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真核生物启动子预测相关数据库资源概述修改稿

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真核生物启动子预测相关数据库资源概述修改稿

真核生物启动子预测相关数据库资源概述

刘玉瑛1张江丽2

1(首都师范大学生命科学学院,北京100037)

2(廊坊师范学院生命科学学院,河北廊坊065000)

摘要:启动子是基因表达调控的重要元件,深入研究启动子的结构和功能,是理解基因转录调控机制和表达模式的关键。随着生物技术和计算机技术的高速发展,应用生物信息学技术对启动子进行预测和分析的方法得到了很大发展。本文对目前常用的真核生物启动子预测相关数据库和软件资源做一简单介绍。

关键词:真核生物启动子数据库预测

作为基因表达所必需的重要序列信号和基因转录水平上一种重要的调控元件,真核生物的启动子一直是现代分子生物学的研究热点。用实验的方法分析和鉴定启动子是多年以来进行启动子研究的主要途径。但近年来,随着人类基因组测序的完成和根据实验获得的对启动子的序列特征与结构功能的认识,利用生物信息学的方法,通过计算机模拟和计算来预测基因启动子的相关信息获得越来越多的应用。本文对目前常用的几个启动子预测数据库和相关软件资源做一简单介绍。

1.真核生物启动子的基本结构

真核生物的启动子有三种类型,分别由RNA聚合酶Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ进行转录。典型的真核生物启动子由核心启动子、上游元件和应答元件构成。

核心启动子包括起始子和基本启动子。其中起始子是DNA解链并起始转录的位点。基本启动子序列为中心在-25至-30左右的7bp保守区,其碱基频率为:

T85A97T93A85A63A83A50,通常被称为TATA框或Goldberg-Hogness框,具有选择正确的起始位点,保证精确起始的功能。同时,TATA框还能影响转录速率。如兔的珠蛋白基因中TATA框的保守序列ATAAAA人工突变为ATGTAA时,转录效率会下降80%。

上游元件主要包括CAAT框和GC框两种,均具有增强转录活性的功能。其中,CAAT框的保守序列是GGCTCAATCT,一般位于上游-75左右紧靠-80,与其相互作用的因子有CTF家族的成员CP1、CP2和核因子NF-1等;GC框的保守序列是GTGGGCGGGGCAAT,常以多拷贝形式存在-90处,识别该序列的转录激活因子为Sp1。1作者简介:刘玉瑛(1982-),女,北京人,硕士,研究方向:生物化学与分子生物学。

两种上游元件或者同时存在,或者只存在其中之一,但并非所有真核基因的启动子都存在上游启动子元件,例如有些植物细胞中几乎不存在CAAT框。

应答元件通常位于基因上游,能被转录因子识别和结合, 从而调控基因的专一性表达。如热激应答元件、激素应答元件, cAMP 应答元件, 金属应答元件、糖皮质激素应答元件和血清应答元件等。应答元件含有短重复序列, 不同基因中应答元件的拷贝数相近。

2.真核生物启动子预测相关数据库资源

2.1EPD(Eukaryotic Promoter Database)[1]

EPD数据库(http://www.epd.isb-sib.ch/

或者ftp://ftp.epd.isb-sib.ch/pub/databases/epd )是一个针对真核RNA聚合酶II型启动子的非冗余数据库。现有启动子序列数据1500多个,按层次组织。关于启动子的描述信息直接摘自科学文献。该数据库中所有的启动子均经过一系列实验证实,如:是否为真核RNA聚合酶Ⅱ型启动子、是否在高等真核生物中有生物学活性、是否与数据库中的其他启动子有同源性等等。同时,EPD与其他的相关数据库如EMBL、SWISS-PROT、TRANSFAC等,实现了数据的交叉链接。在其最新版本(第76版)中,EPD将收集的启动子分为六大类:植物启动子、线虫启动子、拟南芥启动子、软体动物启动子、棘皮类动物启动子和脊椎动物启动子,共2997个条目,其中人类启动子有1871个,约占总数的62%。EPD数据库是目前唯一一个源自实验数据的真核生物启动子数据库,是常用的预测软件测评的手段之一。2.1 PLACE(Plant cis-acting regulatory DNA elements)[2]

PLACE数据库 (http://www.dna.affrc.go.jp/htdocs/PLACE/,FTP服务器为ftp://ftp.dna.affrc.go.jp/)是从已发表文献中搜集植物顺式作用元件资料而建立的模体数据库(motif database),始于1991年。目前服务器位于日本农林渔业部。PLACE数据库中只囊括维管植物的信息,其它与植物顺式作用元件同源的非植物模体也同时被收录。并且所收录信息根据实验最新进展随时得到更新。同时,PLACE数据库中还包括了对每个模体的描述和在PubMed中的相关文献编号,以及在DDBJ/EMBL/GenBank的核酸序列数据库的登录号,点击后可阅读相关文献摘要等信息。登陆PLACE数据库界面,用户可通过关键词、SRS关键词或者同源序列查询顺式作用元件的信息,关键词可以是模体名称、涉及的诱导子或者植物激素、胁迫类型、此基因表达的组织或者器官、原始文献的作者、模体

序列、植物种属等等。查询结果显示位点(模体)名称、位置、序列和PLACE登录号,同时,也可以用FASTA格式批量上传序列信息。

2.3 TRRD(Transcription Regulatory Regions Database)[3]

TRRD数据库(http://www.bionet.nsc.ru/trrd/), 即转录调控区数据库。其数据均来源于已发表的科学论文,包含特定基因各种结构与功能特性,包括转录因子结合位点、启动子、增强子、沉默子的位置以及基因表达调控模式等。2001年的6.0版本综合了3898篇科学文献中的1167个基因,5537个转录因子结合位点,1714个调控区域,14个座位控制区和5335个表达模式。在TRRD数据库中,所有信息被分列于五个相关的数据表中:TRRDGENES(包含所有TRRD库基因的基本信息和调控单元信息);TRRDSITES(包括调控因子结合位点的具体信息);TRRDFACTORS(包括TRRD中与各个位点结合的调控因子的具体信息);TRRDEXP(包括对基因表达模式的具体描述);TRRDBIB(包括所有注释涉及的参考文献)。TRRD 的主页提供了对这几个数据表的检索服务。除此之外,数据库还提供了另外两个工具:①序列获得系统(SRS),用于搜索TRRD和与外部信息和软件资源进行整合;②TRRD Viewer,以基因图谱的形式提供相关信息的描述。

2.4 TRANSFAC(transcriptional regulation, from patterns to profiles)[4]

TRANSFAC数据库(https://www.doczj.com/doc/a67049234.html,/

或者http: //transfac.gbf.de/TRANSFAC/ )是一个真核基因顺式调控元件和反式作用因子数据库,数据搜集的对象从酵母到人类。TRANSFAC数据库中的数据资源被分为6大类别:SITE类数据是关于真核基因的不同调控位点信息,GENE类数据描述具有多个调控位点的基因信息,FACTOR类数据描述结合于这些位点的蛋白质因子信息,CELL类数据则说明蛋白质因子的细胞来源,CLASS类数据包含转录因子分类的基本信息,MATRIX数据以矩阵的形式定量描述结合位点核苷酸的统计分布。此外,还有几个与TRANSFAC密切相关的扩展库:PATHODB 库收集了转录区域中可能导致病态的突变数据;S/MART DB收集了蛋白质结合位点的特征信息及作用于这些位点的蛋白质信息;TRANSPATH库用于描述与转录因子调控相关的信号传递的网络;CYTOMER库表现了人类转录因子在各个器官、细胞类型、生理系统和发育时期的表达状况。

