一张牛皮的故事
1602 年荷兰“东印度公司”成立。荷兰东印度公司是建立于17世纪欧洲的大航海时代，当时的欧洲各国兴起海上刻有荷兰东印度公司标志的钱币冒险，探寻世界地理，更发展外海的商机。16世纪的葡萄牙在东南亚地区已有殖民地与商业发展，1560年代，一群荷兰商人派浩特曼（Cornelis de Houtman,-1599）至葡萄牙刺探商情，浩特曼回国后这群商人便成立一家公司，利用这个资讯往东印度地区发展，从1595年4月至1602年间，荷兰陆续成立了14家以东印度贸易为重点的公司，为了避免过度的商业竞争，这14家公司于是合并，成为一家联合公司，也就是荷兰东印度公司。荷兰当时的国家议会授权荷兰东印度公司在东起好望角，西至南美洲南端麦哲伦海峡具有贸易垄断权。
荷兰东印度公司由位于阿姆斯特丹、泽兰省的密德堡市、恩克华生市（Enkhuizen）、德夫特市（Delft）、荷恩市（Hoorn）、鹿特丹市（Rotterdam）六处的办公室所组成，其董事会由七十多人组成，但真正握有实权的只有十七人，被称为十七人董事会（Heren XVII），分别是阿姆斯特丹八人、泽兰省4人，其他地区各一人。荷兰东印度公司是第一个可以自组佣兵、发行货币，也是第一个股份有限公司，并被获准与其他国家定立正式条约，并对该地实行殖民与统治的权力。荷兰东印度公司在爪哇的巴达维亚（今印尼的
雅加达）建立了总部，其他的据点设立在东印度群岛、香料群岛上。到了1669年时，荷兰东印度公司已是世界上最富有的私人公司，拥有超过150艘商船、40艘战舰、五万名员工、与一万名佣兵的军队，股息高达40%。认购股份的热潮时，荷兰东印度公司共释出650万荷兰盾供人认购，当时的10盾约等于1英镑，而1660年代荷兰一位教师的年薪约280盾，光阿姆斯特丹一地就认购了一半的股份。
东印度公司得到国会授权，并赋予它拥有武装力量和设置任命地方行政长官和法官，可以直接对商务地区的主权者签约、驻军、筑城、铸币以及代表政府向东方君主宣战、媾和，实际上拥有各种特权。东印度公司在印尼爪哇岛的巴达维亚（今雅加达）驻有远东分公司，实际上是代表荷兰政府在远东推行侵略政策的商业殖民机构。
1602 年 6 月，由韦麻郎（W.V.Waerwijk）率领一支庞大的船队东来，在进攻已被葡萄牙人占领的澳门的计划破产后，开始转向大泥，在当地经商的福建海商李锦向韦麻郎建议，占领澎湖，作为向漳州贸易的据点。1604 年 8 月，韦麻郎率船队抵达澎湖，当时因为春汛结束，澎湖岛没有明朝驻军，荷兰人便在岛上“伐木筑舍”，为长期占领澎湖作准备，这是荷兰人第一次进犯澎湖。得知这一消息后，福建官员多次派人到澎湖警告，要求他们撤出澎湖地区。韦麻郎不仅不肯撤兵，他们还通过奸商贿赂税监高寀，阴许其开放贸易。
福建巡抚徐学聚坚决反对荷兰人盘踞澎湖，他一面上疏朝廷指出荷兰人占据澎湖后的危害，他认为若对荷兰人的行为熟视无睹，那是自撤藩篱，荷兰人将与日本人勾结，贻患无穷。他一面命令福建沿海各地加强防守，并派总兵施德政负责驱逐澎湖岛上的荷兰殖民者。
