一前言
Genbank核酸序列数据库是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)建立和维护的。它包含了所有已知的核酸序列和蛋白质序列，以及与它们相关的文献著作和生物学注释。它的数据直接来源于测序工作者提交的序列。EMBL数据提交方式主要有三种，即通过Webin、Sequin或 Data Submission Form三种方式提交数据，目前EMBL数据库已停止接受email 格式的提交方式。日本DNA数据库DDBJ(DNA Data Bank of Japan)，于1984年建立，是世界三大DNA 数据库之一。
二本论
2 Genbank简介
Genbank核酸序列数据库是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)建立和维护的。它包含了所有已知的核酸序列和蛋白质序列，以及与它们相关的文献著作和生物学注释。它的数据直接来源于测序工作者提交的序列；由测序中心提交的大量EST序列和其它测序数据；以及与其它数据机构协作交换数据而来。
2.1GenBank的序列提交
提交序列有两种方式，一个是在线的页面提交序列bankit，另一个是通过NCBI的Sequin 软件提交序列。Sequin也是一种很好的利用了NCBI数据模型ASN.1编辑工具。
BankIt 用于一条或者少数条提交的基于WWW的提交工具软件，适合于独立测序工作者提交少量序列，而不适合大量序列的提交，也不适合提交很长的序列，EST序列和GSS序列也不应用于BankIt提交。BankIt是一系列表单，包括联络信息、发布要求、引用参考信息、序列来源信息、以及序列本身的信息等。并且在提交前用 VecScreen 去除载体。
1、进入GenBank https://www.doczj.com/doc/cb16632354.html,/genbank/ 点击BankIt
2、在BankIt使用的时候先进行注册，点击右上角的Sign in to NCBI,在如果使第一次使用则需要注册，点击Register for an account, 如果已经创建用户名，则输入用户名、密码直接登录即可。
3、登录账号后点击New Submission
4、填写姓名、住址、电话、邮箱等基本信息，
点击Continue
5、得到序列的存取号，填写发布要求、引用参考信息、序列来源信息、以及序列本身的信息等。
5.
6、Sequencing Technology 测序技术
如果你提交超过500个序列或者如果序列利用新一代测序技术产生此信息是必需的。选择你获取这些序列的方法
7、Nucleotide界面：
选择序列合适公布日期
选择是否在此提交ONLY16S核糖体RNA的数据，然后选择Molecule Type分子类型、Topology拓扑结构、Genomic completeness基因组的完整性；填写上提交序列的数目，最后是可以直接提交所有的序列或者是提交已经准备的FASTA文件。
8、Set/Batch
9、Submission Category提交分类
说明你的序列是原始的或第三方的注释提交
10、Source Modifiers来源修饰符
Organelle/Location细胞器/定位
11、PCR Primers (Optional) PCR引物（可选）
12、Features (Overview) 特点（概述）
功能的添加可以通过添加列表上传或直接输入添加，可选其中一种方式。
13、Review Submission评论提交，检查完之后进行提交。
如果大规模的测序如EST、 STS和GSS序列分别有专门的投递途径。ESTs：表达序列标签，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列。也包括来自于差异显示和 RACE 实验的 cDNA 序列。GSSs：基因组调查序列，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列，exon trap 获得的序列，cosmid/BAC/YAC 末端。HTGs：来自于大规模测序中心的高通量基因组序列，未完成的和完成的序列。并且完成的人类的HTG序列可以同时在 GenBank 和 Human Genome Sequencing页面上访问）。STSs：序列标签位点。短的在基因组上可以被唯一操作的序列，用于产生作图位点。 SNPs：人类的和其他物种的遗传变异数据可以提交到NCBI数据库的单核苷酸多态性库中（dbSNP）。
Sequin - 提交软件程序，可供Mac、PC/Windows、UNIX用户递交软件，在输入有关数据的详细资料后通过E-Mail发送到NCBI，也可以讲数据文件拷贝到软盘上邮寄给NCBI。用于一条或者很多条的提交，长序列，完整基因组，alignments，人群/种系/突变研究的提交。可以独立使用，或者用基于TCP/IP的"network aware"模式，可以链接到其他NCBI 的资源和软件比如Entrez和PowerBLAST。同时在提交前用VecScreen去除载体。
从使用方便性上来说，两者均需要填写所必须的各项资料，也都是很麻烦，但后者也以同时提交多项序列，而且不会因为网络错误而导致已填写的数据丢失，还是更有利一些。数据提交后，作者将会收到一个数据存取号，报名提交变得数据已经被接收，该存取号可作为以后向数据库查询时的凭据，NCBI也可通过BankIt 、Sequin、 E-Mail方式，对已被收入的数据进行修改、添加或删除。
2.2 Genbank序列下载
输入rice，单击search，得到下图
2.3 Genbank返回结果含义
完整的GenBank数据库包括序列文件，索引文件以及其它有关文件。索引文件是根据数据库中作者、参考文献等子段建立的，用于数据库查询。
LOCUS 代码：所有的开始于LOCUS行，图中LOCUS名称为序列代码NR_073583,序列代码开始于一个英文字母，总长度不能超过10个字符，第二个字符以后可以是数字或字母，所有字符均要大写。序列长度为2531bp，生物分子的类型，是RNA，通常是DNA或
RNA。最后的是数据公开日期，12-JAN-2013。
DEFINITION行（也称为“DEF”行）总结记录的生物意义。
ACCESSION检索号：是数据库中检索一个记录的主要关键词。所有的GenBank记录都只有一个ACCESSION行，而且一般只有一个检索号，称为主检索号码，图中为NR_073583。
VERSION 版本：检索号为NR_073583，gi号为441478317。
KEYWORDS 关键字：由该序列的提交者提供，包括该序列的基因产物以及其它相关信息。
SOURCE 数据来源：说明该序列是从哪儿得到的。
ORGANISM 种属：是次关键字，指出该生物体的分类学地位。
