全基因组表达谱分析方法（DGE）----基于新一代测序技术的 技术路线 该方法首先从每个mRNA的3’端酶切得到一段21bp的TAG片段（特异性标记该基因）；然后通过高通量测序，得到大量的TAG序列，不同的TAG序列的数量就代表了相应基因的表达量；通过生物信息学分析得到TAG代表的基因、基因表达水平、以及样品间基因表达差异等信息。技术路线如下： 1、样品准备： a) 提供浓度≥300ng/ul、总量≥6ug、OD260/280为1.8~2.2的总RNA样品； 2、样品制备（见图1-1）： a) 类似SAGE技术，通过特异性酶切的方法从每个mRNA的3’末端得到一段21bp 的特异性片段，用来标记该基因，称为TAG； b) 在TAG片段两端连接上用于测序的接头引物； 3、上机测序： a) 通过高通量测序每个样品可以得到至少250万条TAG序列； 4、基本信息分析： a) 对原始数据进行基本处理，得到高质量的TAG序列； b) 通过统计每个TAG序列的数量，得到该TAG标记的基因的表达量； c) 对TAG进行注释，建立TAG和基因的对应关系； d) 基因在正义链和反义链上表达量间的关系； e) 其它统计分析； 5、高级信息分析： a) 基因在样品间差异表达分析； b) 库容量饱和度分析；
c) 其它分析； 测序优势 利用高通量测序进行表达谱研究的优势很明显，具体如下： 1．数字化信号：直接测定每个基因的特异性表达标签序列，通过计数表达标签序列的数目来确定该基因的表达量，大大提高了定量分析的准确度。整体表达差异分布符合正态分布，不会因为不同批次实验引起不必要的误差。 2．可重复性高：不同批次的表达谱度量准确，能够更准确的进行表达差异分析。 3．高灵敏度：对于表达差异不大的基因能够灵敏的检测其表达差异；能够检测出低丰度的表达基因。 4．全基因组分析，高性价比：由于该技术不用事先设计探针，而是直接测序的方式，因此无需了解物种基因信息，可以直接对任何物种进行包括未知基因在内的全基因组表达谱分析，因此性价比很高。 5．高通量测序：已有数据表明，当测序通量达到200万个表达标签时，即可得到样本中接近全部表达基因的表达量数据，而目前每个样本分析可以得到300 万~600万个表达标签。
第19讲 基因的表达 [考纲要求] 1.遗传信息的转录和翻译(Ⅱ)。2.基因与性状的关系(Ⅱ)。 考点一 遗传信息的转录和翻译 1．RNA 的结构与分类 (1)基本单位：核糖核苷酸。 (2) 种类及功能???? ? 信使RNA (mRNA )：蛋白质合成的模板转运RNA (tRNA )：识别并转运氨基酸 核糖体RNA (rRNA )：核糖体的组成成分 (3)RNA 与DNA 的区别 技法提炼 DNA 和RNA 的区分 (1)DNA 和RNA 的判断 ①含有碱基T 或脱氧核糖?DNA ； ②含有碱基U 或核糖?RNA 。 (2)单链DNA 和双链DNA 的判断 ①若： ? ??? ?A ＝T ，G ＝C 且A ＋G ＝T ＋C ?双链DNA ； ②若：嘌呤数≠嘧啶数?单链DNA 。 (3)DNA 和RNA 合成的判断：用放射性同位素标记T 或U 可判断DNA 和RNA 的合成。若大量消耗T ，可推断正在发生DNA 的合成；若大量利用U ，可推断正在进行RNA 的合成。 2．转录 (1)场所：主要是细胞核，在叶绿体、线粒体中也能发生转录过程。
(2)条件????? 模板：DNA 的一条链原料：4种核糖核苷酸 能量：ATP 酶：RNA 聚合酶 (3)过程 (4)产物：信使RNA 、核糖体RNA 、转运RNA 。 3．翻译 (1)场所或装配机器：核糖体。 (2)条件????? 模板：mRNA 原料：氨基酸 能量：ATP 酶：多种酶搬运工具：tRNA (3)过程 (4)产物：多肽――→盘曲折叠 蛋白质 归纳整合 复制、转录和翻译的比较
1．判断下列有关RNA和DNA的叙述 (1)一个tRNA分子中只有三个碱基，可以携带多种氨基酸( ×) (2)rRNA是核糖体的组成成分，原核细胞中可由核仁参与合成( ×) (3)tRNA分子中的部分碱基两两配对形成氢键( √) (4)有些RNA可通过降低化学反应的活化能来提高反应速率( √) (5)若某核酸中，嘌呤占58%，嘧啶占42%，则该核酸一定不是双链DNA( √) (6)在翻译过程中，tRNA分子的—OH端与相应的氨基酸结合( √) 2．判断下列有关遗传信息、密码子和反密码子的叙述 (1)每种氨基酸仅由一种密码子编码( ×) (2)一个tRNA上的反密码子只能与mRNA上的一种密码子配对( √) (3)mRNA上所含有的密码子均能在tRNA上找到相对应的反密码子( ×) (4)如图表示蓝藻DNA上遗传信息、密码子、反密码子间的对应关系，则①是β链，完成此过程的场所是细胞核( ×) 3．判断有关复制、转录和翻译的相关叙述 (1)DNA复制就是基因表达的过程( ×) (2)转录和翻译过程都存在T－A、A－U、G－C的碱基配对方式( ×) (3)蛋白质合成旺盛的细胞中，DNA分子较多，转录成的mRNA分子也较多( ×) (4)细菌的一个基因转录时两条DNA链可同时作为模板，提高转录效率( ×) (5)细胞中的mRNA在核糖体上移动，指导蛋白质的合成( ×) (6)DNA复制和转录时，其模板都是DNA的一整条链( ×) 分析DNA转录和翻译过程
