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De novo next-generation sequencing, assembling and annotation of Arachis hypogaea L. Spanish

De novo next-generation sequencing, assembling and annotation of Arachis hypogaea L. Spanish
De novo next-generation sequencing, assembling and annotation of Arachis hypogaea L. Spanish

ORIGINAL PAPER

De novo next-generation sequencing,assembling and annotation of Arachis hypogaea L.Spanish botanical type whole plant transcriptome

Ning Wu ?Kanyand Matand ?Huijuan Wu ?Baoming Li ?Yue Li ?Xiaoli Zhang ?Zheng He ?Jialin Qian ?Xu Liu ?Stephan Conley ?Marshall Bailey ?George Acquaah

Received:8August 2012/Accepted:9January 2013/Published online:22January 2013óSpringer-Verlag Berlin Heidelberg 2013

Abstract Peanut is a major agronomic crop within the legume family and an important source of plant oil,pro-teins,vitamins,and minerals for human consumption,as well as animal feed,bioenergy,and health products.Peanut genomic research effort lags that of other legumes of economic importance,mainly due to the shortage of essential genomic infrastructure,tools,resources,and the complexity of the peanut genome.This is a pioneering study that explored the peanut Spanish Group whole plant transcriptome and culminated in developing unigenes database.The study applied modern technologies,such as,normalization and next-generation sequencing.It overall sequenced 8,308,655,800nucleotides and generated 26,048unigenes amongst which 12,302were annotated and 8,817were characterized.The remainder,13,746(52.77%)unigenes,had unknown functions.These results will be applied as the reference transcriptome sequences for expanded transcriptome sequencing of the remaining three peanut botanical types (Valencia,Runner,and Virginia),which is currently in progress,RNA-seq,exome identi?-cation,and genomic markers development.It will also

provide important tools and resources for other legumes and plant species genomic research.

Introduction

Peanut is an important crop member of the legume family and a major source of plant oil,proteins,essential vitamins and minerals that can be used for human consumption,animal feed,bioenergy,and health products (Higgs 2002;Li et al.2010,2011).Besides its economic importance,peanut is a notorious food source of allergens that can cause human lethal allergic reactions to hypersensitive people (Cianferoni and Muraro 2012).

Generally,cultivated peanut is categorized into four botanical types,referred to as,Spanish,Valencia,Virginia,and Southeast Runner that represent related genetic vari-abilities (Krapovickas and Gregory 1994).However,genetic variations amongst cultivated peanut groups are reportedly very limited (He and Prakash 2001;Burow et al.2001),which has signi?cantly exacerbated the slow pace of developing the physical map and global genomic resources in cultivated peanut (Moretzsohn et al.2009).Considering that there are overtly major morphological differences amongst cultivated peanut groups,high quality of total transcriptome sequencing with related intra and intergroup characterizations could lead toward enriching related genetic differences to currently available genomic resour-ces and information.Thus,high-quality global sequencing and characterization of the whole plant transcriptome of individual cultivated group and gene pro?ling,as currently pursued at Langston University,are strongly encouraged in peanut;and this study is the ?rst major step into globally quantifying genetic variations amongst those botanical groups.Further,it is critical to signi?cantly develop

Communicated by H.T.Nguyen.

N.Wu (&)áK.Matand (&)áS.Conley áM.Bailey áG.Acquaah

Center for Biotechnology Research and Education,Langston University,Langston,OK 73050,USA e-mail:nwu@https://www.doczj.com/doc/3912989781.html, K.Matand

e-mail:kmatand@https://www.doczj.com/doc/3912989781.html,

H.Wu áB.Li áY.Li áX.Zhang áZ.He áJ.Qian áX.Liu Beijing Center for Physical and Chemical Analysis,100089Beijing,China

Theor Appl Genet (2013)126:1145–1149DOI 10.1007/s00122-013-2042-8

speci?c genomic resources and information in peanut to fully understand its uniqueness that cannot be explained by merely using model crops’genomic resources.

While signi?cantly intensive genomic research has been conducted and considerable progress achieved in model legumes such as soybean(Wilson and Grant2010;Severin et al.2010;Woody et al.2011)and medicago(Cannon et al.2005;Bell et al.2001),relatively limited progress has been achieved in peanut(Zhang et al.2012),considering that milestone genomic resources,such as,physical gen-ome map and whole genome characterization and func-tional analysis studies have not been systemically developed in cultivated peanut.In addition to advanced technological de?ciencies,intrinsic genetic factors such as little genetic variations amongst cultivated groups,differ-ential genomic make-up of the cultivated allotetraploid species,and large genome size similar to humans justify the slow pace for developing robust-global peanut genomic resources.The National Center for Biotechnology Infor-mation(NCBI)Expressed Sequence Tag(EST)database search results of July6,2012showed that only246,733 general records of peanut ESTs,comparing to,1,529,920 and10,442,386similar records for soybean and human, respectively,were available.Besides the smaller number, publicly available peanut ESTs are signi?cantly disparate that their global impact in deciphering a signi?cant portion of genome’s genetic information of cultivated peanut is very limited.This is underpinned by the fact that most,if not all,cultivated peanut ESTs are generated based upon individually narrow genetic research frameworks,which are generally built around individual organ,such as seed (Zhang et al.2012;Bi et al.2010),or individual agronomic trait,such as,biotic or abiotic af?ictions(Feng et al.2012), trait-based molecular markers(Feng et al.2012),and oil content(Zhang et al.2012),etc.Thus,there is no sys-tematic and comprehensive analysis of peanut gene expression pro?le for different cultivated peanut botanical groups.EST sequencing can provide a robust sequence resource that can be exploited for gene discovery,genome annotation,and comparative genomic studies(Adams et al. 1991).As an alternative and supplement to the whole genome sequencing,continuous development of strategic peanut ESTs remains a current priority in peanut genomic research.

This investigation reports,for the?rst time,the whole plant’s globally expressed genomic information,which is not trait-based,in cultivated peanut botanical groups,in general,and Spanish group,in particular.It probed for all active genes in young and mature whole peanut plants,and has resulted in developing the?rst most comprehensive unigene database that represents the whole Spanish peanut plant’s genetic content.Materials and methods

Plant material preparation and sampling

Seeds of the peanut Spanish group variety,Spanco,used in this study were supplied by the Agricultural Experimental Station of the Oklahoma State University(Stillwater, Oklahoma).Because of the lack of synchronized plant organ formation and to ensure that most organ genes are broadly represented,organ tissues were collected twice at ten-day-old and at plant maturation.At ten-day-old,only leaf,stem,and root tissues were collected;whereas at the maturation stage all organs were represented,including, leaf,stem,root,?ower,peg,and pod(variable growth stages ranging from early formation to seed-?lled stage) (Boote1982).Tissues from the two sample sets were used to cover all the genes expressed during plant growth and development.

Peanut plant total RNAs isolation and mRNAs

puri?cation

Total RNA of individual peanut organ was isolated, respectively,using QIAGEN Total RNA Isolation Kit (QIAGEN,Valencia,CA)according to the manufacturer’s instruction.All total RNAs were pooled together for mRNA puri?cation.The latter was puri?ed with QIAGEN Oligotex beads(QIAGEN,Valencia,CA)also following the manufacturer’s manual.

