过表达慢病毒载体构建和包装手册
Version1.0
吉凯基因
二零一一年五月
目录
简介 (3)
第一部分过表达慢病毒载体的制备
实验流程 (4)
实验材料 (5)
过表达克隆制备 (6)
第二部分慢病毒包装与滴度检测
实验流程 (17)
实验材料 (18)
L e n t i v i r u s病毒包装 (21)
病毒的收获及浓缩 (22)
L e n t i v i r u s滴度测定 (24)
参考文献 (33)
简介
慢病毒（Lentivirus）载体是以人类免疫缺陷型病毒（HIV）为基础发展起来的基因治疗载体，它对分裂细胞和非分裂细胞均具有感染能力，并可以在体内较长期的表达且安全性高。吉凯基因提供的慢病毒为“自杀”性病毒，即病毒感染目的细胞后不会再感染其他细胞，也不会利用宿主细胞产生新的病毒颗粒。慢病毒中的毒性基因已经被剔除并被外源性目的基因所取代，属于假型病毒。但该病毒仍然具有可能的潜在的生物学危险，吉凯基因建议不要使用编码已知或可能会致癌的基因的假型病毒，除非已经完全公认某个基因肯定没有致癌性，否则均不建议采用假型病毒进行生物学实验。
吉凯基因慢病毒载体系统由GV慢病毒载体系列、pHelper 1.0载体和pHelper 2.0载体三质粒组成。GV慢载体中含有HIV的基本元件5’LTR和3’LTR以及其他辅助元件，例如WRE (woodchuck hepatitis virus posttranscriptional regulatory element)。通常根据不同的实验目的针对GV载体改造以进行基因功能研究。pHelper 1.0载体中含有HIV病毒的gag基因，编码病毒主要的结构蛋白；pol基因，编码病毒特异性的酶；rev基因，编码调节gag和pol基因表达的调节因子。pHelper 2.0载体中含有单纯疱疹病毒来源的VSV-G基因，提供病毒包装所需要的包膜蛋白。
吉凯基因过表达慢病毒产品可通过对GV慢病毒载体的改造和病毒包装，获得带有特定基因序列的慢病毒颗粒，以满足不同的实验需求。
本手册为吉凯基因RNAi慢病毒载体的构建和病毒包装的通用操作流程，目的是为了方便大家交流使用，部分细节内容未能做到一一详述，敬请谅解。同时希望大家能够针对手册中的错误和问题，提出宝贵的意见。
第一部分过表达慢病毒载体的制备
一、流程图
从含有目的基因的质粒中，利用PCR方法钓取目的基因，将目的载体进行酶切，酶切产物电泳回收后进行交换，其产物转化细菌感受态细胞。对长出的克隆先进行菌落PCR鉴定，再对PCR 鉴定阳性的克隆进行测序和比对分析，比对正确的即为构建成功的目的质粒。
二、实验材料描述
a)主要试剂
试剂名称试剂来源cat.No. 1kp DNA ladder Marker Fermentas公司#SM0311 250bp DNA ladder Marker 捷瑞公司DL250+,100T 琼脂糖赛百盛公司GA4-100 限制性内切酶NEB公司R0136V
In-Fusion? PCR Cloning Kit clontech 639626 Taq polymerase SinoBio E001-02B dNTP Takara D4030A
Primer 捷瑞生物
Plasmid 抽提Kit Promega A1460
b)主要仪器
仪器名称仪器来源cat. No.
PCR仪Applied Biosystems公司2720 thermal
cycler
positive clone 测序美季生物技术ABI3730型稳压DNA电泳仪BioRad公司
凝胶成像仪天能公司
细菌摇床华利达实验设备公司HI-9211K 细菌培养箱上海一恒科学仪器有限公司
Gilson移液器吉尔森公司
高速离心机日立公司TGL-16G-A
三、过表达克隆制备
——以STK39基因为例描述详细实验过程1.基因信息：
Symbol：STK39
Accession：NM_013233
Organism：Human
Description：Homo sapiens serine threonine kinase 39 (STK39), mRNA. 2.工具载体:
3.载体酶切：
酶切反应温度：37℃
酶切反应时间：2 h
酶切反应体系：
1.1.1 载体酶切结果：
1.2 目的基因片段的获取 1.
2.1 引物
引物说明：含交换配对碱基、酶切位点（下划线标记的），表达增强序列（双下划线记的）以及目的基因5’端部分序列用于PCR 钓取目的基因
1.2.2 PCR 扩增目的基因片段
PCR 反应体系：
PCR 反应条件：
94℃ 5 min 94℃ 30 sec 55℃ 30 sec 72℃ 2 min 72℃ 10 min 4℃ ∞
1.2.3 PCR 结果
30 cycle
1.3重组质粒构建
模式图
1.3.1PCR产物交换入线性化表达载体
反应条件：
25℃30分钟→42℃15分钟
反应体系：
反应体系(μL): 阳性对照自连对照实验组
dd H2O 17.5-X-Y 17.5-X 17.5-X-Y
10 ×In-Fusion交换酶缓冲液 2 2 2
In-Fusion交换酶0.5 0.5 0.5
线性化载体DNA X X X
纯化后PCR产物片段Y 0 Y
Total 20 20 20
说明：
a)加入的线性化载体DNA和纯化的PCR产物的摩尔数比例为：1：3~1：9之间
b)阳性对照加入的纯化的PCR产物为GAPDH基因（同样带有交换臂）
1.3.2制备感受态细胞：
配置下述溶液：
1)0.1M CaCl2溶液，以0.22μm过滤除菌。
2)250mM KCl2溶液。
3)2M MgCl2溶液，高压灭菌。
4)SOB: 1ml 250mM KCl2溶液加入100ml LB，以5M NaOH 调PH值至7.0，高压灭
菌，临用前加入0.5ml 2M MgCl2溶液。
用氯化钙制备新鲜的大肠杆菌感受态细胞
1)从于37o C培养16小时的新鲜平板中挑取一个单菌落，转到一个含有100 ml LB培养基
的1 L烧瓶中。于37o C剧烈振摇培养3 小时(旋转摇床，300转／分)。
2)在无菌条件下将细菌转移到一个无菌、一次性使用的、用冰预冷的50 ml聚丙烯管中，在
冰上放置10分钟，使培养物冷却至0o C。
3)于4 o C, 以4000转／分离心10分钟，回收细胞。
4)倒出培养液，将管倒置1分钟,使最后残留的痕量培养液流尽。
5)以10 ml用冰预冷的0.1 mol／L CaCl2重悬每份沉淀，放置于冰浴上。
6)于4o C，以4000转／分离心10分钟，回收细胞。
7)倒出培养液，将管倒置1分钟,使最后残留的痕量培养液流尽。
8)每50 ml初始培养物用2 ml用冰预冷的0.1 mol/L CaCl2重悬每份细胞沉淀。
9)将细胞分装成小份，放于-70o C冻存。
（感受态细胞制备参考：分子克隆实验指南第二版55页）
1.3.3转化：
1)用冷却的无菌吸头从每种感受态细胞悬液中各取200 μL转移到无菌的微量离心管中，每
管加10 μL 连接液，轻轻旋转以混匀内容物，在冰中放置30分钟。
2)将管放到预加温到42℃的循环水浴中放好的EP管架上，恰恰放置90秒，不要摇动EP管
架。
3)快速将管转移到冰浴中，使细胞冷却l—2分钟。
4)每管加800 μL LB培养基。用水浴将培养基加温至37℃，然后将管转移到37℃摇床上，
温育45分钟使细菌复苏。
5)将150 μL已转化的感受态细胞转移到AMP抗性（100ug/ml）的LB琼脂培养基上。
6)将平板置于室温直至液体被吸收。
7)倒置平皿，于37℃培养，16小时。
8)长出的克隆进行后续PCR鉴定。
（转化操作参考：分子克隆实验指南第二版55-56页）
1.4阳性克隆的PCR鉴定
1.4.1引物
引物说明：本对引物一个位于目的基因中，一个位于载体上，用于菌落PCR 鉴定转化子
1.4.2 PCR 鉴定
PCR 反应体系：
PCR 反应条件：
94℃ 3 min 94℃ 30 sec 60℃ 30 sec 72℃ 30 sec 72℃ 5 min 4℃ ∞
1.4.3 PCR 结果
30 cycle
样品说明：
接种阳性转化子，37℃培养16小时后保存为甘油菌，分装200μL送测序
1.5阳性克隆测序结果及结果分析：
>ref|NM_016866.2| Mus musculus serine/threonine kinase 39, STE20/SPS1 homolog (yeast)
(Stk39), mRNA
