Invitrogen中国测序通用引物序列（mt M13：GTAAAACGACGGCCAGT）
日常备库引物序列(5'-3') 1492R GGTTACCTTGTTACGACTT 27F\8F AGAGTTTGATCCTGGCTCA 35S GACGCACAATCCCACTATCC 3'AD AGATGGTGCACGATGCACAG 3'AOX\AOX1rev GGCAAATGGCATTCTGACAT 3'BD TAAGAGTCACTTTAAAATTTGTATAC 5'AD\GAL4AD\P17110 TACCACTACAATGGATGATG 5'AOX\AOX1for GACTGGTTCCAATTGACAAGC 5'BD\GAL4-BD-Cfor TCATCGGAAGAGAGTAG 96gIII\M13-96 CCCTCATAGTTAGCGTAACG a-FACTOR\Alphafor TACTATTGCCAGCATTGCTGC BAC1 AACCATCTCGCAAATAAATA BAC2 ACGCACAGAATCTAGCGCTT BGH\pCDNA3.1R TAGAAGGCACAGTCGAGG CMV-24 TTAGGACAAGGCTGGTGG CMV-30 ATAACCCCGCCCCGTTG CMV-F\CMV-Profor CGCAAATGGGCGGTAGGCGTG\ATGGGCGGTAGGCGT G CMV-R TCGTTGGGCGGTCAGC DuetDOWN1 GATTATGCGGCCGTGTACAA DuetUP1 GATCTCGACGCTCTCCCT DuetUP2 TTGTACACGGCCGCATAATC EBVrev GTGGTTTGTCCAAACTCATC EGFP-Cfor AGCACCCAGTCCGCCCTGAGC EGFP-Nrev CGTCGCCGTCCAGCTC GAL1-Profor AACATTTTCGGTTTGTATTACTTC GLP1 TGTATCTTATGGTACTGTAACTG GLP2 CTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCA
测序引物设计指南 ?P CR引物设计方法： 1.引物最好在模板cDNA的保守区内设计。 DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI上搜索不同物种的同一基因，通过序列分析软件（比如DNAman）比对（Alignment），各基因相同的序列就是该基因的保守区。 2.引物长度一般在15~30碱基之间。 引物长度（primerlength）常用的是18-27bp，但不应大于38，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，不适于TaqDNA 聚合酶进行反应。 3.引物GC含量在40%~60%之间，Tm值最好接近72℃。 GC含量（composition）过高或过低都不利于引发反应。上下游引物的GC含量不能相差太大。另外，上下游引物的Tm值（meltingtemperature）是寡核苷酸的解链温度，即在一定盐浓度条件下，50%寡核苷酸双链解链的温度。有效启动温度，一般高于Tm值5~10℃。若按公式Tm=4（G+C）+2（A+T）估计引物的Tm值，则有效引物的Tm为55~80℃，其Tm值最好接近72℃以使复性条件最佳。 4.引物3′端要避开密码子的第3位。 如扩增编码区域，引物3′端不要终止于密码子的第3位，因密码子的第3位易发生简并，会影响扩增的特异性与效率。 5.引物3′端不能选择A，最好选择T。 引物3′端错配时，不同碱基引发效率存在着很大的差异，当末位的碱基为A时，即使在错配的情况下，也能有引发链的合成，而当末位链为T时，错配的引发效率大大降低，G和C错配的引发效率介于A、T之间，所以3′端最好选择T。 6.碱基要随机分布。 引物序列在模板内应当没有相似性较高，尤其是3’端相似性较高的序列，否则容易导致错误引发（Falsepriming）。降低引物与模板相似性的一种方法是，引物中四种碱基的分布最好是随机的，不要有聚嘌呤或聚嘧啶的存在。尤其3′端不应超过3个连续的G或C，因这样会使引物在GC富集序列区错误引发。 7.引物自身及引物之间不应存在互补序列。 引物自身不应存在互补序列，否则引物自身会折叠成发夹结构（Hairpin）使引物本身复性。这种二级结构会因空间位阻而影响引物与模板的复性结合。引物自身不能有连续4个碱基的互补。 两引物之间也不应具有互补性，尤其应避免3′端的互补重叠以防止引物二聚体（Dimer与Crossdimer）的形成。引物之间不能有连续4个碱基的互补。 引物二聚体及发夹结构如果不可避免的话，应尽量使其△G值不要过高（应小于4.5kcal/mol）。否则易导致产生引物二聚体带，并且降低引物有效浓度而使P CR反应不能正常进行。