门诊慢性病审核鉴定标准 1、冠状动脉粥样硬化性心脏病（不含隐匿型） （1）具有冠心病引起的临床表现如心绞痛、心力衰竭、严重心律失常、心肌梗塞或猝死； （2）心图检查有心肌梗塞表现； （3）冠状造影提示有≥50％狭窄。 2、慢性肺源性心脏病 （1）有慢性肺、胸疾病或肺血管病史； （2）有咳嗽、咳痰、喘息、尿少、下肢浮肿等症状及右心功能不全体征； （3）肺动脉高压、右心室增大的诊断依据： 胸部X线现：①右下肺动脉干扩张，横经≥15mm，右下肺动脉横经与气管横经比值≥1.07； ②右心室增大。 心电图：①右心室肥厚； ②肺型P波：Ⅱ、Ⅲ、aVF导联中p＞0.25mv。 （4）血气分析：动脉血氧分压＜60mmHg，二氧化碳分压＞50mmHg。 3、原发性高血压（限50周岁以上人群） （1）高血压Ⅱ期 收缩压≥140mmHg，舒张压≥90mmHg，并具备下列四项中之一者。 ①脑血管意外（不包括腔隙性脑梗塞未遗留肢体、语言障碍者） 或高血压脑病；
②左心衰竭； ③肾功能衰竭； ④眼底出血，渗出或视乳头水肿。 （2）高血压Ⅲ期 收缩压≥140mmHg，舒张压≥90mmHg，并有脑出血（有CT报告）。 4、脑血管病恢复期 （1）既往有脑出血、脑梗塞、脑栓塞、蛛网膜下腔出血病史，临床表现有肢体瘫痪或感觉障碍、颅神经障碍、失语等； （2）颅CT检查阳性结果。 5、肝硬化失代偿期 （1）有慢性肝脏病史及脾大、脾功能亢进、侧支循环形成、腹水等门脉高压征象； （2）血浆蛋白≤35g／L，ALF＞2倍正常值，总胆红素＞34.2umol／L； （3）B超、CT等影像学证实食管、胃底静脉曲张。 6、糖尿病合并慢性并发症 （1）有糖尿病3年以上病史； （2）有慢性并发症的临床表现及相应慢性并发症的检查资料；（3）近1—2月内空腹血糖及餐后血糖检测结果，非同一天检测两次以上。 7、慢性肾小球肾炎和肾病综合症 慢性肾小球肾炎
基因表达谱测序 背景介绍 基因表达谱分析利用HiSeq 2000高通量测序平台对mRNA进行测序，获得10M读长为49nt的原始reads，每一个reads可以对应到相应的转录本，从而研究基因的表达差异情况。与转录组测序相比，基因表达谱分析要求的读长更短，测序通量更小，仅可用于基因表达差异的研究。该方法具有定量准、可重复性高、检测阈值宽、成本低等特点，能很好的替代以往的数字化表达谱分析。 技术路线
生物信息学分析 送样要求 样品要求 1. 所需Total RNA 的量均不少于 20μg/文库，Total RNA 可以保存在DEPC 处理过的水中、75%的乙醇、异丙醇中，具体以什么方式保存请注明。 2. 如提供实验材料为动物组织材料，样品质量需大于2g ； 3. 如提供实验材料为植物样品，样品质量需大于4g ； 4. 如提供实验材料为培养细胞，请提供1×107培养好的细胞； 5. 如提供实验材料为血液样品，请提供≥2ml 的样品。 我们强烈建议在送样的同时客户做好备份，以备后续实验之用。 样品纯度要求 1. OD 260/OD 280在1.8- 2.0之间，RNA 无降解、28S 和18S 核糖体RNA 条带非常亮且清晰（其
大小决定于用于抽提RNA的物种类型），28S的密度大约是18S的2倍；Agilent 2100检测仪分析RNA完整性数据RIN≥8。 2. 无蛋白质、基因组DNA污染，如有污染请去蛋白并进行DNase I处理。 请提供至少一种样品的凝胶电泳或者Agilent 2100检测仪检测图片，并注明其浓度、体积、OD260/OD280、溶剂名称、制备时间、物种来源以及特别备注。最终以我方定量、质检为准。 样品采集 为了保证提取RNA的完整性，确保后续实验的顺利进行，请务必确保样品的新鲜，对于如何确保样品的新鲜针对不同的样品获取材料的方法如下： 1. 动物组织：从活体上迅速的取下组织（切成黄豆粒大小的块状），每切成一个黄豆粒大小的块状立即放入液氮中，重复上述操作，直至足够提取总RNA的量；准备一个50ml的离心管，做相应的标记（样品名称、编号、客户姓名、时间），最好既在管盖上做好标记，也在管壁上做好相应的标记，先放入液氮中预冷2-3min，拿出离心管（离心管的下部分还是保持在液氮中），打开离心管的盖子，将液氮中黄豆粒大小的块状收集进离心管中。 2. 植物组织： （1）如所采集的是果实、麦穗等体积偏大的样品，收集样品请参照1.动物组织取样方法；（2）如采集的是叶片等体积偏小的样品，请尽量采集嫩叶、幼芽等，每采集一片叶片立即放入液氮中，直至足够提取总RNA的量，后续操作请参照动物组织的采集。 （3）如是植物的花，在采集花骨朵的时候请尽量不要采集到花萼、叶片等，每采集一个花骨朵请立即放入液氮中，直至足够提取总RNA的量；后续操作请参照动物组织的采集。3. 如提供实验材料为菌丝体，请取500μl的菌液于1.5ml离心管中，离心去上清，剩余菌丝体放入液氮或干冰中，请提供不少于5管的菌丝体。 样品运输 从液氮中取出准备好的样品，请立即放入干冰中，并用干冰掩埋好样品。请填写完整订单，放入自封袋中与样品一起邮寄。为防止RNA的降解，请确保干冰的量足够运送到目的地。我们强烈建议在寄送RNA样品时将RNA保存在75%的乙醇或异丙醇中。 如是特殊样品，关于送样量和保存问题请与我们联系沟通，以便双方共同协商解决。 提供结果 根据客户需求，提供不同深度的信息分析结果。