Normalized cDNA library construction

The normalization process was carried out on mRNA level. Brie?y,?rst strand cDNA was synthesized by using SuperScriptòIII First-Strand Synthesis SuperMix(Life Technologies,Carlsbad,CA)in situ on QIAGEN’s dT-Oligotex beads.After block extra dT in the beads with oligo-dA,mRNAs were hybridized with?rst strand cDNA on the dT-Oligotex beads according to the re-association kinetics-based approach(Bonaldo et al.1996).Normalized mRNAs were,?rst,separated from beads by centrifugation followed by ethanol precipitation,then,characterized by RT-PCR with primers of Actin depolymerizing factor-like cDNA,prior to library construction.Then,normalized cDNA library was constructed by applying SuperScriptòPlasmid System(Life Technologies,Carlsbad,CA)and Oligo-dT-Not I primer following the manufacturer’s instruction.Further,synthesized cDNAs were cloned into pCMV Sport vector and transformed into DH10B electro-competent cells.Platting assay and colony PCR were performed for normalized cDNA library quality control purpose.

De novo next-generation DNA sequencing

Normalized peanut whole plant cDNA library was PCR-ampli?ed with PrimeSTAR GXL DNA Polymerase (Takara Bio Inc.,Shiga,Japan)and T7and SP6standard primers in50l l reaction volume at95°C for2min30s; 35cycles at94°C for15s,55°C for15s,and72°C for 2min30s;and then72°C for10min.Double strand cDNAs were then puri?ed with the QIAquick PCR Puri-?cation Kit(QIAGEN,Valencia,CA)followed by frag-mentation with the Biorupter UCD-300sonication device (Diagenode,Lie`ge,Belgium).Sequencing library was prepared from sheared cDNAs with the average size of 150bp by applying the NEBNextòDNA Library Prepa-ration Kit(NEB,Ipswich,MA).The library was sequenced from both directions on HiSeq2000System(illumina,San Diego,CA)with100bp of data collected per run by applying TruSeq PE Cluster and TruSeq SBS Kits(illu-mina,San Diego,CA).Data analysis and base calling were achieved by applying the illumina instrument software. Bioinformatics analysis

Transcriptome data processing and assembly were per-formed with the application of modi?ed Velvet to construct unique consensus sequences(Zerbino and Birney2008). The gene expression pro?le was developed by mapping trimmed transcriptome reads onto the unique consensus sequences using SOAP2(Li et al.2009).The unigenes were identi?ed by sequence similarity comparison against both the SWISS-PROT database of the European Bioin-formatics Institute(https://www.doczj.com/doc/3912989781.html,/uniprot)(Altschul and Gish1996)by applying BLAST at the cutoff E value B1e-10and the NCBI non-redundant nucleotide and non-redundant protein databases(https://www.doczj.com/doc/3912989781.html,/ Blast.cgi)where BLASTN and BLASTX were applied, respectively,with the same cutoff E value B1e-5(Altsc-hul et al.1997).Functional annotation and classi?cation of resulted unigenes were performed by sequence similarity comparison against NCBI’s clusters of orthologous groups(COG)database(https://www.doczj.com/doc/3912989781.html,/COG) (Tatusov et al.2003)and SWISS-PROT database with BLAST at the same cutoff E value B1e-10,respectively.For assembled genes,whose sequence comparison results mat-ched the records of other non-plant organisms,additional manual analysis based on score,coverage,identity,and E value were performed.

Results

This study depicts succinctly,for the?rst time,the fully expressed genome information of the Spanish peanut whole plant.The results showed that the normalized peanut whole plant cDNA library consisted of2.019105clones with the recombinant rate of87.5%and average insert size of about1,000bp.This library was PCR-ampli?ed,and the related product was sheared mechanically to generate the mixture of150bp fragments for HiSeq2000system sequencing.

Overall,the next-generation sequencing generated 41,543,279reads from8,308,655,800bp.The sequencing quality scores of Q30(99.9%base call accuracy)were achieved across all bases in forward direction sequencing and from1to84bases in reverse direction sequencing.The de novo assembly of all sequencing data using the modi?ed Velvet program was followed by the application of the SOAP2pro-gram for unigene identi?cation that culminated in generating 26,048unigenes of the average sequence length of550bp and sequence length range of201–2,431bp(Fig.1),that represent the total sequence length of14,305,500bp of the peanut genome.All assembled unigene sequences were annotated by sequence similarity comparisons against both SWISS-PROT and NCBI NR nucleotide and protein databases.

The functional annotation of all unigenes showed that 12,302and8,817unigenes matched the records in SWISS-PROT database(version20120304)and COG database (Table1),respectively.Further proceeding showed that the analysis of COG’s classi?cation of all known function unigenes resulted in categorizing them into23clusters based on their common functions,while the functions

of

Fig.1Sequence length of26,048assembled peanut unigenes

Table1Unigene annotation

Total E value

cut off

Database

version

Annotated

unigenes

%

Total unigene26,048100.00––SWISS-PROT12,30247.231e-1020120304 COG8,81733.851e-10–

209genes remained unknown(Table2).Overall,there still were13,746(52.77%)unigenes that had no signi?cant match with current records in either SWISS-PROT or NCBI databases.

Discussion

The peanut tissues used for this study were collected in two growing stages to cover all peanut organs and potential gene differential expressions in young and mature stages.A normalization strategy was applied to the peanut whole plant mRNA for library construction to enhance gene dis-covery by reducing redundant genes number and relatively increasing the rare gene copies in the cDNA library(Soares et al.1994).Based upon previous peanut EST studies, normalizing of expressed genes prior to high-throughput sequencing process,has generated greater reads variety than using regular cDNA library(Bi et al.2010;Huang et al.2012;Koilkonda et al.2012).The next-generation sequencing technology was applied in this study to maxi-mize generating mRNA sequencing data of about8.3G bp, from the peanut whole plant transcriptome.It represents about2509sequencing depth of the peanut transcriptome, based on the?nal assembling results.Such sequencing depth provides a greater number of repeat sequence reads for individual gene and greater accuracy and reliability of sequencing data,especially during the assembling process. Although HiSeq2000generates only100bp for each read, based upon the instrumental limitation,the sheared sequencing library with the size of about150bp was constructed to facilitate overlaps sequencing from both directions.By combining both greater bidirectional sequencing depth and overlaps sequencing strategy,we were able to generate unigenes sequencing data of great quality and reliability,even without available reference genome sequences.Although the assembled gene sizes varied from201to2,431bp,which might not represent the full-length of all genes in the database,the current mini-mum gene size is satisfactory for future EST probe appli-cations(Koilkonda et al.2012).

The resulting41,543,279reads were assembled into 26,048contigs,creating a foundational reference tran-scriptome for the peanut Spanish group whole plant.About 47%of this reference transcriptome was annotated and about34%was functionally characterized(Table2).This study resulted in the construction of the?rst comprehen-sive peanut Spanish botanical type whole plant unigene database with the total of26,048individual records.Irre-spective of the genotypic differences of experimental plant materials used,a recently reported peanut study(Zhang et al.2012)and this investigation’s annotation results were similar;the number of annotated unigenes was8,252and 8,817,respectively.This study is being followed up by similar research on the remaining three peanut botanical types(Valencia,Runner,and Virginia),which has also been funded by the United States Department of Agricul-ture(USDA).