human actin f ctc cat cct ggc ctc gct gt human actin r gct gtc acc ttc acc gtt cc product size:268 rabbit actin r agt gcg acg tgg aca tcc g rabbit actin f tgg ctc taa cag tcc gcc tag product size:295 mouse actin r cgt tga cat ccg taa aga cc mouse actin f aac agt ccg cct aga agc ac product size:281 rat actin f TCAGGTCATCACTATCGGCAAT rat actin r AAAGAAAGGGTGTAAAACGCA product size:432 human actin r gag cta cga gct gcc tga cg human actin f cct aga agc att tgc ggt gg product size:416 mouse actin f tca tca cta ttg gca acg agc mouse actin r aac agt ccg cct aga agc ac product size:399 rat actin f CCCATCTATGAGGGTTACGC rat actin r TTTAATGTCACGCACGATTTC product size:150 rabbit actin f tct tcc agc cct cct tcc tg rabbit actin r cgt ttc tgc gcc gtt agg t product size:409 内参基因名称引物引物最佳退火扩增 基因库序列号引物名称序列位置Tm 温度C 长度 Human actin beta F305 ctgggacgacatggagaaaa 305-324 52.3 BC002409 R868 aaggaaggctggaagagtgc 868-849 52.6 59.4 564 F1379 agcgagcatcccccaaagtt 1379-1398 57.3 R1663 gggcacgaaggctcatcatt 1663-1644 56.3 54 285 Rat actin beta F18 cacccgcgagtacaaccttc 18-37 54.5 NM_031144 R224 cccatacccaccatcacacc 224-205 54.4 60.4 207 F694 gagagggaaatcgtgcgtgac 694-714 54 R1146 catctgctggaaggtggaca 1146-1127 53.2 57.1 452 Mouse actin beta F91 atatcgctgcgctggtcgtc 91-110 57.5 NM_007393 R607 aggatggcgtgagggagagc 607-588 57.8 60.4 517 F1566 gtccctcaccctcccaaaag 1566-1585 54.5 F1831 gctgcctcaacacctcaaccc 1831-1811 54.4 55.7 266 human GAPDH F369 agaaggctggggctcatttg 369-388 55.6 BC004109 R626 aggggccatccacagtcttc 626-607 55.1 57.5 258
ITS1: 5’-CCGTAGGTGAACCTGCGG-3’ ITS4:5’-TCCTCCGCTTATTGATATGC-3’ Tm 55℃ NS17: CATGTCTAAGTTTAAGCAA NS3: GCAAGTCTGGTGCCAGCAGCC NS4: CTTCCGTCAATTCCTTTAAG NS22: AATTAAGCAGACAAATCACT NS24: AAACCTTgTTACgACTTTTA LR0R: 5’-GTACCCGCTGAACTTAAGC-3’ LR3: 5’-CCGTGTTTCAAGACGGG LR3R: 5’-GTCTTGAAACACGGACC (complementary to RLR3R: GGTCCGTGTTTCAAGAC) LR5: 5’-TTAAAAAGCTCGTAGTTGAAC-3’ LR7: 5’-TACTACCACCAAGATCT LR12: 5’-GACTTAGAGGCGTTCAG Lr0R/LR5: Tm 50-52℃ NL1: 5’-GCATATCAATAAGCGGAGGAAAAG NL1: 5′-TGCGTTGATTACGTCCCTGC (also called V9: TGCGTTGATTACGTCCCTGC) NL1: 5’-TGCTGGAGCCATGGATC-3 NL2: 5’-CTCTCTTTTCAAAGTTCTTTTCATCT NL2: 5’-AACGGCTTCGACAACAGC-3 NL2: 5’-CTTGTTCGCTATCGGTCTC (also NL2A: 5′-CTTGTTCGCTATCGGTCTC) NL2: 5’-TACTTGTTCGCTATCGGTCT-3' NL3: 5’-GAGACCGATAGCGAACAAG (also NL3A: 5’-GAGACCGATAGCGAACAAG) NL3: 5’-AGACCGATAGCGAACAAGTA NL3: 5’ NL4: 5’（similar to RLR3R：5′-GGTCCGTGTTTCAAGAC) NL4: 5’-TAGATACATGGCGCAGTC-3