河南省省直职工基本医疗保险门诊重症慢性病鉴定标准 一、恶性肿瘤 标准： 1.经病理学诊断确诊； 2.根据病史、体征、结合X线摄片、B超、CT、MRI及AFP、PET等辅助检查明确诊断为恶性肿瘤的。 具备以上两条中的一条且目前必须放化疗者。 二、慢性肾功能不全 标准： 1、有明显慢性肾功能不全失代偿期或衰竭期的临床表现： （1）胃肠道表现； （2）血液系统表现； （3）心血管系统症状； （4）皮肤粘膜表现； （5）水、电解质、酸碱平衡紊乱； （6）肾脏形态学检查：肾体积缩小。 2、有肾功能异常：CCr<50ml/min,尿素氮、血肌酐值符合失代偿期诊断标准。 以上两条必备。 三、异体器官移植 标准： 肾脏、骨、骨髓、血管、心脏瓣膜异体移植术后需长期抗排异反应治疗者。心脏瓣膜、血管移植术后抗凝治疗不包括于内。 四、急性脑血管病后遗症 标准： 1.有急性脑血管病病史：脑血栓形成、脑栓塞、脑出血、蛛网膜下腔出血； 2.经CT、MRI等辅助检查证实； 3.三偏征：对侧偏瘫、偏身感觉障碍和同向性偏盲、或单瘫，或交叉性感觉运动障碍或四肢瘫，或共济失调、行走不稳。具备其中之一或多项者； 4.失语； 5.球麻痹（吞咽困难，构音障碍）； 6.智能障碍甚至意识障碍。 第1、2条为必备条件，3-6条至少具备其一项。 五、糖尿病
标准： 1.已确诊的糖尿病患者； 2.严重的糖尿病并发症： （1）心血管：符合门诊重症冠心病标准者，下肢动脉硬化、有供血障碍者； （2）脑血管：符合门诊重症急性脑血管病后遗症者； （3）肾病：有明显的蛋白尿； （4）眼：糖尿病视网膜病变（II级以上），白内障； （5）神经：严重的周围神经病变，经肌电图或诱发电位证实者； 3.实验室检查证实有症状，空腹血糖≥7.0mmol/L两次。 已确诊糖尿病病人合并有严重并发症中任何一项者，可鉴定为门诊慢性病。 六、肝硬化 标准：即为肝硬化失代偿期 1.肝功能损害征候群：肝病面容、黄疸、贫血、蜘蛛痣、肝掌及转氨酶增高、白球倒置。 2.门静脉高压症状： （1）肝肿大及脾亢； （2）侧枝循环的建立和开放； （3）腹水。 3.肝触诊：肝肿大，质地坚硬，边缘较薄，晚期可缩小。 4.B超检查：可显示肝大小，外形改变和脾肿大；门静脉高压症时可见门静脉、脾静脉直径增宽，有腹水时可发现液性暗区。 必需具备肝功能异常及B超提示或有腹水才能鉴定为门诊慢性病。 七、冠状动脉硬化性心脏病（非隐匿型者） 标准： 心绞痛型冠心病 1.有典型心绞痛的症状和体征； 2.心电图示：ST段在以R波为主的导联上压低≥0.3mV或伴或不伴T波平坦或倒置。变异性心绞痛可出现有关导联ST段抬高； 3.心电图负荷试验：心电图出现ST段水平或下斜型压低≥0.1mV持续0.08秒或运动诱发心绞痛； 4. 24小时动态心电图示：有与症状相关的缺血性心电图改变。 5.曾经冠状动脉造影证实一支以上狭窄在70%以上，或曾经行PTCA或CABG术者。 心肌梗塞型冠心病 1.有急性心肌梗塞的病史（附住院病历）； 2.遗留有心肌梗塞的心电图改变，或者放射性核素心肌灌注显象有陈旧性心梗的证据。 3.目前有心绞痛症状，或有心脏扩大、心功能不全、室壁瘤。 以上三条均需符合。 心衰和心率失常型冠心病 1.心脏增大：以左心室增大为主；
第19讲基因的表达 测控导航表 知识点题号 1.遗传信息的转录和翻译1,2,3,4,5,6,7,13,14 2.中心法则和基因对性状的控制8,9,10,11,12 3.综合考查15 一、选择题 1.(2018·福建福州期末)下列关于真核细胞中转录和翻译的叙述,错误的是( C ) A.tRNA、rRNA和mRNA都从DNA转录而来 B.同一个mRNA可相继与多个核糖体结合 C.起始密码位于基因的前端,启动转录过程 D.tRNA分子中部分区域碱基互补配对形成氢键 解析:tRNA、rRNA和mRNA都从DNA转录而来;同一个mRNA可相继与多个核糖体结合,同时进行多条肽链的合成;起始密码位于mRNA上,位于基因的前端启动转录过程的是启动子;tRNA分子中部分区域碱基互补配对形成氢键。 2.(2017·浙江卷)下列关于生物体内遗传信息的传递与表达的叙述,正确的是( C ) A.每种氨基酸至少有两个以上的遗传密码 B.遗传密码由DNA传递到RNA,再由RNA决定蛋白质
C.一个DNA分子通过转录可形成许多个不同的RNA分子 D.RNA聚合酶与DNA分子结合只能使一个基因的DNA片段的双螺旋解开 解析:有些氨基酸由一种遗传密码决定,如甲硫氨酸;遗传密码在mRNA 上,DNA中无遗传密码;一个DNA分子上有很多个基因,所以可通过转录形成许多个不同的RNA分子;RNA聚合酶与DNA分子结合可使一个或几个基因的DNA片段双螺旋解开。 3.(2018·山东、湖北联考)下图是起始甲硫氨酸和相邻氨基酸形成肽键的示意图,下列叙述正确的是( C ) A.图中只含有tRNA和mRNA B.甲硫氨酸处于图中a的位置 C.tRNA含有氢键 D.该过程需要RNA聚合酶 解析:图中含有rRNA、tRNA和mRNA三种;核糖体移动方向为从左向右,因此左侧的b为tRNA携带的甲硫氨酸;tRNA的局部也会碱基互补配对形成氢键;RNA聚合酶为催化转录的一种酶,该过程为翻译,不需要RNA 聚合酶。 4.(2018·福建龙岩期末)如图为某生物细胞内蛋白质合成示意图,下列有关的分析正确的是( A )
2018年义马市门诊重症慢性病申报鉴定通知 从2018年开始，义马市职工和城乡居民门诊重症慢性病每个季度申报鉴定一次，申报的时间是每季度第二个月的1日到15日，鉴定时间为每季度第三个月的3日到4日，鉴定结果公示开始时间是每季度第三个月的18日，公示7天，次月的1日开始享受待遇。本年度第一季度和第二季度一并组织鉴定。以后门诊重慢病申报鉴定步入常态化管理，不再另行通知。现将第一、二季度申报鉴定具体事宜公布如下： 一、本年度第一、二季度申报时间： 2018年3月20日-4月20日 二、申报材料： 1、近一年以内二级及以上公立医疗机构住院病历，包含入院首页、出院记录、入院记录、手术记录或特殊记录、长期医嘱、临时医嘱、辅助检查（检查、化验报告单）等。（复印件加盖医院病案专用章） 2、诊断证明（加盖诊断证明专用章） 3、1寸彩色照片1张