1604 年 10 月，总兵施德政令都司沈有容率兵在澎湖登陆，严令韦麻郎等撤出澎湖，不准通商。面对明朝军队强大的武力威逼，荷兰人于 12 月 15 日被迫退出澎湖，回到巴达维亚。为纪念沈有容斥退荷兰侵略者的壮举，当时民众立下了一块纪念碑——“沈有容谕退红毛番韦麻郎碑”，1919 年此碑出土
后改立在台南天后宫清风阁右壁处，它今天成为西方殖民势力侵略台湾、中国人民反对侵略的见证。
第一次侵占澎湖失败后，荷兰并没有放弃侵占台澎的野心，一直在谋划更大的侵略行动。由于当时欧洲市场对中国丝绸及瓷器等中国商品的需求日益增加，以及由此带来的高额利润强烈地刺激荷兰殖民者的贪欲。东印度公司一再要远东分公司在中国沿海地区建立贸易地点，贩运中国的生丝和瓷器。1608 年，荷兰东印度公司董事会发出指示：“我们必须用一切可能来增进对华贸易，首要目的是取得生丝，因为生丝利润优厚，大宗贩运能够为我们带来更多的收入和繁荣”。
正当荷兰人处心积虑阴谋窥视中国的台湾和澎湖时，一条惊人的消息传到他们的耳朵里：西班牙人正在策划侵占台湾作为对抗荷兰人的据点。于是巴城总督柯恩立即采取先发制人的措施，令雷约兹（Cornelis Reijersz ）的荷兰舰队，抢占台澎。1622 年 6 月 29 日，在雷约兹的指挥下，东印度公司的 17 艘武装商船直扑澎湖，7 月 11 日荷兰殖民者在澎湖马公红木埕登陆，8 月 1 日入侵者开始在澎湖风柜尾修建城堡。他们认为该岛屿西北距漳州约 20 英里，东南距安平约 10 英里，是扼阻台湾与东南沿海各港口之间航路的最佳岛屿。
荷兰人占据澎湖后，8 月 7 日正式向福建当局递交公文，提出通商的要求。9 月 29 日，福建巡抚商周祚派守备王梦熊前往澎湖，向荷兰人转交了福建方面的回文，表明了福建方面的态度，要求他们必须马上从澎湖撤出，在撤出澎湖之前决不与荷兰人进行贸易。1623 年 1 月，雷约兹从厦门上岸，亲赴福州会见商周祚，双方会谈的内容有以下几点:
⒈荷兰人必须撤出澎湖。
⒉只有荷兰人撤出澎湖后，福建方面才有可能与其通商贸易。
⒊福建方面将派人帮助荷兰人寻找适当的港口供荷兰人停泊居留。
⒋福建方面将直接派人往巴城与荷兰总督直接交涉。
事实上，中国政府方面是要求荷兰人退回巴达维亚，在那里与中国人通商。然而荷兰人并没有马上离开澎湖的打算，他们还四处寻求打开贸易通道的办法。游弋在福建沿海的荷兰船只，引起了明朝政府的不安。1623 年 7 月，新任福建巡抚南居益到任，他一面下令沿海各地加强防守，严禁与荷兰人通商贸易，一面积极准备用武力驱逐盘踞在澎湖岛上的荷兰人。荷兰人也加紧了活动，10 月 5 日，雷约兹再次派舰队往中国沿海进行武力炫耀，企图用武力逼迫福建局通商，他给舰队发布了三点训令：一、占领漳州港的通道，不让中国商船前往马尼拉群岛和其他与我敌对势力占领的区域。二、要求福建当局谈判，准许在台湾自由贸易。三、通过武力达到有利于公司的态势出现。这年冬天，荷兰人在厦门海上遭到福建官兵的迎头痛击，无功而返。