3.前景与展望

对真核生物启动子进行计算机预测和鉴定是一项具有挑战性的研究工作。到

目前为止,尽管相关数据库和软件资源得到了很大的丰富和发展,但仍存在着明显不足,如:①大多数数据库对于数据的创新、精确性和准确性没有权威评价,数据过多、重复,分类较粗等等;②人类公共数据库中, 只有极少数被实验证实的顺式作用元件, 绝大多数基因的启动子仍然是未知的;③采用人类基因组信息来预测植物、真菌等远缘物种的基因结构时,数据准确性不高,但目前针对植物、真菌等的生物信息学数据库远没有人类的全面和完善;④数据库中cDNA和EST 簇经常是不完整序列, 特别是5’端, 故无法确定转录起始位点的确切位置, 从而影响启动子的预测;⑤真核生物的顺式作用元件比原核生物复杂, 需要考虑多种因素[12]。因此高效的实验方法和设计良好的预测软件仍是生物学家面临的严峻课题。

随着分子生物学、遗传学和生物信息学的高速发展,更多的真核生物启动子序列将得到分析,各顺式作用元件的功能也会逐渐明确,相信启动子的计算机预

测研究工作也将会有更广阔的发展空间。

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The databases of Eukaryotic Promoters

and Related Software Resources

Liu yuying1, Zhang jiangli2

1(Capital Normal University Beijing 100037)

2(Langfang Teacher’s University Hebei Langfang 065000)

Abstract: Eukaryotic promoters are important elements in regulation of the expression. To study the structure and function of a promoter deeply, is the key to know how the gene regulates its transcription and starts its expression. With the fast development of biological and computer technology, significant achievements have been made in computational prediction on Eukaryotic promoters. This paper mainly introduces the progress made in the databases of predicting Eukaryotic promoters as well as the related software resources.

Key words: Wikipedia promoter database prediction

海洋生物资源多样性面临问题及其保护

海洋生物资源多样性面临的威胁 ?教学目标 1?了解海洋生物资源的概念。 2 ?分析海洋生物资源多样性面临的各种威胁。 ?教学内容 海洋也称“蓝色国土”,有着广阔的空间的丰富的资源。海洋生物资源又称海洋水产资源,指生活在海洋的所有生命有机体,其中包括微生物、低等和高等植物、无脊椎动物、脊椎动物。 我国已知的海洋生物为2.6万种,占全球海洋已知物种数的10%,拥有河口红树林、珊瑚礁等种类多样的生态系统和具有国际意义的物种的生态环境。 活动: 调查舟山沿海或自己生活的附近的海洋 生物分布情况,与四五十年前的分布状况有 没有不同?并与全班同学交流调查结果,最后 得出本地目前的渔业资源结构。 当前,我国海洋生物多样性面临的着各种各样的威胁,主要可归纳为: 1人类对海洋资源的过度利用 人类对海洋生物及生态系统资源的过度开发利用和消耗,加之沿海和海洋工程项目的重大建设,都对典型的海洋生态环境产生严重威胁。人类为了从海洋及海岸获得食物、医药原材料等海洋物资,使得绝大多数具有商业价值的海洋生物在部分地区被开发利用。捕捞业不仅过度仅利用诸多鱼类和脊椎动物,同时许多非商业性的捕捞也捕杀了大量的海洋生物。

思考与讨论: 舟山传统的捕捞有哪些特点?你知道传统的四大鱼类吗?新兴的捕 捞方式有哪些优点? 2. 海洋污染较为严重 在一般情况下,病原生物或污染生物是导致海洋生物病害的根本原因。来自 城市生活和工业废弃物和农药的过量排放、航运业的排入、大规模的水产养殖以 及空气中传送的有害物质,都带有大量的病原微生物,对海洋生态环境造成严重 污染。 海洋污染的特点 是,污染源多、持续性 强,扩散范围广,难以 控制。海洋污染造成的 海水浑浊严重影响海 洋植物(浮游植物和海 藻)的光合作用,从而 影响海域的生产力,对 鱼类也有危害。重金属 和有毒有机化合物等有毒物质在海域中累积,并通 过海洋生物的富集作用,对海 洋动物和以此为食的其他动物造成毒害。石油污染在海洋表面形成面积广大的油 膜,阻止空气中的氧气向海水中溶解,同时石油的分解也消耗水中的溶解氧,造 成海水缺氧,对海洋生物产生危害,并祸及海鸟和人类。由于好氧有机物污染引 起的赤潮(海水富营养化的结果),造成海水缺氧,导致海洋生物死亡。海洋污 染还会破坏海滨旅游资源。因此,海洋污染已经引起国际社会约来约多的重视。 3. 生态环境的改变 人类填海造地,采伐红树林,海滩挖沙,采矿和开 采石油天然气等活动都严重改变了局部海域的自然环 境,使海洋生物承受巨大的环球压力,而所有这些人为 活动对海洋生物多样性的损害作用又是多方面的。 在大 的河流上建设水库水电站、因 沿途截流和气候影响而连续的断流,都会对入海口 岸处及近海海域生物多样性造成严重破坏。40多年来我国沿海围海造地、开垦滩 思考与讨论: 你知道红树林有 哪些生态效益吗?

海洋技术概论题库

?绪论 ?什么是海与洋? 海与洋的根本区别是什么? ?海底地形可分为哪几个主要部分? ?为什么说海洋是生命的摇篮,也是生命的源泉? ?什么是海洋技术?海洋技术包括的主要内容有哪些? ?为什么海洋开发中需要发展海洋高技术? ?到目前为止,人类对海洋的开发历经了哪几个阶段? ?第一章 ?概括现代立体化海洋调查和探测技术的主要技术设备??说明“挑战者”号海洋科学者察船所取得的重大意义? ?阐述海洋调查船的主要特点? ?阐述海洋调查船的类型及用途? ?简述与调查船有关的技术及发展动向 ?海洋浮标的分类? ?海洋浮标的技术组成? ?海洋遥感技术包括哪几部分?各部分又分为哪几类?各有哪些特点? ?遥感信息处理的目的和方法? ?遥感技术在海洋中的应用有哪些? ?第二章 ?高压潜水和常压潜水各有什么优缺点? ?什么是常规潜水?什么是饱和潜水?

?什么是重潜水?什么是轻潜水? ?什么是载人潜水器?什么是无人潜水器? ?简述水下机器人及其作用? ?简述无人有缆潜水器和无人无缆潜水器各有什么特点??简述潜水员的减压病? ?什么是水声技术?它包括哪些技术? ?什么是声纳系统?它包括哪些内容? ?简述主动声纳、被动声纳工作原理? ?简述水声通讯技术?目前广泛应用的水下通讯设备有哪些? ?简述海洋声层技术? ?海洋仪器有哪几种分类方式?按照这些分类方式各分为哪几种? ?简述海洋仪器的发展特点? ?简述颠倒温度计工作原理? ?第3~4章 ?简述油气形成的主要阶段? ?海底矿产资源勘探方法中的间接方法主要包括哪些? ?海洋石油的储藏装置有哪些? ?海底矿产资源勘探方法中的直接方法主要有哪些?取样的方法有哪些? ?什么是干酪根?