Finally,by applying normalization and next-generation sequencing technologies,we successfully constructed the ?rst peanut Spanish botanical type whole plant unigenes database.The resulted peanut reference transcriptomic sequences will be used for our ongoing expanded tran-scriptome sequencing project for the remaining three pea-nut botanical types.Upon the completion of all transcriptome sequencing,assembling,and annotating for all the four peanut botanical groups with related intergroup comparisons,the most comprehensive peanut whole plant unigene database will be?nalized and applied more accurately for cross-species comparisons with other pub-licly available legumes genome databases and,then,

Table2COG classi?cation

Classi?cation Number of

genes Percentage (%)

Translation,ribosomal structure and

biogenesis

1,37815.63 Carbohydrate transport and metabolism1,12912.8 Energy production and conversion1,12712.78 General function prediction only1,09112.37 Post-translational modi?cation,protein

turnover,chaperones

7959.02 Amino acid transport and metabolism7698.72 Lipid transport and metabolism495 5.61 Inorganic ion transport and metabolism318 3.61 Coenzyme transport and metabolism217 2.46 Function unknown209 2.37 Cell wall/membrane/envelope biogenesis209 2.37 Secondary metabolites biosynthesis,

transport and catabolism

174 1.97 Transcription153 1.74 Nucleotide transport and metabolism141 1.6 Signal transduction mechanisms140 1.59 Intracellular traf?cking,secretion,and

vesicular transport

108 1.22 Cytoskeleton94 1.07 Replication,recombination and repair89 1.01 Chromatin structure and dynamics660.75 Cell cycle control,cell division,

chromosome partitioning

490.56 Defense mechanisms420.48 RNA processing and modi?cation140.16 Cell motility70.08 Nuclear structure30.03 Total8,817100.00

released for public access,in time for its application to bene?t the International Peanut Genomic Research Initia-tive(Wilson et al.2011).The results of this study will also be applied to peanut RNA-seq,exome identi?cation,and genomic markers development.

Acknowledgments Authors are grateful to Ms.Kayla Love for her laboratory assistance during the conduct of this experiment.The manuscript has been reviewed by all authors and all listed authors have agreed to this submission without con?ict of interest.This work was supported by USDA-NIFA Evans-Allen Formula Grant(Acces-sion No:0209894).

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送样要求 1.样品总量:每次样品制备需要大于5ug 的样品。为保证实验质量及延续性,请一次性提供至少20ug的样品。如需多次制备样品,按照制备次数计算样品总量。 2.样品纯度:OD值260/280应在1.8~2.0 之间;无蛋白质、RNA或肉眼可见杂质污染。 3.样品浓度:不低于50 ng/μL。 4.样品质量:基因组完整、无降解,电泳结果基因组DNA主带应在λ‐Hind III digest 最大条带23 Kb以上且主带清晰,无弥散。 5.样品保存:限选择干粉、酒精、TE buffer或超纯水一种,请在样品信息单中注明。 6.样品运输:样品请置于1.5 ml管中,做好标记,使用封口膜封好;基因组DNA如果用乙醇沉淀,可以常温运输;否则建议使用干冰或冰袋运输,并选择较快的运输方式。 提供结果 根据客户需求,提供不同深度的信息分析结果。

Nova 存储功能介绍

Nova 软文介绍 Nova系列分为入门级和专业级存储:入门级存储系列有丰富的功能和很高的性能,采用1.2GHz IOP ,PCIe2.0带宽、SAS存储采用2个6Gb SAS 主机接口,ISCSI存储则采用4个1Gb ISCSI主机接口,单制器配置。机架式机箱可以安装12/16/24块6Gb SAS 或SATA硬盘和通过RAID 级别0,1,3,5,6,10 等保护所有数据,友好的图形用户界面和快速安装程序,使非技术用户在配置一个基本的存储设置,不到5个步骤即可简单完成。存储容量的扩展可以通过mini SAS 扩展端口连接一台JBOD扩展箱进行扩充存储容量。适合中小企业数据管理以及视频监控应用系统最理想的存储解决方案。为客户寻找具有价格竞争力的存储解决方案

Nova专业级存储采用新一代8Gb FC和6Gb SAS技术来平衡性能,混合主机接口和丰富的功能,采用1.2GHz IOP ,PCIe2.0带宽、FC存储采用4/8个8Gb FC主机接口和2/4 1G ISCSI主机接口,SAS存储则采用2/4个6Gb SAS主机接口和2/4 1G ISCSI主机接口,单控制器和双控制器配置。机架式机箱可以安装 12/16/24块6Gb SAS 或SATA硬盘和通过RAID 级别0,1,3,5,6,10等保护所有数据,友好的图形用户界面和快速安装程序,使非技术用户在配置一个基本的存储设置,不到5个步骤即可简单完成。存储容量的扩展可以通过mini SAS 扩展端口连接一台JBOD扩展箱进行扩充存储容量。使它成为一个非常适合高性能要求的数字内容创建和企业的虚拟化环境。 功能与优势 1.模块化设计:允许自定义配置,适合任何环境下的性能和容量要求; 2.高性能: NOVA专业级FC主机读写可达3200MB/秒高I/O带宽,SAS主机可 达3000MB/Sec高I/O带宽,让更多的数据流,和更多的用户同时工作,能满足大部份应用(入门级ISCSI 主机接口读写可达可达400M,适合中小企业和监控等应用);

深圳市大诠实业有限公司简介及产品介绍

深圳市大诠实业有限公司简介 深圳市大诠实业有限公司大诠旗下网络变压器厂于2007年6月成立,公司主要生产脉冲变压器、滤波器、磁环线圈等磁性元件。2016年注册属于大诠实业的自主网络滤波器品牌NMS.工厂面积5000多平方米,前期项目总投资三百多万元人民币,目前年产值达6000多万元人民币。 公司属于内资企业,总部设于深圳市龙华新区大浪街道,现有员工300人左右。其中一些工厂在云南文山市环城西路中部,下辖13个分厂约7000人。大诠实业东莞工厂位于广东省东莞市高埗镇芦溪村银涌工业区创鸿基工业园四楼。公司目前正处于高速发展时期,是同行客户信得过的企业。 大诠优势 所有产品均符合全球业界各项质量及环保规定。公司拥有一个经验丰富的管理团队,有一批爱岗敬业,开拓进取,团结一心,坦诚从事之优秀员工,有公正严明的规章制度及相对完善的管控体系。 公司经过多年的锤炼,积累了丰富的集生产加工,开发,品质,后勤保障等各种管控经验,有多渠道固定之客户群,客户遍布珠三角,长三角以及欧美,东南亚等发达国家和地区。也有永久持续,品质交期稳定之产品前段供应链。 大诠文化 愿景:成为全球网络变压器最具领导地位的生产商! 使命:为网络通讯行业提供最具竞争力的多元化网络变压器! 理念:与员工共成长,与客户求共赢!以质量创品牌,以诚信谋发展! 精神:开拓、创新,立足市场求发展;优质、高效,专心服务为用户! 价值观:以人为本,客户至上,诚信经营,大家共赢! 工作作风:产前准备严格核对;生产过程严格要求; 员工作业严格规范;出厂成品严格把关。 服务宗旨:每位客户的满意是环宇人存在价值的最好体现! 大诠产能(300K/天) 12PIN(超薄)SMD 20K/天 16PIN (常规)SMD 50K/天 24PIN(小)SMD 60K/天 24PIN(大)SMD 20K/天 48PIN(常规)SMD 10K/天 18PIN(单排常规)DIP 5K/天 36PIN(单排常规)DIP 10K/天 24PIN(双排常规)DIP 10K/天 48PIN(双排常规)DIP 15K/天 设备仪器列表 序号设备名称数量用途序号设备名称数量用途 1 TCP 1 集高压测试、综合测试、外 观检验、包装于一体的设 备。 14 切脚机 6 DIP产品切脚设备 2 射频网络分 析仪 1 产品特性测试15 显微镜8 产品局部放大,用于分析产品异 常。