1624 年 2 月 8 日，守备王梦熊奉命率军直逼澎湖，他们在北部吉贝屿登陆，南下进入白沙岛，后在镇海港设营扎寨，屡袭荷人，各有斩获。3 月间，南居益又派都司顾恩忠率第二支部队进军澎湖，在镇海港与王梦熊部会合。6 月，由副将俞咨皋率领的第三支部队抵达澎湖龙文港，从而对澎湖的荷兰人形成了南北包夹之势。在中国军队强大的攻势面前，荷兰殖民者难以坚持，8 月间退守风柜尾的荷兰新任司令宋克（Martinus Sonck）不得不接受中国海商李旦的斡旋，达成协议，荷兰人同意撤出澎湖，福建当局则允许
他们到台湾进行贸易活动。当时福建官员急于收回澎湖，对荷兰人转向台湾进行贸易采取了退让态度。当时的明朝统治者因面临着各地大规模的农民起义和东北满族力量日益强大的威胁，无暇顾及台湾的防务，这为荷兰殖民者侵占台湾提供了机会。
1625 年，宋克还在新港社区，仅仅用十五匹棉布就骗去了一大片的土地，在那里建起了另一各城堡，取名普罗文查，即赤嵌城。城堡内，荷兰人建有长官的官邸，随员的住房，还有仓库、医院和工匠、土人居住的屋子。另外还有
汉人建的三四十间房子。宋克在给东印度公司的报告书中，无不得意地提到：“他们（指新港社人）是十分可爱的民族，……很容易结交，不过是可供一顿饱餐的粮食、一寻的粗棉布、一袋烟就足够了。”相传，当时荷兰人提出只要借用“一张牛皮大的地方”就行了，善良的中国人当然信以为真，以为荷兰人只是为停船上岸，所需地方不大，也就同意了。
荷兰殖民者的要求得到满足后，他们首先占领了今天的台南安平一带，并且在大兴土木，修建“奥伦治城”。当地的中国人要求荷兰人承诺“一张牛皮大的地方”时，无耻的殖民者竟然把一张牛皮分割成很细的皮线，连接起来圈地，这就是“牛皮割地”的传说，在台湾人民中广为流传，还被收入清初编纂的《台湾府志》中。这是一个传说，与史实并不相符，但却从另一侧面深刻地揭露了荷兰殖民者阴险狡诈，贪婪成性的侵略本质。
安平古堡风云
荷兰殖民者的要求得到满足后，他们首先占领了今天的台南安平一带，并且在大兴土木，修建“奥伦治城”。当地的中国人要求荷兰人承诺“一张牛皮大的地方”时，无耻的殖民者竟然把一张牛皮分割成很细的皮线，连接起来圈地，这就是“牛皮割地”的传说，在台湾人民中广为流传，还被收入清初编纂的《台湾府志》中。这是一个传说，与史实并不相符，但却从另一侧面深刻地揭露了荷兰殖民者阴险狡诈，贪婪成性的侵略本质。
在荷兰人侵占台湾时，每年都有日本商船来台湾采买鹿皮和转贩生丝，据计，每年约有 120 人居留台湾。1625 年荷兰殖民当局要向这些日本人征税，遭到日本人的反对。荷日双方就谁是台湾的主人，征税是否合理发生了争执。甘为霖所著《荷兰人统治下的台湾》记述了这一段的历史：
“……日本人强烈反对缴纳关税，借口他们比东印度公司的人们早来此地六
年，故该地最早为他们所占有。……尽管如此，日本人还是应该和台湾岛上其他居民一样缴纳关税和其他各种租税，因为台湾土地不属于日本人，而是属于中国皇帝。中国皇帝将土地赐予东印度公司，作为我们从澎湖撤退的条件。……如果有什么人有权利征收税款的话，那无疑应该是中国人。”