4、身份证或社保卡复印件一份 三、申报地点：义马市社会医疗保险中心（劳动大厦后院五楼） 四、具体流程： 1、医保中心对申报材料进行初步审核，符合要求的填写《三门峡市基本医疗保险门诊重症慢性病鉴定表》。 2、组织专家对申报人员进行现场鉴定，来时需携带身份证或社保卡原件。鉴定时间为5月3日-5月4日，鉴定地点为义煤集团总医院。参加鉴定人员按规定时间到达鉴定地点，不再另行通知。（80岁以上及重性精神疾病患者可以不到现场） 3、5月18日公示鉴定结果，公示期7天。 4、鉴定通过人员来医保中心领取门诊重慢病手册，自愿选择一家定点机构，6月1日开始享受待遇，来时请携带身份证及二张1寸彩色照片。（增加病种及到期复查鉴定的患者来时请携带门诊重慢病手册） 五、申报资料必须真实有效，如发现虚假信息，将按相关规定严肃处理。 六、门诊重慢病现场鉴定病种： 职工：重症糖尿病；急性脑血管病后遗症；阻塞性肺气肿；肺结核（非耐多药）；II度以上心衰；II期以上高血压；重性精神病；胶原类
第24章 基因表达谱分析的生物信息学方法 思考与练习参考答案 1．据教材表24–3提供的数据信息可以构建一棵决策树，请利用最大信息增益方法写出如何选出根结点中用于分割的特征。 教材表24-3 天气情况与是否去打球的关系数据集 注：该信息表示根据天气情况决定是否出去打球，数据集共包含14个样本，两个类别信息（Yes 、No ），每个样本包含3 个特征信息（Outlook 、Temp 、Windy ）。 解：计算用每一个特征进行分割时所获取的信息增益，取信息增益最大的那个特征作为分割特征，以Outlook 特征为例计算（参照练习图24-1） 练习图24-1 同Outlook 特征进行分割所获得的信息增益 )14 9 log 149145 log 145()(220+-=S H
)5 2 log 5253 log 53()(2211+-=S H 0)4 4 log 44()(212=-=S H )52 log 5253 log 53()(2213+-=S H )(14 5 )(144)(145)(1312111S H S H S H S H ++= infor-gain （Outlook ）=)()(10S H S H - 同理，计算其他两个特征的信息增益，最后从三个值中选取最大的一个对应的特征作为根结点的分割特征。 2．请从https://www.doczj.com/doc/6b8229377.html,/上下载一原始未经标准化的表达谱数据，并对该数据进行如下分析： （1）对数据进行标准化处理。 （2）对数据进行分类分析。 （3）分别对基因和样本进行聚类分析。 （4）选择特征基因。 （答案略）
基因表达谱芯片的数据分析(2012-03-13 15:25:58)转载▼ 标签：杂谈分类：生物信息 摘要 基因芯片数据分析的目的就是从看似杂乱无序的数据中找出它固有的规律, 本文根据数据分析的目的, 从差异基因表达分析、聚类分析、判别分析以及其它分析等角度对芯片数据分析进行综述, 并对每一种方法的优缺点进行评述, 为正确选用基因芯片数据分析方法提供参考. 关键词: 基因芯片; 数据分析; 差异基因表达; 聚类分析; 判别分析 吴斌, 沈自尹. 基因表达谱芯片的数据分析. 世界华人消化杂志2006;14(1):68-74 https://www.doczj.com/doc/6b8229377.html,/1009-3079/14/68.asp 0 引言 基因芯片数据分析就是对从基因芯片高密度杂交点阵图中提取的杂交点荧光强度信号进行的定量分析, 通过有效数据的筛选和相关基因表达谱的聚类, 最终整合杂交点的生物学信息, 发现基因的表达谱与功能可能存在的联系. 然而每次实验都产生海量数据, 如何解读芯片上成千上万个基因点的杂交信息, 将无机的信息数据与有机的生命活动联系起来, 阐释生命特征和规律以及基因的功能, 是生物信息学研究的重要课题[1]. 基因芯片的数据分析方法从机器学习的角度可分为监督分析和非监督分析, 假如分类还没有形成, 非监督分析和聚类方法是恰当的分析方法; 假如分类已经存在, 则监督分析和判别方法就比非监督分析和聚类方法更有效率。根据研究目的的不同[2,3], 我们对基因芯片数据分析方法分类如下: (1)差异基因表达分析: 基因芯片可用于监测基因在不同组织样品中的表达差异, 例如在正常细胞和肿瘤细胞中; (2)聚类分析: 分析基因或样本之间的相互关系, 使用的统计方法主要是聚类分析; (3)判别分析: 以某些在不同样品中表达差异显著的基因作为模版, 通过判别分析就可建立有效的疾病诊断方法. 1 差异基因表达分析(difference expression, DE) 对于使用参照实验设计进行的重复实验, 可以对2样本的基因表达数据进行差异基因表达分
