，G+C含量差别大说明它们亲缘关系远。（） 4、DNA-DNA杂交主要用于种、属水平上的分类研究，而进行亲缘关系更远（属以上等级）分类单元的比较，则需进行DNA-rRNA杂交。 （） 5、数值分类由于采用了先进的计算想技术，减少了大量的特征测定的实验操作，所以它是比较科学的现代微生物系统分类方法。 （） 6、“吹口气查胃病”的原理是：幽门螺杆菌具有人体不具有的尿素酶，受检者口服13C标记的尿素，如有该菌感染，则尿素被尿素酶分解生成NH3和13CO2，用质谱仪能快速灵敏地测出受检者呼气中13CO2的量，准
确地鉴定是否被幽门螺杆菌感染。（） 7、亚种名为三元式组合，即由科名、属名加词和亚种名加词构成。 8、现代微生物生理生化特征的比较也是对微生物基因组的间接比较，加上测定生理生化特征比直接分析基因组要容易得多，因此生理生化特征对于微生物的系统仍然是有意义的。 9、蛋白质氨基酸顺序的进化速率大体上是恒定的，但功能不同的蛋白质常以不同的速率进化。功能重要的分子序列或序列区域往往进化变化速率高。 10．目前种是生物分类中最小的分类单元和分类等级。（） 11．G+C含量的比较主要用于分类中否定。（） 12.菌株是微生物分类和研究工作中最基础的操作实体。（） 三、选择题（4个答案选1） 1、血清学试验，尤其在医学细菌的分类鉴定中的重要意义，但它主要用于划分（）。 （1）种内血清型（2）种间血清型（3）属间血清型（4）属以上血清型 2、根据你所掌握的知识，人为认为形态学特征学特征在以下几类微生物中的哪严分类鉴定中显得更加重要？（） （1）病毒（2）细菌（3）酵母菌（4）霉菌 3、现在自动化程度最高、功能最多的微生物专用检测仪是（）（1）气相色谱仪（2）高压液相色谱仪 （3）自动微生物检测仪（4）激光拉曼光谱仪 4、目前微生物的快速检测和自动化分析中，广泛地采用的免疫学技术是（）。 （1）DNA探针（2）聚合酶链反应技术 （3）DNA芯片（4）酶联免疫吸附测定法 5、第一个古生菌的全基因组序列测定结果初步证实了它是独立于其他
一、填空： 1．微生物菌种的命名采用"双名法",即由属名和种名加词构成。 2．来源于一个细胞在固体平板培养基上形成的群体称菌株。 3．1969年将生物界分成了五界，分别是动物界、植物界、原生生物界、真菌界、原核生物界。4．细菌的分类单元分为七个基本的分类等级，由上而下依次为_界、_门__、纲、目、科、属、种。 5．生物分类的传统指标为形态特征、生理生化反应、和生态特性。 6．形态学特征始终被用作微生物分类和鉴定的重要依据之一，其主要原因为具有相对稳定性_和易观察。 7．分类学的内容包括_细菌分类_、放线菌分类和真菌分类_三部分，目前进行细菌分类和鉴定的重要参考书目是_《伯杰氏细菌鉴定手册》。 8．微生物分类和鉴定的特征包括_形态特征_和_生理生化反应_，其中__形态特征_对鉴定微生物的系统发育有决定性作用，而_生理生化反应_可作为判断亲缘关系的参考而且对以实用为目的的分类鉴定仍有重要价值。 9．核酸分子杂交_和_rRNA寡核苷酸编目分析__是目前通过直接比较基因组进行生物分类最常用的两种方法。 10．1978年，Woese等提出新的生物分类概念，根据16SrRNA的碱基序列将生物清晰地划分为三原界，即细菌域、古生菌域和真核生物域。 11．对微生物命定学名的表示方法分双名与三名两种。 12．在生物的界级分类学说研究中,1978年由R．H．whittake和“提出了一个崭新的三域学说。13．填写以下10个数据：(1) 对牛奶等进行巴氏消毒时常用 63 ℃的温度；(2)用液氮保藏微生物的温度为 -196 ℃；(3)通常细菌的最适培养温度为 37 ℃：(4)用烘箱进行的干热灭菌温度一般为 150～170 ℃；(5)的代时一般为 17 min；(6)典型的酵母菌S．