从上述的记载我们知道，荷兰人承认台湾的主权属于中国。但是他们说中国皇帝将台湾赐予他们这就不符合史实了。同意荷兰人居留台湾并贸易，那只是福建地方官员自己擅自决定的，并未上报朝廷批准。正值荷日纠纷之际，1628 年，浜田弥兵卫率领的日本贸易船只在台湾为荷兰人扣留。后来日本人也绑架了荷兰台湾长官讷茨（Pieter Nugts），并封锁了荷兰人在日本的各项贸易，迫使荷兰人做出让步。荷兰人占据台湾后，他们疯狂地掠夺台湾富庶的资源。他们掠夺的主要物品是台湾特产鹿皮、樟脑、槟榔、米和砂糖等。与掠夺同时进行的是转口贸易，荷兰人把台湾的米、砂糖、鹿皮和藤输往日本，甚至波斯；把从荷兰运来的金属、药材，从巴达维亚运来的香料、胡椒、琥珀、锡、铅、棉布、鸦片等，同时进行的是转口贸易，荷兰人把台湾的米、砂糖、鹿皮和藤输往日本，甚至波斯；把从荷兰运来的金属、药材，从巴达维亚运来的香料、胡椒、琥珀、锡、铅、棉布、鸦片等，经由中国台湾输往中国大陆；再把中国大陆的生丝、瓷器、丝织品、黄金等货物，经台湾转口输往巴达维亚或欧洲地区。荷兰人在转口贸易中获取了巨额利润。
1635 年以后，福建沿海处于稳定的状态，荷兰人与日本人的纠纷也得到缓
解。在经济利益的驱动下，荷兰人开始向台湾全岛扩张。首先他们征服大员附近和台南地区，讨伐麻豆等社并向南部扩张。1635 年11月，荷兰第四任台湾长官普特曼(Hans Putmans)率领士兵 500 余人，分 7 队进军，占领麻豆村。荷兰人抓获麻豆村26 人，交给新港人处死，挑动不同族群的矛盾，从中利用。他们毁坏田园，焚烧房屋，迫使麻豆村头人与其签定和约，表示顺从。接着，荷兰人又征伐了萧垅村、大武垅、小琉球。嗣后下淡水、大木连，以及台湾岛南端的琅峤等23村头人，都被迫到大员与荷兰人签约，表示臣服。到1636 年底，已经有 57 个村落与荷兰人签订协议，荷兰人的势力范围已扩展到台湾南部大部分地区
国姓爷的愤怒
1624 年，荷兰人侵占台湾的那一年，在日本长崎平户，明朝末年声名显赫的海盗与海商集于一身的郑芝龙生下了他们的长子。那就是郑成功，就是 38 年后要将荷兰人驱逐出台湾的民族英雄。
郑成功，祖籍福建泉州南安石井，原名郑森，字大木。1630 年从日本回国，先后在南安、南京等地读书，接受传统的儒家教育。后来郑成功因父亲的缘故，投笔从戎。其父郑芝龙早年投靠颜思齐，拉起了一支实力强大的海上武装。1625 年颜思齐病故后，郑芝龙被推举为为这支武装的首领。并于 1628 年接受明王朝招安，领命驻扎闽台地区。1645 年，南明隆武帝（唐王朱聿键）在福州建立政权后，郑成功与父亲一道拥戴唐王反清复明。由于受到唐王的赏识，隆武帝封郑芝龙为“平国公”，赐郑森姓“朱”名为“成功”。所以人们都习惯地称其为“郑成功”；因为姓皇姓“朱”，所以又称其为“国姓
爷”。
1646 年清军入闽，隆武政权灭，郑芝龙归顺清朝。郑成功拒不屈从，决意与父亲扬道分镳。他跑到南安孔庙中，烧毁身穿的儒衣，祭告孔子要整军经武，反清复明。1647年 1 月，郑成功在福建厦门烈屿（今小金门岛），誓师起兵，以“忠孝伯招讨大将军罪臣国姓”的名义，走上坚决抗清的道路。流亡广西的另一支南明政权永历皇帝，亦对郑成功寄予厚望，封他为“延平郡王”。
