Forsk China Mar. 2006
Atoll
Getting Started TD-SCDMA
Version 2.4.1 Stage 1
D OCUMENT H ISTORY
Date Comment Author 2005-9-26 Atoll
Getting
Started
TD-SCDMA version 2.4.0_Issue 1 Coco LU
2005-10-10 Atoll
Getting
Started
TD-SCDMA version 2.4.0_Issue 2 Coco LU
2005-12-14 For v2.4.1 Stage 1. Description of MC simulation, GOB
creation and SPM automatic calibration
Coco LU
2006-1-6 For v2.4.1 Stage 1. Description of other prediction
studies
Coco LU
2006-3-9 Update of Timeslot table, Simulation descrition, Effective Service Area study Sunny Zheng / Coco LU
目录
1.介绍 (5)
2.安装 (6)
3.操作步骤 (9)
3.1.新建工程 (12)
3.2.导入三维地图 (14)
3.2.1.导入heights地图 (15)
3.2.2.导入clutter classes地图 (16)
3.2.3.导入vector地图 (20)
3.3.选择坐标系 (25)
3.4.导入网络数据 (30)
3.4.1.导入Sites表 (31)
3.4.2.导入Antennas数据 (37)
3.4.3.导入Transmitters数据 (41)
3.4.4.导入Cells数据 (46)
3.4.5.设置Timeslot表参数 (49)
3.4.6.设置智能天线设备与参数 (51)
3.4.7.与Access数据库的导出与导入 (61)
3.4.8.添加基站 (64)
3.5.传播模型使用与校正 (70)
3.5.1.使用Cost-Hata模型 (70)
3.5.2.使用SPM模型 (73)
3.6.传播计算 (92)
3.6.1.准备工作 (92)
3.6.2.传播计算及生成覆盖图 (100)
3.7.话务模型建立 (117)
3.7.1.设置话务模型 (117)
3.7.2.建立话务地图 (123)
3.8.处理增益的设置和计算 (132)
3.8.1.P-CCPCH处理增益 (132)
3.8.2.各业务的处理增益 (132)
3.9.网络容量的计算和估算 (134)
3.9.1.网络容量计算 (134)
3.9.2.网络容量估算 (135)
3.10.Monte Carlo仿真 (139)
3.10.1.建立一组Monte Carlo仿真 (140)
3.10.2.仿真报告 (141)
3.11.点分析功能 (147)
3.11.1.Profile (147)
3.11.2.Reception (149)
3.11.3.Results (149)
3.12.其他覆盖预测的生成 (151)
3.13.邻小区分配 (161)
3.13.1.手动邻小区分配 (161)
3.13.2.自动邻小区分配 (164)
3.14.扰码分配 (166)
3.15.其他功能 (171)
https://www.doczj.com/doc/0a11563205.html,er configuration功能 (171)
3.15.2.Atoll 中的技巧和小窍门 (172)
1. 介绍
本文档以一工程数据为实例，介绍在Atoll中从导入数据到生成最终报告的全过程。本文档的主要目的是让初次使用Atoll的工程师对工具有一个总体的了解，初步掌握使用Atoll 进行TD-SCDMA网络规划的流程与操作。
本文档不涉及具体的算法与详细参数解释。用户可以在另外提供的Atoll英文用户手册/技术指南手册中查找具体算法与详细参数解释以及高级应用。
同时，用户可以在我们提供的Atoll试用光盘中找到本文档所涉及的所有工程与地图数据。
本文档工程所用的是Atoll 2.4.1版本。
2. 安装
Atoll的安装步骤非常简单。安装Atoll需要administrator帐户权限。
1、 Atoll TD-SCDMA版本的安装文件名的结构一般是：Atoll TD-SCDMA.程序语言.版本
号.build号.exe，下面是一个例子：
2、将已经激活的加密狗插在计算机的插口上。
3、双击安装文件，开始安装。
4、在安装步骤的第二页上，输入安装路径（缺省路径是C:\Program File\Forsk\Atoll）。安
装Atoll最少需要的硬盘空间是27.2MB。
注 : 不同版本的Atoll对硬盘空间的要求可能不一样.