REFERENCE 文献：一个序列可以有多篇文献，以不同序号表示，并给出该序列中的哪一部分与文献有关。包括AUTHORS (作者)，TITLE(题目)及JOURNAL (杂志名)等，以次关键词列出。PUBMED指的是允许指向PubMed数据库以及发表者在线全文电子版的链接。
FEATURES特性表：具有特定的格式，用来详细描述序列特性。
source来源是在所有GenBank记录中出现的特性，而且特性都有一系列的限定词。特性表中带有‘/db-xref/’标志的字符可以连接到其它数据库。
ORIGIN碱基排列顺序：全部列出，并以//作为结尾。
3 EMBL简介
欧洲分子生物学实验室EMBL，于1974年由欧洲14个国家加上亚洲的以色列共同发起建立，包括一个位于德国Heidelberg的核心实验室，及三个位于德国Hamburg，法国Grenoble及英国Hinxton的研究分部。由于具有开放和创新的良好学术氛围，EMBL已发展成欧洲最重要和最核心的分子生物学基础研究和教育培训机构。
EMBL-DNA数据库于1982年由EMBL建立，与美国的GenBank及日本的DDBJ共同组成全球性的国际DNA数据库，近年来发展很快，在1995年数据量成倍递增。EBI是EMBL在英国Hinxton的分部，主要负责建立EMBL-DNA数据库，可进行核苷酸序列检索及序列相似性查询。
3.1 EMBL的序列提交
EMBL数据提交方式主要有三种，即通过Webin、Sequin或 Data Submission Form三种方式提交数据，目前EMBL数据库已停止接受email格式的提交方式。直接提交的数据要经过EMBL数据库专家的复核，但其信息准确度和质量的高低最终还是由提交者负责。
进入EMBL：https://www.doczj.com/doc/cb16632354.html,/embl/
先进行注册，点击Register
填写信息之后点击Save
选择提交序列的类型
选择发布日期
填写引用的信息
直接提交的数据要经过EMBL数据库专家的复核，但其信息准确度和质量的高低最终还是由提交者负责，提交的信息除包括提交者个人资料外，还应包括物质的全部生物学特征，如各种描述性信息及源信息、种属来源、分子型、细胞株、细胞型、基因序列、相关产物、参考文献资料、特征信息(如codingregions，regulatory signals等)等等
3.2 EMBL的序列下载
例如输入AB000888;
点击右上角的Download，然后选择下载的格式即可。
3.3 EMBL返回结果含义
输入序列号 AB000888，选择EMBL format
ID是序列名称，为序列的标识符行，包括登录号、类型、分子的长度，图中AB000888为登录号，SV为序列版本行，图中指的是该序列数据是第1个版本。序列名称是mRNA,长度为937bp。
XX为分隔行号。
DT为创建和更新日期；第一行为创建日期，第二行为更新日期。
DE为序列描述行。
KW为关键字。图中为磷脂酸磷酸酶2A。
OS为描述生物的种属。
OC描述生物体分类信息。
RN相关文献编号或递交序列的注册信息。
RP参考文献的其他注释。
RA参考文献作者或递交序列的作者。
RT参考文献的题目。
RL参考文献杂志名或递交序列的作者单位
RX行是其他文献数据库的连接，如“PUBMED；9305923”表示对应参考文献在PUBMED数据库的标号是9305923，
RA相关文献作者或递交序列的作者
DR是到其他生物信息数据库的链接，如到基因组数据库，蛋白质数据库等
FH为特征表开始符号
FT为特征表行，FT行具体的信息有：序列的长度、序列来自何种生物体、何种组织，在染色体上的定位，蛋白质编码序列片段在整个序列中的位置，外显子和内含子的位置，
与基因对应的蛋白质序列等。
FT行主要有三项(1)Feature Key，它是描述特征的关键字，如source，CDS等（2）Location，指明特征在序列中的特定位置，（3）Qualifirs，描述关于一个特征的辅助信息。
SQ碱基种类统计数。A：240 C：218 G：209 T：270
4 DDBJ简介
日本DNA数据库DDBJ(DNA Data Bank of Japan)，于1984年建立，是世界三大DNA 数据库之一，与NCBI的GenBank，EBI的EMBL数据库共同组成国际DNA数据库，每日都交换更新数据和信息，并主持两个国际年会－国际DNA数据库咨询会议和国际DNA数据库协作会议，互相交换信息，因此三个库的数据实际上是相同的。DDBJ数据库是国际上最具权威的)DNA序列数据库之一，其所发布的核酸序列信息在生物信息科学研究中起着相当重要的作用。它集数据收集、检索、分析功能于一体，为用户提供了多方位的服务，并且数据的检索方式灵活多样，可根据用户的层次差异和不同需求，提供由浅到深、由简到繁等多种检索途径。该数据库的检索方法较易掌握，但如何分析和利用所检得的数据结果需要较深的生物信息学专业知识背景。
4.1 DDBJ的序列提交
进入DDBJ http://www.ddbj.nig.ac.jp/searches-e.html
点击Data Submission,
我们又两种数据提交的方式，我们可以选择第一种，点击进去之后，在点击最下面的Start new submission
可以出现多种数据提交的网站，点击Create new submission
1、数据库简介： 数据库是专门开发数据管理的软件，或者说专门管理数据的软件就是数据库。 数据库存在的意义就是：减轻开发人员的负担。数据库是一个综合的软件，那么我们不需要队要进行2进制保存数据进行处理了，但是却是要与数据库产生交互，那么命令式SQL，有技巧的，数据库就是万物皆关系（面向对象，万物皆是对象）有所区别。 2、数据库的发展： 一开始的是层次化的数据与网状数据库，后来也发现使用确实很麻烦。 于是到了1970年EF.Cold博士（IBM公司的研究员）开创了关系性的数据库的先驱，发表了关系性数据库的论文，但是由于当时电脑硬件的局限性，大家觉得跑如此大的程序不值得。后来，Oracle（甲骨文）公司的创始人，拉里带领Oracle投入到关系型数据库的研发，并且得到了一个大客户—美国国防部。随即开始世界刮起了关系数据库的旋风，随后各个公司都纷纷推出自己的数据库系统。比如：IBM的DB2 ，还有风靡一时的DBS3。 但是随即出现不兼容的问题，由于最早的时候都没有进行没规范。所以到最后各个数据库巨头统一了操纵数据库的SQL（结构化Struct数据查询语言）变成了标准语言，而关系型数据库也俨然变成大家的宠儿，Oracle也从一个小公司，变成现在的数据库巨头，而我们的微软也推出了SQLServer。当然还有PHPer的最爱mySQL。但是mySQL被SUN，SUN 被Oracle收购，现在有免费版与收费专业版了。所以我们学习SQL语言的时候，先学共同点，再学特异性。各种数据库软件在使用上有一点区别。 3、数据库系统详解： 为适应数据处理的需要而发展起来的一种较为理想的数据处理的核心机构。