1650 年，郑成功的军队夺取了厦门。从此，具有重要战略地位的金厦、漳泉地区，成了郑成功抗清的主要基地。郑成功起兵后，旗帜鲜明，治军有方，军纪严密，沿途寸草不取，妇儒不惊，深得民心，所以军事实力发展很快，成为当时战斗力最强盛，政治影响较大的东南沿海的主要抗清力量。郑成功军队全盛时期编有陆军 72 镇，水师 20 镇，兵力有 20 万人，各类船只 5000 余艘。
郑成功军队占据的金门、厦门二岛地方太小，根本无法解决军需问题，郑成功军队的主要经济来源是靠海外贸易的收入。据杨彦杰先生所著《荷据时代台湾史》分析：1650 年——1662 年间，郑成功的海外贸易收入每年估计在
250 万银两上下，约占他的军事和行政支出的 62%多。1653 年，郑成功自己给郑芝龙的信中也说：“夫沿海地方，我所固有者也；东西洋饷，我所自生自殖也；进战退守，绰绰有裕。”同年郑成功给台湾荷兰长官费尔堡的信中是这样说的：“数年来，我竭力与鞑靼人作战，耗费甚巨，我以为有必要派遣各类船只前往巴达维亚、暹罗、日本、东京、大员以及其他地方贸易，将所得收入充作军饷。”随着郑成功海外贸易的发展，荷兰人与郑成功的关系也日趋紧张。
在连续不断的贸易冲突中，导致双方的贸易利益严重受损，台湾与各地的贸易几为阻绝。1657 年，台湾荷兰长官揆一（Frederick Coyett）派通事何斌向郑成功提出讲和，愿意每年输银 5000 两、箭柸 10 万支、硫磺千担，请求解除封锁。郑成功同意了荷兰人的请求。但是，一时的妥协并不能解除双方根深蒂固的仇视。荷兰人为解除郑成功的威胁，争取主动曾计划进攻金门，帮助清王朝消灭郑成功部，以此博得清廷的好感而换取对中国的贸易特权。可惜的是荷兰人的计划还未来得及实施，郑成功收复台湾的战船已从金门的料罗湾扬帆出发了。
1661 年 4 月 21 日，郑成功亲率 25000 将士，分乘 400 艘战船从金门料罗湾出发，浩浩荡荡，直趋澎湖。22 日，郑成功舰队抵达澎湖，分驻各屿，等候风信。29 日晚，郑成功舰队乘着夜幕，在风雨中直逼台湾岛。
4 月 30 日凌晨，郑成功的舰队出现在鹿耳门外的海面上，恰值月初大潮，水位涨高了数尺，在台湾内应何斌的引导下，大小船舰鱼贯入港，毫无阻碍。郑成功舰队进入大员湾后，停泊在热兰遮和普罗文查城之间，一部分船舰在禾寮港靠岸，郑氏军队开始登陆。
荷兰殖民者见郑成功军队从天而降，早已惊慌失措，乱成一团。揆一急令400 名荷兰守军从大员增援普罗文查城，还召集分驻各处的荷兰人返回城内躲避。实际上荷兰人兵力有限，在台湾的船只仅有大船两艘、小船两艘，根本无法阻挡像潮水一样，铺天盖地抢占滩头，不断登陆的郑氏军队。当地的老百姓饱受荷兰人的蹂躏，看见祖国的军队来到面前大喜过望。他们争先恐后地推出
货车，那出扁挑、箩筐迎接郑成功的军队，帮助他们登陆。不一会儿，已有好几千的士兵顺利登陆，在郑成功的亲自指挥下，登陆的将士立即投入战斗，他们奋力击退了普罗文查（赤坎楼）城代理司令描难实叮（Jacobus Valentijn）指挥 200余名士兵的反扑，控制了赤坎街（今天的民权路一带），占据了重要的据点，保护街市、房屋和粮草，切断一鲲鯓岛上的热兰遮城和赤坎城地区的联系；派出“宣毅前镇将军”陈泽驻扎北线尾，控制鹿耳门水道，保护进出大员、台湾与厦门的水上要道，防止荷军从背后突袭。并团团围住普罗文查城。