常见载体的测序引物： Primer of Vector: Vector：Primer(F)；Primer(R) pACT T7 T3 pACT2 GAL4 AD pACT2-R pAS2-1 GAL4 BD pAS2-1.R pB42AD pB42ADF pB42ADR pBACPAK8 BAC1 BAC2 pBK-CMV T7 T3 PBS(SK/KS)/M13- M13F/T7 T3/M13R pBV220 PBV220F PBV220R pCAMBIA 1301(1300) P1 P2 pCAMBIA 2300 M13R(-48) M13F(-47) PCANTB5E S1/M13R S6 pCAT3-enhancer RVP3 此载体无反向引物pcDNA3.0 CMV-F/T7 SP6/BGH pcDNA3.1 T7 BGH pcDNA4 T7/CMV-F BGH pcDNA6 T7/CMV-F(J21025在T7前面）BGH pcDNAII T7 SP6 pCE2.1 M13F M13R pCEP4 pCEP-F EBV-R
pCF-T M13F M13R pCI T7（17Base）此载体无反向引物 pCI-neo T7（17Base）T3 pCMS-EGFP T7 T3 pCMV-3Tag-4A T3 /PFLAG-CMV-F T7 pCMV5 pCMV5F pCMV5R pCMV5-Flag pCMV5F pCMV5R pCMV-MYC/HA pCMV-F pCMV-R pCMV-Sport M13F/T7 SP6/M13R pCMV-Tag(KAN+) T3 T7 pCR2.1-TOPO M13F/T7 M13R pCR3.1 T7 BGH pCS2 SP6 T7 pDonar M13F M13R pDONR221 M13F M13R pDrive T7 SP6 pDRIveR(KAN+) T7 SP6 pDsRED1-C1 pDsRED-ex-C1-F pEGFP-N-3’(距离很近,一般不用) pDsRED2-C1(KAN+) pDsRED-ex-C1-F pEGFP-N-3’ pDSRED-N1(KAN+) pEGFP-N-5’ PDSRED-N-R pECFP-C pEGFP-C-5’ pECFP-C-3' pECFP-N1 pEGFP-N-5’ pEGFP-N-3’
实验常用试剂、缓冲液的配制方法 Na2HPO4，2 mM KH2PO4 1 M Tris-HCl 、11M Tris-HCl □组份浓度 □配制量□配制量1L 1L （pH7.4，7.6，8.0） □配置方法1. 称量下列试剂，置于1L烧杯中。烧杯中。□配置方法1. 称量121.1gTris置于1L NaCl 加入约800mL的去离子水，充分搅拌溶解。 8 g 2. KCl 0.2g 3. 按下表量加入浓盐酸调节所需要的pH值。 Na2HPO4 1.42 g 浓值 HCl pH KH2PO4 0.27g 7.4 约70mL 2. 向烧杯中加入约800 mL的去离子水，充分搅拌溶解。 7.6 约60mL 3. 滴加HCl将pH42mL 8.0 约值调节至7.4，然后加入去离子水将溶液定容至1L。 4. 将溶解定容至1L。 4. 高温高压灭菌后，室温保存。 5. 高温高压灭菌后，室温保存。注意：上述PBS Buffer中无二价阳离子，如需要，可在配方中pH注意：应使溶液冷却至室温后再调定pH值，因为Tris溶液的补充1mM CaCl2和0.5 mM MgCl2。pH值随温度的变化差很大，温度每升高1℃，溶液的值大约降低 6、10 M醋酸铵0.03个单位。□组份浓度10 M醋酸铵 □配制量100mL 1.5 M Tris-HCl 2、1.5 M Tris-HCl □组份浓度□配置方法1. 称量77.1g醋酸铵置于100～配制量pH8.8 （）□1L 200 mL烧杯中，加入约30 mL的去离子水搅拌溶解。1L1. □配置方法称取181.7gTris置于烧杯中。 2. 加入约800mL2.加去离子水将溶液定容至100mL。的去离子水，充分搅拌溶解。 3.使用8.8pH3. 用浓盐酸调值至。0.22μm滤膜过滤除菌。 4.密封瓶口于室温保存。。1L 4. 将溶液定容至 5. 高温高压灭菌后，室温保存。注意：醋酸铵受热易分解，所以不能高温高压灭菌。 7、Tris- HCl平衡苯酚□溶液的注意：应使溶液冷却至室温后再调定pH值，因为Tris配置方法 1. 使用原料：大多数市售液化苯酚是清亮无色的，pH值大约无需重蒸馏℃，溶液的值随温度的变化差异很大，温度每升高pH1便可用于分子生物学实验。0.03降低个单位。但有些液化苯酚呈粉红色或黄色，应避免使用。同时也应避免使用结晶苯酚，结晶苯酚必须在160℃对其，□TE Buffer、310×组份浓度100 mM Tris-HCl10 mM EDTA