gb|BC064443.1| Mus musculus serine/threonine kinase 39, STE20/SPS1 homolog (yeast),
mRNA (cDNA clone MGC:69607 IMAGE:6843981), complete
cds
Length=3268
GENE ID: 53416 Stk39 | serine/threonine kinase 39, STE20/SPS1 homolog (yeast) [Mus musculus] (Over 10 PubMed links)
Score = 3083 bits (1669), Expect = 0.0
Identities = 1669/1669 (100%), Gaps = 0/1669 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 84 CATGGCGGAGCCGAGCGGCTCGCCTGTGCACGTCCAGCTTTCCCAGCA ggcggccccggt 143 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 104 CATGGCGGAGCCGAGCGGCTCGCCTGTGCACGTCCAGCTTTCCCAGCAGGCGGCCCCGGT 163
Query 144 gacagcggcggcggcgacggccccggcggccgcgacatcagcaccagccccggccccggc 203 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 164 GACAGCGGCGGCGGCGACGGCCCCGGCGGCCGCGACATCAGCACCAGCCCCGGCCCCGGC 223
Query 204 cccggctccggcggcgtccgcagccccggccccggctccagctgctgctccagccccggc 263 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 224 CCCGGCTCCGGCGGCGTCCGCAGCCCCGGCCCCGGCTCCAGCTGCTGCTCCAGCCCCGGC 283
Query 264 ccc GGCAGCTCAGGCGGTCGGCTGGCCCATCTGCAGGGACGCGTACGAGCTCCAGGAGGT 323 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 284 CCCGGCAGCTCAGGCGGTCGGCTGGCCCATCTGCAGGGACGCGTACGAGCTCCAGGAGGT 343
Query 324 TATCGGCAGCGGAGCAACTGCGGTGGTTCAGGCAGCCCTATGCAAACCCAGGCAAGAACG 383 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 344 TATCGGCAGCGGAGCAACTGCGGTGGTTCAGGCAGCCCTATGCAAACCCAGGCAAGAACG 403
Query 384 CGTAGCCATAAAGCGGATCAACTTGGAAAAATGCCAGACGAGTATGGATGAACTCCTGAA 443 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 404 CGTAGCCATAAAGCGGATCAACTTGGAAAAATGCCAGACGAGTATGGATGAACTCCTGAA 463
Query 444 AGAAATTCAAGCCATGAGCCAATGCAGCCATCCCAACGTAGTGACTTATTACACCTCCTT 503 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 464 AGAAATTCAAGCCATGAGCCAATGCAGCCATCCCAACGTAGTGACTTATTACACCTCCTT 523
Query 504 TGTGGTCAAAGATGAGCTGTGGCTGGTCATGAAATTACTAAGTGGAGGTTCCATGTTGGA 563 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 524 TGTGGTCAAAGATGAGCTGTGGCTGGTCATGAAATTACTAAGTGGAGGTTCCATGTTGGA 583
Query 564 TATCATCAAATACATCGTTAATCGAGGAGAACATAAAAATGGTGTCCTAGAAGAGGCGAT 623 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 584 TATCATCAAATACATCGTTAATCGAGGAGAACATAAAAATGGTGTCCTAGAAGAGGCGAT 643
Query 624 AATTGCAACAATTCTTAAGGAGGTTTTGGAAGGTTTAGACTATCTGCACAGAAACGGTCA 683 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 644 AATTGCAACAATTCTTAAGGAGGTTTTGGAAGGTTTAGACTATCTGCACAGAAACGGTCA 703
Query 684 GATCCATAGGGATTTGAAAGCTGGAAATATTCTTCTGGGTGAGGATGGCTCAGTACAAAT 743 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 704 GATCCATAGGGATTTGAAAGCTGGAAATATTCTTCTGGGTGAGGATGGCTCAGTACAAAT 763
Query 744 AGCAGATTTTGGAGTAAGCGCATTCTTAGCCACAGGGGGTGATGTTACACGGAATAAAGT 803 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 764 AGCAGATTTTGGAGTAAGCGCATTCTTAGCCACAGGGGGTGATGTTACACGGAATAAAGT 823
Query 804 CAGAAAAACATTTGTTGGTACCCCATGTTGGATGGCCCCTGAAGTCATGGAACAGGTGAG 863 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 824 CAGAAAAACATTTGTTGGTACCCCATGTTGGATGGCCCCTGAAGTCATGGAACAGGTGAG 883
Query 864 AGGCTATGACTTCAAGGCTGATATGTGGAGTTTTGGAATAACTGCCATTGAATTAGCAAC 923 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 884 AGGCTATGACTTCAAGGCTGATATGTGGAGTTTTGGAATAACTGCCATTGAATTAGCAAC 943
Query 924 CGGAGCAGCGCCTTACCACAAATACCCTCCAATGAAAGTGCTAATGCTGACTTTGCAAAA 983 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 944 CGGAGCAGCGCCTTACCACAAATACCCTCCAATGAAAGTGCTAATGCTGACTTTGCAAAA 1003
Query 984 TGACCCGCCCACTTTAGAAACTGGTGTAGAGGATAAAGAAATGATGAAAAAATACGGCAA 1043 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1004 TGACCCGCCCACTTTAGAAACTGGTGTAGAGGATAAAGAAATGATGAAAAAATACGGCAA 1063