5月1日，郑成功向热兰遮城的台湾荷兰长官揆一和普罗文查城的代司令送去一封公开信，信的内容大致是这样的：台湾及澎湖列岛都是中国的领土，岛上居民都是中国人，他们自古就拥有这块土地，在这里耕作，在这里收获。过去我的父亲一官（指郑芝龙）只是借你们暂时居留。你们必须明白继续占有别人的土地是不允许的，这块土地是属于我们祖先的，也就是属于我们的。我们要收回。如果你们能以友好的协商让出城堡，生命和财产都将受到应有的保护，否则，所有的人都将难以幸免。
然而荷兰人并没有把郑成功的话当一回事。他们依然相信依靠他们船坚炮利，精良的火器装备和嗜杀成性的殖民军，完全有把握打败只有弓箭和长矛、大刀的中国人。荷兰人拼凑仅有的可怜的兵力，分水陆两路向郑成功军队反扑过来。
经过这一次的较量，郑成功令部队包围两个城堡，为减少伤亡，所以围而不打，展开了政治攻势，敦促荷兰人主动投降，否则城破人亡。荷兰人想用一大笔赔款，劝郑成功退出台湾。同时又做好退让台湾本岛，希望允许荷兰人集中住在大员城堡。5月3日，荷兰人派两名使者前往与郑成功谈判，郑成功非常明了地表达了自己的意见。郑成功说，我们到台湾来，是要收回自己的祖业，并非与荷兰东印度公司作对。为了证实这一点，郑成功说，允许荷兰人带上所有的动产和货物，拆除城堡，将荷兰人自己的枪炮和其他物资运回巴达维亚。郑成功重申，如果荷兰人继续顽抗，中国军队一定要诉诸武力，逼迫荷兰人就
范。此次谈判，由于双方都坚持自己的意见，互不让步，谈判陷入僵局，不欢而散。被郑军团团围住的普罗文查城用水仅能维持8天，火药还不足发起一次进攻。5月4日，他们在代司令描难实叮的率领下，开城向郑成功投降。交出了城堡和所有的军事物资，700多名的荷兰士兵成了俘虏。郑成功的军队集结在大员，并紧紧包围了热兰遮城。城堡内的荷兰人凭借着城堡的坚固和给养的充足，拒绝了郑成功部的多次劝降。5月25日，郑成功的军队向城堡发动了一次进攻，由于荷兰人猛烈的炮火和坚固的城墙，这次进攻并没有得手。郑成功认为战争大局已定，荷兰人在其军队控制的孤城内，不足为患，采用“围困待其自降”的战略，抽出大部分兵力分派各地，驻扎屯垦，以作长久之计。
1662年1月，郑成功认为时机成熟了，对热兰遮发起最后的攻击开始了。郑氏军队先是用重炮轰击热兰遮城外的高地乌特列支圆堡，占据这一制高点后，郑氏军队的大炮可以轰炸到热兰遮城内的每一个角落，荷兰守军一片恐慌，决计向郑成功投降。1月27日，荷兰人决定“在优惠的条件下交出城堡”，体面地投降。2月1日，荷、郑双方正式停火，开始谈判。荷兰人接受了全部的条件，2月10日揆一在投降协议书上签字，从此宣告荷兰人在台湾的统治结束。
郑成功在台湾的胜利，沉重地打击了外国殖民侵略势力，捍卫了祖国领土完整，郑成功成为中华民族历史上抗击外来侵略的民族英雄。
赶走红毛番之后