诺和诺德产品介绍

诺和诺德公司(novo nordisk)是一家致力于人类健康、以先进的生物技术造福患者、医生和社会的世界领先生物制药公司。诺和诺德公司在行业内拥有最为广泛的糖尿病治疗产品,其中包括最先进的胰岛素给药系统产品,80多年来一直是世界糖尿病研究和药物开发领域的主导。此外,诺和诺德还在止血管理、生长保健激素以及激素替代疗法等多方面居世界领先地位。诺和诺德总部位于丹麦首都哥本哈根,现今在全球79个国家设有分支机构,6个国家设有生产厂,员工超过26,300名,销售遍及180个国家。 诺和灵胰岛素:是短效胰岛素和中效胰岛素混合制剂,需要餐前半小时注射,作用时间较长,容易出现下一餐前低血糖; 诺和锐胰岛素:是超短效胰岛素类似物和中效胰岛素混合制剂,餐前10分钟内注射即可,作用更快,有效控制餐后血糖同时,不易出现下一餐前低血糖。 诺和锐30(Novomix30 ) 本品主要成份及其化学名称为:本品含30%可溶性门冬胰岛素和70%精蛋白门冬胰岛素,100U/ml,其活性成份为门冬胰岛素(通过基因重组技术,利用酵母生产的)。1单位(1U)相当于6nmol,0.035mg不含盐的无水门冬胰岛素。 优泌林70/30 (精蛋白锌重组人胰岛素混合注射液) 主要成份:30%重组人胰岛素(常规人胰岛素) 70%精蛋白锌重组人胰岛素(中效人胰岛素)

优泌乐(赖脯胰岛素注射液) 诺和锐特充和诺和锐30特充有什么区别? 首先,特充是指剂型,是相对于笔芯说的。是把笔芯预填充进一根简易的笔里面,打完抛弃的。 其次,诺和锐是一种改变了人胰岛素分子结构的速效胰岛素,它的起效更快,回落更快,可以紧邻餐前注射,控制餐后血糖。而诺和锐30是有30%的诺和锐,另外有70%是与精蛋白结晶的诺和锐,这70%的成分由于结晶所以释放的非常缓慢,目的是控制空腹血糖。 (注:文档可能无法思考全面,请浏览后下载,供参考。可复制、编制,期待你的好评与关注)

全基因组重测序数据分析

全基因组重测序数据分析 1. 简介(Introduction) 通过高通量测序识别发现de novo的somatic和germ line 突变,结构变异-SNV,包括重排 突变(deletioin, duplication 以及copy number variation)以及SNP的座位;针对重排突变和SNP的功能性进行综合分析;我们将分析基因功能(包括miRNA),重组率(Recombination)情况,杂合性缺失(LOH)以及进化选择与mutation之间的关系;以及这些关系将怎样使 得在disease(cancer)genome中的mutation产生对应的易感机制和功能。我们将在基因组 学以及比较基因组学,群体遗传学综合层面上深入探索疾病基因组和癌症基因组。 实验设计与样本 (1)Case-Control 对照组设计; (2)家庭成员组设计:父母-子女组(4人、3人组或多人); 初级数据分析 1.数据量产出:总碱基数量、Total Mapping Reads、Uniquely Mapping Reads统计,测序深度分析。 2.一致性序列组装:与参考基因组序列(Reference genome sequence)的比对分析,利用贝叶斯统计模型检测出每个碱基位点的最大可能性基因型,并组装出该个体基因组的一致序列。3.SNP检测及在基因组中的分布:提取全基因组中所有多态性位点,结合质量值、测序深度、重复性等因素作进一步的过滤筛选,最终得到可信度高的SNP数据集。并根据参考基 因组信息对检测到的变异进行注释。 4.InDel检测及在基因组的分布: 在进行mapping的过程中,进行容gap的比对并检测可信的short InDel。在检测过程中,gap的长度为1~5个碱基。对于每个InDel的检测,至少需 要3个Paired-End序列的支持。 5.Structure Variation检测及在基因组中的分布: 能够检测到的结构变异类型主要有:插入、缺失、复制、倒位、易位等。根据测序个体序列与参考基因组序列比对分析结果,检测全基因组水平的结构变异并对检测到的变异进行注释。

高通量测序常用名词解释

什么是高通量测序? 高通量测序技术(High-throughput sequencing,HTS)是对传统Sanger测序(称为一代测序技术)革命性的改变, 一次对几十万到几百万条核酸分子进行序列测定, 因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing,NGS )足见其划时代的改变, 同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能, 所以又被称为深度测序(Deep sequencing)。 什么是Sanger法测序(一代测序) Sanger法测序利用一种DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物。直到掺入一种链终止核苷酸为止。每一次序列测定由一套四个单独的反应构成,每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP),并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP)。由于ddNTP 缺乏延伸所需要的3-OH基团,使延长的寡聚核苷酸选择性地在G、A、T或C处终止。终止点由反应中相应的双脱氧而定。每一种dNTPs和ddNTPs的相对浓度可以调整,使反应得到一组长几百至几千碱基的链终止产物。它们具有共同的起始点,但终止在不同的的核苷酸上,可通过高分辨率变性凝胶电泳分离大小不同的片段,凝胶处理后可用X-光胶片放射自显影或非同位素标记进行检测。 什么是基因组重测序(Genome Re-sequencing) 全基因组重测序是对基因组序列已知的个体进行基因组测序,并在个体或群体水平上进行差异性分析的方法。随着基因组测序成本的不断降低,人类疾病的致病突变研究由外显子区域扩大到全基因组范围。通过构建不同长度的插入片段文库和短序列、双末端测序相结合的策略进行高通量测序,实现在全基因组水平上检测疾病关联的常见、低频、甚至是罕见的突变位点,以及结构变异等,具有重大的科研和产业价值。 什么是de novo测序 de novo测序也称为从头测序:其不需要任何现有的序列资料就可以对某个物种进行测序,利用生物信息学分析手段对序列进行拼接,组装,从而获得该物种的基因组图谱。获得一个物种的全基因组序列是加快对此物种了解的重要捷径。随着新一代测序技术的飞速发展,基因组测序所需的成本和时间较传统技术都大大降低,大规模基因组测序渐入佳境,基因组学研究也迎来新的发展契机和革命性突破。利用新一代高通量、高效率测序技术以及强大的生物信息分析能力,可以高效、低成本地测定并分析所有生物的基因组序列。 什么是外显子测序(whole exon sequencing) 外显子组测序是指利用序列捕获技术将全基因组外显子区域DNA捕捉并富集后进行高通量测序的基因组分析方法。外显子测序相对于基因组重测序成本较低,对研究已知基因的SNP、Indel等具有较大的优势,但无法研究基因组结构变异如染色体断裂重组等。 什么是mRNA测序(RNA-seq) 转录组学(transcriptomics)是在基因组学后新兴的一门学科,即研究特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA(包括mRNA和非编码RNA)的类型与拷贝数。Illumina 提供的mRNA测序技术可在整个mRNA领域进行各种相关研究和新的发现。mRNA测序不对引物或探针进行设计,可自由提供关于转录的客观和权威信息。研究人员仅需要一次试验即可快速生成完整的poly-A尾的RNA完整序列信息,并分析基因表达、cSNP、全新的转录、全新异构体、剪接位点、等位基因特异性表达和罕见转录等最全面的转录组信息。简单的样