Query 1044 GTCCTTCAGAAAGTTACTGTCACTGTGTCTTCAGAAAGATCCTTCCAAAAGGCCCACAGC 1103 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1064 GTCCTTCAGAAAGTTACTGTCACTGTGTCTTCAGAAAGATCCTTCCAAAAGGCCCACAGC 1123
Query 1104 AGCAGAACTTTTAAAATGCAAGTTCTTCCAGAAAGCCAAGAACAGAGAGTACCTGATCGA 1163 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1124 AGCAGAACTTTTAAAATGCAAGTTCTTCCAGAAAGCCAAGAACAGAGAGTACCTGATCGA 1183
Query 1164 GAAGCTGCTGACAAGAACCCCAGACATAGCCCAAAGAGCCAAGAAGGTAAGGCGAGTTCC 1223 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1184 GAAGCTGCTGACAAGAACCCCAGACATAGCCCAAAGAGCCAAGAAGGTAAGGCGAGTTCC 1243
Query 1224 TGGGTCGAGCGGTCACCTTCATAAGACTGAAGACGGCGACTGGGAGTGGAGCGATGACGA 1283 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1244 TGGGTCGAGCGGTCACCTTCATAAGACTGAAGACGGCGACTGGGAGTGGAGCGATGACGA 1303
Query 1284 GATGGATGAGAAGAGCGAGGAGGGGAAGGCAGCCGCCTCCCAAGAGAAGTCACGAAGAGT 1343 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1304 GATGGATGAGAAGAGCGAGGAGGGGAAGGCAGCCGCCTCCCAAGAGAAGTCACGAAGAGT 1363
Query 1344 AAAAGAAGAGAACTCAGAGATCTCGGTGAATGCTGGTGGCATCCCTGAGCAAATACAGTC 1403 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1364 AAAAGAAGAGAACTCAGAGATCTCGGTGAATGCTGGTGGCATCCCTGAGCAAATACAGTC 1423
Query 1404 TCTCTCTGTGCACGACTCTCAGGCCCAACCAAACGCTAATGAAGACTACAGAGAAGGTCC 1463 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1424 TCTCTCTGTGCACGACTCTCAGGCCCAACCAAACGCTAATGAAGACTACAGAGAAGGTCC 1483
Query 1464 TTGTGCAGTCAACCTTGTTTTAAGATTAAGAAACTCCAGAAAGGAACTTAATGACATACG 1523 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1484 TTGTGCAGTCAACCTTGTTTTAAGATTAAGAAACTCCAGAAAGGAACTTAATGACATACG 1543
Query 1524 ATTTGAGTTTACTCCAGGAAGAGATACAGCAGACGGTGTGTCTCAGGAGCTCTTCTCTGC 1583 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1544 ATTTGAGTTTACTCCAGGAAGAGATACAGCAGACGGTGTGTCTCAGGAGCTCTTCTCTGC 1603
Query 1584 TGGCTTGGTTGACGGCCATGATGTAGTTATAGTGGCTGCTAATTTACAGAAGATTGTAGA 1643 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1604 TGGCTTGGTTGACGGCCATGATGTAGTTATAGTGGCTGCTAATTTACAGAAGATTGTAGA 1663
Query 1644 TGACCCCAAAGCTTTAAAAACGTTGACATTTAAGTTGGCTTCTGGCTGCGATGGGTCGGA 1703 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1664 TGACCCCAAAGCTTTAAAAACGTTGACATTTAAGTTGGCTTCTGGCTGCGATGGGTCGGA 1723
Query 1704 GATTCCTGATGAAGTGAAGCTGATCGGGTTCGCCCAGTTGAGTGTGAGC 1752
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1724 GATTCCTGATGAAGTGAAGCTGATCGGGTTCGCCCAGTTGAGTGTGAGC 1772
比对说明：Query是我们得到的测序结果；Sbjct是目标基因序列；Identities =100%，说明测序结果与目标序列完全一致
第二部分慢病毒包装与滴度检测
一、实验流程
制备编码慢病毒颗粒的重组病毒质粒及其两种辅助包装原件载体质粒，三种质粒载体分别进行高纯度无内毒素抽提，按Invitrogen公司Lipofectamine 2000使用说明进行共转染293T 细胞，转染后8 h 更换为完全培养基，培养48h后，收集富含慢病毒颗粒的细胞上清液，对其浓缩后得到高滴度的慢病毒浓缩液，在293T细胞中测定并标定病毒滴度。在一定滴度范围内的慢病毒颗粒可以满足大部分体内体外实验需求，流程图见Fig.6。
二、实验材料
1.细胞株
293T，慢病毒的包装细胞，为贴壁依赖型成上皮样细胞，生长培养基为DMEM(含10% FBS)。贴壁细胞经培养生长增殖形成单层细胞。
2.菌株
大肠杆菌菌株DH5α。用于扩增慢病毒载体和辅助包装载体质粒。
3.病毒载体
1)GV载体图谱：
[具体结构请参考“第一部分过表达慢病毒载体的制备”]
2)pHelper 1.0载体图谱：
3)pHelper 2.0载体图谱：
DNA溶液的制备：以Qiagen公司的质粒抽提试剂盒提取慢病毒包装系统中三种质粒DNA，质粒DNA溶于除菌的TE中，以紫外光吸收法测定其浓度及纯度，保证所提质粒DNA 的
A260/A280在1.8～2.0之间。
4.试剂
试剂名称试剂来源Cat.No.
台盼兰上海捷倍思基因技术有限公司
胎牛血清FBS 上海微科生化试剂有限公司A11-102 DMSO 上海生物试剂厂
DMEM GIBCO 12800-017
胰酶上海化学试剂公司
Lipofectamine 2000 Invitrogen 11668-500
5.仪器
仪器名称仪器来源Cat.No.
荧光显微镜奥林帕斯micropublisher 3.3RTV CO2培养箱日本三洋SANYO MCO-175
Plus-20离心超滤装置MILLIPORE ufc910024
过表达慢病毒载体构建和包装手册 Version1.0 吉凯基因 二零一一年五月
目录 简介 (3) 第一部分过表达慢病毒载体的制备 实验流程 (4) 实验材料 (5) 过表达克隆制备 (6) 第二部分慢病毒包装与滴度检测 实验流程 (17) 实验材料 (18) L e n t i v i r u s病毒包装 (21) 病毒的收获及浓缩 (22) L e n t i v i r u s滴度测定 (24) 参考文献 (33)