郑成功收复台湾，不仅仅是军事斗争的需要，更重要的是把台湾开国立家的基业。1661年6月，台湾战事尚未结束，郑成功就在岛内建立了政权。他将赤嵌定为东都明京，设一府二县。府为承天府，以赤嵌城为府治，杨朝栋为府尹。县设天兴县、万年县。以新港溪为界，溪北为天兴县，庄文烈任知县。溪南为万年县，祝敬任知县。
郑氏政权还颁布了开垦条例。允许文武官员和各路官兵圈地占地，开垦耕种。变荷兰人的“王田”为“官田”，设“私田”和“营盘田”，并查报田园册籍，征纳税银。这对当时还处于氏族社会经济状态下的台湾社会来说，是一个极大的进步。郑成功将祖国大陆的政治制度、经济制度和文教制度引入台湾，无疑大大加快了台湾社会发展的进程。
客观地说，当年郑氏军队寓兵于农。农隙则训以武事，有警则荷戈以战，无警则负耒以耕。台湾土地荒芜，荆棘丛生，瘴疠肆虐，又有巨蟒猛兽为患。当年的垦荒人刀耕火种，胼手胼足，披荆斩棘，实属不易。卢若腾的《海东屯卒歌》正是对当时开辟台湾将士战天斗地的最好写照。歌曰：“海东野牛未驯习，三人驱之二人牵，驱之不前牵不直，偾辕破犁跳入织，使我一锄翻一土，一尺两尺已乏力，那知草根数尺深，终日挥锄不得息。”郑氏政权统治时期，开垦的区域主要在台湾中南部地区，台湾西部沿海地区也有部分拓垦。为了使开垦的土地获得良好的灌溉，当时还修筑了许多水利设施。从此台湾农业年年丰收，不仅岛上军民食粮无忧，还可“以其有余，供给漳泉，以取其利”。
郑成功收复台湾后，积极鼓励一批不愿归顺清朝的人移居台湾。尤其使清朝实行“迁界令”后，郑成功更是传令各地，“收沿海之残民，移之东土，开辟草莱，以相助耕种。”出现了闽浙居民附舟师来归，烟火相接，开辟芜土，尽为膏腴的景象。许多文人学士入台，譬如有较早来台的沈光文，还有较著名的文人王忠孝、辜朝荐、沈佺期、郭贞一、李茂春、许吉燝等，他们把中华传统文化带到台湾，并在台湾写下了第一批的文学作品，成为台湾文学的开山人。
郑成功收复台湾后，曾令留守各岛的将领将眷属迁来台湾。但这些人贪图通洋的厚利和舒适的生活，根本不理睬郑成功的命令。时值世子郑经犯罪当处死，郑成功派周全斌、黄毓前往金厦行刑。这些人乘机发动兵变。借口郑成功是“乱命”，拒不执行。他们拥戴郑经，扣留周全斌和黄毓，不发一船去台湾，公开与郑成功对抗。可怜病中的郑成功，天天拿着望远镜抱病在城楼上了
望海面，期盼有船只来台。留守金厦将领的背叛，给了他沉重的打击，为收复台湾，巩固台湾鞠躬尽瘁的郑成功，终于走完了他的人生道路，把他自己的一切都献给了祖国的统一事业，献给了台湾。
郑成功占领有台湾之后，建立了台湾第一个汉人政权，也带来一波汉人移民潮。郑成功虽然在攻下台湾的同一年逝世，但继位的郑经与郑克塽持续统治台湾21年，并在陈永华的规划之下，引进中国明制的宫室、庙宇和各种典章制度，奠定了台湾在日后成为一个以汉民族文化为主的社会，而不仅仅是另一个海外华埠。因此有学者形容此役“决定台湾尔后四百年命运”。