常见真核启动子及原核启动子特点

真核启动子 EF1a 常规表达用 mRNA 人延长因子1α来源 的强哺乳动物表达启动子 组成型 表达水平十分稳定,与细胞类型无关 PGK1 (人/小鼠) 常规表达用 mRNA 磷酸甘油酸酯激酶 基因来源的哺乳动物启动子 组成型 广泛表达,但可能因细胞类型而异。由于甲基化或脱乙酰作用,倾向于抵抗启动子下调。 human beta actin 常规表达用 mRNA β-肌动蛋白基因来 源的哺乳动物启动子 组成型 无处不在,鸡的启动子常用与启动子杂交 TRE 常规表达用 mRNA 四环素响应元件启动子 被四环素或 者类似物诱导 通常有本底表达 Ac5 常规表达用 mRNA 果蝇Actin 5c 基因 来源的强昆虫启动子 组成型 果蝇表达系统的常用启动子

CaMKIIa 光遗传学 基因表达 mRNA Ca2+/钙调蛋白依赖 的蛋白激酶II 启动 子 特异的 用于中枢神经系统/神经元表达。受到 钙和钙调蛋白调节。 TEF1 常规表达 用 mRNA 酵母转录延伸因子 启动子 组成型与哺乳动物的EF1a 启动子类似 ADH1 常规表达 用 mRNA 乙醇脱氢酶I的酵母 启动子 被乙醇抑制 全长版本很强,促进高表达。截短启 动子是组成型的,表达较低。 Ubi 常规表达 用 mRNA 玉米泛素基因的植 物启动子 组成型在植物中促进高表达 U6 小RNA 表达 shRNA 来源于人U6小核启 动子 组成型小鼠U6也使用,但效率略差。 常用的原核表达系统启动子

T7lac 高水 平基 因表 达 T7噬菌体来 源的启动子 加上lac操 纵子 几乎没有本底表 达,需要T7 RNA 聚合酶,受到lac 操纵子的控制, 可以被IPTG诱 导。 常用与pET载体,受到lac操纵子的严格调控 araBAD 常规 表达 用 阿拉伯糖代 谢操纵子的 启动子 阿拉伯糖诱导 弱,常用与pBAD载体。适合于快速调控和低的本底表达 lac 常规 表达 用 Lac操纵子 来源的启动 子 可以被IPTG或 者乳糖诱导 在常规的大肠杆菌中,lacI阻遏蛋白表达量不高,仅能满足细 胞自身的lac操纵子,无法应付多拷贝的质粒的需求,导致非 诱导条件下较高地表达,为了让表达系统严谨调控产物表达, 能过量表达lacI阻遏蛋白的lacIq 突变菌株常被选为 Lac/Tac/trc表达系统的表达菌株。现在的Lac/Tac/trc载体上 通常还带有lacIq 基因,以表达更多lacI阻遏蛋白实现严谨的 诱导调控。 pL 高水 平基 因表 达 Lambda噬 菌体来源的 启动子 温度调节通常和温度敏感的cI857 抑制子搭配使用

常见真核启动子及原核启动子特点

真核启动子 EF1a 常规表 达用 mRNA 人延长因子1α来 源的强哺乳动物表达启动子 组成型 表达水平十分稳定,与细胞类型无关 PGK1 (人/小鼠) 常规表 达用 mRNA 磷酸甘油酸酯激酶 基因来源的哺乳动物启动子 组成型 广泛表达,但可能因细胞类型而异。由于甲基化或脱乙酰作用,倾向于抵抗启动子下调。 human beta actin 常规表 达用 mRNA β-肌动蛋白基因来 源的哺乳动物启动子 组成型 无处不在,鸡的启动子常用与启动子 杂交 TRE 常规表 达用 mRNA 四环素响应元件启 动子 被四环素或 者类似物诱导 通常有本底表达

Ac5 常规表 达用mRNA 果蝇Actin 5c 基因 来源的强昆虫启动 子 组成型果蝇表达系统的常用启动子 CaMKIIa 光遗传 学基因 表达 mRNA Ca2+/钙调蛋白依赖 的蛋白激酶 II 启 动子 特异的 用于中枢神经系统/神经元表达。受 到钙和钙调蛋白调节。 TEF1 常规表 达用mRNA 酵母转录延伸因子 启动子 组成型与哺乳动物的EF1a 启动子类似 ADH1 常规表 达用mRNA 乙醇脱氢酶I的酵 母启动子 被乙醇抑制 全长版本很强,促进高表达。截短启 动子是组成型的,表达较低。 Ubi 常规表 达用mRNA 玉米泛素基因的植 物启动子 组成型在植物中促进高表达

U6 小RNA 表达 shRNA 来源于人U6小核启 动子 组成型 小鼠U6也使用,但效率略差。 常用的原核表达系统启动子 T7lac 高水平基因表达 T7噬菌体来源的启动子加上lac 操纵子 几乎没有本底 表达,需要T7 RNA 聚合酶,受 到lac 操纵子的控制,可以被 IPTG 诱导。 常用与pET 载体,受到lac 操纵子的严格调控 Sp6 体外 转录/ 常规 表达 Sp6噬菌体来源的启动子 组成型, 需要SP6 RNA 聚合 酶 当用于体外转录的时候,专路方向有可能是正向的也可能是 反向的,取决于启动子相对于目的基因的方向 araBAD 常规 表达 用 阿拉伯糖代谢操纵 子的启动子 阿拉伯糖诱导 弱,常用与pBAD 载体。适合于快速调控和低的本底表达

我国海洋生物资源概况(精)

我国海洋生物资源概况 我国拥有4.7×106km2的海域,海洋生物种类繁多,数量庞大,其中鱼类、头足类和虾蟹类是主要的生物资源。 鱼类资源据《全国渔业资源调查和区划》统计,我国海洋鱼类有1 694种,其中硬骨鱼类有1 519种,占89.7%;软骨鱼类有175种,占10.3%。 在我国整个海域,鱼类种数的分布呈南多北少的趋势,南海种类最多,黄、渤海种类最少。 黄、渤海区的鱼类约有291种,其中常见的鱼类159种,主要经济鱼类约50种,如大黄鱼、小黄鱼、带鱼、鳓鱼、鲅鱼、鲐鱼、鲳鱼、棱鱼、鳀鱼、鲆鱼、鲽鱼、鲱鱼、鳕鱼、真鲷、白姑鱼、黄姑鱼、东方鲀、鲈鱼、鳐鱼、鲻鱼等。 东海大陆架海区的鱼类有727种,主要经济鱼类有近百种,如大黄鱼、小黄鱼、带鱼、马面鲀、银鲳、鲐鱼、鳀鱼、海鳗、鲍鱼、鲽鱼、鲻鱼、灯笼鱼、石斑鱼、蓝圆鲹、金色小沙丁鱼等。 南海北部大陆架海域的鱼类有1064种,其中经济鱼类有125种,如大黄鱼、带鱼、蓝圆鲹、竹荚鱼、金线鱼、鳗鱼、鲱鲤、蛇鲻、鲐鱼、石斑鱼、金枪鱼等。 南海大陆坡海域的鱼类有205种,南海诸岛海域的鱼类有523种。主要种类有短鳍拟飞鱼、鲣鱼、鲔鱼、旗鱼、金枪鱼、箭鱼、鲨鱼以及众多的珊瑚礁鱼类。 头足类资源我国海域的头足类有91种。头足类资源在我国海洋生物资源中所占比例较小,约占全国海洋渔业产量的2.2%。主要种类有针乌贼、太平洋丛柔鱼、短蛸、长蛸、日本枪乌贼、长枪乌贼、双喙耳乌贼、金乌贼、曼氏无针乌贼等。