西安市城镇职工基本医疗保险门诊慢性病补助认定及申领须知一、初次认定的申报 （一）申报时间：每年12月份（25日之前）接收申报资料。 （二）申报方式：参保单位医保经办人将收集的资料按上述时间报送至经开区政务大厅27号窗口； （三）申报资料的内容： 1、《西安市城镇职工慢性病初审汇总明细表》（一式两联，单位填写），包括纸质和电子版。 2、西安市城镇职工基本医疗保险门诊慢性病申请鉴定表（一式两联，个人填写），贴本人近期两张一寸免冠照片。 3、个人申报病历资料包括：（1）身份证复印件；（2）所申报病种住院病历复印件（近3年二级以上医院2次以上住院资料）；（3）门诊病历或抢救病历复印件；（4）医院诊断证明书复印件；（5）相关检查报告单、化验单的复印件。（申报资料要求齐全，否则不予接收） 3、注意事项：（1）申报资料报送复印件，所有资料都不予退还；（2）认定病种以申报的第一病种为准；（3）慢性病补助有效期两年，到期后请及时复审。 二复审认定的申报 （一）申报时间：每年12月份（25日前） （二）申报方式：参保单位医保经办人将收集的资料按上述时间报送至经开区政务大厅27号窗口； （三）申报资料的内容： 1、《西安市城镇职工门诊慢性病复审明细表》（一式两联，单位填写），包括纸质和电子版。 2、认定当年的人员名单复印件一份。 3、耐药性肺结核和慢性活动性肝炎复审时除上述资料还需提供近两年相关检查化验单及门诊或住院病历。 4、注意事项：除耐药性肺结核和慢性活动性肝炎外，其他慢性病种不需要再报送病历资料。 三、申领医疗费用补助的流程
(一) 补助标准 1、补助计算公式：门诊慢性病补助金额=（当年门诊有效发票总额－700元起付线）×70 %； 2、补助限额：一年内门诊慢性病补助金额不得超过本人被审批病种的最高限额。（限额以当年文件公布标准为准） （二）补助流程 单位医保经办人于次年元月根据年底慢性病认定人员名单，收集个人当年门诊费用票据和处方——→统一填写《西安市城镇职工基本医疗保险门诊慢性病补助费用个人结算表》和《西安市城镇职工基本医疗保险门诊慢性病补助费用汇总表》——→于次年1-2月将票据、处方和相应表格报送至经开区政务大厅27号窗口。 （三）注意事项： 1、单位医保经办人收集发票时注意：（1）医院发票需对应处方，药店发票写清楚药名和单价需附费用明细小票（2）检查化验费需附检查化验报告单和发票；（3）必须是当年发生的检查治疗发票。（4）个人账户刷卡发票不再报销；（5）医保报销范围外的费用票据（如挂号费，担架费等）不予报销。 2、单位医保经办人应认真填写补助费用个人结算表及补助费用汇总表，对填表错误的，将退回重新填写上报。 附： 2014年度门诊治疗慢性病补助最高限额标准
基因表达谱芯片数据分析及其Bioconductor实现 1.表达谱芯片及其应用 表达谱DNA芯片（DNA microarrays for gene expression profiles）是指将大量DNA片段或寡核昔酸固定在玻璃、硅、塑料等硬质载体上制备成基因芯片，待测样品中的mRNA被提取后，通过逆转录获得cDNA,并在此过程中标记荧光，然后与包含上千个基因的DNA芯片进行杂交反应30min~20h后，将芯片上未发生结合反应的片段洗去，再对玻片进行激光共聚焦扫描，测定芯片上个点的荧光强度，从而推算出待测样品中各种基因的表达水平。用于硏究基因表达的芯片可以有两种：①cDNA芯片；② 寡核昔酸芯片。 cDNA芯片技术及载有较长片段的寡核昔酸芯片采用双色荧光系统：U前常用Cy3—dUTP （绿色）标记对照组mRNA, Cy5—dUTP （红色）标记样品组mRNAUl。用不同波长的荧光扫描芯片，将扫描所得每一点荧光信号值自动输入计?算机并进行信息处理，给出每个点在不同波长下的荧光强度值及其比值（ratio值），同时计算机还给出直观的显色图。在样品中呈高表达的基因其杂交点呈红色，相反，在对照组中高表达的基因其杂交点呈绿色，在两组中表达水平相当的显黄色，这些信号就代表了样品中基因的转录表达情况⑵。 基因芯片因具有高效率，高通量、高精度以及能平行对照研究等特点，被迅速应用于动、植物和人类基因的研究领域，如病原微生物毒力相关基因的。基因表达谱可直接检测mRNA的种类及丰度，可以同时分析上万个基因的表达变化，来揭示基因之间表达变化的相互关系。表达谱芯片可用于研究：①同一个体在同一时间里，不同基因的表达差异。芯片上固定的已知序列的cDNA或寡聚核昔酸最多可以达到30 000多个序列，与人类全基因组基因数相当，所以基因芯片一次反应儿乎就能够分析整个人的基因⑶。②同一个体在不同时间里，相同基因的表达差异。 ③不同个体的相同基因表达上的差异。利用基因芯片可以分析多个样本，同时筛选不同样本（如肿瘤组织、癌前病变和正常组织）之间差异表达的基因，这样可以避免了芯片间的变异造成的误差⑷。张辛燕⑸ 等将512个人癌基因和抑癌基因的cDNA用点样仪点在特制玻片上制成表达谱芯片，对正常人卵巢组织及卵巢癌组织基因表达的差异性进行比较研究，结果发现在卵巢癌组织中下调的基因有23个，上调的基因有15个，初步筛选出了卵巢癌相关基因。Lowe⑹等利用胰腺癌、问充质细胞癌等组织的cDNA制备基因芯片，筛选到胰腺癌细胞中高表达的基因，为医疗诊断、病理研究及新药设计 奠定基础。 2.表达谱芯片的数据处理技术