计算机的高速处理能力和大容量存储器提供了实现数据管理自动化的条件。 数据库系统一般由4个部分组成： 数据库，即存储在磁带、磁盘、光盘或其他外存介质上、按一定结构组织在一起的相关数据的集合。（个体） 数据库管理系统（DBMS）。一组能完成描述、管理、维护子数据库的程序系统。它按照一种公用的和可控制的方法完成插入新数据、修改和检索原有数据的操作。 数据库管理员（DBA）。 用户和应用程序。（微软的称作SSMS） 4、数据库系统的基本要求是： 1、能够保证数据的独立性。数据和程序相互独立有利于加快软件开发速度，节省开发费用。 2、冗余数据少，数据共享程度高。 3、系统的用户接口简单，用户容易掌握，使用方便。 4、能够确保系统运行可靠，出现故障时能迅速排除，能够保护数据不受非受权者访问或破坏，能够防止错误数据的产生，一旦产生也能及时发现。 5、有重新组织数据的能力，能改变数据的存储结构或数据存储位置，以适应用户操作特性的变化，改善由于频繁插入、删除操作造成的数据组织零乱和时空性能变坏的状况。 6、具有可修改性和可扩充性、可维护性。 7、能够充分描述数据间的内在联系。 5、数据库（Database）: 由众多的数据、数据表、约束、存储过程、函数、视图、索引构成的一个数据存储与交互单元，是按照数据结构来组织、存储和管理数据的仓库。 6、数据表（table）: 数据表，实际上是一个二维表。一般是围绕一个事务、动作记录，或者是一个信息主题作为一个数据表。数据表由行与列构成。 7、列（column、field）: 列，其实就是字段。也是决定了信息的基本单元。列，包含有数据类型的设定。 8、行（row、record）： 行，实际上就是一条基本信息。一行包含了多列数据的存储的信息。所以一行也有一条记录之称。 9、行业（trade） 一个行业一种需求，没一个需求每一种数据库的设计模式与思想。每个行业的数据设计的重点都是不同的。侧重查询（要求低范式）还是操作（要求搞范式）就是自己选择的问题了。 10、索引（index） 索引是一个单独的、物理的数据库结构，它是某个表中一列或若干列值的集合和相应的指向表中物理标识这些值的数据页的逻辑指针清单。索引其实就是一个B+树，但是这个索引是N^n层数次方的。目的就是在数据库中划分出一定的区域优化查询。可以提升大量数据的查询速度。索引一般可以分为：基于字段优化查询速度的普通索引、唯一性索引、主键索引、全文索引、单列与多列索引。现在由于数据库系统的不断升级，我们只要设定索引就可以了，不需要特殊的维护。而且数据在查询的时候也会根据查询适当地选择是利用索引查询，还是仅仅是表查询。由于数据库系统的发展，系统内部已经自动帮我们完成对索引的维护。但是在设计的时候要考虑到索引的损耗问题。数据库DB就像是一个字典，索引就是根据指定字段制成的快速指向。由于只是指向数据对象标识，真正的数据是存储在DB中，所以查询速度极快。但是额外的内存与硬盘花销也是一个需要考虑的问题。比如：增加、删除、修改时数据库都要对索引进行维护，但是这样也是为了最后查询的效率的提升，特别适合W行级别的数据查询。而索引可以分为：隐式索引（针对单个字段）、唯一索引（唯一约束）、函数索引（函数（字段））、聚簇索引（主键）、组合索引（最多16个field）与全文索引（text）。一般索引会占用原数据库大小的20%。 11、视图（view） 固化的子查询，将一个子查询起了一个固化的名字，保存在数据库中，方便以后的使用。其实调用大量的Join来进行一个查询一般也是用视图。视图与索引都是为了优化查询的速度与语句。视图是优化语句，索引是优化单查速度。一般是DBA来设定数据库的视图，封装内部数据库的数据关系，范式修改数据容易了，视图让我们查询复杂关系的数据变得容易。 12、触发器（trigger） 触发器（trigger）是个特殊的存储过程，它的执行不是由程序调用，也不是手工启动，而是由个事件来触发，比如当对一个表进行操作（insert，delete，update）时就会激活它执行。触发器经常用于加强数据的完整性约束和业务规则等。触发器可以从DBA_TRIGGERS ，USER_TRIGGERS 数据字典中查到。 13、SQLServer数据类型详解
create table UserInfo( CustomerId char(20), CustomerName char(50)not null, PID varchar(20)unique, Telephone varchar(20), Address char(50), PRIMARY KEY(CustomerId)) create table CardInfo( cardID char(50)not null, curType varchar(10)not null default'RMB', savingType varchar(10), openDate datetime default getdate(), openMoney int not null, balance int not null, pass char(50)not null default'888888', IsReportLoss char(50)not null default'否', customerID char(20)not null foreign key(customerID)references userinfo(customerID), PRIMARY KEY(CardId)) create table TransInfo( transDate datetime not null default'getdate()', cardID char(50)foreign key(cardID)references cardinfo(cardID), transType char(10)not null, transMoney bigint not null, remark char(20), ID int identity(1,1)not null) Insert into userinfo values('10001','李清','420101************','2071-84216821','湖北武汉'); Insert into userinfo values('10002','玉清','420101************','2071-84216820','湖北武汉'); INSERT INTO CardInfo V ALUES('102128001','RMB','活期',getdate(),'10000','10000','84212121','否','10001'); INSERT INTO CardInfo V ALUES('102128002','RMB','活期',getdate(),'10001','10001','84202020','否','10002');