虾、蟹类资源我国海域的虾类有300多种,磷虾类有42种,蟹类有600 多种。我国海域中虾和蟹的种数从北向南依次增加。 渤海和黄海的主要虾、蟹类有中国对虾、中国毛虾、周氏新对虾、脊尾白虾、口虾蛄、三疣梭子蟹、泥足隆背蟹等。 东海的虾类有100多种,主要经济虾类有中国毛虾、须赤虾、鹰爪糙对虾、哈氏仿对虾、中华管鞭虾等。东海的蟹类以梭子蟹数量最多。 南海北部的虾类有200多种,主要种类有刀额新对虾、短沟对虾、日本对虾、墨吉对虾、长毛对虾、须赤虾、中华管鞭虾等。南海北部海域仅梭子蟹就有40多种,如三疣梭子蟹、远海梭子蟹、珠脊梭子蟹等。

海洋技术概论复习资料..

海洋技术概论复习资料 一、概括现代立体化海洋调查和探测技术的主要技术设备? 1、在海面进行调查和探测的技术装备有调查船、浮标站; 2、从空中和空间进行调查和探测的技术装备有飞机、卫星; 3、在水下进行调查和探测的有潜水器、水下试验室和水声技术。 二、说明“挑战者”号海洋科学者察船所取得的重大意义? 它第一次使用颠倒温度计测量了海洋深层的水温;在362个点上进行了生物标本的采集;测量了海底地形、地质;测量了环流、海水透明度、海洋动植物,分析了海水盐度;在大西洋中发现了锰结核。这次调查证明了人类对海洋知之甚少,它对近代海洋学的创立起了重要的作用。被称为近代海洋科学的“奠基性调查”。 三、阐述海洋调查船的主要特点? (1)装备有执行考察任务所需要的专用仪器装置、起吊设备、工作甲板、研究实验室和能满足全船人员长期工作和生活需要的设施,有与任务相适应的续航力和自持能力。 (2)船体坚固,有良好的稳定性和抗浪性。 (3)具有良好的操纵性能和稳定的慢推进性能.海洋调查船只经济航速一般为12—15节,但常需使用主机额定低速以下的慢速进行测量和拖网。 (4)有准确可靠的导航定位系统.现代海洋调查船多装有以卫星定位为中心的组合导航定位系统。系统使用计算机控制,随时可以提供船位的经纬度,精确度一般为o.1海里,最佳可达o.4m。 (5)具有充足完备的供电能力。船上的电站要能满足工作、生活的电气化设备、精密仪器、计算机等所需要的电力和不同规格的稳压电源。 四、阐述海洋调查船的类型及用途? 1、近海调查船:船体小、吃水浅、航区小、续航力低,只装备浅水调查用的仪器设备; 2、远洋调查船:船体大、吃水深、航区广、续航力长,装备着深水调查用的仪器

真核生物启动子预测相关数据库资源概述

真核生物启动子预测相关数据库资源概述 刘玉瑛1,张江丽2(1.首都师范大学生命科学学院,北京100037;2.廊坊师范学院生命科学学院,河北廊坊065000) 摘要启动子是基因表达调控的重要元件,深入研究启动子的结构和功能,是理解基因转录调控机制和表达模式的关键。随着生物技术和计算机技术的高速发展,应用生物信息学技术对启动子进行预测和分析的方法得到了很大发展。对目前常用的真核生物启动子预测相关数据库和软件资源作了简单介绍。 关键词真核生物;启动子;数据库;预测 中图分类号Q24文献标识码A文章编号0517-6611(2007)24-07418-02 The Databases o f Eukaryo tic Promoters and Related So ftw are Resources LIU Yu2ying et al(Co lleg e of Life Science,Capital N ormal U niv ersity,B eijin g100037) Abstract Eu kary o tic pro mo ters are i mp ortan t elemen ts in reg ulatio n o f the e xpres si on.T o stud y the structu re and functio n o f a p ro m oter deeply,i t is the key to kno w ho w the gene reg ulates its transcri pti on an d starts its exp ression.With the fast d evelo pmen t o f bio log ical and co m puter techno lo gy,sig nifican t ac hiev ements h av e been made in co mp utatio nal predictio n o n Eu kary o tic pro mo ters.In thi s paper mai nly in tro duces the pro g ress made in the datab ases o f predictin g E ukaryo tic p ro mo ters as w ell as the related so ftw are reso urces w as in tro duced. Key w ords Wikipedia;Pro m oter;D atab ase;Predicti on 作为基因表达所必需的重要序列信号和基因转录水平上一种重要的调控元件,真核生物的启动子一直是现代分子生物学的研究热点。用实验的方法分析和鉴定启动子是多年以来进行启动子研究的主要途径。近年来,随着人类基因组测序的完成和根据实验获得的对启动子的序列特征与结构功能的认识,利用生物信息学的方法,通过计算机模拟和计算来预测基因启动子的相关信息获得越来越多的应用。笔者对目前常用的几个启动子预测数据库和相关软件资源作一简单介绍。 1真核生物启动子的基本结构 真核生物的启动子有3种类型,分别由R NA聚合酶?、ò和ó进行转录。典型的真核生物启动子由核心启动子、上游元件和应答元件构成。 核心启动子包括起始子和基本启动子。其中起始子是DN A解链并起始转录的位点。基本启动子序列为中心在-25~-30的7bp保守区,其碱基频率为:T85A97T93A85A2 63A83A50,通常被称为T A T A框或Goldberg2Ho gne ss框,具有选择正确的起始位点,保证精确起始的功能。同时,T A T A框还能影响转录速率。如兔的珠蛋白基因中T A T A框的保守序列A T AAA A人工突变为A TG T AA时,转录效率会下降80%。 上游元件主要包括C AA T框和GC框两种,均具有增强转录活性的功能。其中,C AA T框的保守序列是GGC T2 C A A TC T,一般位于上游-75紧靠-80,与其相互作用的因子有C TF家族的成员C P1、C P2和核因子NF21等;GC框的保守序列是G TGGGC G GG GC AA T,常以多拷贝形式存在-90处,识别该序列的转录激活因子为Sp1。两种上游元件同时存在或者只存在其中之一,但并非所有真核基因的启动子都存在上游启动子元件,有些植物细胞中几乎不存在C AA T框。 应答元件通常位于基因上游,能被转录因子识别和结合,从而调控基因的专一性表达。如热激应答元件、激素应答元件、c A M P应答元件、金属应答元件、糖皮质激素应答元 作者简介刘玉瑛(1982-),女,北京人,硕士研究生,研究方向:生物化学与分子生物学。 收稿日期2007204223件和血清应答元件等。应答元件含有短重复序列,不同基因中应答元件的拷贝数相近。 2真核生物启动子预测相关数据库资源 2.1EPD(Eukaryotic promote r database)[1]EP D数据库(http://w w w.e pd.isb2sib.ch/或者f tp://f tp.e pd.isb2sib.c h/ pub/da taba se s/epd)是一个针对真核R NA聚合酶II型启动子的非冗余数据库。现有启动子序列数据1500多个,按层次组织。关于启动子的描述信息直接摘自科学文献。该数据库中所有的启动子均经过一系列实验证实,如:是否为真核R NA聚合酶ò型启动子、是否在高等真核生物中有生物学活性、是否与数据库中的其他启动子有同源性等。同时,EPD 与其他的相关数据库如EM B L、S WI S S2P RO T、TRA NS FAC等,实现了数据的交叉链接。在其最新版本(第76版)中,EPD 将收集的启动子分为6大类:植物启动子、线虫启动子、拟南芥启动子、软体动物启动子、棘皮类动物启动子和脊椎动物启动子,共2997个条目,其中人类启动子有1871个,约占总数的62%。EPD数据库是目前唯一一个源自实验数据的真核生物启动子数据库,是常用的预测软件测评的手段之一。 2.2PLAC E(Plant cis2ac ting regulatory DNA elements)[2] P LAC E数据库(http://w ww.dna.af frc.go.jp/htdoc s/PL AC E/, F TP服务器为ftp://ftp.dna.a ff rc.go.jp/)是从已发表文献中搜集植物顺式作用元件资料而建立的模体数据库(mo tif data base),始于1991年。目前服务器位于日本农林渔业部。P LAC E数据库中只囊括维管植物的信息,其他与植物顺式作用元件同源的非植物模体也同时被收录。并且所收录信息根据实验最新进展随时得到更新。同时,PL AC E数据库中还包括了对每个模体的描述和在PubM ed中的相关文献编号,以及在DDB J/E MB L/GenB ank的核酸序列数据库的登录号,点击后可阅读相关文献摘要等信息。登陆PL AC E数据库界面,用户可通过关键词、S RS关键词或者同源序列查询顺式作用元件的信息。关键词可以是模体名称、涉及的诱导子或者植物激素、胁迫类型、该基因表达的组织或者器官、原始文献的作者、模体序列、植物种属等。查询结果显示位点(模体)名称、位置、序列和PL ACE登录号,同时,也可以用F AS T A 格式批量上传序列信息。 安徽农业科学,J ou rnal o f Anh ui Ag ri.Sci.2007,35(24):7418-7419责任编辑孙红忠责任校对李洪