Invitrogen中国测序通用引物序列 引物名称序列(5'-3') M13R CAG GAA ACA GCT A TG ACC M13F TGT AAA ACG ACG GCC AGT M13F(-47) CGC CAG GGT TTT CCC AGT CAC GAC M13R(-48) AGC GGA TAA CAA TTT CAC ACA GGA M13(-96) CCC TCA TAG TTA GCG TAA CG SP6 A TT TAG GTG ACA CTA TAG T7 TAA TAC GAC TCA CTA TAG GG T7 terminator TGC TAG TTA TTG CTC AGC GG T3 A TT AAC CCT CAC TAA AGG GA pGEX-4T-5' GGG CTG GCA AGC CAC GTT TGG TG pGEX-4T-3' CCG GGA GCT GCA TGT GTC AGA GG GLp1 TGT A TC TTA TGG TAC TGT AAC TG GLp2 CTT TA T GTT TTT GGC GTC TTC CA RVp3 CTA GCA AAA TAG GCT GTC CC RVp4 GAC GA T AGT CA T GCC CCG CG pcDNA3.1R TAG AAG GCA CAG TCG AGG PinPoint primer CGT GAC GCG GTG CAG GGC G pCMV-F TCT AAA AGC TGC GGA A TT GT pCMV-R TCCAAACTCA TCAA TGTA TC pTRC99C-F: TTG CGC CGA CA T CA T AAC pTRC99C-R: CTGCGTTCTGA TTTAA TCTG pCEP-F: AGA GCT CGT TTA GTG AAC CG EBV-R : GTG GTT TGT CCA AAC TCA TC pIRES2-EGFP.P5’:GTA GGC GTG TAC GGT GGG AG pIRES2-EGFP.P3’: AAC GCA CAC CGG CCT TA T TC 3'AD: AGA TGG TGC ACG A TG CAC AG CMV -F CGC AAA TGG GCG GTA GGC GTG S1 CAA CGT GAA AAA A TT A TT A TT CGC S6 GTA AA T GAA TTT TCT GTA GTA GG 5`AOX1 GAC TGG TTC CAA TTG ACA AGC 3`AOX1 GCA AA T GGC A TT CTG ACA TCC α-Factor TAC TA T TGC CAG CA T TGC TGC GAL4 AD TAC CAC TAC AA T GGA TG pACT2-R GTGCACGA TGCACAGTTGAA pB42ADF: CCA GCC TCT TGC TGA GTG GAG A TG
ISSR通用引物序列
UBC Primer Set #9 (Microsatellite) 引物名称序列 801 ATA TAT ATA TAT ATA TT 802 ATA TAT ATA TAT ATA TG 803 ATA TAT ATA TAT ATA TC 804 TAT ATA TAT ATA TAT AA 805 TAT ATA TAT ATA TAT AC 806 TAT ATA TAT ATA TAT AG 807 AGA GAG AGA GAG AGA GT 808 AGA GAG AGA GAG AGA GC 809 AGA GAG AGA GAG AGA GG 810 GAG AGA GAG AGA GAG AT 811 GAG AGA GAG AGA GAG AC 812 GAG AGA GAG AGA GAG AA 813 CTC TCT CTC TCT CTC TT 814 CTC TCT CTC TCT CTC TA 815 CTC TCT CTC TCT CTC TG 816 CAC ACA CAC ACA CAC AT 817 CAC ACA CAC ACA CAC AA 818 CAC ACA CAC ACA CAC AG 819 GTG TGT GTG TGT GTG TA 820 GTG TGT GTG TGT GTG TC
821 GTG TGT GTG TGT GTG TT 822 TCT CTC TCT CTC TCT CA 823 TCT CTC TCT CTC TCT CC 824 TCT CTC TCT CTC TCT CG 825 ACA CAC ACA CAC ACA CT 826 ACA CAC ACA CAC ACA CC 827 ACA CAC ACA CAC ACA CG 828 TGT GTG TGT GTG TGT GA 829 TGT GTG TGT GTG TGT GC 830 TGT GTG TGT GTG TGT GG 831 ATA TAT ATA TAT ATA TYA 832 ATA TAT ATA TAT ATA TYC 833 ATA TAT ATA TAT ATA TYG 834 AGA GAG AGA GAG AGA GYT 835 AGA GAG AGA GAG AGA GYC 836 AGA GAG AGA GAG AGA GYA 837 TAT ATA TAT ATA TAT ART 838 TAT ATA TAT ATA TAT ARC 839 TAT ATA TAT ATA TAT ARG 840 GAG AGA GAG AGA GAG AYT 841 GAG AGA GAG AGA GAG AYC 842 GAG AGA GAG AGA GAG AYG
