双柏县独田中心学校“青春课堂”导学案
人教版七年级生物学下册
A willful man will have his way.
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阅读教材，组内同学讨论、研究共同完成下列任务：
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能分泌消化脂肪的酶。
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人教版七年级下册生物每课知识点总结 1
营养：胚胎发育初期所需要的营养来自细胞质中的卵黄； 2
（1）青春期发育： 形态特点：身高、体重迅速增长 大脑 功能特点心脏结构、功能完善化 肺功能 性器官的发育：性发育和性成熟是青春期发育的突出特征，主要受到性激素的调节。 男性受雄性激素的调节，女性受雌性激素的调节 性发育第二性征的发育：除性器官以外的男女性各自所特有的征象，主要受到性激素的调节。 （2）男孩第二性征：长喉结、变声、出胡须、出现腋毛阴毛、阴茎睾丸发育等。 女孩第二性征：乳房发育、臀部变圆、出现腋毛阴毛等。 3、进入青春期后，男孩和女孩的性器官都迅速发育，男孩出现遗精，女孩会来月经。遗精是指男子进入青春期后，有时在睡梦中精液自尿道排出的现象。月经是指女子进去青春期后，每月一次的子宫出血现象。 4、进入青春期后，随着身体的发育性意识开始萌动，常表现为从初期的与异性疏远，到逐渐愿意与异性接近，或对异性产生朦胧的依恋，这些都是正常的心理变化。 第二章第一节食物中的营养物质 1、食物中含有糖类、脂肪、蛋白质、水、无机盐、维生素等六大营养物质。（膳食纤维为第七营养） （1）三大能源物质：糖类、脂肪、蛋白质都是构成细胞的主要有机物，为生命活动提供能量。 糖类：人体最重要的供能物质，也是构成细胞的成分； 脂肪：供能物质，单位质量释放能量最多；但一般情况下，重要的备用能源物质，贮存在体内。 蛋白质：构成人体细胞的基本物质，是建造和修复身体的重要原料，人体的生长发育以及受损细胞的修复和更新，都离不开蛋白质。蛋白质还能被分解，为人体的生理活动提供能量。（2）非能源物质：水，无机盐，维生素 3
1、简述大数据的来源与数据类型 大数据的来源非常多，如信息管理系统、网络信息系统、物联网系统、科学实验系统等，其数据类型包括结构化数据、半结构化数据和非结构化数据。 2、大数据产生的三个阶段 （1）被动式生成数据 （2）主动式生成数据 （3）感知式生成数据 3、大数据处理的基本流程 1．数据抽取与集成 2．数据分析 3．数据解释 4、大数据的特征 4V1O V olume，Variety，Value，Velocity，On-Line 5、适合大数据的四层堆栈式技术架构 6、大数据的整体技术和关键技术 大数据的整体技术一般包括：数据采集、数据存取、基础架构、数据处理、统计分析、数据挖掘、模型预测和结果呈现等。 大数据处理关键技术一般包括：大数据采集、大数据预处理、大数据存储及管理、开发大数据安全大数据分析及挖掘、大数据展现和应用（大数据检索、大数据可视化、大数据应用、大数据安全等）。 7、新一代数据体系的分类 新一代数据体系中，将传统数据体系中没有考虑过的新数据源进行归纳与分类，可将其归纳到线上行为数据与内容数据两大类别。 8、EDC系统的定义 临床试验电子数据采集（Electric Data Capture，EDC）系统，在临床试验中的应用可以有效解决纸质CRF存在的问题。EDC是通过互联网从试验中心（Sites）直接远程收集临床试验数据的一种数据采集系统。 9、EDC系统的基本功能 数据录入、数据导出、试验设计、编辑检查、操作痕迹、系统安全、在线交流、医学编码和支持多语言。 10、EDC系统的优点 （1）提高了临床研究的效率，缩短了临床研究周期 （2）通过逻辑检查提高了数据质量
第一讲 生物信息学（Bioinformatics）是20世纪80年代末随着人类基因组计划的启动而兴起的一门新型交叉学科，它体现了生物学、计算机科学、数学、物理学等学科间的渗透与融合。 生物信息学通过对生物学实验数据的获取、加工、存储、检索与分析，达到揭示数据所蕴含的生物学意义从而解读生命活动规律的目的。 生物信息学不仅是一门学科，更是一种重要的研究开发平台与工具，是今后进行几乎所有生命科学研究的推手。 生物技术与生物信息学的区别及联系 生物信息学的发展历史 ?人类基因组计划（HGP） ?人类基因组计划由美国科学家于1985年提出，1990年启动。根据该计划，在2015年要把人体约4万个基因的密码全部揭开，同时绘制出人类基因的谱图，也就是说，要揭开组成人体4万个基因的30亿个碱基对的秘密。HGP与曼哈顿原子弹计划和阿波罗计划并称为三大科学计划，被誉为生命科学的登月计划。(百度百科) 随着基因组计划的不断发展，海量的生物学数据必须通过生物信息学的手段进行收集、分析和整理后，才能成为有用的信息和知识。换句话说，人类基因组计划为生物信息学提供了兴盛的契机。上文所说的基因、碱基对、遗传密码子等术语都是生物信息学需要着重研究的地方。 ：