cerevisiae的代时一般为 120 min，其大小一般为～10 X ～21um 。（7）至今已记载的微生物约 20万种（1995）；(8)我国卫生部门规定自来水中所含的大肠菌群数不得超过 3个/L ；(9)细菌总数不得超过 100个/ml 。 14．血清学反应是抗原和抗体之间发生的反应。 15.在鉴定菌种的一些现代方法中，有核酸分子杂交，rRNA寡核苷酸编目分析，全基因组测定，数值分类等方法。 二、选择题： 1．同种菌不同来源的纯培养称为（ C ） （A）种 (B)变种 (C)菌株 (D)群 2．试排出生物分类等级的正确顺序（D） (A)目→纲→界→门 (B)界→纲→目→门 (C)目→纲→门→界 (D)界→门→纲→目 三、判断题 1．目前种是生物分类中最小的分类单元和分类等级。√ 2．具有相同G+C含量的生物表明它们之间一定具有相近的亲缘关系。× 四、名词解释 1.种：是一个基本分类单位,它是一大群表型特征高度相似、亲缘关系极其接近、与同属内其他种有着明显差异的菌株的总称。 2.新种：从自然界中分离得到的某一微生物的纯种，如果与文献上记载的典型种的特征有明显差异，即为新种。 3．培养物：根据一定的目的，在培养基上培养的微生物称为培养物。
第十章微生物的分类和鉴定 一、名词解释： 01.系统学（systematics）：是研究生物多样性及其分类和演化关系的科学。分子 系统学是检测、描述并揭示生物在分子水平上的多样性及其演化规律的科学。研究内容包括了群体遗传结构、分类学、系统发育和分子进化等领域。 02.系统树：在研究生物进化和系统分类中，常用一种树状分支的图型来概括各 种（类）生物之间的亲缘关系，这种树状分支的图型也称为发育树（phylogenetic tree）。 03.分子系统树：通过比较生物大分子序列差异的数值构建的系统树称为分子系 统树。 04.微生物分类学（microbial taxonomy）：是一门按微生物的亲缘关系把它们安 排成条例清楚的各种分类单元或分类群的科学，其具体任务有三，即分类、鉴定和命名。 05.分类（classification）：根据文献资料，经过科学的归纳和理性的思考，整理 成一个科学的分类系统。即解决从个别到一般或从具体到抽象的问题。06.鉴定（identification）：通过详细观察和描述一个未知名称纯种微生物的各种 性状特征，然后查找现成的分类系统，以达到对其知类、辨名的目的。即解决从一般到特殊或从抽象到具体的问题 07.命名（nomenclature）：为一个新发现的微生物确定一个新学名的过程。
08.培养物（culture）：是指一定时间一定空间内微生物的细胞群或生长物。如微 生物的斜面培养物、摇瓶培养物等。如果某一培养物是由单一微生物细胞繁殖产生的，就称之为该微生物的纯培养物（pure culture)。 09.菌株（strain）：从自然界分离得到的任何一种微生物的纯培养物，都可以称 为微生物的一个菌株；用实验方法（如通过诱变）所获得的某一菌株的变异型，也可以称为一个新的菌株，以便与原来的菌株相区别。菌株是微生物分类和研究工作中最基础的操作实体。 10.标准菌株：指能代表这个种的各典型性状的一个被指定的菌株。 11.种群（population）：也有人译为群体、居群或群丛等，是指一定空间中同种 个体的组合。每一个物种在自然界中的存在，都有一定的空间结构，在其分散的、不连续的居住场所或分布区域内，形成不同的群体单元，这些群体单元就称为居群。 12.种（species）：是生物分类中基本的分类单元和分类等级。它是一大群表型特 征高度相似、亲缘关系极其接近、与同属的其他物种有明显差异的一大群菌株的总称。 13.型（form / type）：常指亚种以下的细分，当同种或同亚种不同菌株之间的性 状差异，不足以分为心的亚种时，可以细分为不同的型。例如，按抗原特征的差异分为不同的血清型；按对噬菌体裂解反应的不同分为不同的噬菌型等等。