3’AOX5′-GGCAAATGGCATTCTGACAT-3‘ 3‘AD5′- AGA TGG TGC ACG ATG CAC AG-3‘ 3‘BD5′-TAA GAG TCA CTT TAA AAT TTG TAT C-3‘5’AOX5′-GACTGGTTCCAATTGACAAGC-3‘ A-FACTOR5′-TAC TAT TGC CAG CAT TGC TGC-3‘ CMV-F5′-CGCAAATGGGCGGTAGGCGTG-3‘ CMV-R5′-GTTCACGGTGCCCTCC-3‘ EGFP-Nrev5′-CGT CGC CGT CCA GCT C-3‘ GLP15′-TGT ATC TTA TGG TAC TGT AAC TG-3‘GLP25′-CTT TAT GTT TTT GGC GTC TTC CA-3‘ M13(-96)5′-CCCTCATAGTTAGCGTAACG-3‘ M13-205′-GTA AAA CGA CGG CCA GTG-3‘ M13F5′-TGTAAAACGACGGCCAGT-3‘ M13F（-47）5′-CGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGAC-3‘ M13F-215′-TGT AAA ACG ACG GCC AGT-3‘ M13R5′-CAGGAAACAGCTATGACC-3‘ M13R（-48）5′-AGCGGATAACAATTTCACACAGGA-3‘ P125845′-TTTTCAGTATCTACGAT-3’ P171105′-TACCACTACAATGGATG-3’ pbd-gal4-f5′-GCCTCTAACATTGAGACAGC-3‘ pbd-gal4-r5′-AAGAGTTACTCAAGAACAAGAA-3‘ pbi-121(35s)5′-GACGCACAATCCCACTATCC-3‘ PBV220F5′-AAGAAGGGCAGCATTCAAAG-3‘ PBV220R5′-CTG CGT TCT GAT TTA ATC TG-3‘ PCDNA3.0-R25′-GGC AAC TAG AAG GCA CAG TC-3‘PCDNA3.1F5′-CTAGAGAACCCACTGCTTAC-3’ PCDNA3.1R5′-TAGAAGGCACAGTCGAGG-3’ PCMV-F5′-TCTAAAAGCTGCGGAATTGT-3‘ PCMV-5F5′-TTCCAAAATGTCGTAATAAC-3‘ PCMV-R5′-TCCAAACTCATCAATGTATC-3‘ PCMV-5R5′-ATTATAGAGGACACCTAGTC-3‘ PEGFP-C-3’5′-TATGGCTGATTATGATCAGT-3‘ PEGFP-C-5’5′-CATGGTCCTGCTGGAGTTCGTG-3‘ PEGFP-N-3’5′-CGTCGCCGTCCAGCTCGACCAG-3‘ PEGFP-N-5’5′-TGGGAGGTCTATATAAGCAGAG-3‘ PGEX-3’5′-CCGGGAGCTGCATGTGTCAGAGG-3‘ PGEX-5’5′-GGGCTGGCAAGCCACGTTTGGTG-3‘PIRES2-EGFP-F5′-GTA GGC GTG TAC GGT GGG AG-3‘PIRES3-EGFP-R5′-AAC GCA CAC CGG CCT TAT TC-3‘ pMAL-C2X-F5′-TGC GTA CTG CGG TGA TCA AC-3’ pMAL-C2X-R5′-CTG CAA GGC GAT TAA GTT GG-3’ PQE30F5′- TGA GCG GAT AAC AAT TTC AC-3‘ PQE30R5′- GTT CTG AGG TCA TTA CTG G-3‘ RVP35′-CTA GCA AAA TAG GCT GTC CC-3‘
常用之Universal Primer 序列 Primer Primer sequence Applicable vectors T7 TAATACGACTCACTATAGGG pGEM-T, pGEM-T-Easy, pCRII, pET, pBlueScript, pcDNA3.1, pT7Blue SP6 TATTTAGGTGACACTATAG pGEM-T, pGEM-T-Easy, pCRII T3 ATTAACCCTCACTAAAGGGA pBlueScript pUC/M13 Forward (-40) GTTTTCCCAGTCACGAC pUC, pGEM-T, pCRII, pBlueScript pUC/M13 Forward (-21) TGTAAAACGACGGCCAGT pUC, pCRII, pBlueScript pUC/M13 Reverse TCACACAGGAAACAGCTATGAC pUC, pGEM-T, pCRII, pBlueScript T7 Terminator GCTAGTTATTGCTCAGCGG pET pGEX 5’GGGCTGGCAAGCCACGTTTGGTG pGEX pGEX 3’CCGGGAGCTGCATGTGTCAGAGG pGEX pQEF GGCGTATCACGAGGCCCTTTCG pQE pQER CATTACTGGATCTATCAACAGG pQE polyhedrin F AAATGATAACCATCTCGCAA Stag GAACGCCAGCACATGGACAGC pET-4x BGH reverse TAGAAGGCACAGTCGAGG pcDNA3.1, pTracer-CMV 5’ AOX GACTGGTTCCAATTGACAAGC pPlCZα α-factor TATTGCCAGCATTGCTGC pPlCZα 3’ AOX GCAAATGGCATTCTGACATCC pPlCZα