简介 慢病毒（Lentivirus）载体是以人类免疫缺陷型病毒（HIV）为基础发展起来的基因治疗载体，它对分裂细胞和非分裂细胞均具有感染能力，并可以在体内较长期的表达且安全性高。吉凯基因提供的慢病毒为“自杀”性病毒，即病毒感染目的细胞后不会再感染其他细胞，也不会利用宿主细胞产生新的病毒颗粒。慢病毒中的毒性基因已经被剔除并被外源性目的基因所取代，属于假型病毒。但该病毒仍然具有可能的潜在的生物学危险，吉凯基因建议不要使用编码已知或可能会致癌的基因的假型病毒，除非已经完全公认某个基因肯定没有致癌性，否则均不建议采用假型病毒进行生物学实验。 吉凯基因慢病毒载体系统由GV慢病毒载体系列、pHelper 1.0载体和pHelper 2.0载体三质粒组成。GV慢载体中含有HIV的基本元件5’LTR和3’LTR以及其他辅助元件，例如WRE (woodchuck hepatitis virus posttranscriptional regulatory element)。通常根据不同的实验目的针对GV载体改造以进行基因功能研究。pHelper 1.0载体中含有HIV病毒的gag基因，编码病毒主要的结构蛋白；pol基因，编码病毒特异性的酶；rev基因，编码调节gag和pol基因表达的调节因子。pHelper 2.0载体中含有单纯疱疹病毒来源的VSV-G基因，提供病毒包装所需要的包膜蛋白。 吉凯基因过表达慢病毒产品可通过对GV慢病毒载体的改造和病毒包装，获得带有特定基因序列的慢病毒颗粒，以满足不同的实验需求。 本手册为吉凯基因RNAi慢病毒载体的构建和病毒包装的通用操作流程，目的是为了方便大家交流使用，部分细节内容未能做到一一详述，敬请谅解。同时希望大家能够针对手册中的错误和问题，提出宝贵的意见。
慢病毒（Lentivirus）载体是以HIV-1（人类免疫缺陷I型病毒）为基础发展起来的基因治疗载体。区别一般的逆转录病毒载体，它对分裂细胞和非分裂细胞均具有感染能力。 基本概述 慢病毒载体的研究发展得很快，研究的也非常深入。该载体可以将外源基因有效地整合到宿主染色体上，从而达到持久性表达。在感染能力方面可有效地感染神经元细胞、肝细胞、心肌细胞、肿瘤细胞、内皮细胞、干细胞等多种类型的细胞，从而达到良好的的基因治疗效果，在美国已经开展了临床研究，效果非常理想，因此具有广阔的应用前景。 慢病毒的应用 目前慢病毒也被广泛地应用于表达RNAi的研究中。由于有些类型细胞脂质体转染效果差，转移到细胞内的siRNA半衰期短，体外合成siRNA对基因表达的抑制作用通常是短暂的，因而使其应用受到较大的限制。采用事先在体外构建能够表达siRNA的载体, 然后转移到细胞内转录siRNA的策略，不但使脂质体有效转染的细胞种类增加，而且对基因表达抑制效果也不逊色于体外合成siRNA，在长期稳定表达载体的细胞中，甚至可以发挥长期阻断基因表达的作用。在所构建的siRNA表达载体中，是由RNA聚合酶Ⅲ启动子来指导RNA合成的，这是因为RNA聚合酶Ⅲ有明确的起始和终止序列，而且合成的RNA不会带poly A尾。当RNA聚合酶Ⅲ遇到连续4个或5个T时，它指导的转录就会停止，在转录产物3’端形成1~4个U。U6和H1 RNA启动子是两种RNA聚合酶Ⅲ依赖的启动子，其特点是启动子自身元素均位于转录区的上游，适合于表达～21ntRNA和～50ntRNA茎环结构（stem loop）。在siRNA表达载体中，构成siRNA的正义与反义链，可由各自的启动子分别转录,然后两条链互补结合形成siRNA；也可由载体直接表达小发卡状RNA(small hairpin RNA, shRNA), 载体包含位于RNA聚合酶Ⅲ启动子和4～5T转录终止位点之间的茎环结构序列，转录后即可折叠成具有1~4 个U 3 ’ 突出端的茎环结构，在细胞内进一步加工成siRNA。构建载体前通常要通过合成siRNA的方法，寻找高效的siRNA，然后从中挑选符合载体要求的序列，将其引入siRNA表达载体。 慢病毒载体 慢病毒载体（Lentiviral vector）较逆转录病毒载体有更广的宿主范围，慢病毒能够有效感染非周期性和有丝分裂后的细胞。慢病毒载体能够产生表达shRNA的高滴度的慢病毒，在周期性和非周期性细胞、干细胞、受精卵以及分化的后代细胞中表达shRNA，实现在多种类型的细胞和转基因
一、包装细胞293T 细胞的培养 一、293T 细胞的冻存 1. 随着传代的次数增加，293T 细胞会出现生长状态下降，出现突变等。所以要在细胞购进时就进行冻存。 2. 在细胞对数生长期进行冻存，增加细胞复苏成活率。 3. 倒去细胞上清液，加入D-Hank's 液洗去残留的培养基。 4. 加入0.25% 的胰酶，消化10-20s 后倒去。 5. 镜下观察细胞变圆，细胞间间隙加大时，加入新鲜培养基吹打混匀。 6. 细胞计数。 7. 将细胞离心，1000rpm ，2min 。 8. 根据计数结果加入细胞冻存液（70% 完全培养基+20%FBS+10% DMSO ）重悬细胞，密度为3X 10 6个/ml。 10. 第二天将细胞放入液氮灌，并记录。 二、293T 细胞的传代 1. 当细胞生长至汇合率达到80~90% 需要对细胞进行传代操作，以扩大细胞数量，维持细胞良好的生长状态。 2. 消化细胞，方法同上。 3. 细胞离心结束后，加入完全培养基重悬。密度为 3 X10 5个/ml。 4. 分到10cm 培养皿中，10ml/ 皿。 三、293T 细胞的复苏 1. 当细胞传代次数过多（超过50 代），细胞状态变差时或细胞出现污染事故时，需要丢弃并对开始冻存的细胞进行复苏。 2. 打开水浴锅，设置温度为40 C。 3. 查看细胞库记录，根据记录从液氮灌中取出冻存的细胞（需戴上棉手套，防止被冻伤），迅速丢入水浴锅中并快速晃动，在1~2 min 内使细胞溶液完全溶解。 4. 将1ml 细胞溶液加入9 ml 完全培养基中并混匀后转入10cm 培养皿。 5. 放回37 C、3%CO 2和95%相对湿度的培养箱中培养。 6. 第二天观察细胞存活率。倒掉旧的培养基，加入10ml 新鲜培养基。 二、慢病毒的包装、浓缩和滴度测定 1. 所用病毒检测引物为WPRE 特异引物，序列如下 只供学习与交流
慢病毒载体包装构建过程 原理：慢病毒载体可以将外源基因或外源的shRNA有效地整合到宿主染色体上，从而达到持久性表达目的序列的效果。在感染能力方面可有效地感染神经元细胞、肝细胞、心肌细胞、肿瘤细胞、内皮细胞、干细胞等多种类型的细胞，从而达到良好的的基因治疗效果。对于一些较难转染的细胞，如原代细胞、干细胞、不分化的细胞等，使用慢病毒载体，能大大提高目的基因或目的shRNA的转导效率，且目的基因或目的shRNA整合到宿主细胞基因组的几率大大增加，能够比较方便快捷地实现目的基因或目的shRNA的长期、稳定表达。 概念：慢病毒载体是指以人类免疫缺陷病毒-1 (H IV-1) 来源的一种病毒载体，慢病毒载体包含了包装、转染、稳定整合所需要的遗传信息，是慢病毒载体系统的主要组成部分。携带有外源基因的慢病毒载体在慢病毒包装质粒、细胞系的辅助下，经过病毒包装成为有感染力的病毒颗粒，通过感染细胞或活体组织，实现外源基因在细胞或活体组织中表达。 辅助成分：慢病毒载体辅助成分包括：慢病毒包装质粒和可产生病毒颗粒的细胞系。 慢病毒载体包含了包装、转染、稳定整合所需要的遗传信息。慢病毒包装质粒可提供所有的转录并包装RNA 到重组的假病毒载体所需要的所有辅助蛋白。为产生高滴度的病毒颗粒，需要利用表达载体和包装质粒同时共转染细胞，在细胞中进行病毒的包装，包装好的假病毒颗粒分泌到细胞外的培养基中，离心取得上清液后，可以直接用于宿主细胞的感染，目的基因进入到宿主细胞之后，经过反转录，整合到基因组，从而高水平的表达效应分子。 基本原理：慢病毒载体系统由两部分组成，即包装成分和载体成分。
包装成分：由HIV-1基因组去除了包装、逆转录和整合所需的顺式作用序列而构建，能够反式提供产生病毒颗粒所必需的蛋白。包装成分通常被分开构建到两个质粒上，一个质粒表达Gag和Pol蛋白，另一个质粒表达Env蛋白，其目的也是降低恢复成野生型病毒的可能。将包装成分与载体成分的3个质粒共转染细胞(如人肾293T细胞)，即可在细胞上清中收获只有一次性感染能力而无复制能力的、携带目的基因的HIV-1载体颗粒。 载体成分：与包装成分互补，即含有包装、逆转录和整合所需的HIV顺式作用序列，同时具有异源启动子控制下的多克隆位点及在此位点插入的目的基因。 为降低两种成分同源重组恢复成野生型病毒的可能，需尽量减少二者的同源性，如将包装成分上5′LTR换成巨细胞病毒(CMV)立即早期启动子、3′LTR换成SV40 polyA等。 一、实验流程（1和2为并列步骤） 1.慢病毒过表达质粒载体的构建 设计上下游特异性扩增引物，同时引入酶切位点，PCR(采用高保真KOD酶，3K内突变率为0%)从模板中（CDNA质粒或者文库）调取目的基因CDS区（coding sequence）连入T载体。将CDS区从T载体上切下，装入慢病毒过表达质粒载体。 2.慢病毒干扰质粒载体的构建 合成siRNA对应的DNA颈环结构，退火后连入慢病毒干扰质粒载体 3. 慢病毒载体的包装与浓缩纯化 制备慢病毒穿梭质粒及其辅助包装原件载体质粒，三种质粒载体分别进行高纯度无内毒素抽提，共转染293T细胞，转染后6 h 更换为完全培养基，培养24和48h后，分别收集富含