第十章微生物生态学 单项选择题 1.知识点：1(生态系统) 难易度：容易认知度：识记地球被科学家划分为4个圈，不包括下列哪一项( )。选项A）土壤圈 选项B）大气圈 选项C）水圈 选项D）岩石圈 答案：A 2.知识点：1(生态系统) 难易度：容易认知度：识记生态圈中，起着主导作用的是( )。 选项A）大气圈 选项B）生物圈 选项C）水圈 选项D）岩石圈 答案：B 3.知识点：1(生态系统) 难易度：容易认知度：识记生物循环的特点是( )。 选项A）运转较缓慢 选项B）可循环性 选项C）运转迅速 选项D）以上均是
答案：C 11. 知识点：1(生态系统) 难易度：适中认知度：理解 生态系统结构不包括下面哪一个方面( )。 选项A）外源能 选项B）生物关系 选项C）营养循环 选项D）能量代谢 答案：D 12. 知识点：1(生态系统) 难易度：适中认知度：认知 生物在生态系统物质循环中扮演着重要作用，但不包括( )。选项A）生产者 选项B）消费者 选项C）分解者 选项D）固定者 答案：D 13. 知识点：1(生态系统) 难易度：较难认知度：认知 微生物生态系统自身的特点不包括( )。 选项A）微环境 选项B）稳定性 选项C）协调性 选项D）适应性 答案：C 14. 知识点：1(生态系统) 难易度：较难认知度：理解
成熟的生态系统的平衡特点是( )。 选项A）生产者、消费者、分解者比例相同 选项B）物质循环与能量循环协调畅通 选项C）系统的输入和输出在比例上合理 选项D）物质循环与能量循环大致相等 答案：B 15.知识点：2(微生物在自然界中的分布) 难易度：容易认知度：理解土壤中三大类群体微生物以数量排序为( )。 选项A）细菌＞放线菌＞真菌 选项B）细菌＞真菌＞放线菌 选项C）放线菌＞细菌＞真菌 选项D）真菌＞细菌＞放线菌 答案：A 16.知识点：2(微生物在自然界中的分布) 难易度：容易认知度：理解微生物的种质资源库存在于( )。 选项A）水体 选项B）土壤 选项C）植物 选项D）动物 答案：B 17.知识点：2(微生物在自然界中的分布) 难易度：容易认知度：理解土壤微生物的季节分布特征一般是( )。
本科生物技术、生物科学专业《微生物学》分章节试题库 （命题人：柯野） 第八章微生物生态（8分） 第十章微生物的分类和鉴定（8分） 第十章微生物的分类和鉴定 一、名词解释 1 系统发育树： 2 培养物： 3 菌株： 4 种： 6 属： 7 数值分类法： 8 模式（或典型）菌株： 9 DNA（G+C）mol%值： 10 三域学说： 二、是非题 1、“大肠埃希氏菌”才是俗称“大肠杆菌”的学名。（） 2、所谓“模式菌株”通常是指一个细菌的种内了具代表的菌株。（） 3、两种细菌的G+C含量相近，说明它们亲缘关系近，反之，G+C含量差别大说明它们亲缘关系远。（） 4、DNA-DNA杂交主要用于种、属水平上的分类研究，而进行亲缘关系更远（属以上等级）分类单元的比较，则需进行DNA-rRNA杂交。（） 5、数值分类由于采用了先进的计算想技术，减少了大量的特征测定的实验操作，所以它是比较科学的现代微生物系统分类方法。（） 6、“吹口气查胃病”的原理是：幽门螺杆菌具有人体不具有的尿素酶，受检者口服13C标记的尿素，如有该菌感染，则尿素被尿素酶分解生成NH3和13CO2，用