】 第二讲回顾细胞结构 细胞是所有生命形式结构和功能的基本单位 细胞组成 细胞膜主要由脂类和蛋白质组成的环绕在细胞表面的双层膜结构 细胞质细胞膜与细胞核之间的区域：包含液体流质，夹杂物存储的营养、分泌物、天然色素和细胞器 细胞器细胞内完成特定功能的结构：线粒体、核糖体、高尔基体、溶酶体等 细胞核最大的细胞器 DNA的结构 碱基（腺嘌呤A、鸟嘌呤G、胞嘧啶C、胸腺嘧啶G） 。 核苷酸 核苷酸是构成DNA分子的重要模块。每个核苷酸分子由一分子称作脱氧核糖的戊 糖（五碳糖）、一分子磷酸和一分子碱基构成。每种核苷酸都有一个碱基对，也就 是A、T、C、G 基因是什么 基因是遗传物质的基本单位 基因就是核苷酸序列。 大部分的基因大约是1000-4000个核苷酸那么长。 基因通过控制蛋白质的合成，从微观和宏观上影响细胞、组织和器官的产生。 基因在染色体上。
第一章测试 1 【多选题】(2分) 随着人类基因组计划的完成，以下哪些基因组计划是近期启动的计划 A. 我们所有人计划 B. G10K C. 英国十万人基因组计划 D. 中国十万人基因组计划 2 【判断题】(2分) 统计学是一门独特学科，不是生物信息学研究工具和手段之一。 A. 对 B. 错 3 【判断题】(2分) 生物信息学研究任务之一包括SNP的发现和鉴定，对于疾病机理和药物开发靶点发现具有重要意义。
A. 错 B. 对 4 【判断题】(2分) 随着越来越多大规模测序项目的完成，其中最重要的科学使命之一就是要通过比较基因组学方法了解物种的起源和进化过程 A. 对 B. 错 5 【判断题】(2分) 高等生物基因组中含有大量的非编码区，以及可能含有大量的外源病毒序列，只有通过生物信息学方法，解析其中功能和区域，为将来可能通过基因组编辑技术进行疾病机制解析提供基础 A. 错 B. 对
第二章测试 1 【多选题】(2分) 国际核酸数据库由EMBL，DDBJ和GenBank组成，它们在1988年形成国际核酸数据库联合中心，对数据进行 A. 三方共享 B. 数据同步更新 C. 独立分析 D. 数据格式相同 2 【多选题】(2分) GenBank对于核酸数据的显示方式有以下几种 A. ASN.1 B. FASTA C. GBK D. Graph
3 【判断题】(2分) UniprotKB对于生物数据在不同数据库中的链接、调用和标签转换具有非常重要的作用 A. 错 B. 对 4 【多选题】(2分) 生物信息学的研究对象中包括各种数据库，比如 A. PDB B. Uniprot C. GenBank D. KEGG 5
——古A．名词解释 1. 生物信息学：广义是指从事对基因组研究相关的生物信息的获取，加工，储存，分配，分析和解释。狭义是指综合应用信息科学，数学理论，方法和技术，管理、分析和利用生物分子数据的科学。 2. 基因芯片：将大量已知或未知序列的DNA片段点在固相载体上，通过物理吸附达到固定化（cDNA芯片），也可以在固相表面直接化学合成，得到寡聚核苷酸芯片。再将待研究的样品与芯片杂交，经过计算机扫描和数据处理，进行定性定量的分析。可以反映大量基因在不同组织或同一组织不同发育时期或不同生理条件下的表达调控情况。 3. NCBI：National Center for Biotechnology Information.是隶属于美国国立医学图书馆（NLM）的综合性数据库，提供生物信息学方面的研究和服务。 4. EMBL：European Molecular Biology Laboratory.EBI为其一部分，是综合性数据库，提供生物信息学方面的研究和服务。 5. 简并引物：PCR引物的某一碱基位置有多种可能的多种引物的混合体。 6. 序列比对：为确定两个或多个序列之间的相似性以至于同源性，而将它们按照一定的规律排列。
7. BLAST：Basic Local Alignment Search Tool.是通过比对(alignment)在数据库中寻找和查询序列(query)相似度很高的序列的工具。 8. ORF：Open Reading Frame.由起始密码子开始，到终止密码子结束可以翻译成蛋白质的核酸序列，一个未知的基因，理论上具有6个ORF。 9. 启动子：是RNA聚合酶识别、结合并开始转录所必须的一段DNA序列。原核生物启动子由上游调控元件和核心启动子组成，核心启动子包括-35区（Sextama box）TTGACA，-10区（Pribnow Box）TATAAT，以及+1区。真核生物启动子包括远上游序列和启动子基本元件构成，启动子基本元件包括启动子上游元件（GC岛，CAAT盒），核心启动子（TATA Box，+1区帽子位点）组成。 10. motif：模体，基序，是序列中局部的保守区域，或者是一组序列中共有的一小段序列模式。 11. 分子进化树：通过比较生物大分子序列的差异的数值重建的进化树。 12. 相似性：序列比对过程中用来描述检测序列和目标序列之间相似DNA碱基或氨基酸残基序列所占的比例。 13. 同源性：两个基因或蛋白质序列具有共同祖先的结论。