LentiCRISPRv2 and lentiGuide-Puro: lentiviral CRISPR/Cas9 and single guide RNA CRISPR (C lustered R egularly I nterspaced S hort P alindromic R epeats) is a microbial nuclease system involved in defense against invading phages and plasmids. CRISPR loci in microbial hosts contain a combination of CRISPR-associated (Cas) genes as well as non-coding RNA elements capable of programming the specificity of the CRISPR-mediated nucleic acid cleavage. Lentiviral CRISPR/Cas can infect a broad variety of mammalian cells by co-expressing a mammalian codon-optimized Cas9 nuclease along with a single guide RNA (sgRNA) to facilitate genome editing (Shalem*, Sanjana*, et al., Science 2014). Protocols for cloning into the lentiviral transfer plasmid and general considerations for producing lentivirus are described below. Separate protocols are available for amplifying the genome-scale CRISPR knock-out (GeCKO) libraries. This protocol is for creating individual lentiviral CRISPR plasmids targeting a single genomic locus. lentiCRISPRv2 (one vector system): This plasmid contains two expression cassettes, hSpCas9 and the chimeric guide RNA. The vector can be digested using BsmB I, and a pair of annealed oligos can be cloned into the single guide RNA scaffold. The oligos are designed based on the target site sequence (20bp) and needs to be flanked on the 3' end by a 3bp NGG PAM sequence, as shown on the next page. lentiGuide-Puro (two vector system): This plasmid expressed only the chimeric guide RNA. It does not contain Cas9. Please use lentiCas9-Blast (a separate lentiviral construct that delivers hSpCas9 and blasticidin resistance) to first integrate Cas9 into your cell line. The lentiGuide-Puro vector can be digested using BsmB I, and a pair of annealed oligos can be cloned into the single guide RNA scaffold. The oligos are designed based on the target site sequence (20bp) and needs to be flanked on the 3' end by a 3bp NGG PAM sequence, as shown on the next page. Which vector to use: lentiCRISPRv2 is identical to the original lentiCRISPRv1 but produces nearly 10X higher titer virus. lentiGuide-Puro produces >100X higher titer virus over lentiCRISPRv1 and should be used in cell lines where Cas9 has already been integrated in (e.g. using the separate lentiCas9-Blast lentivirus). For applications where Cas9 cannot first be introduced (e.g. primary cells), lentiCRISPRv2 is recommended. After transduction, use puromycin to select for cells with lentiCRISPRv2 or lentiGuide-Puro. Lentiviral production: Before starting any lentiviral work, please ensure compliance with your Environmental Health and Safety office and government/organization/university. Briefly, to make lentivirus, a transfer plasmid (e.g. lentiCRISPRv2 or lentiGuide-Puro) must be co-transfected into HEK293(F)T cells with the packaging plasmids pVSVg (AddGene 8454) and psPAX2 (AddGene 12260). As a positive control for viral production, we often use a CMV-EGFP lentiviral transfer plasmid (eg. AddGene 19319). Target design notes and online resources: For application of Cas9 for site-specific genome editing in eukaryotic cells and organisms, we have computationally identified suitable target sites for the S. pyogenes Cas9 and calculated most likely off-targets within the genome. Please visit https://www.doczj.com/doc/0414238835.html, to access these Cas9 target design tools. Complete plasmid sequences, protocols, a discussion forum and additional information