第二章GenBank序列数据库 简介 一级蛋白质和核酸数据库在分子生物学界是如此的司空见惯，以致于我们很少会去考虑这些普遍存在的工具是如何建立的。但是如果我们能够了解这些序列是如何汇集到一起的，这将有助于我们加深对生物学的理解，并且能够更加充分地发掘这些记录中蕴藏的信息。 GenBank是美国国立卫生研究院维护的基因序列数据库，汇集并注释了所有公开的核酸以及蛋白质序列。每个记录代表了一个单独的、连续的、带有注释的DNA或RNA片段。这些文件按类别分为几组：有些按照系统发生学划分，另外一些则按照生成这些序列数据的技术方法划分。目前GenBank中所有的记录均来自于最初作者向DNA序列数据库的直接提交。这些作者将序列数据作为论文的一部分来发表，或将数据直接公开。GenBank由位于马里兰州Bethesda的美国国立卫生研究院下属国立生物技术信息中心建立，与日本DNA数据库（DDBJ）以及欧洲生物信息研究院的欧洲分子生物学实验室核苷酸数据库（EMBL）一起，都是国际核苷酸序列数据库合作的成员。所有这三个中心都可 以独立地接受数据提交，而三个中心之间则逐日交换信息，并制作相同的充分详细的数据库向公众开放（虽然格式上有细微的差别，并且所使用的信息系统也略有不同）。 这一章描述GenBank数据库是如何构成的，它如何与蛋白质数据库相衔接，以及如何解释其中的数据成分。关于序列数据库，前人已经作了大量的工作，具体可参见（Schuler et al., 1996; Bairoch and Apweiller, 1997; Benson et al., 1997; George et al., 1997; Stoesser et al., 1997; Tateno et al., 1997）。所有这些论 文都指出了数据库快速增长的趋势，并对如何利用这些生物学资源提出了建议。出于科学研究的考虑，以及由于历史的原因，序列数据被分别存放在核苷酸和蛋白质数据库中。核苷酸序列是查询核苷酸数据库以及蛋白质数据库时的主要出发点，并且目前有一种趋势，将核苷酸数据库介入到蛋白质数据库的管理之中（正如我们下面将要看到的那样）。这并不奇怪，因为数据库维护者与数据提交者之
一、单选题（共 10 道试题，共 50 分。）V 1. SQL Server中，保存着每个数据库对象的信息的系统表是（）。 A. sysdatabases B. Syscolumns C. Sysobjects D. Syslogs 满分：5 分 2. 在存在下列关键字的SQL语句中，不可能出现Where子句的是（）。 A. Update B. Delete C. Insert D. Alter 满分：5 分 3. 在查询语句的Where子句中，如果出现了“age Between 30 and 40”,这个表达式等同于（）。 A. age>=30 and age<=40 B. age>=30 or age<=40 C. age>30 and age<40 D. age>30 or age<40 满分：5 分 4. 如果要在一管理职工工资的表中限制工资的输入围，应使用（）约束。 A. PDRIMARY KEY B. FOREIGN KEY C. unique D. check 满分：5 分 5. 记录数据库事务操作信息的文件是（）。 A. 数据文件 B. 索引文件 C. 辅助数据文件 D. 日志文件 满分：5 分 6. 要查询XSH数据库CP表中产品名含有“冰箱”的产品情况，可用（）命令。 A. SELECT * FROM CP WHERE 产品名称LIKE ‘冰箱’ B. SELECT * FROM XSH WHERE 产品名称LIKE ‘冰箱’ C. SELECT * FROM CP WHERE 产品名称LIKE ‘%冰箱%’ D. SELECT * FROM CP WHERE 产品名称=‘冰箱’ 满分：5 分 7. 储蓄所有多个储户，储户能够在多个储蓄所存取款，储蓄所与储户之间是（）。 A. 一对一的联系 B. 一对多的联系 C. 多对一的联系 D. 多对多的联系 满分：5 分
SQL数据库用户使用手册 如何将本地SQL数据库导入到万网主机上，一般分为4个步骤 示例： 第一步：通过SQL脚本生成表结构，可以保证本地数据库中视图、存储过程、以及表的默认值、标识、主键等属性的完整性，避免由于DTS传输引起丢失属性的问题，同时使用查询分析器执行SQL脚本，在服务器端创建表结构； 1)、请您先运行本地的企业管理器 2）、请您点击您本地的数据库点击右健－》选择生成SQL脚本
3)、选择常规－》点击全部显示，选择您想导出的脚本对象 4)、点击选项－》表脚本选项，把您所用到的脚本选中然后点击确定 5）为自己导入的.sql脚本文件命名，并保存在本地
6）、找到刚才我们保存在本地的.sql脚本文件，使用记事本打开 7）、选择编辑－》替换，把程序中所有[dbo]的字符都更改成您万网发信告知您的数据库登
陆名，更换完成后保存关闭记事本 8）、通过万网通知书中的数据库登陆地址、数据库登陆名、和数据库密码，使用企业管理器连接到万网的主机服务器上，然后选择查询分析器
9）、点击打开选择刚才编辑过的.sql脚本，然后点击运行 第二步：在本地创建一个和万网主机相同权限的SQL数据库 1）、完成上面操作后，请您选择数据库点击右键选择新建数据库，由于您在万网申请的是虚拟主机，万网分配的权限都是user的而不是dbo的权限，因此需要您在本地也创建一个与服务器一样的配置，以便正常完成导入操作
2)、在常规－》名称处输入万网开通通知中告知您的数据库库名,然后点击确定。例如：cw01001_db 3)、选择安全性－》新建登陆
SQL数据库完全操作手册 SQL是Structured Quevy Language(结构化查询语言)的缩写。SQL是专为数据库而建立的操作命令集，是一种功能齐全的数据库语言。在使用它时，只需要发出“做什么”的命令，“怎么做”是不用使用者考虑的。SQL功能强大、简单易学、使用方便，已经成为了数据库操作的基础，并且现在几乎所有的数据库均支持SQL。 ##1 二、SQL数据库数据体系结构 SQL数据库的数据体系结构基本上是三级结构，但使用术语与传统关系模型术语不同。在SQL中，关系模式(模式)称为“基本表”(base table)；存储模式(内模式)称为“存储文件”(stored file)；子模式(外模式)称为“视图”(view)；元组称为“行”(row)；属性称为“列”(column)。名称对称如^00100009a^： ##1 三、SQL语言的组成 在正式学习SQL语言之前，首先让我们对SQL语言有一个基本认识，介绍一下SQL 语言的组成： 1.一个SQL数据库是表(Table)的集合，它由一个或多个SQL模式定义。 2.一个SQL表由行集构成，一行是列的序列(集合)，每列与行对应一个数据项。 3.一个表或者是一个基本表或者是一个视图。基本表是实际存储在数据库的表，而视图是由若干基本表或其他视图构成的表的定义。 