海洋生物资源现状与可持续利用

海洋生物资源现状与可持续利用 班级: 学号: 姓名

目录 1. 海洋生物资源状况 (1) 1.1 海洋环境与生物多样性 (1) 1.2 世界海洋生物资源状况 (1) 1.3 我国海洋生物资源状况 (2) 1.3.1我国海洋生物资源现状及特点 (2) 1.3.2我国海洋生物资源与生态环境存在的问题 (2) 2 海洋生物资源可持续开发利用发展对策分析 (3) 2.1 加强依法治海,完善海洋生物管理法规 (3) 2.2 严格控制污染排放,治理旧的污染源,防止新的污染源.. 4 2.3 依靠科技进步,加强海洋生物资源开发的科技含量 (4) 2.4 加强渔业资源研究,制定合理捕捞量定额 (4) 3 结语 (4)

随着社会的不断发展,人类面临着人口、资源、环境三大问题的严峻挑战,寻找新的发展空已成为各国政府和科学家面临的重大课题。鉴于陆地资源的开发利用日趋极限及陆地生存环境的日益恶化,人类的生存和发展受到严重威胁,人们便将可持续发展的希望寄托于海洋,海洋也因此将成为人类赖以生存与发展的第二疆土。70年代以来,向海洋进军,开发利用海洋资源,已被列入许多国家的发展计划,海洋生物资源的开发利用是最主要的内容之一。我国人口预计到2030年将达到16亿,人均占有陆地面积仅0.008平方千米,远低于世界人均0.3平方千米的水平[1],且陆地资源日益匮乏,环境状况令人堪忧。为满足十几亿人口日益增长的对食物、海洋药物和其他海洋生物制品的需求,在可持续发展的基础上,运用海洋生物技术等现代高新技术合理开发利用海洋生物资源,是未来海洋资源开发利用的必由之路。 1. 海洋生物资源状况 1.1 海洋环境与生物多样性 阳光、水、空气、矿物等构成了地球生命的基础物质。生活在海洋这一水体环境中的海洋生物具有特殊的新陈代谢机制,使得海洋生物最终将日光转换为化学能量和各种特殊的细胞产物。海洋生态环境赋予了海洋生物丰富的物种多样性、化学成分多样性、食物网的复杂性、整体性和脆弱性。与陆地环境相比,海洋生态环境有如下几个特点:(1)立体空间:水生环境由全球海洋构成一个运动的、相互连通的立体空间,并形成海洋——陆地——大气三位一体相互影响的地球生命系统;(2)互相制约因素:水生环境使生物间关系更加密切,使一种生物同周围其它生物间产生了一种相互依存又相互制约的特殊关系;(3)食物链和食物网关系:每种海洋生物都处在相互交错的食物链中,在捕食和被捕食中相互依存,循环往复,形成复杂的食物网;(4)其它因素:防卫、洄游、生殖、捕捞因素等[1]。这些因素影响着海洋生物的种群结构、繁衍和补充。海洋特殊的生态环境赋予海洋生物有别于陆生生物的显著特点。海洋生物体内形成了特殊的生化机制,生物间又形成了相互影响的生化体系,整个海洋生物圈形成了一个统一的巨大的共轭生态化学系统。 1.2 世界海洋生物资源状况 占地球面积71%的海洋,蕴藏着极其丰富的自然资源,其中地球上80%的生物生活在海洋中。海洋生物资源通过生物个体或种群的繁殖、发育、生长和新老替代不断更新,种群也不断获得补充,并通过一定的自我调节能力达到数量上的相对稳定。整个地球每年生产的生物总量相当于1.5×1010t有机碳,而海洋生物就占了87%。已知海洋生物资源蕴藏量约3.4×1010t,有约20万种海洋生物。目前,海洋每年向世界人类提供9.0×107t以上的渔产品——高质量的蛋白食品。据估算,每年仅海洋鱼类的生长量多达6.0×108t,在不破坏资源的前

海洋资源概论 复习题2分解

第1次作业 一、名词解释题:(本大题共4小题,每小题5分,共20分) 1.滨海湿地: 指低潮时水深浅于6米的近海水域及其沿岸浸湿地带。 2.广盐性生物: 对于海水盐度的变化有很大的适应性,能忍受海水盐度的剧烈变化,沿海和河口地区的生物以及洄游性动物都属于广盐性生物。(例如弹涂鱼能生活在淡、海水中) 3.潮汐能: 因月球引力的变化引起潮汐现象,导致海水平面周期性地升降,由海水涨落及潮水流动所产生的能量成为潮汐能。 4.海洋污染:由于人类活动,直接或间接地把物质或能量引入海洋环境,造成或可能造成损害海洋生物资源、危害人类健康、妨碍海洋活动(包括渔业)、损坏海水和海海洋环境质量等有害的影响。