can be found at the Zhang Lab GeCKO website: https://www.doczj.com/doc/0414238835.html,/gecko/ . Citation: Please reference the following publications for the use of this material. Improved lentiviral vectors and genome-wide libraries for CRISPR screening. Sanjana NE*, Shalem O*, Zhang F. Nature Methods (2014). Genome-scale CRISPR-Cas9 knockout screening in human cells. Shalem O*, Sanjana NE*, Hartenian E, Shi X, Scott DA, Mikkelsen T, Heckl D, Ebert BL, Root DE, Doench JG, Zhang F (2014). Science, 343, 83-7. DOI: 10.1126/science.1247005
表达载体的构建方法及步骤 一、载体的选择及如何阅读质粒图谱 目前，载体主要有病毒和非病毒两大类,其中质粒DNA 是一种新的非病毒转基因载体。一个合格质粒的组成要素： （1）复制起始位点Ori 即控制复制起始的位点。原核生物DNA 分子中只有一个复制起始点。而 真核生物DNA 分子有多个复制起始位点。 （2）抗生素抗性基因可以便于加以检测，如Amp+ ,Kan+ （3）多克隆位点MCS 克隆携带外源基因片段 （4）P/E 启动子/增强子 （5）Terms 终止信号 （6）加poly（A）信号可以起到稳定mRNA 作用 选择载体主要依据构建的目的，同时要考虑载体中应有合适的限制酶切位点。如果构建的目 的是要表达一个特定的基因，则要选择合适的表达载体。 载体选择主要考虑下述3点： 【1】构建DNA 重组体的目的，克隆扩增/基因表达，选择合适的克隆载体/表达载体。【2】.载体的类型： （1）克隆载体的克隆能力－据克隆片段大小（大选大，小选小）。如<10kb 选质粒。（2）表达载体据受体细胞类型－原核/真核/穿梭，E.coli/哺乳类细胞表达载体。
（3）对原核表达载体应该注意：选择合适的启动子及相应的受体菌，用于表达真核蛋白质时注意克服4个困难和阅读框错位；表达天然蛋白质或融合蛋白作为相应载体的参考。【3】载体MCS 中的酶切位点数与组成方向因载体不同而异，适应目的基因与载体易于链接，不能产生阅读框架错位。 综上所述，选用质粒（最常用）做载体的5点要求： （1）选分子量小的质粒，即小载体（1－1.5kb）→不易损坏，在细菌里面拷贝数也多（也有大载 体）； （2）一般使用松弛型质粒在细菌里扩增不受约束，一般10个以上的拷贝，而严谨型质粒<10个。 （3）必需具备一个以上的酶切位点，有选择的余地； （4）必需有易检测的标记，多是抗生素的抗性基因，不特指多位Ampr（试一试）。（5）满足自己的实验需求，是否需要包装病毒，是否需要加入荧光标记，是否需要加入标签蛋白，是否需要真核抗性（如Puro、G418）等等。 无论选用哪种载体，首先都要获得载体分子，然后采用适当的限制酶将载体DNA 进行切割，获得线性载体分子，以便于与目的基因片段进行连接。 如何阅读质粒图谱 第一步：首先看Ori 的位置，了解质粒的类型（原核/真核/穿梭质粒） 第二步：再看筛选标记，如抗性，决定使用什么筛选标记。 （1）Ampr 水解β－内酰胺环，解除氨苄的毒性。 （2）tetr 可以阻止四环素进入细胞。 （3）camr 生成氯霉素羟乙酰基衍生物，使之失去毒性。 （4）neor（kanr）氨基糖苷磷酸转移酶使G418（长那霉素衍生物）失活
pLVX-TetOne-Puro pLVX-TetOne-Puro 载体基本信息： 载体名称: pLVX-TetOne-Puro 质粒类型: 慢病毒载体；四环素调控载体 高拷贝/低拷贝: 高拷贝 克隆方法: 限制性内切酶，多克隆位点 启动子: TRE3GS 载体大小: 9227 bp 5' 测序引物及序列: -- 3' 测序引物及序列: -- 载体标签: 无 载体抗性: 氨苄青霉素 筛选标记: 嘌呤霉素（Puromycin ） 克隆菌株: Stbl3 宿主细胞（系）: 常规细胞系（293、CV-1、CHO 等） 备注: 慢病毒载体pLVX-TetOne-Puro 是集调控与应答功能于一体的四环素诱导载体。 稳定性: 稳表达 组成型/诱导型: 诱导型 病毒/非病毒: 慢病毒 pLVX-TetOne-Puro 载体质粒图谱和多克隆位点信息：
pLVX-TetOne-Puro载体序列： ORIGIN 1 TGGAAGGGCT AATTCACTCC CAAAGAAGAC AAGATATCCT TGATCTGTGG ATCTACCACA 61 CACAAGGCTA CTTCCCTGAT TAGCAGAACT ACACACCAGG GCCAGGGGTC AGATATCCAC 121 TGACCTTTGG ATGGTGCTAC AAGCTAGTAC CAGTTGAGCC AGATAAGGTA GAAGAGGCCA 181 ATAAAGGAGA GAACACCAGC TTGTTACACC CTGTGAGCCT GCATGGGATG GATGACCCGG 241 AGAGAGAAGT GTTAGAGTGG AGGTTTGACA GCCGCCTAGC ATTTCATCAC GTGGCCCGAG 301 AGCTGCATCC GGAGTACTTC AAGAACTGCT GATATCGAGC TTGCTACAAG GGACTTTCCG 361 CTGGGGACTT TCCAGGGAGG CGTGGCCTGG GCGGGACTGG GGAGTGGCGA GCCCTCAGAT 421 CCTGCATATA AGCAGCTGCT TTTTGCCTGT ACTGGGTCTC TCTGGTTAGA CCAGATCTGA 481 GCCTGGGAGC TCTCTGGCTA ACTAGGGAAC CCACTGCTTA AGCCTCAATA AAGCTTGCCT 541 TGAGTGCTTC AAGTAGTGTG TGCCCGTCTG TTGTGTGACT CTGGTAACTA GAGATCCCTC 601 AGACCCTTTT AGTCAGTGTG GAAAATCTCT AGCAGTGGCG CCCGAACAGG GACTTGAAAG 661 CGAAAGGGAA ACCAGAGGAG CTCTCTCGAC GCAGGACTCG GCTTGCTGAA GCGCGCACGG 721 CAAGAGGCGA GGGGCGGCGA CTGGTGAGTA CGCCAAAAAT TTTGACTAGC GGAGGCTAGA 781 AGGAGAGAGA TGGGTGCGAG AGCGTCAGTA TTAAGCGGGG GAGAATTAGA TCGCGATGGG 841 AAAAAATTCG GTTAAGGCCA GGGGGAAAGA AAAAATATAA ATTAAAACAT ATAGTATGGG 901 CAAGCAGGGA GCTAGAACGA TTCGCAGTTA ATCCTGGCCT GTTAGAAACA TCAGAAGGCT
腺病毒载体操作手册中文版 腺病毒重组系统 AdEasyTM操作手册 目录 第一章简介 1 第二章应用重组腺病毒的优点 2 第三章 AdEasyTM 技术 3 3.1 技术概况 3 3.2 AdEasyTM系统中产生重组腺病毒的时程 3 第四章主要流程 4 4.1 将基因克隆入AdEasyTM转移载体4 4.1.1 克隆的一般原则 4 4.1.2 构建重组AdEasyTM转移载体 5 4.2 细菌内AdEasyTM重组子的产生 5 4.2.1 共转化的一般原则 5 4.2.2 共转化方法 5 4.2.3 预期结果 5 4.3 AdEasyTM重组质粒的筛选和扩增6 4.4 AdEasyTM重组子转染QBI-293A 细胞 6 4.4.1 细胞铺板 6 4.4.2 磷酸钙转化技术 7 第五章常用技术 8 5.1 QBI-293A细胞培养 8 5.1.1 QBI-293A细胞的初始培养8 5.1.2 QBI-293A细胞的维持培养和增殖 8 5.1.3 QBI-293A细胞的冻存 8 5.2 QBI-293A细胞的转染和病毒空斑的产生 9 5.2.1 感染QBI-293A细胞 9 5.2.2 病毒空斑形成 9 5.2.3 琼脂糖覆盖被感染细胞 9 5.3 MOI测定 10 5.4 腺病毒感染力测定 10