4、在第三页中，可以选择“Full installation”、“Compact installation”和“Custom installation”并选择安装模块。建议选择“Full installation”。
5、在第四页中，输入登陆计算机的域名、用户名和密码。如果在上一步中没有选择Atoll Calculation Server（用于分布式计算），则无需在此输入任何信息。
6、继续点击Next则可以开始安装。安装完成后需要重新启动计算机。
在使用Atoll时需要注意的几点：
（1） 尽量在关闭计算机的状态下插入和拔出加密狗。
（2） 在使用Atoll期间，如非必要，不要更改计算机日期。否则可能导致加密狗不能使用。（3） 在卸载任何一个Atoll的程序后，加密狗的驱动程序会被一起卸载。
3. 操作步骤
以下是在Atoll中，建立一个TD-SCDMA工程并进行网络规划、仿真、生成报告的步骤。
（1） 新建工程
（2） 导入三维地图
（3） 选择坐标系
（4） 导入网络数据
（5） 传播模型使用与校正
（6） 传播计算及生成覆盖图
（7） 网络容量估算
（8） Monte Carlo仿真
（9） 生成其他覆盖预测图
（10） 生成报告
（11） 邻小区分配
（12） 扰码分配
操作流程图如下图所示（虚线框的内容为可选设置，在本文中不涉及）：
3.1. 新建工程
打开Atoll程序后，在下图所示的界面中点击按钮，或选择菜单File->Open。
Atoll会自动打开一个空白的TD-SCDMA模版工程。模版工程中已经包含了缺省提供的天线数据库和有关设备参数。
Atoll 的主要窗口有浏览窗口（Explorer ）和地图窗口，如上图所示。 浏览窗口中分类存放导入到工程中的所有数据以及计算结果。 地图窗口中显示各种对象。
3.2. 导入三维地图
z选择菜单File->Import
z在弹出的“打开”对话框中，选择存放地图数据的文件夹。
一般需要导入Atoll中的地图数据包括：heights（海拔高度地图）、clutter classes（地物分类地图）和vector（矢量地图）。导入次序不限，本文档按heights->clutter classes->vectors 的顺序导入。
3.2.1. 导入heights地图
1、在“打开”对话框中，选择光盘中Atoll demo projects and materials/Geo data/heights文件夹。
选择index文件，按“打开”按钮。
2、在弹出的Data type对话框中选择Altitude。按“OK”按钮。
3、地图导入后如下图所示。Heights地图会被自动存放在Atoll界面左边的Explorer->Data 标签里面的Digital Terrain Model文件夹下。
3.2.2. 导入clutter classes地图
1、再次选择菜单File->Import，在“打开”对话框中，选择光盘中Atoll demo projects and
materials/Geo data/clutter文件夹。
选择index文件，按“打开”按钮。
2、在弹出的Data type对话框中选择Clutter classes。按“OK”按钮。
3、地图导入后如下图所示。Clutter classes地图会被自动存放在Atoll界面左边的
Explorer->Data标签里面的Clutter classes文件夹下。
4、双击Clutter classes文件夹，打开Clutter classes properties对话框，在该对话框中设
置clutter地图的属性。打开到Description标签，点击右下方的Refresh按钮，可将该地图中不包含的地物类型过滤。下图是刷新后的显示。
除了Code和Name之外，每种地物各参数都会被自动设置为缺省值。
5、打开光盘中Atoll demo projects and materials/ Network data & computation zone文件
夹中的BrusselsNetwork_TD-SCDMA.xls文件，将Clutter_classes_description工作表中的全部数据（标题行除外）通过复制/粘贴到上图中。
注意在Atoll中要对Description标签全选（点击才能将Excel表中的数据全部粘贴到Atoll中。