二、判断题:(本大题共5小题,每小题2分,共10分) 1.海水中的碘被称为“海洋元素”。(×) 2.潜水员在海水中不同的深度看到太阳光的色调是一样的(×) 3.我国的黄河和长江最终分别流入渤海和东海。(√) 4.额尔济斯河是我国唯一注入北冰洋的河流。(√) 5.涠洲岛是中国最大、地质年龄最古老的火山岛。(×)6.美国不是《联合国海洋法公约》签约国。(√) 三、填空题:(本大题共12小题,每空1分,共20分) 1.我国大陆海岸线长达18000 km;岛屿岸线长14000 km。我国海域辽阔,海岛广布,面积大于500 m2的海岛大约有6500 多个,其中面积最大的三个海岛是台湾岛、海南岛和崇明岛。 2.海洋生物资源包括食品、药物、新材料、能源物质、海洋生物农药肥料五大类。 3.生物发光现象可分为三类(迷漫状或乳状海光)、(火花状海光)、(闪光海光)。生物发光类型主要有:(细胞内发光)、(细胞外发光)、(共生细菌发光)。

原核真核启动子及BL21相关知识

感受态BL21、BL21(DE3)及BL21(DE3)pLysS BL21没有T7 RNA聚合酶基因, 因此不能表达T7启动子控制的目的基因, 但是可以表达大肠杆菌启动子lac、tac、trc及trp控制的基因。 BL21(DE3)是λDE3溶原菌,带有T7 RNA聚合酶,可用于表达T7启动子控制的目的基因,也可以表达大肠杆菌启动子lac、tac、trc及trp控制的基因。 BL21(DE3)pLysS含有pLysS质粒,一种与pET共存的表达T7裂解酶的质粒,可以减少目的基因的本底表达,提供更严紧的控制。 真核原核启动子 原核: 几个常用的启动子和诱导调控表达系统 1.最早应用于的表达系统的是Lac乳糖操纵子,由启动子lacP + 操纵基因lacO + 结构基因组成。其转录受CAP正调控和lacI负调控。 https://www.doczj.com/doc/a67049234.html,cUV5突变能够在没有CAP的存在下更有效地起始转录,该启动子在转录水平上只受lacI 的调控,因而随后得到了更广泛采用。lacI产物是一种阻遏蛋白,能结合在操纵基因lacO 上从而阻遏转录起始。乳糖的类似物IPTG可以和lacI产物结合,使其构象改变离开lacO,从而激活转录。这种可诱导的转录调控成为了大肠杆菌表达系统载体构建的常用元件。 3.tac启动子是trp启动子和lacUV5的拼接杂合启动子,且转录水平更高,比lacUV5更优越。 4.trc启动子是trp启动子和lac启动子的拼合启动子,同样具有比trp更高的转录效率和受lacI阻遏蛋白调控的强启动子特性。 5.在常规的大肠杆菌中,lacI阻遏蛋白表达量不高,仅能满足细胞自身的lac操纵子,无法应付多拷贝的质粒的需求,导致非诱导条件下较高地表达,为了让表达系统严谨调控产物表达,能过量表达lacI阻遏蛋白的lacIq 突变菌株常被选为Lac/Tac/trc表达系统的表达菌株。现在的Lac/Tac/trc载体上通常还带有lacIq 基因,以表达更多lacI阻遏蛋白实现严谨的诱导调控。 6.IPTG广泛用于诱导表达系统,但是IPTG有一定毒性,有人认为在制备医疗目的的重组蛋白并不合适,因而也有用乳糖代替IPTG作为诱导物的研究。另外一种研究方向是用lacI 的温度敏感突变体,30℃下抑制转录,42℃开始发挥作用。热诱导不用添加外来的诱导物,成本低,但是由于发酵过程中加热升温比较慢而影响诱导效果,而且热诱导本身会导致大肠杆菌的热休克蛋白激活,一些蛋白酶会影响产物的稳定。 7.以λ噬菌体转录启动子PL、PR 构建的载体也为大家所熟悉。这两个强启动子受控于λ噬菌体cI基因产物。cI基因的温度敏感突变体cI857(ts)常常被用于调控PL、PR启动子的转录。同样也是30℃下阻遏启动子转录,42℃下解除抑制开始转录。同样的,PL、PR表达载体需要以cI857(ts)作为表达菌株,现在更常见的做法是在载体上携带cI857(ts)基因,所以可以有更大的宿主选择范围。另外一种思路是通过严谨调控cI产物来间接调控PL、PR 启动子的转录。比如Invitrogen的PL表达系统,就是将受trp启动子严谨调控的cI基因

海洋生物资源的保护

海洋生物资源的保护 摘要:近几年来,过度的海洋开发及海洋环境的严重污染,使海洋生物资源减少,有些种类甚至灭绝。所以,对海洋生物资源进行合理的保护与管理就显得尤为重要。海洋生物资源又称海洋水产资源或海洋渔业资源。我国是一个海洋资源大国。根据世界海洋法规定,中国拥有的海洋国土面积是299.7万平方公里,包括内水、领海及专属经济区和大陆架。 在如此巨大的海洋宝库中,我们有着丰富的资源。同时,随着世界科技文明的发展,海洋资源的利用也越来越受到人们的关心、世界的关注。 关键词:海洋资源保护 引言:海洋资源指海洋中蕴藏的经济动物和植物的群体数量,是有生命、能自行增殖和不断更新的海洋资源。它们与海水化学资源、海洋动力资源和大多数海底矿产资源不同,其主要特点是通过生物个体和种下群的繁殖、发育、生长和新老替代,使资源不断更新,种群不断获得补充,并通过一定的自我调节能力而达到数量上的相对稳定。在有利条件下,种群数量能迅速扩大;在不利条件下,种群数量会急剧

下降,资源趋于衰落。 .海洋生物资源的保护措施和方法具体如下: 1、加强海洋环境的保护,发展持续渔业。环境恶化和污染的加剧都会对海洋生物资源的质量和数量产生巨大的、消极的影响,尤其是一些污染物在海洋生物身体中通过食物链富集,最终会传递到人类身上,危害人体健康。因此,在海洋开发的同时,必须重视保护海洋环境,综合防治海洋污染,要考虑海洋开发的经济、生态和社会的综合效益。 2、加强法律保障力度。我国已经颁布了《海洋环境保护法》和《海域使用管理法》等 多部法律和法规。今后应在总结经验的基础上,加强立法步伐,制定海洋立法规划,并且严格打击破坏海洋生物资源的人和事,为海洋生物资源建立一个坚固的法律屏障。海洋立法是沿海国家管理海上活动包括海洋资源可持续利用和环境保护等活动的基本措施,我国加强海洋立法的建设也是与世界接轨共同保护海洋生物资源的重要举措。 3、认真贯彻可持续发展战略。海洋生物资源虽然具有可再生性和多样性,使得海洋生物资源可以不断地繁衍下去,但是海洋生物资源同样很脆弱,如果遭到不合理、不科学的开采,就会使得其生物多样性遭到破坏,甚至会使一种生物灭绝并产生连锁反应。因此,我们需要坚持可持续发展,保持海洋生物资源的多样性,这样才能有力地保护海洋生物资源。 4、加强科技水平,利用高新技术保护海洋生物资源。海洋生物资源