常用载体测序引物列表 载体名称 正向引物 反向引物 pACT T7 T3 pACT2 GAL4 AD(5’AD) 3'AD/pACT2-R PACYCDUET-1(MCSII) DuetUP2 T7TER pAD/pl-DEST CMV-F pAD-Track pAD-Track-F 无 pAS2-1 5’BD M13-26/48 PB42AD PB42ADF PB42ADR PBAD PBAD-F PBAD-R pBABE pBABE5’ pBABE3’ PBACPAK8 BAC1 BAC2 pBK-CMV T7/M13-20 T3/M13-26 PBS(SK/KS)/M13- M13F/T7 T3/M13R pBV220 PBV220F PBV220R pBI121 需根据酶切位点确认 需根据酶切位点确认 pCAMBIA 1301(1300) 需根据酶切位点确认 需根据酶切位点确认 pCAMBIA 2300 需根据酶切位点确认 需根据酶切位点确认 PCANTB5E S1/M13R S6 pCAT3-enhancer pGL3+ pcDNA3.0 pEGFP-N5/T7 SP6/BGH pcDNA3.1 pEGFP-N5/T7 BGH pcDNA4 T7/pEGFP-N5 BGH pcDNA6 T7/pEGFP-N5 BGH pcDNAII T7 SP6 pCE2.1 M13F M13R pCEP4 pCMV5R/PCEP-F pEGFP-N5/EBV-R pCF-T M13F M13R pCI T7（17Base ） pCMV5R pCI-neo T7（17Base ） T3 pCMS-EGFP T7 T3 pCMV-3Tag-4A T3 /pFlag-CMV-F T7 pCMV5 pCMV5F pCMV5R pCMV5-Flag pCMV5F pCMV5R pCMV-MYC/NUC pCMV5F pCMV5R PCMV-HA pCMV5F pCMV5R pCMV-Sport SP6/M13R pCMV-Tag T3 T7 pCMV-TNT T7/SP6 pCMV5R pCR2.1-TOPO M13F/T7 M13R pCR3.1 T7 BGH pCS2 SP6 T7
RT-PCR常用引物序列 RT-PCR引物序列基因来源引物序列产物大小（kb） β-actin 人有意义链CCTCG CCTTT GCCGA TCC 反义链GGA TC TTCAT GAGGT AGTCA GTC 0.62 kb β-actin* 大鼠有意义链TACAA CCTCC TTGCA GCTCC 反义链GGA TC TTCA T GAGGT AGTCA GTC 0.62kb β-actin 小鼠有意义链GTCGT ACCAC AGGCA TTGTG A TGG反义链GCAAT GCCTG GGTAC ATGGT GG 0.49 kb GAPDH 人有意义链GGTGA AGGTC GGAGT CAACG反义链CAAAG TTGTC ATGGA TGHACC 0.50kb GAPDH 大鼠有意义链GATGC TGGTG CTGAG TATGR CG反义链GTGGT GCAGG ATGCA TTGCT CTGA 0.20 kb Dynein 小鼠有意义链GCGGG CGCTG GAGGA GAA反义链GGA TC TTCA T GAGGT AGTCA GTC 12.3 kb Polymerase ε 人有意义链CGCCA AATTT CTCCC CTGAAA反义链CCGTA GTGCT GGGCA ATGTT C 6.8 kb Polymerase ε 人有意义链AAGGC TGGCG GATTA CTGCC反义链GA TGC TGCTG GTGAT GTACT C 3.5 kb Tuberous Sclerosis 人有意义链GGAGT TTATC ATCAC CGCGG AAATA CTGAG AG反义链TATTT CACTG ACAGG CAATA CCGTC CAAGG 5.3 kb 18S rRNA 大豆有意义链CTTTC GATGG TAGGA TAGTG GCCT反义链CAATG A TCCT TCCGC AGGTT CACCT AC 1.5 kb *引物不会扩增假基因 PCR引物序列基因来源引物序列产物大小（kb） HIV gag region 病毒SK 38ATTAAT CACTA TCCAG TAGGA GAAAT SK 39TTTGG TCCTG TCTTA TGTCC AGAAT GC 0.11kb β-globin 人(29923)GGTGT TCCCT TGATG TAGCA CA (34016)CCAGG ATTTT TGATG GGACA CG 4.1kb β-globin 人(31194)GCTGC TCTGT GCATC CGAGT GG (34016)CCAGG ATTTT TGATG GGACA CG 2.8kb