高通量基因组测序中 测序深度,覆盖度

高通量基因组测序中,什么是测序深度和覆盖度? 1G=1024M 测序深度是指测序得到的总碱基数与待测基因组大小的比值。假设一个基因大小为2M,测序深度为10X,那么获得的总数据量为20M。(测序深度=总数据量20M/基因组大小2M=10X) 覆盖度是指测序获得的序列占整个基因组的比例。由于基因组中的高GC、重复序列等复杂结构的存在,测序最终拼接组装获得的序列往往无法覆盖有所的区域,这部分没有获得的区域就称为Gap。例如一个细菌基因组测序,覆盖度是98%,那么还有2%的序列区域是没有通过测序获得的。 1、全基因组重测序是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因 序的个体,通过序列比对,可以找到大量的单核苷酸多态性位点(SNP),插入缺失位点(InDel,Insertion/Deletion)、结构变异位点(SV, 技术路线 提取基因组DNA,利用Covaris进行随机打断,电泳回收所需长度的DNA片段(0.2~5Kb),加上接头, 进行cluster制备(Solexa)或E-PCR (SOLiD),最后利用Paired-End(Solexa)或者Mate-Pair(SOLiD)的方法对插入片段进行重测序。图1-1,以SOLiD为例,说明整个实验方案。

也称目标外显子组捕获,是指利用序列捕获技术将全基因组外显子区域DNA 捕捉并富集后进行高通量测序的基因组分析方法。是一种选择基因组的编码序列的高效策略,外显子测序相对于基因组重测序成本较低,对研究已知基因的SNP、Indel 等具有较大的优势。 外显子(expressed region)是真核生物基因的一部分,它在剪接(Splicing)后仍会被保存下来,并可在蛋白质生物合成过程中被表达为蛋白质。外显子是最后出现在成熟RNA中的基因序列,又称表达序列。既存在于最初的转录产物中,也存在于成熟的RNA分子中的核苷酸序列。在人类基因中大约有180,000外显子,占人类基因组的1%,约30MB。

壹玖公司简介

壹玖公司简介 河南壹玖实业有限公司成立于2014年7月的,壹玖实业是一家融实体企业经营与商业培训为一体的民营企业,由董事长袁国顺先生创立的“免费商业模式”培训为切入点的,企业家智慧及资源密集体。 壹玖实业是河南唯一一家以企业发展落地为基础,从商业模式学习切入、实操落地的新经济生态大系统,致力于中小企业未来根本核心竞争力的研究,通过帮助企业商业模式升级带动企业稳定,飞速发展,在行业里脱颖而出。 壹玖实业以河南为中心向全国乃至世界辐射,截止2016年底已在全国发展100家事业部,力争三年内发展1000家,目前已拥有中小企业家会员1万多人。挽救濒临倒闭民营中小企业120家以上,盘活10亿以上烂尾楼项目15个。间接帮助社会多创造10万个以上就业机会。河南壹玖实业有限公司目前正致力于帮助会员企业打造更具竞争力的免费商业模式,以振兴民族经济为己任,用免费模式,让奇迹发生,助推中华民族伟大复兴的中国梦早日实现。 公司自成立至2016年年底,已拥有高素质员工500多人,参股、控股多家公司及项目,初步形成了以中原为核心,辐射全国的战略布局。直接影响到的企业家会员超过1万名,间接影响到的企业超过8万余家。 壹玖实业以袁国顺老师为核心的企业家领导团队,用自身经营企业20多年的经验帮助会员企业。壹玖系统可以彻底帮助您解决现在面临的企业问题,为您的企业装上更具竞争力的武器,更轻松的经营企业。壹玖资本,等您加入!

袁国顺,河南壹玖实业集团董事长,一个实实在在践行免费模式的企业家! l38O年25月6日9622 分電联年月日分,找袁国顺老师。“企业的一切问题都是老板的问题,老板行,一切都行!”“企业家不是努力不够,而是思维不够。” 袁国顺先生搏击商海二十年,运用哲学、逻辑学和心理学,从自己和他人成功或失败中剖析深层次的原理,形成了独特新颖而且具有现实指导意义的新的商业思维模式。“一花独放不是春,百花盛开春满园”。为了帮助哪些和他一样在商海中打拼的企业家少走弯路,袁国顺先生走上讲台,帮助多家企业创造了行业神话和奇迹。 壹玖资本自助式大平台主办的“聚世界资本、创商海经济”广东峰会上,国内顶级讲师、河南壹玖实业有限公司董事长袁国顺出场便语出惊人。他指出,在竞争激烈的当下,免费模式可以帮助企业实现腾飞。“中国企业家普遍认为免费就是无常付出、倒贴,其实这只是表象。根据企业产品特性,设定一个免费的时间段做铺垫,调试时间的浓度来让客户形成惯性消费行为,最终变成你的企业的忠实客户。” 纵观整个社会经济发展,50年前,开工厂能盈利,30年前做贸易很赚钱,现在互联网如此发达、产品库存极其庞大的情况下,很多企业家必须遵循当下互联网经济的规律——平台分享、合作共赢。如果企业家还停留在“机制、约定、管理员工、经营方法”的层面,企业是很难发展的,这也是为什么传统企业最近几年举步维艰的原因,当然这不是企业家的过错,也不是社会的过错,而是整个经济的发展到了新的周期。 袁国顺在接受采访时表示:请广大企业家不要认为免费就是打劫、白送,而是根据你的企业产品特性,设定一个免费的时间段做铺垫,调试时间的浓度来让客户形成惯性消费行为,最终变成你的企业的忠实客户。 来自全国各地近600个企业家参加峰会连续三天的“顶尖免费商业模式”学习。其中不乏广东商业巨头,如广药集团高管、喜喜传媒、国龙集团高管等。在为期三天的峰会中,还举办了壹玖资本广东分公司的启动仪式。广东壹玖资本负责人汪先付在接受采访时表示,“我们实战峰会灌输的是一种商业模式:弱化员工能力,强化模式的价值。”而公司的互助经济大平台不是简单的企业家培训、关系的抱团,而是默契的利益共同体。 平台里的企业家必须有共同的理念和价值观,“免费模式”只是系统里的一环,它要实现的并不是真正的免费,而是通过免费来延伸利润链条。