海洋资源概论复习重点

领海:领海是邻接国家的海岸和内水,受国家主权支配和管辖下的12海里的海域。 滨海湿地:是指低潮时水深浅于多少米的水域及其沿岸浸湿地带。滨海湿地的下限为海平面以下6米处。上限为大潮线上与内河流域相连的淡水或半咸水潮沼以及海水上溯未能抵达的入海河的河段。 港口腹地:港口吞吐货物和旅客集散所及的一个服务区域,即腹地,它有配套的设施(如码头、装卸设备等)和高效率的运作服务。 潮汐能:潮汐能是以势能形态出现的海洋能,是指海水潮涨和潮落形成的水的势能与动能。它包括潮汐和潮流两种运动方式所包含的能量,潮水在涨落中蕴藏着巨大能量,这种能量是永恒的、无污染的能量。 因月球引力的变化引起潮汐现象,导致海水平面周期性地升降,由海水涨落及潮水流动所产生的能量成为潮汐能。 大陆架:大陆架:大陆边缘的浅海岸地带,自海岸起,向海洋方面延伸,直到海底坡度显著增加的陆架坡折处为止,其深度不逾200米 潮间带:潮间带即是指大潮期的最高潮位和大潮期的最低潮位间的海岸,也就是海水涨至最高时所淹没的地方开始至潮水退到最低时露出水面的范围。 海上城市:在海上建立的可容纳万人以上生产、生活、具有城市功能和交通体系的居住区。包括漂浮式和大型人工岛填筑式两种。 公海:公海是指海洋上除国家内水、领海、群岛水域和专属经济区以外不受任何国家主权管辖和支配的海洋区域。简言之,公海是国家管辖海域以外的海域。 专属经济区:专属经济区是在沿海国领海以外,但与领海紧密相连的一个国家管辖区。 海洋技术:是指应用海洋科学理论和知识,在开发利用海洋过程中所形成并积累起来的经验、方法、技巧、工艺和能力的总称。 广盐性生物:对于海水盐度的变化有很大的适应性,能忍受海水盐度的剧烈变化,沿海和河口地区的生物以及洄游性动物都属于广盐性生物。(例如弹涂鱼能生活在淡、海水中) 海洋污染:由于人类活动,直接或间接地把物质或能量引入海洋环境,造成或可能造成损害海洋生物资源、危害人类健康、妨碍海洋活动(包括渔业)、损坏海水和海海洋环境质量等有害的影响。 内水:沿岸领海基线想陆地一面至海岸线的水域,是国家领水的组成部分们具有与国家陆地领土相同的地位,完全处在一国管辖之下,未经该国许可,他国船只不得入内 红树林:生长在热带或亚热带潮间带的,受周期性潮水淹没的红树科植物 黑潮:是世界海洋中第二大暖流,海水看似靛蓝色 人工鱼礁:将天然或者人工的物体投放至海中,改善海域的生态环境,诱集、增加海洋生物的数量,以达到保护、增殖和提高渔获量的目的 海市蜃楼:是一种因阳光折射而形成的自然现象 海洋自然保护区:以保护海洋自然环境为目的,依法将海岛、海域、等划分出来,进行特殊的保护和管辖龙涎香:是从抹香鲸肠道中分泌出的分泌物,可用作焚香 鲸落:指的是沉入海底的鲸的尸体 黑烟囱:深海热液喷口地区,也指的是海底富含硫化物的高温热液活动区 天然气水合物:由天然气和水在低温高压下形成的冰晶状固体化合物,常分布于深海或陆地永久冻土中 国家海洋权益:国家在其管辖海域内所享有的领土主权、司法管辖权、海洋资源开发权、海洋空间利用权、海洋污染管辖权以及海洋科学研究权的利益总称 目前黑海是被污染的最严重的海域 位于舟山群岛的普陀山有“海天佛国”之称,与山西五台山、四川峨眉山、安徽九华山并称为中国佛教四大名山 鲨鱼是软骨鱼,其鳃呈板状,有卵生、卵胎生、胎生,锯齿鲨、皱唇鲨是卵胎生的 鲸鲨是体型最大的鲨鱼,其提炼出的鲨烯能治疗烧伤,也能作为润滑油、不冻性精密机械油 天然气水合物存在冻土带,是天然气和水在低温高压下形成的,1m3释放164m3的甲烷 无居民海岛的使用期为50年

海洋资源概论知识点总结

本知识点总结仅代表个人观点,仅供大家交流、参考使用,不足之处请指出,谢谢! 名词概念 1、海洋资源: 海洋资源是相对于陆地资源而言的,其概念也包括狭义和广义两个方面。 从狭义上来看,海洋资源包括传统的海洋生物、溶解在海水中的化学元素和淡水、海水中所蕴藏的能量以及海底的矿产资源,这些都是与海水水体本身有着直接关系的物质和能量。 从广义来看,除了上述的能量和物质外,还把港湾、海洋交通运输航线、水产资源的加工、海洋上空的风、海底地热、海洋旅游景观、海洋里的空间以及海洋的纳污能力都视为海洋资源。 2、多因子综合评价法: 多因子综合评价的方法是选取对被评价对象—某一资源的质量有影响的多个限制因子作为评价目的,然后将每个评价项目进行指标分级,最后将各种限制因子(即评价项目)评定的级别采用一定数学方法综合评判被评价对象的质量等级。 3、等差指数定量评价法 等差指数定量评价法是在可以取得资源质量评价因子的定量数据,但各因子相互关系不明确的情况下,将各因子按照作用的大小,人为地等差分配指数,以指数之和,求得资源质量的综合指数,并根据评定资源等级的一种综合方法。 4、主导因子评价法: 在影响某以资源质量的多个因子中,选择一个或两个起决定性作用的主导因子作为评价资源质量或划分等级的依据。然后对这种起主导作用的评价因子(或项目)提出一个或多个能全面确切地表达它的评价指标,并对每一个指标按一定标准作出分级,这样便可得到一张可以用于质量分级的标准表。 5、海洋资源管理 政府及其职能部门对其所管辖海洋区域内的海洋资源系统进行干预的复杂过程。6、内海 指领海基线向内一侧的全部海水,包括:①海湾、海峡、河口湾;②领海基线与海岸之间的海域;③被陆地所包围或通过狭窄水道连接海洋的海域。 7、领海 是沿海国陆地及其内水以外邻接的一定宽度的海域,在群岛国的情况下则为群岛水域以外邻接的一定宽度海域。 8、大陆架 沿海国的大陆架包括其领海以外依其陆地领土的全部自然延伸,扩展到大陆边外缘的海底区域的海床和底土,如果从测算领海宽度的基线量起到大陆外边缘的距离不到200n mile,则扩展到200n mile的距离。如超过200n mile的,最宽不超过350n mile 或不超过2500m等深线外100n mile。 9、专属经济区 是在沿海国领海以外并邻接领海的一个国家管辖海域,其宽度为从测算领海宽度的

海洋生物资源与环境专业毕业实习周记范文原创全套

海洋生物资源与环境专业毕业实习周记全 套 (本人在海洋生物资源与环境专业相关岗位3个月的实习,十二篇周记,总结一篇,全部原创,共6500字,欢迎下载参考) 姓名:杜宗飞 学号:2011090118 专业:海洋生物资源与环境专业 班级:海洋生物资源与环境专业01班 指导教师:赵晓明