基因表达谱聚类分析 [ 文章来源：| 文章作者：| 发布时间：2006-12-21| 字体：[大中小] 学习过程可以采用从全局到局部的策略。采取这种策略时，学习初期可设定较大的交互作用半径R ，随着学习过程的不断推进，逐步减小R ，直至不考虑对邻近单元的影响。邻域的形状可以是正方形或者圆形。 KFM 的聚类结果与K 均值相似，它的优点是自动提取样本数据中的信息，同时也是一种全局的决策方法，能避免陷入局部最小，缺点在于必须实现人为设定类的数目与学习参数，而且学习时间较长。KFM 方法克服了K- 均值聚类的一些缺点：它应用类间的全局关系，能提供大数据集内相似性关系的综合看法，便于研究数据变量值的分布及发现类结构。而且，它具有更稳健更准确的特点，对噪声稳定，一般不依赖于数据分布的形状。 8.4.2.5 其它聚类方法 聚类方法是数据挖掘中的基本方法，数据挖掘的方法很多，在基因表达谱的分析中，除了以上常用方法外，还有一些其它的方法。由于对聚类结果尚没有一种有效的方法进行评价，尤其是对聚类结果的进一步生物学知识发现尚没有新的分析思路和成功应用，因此，科学家们在不断地研究一些新方法。这些方法有不同的原理，能够提取不同数据特征，有可能对具体的数据得到更有意义的结果，发现更多的生物学知识。这里，简单介绍这些方法的原理，更详细的介绍请参看相关文献。 (1)模糊聚类分析方法:这是一种模拟人类的思维方法，通过隶属度函数来反映某一对象属于某一类的程度。基本思路是计算两两基因表达谱之间的相似性程度，构建模糊相似矩阵，利用模糊数学中的传递闭包计算方法得到模糊等价矩阵，选择不同的置信水平从模糊等价矩阵中构建动态聚类图。对于特定的置信水平，可以实现对基因表达谱的分类。该方法的优点是利用了模糊数学中的隶属度概念，能够更好的反映基因表达谱之间的相互关系，而且它是一种全局的优化方法，与向量的顺序无关。 (2)模糊C均值算法:该方法同样将模糊数学中的隶属度概念引入到常用的K 均值聚类方法中。对于K 均值算法，一个基因表达谱所属的类只有一个，因此，它与各类别的关系要么是 1 ，要么是0 ，即属于或不属于某一类。而对于模糊 C 均值法，一个基因表达谱是否属于某一类，是以隶属度来确定第i 个样本属于第j 类的可能性。最终的聚类结果取决于分析的目的，可以根据最大隶属度来确定基因表达谱的分类，即一个基因表达谱只属于一类；但往往是确定隶属度的阈值，只要大于该阈值，就可以将基因表达谱划分为该类，这样的划分结果是一个基因表达谱可以属于多个类，这也是可以被生物学家接受的。模糊 C 均值法与K 均值法的实现过程基本相同，所不同的是对于
慢性病鉴定准则 集团公司文件内部编码：（TTT-UUTT-MMYB-URTTY-ITTLTY-
慢性病各病种鉴定标准 一、器官移植术后抗排异反应 肾脏、骨、骨髓、血管、心脏瓣膜异体移植术后需长期抗排异反应治疗者。心脏瓣膜、血管移植术后抗凝治疗不包括于内。 二、糖尿病（中度以上）伴并发症 1、有糖尿病典型症状，任何时候静脉血浆葡萄糖≥200mg/dl(11.1mmol/L)或空腹静脉血浆葡萄糖≥140mg/dl(7.8mmol/L)可确诊为糖尿病。 2、OGTT试验（口服葡萄糖75g），2小时血糖≥200mg/dl(11.1mmol/L)。 3、心脏并发症：经心电图或X片或超声心电图检查异常，并达到心功能不全，心功能达到三级者。 4、肾脏并发症：（1）微量白蛋白尿；（2）血清肌肝＞177ummol/L。 5、眼底并发症：（1）视网膜病变；（2）白内障、青光眼等。 6、神经并发症：（1）有周围神经病变表现的病历证明；（2）经临床及肌电图检查证明肌张力减低或神经传导障碍者。 确认糖尿病须有两项，第1项为必备条件，2－6项至少具备1项。 三、高血压病（Ⅱ级以上）伴并发症 有三年以上高血压病史，收缩压在21.3kpa(160mmHg)以上和舒张压在 13.5kpa(100mmHg)以上，并有下列其中一项者： 1、合并心脏功能损害：X线、心电图或超声波检查有左心室肥大； 2、合并脑并发症：有脑血管意外等住院病史资料，近一年内有CT片及报告单证实脑血管意外，或者有偏瘫的体症以及意识障碍的表现； 3、合并肾功能损害：有肾功能不全病史资料，蛋白尿和血浆肌酐浓度轻度升高，近三月内有血清肌酐＞177umol/L，尿素氮＞143mmol/L的检验单。 四、冠心病
第六单元第19讲基因的表达 1．下列关于DNA和RNA特点的比较，正确的是( ) A．在细胞内存在的主要部位相同 B．构成的五碳糖不同 C．核苷酸之间的连接方式不同 D．构成的碱基相同 解析：B [DNA主要存在于细胞核中，RNA主要存在于细胞质中；二者的核苷酸的连接方式相同，都是靠磷酸二酯键连接；构成DNA和RNA的碱基不完全相同。] 2．下图表示某生物细胞内发生的一系列生理变化，X表示某种酶，请据图分析，下面有关叙述不正确的是( ) A．X为RNA聚合酶 B．该图中最多含5种碱基、8种核苷酸 C．过程Ⅰ在细胞核内进行，过程Ⅱ在细胞质内进行 D．b部位发生的碱基配对方式可有T－A、A－U、C－G、G－C 解析：C [由图可知，过程Ⅰ表示转录，X表示RNA聚合酶；该图中最多含A、T、C、G、U 5种碱基，DNA和RNA共含8种核苷酸；过程Ⅰ表示转录，过程Ⅱ表示翻译，过程Ⅰ和Ⅱ能同时进行，说明是在原核细胞中进行的；b部位发生的碱基配对方式可有T－A、A－U、C－G、G－C。] 3．下面的概念图表示了基因表达过程中相关物质间的关系。则下列有关说法不正确的是( )
A．①、④分别表示基因、tRNA B．②过程中的碱基配对方式有A—U、T—A、G—C、C—G C．③过程需要tRNA将氨基酸运输到核糖体 D．可以根据蛋白质中氨基酸的排列顺序唯一确定基因中碱基的排列顺序 解析：D [由于密码子具“简并性”即一个氨基酸可能对应多种密码子，故根据蛋白质中氨基酸序列所推测出的基因中脱氧核苷酸序列并不是“唯一”的。] 4．(2018·山东临沂期中检测)下列不能提高翻译效率的是( ) A．多个核糖体参与一条多肽链的合成 B．一条mRNA上结合多个核糖体 C．一种氨基酸可能对应多种密码子 D．一个细胞中有多条相同的mRNA 解析：A [翻译过程中一般不会出现多个核糖体参与一条肽链的合成状况，倘若存在该状况，只会降低翻译效率。] 5．甲图表示的是遗传信息的模拟实验(X为模板)，乙图表示的是基因表达的某一过程。下列相关叙述中。正确的是( )