质谱仪能快速灵敏地测出受检者呼气中13CO2的量，准确地鉴定是否被幽门螺杆菌感染。（） 7、亚种名为三元式组合，即由科名、属名加词和亚种名加词构成。 8、现代微生物生理生化特征的比较也是对微生物基因组的间接比较，加上测定生理生化特征比直接分析基因组要容易得多，因此生理生化特征对于微生物的系统仍然是有意义的。 9、蛋白质氨基酸顺序的进化速率大体上是恒定的，但功能不同的蛋白质常以不同的速率进化。功能重要的分子序列或序列区域往往进化变化速率高。 10．目前种是生物分类中最小的分类单元和分类等级。（） 11．G+C含量的比较主要用于分类中否定。（） 12.菌株是微生物分类和研究工作中最基础的操作实体。（） 三、选择题（4个答案选1） 1、血清学试验，尤其在医学细菌的分类鉴定中的重要意义，但它主要用于划分（）。 （1）种内血清型（2）种间血清型（3）属间血清型（4）属以上血清型2、根据你所掌握的知识，人为认为形态学特征学特征在以下几类微生物中的哪严分类鉴定中显得更加重要？（） （1）病毒（2）细菌（3）酵母菌（4）霉菌 3、现在自动化程度最高、功能最多的微生物专用检测仪是（） （1）气相色谱仪（2）高压液相色谱仪 （3）自动微生物检测仪（4）激光拉曼光谱仪 4、目前微生物的快速检测和自动化分析中，广泛地采用的免疫学技术是（）。（1）DNA探针（2）聚合酶链反应技术 （3）DNA芯片（4）酶联免疫吸附测定法 5、第一个古生菌的全基因组序列测定结果初步证实了它是独立于其他两域生物的第三生命形式。该古生菌是（）。 （1）种名（2）属名（3）人名（4）科名 6. Micrococcus的译名为：（） A. 链球菌属 B. 微球菌属 C. 小单胞菌属 D. 四联球菌属 7. Bacillus的译名为：（）
第10章微生物的分类鉴定 填空题 1，以进化论为指导思想的分类学，其目的已不仅是物种的识别和归类，而主要是通过分类追溯系统发生，推断进化谱系，这样的分类学也称。 2，大量资料表明：功能重要的分子或功能重要的分子区域比功能不重要的大分子或大分子区域进化变化的。 3．微量多项试验鉴定系统，实际上是一类专门设计制作的特征检测卡。 4．《伯杰氏系统细菌学手册》第一版分卷出版，它将原核生物分成组。 5．微生物种的学名由和两部分构成。 6．分类学的内容涉及3个互相依存又有区别的组成部分，即、命名和。 7．如果相似性系数(S AB)等于1，说明所比较的两菌株rRNA序列，若S AB值小于0.1，则表明两菌株亲缘关系。 8．API／ATB是微量多项试验鉴定系统，它包括众多的，共计有几百种生理生化反应，可鉴定几乎所有常见的。 9．微孔滤膜菌落计数板是一种可携带的检测水中大肠菌数的大肠菌测试卡，适于工作和使用，因可以放在人体内衣口袋中培养。 10．伍斯用寡核苷酸序列编目分析法对微生物的16SrRNA序列进行比较后，提出将生物分成为三界(域)：、和。 11．伍斯为了避免把古细菌也看作是细菌的一类，他又把三界(域)改称为：、和。并构建了三界(域)生物的系统树。 选择题(4个答案选1) 1．《伯杰氏系统细菌学手册》第二版把葡萄球菌属和微球菌属分别放在不同的门中，最可能的原因是( )。 (1)生理生化特征不同(2)DNA—DNA杂交同源性不同(3)革兰氏染色反应不同 (4)G+C含量和rRNA序列不同 2．如果需要查阅枯草芽孢杆菌及相关种的分类学资料，并假定《伯杰氏系统细菌学手册》第二版已经全部出版，你将选择该书的( )。 (1)第一卷 (2)第三卷 (3)第四卷 (4)第五卷 3．血清学试验，尤其在医学细菌的分类鉴定中有重要意义，但它主要用于划分( )。 (1)种内血清型 (2)种间血清型 (3)属间血清型 (4)属以上血清型 4．根据你所掌握的知识，你认为形态学特征在以下几类微生物中的哪一类分类鉴定中显得更加重要?( ) (1)病毒 (2)细菌 (3)酵母菌 (4)霉菌 5．在下列4种细菌中，哪一种最有可能属于 (3)自动微生物检测仪 (4)激光拉曼光谱仪 8．目前微生物的快速检测和自动化分析中，广泛地采用的免疫学技术是( )。 (1)DNA探针 (2)聚合酶链反应技术 (3)DNA芯片 (4)酶联免疫吸附测定法 9．第一个古生菌的全基因组序列测定结果初步证实了它是独立于其他两域生物的第三生命形式。该古生菌是( )。 (1)螺旋体 (2)淋病奈瑟氏菌 (3)变形杆菌 (4)詹氏甲烷球菌 10．细菌的种名也用双名法命名，即种的学名由属名和种名加词两部分组合而成。第一个词的首字母要大写，该词是( )。 (1)种名 (2)属名 (3)人名 (4)科名是非题