第1周 作为海洋生物资源与环境专业的大学生,我很荣幸能够进入海洋生物资源与环境专业相关的岗位实习。相信每个人都有第一天上班的经历,也会对第一天上班有着深刻的感受及体会。尤其是从未有过工作经历的职场大学们。 头几天实习,心情自然是激动而又紧张的,激动是觉得自己终于有机会进入职场工作,紧张是因为要面对一个完全陌生的职场环境。刚开始,岗位实习不用做太多的工作,基本都是在熟悉新工作的环境,单位内部文化,以及工作中日常所需要知道的一些事物等。对于这个职位的一切还很陌生,但是学会快速适应陌生的环境,是一种锻炼自我的过程,是我第一件要学的技能。这次实习为以后步入职场打下基础。第一周领导让我和办公室的其他职员相互认识了一下,并给我分配了一个师父,我以后在这里的实习遇到的问题和困难都可以找他帮忙。 一周的时间很快就过去了,原以为实习的日子会比较枯燥的,不过老实说第一周的实习还是比较轻松愉快的,嘿嘿,俗话说万事开头难,我已经迈出了第一步了,在接下去的日子里我会继续努力的。生活并不简单,我们要勇往直前!再苦再累,我也要坚持下去,只要坚持着,总会有微笑的一天。虽然第一周的实习没什么事情,比较轻松,但我并不放松,依然会本着积极乐观的态度,努力进取,以最大的热情融入实习生活中。 虽然第一周的实习没什么事情,比较轻松,但我并不放松,依然会本着积极乐观的态度,努力进取,以最大的热情融入实习生活中。 第2周 过一周的实习,对自己岗位的运作流程也有了一些了解,虽然我是读是海洋生物资源与环境专业,但和实习岗位实践有些脱节,这周一直是在给我们培训那些业务的理论知识,感觉又回到了学校上课的时候。虽然我对业务还没有那么熟悉,也会有很多的不懂,但是我慢慢学会了如何去处理一些事情。在工作地过程中明白了主动的重要性,在你可以选择的时候,就要把主动权握在自己手中。有时候遇到工作过程中的棘手问题,心里会特别的憋屈,但是过会也就好了,我想只要积极学习积极办事,做好自己份内事,不懂就问,多做少说就会有

[参考实用]常见真核启动子及原核启动子特点

真核启动子 EF1a 常规 表达用 mRNA 人延长因子 1α来源的强哺乳动物表达启动子 组成型 表达水平十分稳定,与细胞类型无关 PGK1(人/小鼠) 常规 表达用 mRNA 磷酸甘油酸 酯激酶基因来源的哺乳动物启动子 组成型 广泛表达,但可能因细胞类型而异。由于甲基化或脱乙酰作用,倾向于抵抗启动子下调。

humanbetaactin 常规 表达 用 mRNA β-肌动蛋白 基因来源的 哺乳动物启 动子 组成型 无处不在,鸡的启动子 常用与启动子杂交 TRE 常规 表达 用 mRNA 四环素响应 元件启动子 被四环 素或者 类似物 诱导 通常有本底表达 Ac5 常规 表达 用 mRNA 果蝇Actin5c 基因来源的 强昆虫启动 子 组成型 果蝇表达系统的常用 启动子

CaMKIIa 光遗 传学 基因 表达 mRNA Ca2+/钙调 蛋白依赖的 蛋白激酶II启 动子 特异的 用于中枢神经系统/神 经元表达。受到钙和钙 调蛋白调节。 TEF1 常规 表达 用 mRNA 酵母转录延 伸因子启动 子 组成型 与哺乳动物的EF1a启 动子类似 ADH1 常规mRNA 乙醇脱氢酶I被乙醇全长版本很强,促进高

表达用 的酵母启动子 抑制 表达。截短启动子是组成型的,表达较低。 Ubi 常规 表达用 mRNA 玉米泛素基 因的植物启 动子 组成型 在植物中促进高表达 U6 小 RNA 表达 shRNA 来源于人U6小核启动子 组成型 小鼠U6也使用,但效率略差。 常用的原核表达系统启动子

T7lac 高 水 平 基 因 表 达 T7噬菌体 来源的启动 子加上lac 操纵子 几乎没有本底表 达,需要T7RNA 聚合酶,受到lac 操纵子的控制, 可以被IPTG诱 导。 常用与pET载体,受到lac操纵子的严 格调控

海洋生物资源论文

蔡菲菲 201200191003 电气工程学院 电气工程及其自动化 12级5班

目录 摘要 (3) (一)引言 (4) (二)中国海洋生态环境现状 (5) 1.近海水体环境质量呈下降趋势,污染范围不断扩大 (5) 2.近海水域污染严重,生态环境破坏加剧 (5) 3.污染严重,引发赤潮,渔业资源破坏严重 (5) (三)海洋生态环境的污染源 (5) 1.陆源污染物 (5) 1)工业污水排海 (6) 2)城市生活污水排海 (6) 3)农药、化肥污水排海 (6) 4)海洋石油运输和海洋石油勘探开发造成的海上溢油事故频发 (6) 2.船舶排放的污染物 (6) 3.海洋石油勘探开发的污染 (6) 4.人工倾倒废物污染 (6) (四)我国海洋环境污染的原因 (6) 1.把经济发展速度作为考核的主要指标 (6) 2.对海洋环保的执法力度不够 (7) (五)防治海洋环境污染的对策 (7) 1.提高民众的海洋环境保护意识 (7)

2.加强监管和加大对海洋环保的执法力度 (8) 3.完善海洋环境保护法律体系 (8) 4.科学开发海洋资源 (8) 5.建立统一和多职能的海上执法队伍 (9) (六)结论 (9) (七)参考文献 (10) 浅谈中国海洋生态环境污染 摘要 近十年来,全国特别是沿海发达地区,临港、临岸工业得到了迅速的发展。但是在工业迅速发展的同时,不少企业治污净化设施没有同步跟上,污水向河道和入海口无度排放,污染了海洋。还有的甚至在“先污染后治理”的思想支配下,企业长期不安装治污设施,任其自然排放,使得海洋这块蓝色宝地受到日趋严重的污染。部分海湾和近海海面污染已经相当严重,而且呈日益加剧的趋势。当前,污染和损害中国海洋环境的因素主要有:陆源污染物、船舶排放的污染物、海洋石油勘探开发的污染、人工倾倒废物污染、不合理的海洋工程的兴建和海洋开发,使一些深水港和航道淤积,局部海域生态平衡遭到破坏等。目前海洋生态环境污染已对经济社会发展和生物资源造成了巨大影响,而且海洋环境与陆上不同,一旦被污染,即使采取措施,其危害也难以在短时间内消除。因为治理海域污染比治理陆上污染所化费的时间要长,技术上要复杂,难度要大,投资也高,而且还不易收到良好效果。所以保护海洋环境,应以预防为主,防治结合,合理开发,综合利用。主要对策有:提高民众的海洋环境保护意识、加强监管和加大对海洋环保的执法力度、完善海洋环境保护法律体系、科学开发海洋资源、建立统一和多职能的海上执法队伍等。治理污染刻不容缓,只有这样,我们才能创造一个和谐稳定的海洋生态环境。 关键词:海洋污染;因素;防治措施;科学开发

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