4.一个基本表可以跨一个或多个存储文件，一个存储文件也可存放一个或多个基本表。每个存储文件与外部存储上一个物理文件对应。 5.用户可以用SQL语句对视图和基本表进行查询等操作。在用户角度来看，视图和基本表是一样的，没有区别，都是关系(表格)。 6.SQL用户可以是应用程序，也可以是终端用户。SQL语句可嵌入在宿主语言的程序中使用，宿主语言有FORTRAN，COBOL，PASCAL，PL/I，C和Ada语言等。SQL用户也能作为独立的用户接口，供交互环境下的终端用户使用。 ##1 四、对数据库进行操作 SQL包括了所有对数据库的操作，主要是由4个部分组成： 1.数据定义：这一部分又称为“SQL DDL”，定义数据库的逻辑结构，包括定义数据库、基本表、视图和索引4部分。 2.数据操纵：这一部分又称为“SQL DML”，其中包括数据查询和数据更新两大类操作，其中数据更新又包括插入、删除和更新三种操作。 3.数据控制：对用户访问数据的控制有基本表和视图的授权、完整性规则的描述，事务控制语句等。 4.嵌入式SQL语言的使用规定：规定SQL语句在宿主语言的程序中使用的规则。下面我们将分别介绍： ##2 (一)数据定义 SQL数据定义功能包括定义数据库、基本表、索引和视图。 首先，让我们了解一下SQL所提供的基本数据类型：(如^00100009b^) 1.数据库的建立与删除 (1)建立数据库：数据库是一个包括了多个基本表的数据集，其语句格式为： CREATE DATABASE <数据库名> ［其它参数］ 其中，<数据库名>在系统中必须是唯一的，不能重复，不然将导致数据存取失误。［其它参数］因具体数据库实现系统不同而异。 例：要建立项目管理数据库(xmmanage)，其语句应为： CREATE DATABASE xmmanage
如何在genbank中查找一基因的序列 1、在GeneBank 中查找基因序列只要输入accession号就可以了，下面网址就是一个基因的全部序列信息的例子，https://www.doczj.com/doc/cb16632354.html,/Sitemap/samplerecord.html，在记录的末尾有各种记录的详细说明，如果你没有accession号，可以把你手头的编号用source等信息源转换成accession号，中文教程太古老了，如果你是初学者一定要养成看英文文献的习惯，要是特别想看中文翻译的话，书店里随便一本生物信息学书里都会介绍数据库的，不过有些翻译过来的东西真的很别扭，希望对你有帮助。 2、关于在GeneBank中查找序列我有几点体会： 最直接、最简单的方法是手头有基因的accession号； 如果没有就需要明确两个重要的内容，即基因名称及物种信息（如果有最好是拉丁全名），基因名称尽可能详细，避免搜出一些不相关的信息； 搜索的时候建议先用NCBI的Gene数据库搜索，这样得到的accession号是属于NCBI工作人员重新整理过的Refseq的序列，这样会比较可靠；当然这个要看你的分析目的，如果你是要对该序列进行下游的分子生物学操作or分析，选这种序列我觉得会比较好，如果是要进行多序列的分析or其他目的需要全面分析该序列的，可能需要其他序列做补充，但是我觉得序列越多问题越说不清楚，因为毕竟不是自己的序列，如果Gene数据库里没有收录，那就只有在Nucleotide数据库里找了，但是还是建议采用Refseq的序列，Refseq序列特征如下： Accession prefix Molecule type Comment AC_ Genomic Complete genomic molecule, alternate assembly NC_ Genomic Complete genomic molecule, reference assembly NG_ Genomic Incomplete genomic region NT_ Genomic Contig or scaffold, clone-based or WGSa NW_ Genomic Contig or scaffold, primarily WGSa NS_ Genomic Environmental sequence NZ_b Genomic Unfinished WGS NM_ mRNA NR_ RNA XM_c mRNA Predicted model XR_c RNA Predicted model AP_ Protein Annotated on AC_ alternate assembly NP_ Protein YP_c Protein XP_c Protein Predicted model ZP_c Protein Predicted model, annotated on NZ_ genomic records a Whole Genome Shotgun sequence data. b An ordered collection of WGS for a genome. c Computed. 其他值得考虑的是，对于真核生物最好找注释为全长的mRNA序列，原核生物最好有起始密码子和终止密码子； 其他未尽事宜大家补充！
GenBank数据库简介 点击次数：791 发布日期：2008-5-11 仅供参考，谢绝转载，否则责任自负 1. GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织，包括EMBL和DDBJ。是NIH遗传序列数据库，一个所有可以公开获得的DNA序列的注释过的收集。GenBank同日本和欧洲分子生物学实验室的DNA数据库共同构成了国际核酸序列数据库合作。唯一人类基因序列集合（UniGene），人类基因组基因图谱，分类学浏览器，同国立癌症研究所合作的癌症基因组剖析计划（CGAP）等数据库。GenBank以指数形式增长，核酸碱基数目大概每14个月就翻一个倍。 2. 纪录样本 - 关于GenBank的各个字段的详细描述，以及同Entrez搜索字段的交叉索引。 3. 访问GenBank - 通过Entrez Nucleotides来查询。用accession number，作者姓名，物种，基因/蛋白名字，还有许多其他的文本术语来查询。关于Entrez更多的信息请看下文。用BLAST来在GenBank和其他数据库中进行序列相似搜索。用E-mail来访问Entrez和BLAST可以通过Query和BLAST服务器。另外一种选择是可以用FTP下载整个的GenBank和更新数据。 4. 增长统计 - 参见公布通知的2.2.6（每个分类的统计），2.2.7（每个物种的统计），2.2.8（GenBank 增长）小节。 5. 公布通知，最新 - 最近和即将有的变化，GenBank的分类，数据增长统计，GenBank的引用。 6. 公布通知，旧 - 同上相同，是过去公布的统计。 7. 