群体进化-基于全基因组重测序

DNA样品总量: ≥3 μg 适用范围 样品要求 文库类型测序策略与深度 分析内容项目周期 群体进化(基于全基因组重测序) 标准分析时间为120天,个性化分析需根据项目实际情况进行评估 HiSeq PE150推荐测序深度≥5X/个体350 bp小片段DNA文库 1. 已有参考基因组序列的物种中不同亚群(自然群体) 2. 各亚群间划分明显,同一亚群内的个体有一定代表性 3. 每个亚群选取10个样本左右(推荐动物≥10个,植物≥15个) 4. 总体不少于30个样本与参考基因组比对群体SNP检测、注释及统计系统进化树构建群体遗传结构分析 群体主成分分析连锁不平衡分析选择消除分析候选基因GO和KEGG富集构建单体型图谱种群历史和有效群体大小 技术参数 针对已有参考基因组的物种,对其各亚种进行全基因组重测序获得基因组信息,通过与参考基因组比对,得到大量高准确性的SNP、InDel、SV等变异信息,讨论群体的遗传结构、遗传平衡和影响遗传平衡的因素,从而从分子层面揭示该物种的进化机制、环境适应性等系列问题。该技术能精准地得到全基因组内所有遗传信息,最大程度地挖掘出群体内遗传变异。诺禾具有丰富的群体遗传学项目经验,研究成果发表于Nature Genetics(Li, M, et al. 2013& Zhou, XM, et al. 2014)等。参考文献 [1] Li M, Tian S, Jin L, et al . Genomic analyses identify distinct patterns of selection in domesticated pigs and Tibetan wild boars [J]. Nature genetics, 2013, 45(12): 1431-1438. [2] Zhan S, Zhang W, Niitepo ~ld K, et al . The genetics of monarch butterfly migration and warning colouration [J]. Nature, 2014.案例解析 [案例一] 家猪和藏猪的群体进化分析[1] 2013年,诺禾致源科技服务团队与四川农业大学研究者合作发表 该成果。本研究对6个代表性藏猪群体、5个四川盆地特有猪种, 共48个样本进行全基因组重测序,并结合55个欧亚野猪及家猪的 基因组数据进行群体遗传学分析。在藏猪中鉴定出低氧适应、能 量代谢等共268个适应高原环境的快速进化基因,揭示了藏猪高 原适应性的遗传机制。与自然选择相比,人工选择可更有效地塑 造驯养动物基因组;欧亚猪种存在明显的遗传背景差异,欧亚地 理隔离造成的遗传结构差异甚至超过了野生和驯化的差异。[案例二] 帝王蝶长距离迁飞遗传机制被解密[2] 北美地区的帝王蝶具有迁飞习性,而分布于热带地区的帝王蝶及 其近缘种不具有迁飞特性。该研究从涵盖当今世界上主要的帝王 蝶分布区域中,选取了包括迁飞型和非迁飞型的22个地理种群、 5个近缘种的101只班蝶属蝴蝶进行了全基因组重测序和群体遗传 学分析。结果表明,现存的帝王蝶起源于北美地区,且祖先属于 迁飞型,打破了先前认为包括鸟类等在内的迁飞物种均是热带起 源的普遍认知。其次,利用群体遗传学分析对全基因组进行精细 扫描发现,与飞行相关的肌肉发育进化是帝王蝶实现长距离迁飞 的主要适应性选择。 图1 藏猪及其它猪种的群体遗传结构 图2 帝王蝶样本分布及系统进化树

公司LOG

公司介绍: 联想电脑L O G的含义: 联想品牌定位;“科技创造自由”同时包含了如下品牌特性:诚信创新有活力优质专业的服务。 这个主题是通过品牌名称和标识同时在文字和现象上体现出来的。 lenovo 读成【len,neueu】,发音上和联想的联相近,而novo是拉丁语,译为“新的,创新”。Lenovo可演绎为“创新的联想”或“联想的创新”。整个标识采用现代“sans serit”字体,以达到设计简洁和易读的目的。在”e”上向上倾斜的一笔暗示着联想在提升客户生活和工作质量中都占有很重要的地位。同时,标识采用独居现代感的蓝色,意味着专业企业精神和科技。 联想电脑L O G的发展史: 1988年联想(HK-0992)在香港创立时早已知道市场上有很多Legend公司,但联想当时并没有想到现在规模如此庞大,当联想进军国际时“Legend”竟成为绊脚石,联想将“Legend”更名为“Lenovo”,成为进军国际的第一步,象征着联想从“传奇”走向“创新”的里程。 50年代末期日本“东京通讯工业公司”创始人盛田昭夫平认为,公司名称外国人不容易念,决定改名为 Sony(JP-6758;新力索尼),同时希望改变日本产品在国际间品质低劣的形象。据北京晨报报导,40多年后在大陆一家公司正做着类似的事情,将“Legend”换成“ Lenovo”,联想复制Sony的开始,希望也能复制Sony 今日的辉煌成绩。 联想在2001年计划走向国际化发展时发现“Legend ”成为海外扩张的绊脚石。联想集团助理总裁李岚表示,“Legend”这个名字在欧洲几乎所有国家都被注册了,注册范围涵盖计算机、食品、汽车等各个领域。 联想总裁杨元庆在解读这个全新的字母组合时表示,“novo”是一个拉丁词根,代表“新意”,“le”取自原先的“Legend”,承继“传奇”之意,整个单词寓意为“创新的联想”。报导指出,打江山时需要缔造“传奇”,想基业常青则要

实业集团公司简介范文

实业集团公司简介范文 实业公司最为明显的一个特点就是它所提供的商品绝对是实体存在的,或者拥有自己的工厂或者实体的公司为依赖的,现在就和小编一起来看看实业集团公司简介范文,仅供参考。 实业集团公司简介范文1 宁德市南阳实业有限公司简介 企业现有规模:公司成立于1995年,目前注册资本9300万元,已投入资金6.28亿元,拥有员工1100人,其中各类专业技术人员126人。通过20xx年的发展,紧紧围绕以生猪养殖为主产业,配套发展种猪生产、饲料加工、生猪屠宰、无公害猪肉连锁专卖、肉食品加工、粮食储备贸易、生物有机肥生产、饲料临海码头建设和仓储物流等13个经营实体。目前实现年生产销售优质种猪2万头、商品猪18万头、优质饲料6万吨、定点屠宰生猪12万头、连锁专卖无公害猪肉8500吨、猪肉加工食品9800吨、粮食储备贸易5万吨、生物有机肥1万吨,预计20xx年创综合产值8.2亿元。实现了猪肉产品从基地到餐桌质量安全保障一条龙生产目标,形成了福建省唯一特色生猪产业集群发展的企业。

企业荣誉:公司先后被评定为农业产业化国家重点龙头企业,国家扶贫龙头企业、国家生猪活体储备基地、全国农产品加工示范企业,是福建省高新技术企业、福建省品牌农业企业金奖。公司通过了ISO9001:20xx国际质量标准认证,产品通过农业部质量安全中心认证等。“海暘及图”商标和无公害猪肉分别被认定为“中国驰名商标”、“福建省著名商标”和“福建省名牌产品”。 企业发展目标:规划通过三年产业发展建设,实现年出栏商品猪50万头、销售种猪5万头、年产饲料15万吨、屠宰生猪50万头、年销售放心肉2万吨、深加工猪肉5万吨、年粮食储备贸易5万吨、年产有机肥10万吨、年码头储运货物60万吨。再增投资6亿元,实现总投资12.3亿元,带动就业3000人,实现综合产值21亿元的目标。 企业行业地位:目前出栏生猪规模为全省第一位,达到年出栏生猪50万头、种猪5万头的目标后,养殖规模将进入全国前二十强,种猪育猪水平进入全国最先进行列,实现全国唯一的生猪产业集群模式发展企业。 企业在建项目:20xx-20xx年在建已动工项目4个,计划总投资3.9亿元。 1、七都淡坪原种猪场项目,投资6100万元,建设年出栏1万头种猪、4万头商品猪规模的原种猪场,计划于20xx年12月建成投产。