第二十五授课单元 一、教学目的 使学生了解微生物在自然界中的分布规律、微生物在自然界物质循环中的作用、微生物间的相互关系以及开发利用微生物资源和环境保护方面的微生物学原理和应用。 二、教学内容(第八章微生物生态学) 1. 微生物在自然界的分布介绍土壤、水和空气中的微生物群系和种类。 2 .微生物之间的相互关系介绍互生、共生、寄生和拮抗的概念，这些关系对微生物生长的作用以及举例。 3. 微生物与自然界中的物质循环包括碳素循环、氮素循环和硫循环，微生物在这几种循环中的作用。 4. 微生物与环境保护微生物对污染物的降解与转化，微生物对污染物的处理尤其是污水处理的微生物学原理，介绍活性污泥和BOD的概念。 三、教学重点、难点及处理方法 重点: 1. 微生物之间的相互关系互生、共生、寄生和拮抗的概念 2. 微生物对污染物的处理尤其是污水处理的微生物学原理，介绍活性污泥和BOD的概念。 难点: 互生、共生、寄生和拮抗的概念, 通过举例加以说明. 如互生, 固氮菌与分解纤维的微生物共同生长在一起是土壤微生物互生关系的典型例子, 固氮菌需要不含氮的有机物作为碳源和能源, 但不能直接利用土壤中大量存在的纤维素物质. 而分解纤维素的微生物虽然能分解纤维素, 但分解后有大量有机酸类物质积累. 对自己生长繁殖不利, 当两者生活在一起时, 固氮菌可以利用分解纤维素的微生物所生成的有机酸类物质作为良好的碳源和能源而大量生长繁殖, 并进行了固氮作用; 而分解纤维素的微生物也不至于因自己累积代谢产物而中毒.相反, 由于固氮菌固定大气中的氮气, 而改变土壤中的氮素循环而得以发展, 从而增加了对纤维素的分解能力. 由于两者的互生关系, 增加了土壤的肥力. 地衣是某些担子菌的真菌和单细胞绿藻或蓝藻共生形成的一种植物体. 真菌是行异养生活的, 它从共生的绿藻或蓝藻得到有机养料, 同时能在十分贫瘠的环境条件下吸收无机养料供共生绿藻或蓝藻利用. 共生的绿藻或蓝藻从共生的真菌得到水分和无机养料, 进行光合作用所合成的有机物质即满足自己的需要, 也满足了共生真菌的要求, 且蓝藻能固氮, 供给真菌的氮和营养. 因此地衣能够在极其恶劣的环境下生长. 非特异性拮抗关系可以乳酸细菌产生乳酸或醋细菌产生乙醇对其它微生物的抑制为例, 这种抑制无唯一性, 在一种条件下, 不耐酸的细胞可被产酸的细菌所抑制. 寄生的一个典型例子是细菌与噬菌体. 四、板书设计 第八章微生物生态学 第一节自然界中的微生物 一、土壤中的微生物 土壤微生物种类多、数量多，是微生物的大本营。 二、水体中的微生物 饮用水的微生物指标： 总菌数：< 100个/ml 大肠杆菌：< 3 个/L
第十章微生物的分类与鉴定(参考答案) 一、填空： 1．微生物菌种的命名采用"双名法",即由属名和种名加词构成。 2．来源于一个细胞在固体平板培养基上形成的群体称菌株。 3．1969年将生物界分成了五界，分别是动物界、植物界、原生生物界、真菌界、原核生物界。4．细菌的分类单元分为七个基本的分类等级，由上而下依次为_界、_门__、纲、目、科、属、种。 5．生物分类的传统指标为形态特征、生理生化反应、和生态特性。 6．形态学特征始终被用作微生物分类和鉴定的重要依据之一，其主要原因为具有相对稳定性_和易观察。 7．分类学的内容包括_细菌分类_、放线菌分类和真菌分类_三部分，目前进行细菌分类和鉴定的重要参考书目是_《伯杰氏细菌鉴定手册》。 