粘贴后如下图所示：
注：该表提供的Model standard deviation值为Forsk提供的适合该演示工程网络环境的参数．对于其他地区的网络，规划人员应按照当地实际的情况并结合工程经验来设置．
如果不采用Excel表中的数据，可以考虑采用在Default Values标签中的缺省值：全部clutter 的standard deviation为７dB。
Default Values的用途是当工程中没有导入clutter classes地图的情况下，我们也可以定义整网区域的在Description标签中各参数的缺省值。
如果选择了左下角的User default values only选项，那么即使我们在前面的Description标签中定义了各地物的参数，Atoll也只会采用该标签中的缺省值。
6、在Display标签中设置每种地物的显示颜色。注意Display Type和Field的设置。下图
是建议的设置。点击每个legend前面的颜色框，就可以为每个地物设置不同的颜色。
如果将一个或多个clutter classes的右边的复选框中的勾去掉，那么这个clutter将会在地图上变成透明。
同时将左下角的Add to Legend选上，这样方便以后调出clutter的图例；调整Transparency 条可以调整地图颜色深浅。
7、按确定后退出该属性对话框。
设置后的clutter地图显示如下：
3.2.3. 导入vector地图
1、再次选择菜单File->Import，在“打开”对话框中，选择光盘中Atoll demo projects and
materials/Geo data/vector文件夹。
选择index文件，按“打开”按钮。
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AquaChem 简要使用说明GAOZANDONG@https://www.doczj.com/doc/0a11563205.html,
AquaChem 简要使用说明 （编译） --AquaChem是用于水溶液地球化学数据的分析、作图和模拟的专业软件，加拿大滑铁卢水文地质有限公司（Waterloo Hydrogeologic, Inc.）与Lukas Calmbach博士合作开发，前者拥有版权。 --本说明为中国西北地下水开发培训班学员专用。是在阅读原版用户手册基础上的摘译，并进行重新编排，在省略很多内容的同时对某些操作步骤进行了更为详细地介绍，目的是让计算机操作不很熟练、英语阅读有一定困难的学员对该软件有一个初步了解并能够实际操作。 --如果想深入了解和应用AquaChem软件，请参阅用户手册。 该手册以电子文本方式存储在安装目录下的Tutorials文件夹内，文件名为aqcdemo.pdf。如果计算机内没有安装打开该文件的Acrobat阅读器，可从互联网上免费下载安装（从任一网站如新浪、搜狐等的搜索引擎上查找以“acrobat”为关键词的“软件”）。
1、简介 AquaChem是一个专门用于水溶液地球化学数据的图形和数值分析的软件包。它具有完全可以由用户自己定制的地球化学数据和参数数据库系统，并提供水文地球化学领域得到广泛应用的多种数据分析和作图工具。 AquaChem的数据分析功能包括单位转换、电荷平衡、样品混合以及样品相关性分析和地球化学参数计算等，辅之以广泛应用的水化学数据图形工具，可以更清楚地表示水的化学特征和质量。AquaChem的图形工具包括： ●三线图，包括piper（图1-1a）、Durov（图1-1b）和简单的三离子三线图（图1-1c）； a，Piper三线图 b，Durov三线图c，三线图 图1-1 AquaChem中的三线图 a，饼图b，Schoeller指印图 c，Stiff折线图 d，放射图 图1-2 AquaChem中的饼图、折线图和放射图 ●饼图（图1-2a）、折线图（Schoeller指印图，图1-2b；Stiff折线图，图1-2c）和
Gblocks使用说明书（by florawz） 1.首先打开软件，进入主页面 2.输入O ，然后回车，对话框显示输入一个文件或路径 此时将比对好的（.fas）文件拖入对话框。对话框即出现该文件的路径（如图） 按回车，即导入该序列。对话框上部出现下列信息 3.快速比对：输入G，然后回车。在原比对文件所在文件夹内即可出现Gblocks 已经处理好的文件