RT-PCR引物序列基因来源引物序列产物大小（kb） β-actin 人有意义链CCTCG CCTTT GCCGA TCC 反义链GGATC TTCAT GAGGT AGTCA GTC 0.62 kb β-actin* 大鼠有意义链TACAA CCTCC TTGCA GCTCC 反义链GGATC TTCAT GAGGT AGTCA GTC 0.62kb β-actin 小鼠有意义链GTCGT ACCAC AGGCA TTGTG ATGG反义链GCAAT GCCTG GGTAC ATGGT GG 0.49 kb GAPDH 人有意义链GGTGA AGGTC GGAGT CAACG反义链CAAAG TTGTC ATGGA TGHACC 0.50kb GAPDH 大鼠有意义链GATGC TGGTG CTGAG TATGR CG反义链GTGGT GCAGG ATGCA TTGCT CTGA 0.20 kb Dynein 小鼠有意义链GCGGG CGCTG GAGGA GAA反义链GGATC TTCAT GAGGT AGTCA GTC 12.3 kb Polymerase ε人有意义链CGCCA AATTT CTCCC CTGAAA反义链CCGTA GTGCT GGGCA ATGTT C 6.8 kb Polymerase ε 人有意义链AAGGC TGGCG GATTA CTGCC反义链GATGC TGCTG GTGAT GTACT C 3.5 kb Tuberous Sclerosis 人有意义链GGAGT TTATC ATCAC CGCGG AAATA CTGAG AG反义链TATTT CACTG ACAGG CAATA CCGTC CAAGG 5.3 kb 18S rRNA 大豆有意义链CTTTC GATGG TAGGA TAGTG GCCT反义链CAATG ATCCT TCCGC AGGTT CACCT AC 1.5 kb *引物不会扩增假基因 PCR引物序列基因来源引物序列产物大小（kb） HIV gag region 病毒SK 38ATTAAT CACTA TCCAG TAGGA GAAAT SK 39TTTGG TCCTG TCTTA TGTCC AGAAT GC 0.11kb β-globin 人(29923)GGTGT TCCCT TGATG TAGCA CA (34016)CCAGG ATTTT TGATG GGACA CG 4.1kb β-globin 人(31194)GCTGC TCTGT GCATC CGAGT GG (34016)CCAGG ATTTT TGATG GGACA CG 2.8kb 序列来源nvitrogen 公司
-RT引物序列：AGGTCCACCACCCTGTTGCTGT 内参引物： GAPDH F: GTACGACTCACTATAGGGA AGGTCCACCACCCTGTTGCTGT GAPDH R: AGGTGACACTATAGAATA AACAGCGACACCCACTCCTCCA 通用引物： Universal F: GTACGACTCACTATAGGGA Universal R: AGGTGACACTATAGAATA I tube BV1 AGGTGACACTATAGAATA CTTGCACTCTGAACTAAACC BV2 AGGTGACACTATAGAATA TACCGTTCCCTGGACTTTC BV3 AGGTGACACTATAGAATA CAAAGTAACCCAGAGCTCG BV4 AGGTGACACTATAGAATA CCTGGACAGAGCCTGACA BV5 AGGTGACACTATAGAATA GAGWVRV ARAGGAAACTTCCCT II tube BV6 AGGTGACACTATAGAATA RMKCTCAGGTGTGATCCAA BV7a AGGTGACACTATAGAATA AACCTTCACCTACACGCCC BV7b AGGTGACACTATAGAATA TBCCTTCACCTACACACCC BV8 AGGTGACACTATAGAATA ATGCRRGGACTGGAGTTG BV9 AGGTGACACTATAGAATA AATGAAACAGTTCCAAATCGC III tube BV11 AGGTGACACTATAGAATA CGAGGAATGGAACTACACC BV12a AGGTGACACTATAGAATA TGAGATGTCACCAGACTGA BV12b AGGTGACACTATAGAATA TGACGTGTCACCAGACTTG