教师寄语：让我们共同走出青春的迷茫，拥有健康而充实的青春期！让我们放飞青春的梦！ ft东省肥城市湖屯镇初级中学七年级生物下册《1.3青春期》导学案新人教版 学习目标知识目标 1.能描述青春期生理和心理的发育特点。 2.知道青春期男、女生出现的生理现象：遗精与月经及生理期卫生。 能力目标会分析、绘制坐标曲线图，培养观察、分析、对比与总结能力。 情感态度价值观 1．通过讨论和交流，关注自己和同学的身体变化，共同健康地度过青春期。 2. 培养健康的审美观和正确的道德观、价值观。 重难点 青春期生理和心理的发育特点。 学法指导 分析、绘制坐标曲线图。 预习案 回顾旧知：1、请写出人体生殖的过程。 2、说出下列器官的作用：卵巢、睾丸、子宫、输卵管、输精管、阴道 预习提纲： 一青春期的身体变化 1.分析课本 14 页的坐标曲线图并解决相对应的讨论题。 由曲线知：男孩和女孩开始身高突增的年龄分别是岁和岁。 有何差别？ 这一差别与睾丸和乱插的发育有关系吗？ 2.青春期身体变化的显著特点是 3.进入青春期后随着性器官的迅速发育，男、女生出现的生理现象分别是和 4.男女生为什么会出现遗精和月经现象？女生在月经期应注意那些卫生状况？ 二青春期的心里变化及其卫生 5.对照课本16 图结合自身实际，与同学交流讨论，你的青春期出现过哪些心里矛盾？应当怎样正确处理？我的疑惑： 探究案 根据问题提纲自主学习，各小组展示交流。 一青春期的身体变化：分析课本 14 页的坐标曲线 由图一、可得出的结论： 由图二、可得出的结论： 二青春期的心里变化及其卫生 心里变化特点： 心里变化卫生：
质疑探究 1.根据坐标曲线图中横纵坐标所代表的意义显示曲线变化的内涵： 男、女生身高突增的年龄不相同，女生早于男生；男、女生睾丸和卵巢开始迅速发育的时间也不相同，女生也早于男生；而且男、女生身高突增的年龄与相对应的睾丸和卵巢开始迅速发育的时间是相一致的。所以说男孩和女孩体型的变化与睾丸和卵巢的发育有关，睾丸和卵巢的发育还影响着男、女生的第二性征发育变化。 2.青春期生理的变化影响着男、女生心理的变化，在这一过程中我们要以科学、积极向上的思想面对这种变化，自尊、自爱、自重，形成健康的审美观，正确的价值观、思想观和道德观。 拓展提升 1.在我国古代封建社会的皇宫内，生活着一类特殊的人群——太监，他们既不像女性，又不具备男性的第二性征；常言道：“女大十八变，越变越好看。”，请你利用本章所学知识解释以上两种现象。 提示：睾丸和卵巢分泌的雄性与雌性激素影响男女的第二性征发育变化。 2.青春期是人一生中身体发育和智力发展的黄金时期，对刚刚步入青春期的我们在生活、学习、交友、娱乐等方面有什么样的要求、目标、建议、困惑、矛盾……与家长和老师交流，请大家畅所欲言，让家长和老师帮我们健康顺利的度过青春期吧！ 自我检测 1、女性在月经期间要保持卫生和保证休息的原因是( ) A.生殖器官有损伤 B.心理波动大，情绪不稳定 C.身体抵抗力暂时下降 D.身体处于病态 2、通常青春期的年龄是指( ) A.约10～20 岁 B. 约18～25 岁 C. 约11～14 岁 D. 约25 岁以上 3、进入青春期，男生开始长胡须，声调也变低了。对此起直接作用的是 A.雄性激素 B.雌性激素 C.促性腺激素 D.生长激素 4、人体生殖发育的最后阶段和决定人体体格素质、智力水平的关键时期是( ) A.童年期 B.青年期 C.青春期 D.壮年期 5、下列不属于第二性征的是( ) A.男女主要性器官的差异 B.男女乳腺发达程度的差异 C.男女在声调上的差异 D.男女骨盆宽大程度的差异 6、下列各项中，哪项不是青春期出现的正常生理现象( ) A.睡梦中出现遗精现象 B.学习期间常出现近视 C.初潮期月经周期不规律 D.行经期间身体抵抗力下降 7、下列不是青春期生理功能增强的表现是( ) A.脑的结构和功能发育逐渐完善 B.心脏的功能不断增强
生物信息学课后习题及答案 （由10级生技一、二班课代表整理） 一、绪论 1.你认为，什么是生物信息学？ 采用信息科学技术，借助数学、生物学的理论、方法，对各种生物信息（包括核酸、蛋 白质等）的收集、加工、储存、分析、解释的一门学科。2.你认为生物信息学有什么用？对你的生活、研究有影响吗？（1）主要用于： 在基因组分析方面：生物序列相似性比较及其数据库搜索、基因预测、基因组进化和分 子进化、蛋白质结构预测等 在医药方面：新药物设计、基因芯片疾病快速诊断、流行病学研究：SARS 、人类基因组计划、基因组计划：基因芯片。 （2）指导研究和实验方案，减少操作性实验的量；验证实验结果；为实验结果提供更多的支持数据等材料。 3.人类基因组计划与生物信息学有什么关系？ 人类基因组计划的实施，促进了测序技术的迅猛发展，从而使实验数据和可利用信息急剧增加，信息的管理和分析成为基因组计划的一项重要的工作 。而这些数据信息的管理、分析、解释和使用促使了生物信息学的产生和迅速发展。 4简述人类基因组研究计划的历程。 通过国际合作，用15年时间（1990-2005）至少投入30亿美元，构建详细的人类基因组遗传图和物理图，确定人类DNA 的全部核苷酸序列，定位约10万基因，并对其他生物进行类似研究。 1990，人类基因组计划正式启动。 1996，完成人类基因组计划的遗传作图，启动模式生物基因组计划。 1998完成人类基因组计划的物理作图，开始人类基因组的大规模测序。Celera 公司加入，与公共领域竞争启动水稻基因组计划。 1999，第五届国际公共领域人类基因组测序会议，加快测序速度。 2000，Celera 公司宣布完成果蝇基因组测序，国际公共领域宣布完成第一个植物基因组——拟南芥全基因组的测序工作。 2001，人类基因组“中国卷”的绘制工作宣告完成。 2003，中、美、日、德、法、英等6国科学家宣布人类基因组序列图绘制成功，人类基因组计划的.目标全部实现。2004，人类基因组完成图公布。 2.我国自主知识产权的主要基因组测序计划有哪些？水稻（2002），家鸡（2004），家蚕（2007），家猪（2012），大熊猫（2010） 2．第一章 、管路敷设技术通过管线不仅可以解决吊顶层配置不规范高中资料试卷问题，而且可保障各类管路习题到位。