遗传密码 - 15个遗传密码的概要。用来确保GenBank中纪录的编码序列被正确的翻译。 向GenBank提交数据： 1. 关于提交序列数据，收到accession number，和对纪录作更新的一般信息。 2. BankIt - 用于一条或者少数条提交的基于WWW的提交工具软件。（请在提交前用VecScreen去除载体） 3. Sequin - 提交软件程序，用于一条或者很多条的提交，长序列，完整基因组，alignments，人群/种系/突变研究的提交。可以独立使用，或者用基于TCP/IP的“network aware”模式，可以链接到其他NCBI 的资源和软件比如Entrez和PowerBLAST。（请在提交前用VecScreen去除载体） 4. ESTs - 表达序列标签，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列。也包括来自于差异显示和RACE实验的cDNA序列。 5. GSSs - 基因组调查序列，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列，exon trap获得的序列，cosmid/BAC/YAC 末端，及其他。 6. HTGs - 来自于大规模测序中心的高通量基因组序列，未完成的（阶段0，1，2）和完成的（阶段3）序列。（注意：完成的人类的HTG序列可以同时在GenBank和Human Genome Sequencing页面上访问。） 7. STSs - 序列标签位点。短的在基因组上可以被唯一操作的序列，用于产生作图位点。 8. 注：SNPs - 人类的和其他物种的遗传变异数据可以提交到NCBI数据库的单核苷酸多态性库中（dbSNP）。 国际核苷酸序列数据库合作组织： 1. GenBank，DDBJ，EMBL - 合作计划的概述，并链接到相应的主页。GenBank，DDBJ（DNA Data Bank of Japan），and EMBL （European Molecular Biology Laboratory）数据库共享的数据是每天都交换的，因此他们是相等的。数据纪录的格式和搜索方式可能会不一样，但是accession number，序列数据和注解都是一模一样的。即，你可以用accession number U12345在GenBank，DDBJ或EMBL中查找相应纪录，得到的结果是完全一样的序列数据，参考内容等等。? 2. DDBJ/EMBJ/GenBank特性表—特性表格式和标准被合作数据库用在序列记录的注释上，使得数据共享成为可能，包括详细的描述生物特性和特性限定语的附录，以及IUPAC规定的核苷酸和氨基酸的代号。?
SQL语句大全--语句功能 --数据操作 SELECT --从数据库表中检索数据行和列 INSERT --向数据库表添加新数据行 DELETE --从数据库表中删除数据行 UPDATE --更新数据库表中的数据 -数据定义 CREATE TABLE --创建一个数据库表 DROP TABLE --从数据库中删除表 ALTER TABLE --修改数据库表结构 CREATE VIEW --创建一个视图 DROP VIEW --从数据库中删除视图 CREATE INDEX --为数据库表创建一个索引 DROP INDEX --从数据库中删除索引 CREATE PROCEDURE --创建一个存储过程 DROP PROCEDURE --从数据库中删除存储过程CREATE TRIGGER --创建一个触发器 DROP TRIGGER --从数据库中删除触发器 CREATE SCHEMA --向数据库添加一个新模式DROP SCHEMA --从数据库中删除一个模式CREATE DOMAIN --创建一个数据值域 ALTER DOMAIN --改变域定义 DROP DOMAIN --从数据库中删除一个域 --数据控制 GRANT --授予用户访问权限 DENY --拒绝用户访问 REVOKE --解除用户访问权限 --事务控制 COMMIT --结束当前事务 ROLLBACK --中止当前事务 SET TRANSACTION --定义当前事务数据访问特征 --程序化SQL DECLARE --为查询设定游标 EXPLAN --为查询描述数据访问计划 OPEN --检索查询结果打开一个游标
查新咨询与文献检索教学 G enBank 数据库检索及其应用———Entrez 检索功能 李 轶 (重庆医科大学图书馆,重庆 400016) 摘要:G enBank 数据库是世界上著名的生物信息数据库,包含了目前所有已知的核苷酸序列和蛋白质序列以及与它们相关的文献著作和生物学注释。详细介绍了它的Entrez 检索功能。关键词:G enBank ;Entrez ;生物信息学;数据库 中图分类号:G 252.7 文献标志码:A 文章编号:1671-3982(2008)05-0049-03 G enB ank database retrieval and its application :E ntrez retrieval function LI Yi (Library of Chongqing Medical University ,Chongqing 400016,China ) Abstract :G enBank ,a fam ous biological in formation database ,covers all known nucleic and protein sequenc 2es ,as well as the related documents and biological notes.This paper gives a detail introduction of how to use its Entrez retrieval function. K ey Words :G enBank ;Entrez ;bioin formatics ;database 收稿日期:2008-01-09作者简介:李 轶(1976-),女,重庆市人,本科,馆员,发表论文2 篇。 G enBank 数据库是世界上著名的生物信息数据库,属一级核酸序列数据库。它包含了目前所有已知的核苷酸序列和蛋白质序列及其相关的文献著作 和生物学注释。G enBank 数据库的数据来源于约10 万个物种,其中56%是人类的基因组序列。每条数 据记录包含对序列的简要描述、科学命名、物种分类 名称、参考文献、序列特征表及序列本身。 Entrez 是NC BI 的数据库检索查询系统。利用 Entrez 系统,用户不仅可以方便地检索G enBank 数据 库的核苷酸数据,还可以检索G enBank 数据库和其 他数据库的蛋白质序列数据、基因组图谱数据、来自 分子模型数据库(M MDB )的蛋白质三维结构数据、种群序列数据集、以及PubMed 和ME D LI NE 中的文 献数据等。 