崇和实业公司介绍

崇和实业宣传册文案 市场部 2014年7月17日 走近崇和

企业简介 上海崇和实业有限公司(以下简称崇和实业)自创建以来,一直专注于船舶装备、海洋产业,先后投资了船舶修造、船舶设计、船舶贸易、船舶核心设备、船舶融资租赁、船舶管理、海洋采矿、海上风电、极地捕捞、远海养殖等领域,已发展成为一家复合化经营的综合性企业。崇和实业依托技术创新、金融创新,整合船舶装备、海洋经济产业链,形成了“技术、金融、装备、运维”四位一体的新型企业模式,正逐步迈向前瞻性、专业化,国内领先的整船装备与海洋投资综合服务商。 发展历程 崇和实业于本世纪初介入船舶行业,主要投资有: 2003年投资船厂开展船舶修造业务; 2005年投资成立船舶设计研究院,其目前已成为国内知名、民营最具规模的特种船舶设计院之一; 2008年投资成立船舶贸易公司,主营船舶经纪与进出口代理,以及国外大型船用主机等设备的代理销售; 2011年投资成立船舶融资租赁公司,成为国内第一家专业致力于船舶行业的准金融机构,主营特种船舶的融资租赁业务,服务涵盖二手船与新造船,成立翌年被评为上海浦东新区重点航运服务企业; 2012年联合中国北方机车车辆工业集团公司(中国北车集团)合资成立北车船舶与海洋工程发展有限公司,主营工程总承包和造船总承包业务; 2012年投资海洋渔业和远洋渔船,并与上海水产集团合作,进行深海鱼类产品销售。 2013年与中国国际商会共同发起成立工程船舶委员会,帮助国内特种船舶、工程船舶相关企业“走出去”,为成员单位开展海外业务提供支持与保障。 2013年投资海洋矿业和国内首艘滨海采矿船,参与国内首个海洋采矿项目,并与印尼国家锡矿公司形成战略合作,共同开采海洋锡矿。 2014年投资海洋风电领域,并投资建造了具备“国内领先、国际先进”自主知识产权的国内最大自升式海上风电安装平台。

新百伦公司简介

新百伦(New Balance)战略营销分析 目录 一.公司简介 1.公司文化 2.公司业绩现状 3.产品简介 二.战略分析部分(PEST) 1.政治 2.经济 3.社会 4.技术 三、战略制定部分 1.新百伦的SWOT分析 2.文化发展策略 3.品牌运作策略 4.营销策略 四、新百伦的4P分析 五、新百伦的行业分析 六.对新百伦的几点建议

一、公司简介 1906年,New Balance创立于美国波士顿,专门替脚型特殊的人生产运动鞋。一直以来,新百伦(New Balance)公司极为用心的致力于制鞋工艺。至今,一个持续100多年的品牌,仍然不断以新兴的科技,开发更符合人体工学的鞋款。现已成为众多成功企业家和政治领袖爱用的品牌,在美国及许多国家被誉为“总统慢跑鞋”,“慢跑鞋之王”。于2003年正式登陆中国。 1.新百伦公司文化 新百伦New Balance公司拥有其独特的文化: 坚持出品多宽度、多高度的鞋款:这是针对人性出发的设计,也是最基本的关怀,带给每一位消费者最舒适贴近的鞋型。 New Balance不与运动明星签约。因为适合明星的鞋,不一定适合大部分的消费者穿着,所以New Balance公司将费用投入在产品的研发上,以提高产品质量,增加顾客满意。New Balance相信“鞋子就是最好的代言人”。 2.新百伦业绩状况 目前,美国市场仍然是新百伦的第一大市场,中国市场是新百伦的第三大市场,仅次于日本市场,2009年,新百伦在中国大陆市场的销售增长达40%;而新百伦专业跑步鞋的销售增长更是达到80%。2009年,大中华区营业额达9.67亿欧元。此前有媒体援引业内观察人士的估计,大陆市场大约占阿迪达斯大中华区营业额的84%,据此计算,阿迪达斯在大陆市场的销售额约73亿,低于新百伦的营业额。 3.产品简介 鞋款系列 (1)美国鞋 美国原厂制造,结合各种顶尖技术和完美材质,成为尊贵地位的象征,是许多政治领袖和成功企业家的最爱。 (2)功能性跑鞋 New Balance慢跑鞋针对各消费阶层的需要,推出方向控制、稳定避震、避震和轻量四大系列,为消费者提供绝佳的避震和稳定功能,以满足每位跑者的需要。(3)竞赛鞋 New Balance一直是竞赛跑鞋的领导品牌,提供吸震、避震、稳定且轻量的竞赛鞋,适合不同距离竞赛穿着,是竞赛跑者的最佳选择。 (4)越野跑鞋

高通量测序 名词解释

高通量测序基础知识汇总 一代测序技术:即传统的Sanger测序法,Sanger法是根据核苷酸在待定序列模板上的引物点开始,随机在某一个特定的碱基处终止,并且在每个碱基后面进行荧光标记,产生以A、T、C、G结束的四组不同长度的一系列核苷酸,每一次序列测定由一套四个单独的反应构成,每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP),并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP)。由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH 基团,使延长的寡聚核苷酸选择性地在G、A、T或C处终止,使反应得到一组长几百至几千碱基的链终止产物。它们具有共同的起始点,但终止在不同的的核苷酸上,可通过高分辨率变性凝胶电泳分离大小不同的片段,通过检测得到DNA碱基序列。 二代测序技术:next generation sequencing(NGS)又称为高通量测序技术,与传统测序相比,二代测序技术可以一次对几十万到几百万条核酸分子同时进行序列测定,从而使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能,所以又被称为深度测序(Deep sequencing)。NGS主要的平台有Roche(454 & 454+),Illumina(HiSeq 2000/2500、GA IIx、MiSeq),ABI SOLiD等。 基因:Gene,是遗传的物质基础,是DNA或RNA分子上具有遗传信息的特定核苷酸序列。基因通过复制把遗传信息传递给下一代,使后代出现与亲代相似的性状。 DNA:Deoxyribonucleic acid,脱氧核糖核酸,一个脱氧核苷酸分子由三部分组成:含氮碱基、脱氧核糖、磷酸。脱氧核糖核酸通过3',5'-磷酸二酯键按一定的顺序彼此相连构成长链,即DNA链,DNA链上特定的核苷酸序列包含有生物的遗传信息,是绝大部分生物遗传信息的载体。