对于基因表达谱数据的分析是生物信息学的研究热点和难点。转化为数学问题，分析任务是从数据矩阵 M 中找出显著性结构，结构类型包括全局模型 (model) 和局部模式 (pattern) 。对基因表达谱数据的分析是数据挖掘问题，所采用的方法包括通过可视化进行探索性数据分析（ Exploratory Data Analysis ）、描述建模 (descriptive modeling) 、分类、聚类、回归和机器学习等。 基因表达谱分析所采用的常用方法是聚类，其目的就是将基因分组。从数学的角度，聚类得到的基因分组，一般是组内各成员在数学特征上彼此相似，但与其它组中的成员不同。从生物学的角度，聚类分析方法所隐含的生物学意义或基本假设是，组内基因的表达谱相似，它们可能有相似的功能。然而，产物有相同功能的编码基因（例如对其它蛋白质有磷酸化作用），不一定共享相似的转录模式。相反，有不同功能的基因可能因为巧合或随机扰动而有相似的表达谱。尽管有许多意外的情况存在，大量功能相关的基因的确在相关的一组条件下有非常相似的表达谱，特别是被共同的转录因子共调控的基因，或者产物构成同一个蛋白复合体，或者参与相同的调控路径。因此，在具体的应用中，可以根据对相似表达谱的基因进行聚类，从而指派未知基因的功能。 聚类分析是模式识别和数据挖掘中普遍使用的一种方法，是基于数据的知识发现的有效方法，特别适用于模式分类数不知道的情况。聚类分析是一种无监督学习方法，不需要任何先验领域知识，它根据数学特征提取分类标准，对数据进行分类，这种数学特征的例子有统计平均值、相关系数、协方差矩阵的本征值及本征向量等。聚类分析在基因表达数据分析中应用得很多，主要有层次聚类、 K 均值、自组织特征映射网络等。本节将介绍基因表达数据分析中常用的聚类方法及与此相关的内容。 8.4.1 相似性度量函数 对基因表达谱进行聚类分析之前，必须首先确定反映不同基因表达谱相似程度的度量函数，根据该函数可以将相似程度高的基因分为一类。在实际计算中，还可以用距离代替相似的概念，相似性度量被转化为两个基因表达谱之间的距离。距离越小，表达模式越相近；反之，则表达模式差异大。 常见的相似性度量有距离、点积、相关系数（ correlation coefficient ）、互信息（ mutual information ）等。假设两个基因表达谱分别为X = （x 1 ,x 2 ,…,x m ）和Y = （y 1 ,y 2 ,…, y m ） , 距离函数 d( X ，Y ) 必须满足如下条件： d( X ，Y ) ≧ 0 d( X ，Y ) = d( Y ，X ) d( X ，Y ) = 0 if X = Y
【附件6】 省级事业单位职工基本医疗保险门诊特殊慢性病鉴定标准 一、原发性高血压病 1．原发性高血压病A：血压达到确诊水平，并有下列病症之一者；（1）心电图示左室高电压，或X线、超声心动图检查证实左心室肥厚；（2）眼底检查有眼底动脉普遍或局部变窄和动静脉压迹。 2．原发性高血压B：血压达到确诊水平，提供住院病历，并有下列病症之一者： （1）近期半年内有心衰并心功能为三级； （2）近期有眼底出血或渗血，视乳头水肿； （3）有脑中风并发症； （4）有肾功能不全并发症。 二、冠状动脉硬化性心脏病 1．有典型的突发性胸骨后疼痛的心绞痛临床表现； 2．经过临床心电图、心电图负荷试验、超声心动图、动态心电图、放射性核素检查、冠状动脉造影检查，符合冠心病诊断者。 三、动脉硬化性脑梗塞后遗症：提供住院病历，并符合下列条件者： 1．动脉硬化性脑梗塞后遗症A： （1）起病缓慢，数小时或1-2天后出现半身瘫痪及意识障碍； （2）颅脑CT、MRI等检查确定诊断； （3）经过门诊、住院治疗后仍存在肢体功能障碍者。 2．动脉硬化性脑梗塞后遗症B：符合A类条件，并有一定程序的意识障碍，语言障碍等神经症状者。 四、脑栓塞后遗症：提供住院病历，并符合下列条件者： 1．脑栓塞后遗症A （1）起病突然，常出现偏瘫，肢体感觉障碍，偏盲，失语等典 型的临床表现及体征，有不同程序的意识障碍； （2）颅脑CT、MRI检查可显示异常与临床体征相符合； （3）临床辅助检查发现原发病变； （4）经过门诊、住院治疗后仍遗留肢体功能障碍者。 2．脑栓塞后遗症B：符合A类条件，并有一定程序的意识障碍、语言障碍等神经症状者可以确定。 五、脑出血后遗症：提供住院病历，并符合下列条件者：
基因表达谱分析技术 1微阵列技术（microarray） 这是近年来发展起来的可用于大规模快速检测基因差别表达、基因组表达谱、DNA序列多态性、致病基因或疾病相关基因的一项新的基因功能研究技术。其原理基本是利用光导化学合成、照相平板印刷以及固相表面化学合成等技术,在固相表面合成成千上万个寡核苷酸“探针”（cDNA、ESTs或基因特异的寡核苷酸），并与放射性同位素或荧光物标记的来自不同细胞、组织或整个器官的DNA或mRNA反转录生成的第一链cDNA进行杂交，然后用特殊的检测系统对每个杂交点进行定量分析。其优点是可以同时对大量基因，甚至整个基因组的基因表达进行对比分析。包括cDNA芯片（cDNA microarray）和DNA芯片（DNA chips）。 cDNA芯片使用的载体可以是尼龙膜，也可以是玻片。当使用尼龙膜时，目前的技术水平可以将20000份材料点在一张12cm×18cm的膜上。