16S rDNA常用引物序列 Normally, we used following primers to amplify bacterial 16S rRNA genes (27F and 1492R pair) and sequencing them (using other primers). The primer sequencs are all listed in the reference: Lane DJ (1991) 16S/23S rRNA sequencing. In: Stackebrandt E, Goodfellow M (eds) Nucleic acid techniques in bacterial systematics. Wiley, Chichester, pp 115-175 27F 5' AGA GTT TGA TCM TGG CTC AG 3' PCR and sequencing, most eubacteria 357F 5' CTC CTA CGG GAG GCA GCA G 3' Most eubacteria 530F 5' GTG CCA GCM GCC GCG G 3' Most eubacteria and archaebacteria 926F 5' AAA CTY AAA KGA ATT GAC GG 3' Most eubacteria and archaebacteria 1114F 5' GCA ACG AGC GCA ACC C 3' Most eubacteria 342R 5' CTG CTG CSY CCC GTA G 3' Most eubacteria 519R 5' GWA TTA CCG CGG CKG CTG 3' Most eubacteria and archaebacteria 907R 5' CCG TCA ATT CMT TTR AGT TT 3' Most eubacteria and archaebacteria 1100R 5' GGG TTG CGC TCG TTG 3' Most eubacteria 1492R 5' TAC GGY TAC CTT GTT ACG ACT T 3' PCR and sequencing, most eubacteria 1525R 5' AAG GAG GTG WTC CAR CC 3' PCR and sequencing, most eubacteria M=C:A, Y=C:T. K=G:T, R=A:G, S=G:C. W=A:T; all 1:1 Any primer's reverse complement sequence is its revers prime. For example: 519R 5' GWA TTA CCG CGG CKG CTG 3' then 519F 3' CWT AAT GGC GCC GKC GAC 5'
常见引物序列及相关数据 所属类别名称序列5'→3'长度/bp MW Tm/oC RDP匹配情况—非特异 细菌8F AG AGTTTGA TC A TGGCTCAG AGAGTTTGA TC C TGGCTCAG AGAGTTTGA TC M TGGCTCAG 20 20 20 6125 57.8 21114/690149 112729/706103 147961/836814 27F 27FM AGTTTGATC A TGGCTCAG AGTTTGATC C TGGCTCAG AGTTTGATC M TGGCTCAG 18 18 18 5485 55.02 27693/690149 139957/836814 167795/836814 50F A ACACA TGCAAGTCGAAC G ACACA TGCAAGTCGAAC G A ACACA TGCAAGTCGAAC ACACA TGCAAGTCGAAC 19 18 18 17 125623/690149 148982/706103 25951/690149 145627/690149 338F ACTCCTACGGGAGGCAGC 18 482403/706103 341F CCTACGGGAGGCAGCAG 17 5239 54 561521/836814 357F CTCCTACGGGAGGCAGCAG 19 481725/706103 517F GCCAGCAGCCGCGGTAA 17 5200 54 499021/706103 CAGCAGCCGCGGTAATAC 18 460959/706103 ACTCCTACGGGAGGCAGCAG 20 480068/706103 968F AACGCGAAGAACCTTAC 17 227055/706103 1055F ATGGCTGTCGTCAGCT 16 198160/706103 341R CTGCTGCCTCCCGTAGG 17 5164 54 561521/836814 513R CGCGGCTGCTGGCACGTA 18 245632/706103 517R TTACCGCGGCTGCTGGC 17 54 585412/836814 518R ATTACCGCGGCTGCTGG 17 545228/836814 519R GTATTACCGCGGCTGCTG 18 53 541216/836814 907R CCGTCAATTC C TTT G AGTTT CCGTCAATTC A TTT G AGTTT CCGTCAATTC M TTT G AGTTT CCGTCAATTC C TTT A AGTTT CCGTCAATTC A TTT A AGTTT 20 20 20 19 306382/ 706103 56371/706103 2707/690149 116/690149