高通量测序基础知识

高通量测序基础知识简介 陆桂 什么是高通量测序? 高通量测序技术(High-throughput sequencing,HTS)是对传统Sanger测序(称为一代测序技术)革命性的改变,一次对几十万到几百万条核酸分子进行序列测定, 因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing,NGS )足见其划时代的改变, 同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能, 所以又被称为深度测序(Deep sequencing)。 什么是Sanger法测序(一代测序) Sanger法测序利用一种DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物。直到掺入一种链终止核苷酸为止。每一次序列测定由一套四个单独的反应构成,每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP),并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP)。由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基团,使延长的寡聚核苷酸选择性地在G、A、T或C处终止。终止点由反应中相应的双脱氧而定。每一种dNTPs和ddNTPs的相对浓度可以调整,使反应得到一组长几百至几千碱基的链终止产物。它们具有共同的起始点,但终止在不同的的核苷酸上,可通过高分辨率变性凝胶电泳分离大小不同的片段,凝胶处理后可用X-光胶片放射自显影或非同位素标记进行检测。 什么是基因组重测序(Genome Re-sequencing) 全基因组重测序是对基因组序列已知的个体进行基因组测序,并在个体或群体水平上进行差异性分析的方法。随着基因组测序成本的不断降低,人类疾病的致病突变研究由外显子区域扩大到全基因组范围。通过构建不同长度的插入片段文库和短序列、双末端测序相结合的策略进行高通量测序,实现在全基因组水平上检测疾病关联的常见、低频、甚至是罕见的突变位点,以及结构变异等,具有重大的科研和产业价值。 什么是de novo测序 de novo测序也称为从头测序:其不需要任何现有的序列资料就可以对某个物种进行测序,利用生物信息学分析手段对序列进行拼接,组装,从而获得该物种的基因组图谱。获得一个物种的全基因组序列是加快对此物种了解的重要捷径。随着新一代测序技术的飞速发展,基因组测序所需的成本和时间较传统技术都大大降低,大规模基因组测序渐入佳境,基因组学研究也迎来新的发展契机和革命性突破。利用新一代高通量、高效率测序技术以及强大的生物信息分析能力,可以高效、低成本地测定并分析所有生物的基因组序列。 什么是外显子测序(whole exon sequencing) 外显子组测序是指利用序列捕获技术将全基因组外显子区域DNA捕捉并富集后进行高通量测序的基因组分析方法。外显子测序相对于基因组重测序成本较低,对研究已知基因的SNP、Indel等具有较大的优势,但无法研究基因组结构变异如染色体断裂重组等。

公司简介房地产公司简介

公司简介模板-房地产公司简介模板 房地产公司简介怎么写? 信阳市园林实业发展有限责任公司 简介 信阳市园林实业发展有限责任公司成立于1998年,注册资金5000万元,是一家集房地产开发、建筑装饰工程、物业管理、酒店经营、金融服务为一体的综合性集团公司。 公司自成立之初,始终坚持“创品牌、跻身一流企业”为经营目标,秉承“用心文化、追求卓越”为经营理念,注重打造以“学习型、服务型、创新型”为核心的企业文化精神。经过十余载不懈的努力,打造出了一支具有活力和进取精神的专业化队伍,企业竞争力不断增强,

企业发展空间不断拓展,从而快速平稳步入良性循环发展轨道。截至目前,公司净资产过亿元,从业人员逾百人,公司法人治理架构健全。园林实业公司已迅速成长为在信阳具有良好声誉和非凡影响力的知名企业。 园林实业发展公司在不断发展壮大的同时,不忘回报社会。始终以“致富思源、富而进取、义利兼顾、德行并重”为己任,自觉承担社会责任,常年致力于公益事业。近几年来为希望工程共捐款捐物40余万元;为下岗职工、贫困人群、弱势群体维护社会治安等捐款捐物万元;为抗击各种自然灾害、流行病共捐款捐物万元;为信阳市政建设、公共事业捐款145万元;为希望工程资助贫困大学生、新建乡村校学共捐赠万元;数年来共累计向社会捐款捐物近500余万元、纳税近1600余万元。 公司的发展和善行善举,得到了社会各界的肯定和赞誉。园林实业公司先后被授予“河南省房地产开发优秀企

业”、“河南省银行业优质客户”、“重合同守信用企业”、“十佳非公有制企业”、“重点保护非公有制企业”、“纳税先进企业”、“光彩事业阳光工程先进单位”、“ 纳税贡献奖”、“社会奉献奖”等荣誉称号,xx年元月在北京人民大会堂被中国房地产协会授予“xx年度中国房地产最具影响力诚信品牌企业”,被中国房地产协会列入会员单位,且于2016年被世界杰出华商大会授予副理事长单位。 作为一个脚踏实地的本土企业,园林实业公司将始终以开发高品质地产为发展核心,始终坚持“居住改变生活,创造地产精品”的开发理念,以提升园区服务价值,在实现企业持续健康发展的同时,不断为员工创造平台,为客户创造价值,为社会创造温馨优雅的人居文化,为城市打造艺术精品。房地产公司简介百纳行房地产源于深圳,其核心成员在深圳从事房地产行业十几载,有着丰富的房地产营销策划经验。2016年来到郴州,成立百纳行房地产,提供项目选取、

(完整版)测序常用名词解释整理

高通量测序领域常用名词解释大全 什么是高通量测序? 高通量测序技术(High-throughput sequencing,HTS)是对传统Sanger测序(称为一代测序技术)革命性的改变, 一次对几十万到几百万条核酸分子进行序列测定, 因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing,NGS )足见其划时代的改变, 同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能, 所以又被称为深度测序(Deep sequencing)。 什么是Sanger法测序(一代测序) Sanger法测序利用一种DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物。直到掺入一种链终止核苷酸为止。每一次序列测定由一套四个单独的反应构成,每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP),并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP)。由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基团,使延长的寡聚核苷酸选择性地在G、A、T或C处终止。终止点由反应中相应的双脱氧而定。每一种dNTPs和ddNTPs的相对浓度可以调整,使反应得到一组长几百至几千碱基的链终止产物。它们具有共同的起始点,但终止在不同的的核苷酸上,可通过高分辨率变性凝胶电泳分离大小不同的片段,凝胶处理后可用X-光胶片放射自显影或非同位素标记进行检测。

什么是基因组重测序(Genome Re-sequencing) 全基因组重测序是对基因组序列已知的个体进行基因组测序,并在个体或群体水平上进行差异性分析的方法。随着基因组测序成本的不断降低,人类疾病的致病突变研究由外显子区域扩大到全基因组范围。通过构建不同长度的插入片段文库和短序列、双末端测序相结合的策略进行高通量测序,实现在全基因组水平上检测疾病关联的常见、低频、甚至是罕见的突变位点,以及结构变异等,具有重大的科研和产业价值。 什么是de novo测序 de novo测序也称为从头测序:其不需要任何现有的序列资料就可以对某个物种进行测序,利用生物信息学分析手段对序列进行拼接,组装,从而获得该物种的基因组图谱。获得一个物种的全基因组序列是加快对此物种了解的重要捷径。随着新一代测序技术的飞速发展,基因组测序所需的成本和时间较传统技术都大大降低,大规模基因组测序渐入佳境,基因组学研究也迎来新的发展契机和革命性突破。利用新一代高通量、高效率测序技术以及强大的生物信息分析能力,可以高效、低成本地测定并分析所有生物的基因组序列。

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