在管路敷设过程中，要加强看护关于管路高中资料试卷连接管口处理高中资料试卷弯扁度固定盒位置保护层防腐跨接地线弯曲半径标高等，要求技术交底。管线敷设技术包含线槽、管架等多项方式，为解决高中语文电气课件中管壁薄、接口不严等问题，合理利用管线敷设技术。线缆敷设原则：在分线盒处，当不同电压回路交叉时，应采用金属隔板进行隔开处理；同一线槽内，强电回路须同时切断习题电源，线缆敷设完毕，要进行检查和检测处理。、电气课件中调试对全部高中资料试卷电气设备，在安装过程中以及安装结束后进行 高中资料试卷调整试验；通电检查所有设备高中资料试卷相互作用与相互关系，根据生产工艺高中资料试卷要求，对电气设备进行空载与带负荷下高中资料试卷调控试验；对设备进行调整使其在正常工况下与过度工作下都可以正常工作；对于继电保护进行整核对定值，审核与校对图纸，编写复杂设备与装置高中资料试卷调试方案，编写重要设备高中资料试卷试验方案以及系统启动方案；对整套启动过程中高中资料试卷电气设备进行调试工作并且进行过关运行高中资料试卷技术指导。对于调试过程中高中资料试卷技术问题，作为调试人员，需要在事前掌握图纸资料、设备制造厂家出具高中资料试卷试验报告与相关技术资料，并且了解现场设备高中资料试卷布置情况与有关高中资料试卷电气系统接线等情况，然后根据规范与规程规定，制定设备调试高中资料试卷方案。 、电气设备调试高中资料试卷技术电力保护装置调试技术，电力保护高中资料试卷配置技术是指机组在进行继电保护高中资料试卷总体配置时，需要在最大限度内来确保机组高中资料试卷安全，并且尽可能地缩小故障高中资料试卷破坏范围，或者对某些异常高中资料试卷工况进行自动处理，尤其要避免错误高中资料试卷保护装置动作，并且拒绝动作，来避免不必要高中资料试卷突然停机。因此，电力高中资料试卷保护装置调试技术，要求电力保护装置做到准确灵活。对于差动保护装置高中资料试卷调试技术是指发电机一变压器组在发生内部故障时，需要进行外部电源高中资料试卷切除从而采用高中资料试卷主要保护装置。
第三节青春期同步练习-原卷版 一、单选题 1．小莉进入青春期后，脸上长了很多青春痘，经医生检查发现她体内的性激素分泌失调，这与下列哪个器官的功能有关（） A．输卵管B．子宫 C．阴道D．卵巢 2．小明步入初中时身高已达170厘米，爸爸说他是个男子汉了。下列选项中，在这一阶段小明不该出现的是（） A．喉结突出B．长出胡须C．声调变粗D．体重突破100千克 3．如图是睾丸和卵巢发育趋势图。据图不能得出的结论是（） A．9岁之前睾丸和卵巢的发育都很缓慢 B．青春期中睾丸和卵巢的发育都很迅速 C．16岁时睾丸的重量比卵巢的轻 D．睾丸比卵巢开始迅速发育得晚 4．进入青春期的初中生，身体的形态和功能会发生显著变化。其中不应有 ．．．的变化是 A．脑的体积迅速增大 B．肺活量明显增大 C．性器官迅速发育 D．身体迅速长高 5．青春期是人一生中身体发育和智力发展的黄金时期。下列对青春期生理和心理特点描述错误的是（）A．性意识开始萌动，对异性产生好感是不健康的心理 B．男孩出现遗精，女孩会来月经
C．内心世界逐渐复杂，有的事情不想跟家长交流 D．有了强烈的独立意识，遇到到挫折又有依赖性 6．中学生正处于青春期，下列不属于青春期身体发育特点的是（） A．身高突增 B．大脑发育最快，内心世界逐渐复杂 C．开始出现第二性征 D．大脑、心脏、肺等器官的功能明显增强 7．青春期是人一生中重要的发展时期，下列有关青春期身体形态和生理变化的叙述，错误的是（）A．出现第一性征B．生殖器官发育和成熟 C．身高和体重迅速增长D．智力发展的黄金时期 8．下列关于人类生殖和发育特点的叙述错误的是（） A．新生命的起点是在图中[2]输卵管中形成的 B．胎儿与母体进行物质交换的结构是胎盘 C．图中[3]卵巢能产生卵细胞和分泌雌性激素 D．身高和体重的迅速增长，是青春期发育最突出的特征 二、填空题 9．小蓝是一位青春洋溢的美少女，没有任何先天性疾病，这主要是因为她妈妈在怀孕期间，曾用PTC穿刺针在超声探头的引导下进行脐带穿刺取血，做过遗传病的早期检测。如图为子宫中的胎儿及脐带穿刺取血示意图，请回答下列问题： （1）小蓝的生命开始于一个叫_______的细胞，这个细胞是在妈妈的_______（填“子宫”或“输卵管”）中形
生物信息学课程设计报告 题目：用blast、clustalx2和mega来分析鼠伤寒沙门氏菌的四环素抗性基因 专业：生物技术 班级：11-2 学号：11114040235 姓名：邹炜球 指导教师：马超 广东石油化工学院生物工程系 2013年 12 月 21 日
摘要 生物信息学(Bioinformatics)是研究生物信息的采集，处理，存储，传播，分析和解释等各方面的一门学科，它通过综合利用生物学，计算机科学和信息技术而揭示大量而复杂的生物数据所赋有的生物学奥秘。本课程设计主要通过分析鼠伤寒沙门氏菌的四环素抗性基因来介绍生物信息学里面常用的数据库NCBI和一些常用的软件（如blast、clustalx2、Primer Premier 5和mega），由于生物信息学这一门课在生物研究领域所起到的作用非常大，所以熟练一些常用的生物信息学软件和数据库是非常有必要的。 关键词：NCBI、blast、clustalx2、Primer Premier 、mega、生物信息学、序列比对、系统发育树