.fas-gb文件可用Bioedit和DNAMAN打开。 打开.htm文件，可查看可视化的处理结果（如图） 4.主菜单： t. 指定的序列类型（可以是蛋白质,DNA或者密码子）。 输入一个t，回车。序列类型改为Condons 再输入一个t，回车。序列类型改为DNA（如此循环修改）
o. 打开一个文件。必须为 NBRF/PIR 或 FASTA 格式 ，序列长度不限。打开 NBRF/PIR-格式的序列时，在序列备注第一行要注明序列类型 如： >P1;byflorawz ------MEYLLQEYLPILVFLGMASALAIVLILAAAVIAVRN--PDPEKVSAYECGFNAF D-DARMKFDVRFYLVSILFIIFDLEVAFLFPWAVSFASLS-DVAFWGLMVFLAVLTVGFA YEWKKGALEWA----------------------* (fas格式则不需要，第一行直接为>byflorawz即可) 注意：在使用Glocks分析前，序列缺口必须先消除。 在将比对文件拖进改软件时，要去路径掉末尾的空格。 打开多个文件 ：必须建立一个path文件。输入各个相关文件的路径，在安装好的文件包内可以看到一个"paths"范例，用word打开此文件，即可看到各个文件的所在路径（如图） 多条比对序列的处理：如果所有的比对文件的路径都在一个paths文件，且各个比对文件的序列条数，以及物种的顺序都是相同的，那么这些比对文件在最后的结果中可以连接起来。如果各个比对文件的序列条数不同，那么也可以一起处理，但是最后不能连接。 b. 显示 Block 限制性参数 (详情见下页). s. 显示保存菜单(详情见下页). g. 处理计算 q. 退出 5.限定性参数菜单
常见生物软件使用技巧汇集 Q1.怎么查找序列保守区？ A1：很多人查找序列保守区，一般通过序列多重比对后，肉眼判断序列保守区，但此法难免太主观，不具重复性，且选择的保守区无法受统计上的显著性检验。其实，实现这一目的，可以使用DnaSP--> “Analysis” -->“Conserved DNA regi on”...
Q2. 多个FASTA格式保存的单条序列如何批量快速合并为一个文件？ A2 ：一条条添加，费时费劲，且容易出错。解决的办法有两个：一是可以通过DNAMAN的“多重序列比对”后导出功能，即：添加序列所在的目录，或全选相关文件，进行多重比对，导出Clustal aln 文件，然后再转换为FASTA；二是使用我们2012年新开发的序列火枪手套件的“Seq Merger.exe” 即可快速实现合并。 Q3. 如何解决Clustalx 多重比对（*.Aln格式）后转为MEGA 格式时提示出错的问题？ A3：检查所转换MEGA 的*.meg 文件最后几行内容是否有*号，全部删减之即可。因为Clustalx 多重比对后，程序会自动添加一致序列。
Q4. 为什么DNAMAN软件的很多功能菜单都显示无法使用？ A4：DNAMAN软件的精华在于通道（Channel）的应用，遇到功能菜单呈灰度无法使用时，不妨将序列载入通道后再试试... Q5. 如何让多重比对美观显示又不占篇幅？ A5：推荐使用Web Logo （https://www.doczj.com/doc/0a11563205.html,/logo.cgi）或Sequence L ogo之类的在线工具处理。其实这类工具还有一个妙用－可用于设计简并引物，简并序列一目了然，如下图的第7个碱其位点，G/A=R。 Q6. 如何在多重比对序列的上方显示对应的蛋白质二级结构？ A6：使用ESPript（http://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi）对多重比对序列着色的同时，上传预测的蛋白质结构文件*.pdb 即可，效果如下图所示，详见《马铃薯Y病毒pipo基因的分子变异及结构特征分析》一文。具体操作方法可以参考《ESpript 美化多重比对序列图解(By Raindy) 》。
PAML: 最大似然法分析系统发育Phylogenetic Analysis by Maximum Likelyhood 版本：4.3（2009年9月） Ziheng Y ang 马向辉翻译