1 检索入口 1.1 基本检索界面 打开NC BI 主页(http :ΠΠw w w. ncbi.nlm.nih.g ov ),在主页上方有一个基本检索输入 框,打开框内“Search ”下拉式菜单,选择想要查询的 数据库,在“for ”后面的输入框内输入检索内容,单击 按钮“G o ”就可以得到检索结果。值得注意的是,在 “Search ”下拉式菜单内并没有“G enBank ”选项,用户 想检索G enBank 数据库时应选择菜单内的“Nucleoti 2 de ”,“C oreNucleotide ”,“EST ”或“G SS ”数据库。Nucle 2otide 数据库包括了G enBank 数据库、PDB 数据库和RefSeq 数据库。其中PDB 数据库是蛋白质结构数据库,RefSeq 数据库是参考序列数据库(RefSeq 数据库是一个非冗余数据库,其数据包括基因组DNA 、RNA 和蛋白质产物,它的数据是在G enBank 数据库的原始序列数据基础上有新的注释或由G enBank 数据库的原始序列叠加而来,其序列的注释信息来自于已发表的文献信息和Π或通过自动计算方法推论得到)。由此可以看出,Nucleotide 数据库的范围要比G enBank 数据库的大。C oreNucleotide ,EST 和G SS 数据库是Nucleotide 数据库的3个子库,其中EST 是基因表达序列标签数据库,G SS 是基因组测序序列数据库,C oreNucleotide 数据库包含所有未被上述2个子库收录的核苷酸序列。1.2 跨库检索界面 在基本检索输入框内的“Search ”下拉式菜单内选择“All Databases ”,或者在NC BI 主页上方的工具栏内直接单击“All Databases ”选项,就可以进入NC BI 的跨库检索界面。在跨库检索界面提供的仍然是一个基本检索输入框,在基本检索输入框的下方有一张列表,表内罗列了NC BI 的所有数据库名称及其注释。用户在检索时可以得到所有数据库的检索结果,单击某一数据库可查看 其相应的检索结果。
1，安装前准备： 安装IIS，打开控制面板，点“添加或删除程序”，点“添加/删除Windows组件(A)”,把“Internet 信息服务（IIS）”前面的勾选框的勾选上，点“下一步”，一路确认完成。这个过程一般没有问题。 当然，要装SQL Server 2005，当然要准备安装程序（光盘），也就要选对版本。 我之前下载了个“Microsoft SQL Server 2005 Enterprise Edition”，兴冲冲的去安装，安装不成功，最后看他的安装说明里面恰好这个版本“Windows XP Professional Edition SP24”是不能安装的，背啊。。。。才知道磨刀不误砍材功的道理，后来去下载了“Microsoft SQL Server 2005 Standard Edition”，920MB的压缩包。 2,SQL Server 2005的安装光盘共有2张，先打开第一张，点“服务器组件、工具、联机丛书和示例(C)”
此步骤系统配置检查很重要，14个项目里面如果有1项有错误或者警告，整个SQL Server 2005都将不正常。 我第一次在一台笔记本的Windows xp2系统上安装就遇到了一个COM+组建的警告，以为没有什么大不了，不过最后是发现程序不能正常运行，在google，百度上搜索半天，操作了半天，结果还是问题依旧。不过我回家第二次在台式机上的Windows xp2安装就没有问题，一切正常。 看来和Windows xp2的系统版本没有关系，而是我的笔记本电脑的Windows xp2系统不正常了，可能重新装下系统就可以正常安装SQL Server 2005了。 重装系统看来是遇到问题的唯一法宝——除非你是那种专家级别的高手。在这个步骤遇到问题或者错误警告还是举手投降了，选择重新安装系统。可能那样解决问题的时间还要短些。烦恼也少些。
SQL数据库学习心得 一数据库课程总结 （一）数据库概述 1 数据 （1）数据库中存储的基本对象，是描述事物的符号记录（如存储某一个人 （2) 数据的种类包括文字、图形、图象、声音 （3）数据的特点是数据与其语义是不可分的。 2 数据库 （1）（database,简称DB）是指长期存储在电脑内有组织的、可共享的数据集合； （2）数据库管理系统（Database Management System，简称DBMS），是位于用户与操作系统之间的一层数据管理软件。 3 关系数据库基础 （1）元组（Tuple）表中的一行即为一个元组。 （2）属性（Attribute）表中的一列即为一个属性，给每一个属性起一个名称即属性名。 （3）主码（Key）表中的某个属性组，它可以唯一确定一个元组。 （4）域（Domain）属性的取值范围。 （5）分量元组中的一个属性值。 （二）SQL Server概述 1 SQL Server的版本 （1）企业版，作为生产使用 （2）个人版，供移动用户使用 （3）标准版，作为小工作组或部门使用 （4）开发板，供程序员开发测试使用 2 SQL数据库的创建 （1）创建数据库的过程就是确定数据库名称、大小、存放位置等信息。 （2）数据库文件包括主数据库文件（.mdf）、次数据文件（.ndf）、事务日志文件（.ldf）（3）3种方式创建数据库：使用数据库创建向导、使用企业管理器、使用SQL语句在查询分析器中创建。 （三）数据库中的表 1 创建表两种方式：使用企业管理器、使用SQL语句
2修改表，修改操作包括：增加字段、删除字段、修改字段(名称、修改其已有的属性)两种方式，使用企业管理器、使用SQL语句 （四）数据查询 1基本的SELECT语句，例查询Readers表中所有记录的信息SELECT*FROM Readers 2查询语句的统计功能 3数据的连接 外连接的结果集中，不仅包括满足连接条件记录，还包括不满足连接条件的记录。连接方式分为：左外连接、右外连接、全外连接。 （五）数据完整性 1定义：数据完整性是指存储在数据库中的数据的一致性和准确性。 2实体完整性 又称行完整性，要求表中不能存在完全相同的记录，而且每条记录都要具有一个非空且不重复的主键值。 3使用约束:约束是保证数据完整性的有效方法, (1)PRIMARY KEY(主键约束)特点：每个表只能定义一个主键、主键值不可为空、主键值不可重复。 (2)UNIQUE(唯一约束)确保表中的某非主键列不输入重复值，PRIMARY KEY 与 UNIQUE的区别、约束数量、是否允许NULL值 (3)CHECK(检查约束)，用于限制输入到列中的值的范围 （六）数据库的安全 1对于SQL Server来说，提供身份验证和权限验证两种保护方式。 （1）身份验证模式： Windows验证模式，只限于本机使用；混合验证模式，本机或远程均可访问 2 角色管理是一种权限管理的方法，角色中的每一用户都拥有此角色中的所有权限。 3数据库角色提供了在数据库级别上的管理权限组。 （七）备份与恢复 1备份数据库，使用SQL语句备份 步骤：（1）创建备份设备 （2）备份数据库（完全数据库备份、差异备份、日志备份、文件与文件组备份） 2恢复数据库(使用企业管理器恢复、使用SQL语句恢复）