8．微生物分类和鉴定的特征包括_形态特征_和_生理生化反应_，其中__形态特征_对鉴定微生物的系统发育有决定性作用，而_生理生化反应_可作为判断亲缘关系的参考而且对以实用为目的的分类鉴定仍有重要价值。 9．核酸分子杂交_和_rRNA寡核苷酸编目分析__是目前通过直接比较基因组进行生物分类最常用的两种方法。 10．1978年，Woese等提出新的生物分类概念，根据16SrRNA的碱基序列将生物清晰地划分为三原界，即细菌域、古生菌域和真核生物域。 11．对微生物命定学名的表示方法分双名与三名两种。 12．在生物的界级分类学说研究中,1978年由R．H．whittake和“提出了一个崭新的三域学说。13．填写以下10个数据：(1) 对牛奶等进行巴氏消毒时常用 63 ℃的温度；(2)用液氮保藏微生物的温度为 -196 ℃；(3)通常细菌的最适培养温度为 37 ℃：(4)用烘箱进行的干热灭菌温度一般为 150～170 ℃；(5)的代时一般为 17 min；(6)典型的酵母菌S．cerevisiae的代时一般为 120 min，其大小一般为～10 X ～21um 。（7）至今已记载的微生物约 20万种（1995）；(8)我国卫生部门规定自来水中所含的大肠菌群数不得超过 3个/L ；(9)细菌总数不得超过 100个/ml 。 14．血清学反应是抗原和抗体之间发生的反应。 15.在鉴定菌种的一些现代方法中，有核酸分子杂交，rRNA寡核苷酸编目分析，全基因组测定，数值分类等方法。 二、选择题： 1．同种菌不同来源的纯培养称为（ C ） （A）种 (B)变种 (C)菌株 (D)群 2．试排出生物分类等级的正确顺序（D） (A)目→纲→界→门 (B)界→纲→目→门 (C)目→纲→门→界 (D)界→门→纲→目 三、判断题 1．目前种是生物分类中最小的分类单元和分类等级。√ 2．具有相同G+C含量的生物表明它们之间一定具有相近的亲缘关系。× 四、名词解释 1.种：是一个基本分类单位,它是一大群表型特征高度相似、亲缘关系极其接近、与同属内其他种有着明显差异的菌株的总称。 2.新种：从自然界中分离得到的某一微生物的纯种，如果与文献上记载的典型种的特征有明显差异，即为新种。 3．培养物：根据一定的目的，在培养基上培养的微生物称为培养物。
第三章微生物的分类及其分类方法 本章的核心内容是微生物的分类单元、微生物的命名法则；目前国内外最权威的原核微生物分类系统；用于分离菌株分类鉴定的方法和技术；微生物菌种的保藏。 微生物的分类单元有界、门、纲、目、科、属、种；微生物的命名依林奈氏双名法法则进行；《伯杰氏细菌学鉴定手册》，《伯杰氏系统细菌学手册》是当今进行细菌鉴定的最权威的手册；微生物分离菌株的分类鉴定有经典分类鉴定法、数值分类鉴定法、化学分类鉴定法、遗传学分类鉴定法， DNA中GC mol%分析、DNA-DNA杂交、DNA-rRNA杂交、16Sr RNA(16S rDNA)寡核苷酸的序列分析，微生物系统发育地位分析等不同层次的技术方法。微生物菌种的保藏对于研究和发酵生产都具有不可忽视的意义。保藏方法可依不同条件选择不同方法。 第一节微生物的分类单元和命名 分类是人类认识微生物，进而利用和改造微生物的一种手段，微生物工作者只有在掌握了分类学知识的基础上，才能对纷繁的微生物类群有一清晰的轮廊，了解其亲缘关系与演化关系，为人类开发利用微生物资源提供依据。 微生物分类学 (microbial taxonomy) 是一门按微生物的亲缘关系把它们安排成条理清楚的各种分类单元或分类群 (taxon) 的科学，它的具体任务有三，即分类(classification) 、命名 (nomenclature) 和鉴定 (identification) 。分类指的是根据相似性或亲缘关系，将一个有机体放在一个单元中。