尼龙膜上所点的一般是编好顺序的变性了的双链cDNA片段。要得到基因表达情况的数据，只需要将未知的样品与其杂交即可。杂交的结果表示这一样品中基因的表达模式，而比较两份不同样品的杂交结果就可以得到在不同样品中表达模式存在差异的基因。杂交使用的探针一般为mRNA的反转录产物，标记探针使用32PdATP。如果使用玻片为载体，点阵的密度要高于尼龙膜。杂交时使用两种不同颜色的荧光标记不同的两份样品，然后将两份样品混合起来与一张芯片杂交。洗去未杂交的探针以后，能够结合标记cDNA的点受到激发后会发出荧光。通过扫描装置可以检测各个点发出荧光的强度。对每一个点而言，所发出的两种不同荧光的强度的比值，就代表它在不同样品中的丰度。一般来讲，显示出来的图像中，黄色的点表示在不同的样品中丰度的差异不大，红色和绿色的点代表在不同样品中其丰度各不相同。使用尼龙膜为载体制作cDNA芯片进行研究的费用要比玻片低，因为尼龙膜可以重复杂交。检测两种不同的组织或相同组织在不同条件下基因表达的差异，只需要使用少量的尼龙膜。但是利用玻片制作的cDNA芯片灵敏度更高，而且可以使用2种探针同时与芯片杂交，从而降低了因为杂交操作带来的差异；缺点是无法重复使用还必须使用更为复杂的仪器。 Guo等（2004）将包含104个重组子的cDNA文库点在芯片上，用于检测拟南芥叶片衰老时的基因表达模式，得到大约6200差异表达的ESTs，对应2491个非重复基因。其中有134个基因编码转录因子，182个基因预测参与信号传导，如MAPK级联传导路径。Li等（2006）设计高密度的寡核苷酸tiling microarray方法，检测籼稻全基因组转录表达情况。芯片上包含13,078,888个36-mer寡核苷酸探针，基于籼稻全基因组shot-gun测序的序列合成，大约81.9%（35,970）的基因发生转录事件。Hu等（2006）用含有60,000寡核苷酸探针（代表水稻全部预测表达基因）的芯片检测抗旱转基因植株（过量表达SNAC1水稻）中基因的表达情况，揭示大量的逆境相关基因都是上升表达的。 2基因表达系列分析（Serial analysis of gene expression,SAGE） 基因表达系列分析（SAGE）是一种转录物水平上研究细胞或组织基因表达模式的快速、有效的技术，也是一种高通量的功能基因组研究方法，它可以同时将不同基因的表达情况进行量化研究（Velculescu et al.,1995）。SAGE的基本原理是：每一条mRNA序列都可以用它包含的9bp的小片段（TAG）代替，因此考查这些TAGs出现的频率就能知道每一种mRNA 的丰度。首先利用生物素标记的oligo（dT）引物将mRNA反转录成双链cDNA，然后利用NlaIII 酶切双链cDNA。NlaIII酶的识别位点只有4bp，因此cDNA都被切成几十bp的小片段。带有生物素标记的小片段cDNA被分离出来，平均分成2份。这2份cDNA分别跟2个接头连接，2个接头中均有一个FokI酶切位点。FokI是一种II S型核酸内切酶，其识别位点不对称，切割位点位于识别位点下游9bp且不依赖于特异的DNA序列。FokI酶切分成2份的cDNA之
第19讲基因的表达 预习案 『预习目标』 1．熟练掌握转录和翻译的过程，弄清与DNA复制之间的关系 2．理解中心法则及其发展，弄清基因、蛋白质与性状的关系 『基础知识回顾』 一、RNA的化学组成及分类 1．RNA的基本组成单位： 2．RNA的结构：一般是链，而且比DNA ，因此能够通过，从细胞核转移到细胞质中。 [思考]RNA通过核孔由细胞核进入细胞质，穿过层磷脂分子层 3.RNA的分布：主要分布在中，可以用进行染色观察。 4.RNA的种类： （1）mRNA→将遗传信息从传递到细胞质中 （2）tRNA→ ，识别密码子 （3）rRNA→ 的组成成分 二、遗传信息的转录 1.转录的概念：在中，以为模板合成mRNA的过程 2.转录的过程： （1）解旋：DNA双链解开，DNA双链的碱基得以暴露。 （2）配对：细胞中游离的与DNA链上的碱基互补时，两者以结合。（3）连接：在作用下，游离的核糖核苷酸连接到正在合成的mRNA上。（4）脱离：合成的从DNA链上释放，DNA 恢复。 [思考]
①转录的时间是细胞分裂的期，个体发育的整个过程，场所是。 ②转录所需要的条件、、、。 ③转录的特点是，转录完成后DNA恢复为双链结构。 ④转录成的mRNA碱基序列与作为模板的DNA单链的碱基序列有哪些异同？ 三、遗传信息的翻译 1．翻译的概念：游离在中的各种氨基酸，以为模板合成具有 一定顺序的蛋白质的过程。 2．密码子： （1）位置：在上 （2）实质：决定一个氨基酸的三个相邻。 （3）种类：种，其中终止密码子个，起始密码子个，能决定氨基酸的是 。 3.tRNA （1）种类：种 （2）结构：三叶草形，一端是携带的部位，另一端有3个碱基可以与mRNA上的密码子，叫。 （3）tRNA与氨基酸的关系：一个tRNA一次只能转运个氨基酸，一种tRNA只能识别并转运种氨基酸，一种氨基酸可以由种tRNA来转运。 [思考] tRNA是否只有三个碱基？RNA是否没有氢键？ 4.过程 （1）mRNA进入细胞质与结合。 （2）携带氨基酸的tRNA与mRNA的碱基，将氨基酸置于特定位置。（3）2个氨基酸脱水缩合形成（写出结构简式），连接成肽链。（4）沿着mRNA移动，读取下一个密码子，直至读取到合成终止。（5）肽链合成后，从核糖体上脱离，经过一系列“加工”，盘曲折叠成具有特定空间结构和功能的。 [思考]