5.4.1 X-Gal染色 11 5.5 重组腺病毒的筛选和纯化 11 5.5.1 挑选最佳重组腺病毒：表达和基因输送 11 5.5.2 病毒空斑挑选和小量扩增12 5.5.3 Western杂交 13 5.5.4 Southern杂交和点杂交 13 5.5.5 病毒裂解产物PCR 14 5.5.6 免疫测定 14 5.5.7 功能测定 14 5.6 病毒颗粒在QBI-293A细胞中的大量扩增 15 5.7 两次氯化铯密度梯度离心纯化重组腺病毒 16 5.7.1 不连续密度梯度离心 17 5.7.2 连续密度梯度离心 17 5.7.3 病毒溶液去盐和浓集 17 5.8 病毒滴度测定 18 5.8.1 O.D.260 nm (VP/ml) 19 5.8.2 空斑测定法 20 5.8.3 50%组织培养感染剂量法 20 第六章疑难解答 22 6.1 QBI-293A细胞培养 22 6.2 感染力测定 22 6.3 转移载体克隆 23 6.4 在BJ5183细胞中共转化和重组24 6.5 转染QBI-293A细胞 25 6.6 筛选和测定 25 6.7 在QBI-293A细胞中表达 26 6.8 重组腺病毒的扩增 26 6.9 纯化 26 6.10 病毒滴度测定 27 缩写英文全称中文全称 Ad Adenovirus 腺病毒 Ad5 Adenovirus serotype 5 血清5型腺病毒 AdV Adenoviral Vector 腺病毒载体Amp Ampicillin 氨苄青霉素 β-Gal β-Galactosidase β-半乳糖苷酶 bp Base Pair 碱基对
慢病毒包装体系使用说明 本说明书适用于以下产品： 名称货号 慢病毒包装体系KLV3501 慢病毒包装体系（含293V细胞）KLV3502 慢病毒包装体系（含转染试剂）KLV3503 慢病毒包装体系（含293V细胞、转染试剂）KLV3504 北京英茂盛业生物科技有限公司 Web site：https://www.doczj.com/doc/0414238835.html,
1 北京英茂盛业生物科技有限公司 https://www.doczj.com/doc/0414238835.html,/ 产品内容 KLV3501 KLV3502 KLV3503 KLV3504 慢病毒载体（过表达或RNA 干扰载体任选一种） 3 3 3 3 辅助载体pH1 3 3 3 3 辅助载体pH2 3 3 3 3 HEK293V 细胞 3 3 Polyfect-V 转染试剂 3 3 载体采用质粒形式发货，请在收到质粒后放-20℃冻存，也可以直接转化大肠杆菌感受态进行质粒扩增。 HEK293V 细胞采用干冰或培养瓶发货。请在收到细胞后根据附带说明书进行复苏或传代。 慢病毒载体 慢病毒载体中含有病毒整合和表达所需原件及表达外源目的基因的元件。外源基因通过载体中的多克隆位点插入慢病毒载体中进行表达。 pLV-EGFP-C 的载体图谱见下，本公司的其它慢病毒载体结构与之基本相似。其它载体信息见本公司网站https://www.doczj.com/doc/0414238835.html, 或本说明书后面的附表。
慢病毒包装载体 慢病毒包装载体包括pH1和pH2，表达生产病毒颗粒所需的病毒蛋白。载体图谱见下：
HEK293V细胞 包装细胞的状态对病毒包装效果有直接影响。我公司保存的293V细胞为低次代293V细胞，细胞性状稳定。在高密度下生长3天仍可保持贴壁状态，持续产生病毒颗粒，因此可多次收获病毒，降低病毒包装实验成本。 Polyfect‐V转染试剂 Polyfect-V转染试剂专为293V细胞转染及慢病毒包装研制,可以在细胞铺板同时进行转染，缩短病毒包装时间；无需要求细胞处于生长对数期，细胞转染时密度可以很高；细胞毒性极低；质粒和转染试剂用量是普通转染试剂的1/3到1/2等显著优点；包装病毒时转染效率接近100%，能提高病毒产量3-5倍。 3 北京英茂盛业生物科技有限公司 https://www.doczj.com/doc/0414238835.html,/
慢病毒包装系统简介及应用 一、慢病毒包装简介及其用途 慢病毒（Lentivirus ）载体是以HIV-1 （人类免疫缺陷I 型病毒）为基础发展起来的基因治疗载体。区别一般的逆转录病毒载体，它对分裂细胞和非分裂细胞均具有感染能力。慢病毒载体的研究发展得很快，研究的也非常深入。该载体可以将外源基因有效地整合到宿主染色体上，从而达到持久性表达。在感染能力方面可有效地感染神经元细胞、肝细胞、心肌细胞、肿瘤细胞、内皮细胞、干细胞等多种类型的细胞，从而达到良好的的基因治疗效果，在美国已经开展了临床研究，效果非常理想，因此具有广阔的应用前景。 目前慢病毒也被广泛地应用于表达RNAi 的研究中。由于有些类型细胞脂质体转染效果差，转移到细胞内的siRNA 半衰期短，体外合成siRNA 对基因表达的抑制作用通常是短暂的，因而使其应用受到较大的限制。采用事先在体外构建能够表达siRNA 的载体，然后转移到细胞内转录siRNA 的策略，不但使脂质体有效转染的细胞种类增加，而且对基因表达抑制效果也不逊色于体外合成siRNA ，在长期稳定表达载体的细胞中，甚至可以发挥长期阻断基因表达的作用。在所构建的siRNA 表达载体中，是由RNA 聚合酶Ⅲ启动子来指导RNA 合成的，这是因为RNA 聚合酶Ⅲ有明确的起始和终止序列，而且合成的RNA 不会带poly A 尾。当RNA 聚合酶Ⅲ遇到连续4 个或5 个T 时，它指导的转录就会停止，在转录产物3' 端形成1~4 个U 。U6 和H1 RNA 启动子是两种RNA 聚合酶Ⅲ依赖的启动子，其特点是启动子自身元素均位于转录区的上游，适合于表达～21ntRNA 和～50ntRNA 茎环结构（stem loop ）。在siRNA 表达载体中，构成siRNA 的正义与反义链，可由各自的启动子分别转录，然后两条链互补结合形成siRNA ；也可由载体直接表达小发卡状RNA(small hairpin RNA, shRNA)，载体包含位于RNA 聚合酶Ⅲ启动子和4 ～5 T转录终止位点之间的茎环结构序列，转录后即可折叠成具有1~4 个U 3 ' 突出端的茎环结构，在细胞内进一步加工成siRNA 。构建载体前通常要通过合成siRNA 的方法，寻找高效的siRNA ，然后从中挑选符合载体要求的序列，将其引入siRNA 表达载体。 慢病毒载体（Lentiviral vector ）较逆转录病毒载体有更广的宿主范围，慢病毒能够有效感染非周期性和有丝分裂后的细胞。慢病毒载体能够产生表达shRNA 的高滴度的慢病毒，在周期性和非周期性细胞、干细胞、受精卵以及分化的后代细胞中表达shRNA ，实现在多种类型的细胞和转基因小鼠中特异而稳定的基因表达的功能性沉默，为在原代的人和动物细胞组织中快速而高效地研究基因功能，以及产生特定基因表达降低的动物提供了可能性。 慢病毒表达载体包含了包装、转染、稳定整合所需要的遗传信息。慢病毒包装质粒可提供所有的转录并包装RNA 到重组的假病毒载体所需要的所有辅助蛋白。为产生高滴度的病毒颗粒，需要利用表达载体和包装质粒同时共转染细胞，在细胞中进行病毒的包装，包装好的假病毒颗粒分泌到细胞外的培养基中，离心取得上清液后，可以直接用于宿主细胞的感染，目的基因进入到宿主细胞之后，经过反转录，整合到基因组，从而高水平的表达效应分子。 二、这一系统的目的，主要是为了解决以下问题： 1. 对于一些较难转染的细胞，如原代细胞、干细胞、不分化的细胞等，能大大提高目的基因转导效率，而且目的基因整合到宿主细胞基因组的几率大大增加，这就为RNAi，cDNA 克隆以及报告基因的研究提供了一个有利的途径。 2. 进行稳转细胞株的筛选； 3. 为活体动物模型实验提供高质量的包含目的基因的病毒液； 在细胞相关的实验操作中，对于一些按常规方法难以转染甚至无法转染的细胞，通过病毒介导的实验能够大大提高基因的转导效率，以达到目的基因的高效瞬时表达。