此外，郑成功是南明最后一个具有实力的抗清领袖，他把大本营移到台湾，使得反清士气崩溃，也宣告了反清事业的结束。当时明朝遗民对郑成功颇不谅解。张煌言就说成功此举“生既非智，死亦非忠”。郑成功的老师钱谦益也赋诗表示遗憾。就郑军内部来说，前往台湾也造成内部士气的崩溃，以及诸多将领投降清朝。当郑成功入主热兰遮城时，严令留守厦门的诸将搬迁家眷来台，但郑泰、洪旭、黄廷等重要将领都抗命不往，乃至于“不发一船至台湾”。在台将士又因为水土不服大量病死，军心浮动，最后“人心惶惶，诸将解体”。成功旋即病死，明郑爆发争夺权力的军事冲突，由郑经获胜继任延平王，情势才安定下来，但郑军元气大伤，不再有挑战清朝的余力。
在荷兰东印度公司方面，失去大员这个据点之后，“东南亚—大员（对中国转口）—长崎（日本）”的商路中断，对中国贸易量也急遽减少，损失甚大。荷兰东印度公司数度企图恢复这条航路，因而与清廷联手攻打郑氏。
1663年清荷联军攻打金门和厦门，此时郑成功已死，郑军领袖为郑经。双方在金门乌沙港交战，郑军落败，先撤往铜山，不久之后全军转往台湾，完全失去在大陆的根据地。但此役之后清廷仅赠送银两与礼物给东印度公司，并未派兵协助攻打台湾。1664年8月，东印度公司占领鸡笼。同年11月，荷兰舰队与清靖海将军施琅率领的水师组成联军，准备攻打台湾，但一出海面便遭遇
大风浪被迫折回。此后清廷对攻台转趋消极，东印度公司也因为连年军事行动造成财政困难，双方皆不再对台湾采取军事行动。此外，由于清廷厉行海禁，东印度公司在基隆的据点几乎无利可图，维持费用却十分庞大，因此于1668年7月自行放弃撤出。
郑成功病故后，郑氏政权内部产生了内乱。先是郑成功的长子郑经与叔叔郑世袭、堂叔郑泰之间的争夺王位的斗争。
郑经继位后，把承天府改为东宁，天兴、万年二县升格为州，还设立了南路安抚司了、北路安抚司和澎湖安抚司。同时还规划了四坊、二十四里基层社区组织，全盘移植了大陆的政治制度。他自称为“东宁王”，公开进行封建割据，与清朝对抗。
1665年，台湾各项工作基本就绪，社会经济稳步发展，社会秩序相对稳定时，郑经采纳了参军陈永华的建议，建孔庙，设学校，极力发展文教事业。当时台湾已设有学院、府学、州学和社学，已初步建立了一套完整的教育体系，科举制度也在台湾推行开来。
经过几年的经营开发，在农业经济发展的基础上，台湾制糖、制盐、冶炼、造船、烧瓦、建筑等手工业也相继得到发展。
康熙十三年（1674年）“三藩之乱”。郑经以为复辟时机来临，应吴三桂、耿精忠之约，于4月间亲率兵马3万、战船300艘，在厦门登陆，参加反对清王朝的战争。由于清军无暇顾及南边，耿精忠部又北上浙江，郑经一度攻占了闽南和粤东沿海一带。1676年10月，清军入闽，耿精忠降清，郑经所部节节败退，所占七府俱失。1680年3月在清军的强大攻势下，郑经率军撤出厦门，退守台湾，从此“东宁政权”偏安台湾，以图自保。
郑氏集团内部矛盾重重，内部并不太平，特别是在参加“三藩之乱”失败后，内部权力之争空前激烈。1681年3月17日，郑经在东宁北园别馆病逝，郑经的去世，使得郑氏集团的内部权力斗争愈演愈烈，接替郑经的是其12岁的儿子
郑克塽，此时，郑克塽年幼，冯锡范等人弄权作奸，“东宁小朝廷”处于风雨飘摇。清廷认为，平定台湾的时机成熟，1681年7月，康熙皇帝指示：宜乘机规定澎湖、台湾。……将绿旗舟师分领前进，务期剿抚并用，底定海疆。
康熙皇帝开始了统一祖国的大业。