NCBI的检索 NCBI包括五个部分，第一部分是欢迎进入NCBI，包括NCBI的最新信息、计划与活动、读者来信、服务地址和用户评论等。第二部分是基因序列数据库(GenBank)，包括基因库概述、检索与投稿。第三部分是数据库服务，包括免费的PubMed检索、Entrez检索、BLAST序列族性检索、电子邮件服务（详见本章第四节）、匿名FTP服务。第四部分是NCBI的其它资源。 GenBank的检索 在NCBI主页的第二部分点击“Searching GenBank”，即可进入GenBank的检索屏幕。NCBI?提供了五种检索，即Entrez浏览检索、BLAST序列类似性检索、dbEST检索、dbSTS?检索和文本检索(Text Searching)。 一、Entrez浏览检索 1.Entrez检索的数据库及其检索信息 Entrez浏览器(Entrez Browser)可以检索以下与NCBI?链接的基因序列数据库的分子生物数据和书目文献资料。 ????(1) GenBank、EMBL、DDBJ中的DNA序列； ????(2) SWISS-PROT、PIR、PRF、PDB中的蛋白质序列以及DNA序列数据库中翻译的蛋白质序列； ????(3) 基因和染色体图像数据； ????(4) PDB以及收入NCBI分子模型数据库(MMDB)的蛋白质三维结构； ????(5) 通过PubMed检索Medline和PreMedline数据库。 ????2.Entrez检索功能 ????Entrez提供了以下三种检索功能。 ????(1)自由词检索功能 ????用户可以通过文本词、关键词、截词、期刊名或文献的作者检索Entrez数据库。截词用*号，期刊名必须用Medline刊名缩写，作者姓名必须是姓在前，名在后，用首字母缩写。 ????(2)索引词表(List Terms)检索功能 ????索引词表检索是当你键入检索词，Entrez?在你选定的字段中显示从该检索词开始的一个索引词表窗口，这时，你可以选择一个或几个词进行检索，这对单词拼写不准确时非常有用。?例如：在输入框中键入“P53”，选择文本字段(Text Words)和索引词表(List Terms)?检索功能，再点击“Search”，这时返回一个以“P53”开始的索引词表窗口，浏览选择一个或几个索引词，点击“Search”，Entrez将返回检索结果。
s q l数据库实例(数据 库入门)
数据库设计及应用实验 一、实验内容 创建数据库：包括Student, Course, Enroll, Statistics表，表的结构如下： Student (sno, sname, age, sex) Course (cno, cname, credit) Enroll (sno, cno, grade) Statistics (sno, cNumber, creditSum) 说明：cNumber是sno学生选修课程的数目；creditSum是sno学生选修课程的总学分。 1、设计并在MS SQL Server 2000中创建以上表结构，并设置完 整性约束。 2、查询所有选修课程的学生的基本信息、课程信息及相应的考试 成绩。 3、查询所有学生的信息，若已选课就还要给出选修课程的信息及 考试成绩。 4、查询所有课程的信息，若课程有学生选修就还要给出选修课程 的学生的信息及考试成绩。 5、查询选修名为“数据库”的课程的考试成绩最高的学生的信息。 6、对Student的age创建规则，满足18≤age≤25，并给出验证实例 及验证结果。
7、创建触发器：当学生选修一门新的课程后，Statistics表的 cNumber自动加1，且creditNumber自动增加新选课程的学分。 8、创建视图：找出所有已修学分超过6、所修课程平均分不低于 60的学生的基本信息、以及所修课程的平均分。按照平均分排序，若平均分相同按照学号排序。 9、对于如下一组数据操作： (1)select * from course; (2)select * from course where cname=’数据库’ (3)select * from course where credit=3 (4)select * from course where credit>2 and credit<5 (5)update course set credit=3 where credit=2 对Course表的credit属性创建索引，并给出上述查询在创建了该索引后的执行计划； 去掉Course表的credit属性上创建的索引，并给出上述查询的执行计划。 对上述有无索引个查询执行的情况进行对比分析，总结出什么时候索引有效？ 10、将表Student、Course、Enroll作内连接的结果发布为HTML 网页格式。
GenBank Overview 基本信息 ?什么是GenBank？GenBank是一个有来自于70,000多种生物的核苷酸序列的数据库。每条纪录都有编码区（CDS）特征的注释，还包括氨基酸的翻译。GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织，包括EMBL和 DDBJ。 ?纪录样本- 关于GenBank的各个字段的详细描述，以及同Entrez搜索字段的交叉索引。 ?访问GenBank - 通过Entrez Nucleotides来查询。用accession number，作者姓名，物种，基因/蛋白名字，还有许多其他的文本术语来查询。关于 Entrez更多的信息请看下文。用BLAST来在GenBank和其他数据库中进行序列相似搜索。用E-mail来访问Entrez和BLAST可以通过Query和 BLAST服务器。另外一种选择是可以用FTP下载整个的GenBank和更新数据。 ?增长统计- 参见公布通知的2.2.6（每个分类的统计），2.2.7（每个物种的统计），2.2.8（GenBank增长）小节。 ?公布通知，最新- 最近和即将有的变化，GenBank的分类，数据增长统计，GenBank的引用。 ?公布通知，旧- 同上相同，是过去公布的统计。 ?遗传密码- 15个遗传密码的概要。用来确保GenBank中纪录的编码序列被正确的翻译。 （向）GenBank提交（数据） ?关于提交序列数据，收到accession number，和对纪录作更新的一般信息。 ?BankIt - 用于一条或者少数条提交的基于WWW的提交工具软件。（请在提交前用VecScreen去除载体） ?Sequin - 提交软件程序，用于一条或者很多条的提交，长序列，完整基因组，alignments，人群/种系/突变研究的提交。可以独立使用，或者用基于