腺病毒载体操作手册中文版腺病毒重组系统 AdEasyTM操作手册 目录 第一章简介1 第二章应用重组腺病毒的优点2 第三章AdEasyTM技术3 3.1技术概况3 3.2AdEasyTM系统中产生重组腺病毒的时程3 第四章主要流程4 4.1将基因克隆入AdEasyTM转移载体4 4.1.1 缩写英文全称中文全称 AdAdenovirus腺病毒 Ad5Adenovirusserotype5血清5型腺病毒AdVAdenoviralVector腺病毒载体 AmpAmpicillin氨苄青霉素 β-Galβ-Galactosidaseβ-半乳糖苷酶 bpBasePair碱基对 BSABovineSerumAlbumin小牛血清白蛋白cDNAComplementaryDNA互补DNA cccDNAClosedCircularCoiledDNA闭环螺旋DNA CPECytopathicEffect细胞病理效应CsClCesiumChloride氯化铯 DMEMDulbecco’sModifiedEagleMediumDMEM培养基DMSODimethylSulfoxide二甲基亚砜DTTDithiothreitol二硫苏糖醇EDTAEthyleneDiamineTetraaceticAcid乙二胺四乙酸EtBrEthidiumBromide溴化乙锭FBSFetalBovineSerum胎牛血清 HrHour小时 ITRInvertedTerminalRepeat反向末端重复KanKanamycin卡那霉素 kbKilobases千碱基对 KDaKiloDaltons千道尔顿LBLuria-Bertani(broth)LB培养基MCSMultipleCloningSite多克隆位点 MinMinute分钟 MOIMultiplicityofInfection(Virus/Cell)感染复数mRNAMessengerRNA信使RNA MWCOMOIecularWeightCut-off PAGEPolyAcrylamideGelElectrophoresis聚丙烯凝胶电泳PBSPhosphateBufferedSaline磷酸盐缓冲液PFUPlaqueFormingUnit空斑形成单位 piPostInfection感染后RCAReplicationCompetentAdenovirus增殖性腺病毒RITRRightInvertedTerminalRepeat右侧反向末端重复SDSSodiumDodecylSulfate十二烷基硫酸钠TBETrisBorate/EDTA三羟甲基氨基甲烷硼酸盐/乙二胺四乙酸 TCID50TissueCultureInfectiousDose5050%组织培养感染剂量 TCPTotalCellularProtein细胞总蛋白 TETris/EDTATE溶液 wtWildType野生型 X-Gal5-bromo-4-chloro-3-indolyl-D-Galactopyranoside5-溴-4-氯-3-吲哚-β-D-半乳糖苷 第一章简介 当今基因输送技术的发展日趋复杂，一些治疗药物（生长激素、干扰素、抗病毒和抗癌复合物）和诊断性蛋白（单克隆抗体）的设计、发展与合成需要更高效的基因输送工具。人类基因组计划和正不断发展的基因治疗同样急需发展快速有效和治疗性的分析工具。为解决这一问题，基因输送技术(通常使用病毒载体如增殖缺陷的腺病毒)通过基因工程不断发展，致力于生产基因表型药物。重组腺病毒提供了一类在基因转移系统发展中有极大潜力的新的生物治疗剂。 1953年对普通感冒病因的探索和研究导致了腺病毒的发现。迄今为止已发现了40多种不同血清型和93种不同种类的腺病毒，它们通常感染眼、呼吸道或胃肠上皮（Fields等，1996）。1977年，FrankGraham博士建立了一种细胞株，可在无辅助病毒的情况下产生重组腺病毒（Graham等，1977）。此后，腺病毒载体作为极具潜力的哺乳动物基因转移载体而得到广
慢病毒包装实验的要点： 1：良好的293FT细胞状态是转染成功的首要因素，细胞代数不宜超过30代； 2：细胞铺板需均匀，避免细胞成团，影响转染效率；尽量多的细胞转入质粒，产生的病毒就越多； 3：细胞换液和共转染时，动作要轻柔避免细胞漂浮。尽量少的细胞死亡，产生的病毒就越多； 实验前要准备的试剂、耗材和仪器； 试剂准备：10%灭活胎牛血清+90%DMEM配好的完全培养基,0.25%胰酶，PBS,TRL转染试剂，包装质粒，目的质粒，无血清培养基。 耗材准备：10cm细胞培养皿，6孔细胞培养板，吸头规格1ml、200ul、10ul，10ml移液管，离心管规格15ml、5ml、1.5ml，0.22um PVDF滤膜和10ml无菌注射器，试管架。仪器准备：倒置荧光显微镜，普通光学倒置显微镜，电动移液器，吸引器，移液枪，二级生物安全柜，二氧化碳细胞培养箱。 第一天：上午（病毒包装质粒共转染前，293FT细胞复苏后至少让其传代两次以上，293FT 细胞能成倍的增长，确定细胞状态好）； 实验前准备： 安全柜开紫外灯照30分钟； 把培养基和试剂放置常温； 消化细胞： 从37 5%的co2细胞培养箱拿出细胞状态良好的293FT细胞，吸出原培养基，加入PBS 1ml略洗之后吸出，加入1ml胰酶消化1-2min，轻轻拍打培养皿，再加入3ml新鲜培养基终止消化，将培养皿中的细胞转移至15ml离心管内离心1000r /5min,吸出上清液，加入10ml PBS 吹打混匀后，离心1000r /5min, 吸出上清液。 细胞铺板： 在10cm细胞培养皿上标记细胞名称、细胞代数、时间和操作人，将计数好大约2.5×106个293FT细胞吸入15ml离心管，再加入完全培养基至10ml充分混匀，然后把混匀的293FT细胞移入10cm培养皿）。放置培养箱中培养48h。 插入铺板后图片
腺病毒中文操作手 册
腺病毒载体操作手册中文版腺病毒重组系统 AdEasyTM操作手册 目录 第一章简介 1 第二章应用重组腺病毒的优点 2 第三章AdEasyTM 技术 3 3.1 技术概况 3 3.2 AdEasyTM系统中产生重组腺病毒的时程 3 第四章主要流程 4 4.1 将基因克隆入AdEasyTM转移载体 4 4.1.1 克隆的一般原则 4 4.1.2 构建重组AdEasyTM转移载体5 4.2 细菌内AdEasyTM重组子的产生5 4.2.1 共转化的一般原则 5 4.2.2 共转化方法 5 4.2.3 预期结果 5 4.3 AdEasyTM重组质粒的筛选和扩增 6 4.4 AdEasyTM重组子转染QBI-293A 细胞 6 4.4.1 细胞铺板 6 4.4.2 磷酸钙转化技术7 第五章常见技术8 5.1 QBI-293A细胞培养8 5.1.1 QBI-293A细胞的初始培养8 5.1.2 QBI-293A细胞的维持培养和增殖8 5.1.3 QBI-293A细胞的冻存8 5.2 QBI-293A细胞的转染和病毒空斑的产生9 5.2.1 感染QBI-293A细胞9 5.2.2 病毒空斑形成9 5.2.3 琼脂糖覆盖被感染细胞9 5.3 MOI测定10 5.4 腺病毒感染力测定10
5.4.1 X-Gal染色11 5.5 重组腺病毒的筛选和纯化11 5.5.1 挑选最佳重组腺病毒：表示和基因输送11 5.5.2 病毒空斑挑选和小量扩增12 5.5.3 Western杂交13 5.5.4 Southern杂交和点杂交13 5.5.5 病毒裂解产物PCR 14 5.5.6 免疫测定14 5.5.7 功能测定14 5.6 病毒颗粒在QBI-293A细胞中的大量扩增15 5.7 两次氯化铯密度梯度离心纯化重组腺病毒16 5.7.1 不连续密度梯度离心17 5.7.2 连续密度梯度离心17 5.7.3 病毒溶液去盐和浓集17 5.8 病毒滴度测定18 5.8.1 O.D.260 nm (VP/ml) 19 5.8.2 空斑测定法20 5.8.3 50%组织培养感染剂量法20 第六章疑难解答22 6.1 QBI-293A细胞培养22 6.2 感染力测定22 6.3 转移载体克隆23 6.4 在BJ5183细胞中共转化和重组24 6.5 转染QBI-293A细胞25 6.6 筛选和测定25 6.7 在QBI-293A细胞中表示26 6.8 重组腺病毒的扩增26 6.9 纯化26 6.10 病毒滴度测定 27 缩写英文全称中文全称 Ad Adenovirus 腺病毒Ad5 Adenovirus serotype 5 血清5型腺病毒AdV Adenoviral Vector 腺病毒载体Amp Ampicillin 氨苄青霉素β-Gal β-Galactosidase β-半乳糖苷酶bp Base Pair 碱基对BSA Bovine Serum Albumin 小牛血清