命名是按照国际命名法规给有机体一个科学名称。鉴定则是确定一个新的分离物是否归属于已经命名的分类单元的过程。因此，概括来说，微生物分类学是对各个微生物进行鉴定，按分类学准则排列成分类系统，并对已确定的分类单元进行科学命名的科学。 一、微生物的分类单元 微生物的主要分类单位，依次为界 (kingdom) 、门（ phylum 或 division ）、纲(class) 、目 (order) 、科 (fami1y) 、属 (genus) 、种 (species) 。其中种是最基本的分类单位。具有完全或极多相同特点的有机体构成同种。性质相似、相互有关的各种组成属。相近似的届合并为科。近似的科合并为目。近似的目归纳为纲。综合各纲成为门。由此构成一个完整的分类系统。以下以柠檬浮霉状菌为例加以说明。
第十章微生物的分类鉴定 填空题： 1，以进化论为指导思想的分类学，其目的已不仅是物种的识别和归类，而主要是通过分类追溯系统发生，推断进化谱系，这样的分类学也称系统学。 2，大量资料表明：功能重要的分子或功能重要的分子区域比功能不重要的大分子或大分子区域进化变化的速率低。 3．微量多项试验鉴定系统，实际上是一类专门设计制作的生理生化特征检测卡。 4．《伯杰氏系统细菌学手册》第一版分4卷出版，它将原核生物分成33组。 5．微生物种的学名由属名和种名加词两部分构成。 6．分类学的内容涉及3个互相依存又有区别的组成部分，即分类、命名和鉴定。 7．如果相似性系数(S AB)等于1，说明所比较的两菌株rRNA序列相同，若S AB值小于0.1，则表明两菌株亲缘关系很远。 8．API／ATB是微量多项试验鉴定系统，它包括众多的鉴定系统，共计有几百种生理生化反应，可鉴定几乎所有常见的细菌。 9．微孔滤膜菌落计数板是一种可携带的检测水中大肠菌数的大肠菌测试卡，适于野外工作和家庭使用，因可以放在人体内衣口袋中培养。 10．伍斯用寡核苷酸序列编目分析法对微生物的16SrRNA序列进行比较后，提出将生物分成为三界(域)：古细菌、真细菌和真核生物。 11．伍斯为了避免把古细菌也看作是细菌的一类，他又把三界(域)改称为：细菌、古生菌和真核生物。并构建了三界(域)生物的系统树。 选择题(4个答案选1)： 1．《伯杰氏系统细菌学手册》第二版把葡萄球菌属和微球菌属分别放在不同的门中，最可能的原因是( (4) )。 (1)生理生化特征不同(2)DNA—DNA杂交同源性不同(3)革兰氏染色反应不同 (4)G+C含量和rRNA序列不同 2．如果需要查阅枯草芽孢杆菌及相关种的分类学资料，并假定《伯杰氏系统细菌学手册》第二版已经全部出版，你将选择该书的( (2) )。 (1)第一卷 (2)第三卷 (3)第四卷 (4)第五卷 3．血清学试验，尤其在医学细菌的分类鉴定中有重要意义，但它主要用于划分( (1) )。 (1)种内血清型 (2)种间血清型 (3)属间血清型 (4)属以上血清型 4．根据你所掌握的知识，你认为形态学特征在以下几类微生物中的哪一类分类鉴定中显得更加重要?( (4) ) (1)病毒 (2)细菌 (3)酵母菌 (4)霉菌 5．在下列4种细菌中，哪一种最有可能属于《伯杰氏系统细菌学手册》第一版第5组“兼性厌氧的革兰氏阴必杆菌”( (3) )。 (1)梅毒密螺旋菌 (2)枯草芽孢杆菌 (3)大肠埃希氏菌 (4)金黄色葡萄球菌 6．如果你在实验室用牛肉膏—蛋白胨培养基和常规平板法分离到一株不产芽孢、始终呈杆状的细菌，只要进行以下哪一组试验可以确定它属于33组中的某一组？( (1) ) (1)革兰氏染色和厌氧生长试验 (2)革兰氏染色、光能和化能自养生长试验 (3) 革兰氏染色和运动性试验 (4) 革兰氏染色、好氧、厌氧和兼性厌氧生长试验7．现在自动化程度最高、功能最多的微生物专用检测仪是( (3) )。