1、概述 PAML (for Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood) 是一个用最大似然法分析蛋白质或DNA序列系统发育的一个程序包。 1.1 PAML 文件： 除了这个手册以外，以下资源也需要注意： PAML网站：https://www.doczj.com/doc/0a11563205.html,/software/PAML.html。在这个网站上有PAML的下载以及编译程序; PAML FAQ页面：https://www.doczj.com/doc/0a11563205.html,/software/pamlFAQs.pdf; PAML讨论群：https://www.doczj.com/doc/0a11563205.html,/phpBB2/，在这里你可以提出你的问题，或者提出你发现的漏洞。 1.2 PAML 可以做些什么？ PAML 的最新版本包含一下几个程序模块：baseml, basemlg, codeml, evolver, pamp, yn00, mcmctree, 以及chi2。其中最常用的模块的介绍可以参考杨子恒教授2007年发表的文章。模块运行中用到的计算、统计方法在杨子恒教授的书中有详细的介绍。模块的主要作用包括：计算以及检测系统发育树（baseml 和codeml）; 计算复杂的碱基替代或者氨基酸替代模型中的参数，如不同位点间不同速率的模型或多个基因或者位点的综合分析模型（baseml和codeml）; 用似然比例检测比较几个模型（baseml，codeml以及chi2）; 用全局分子钟或者局部分子钟估算分歧时间（baseml和codeml）; 用最大似然法重建祖先氨基酸、核苷酸序列以及密码子模型（baseml和codeml）; 用蒙特卡洛模拟生成氨基酸、密码子
Phylip中文使用说 Introduction PHYLIP程序的运行 这些程序要按照一定的顺序来运行。前一个程序的输出作为下一个程序的输入。如何合理的组合这些程序也很关键。 在windows中，PHYLIP程序可通过双击程序的图标来启动，或是在命令行中输入程序的名称来启动。我们建议使用命令行方式，因为你也许能看到一些错误提示。它启动的方是：开始->所有程序->附件->命令提示符。 大部分PHYLIP程序运行方法相同。程序把infile作为默认输入文件，如果没有找到它将要求用户输入数据文件的名称。输出结果写在 outfile文件中。有些则写在outfile和outtree或plotfile中。 因为大部分程序使用默认的输入和输出文件名，所以在下一步的分析前，要重命名你想保存的文件。比如，你用Dnadist得到了距离矩阵（outfile），你还想试试不同的设置，那么再做矩阵计算前，你可以把outfile重命名为dnadist_outfile，或其它名称，这样你就能区别两次的结果了。 程序 重抽样工具 该程序生成一系列的特殊的随机样本，保存在outfile中。这些样本在后继的分
析中作为一个序列对文件，要设置选项M（use multiple datasets）。 Seqboot 生成随机样本，用bootstrap和jack-knife方法。 距离方法： 顺序使用这些程序。首先，用dandist或protdist程序计算序列比对结果的距离矩阵。接着这个矩阵被fitch、kitsch或 neighbor程序转换为树。Dandist 和protdist程序的输出文件是outfile。在运行fitch、kitsch或neighbor 前，outfile应该重命名为infile或另外的名字。fitch、kitsch和neighbor的输出文件是outfile和outtree。 Dnadist DNA距离矩阵计算器 Protdist 蛋白质距离矩阵计算器 Fitch 没有分子时钟的Fitch-Margoliash树 Kitsch 有分子时钟的Fitch-Margoliash树 Neighbor Neighbor-Joining和UPGMA树 基于字符的方法 这些程序读入一个序列对，它们的输出文件是outfile和outtree。 Dnapars DNA简约法 Dnapenny DNA简约法using branch-and-bound Dnaml DNA最大似然，无分子时钟