目录 1绪论 (4) 1.1生物信息学的发展概况 (4) 1.2生物信息学的发展展望 (4) 2 课题设计内容 (5) 2.1以某一基因或蛋白为研究对象搜索一条序列（DNA长度为300-1500bp,蛋白质序列 为100-500）及相关信息，并分别表示出他的GENBANK和FASTA格式 (6) 2.2以设计内容1为目标序列进行BLAST分析 (7) 2.3通过BLAST或相关软件下载8条基因或蛋白质序列 (9) 2.4以8条基因序列进行多序列比对 (10) 2.5依照设计内容4构建系统发育树 (10) 2.6以其中一条基因序列设计一条长度为200-500bp的一对引物 (12) 参考文献 (16)
1、生物信息学(Bioinformatics)是研究生物信息的采集、处理、存储、传播，分析和解 释等各方面的学科，也是随着生命科学和计算机科学的迅猛发展，生命科学和计 算机科学相结合形成的一门新学科。它通过综合利用生物学，计算机科学和信息技 术而揭示大量而复杂的生物数据所赋有的生物学奥秘。 2、数据库（Database）是按照数据结构来组织、存储和管理数据的仓库，它产生于 距今六十多年前，随着信息技术和市场的发展，特别是二十世纪九十年代以后， 数据管理不再仅仅是存储和管理数据，而转变成用户所需要的各种数据管理的方 式。数据库有很多种类型，从最简单的存储有各种数据的表格到能够进行海量数 据存储的大型数据库系统都在各个方面得到了广泛的应用。 3、表达序列标签从一个随机选择的cDNA 克隆进行5’端和3’端单一次测序获得的短 的cDNA 部分序列，代表一个完整基因的一小部分，在数据库中其长度一般从20 到7000bp 不等，平均长度为360 ±120bp。EST 来源于一定环境下一个组织总 mRNA 所构建的cDNA 文库，因此EST也能说明该组织中各基因的表达水平。 4、开放阅读框是基因序列中的一段无终止序列打断的碱基序列，可编码相应的蛋白。 ORF识别包括检测六个阅读框架并决定哪一个包含以启动子和终止子为界限的 DNA序列而其内部不包含启动子或终止子，符合这些条件的序列有可能对应一个 真正的单一的基因产物。ORF的识别是证明一个新的DNA序列为特定的蛋白质编 码基因的部分或全部的先决条件。 5、蛋白质的一级结构在每种蛋白质中氨基酸按照一定的数目和组成进行排列，并进 一步折叠成特定的空间结构前者我们称为蛋白质的一级结构，也叫初级结构或基 本结构。蛋白质一级结构是理解蛋白质结构、作用机制以及与其同源蛋白质生理 功能的必要基础。 6、基因识别是生物信息学的一个重要分支，使用生物学实验或计算机等手段识别 DNA序列上的具有生物学特征的片段。基因识别的对象主要是蛋白质编码基因， 也包括其他具有一定生物学功能的因子，如RNA基因和调控因子。基因识别是基 因组研究的基础。
生物信息学蛋白质序列分析-课堂练习 ZNF395, 全称为Zinc Finger Protein395, 又被称为PBF，PRF1，DBP2，PRF-1，Si-1-8-14或DKFZp434K1210。其氨基酸序列为 结构域分析：http://www.expasy.ch/prosite/ (一)分析蛋白质的一级结构 分析蛋白质的pI、Mw、氨基酸组成:Tools and software packages------Identification and characterization-----ProtParam http://www.expasy.ch/tools/protparam.html 分析蛋白质的疏水性:Primary structure analysis-----ProtScale http://www.expasy.ch/tools/protscale.html 分析蛋白质的重复序列:Primary structure analysis-----REP http://www.embl-heidelberg.de/~andrade/papers/rep/search.html (二)分析蛋白质的二级结构 预测蛋白质的?－螺旋和?－折叠结构:Secondary structure prediction-----nnPredict https://www.doczj.com/doc/243573525.html,/~nomi/nnpredict.html 蛋白质的其它二级结构:Secondary structure prediction-----SOPMA
(三)分析蛋白质的三级结构 molecular modeling:“tertiary structure prediction ”栏目选择选择一个分析工具，email服务 (四)分析膜蛋白质
2014-2015学年生物信息学期末考试题 写在前面：这是我考试时候写的答案的大致内容，具体文字我已经不记得了，给大家一个参考，希望对大家复习有帮助。因为我也是扣了很多分，所以答案也有很多错的，大家不要尽信。祝大家考试顺利。 一、实验设计和基础分析 以下qPT-PCR实验方案有哪些错误？请标出错误，并说明原因和写出正确方案。 目的：比较肺癌细胞迁移前后的X基因转录水平表达量 方法：（1）用Trizol法提取细胞总RNA，并用跑胶、OD260/280等方法确认无降解。 （2）用poly-dT引物进行反转录 （3）设计基因特异性PCR引物，用qPCR仪测定X基因和GAPDH基因的Ct值。GAPDH作为内参。 （4）以2^-ΔΔCt方法计算X基因相对于GAPDH的相对含量 （5）比较迁移前后的相对表达量，做三个重复，用t-test进行统计检验，P<0.05为差异显著 1.错误：不能用GAPDH基因作为定量标准；原因：癌症迁移前后GAPDH基因的表达量已经改变了，做定量标准不准确；方案：采用外参（如：其他物种的基因） 2.错误：不能用t-test进行统计检验；原因：t-test进行统计检验的前提是数据呈正态分布，基因表达量不一定呈正太分布；方案：将数据取log10，对数化。 上述两个是我考试时候写的答案，后来经提醒：还发现了一个错误：不能用poly-dT引物进行反转录；原因：。。。。。。；方案：用Oligodt进行逆转录。 二、双序列比对的生物学意义解释 两种细菌的同源蛋白质endonuclease III，长度都为200氨基酸左右，其功能相同，蛋白质序列使用BLAST 可以比对上，同源性高达57%，但其编码DNA序列用BLAST却无法比对上，为了尽可能提高亲缘关系较远的序列的比对效率，比对已经使用BLAST网站上Somewhat similar sequence选项，默认参数（见下图）：
中南大学研究生《生物信息学》考试试题（2012.10.27） No: name:Tel： Classify the nouns by bioinformation, and to briefly explain they respectively. （20 Points） Problem #1Pairwise sequence alignment（10 Points） （1）match ＋2 Points，mismatch －1 Points， gap open －11 Points ，gap extened －1 Points （2）match and mismatch by BLOSUM62 gap open －11 Points ，gap extened －1 Points （3）What's the difference between (1) and (2)?Which is more appropriate？Why？ 表1 BLOSUM62矩阵
Problem #2 HMM （10 Points ） A possible hidden Markov model for the protein ACCY . （1） Scoring a Sequence with an HMM along this path: [mach A] [insert C] [mach C] [mach Y] （2） There are three kinds of states represented by three different shapes. What do they all mean? 0.1 0.3 0.3 0.4 0.2 0.6 0.3 0.2 0.5 0.1 0.9 0.1 0.1 0.1 0.5 0.4 0.1 0.6 0.2 0.2 0.6 0.2 0.4 0.7 0.2 0.4 0.7 0.4 0.6 0.7 A 0.3 C 0.5 Y 0.8 Problem #3 The circuits in Single Genes （10 Points ） How much regulatory modules in Endo16 ? Briefly explain the relationship between them. Homework （50 Points ） (1) Serach Uniprot ,GO,KEGG (2) NCBI blast (3) swiss mdel 邮箱：rlf126@https://www.doczj.com/doc/243573525.html, 截止日期：2012.11.04 0.2 A 0.5 C 0.3 C
生物信息学期末考试复习 1.生物学中的7个数学故事 (1) 孟德尔遗传定律（分离和自由组合定律）运用了组、合原理中的加法原理和乘法原理。 (2) Hardy-Weinberg遗传平衡定律通过构造数学关系式来证明。 (3)基因在染色体上的线性排列采用概率分布优化距离的计算距离，使其更接近真实情况。 (4)关联分析通过假设检验看两个特征的关联有无统计显著性。 (5) 序列比对设计合适的算法可以有效降低计算复杂度。 (6)基因组学和其他的组学组学时代产生的大量数据需要依赖数据库技术来寻找生物分子之间的关联。 (7)微阵列芯片大规模芯片数据需要数据挖掘：聚类、关联、预测建模、异常检测。 2. DNA、protein、RNA序列比对及其算法 序列比对：为确定两个或多个序列之间的相似性以至于同源性，而将它们按照一定的规律排列。常用的方法有：点阵法，动态规划算法，k-tup 算法等。 （1）dotplot算法：通过点阵作图的方法表示，能很直观地氨基酸序列或核苷酸序列上的插入、删除、重复和反相重复。 算法步骤：将两条序列的碱基（或残基）分别沿x轴和y轴排列，依次比较两条序列的每个碱基（或残基），如果两个碱基（或残基）相同则在矩阵中填充点，这样就形成一个点矩阵。在点矩阵中，将对角线上的点连接起来，这些直线所对应的矩形区域就是这两条序列的相似性片段。 算法特点：该算法相似性片段实际上是相同的片段；而且不能提供相似性片段在统计学意义上的相似性。 （2）动态规划算法：分为全局动态规划算法和局部动态规划算法。保证了指定打分模型的情况下，两条序列能获得尽可能的最高分 算法步骤：①初始化序列矩阵；②将序列输入矩阵，计算分数并绘制箭头；③用箭头回溯找到最优得分路径；④连接最优路径，产生序列比对。 动态规划算法优缺点： 优点：对于一个给定的计分函数集合，能找到最优的比对 缺点：时间复杂度为O(n 2)，运行慢，计算所需的内存与序列长度的平方成正比，因此不适用于非常长序列的比对。 序列比对的定义，存在哪几种算法，打分矩阵是什么意思 序列比对：为确定两个或多个序列之间的相似性以至于同源性，而将它们按照一定的规律排列; 算法种类：动态规划算法、Smith-Waterman Alterations算法、FASTA - Hi Level Algorithm 算法、BLAST – Heuristic算法； 打分矩阵：通过点矩阵对序列比对进行积分，根据不同物质情况可分为DNA序列打分矩阵：等价矩阵、转换-颠换矩阵、blast矩阵；蛋白质打分矩阵：等价矩阵、遗传密码矩阵、疏水性矩阵、PAM矩阵、BLOSUM矩阵。 1.动态规划算法，给个表格可以把数字填出：
临沭三初生物教师课时备课 学科：生物年级：七学期教时总编号：4 课题青春期使用人时间 课时第 1 课时课型新授主备人卢传梅 教学目标1、知识目标（1）描述青春期的身体（生理）变化及心理变化特点； （2）知道青春期的卫生保健知识。 2、能力目标：（1）提高学生收集和处理信息的能力。 （2）培养学生自主探究与合作探究的能力。 3、情感态度与价值观：（1）在合作探究中培养学生之间的团结协作精神。 （2）学会接纳他人、理解他人，增进与他人沟通和协调的能力。 （3）树立健康的异性交往观念，明白异性交往应注意的一些准则。 （4）正视自己和同学的身心变化，与同学们一起健康的度过青春期。 重点难点重点：让学生了解青春期男女的性生理特点。 难点：让学生了解青春期男女的性心理特点，帮助学生树立健康的观念，正视自己及同学的性心理变化，与同学们一起健康的度过青春期。 教法学法 针对本节课内容的特点和本校的学生特点，采用对比观察法、自主探究法、合作探究法和情境评价法，并充分利用课文插图，运用直观演示法，加强学生感性认识，同时贯穿启发性原则，引导学生加深理解教材内容，树立正确的价值观念，健康度过青春期。 教学准备教师：收集资料并制作多媒体课件和问卷调查。学生：做好预习。 板书设计 第三节青春期 1、身体外型的变化：身高突增——显著特点 一、青春期的身体变化2、内脏机能健全：智力发育的黄金时期 3、男女性征的迅速发育：①卫生保健 ②持正确态度对待 1、常见的心理矛盾——学会处理 二、青春期的心理变化2、性意识的萌动——树立健康的观念和意识 *把精力集中到学知识、长才干上
教学过程 环节知识点教师活动学生活动估时二次备课 导入 自主探究合作交流 展示成果质疑深化 强化训练巩固提升问卷调查（只答 “是”、“不是”或“不 知道”）： ①你是岁身高 开始突增的？ ②男：你出现喉结了 吗？ 一、青春期身体的变 化： 投放问卷调查， 指导学生认真填 写。 教师组织学生 交流汇报自己每年 的身高增长值，结 合课本P14，绘制 自己每年的身高增 长曲线坐标图。（教 师指导）用实物投 影展示。 教师同时展示 出课本P14两幅坐 标图，引导学生对 比观察，并分组讨 论：①男孩和女孩 开始身高突增的年 龄有没有差别？② 你和本组同学的身 高变化与图中数据 完全一致吗？如有 出入，请分析原因。 ③男孩和女孩体形 的变化与睾丸和卵 巢的发育有关吗？ 你是怎样得出结论 的？ 课件展示：课 本P17第1题，让 学生思考这些变化 在自己身上是否发 生 进入青春期以 后，男女的性器官 都开始迅速发育， 并开始出现一些大 家羞于启齿的生理 现象，这都是正常 的生理现象，男女 同学都应了解。那 么，什么是遗精？ 什么是月经？女生 在月经期间如何保 护自己？ 认真填写问卷调查。 学生按照老师的要求认真 绘制，交流。 全班交流。各小组汇报结 果，教师适时的给予适当 的评价。 自学课本P15—P16， 自主探究，解决问题。 小组讨论，合作探究， 男女分别谈自己的“悄悄 话”。
一、名词解释(每小题4分,共20分) 1、生物信息学 广义：生命科学中的信息科学。生物体系和过程中信息的存贮、传递和表达；细胞、组织、器官的生理、病理、药理过程的中各种生物信息。 狭义：生物分子信息的获取、存贮、分析和利用。 2、人类基因组计划 人类基因组计划准备用15年时间，投入30亿美元，完成人类全部24条染色体的3×109脱氧核苷酸对(bp)的序列测定，主要任务包括作图(遗传图谱、物理图谱的建立及转录图谱的绘制)、测序和基因识别。其中还包括模式生物(如大肠杆菌、酵母、线虫、小鼠等)基因组的作图和测序，以及信息系统的建立。作图和测序是基本的任务，在此基础上解读和破译生物体生老病死以及和疾病相关的遗传信息。 3、蛋白质的一级结构 蛋白质的一级结构是指多肽链中氨基酸的序列 4、基因 基因--有遗传效应的DNA片断,是控制生物性状的基本遗传单位。 5、中心法则 是指遗传信息从DNA传递给RNA，再从RNA传递给蛋白质，即完成遗传信息的转录和翻译的过程。也可以从DNA传递给DNA，即完成DNA的复制过程。这是所有有细胞结构的生物所遵循的法则。 6 、DNA序列比较 序列比较的根本任务是：（1）发现序列之间的相似性；（2）辨别序列之间的差异 目的： 相似序列 相似的结构，相似的功能 判别序列之间的同源性 推测序列之间的进化关系 7、一级数据库 数据库中的数据直接来源于实验获得的原始数据，只经过简单的归类整理和注释 8、基因识别 基因识别，是生物信息学的一个重要分支，使用生物学实验或计算机等手段识别DNA 序列上的具有生物学特征的片段。基因识别的对象主要是蛋白质编码基因，也包括其他具有一定生物学功能的因子，如RNA基因和调控因子。 9、系统发生学 系统发生学(phylogenetics)——研究物种之间的进化关系。 10、基因芯片 基因芯片（gene chip），又称DNA微阵列（microarray），是由大量cDNA或寡核苷酸探针密集排列所形成的探针阵列，其工作的基本原理是通过杂交检测信息。
生物信息学实验教学大纲 纪律要求 1、上课之前由班长把关进入，不要放其他人员入内。 2、进入机房不得随便走动喧哗，有问题请举手。 3、一人一台电脑，用自己的帐号和密码上网。 4、不得上与上课内容无关的网站，不可进行网络聊天及听歌。 5、按时完成上课内容，在下次上课前提交实验报告。 6、自备U盘将有关软件带好。 实验一生物信息数据库信息检索 一、实验内容 1、了解NCBI、DDBJ、EMBL上网的方法自学各网站相关介绍。 2、了解北大生物信息学中心等几大中文生物信息学网站。 3、了解一些生物论坛中有关生物信息学的部分。如：Biooo和Bioon。 4、利用NCBI的Entrenz查询系统和EBI的SRS检索文献和核酸或蛋白质序列。 （phyA）并对照所学复习各字段的含义。 5、将所得记录的ID或Accession记录下来备用。 二、作业 1、记录相关网站及论坛网址（或如何查询到该网址的方法）。 2、找到编码拟南芥（arabidopsis）phyA（光敏色素A）蛋白的核酸序列编号。 并记录查找过程。 3、使用pubmed检查关键词phyA，记录检索出的条目数目。 实验二核酸及蛋白质序列的比对 一、实验内容 利用检索出的蛋白质和核酸序列进行序列比对并进行分子进化树分析。 二、实验步骤 1、键入上次实验获得的phyA的核酸序列编号（NM_100828），获得核酸及蛋白 质序列。利用blastx程序寻找与phyA蛋白质序列相似性的序列→选择下列序列：sorghum propinquum（高粱）；zea mays（玉米）；oat（燕麦）；potato （马铃薯）；arabidopsis thaliana（拟南芥）；cyrtosia septentrionalis（血红肉果兰）→点击get select sequence按钮显示序列为纯文本格式文件→分别命名为各自的文件名保存在本地电脑上备用。 2、在数字基因网https://www.doczj.com/doc/243573525.html,/找到dnaman及clustalx软件安装并进
暨南大学考试试卷 注意： 1. 本考试只有相对正确的答案，无论你如何作答，只要写出足够强的论证的理由和过程来 支撑你的观点，并且不违反课程内讲授的基本原理，即算正确。 2. 考试形式为机考，请自备电脑。回答可直接写在本文件里，要写出过程和明确的结论。 最终答卷以PDF形式现场提交以避免乱码和篡改，文件名请统一命名为“学号-姓名.pdf”，例如2013042213-张三.pdf。不按此格式命名文件名者将一律没有成绩！ 3. 考试完毕，请用U盘将写好的报告PDF文档拷到监考老师的电脑上，或于考试结束后 15分钟内发邮件至zhanggong@https://www.doczj.com/doc/243573525.html,，注明主题“期末考试”。 4. 本试卷分为4小题，各题分数分别为20、30、30、20 分，满分100分。 人卵细胞受精到胚胎发育极早期，经历如下阶段： -卵细胞(oocyte) -前核(pronuclei) -受精卵(zygote) -2-细胞期 -4-细胞期 -8-细胞期 -桑椹胚(morula) 为研究在发育过程中的转录调控，研究者对以上时期的细胞进行了单细胞测序。测序仪使用Illumina HiSeq-2000，采用双端100nt测序方式。测序数据的第一端用FANSe2算法云分析平台进行一键式定量分析，得到28个基因表达定量文件(*_SVmerge.txt)。请通过推理和分析，回答以下问题： 1.真核生物中，同一个基因往往可以通过可变剪切的方式，生成若干个不同的 剪切变体。请问云平台分析的这批数据，是如何处理同一基因的不同剪切变体的？这种测序方式有没有可能定量不同的剪切变体？为什么？
暨南大学《生物信息学（本科生版）》试卷考生姓名、学号： 2.Oocyte, zygote, pronuclei, morula阶段都做了生物学重复，请问其重复性好不 好？如果不好，有哪些因素会造成重复性不好？会不会影响结论？ 3.发育生物学课本上就已经说道，2-细胞期、4-细胞期、8-细胞期的每一个细胞 都不一样。受精卵已有植物极和动物极之分，在第一次卵裂的2-细胞期中，植物极和动物极被分开；然后继续进行两次纵向卵裂，形成上部4个动物极细胞和下部8个植物极细胞。将来动物极细胞发育成外胚层，植物极细胞发育成内胚层。也就是说，一个胚胎的若干个细胞之间就有不同，其转录组应该有不同。那么，同期的细胞之间差异大，还是不同期之间差异大？这些差异是由发育阶段所致，还是由于单细胞测序的随机性误差所致？ 4.哪些基因是“管家基因”(housekeeping gene)，哪些基因是只在未受精卵细胞中 有表达的？这两部分基因的mRNA长度分布有没有统计学意义上的差别？ （RefSeq-RNA数据库里面所有的mRNA序列都在Human_hg19_refMrna20150317.fa文件中）